Гибридизационная цепная реакция и другие способы амплификации и высокочувствительной детекции специфичных последовательностей нуклеиновых кислот в режиме реального времени тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат биологических наук Чемерис, Дмитрий Алексеевич

• Чемерис, Дмитрий Алексеевич
• кандидат биологических наук
• 2008

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Чемерис, Дмитрий Алексеевич

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ.

ВВЕДЕНИЕ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Методы амплификации и высокочувствительной детекции специфичных фрагментов ДНК и РНК.

1.2. Полимеразная цепная реакция в реальном времени - ПЦР-РВ

1.3. Лигазная цепная реакция - ЛЦР.

1.4. Амплификация смещением цепи - Strand Displacement Amplification (SDA).

1.5. Амплификация по типу катящегося кольца или рамификация

1.6. Самоподдерживающая репликация., 5.

1.7. Технология циклирующей пробы.

1.8. Гибридизационная цепная реакция - ГЦР.

ГЛАВА 2. ОБЪЕКТЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

2.1. Объекты исследований.

2.2. Выделение и очистка нуклеиновых кислот.7.

2.3. Получение кДНК.

2.4. Гибридизационная цепная реакция в реальном времени.

2.5. Полимеразная цепная реакция.

2.6. Полимеразная цепная реакция в реальном времени.

2.7. Транскрипционная цепная реакция в реальном времени.

2.8. Рамификация в реальном времени.

2.9. Проведение амплификации по типу катящегося кольца с дезоксирибозимным расщеплением химерной пробы в реальном времени.

2.10. Электрофоретический анализ ампликонов и исходных молекул нуклеиновых кислот.

2.11. Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей

2.12. Использованные в работе обычные и модифицированные олигонуклеотиды.

2.13. Основные реактивы, использованные в работе.

2.14. Составы использованных стандартных растворов.

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1. Гибридизационная цепная реакция в реальном времени.

3.2. Полимеразная цепная реакция в реальном времени.

3.3. Транскрипционная цепная реакция в реальном времени.

3.4. Рамификация в реальном времени.

3.5. Амплификация по типу катящегося кольца с дезоксирибозимным расщеплением химерной пробы.

3.6. Применимость реакций амплификации и высокочувствительной детекции в реальном времени для фундаментальных исследований и диагностических целей.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Гибридизационная цепная реакция и другие способы амплификации и высокочувствительной детекции специфичных последовательностей нуклеиновых кислот в режиме реального времени»

Актуальность темы. После своего появления в середине 80-х гг. полимеразная цепная реакция (ПЦР) [Saiki et al., 1985; 1988] очень быстро стала по существу методом №1 в фундаментальных исследованиях нуклеиновых кислот и в ДНК-диагностике. Оставаясь таковым и поныне, она все же сильно изменилась, что в первую очередь связано с переводом этой реакции в режим реального времени, где детекция накопления ампликонов ведется в ходе самого процесса амплификации. ПЦР в реальном времени (ПЦР-РВ) во многом изменила взгляды как исследователей, использующих метод ПЦР для получения новых знаний о функционировании генов и геномов, так и тех, кто занят исключительно ДНК-диагностикой. Если для первых главным среди других задач является возможность количественного определения с помощью ПЦР-РВ числа копий той или иной мишени в стартовом материале, то вторые, помимо этого, отдают ей предпочтение еще и ввиду практически полного исключения загрязнения ампликонами рабочих помещений, и сведения таким образом, риска получения ложнопозитивных результатов к абсолютному минимуму, что при массовом характере анализов при использовании обычной ПЦР удается добиться далеко не всегда. Однако, несмотря на большое количество предложенных вариантов детекции ампликонов в ПЦР-РВ [Higuchi et al., 1993; Lee et al., 1993; Livak et al., 1995; Tyagi et al., 1996; 2000; Nazarenko et al., 1997; 2002; Wittwer et al., 1997; 2003; Whitcombe et al., 1999; Todd et al., 2000; Rasmussen et al., 2003; Zhang et al., 2003; Costa et al., 2004; Sherrill et al., 2004; Monis et al., 2005; Li et al., 2006; Ahmad, Ghasemi, 2007; Liu, Hong, 2007; Luk et al., 2007 и др.] остается возможность разработки новых способов, по некоторым параметрам превосходящих существующие.

Вслед за ПЦР на рубеже 90-х гг. появился целый ряд других реакций амплификации и способов высокочувствительной детекции специфичных фрагментов ДНК или РНК, среди которых можно отметить лигазную цепную реакцию (ЛЦР) [Wu, Wallace, 1989; Barany 1991], амплификацию смещением цепи [Walker et al., 1992], ее разновидность в виде амплификации катящимся кольцом [Lizardi et al., 1998; Zhang et al., 1998], технологию циклирующей пробы [Duck et al., 1990], самоподцерживающаюся репликацию [Kwoh et al., 1989; Guatelli et al., 1990; Compton, 1991], Qp-репликазную амплификацию [Lomeli et al., 1989], разветвленную гибридизационную пробу [Urdea, 1987; Horn et al, 1997]. К настоящему времени большинство из них переведены в передовой и наиболее удобный для диагностики режим реального времени, однако в ряде случаев такой перевод оказался не очень эффективным и не лишенным серьезных недостатков.

Цель и задачи исследования. Цель исследования заключалась в разработке новых вариантов изотермических и управляемых сменой температур реакций амплификации и высокочувствительной детекции нуклеиновых кислот в режиме реального времени и демонстрации возможности их применения на практике.

В задачи исследования входило:

1) преобразовать гибридизационную цепную реакцию нуклеиновых кислот в режим реального времени (ГЦР-РВ) и исследовать ее особенности;

2) разработать способы детекции ампликонов в ходе ПЦР-РВ на платформе "УФА" (Универсальная Флуоресцентная Амплификация), основанные на флуоресцентном резонансном переносе энергии (FRET-эффекте) и эффекте гашения;

3) разработать новый способ детекции специфичных фрагментов РНК с помощью транскрипционной цепной реакции (самоподдерживающейся репликации) на платформе "УФА" в реальном времени (ТЦР-РВ);

4) разработать новый способ детекции ампликонов на платформе "УФА" в ходе двухпраймерной амплификации катящимся кольцом (рамификации) в реальном времени;

5) разработать новый способ детекции специфичных фрагментов ДНК путем объединения технологии циклирующей пробы с амплификацией по типу катящегося кольца с образованием множественных дезоксирибозимов 10-23;

6) показать возможность использования разработанных методов амплификации и высокочувствительной детекции для фундаментальных и прикладных исследований. Научная новизна и практическая значимость. Разработаны варианты ГЦР-РВ, основанные на временном гашении свечения флуорохрома темновым гасителем и использовании РЫЕТ-эффекта. Продемонстрирована высокая специфичность данной реакции, позволяющая дискриминировать инициаторные молекулы с единичными заменами нуклеотидов, что может быть использовано при анализе однонуклеотидного полиморфизма ДНК высших организмов. Показана возможность использования в ГЦР молекул РНК в качестве инициатора самосборки без их перевода в к ДНК. Разработаны улучшенные способы детекции накопления ампликонов в ПЦР-РВ на платформе "УФА", по большинству параметров превосходящие аналогичные методы. Разработан вариант проведения ТЦР-РВ, основанный на РКЕТ-эффекте на платформе "УФА". Показано, что протекание двухпраймерной рамификации в реальном времени может контролироваться с помощью регистрации РКЕТ-эффекта на платформе "УФА". Произведено объединение технологии амплификации ДНК катящимся кольцом с регистрацией этого процесса с помощью циклирующих проб, расщепляемых под действием образующихся при смещении цепи ДНК множественных дезоксирибозимов.

Практическая значимость работы заключается в расширении спектра методов амплификации и высокочувствительной детекции специфичных последовательностей ДНК или РНК в реальном времени. Показана возможность их использования как для фундаментальных, так и прикладных целей, в том числе для определения уровня экспрессии генов, содержащих интроны, а также безынтронных генов без ДНКазной обработки, для детекции коронавируса, хантавируса, вируса птичьего гриппа субтипа Н5Ы1, бледной трепонемы, хламидий, а также для выявления генетически модифицированных растений.

Апробация работы. Материалы диссертации были представлены на Ш съезде Общества биотехнологов России (Москва, 2005), 2-ой международной конференции "Биотехнология-Биомедицина-Окружающая среда" (Путцино, 2005), 3-ей международной конференции "Международное сотрудничество в биотехнологии: ожидания и реальность" (Пущино, 2006), XIII международной конференции студентов, аспирантов и молодых ученых "Ломоносов-2006" (Москва, 2006), международной школе-конференции молодых ученых «Биотехнология будущего» (Санкт-Петербург, 2006), всероссийской научно-практической конференции "Геморрагическая лихорадка с почечным синдромом" (Уфа, 2006), IX съезде Всероссийского научно-практического общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов (Москва, 2007), школе-семинаре молодых ученых УНЦ РАН и Волго-Уральского региона по физико-химической биологии «Биомика - наука XXI века» (Уфа, 2007). Конкурсная поддержка работы. Исследования выполнены в рамках Программы государственной поддержки ведущих научных школ РФ -НШ-2217.2003.4, НШ-1003.2006.4, НШ-649.2008.4 и Государственных контрактов ФЦНТП №№02.445.11.7018, 02.445.11.7381, 02.512.11.2051, 02.512.11.2107, 02.512.12.0002; Фонда СР МФП НТС № 5490р/7971. Публикации. По теме диссертации опубликовано 17 печатных работ. Структура и объем работы. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов и их обсуждения, заключения, выводов и списка цитированной литературы, включающего 207 работ. Диссертация изложена на 160 страницах, содержит 46 рисунков и 3 таблицы.

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Чемерис, Дмитрий Алексеевич

выводы

1. Показано, что в гибридизационной цепной реакции, переведенной нами в режим реального времени (ГЦР-РВ), под действием инициаторных молекул происходит линейный рост наноструктур из особым образом сконструированных двух типов олигонуклеотидных шпилек, способный дискриминировать единичные замены нуклеотидов в последовательности-мишени.

2. Предложены два варианта ГЦР-РВ:

- вариант 1 основан на детекции увеличивающейся флуоресценции красителя за счет исчезновения эффекта гашения, происходящего при поэтапном удлинении цепей ДНК и разнесении в пространстве пар молекул флуорохром/гаситель, которые находятся в самособирающихся олигонуклеотидных шпильках одного типа;

- вариант 2 рассчитан на детекцию роста цепей ДНК по увеличению свечения красителя-акцептора после переноса на него флуоресцентной резонансной энергии от красителя-донора, входящих по отдельности в составы аналогичных олигонуклеотидных шпилек разных типов.

3. Разработаны два скоростных и высокочувствительных способа детекции ампликонов в полимеразной цепной реакции в реальном времени на платформе "УФА" (Универсальная Флуоресцентная Амплификация), один из которых основан на переносе флуоресцентной резонансной энергии между донорным и акцепторным красителями, входящими в составы прямого и обратного праймеров, отжигающихся в непосредственной близости друг от друга (встык или с условным перекрытием в один нуклеотид); второй способ рассчитан на эффект гашения флуорохрома соответствующим гасителем, входящих в составы праймеров, отжигающихся аналогичным образом.

4. Предложен способ обнаружения специфичных фрагментов РНК путем детекции в реальном времени появления постоянных ДНК-ампликонов в процессе протекания транскрипционной цепной реакции, основанный на переносе флуоресцентной резонансной энергии на платформе "УФА" между донорным и акцепторным красителями, входящими в составы первого и второго праймеров.

5. Предложен способ детекции в реальном времени протекания реакции рамификации (двухпраймерной амплификации катящимся кольцом), основанный на переносе флуоресцентной резонансной энергии на платформе "УФА" между донорным и акцепторным красителями, входящими в составы первого и второго праймеров.

6. Произведено объединение технологии амплификации ДНК по механизму катящегося кольца с регистрацией этого процесса в реальном времени с помощью циклирующих химерных ДНК/РНК/ДНК-проб, расщепляемых под действием образующихся при смещении цепи ДНК множественных дезоксирибозимов.

7. Показана принципиальная возможность применения разработанных подходов амплификации и высокочувствительной детекции нуклеиновых кислот для диагностики возбудителей различных инфекций и обнаружения генетически-модифицированных растений, а также для анализа активности транскрипции безынтронных и содержащих интроны генов.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В настоящее время практически ни одна работа в молекулярной биологии, где объектами исследований являются нуклеиновые кислоты, не обходится без этапа их амплификации или высокочувствительной детекции. Что касается диагностических анализов, то и они сейчас преимущественно рассчитаны на амплификацию, главным образом, с помощью ПЦР специфичных фрагментов ДНК или РНК, которые могут принадлежать организмам всех уровней сложности, начиная от вирусов и заканчивая человеком. Причины столь широкого применения таких методов заключаются, с одной стороны, в скорости и относительной простоте амплификации фрагментов нуклеиновых кислот, а с другой - в их повышенной чувствительности и специфичности, благодаря чему экспериментаторы в короткие сроки могут получать достоверные результаты. Новый импульс ДНК/РНК амплификации придал перевод ПЦР в режим реального времени, который открыл новые перспективы в фундаментальных исследованиях и предоставил новые возможности для диагностики. При этом вариантов детекции накопления ампликонов в ПЦР в режиме реального времени разработано в мире уже свыше трех десятков, но лишь на основе только шести из них выпускаются коммерческие наборы. Повышенный интерес к амплификации и высокочувствительной детекции нуклеиновых кислот и разработке все новых их способов объясняется еще и тем, что это в настоящее время многомиллиардный и быстро растущий бизнес.

В данной работе для ГЦР нами предложены два варианта ее протекания в реальном времени. В одном из них ведется регистрации флуоресценции, возникающей вследствие исчезновения эффекта гашения при разнесении в пространстве пары молекул - флуорохром/гаситель, входящих в состав одного из шпилечных олигонуклеотидов. Во втором - за счет БИЕТ-эффекта между донорным и акцепторным красителями, входящими по отдельности в состав пары подобных шпилек, подвергающихся самосборке. Важным моментом является высокая специфичность этой реакции, способная дискриминировать в исследуемых образцах однонуклеотидные замены. Поскольку ГЦР протекает без участия каких-либо ферментов и в ней происходит рост наноструктур, то ее вполне можно считать нанобиотехнологией.

Предложены два скоростных варианта детекции целевых продуктов с помощью ПЦР-РВ на платформе "УФА", особенностью которой является максимально сближенное расположение прямого и обратного праймеров, дающее целый ряд преимуществ. В одном варианте прямой и обратный праймеры содержат в своем составе красители - донор и акцептор, что обеспечивает возникновение между ними БКЕТ-сигнала. Во втором варианте прямой и обратный праймеры несут краситель и его гаситель, что ведет к возникновению эффекта гашения при их объединении в едином двуцепочечном ампликоне. Другим преимуществом является то, что благодаря малому размеру ампликонов становится возможна амплификация мелких обломков молекул ДНК или РНК, отсутствует необходимость проведения отдельной стадии элонгации, что приводит к заметному сокращению времени реакции, а снижение температуры денатурации обеспечивает в целом более надежную амплификацию, поскольку уменьшается время пребывания ДНК полимеразы при высоких (не оптимальных) температурах. Весьма важным является то, что ПЦР-РВ на платформе "УФА" представляет собой реакцию с неким самоконтролем специфичности амплификации, поскольку позволяет на стадии плавления идентифицировать образование возможных праймерных гетеродимеров, которые могли бы привести к ложно-позитивным результатам.

Перевод ПЦР в режим реального времени не мог не повлиять на уже существующие и только разрабатываемые реакции амплификации и высокочувствительной детекции нуклеиновых кислот. Так, для исследуемых, в том числе, в данной работе однопраймерной и двупраймерной амплификаций катящимся кольцом ранее уже было предложено несколько вариантов детекции результатов в реальном времени. Предлагаемые нами способы детекции принципиально иные. В одном из них рост флуоресцентного сигнала обеспечивается путем образования множественных дезоксирибозимов и разрушения ими химерных ДНК/РНК/ДНК-проб, содержащих краситель с гасителем. В другом - изменение флуоресценции реакционной смеси вызывается переносом флуоресцентной резонансной энергии от красителя-донора на краситель-акцептор, входящих в состав двух праймеров, которые отжигались на "С-пробе" встык согласно разработанному нами принципу "УФА", подтверждая тем самым его действительную универсальность. Еще одно подтверждение универсальности принципа «УФА» исходит из осуществленного перевода ТЦР в режим реального времени, где сближенное расположение праймеров также обеспечивает РКЕТ-эффект.

Показано применение разработанных нами методов для детекции в реальном времени возбудителей вирусных и бактериальных инфекций, оценки уровня экспрессии отдельных генов у растительных и животных организмов, а также для анализа однонуклеотидного полиморфизма ДНК.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Чемерис, Дмитрий Алексеевич, 2008 год

1. Белохвостов А.С. Полимеразная цепная реакция и лигазные реакции, принципы, традиционные методики и нововведения // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 1995. -№1, - С.21-26.

2. Гарафутдинов P.P. Новые методы детекции однонуклеотидных замен и общие принципы ДНК-идентификации личности на основе генетического штрих-кодирования: Автореф. дисс. канд. биол. наук / P.P. Гарафутдинов; Инст-т биохим. генет. УНЦ РАН Уфа, 2006. - 23 с.

3. Лысов Ю.П., Флорентьев В.Л., Хорлин А.А. и др. Определение нуклеотидной последовательности ДНК гибридизацией с олигонуклеотидами. Новый метод // ДАН СССР. 1988. - Т.ЗОЗ. - С.1508-1511.

4. Abravaya К., Carrino J.J., Muldoon S. Lee H.H. Detection of point mutations with a modified ligase chain reaction (Gap-LCR) // Nucleic Acids Res. 1995. -V. 23.-P. 675-682.

5. Adler M., Schulz S., Fischer R., Niemeyer C.M. Detection of Rotavirus from stool samples using a standardized immuno-PCR ("Imperacer") method with end-point and real-time detection // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2005. -V. 333.-P. 1289-1294.

6. Adler M., Wacker R., Niemeyer M. A real-time immuno-PCR assay for routine ultrasensitive quantification of proteins // Biochem. Biophys. Res. Commun. -2003. V. 308. - P. 240-250.

7. Ahmad A.I., Ghasemi J.B. New unsymmetrical cyanine dyes for real-time thermal cycling // Anal.Bioanal.Chem. 2007. -V.389. - P. 983-988.

8. Alves A.M., Carr F.J. Dot blot detection of point mutations with adjacently hybridising synthetic oligonucleotide probes // Nucleic Acids Res. 1988. -V.16.-P. 8723.

9. Amicarelli G., Shehi E., Makrigiorgos G.M., Adlerstein D. FLAG assay as a novel method for real-time signal generation during PCR: application to detection and genotyping of KRAS codon 12 mutations // Nucleic Acids Res. -2007. — V. 35. -el31.

10. An L., Tang W., Ranalli T.A., Kim H.J., Wytiaz J., Kong H. Characterization of a thermostable UvrD helicase and its participation in helicase-dependent amplification // J. Biol. Chem. 2005. - V. 280. - P. 28952-28958.

11. Auer T., Sninsky J.J., Gelfand D.H., Myers T.W. Selective amplification of RNA utilizing the nucleotide analog dITP and Thermus thermophilus DNA polymerase // Nucleic Acids Res. 1996. - V. 24. - P. 5021-5025.

12. Backman K. Ligase Chain Reaction: Diagnostic technology for the 1990s and beyond // Clin. Chem. 1992. - V. 38. - P. 457-458.

13. Bains W., Smith G.C. A novel method for nucleic sequence determination // J. Theor. Biol. 1988. -V. 135. - P. 303-307.

14. Barany F. Genetic disease detection and DNA amplification using cloned thermostable ligase // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991. - V. 88. - P. 189-193.

15. Barany F. The ligase chain reaction in a PCR world // PCR Methods Applic.1991a.-V. l.-P. 5-16.

16. Barletta J. Applications of real-time immuno-polymerase chain reaction (rt

17. CR) for the rapid diagnoses of viral antigens and pathologic proteins // Mol.

18. Aspects Med. 2006. - V. 27. - P. 224-253.

19. Barletta J.M., Edelman D.C., Highsmith W.E., Constantine N.T. Detection of ultra-low levels of pathologic prion protein in scrapie infected hamster brain140homogenates using real-time immuno-PCR // J. Virol. Methods. 2005. - V. 127.-P. 154-164.

20. Barringer K.J., Orgel L., Wahl G., Gingeras T.R. Blunt-end and single-strand ligations by Escherichia coli ligase: influence on an in vitro amplification scheme//Gene.-1990.-V. 89.-P. 117-122.

21. Bekkaoui F., Poisson I., Crosby W., Cloney L., Duck P. Cycling probe technology with RNase H attached to an oligonucleotide // Biotechniques. -1996. -V.20.- P. 240-248.

22. Birkenmeyer L.G., Mushahwar I.K. DNA probe amplification methods // J. Virol. Methods. 1991. -V. 35. - P. 117-126.

23. Birnboim H.C., Doly J. A rapid alkaline extraction procedure for screening recombinant plasmid DNA // Nucl. Acids Res. 1979. - V.7. - P. 1513-1523.

24. Birkenmeyer L., Armstrong A.S. Preliminary evaluation of the ligase chain reaction for specific detection of Neisseria gonorrhoeae // J. Clin. Microbiol. -1992. V. 30. - P. 3089-3094.

25. Bois J.S., Venkataraman S., Choi H.M., Spakowitz A.J., Wang Z.G., Pierce N.A. Topological constraints in nucleic acid hybridization kinetics // Nucleic Acids Res. 2005. - V. 33. - P. 4090-4095.

26. Bolton E., McCarthy B. A general method for the isolation of RNA complementary to DNA // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1962. - V.48. -P.1390-1397.

27. Britten R.J., Kohne D.E. Repeated sequences in DNA. Hundreds of thousands of copies of DNA sequences have been incorporated into the genomes of higher organisms // Science. 1968. - V. 161. - P. - 529-540.

28. Bronstein I., Voyta J.C., Edwards B. A comparison of chemiluminescent and colorimetric substrates in a hepatitis B virus DNA hybridization assay // Anal. Biochem. 1989. -V. 180. - P. 95-98.

29. Cairns M.J., Turner R., Sun L.Q. Homogeneous real-time detection and quantification of nucleic acid amplification using restriction enzyme digestion // Biochem. Biophys. Res. Comm. 2004. - V. 318. - P. 684-690.

30. Cardullo R.A, Agrawal S., Flores C., Zamecnik P.C., Wolf D.E. Detection of nucleic acid hybridization by nonradiative fluorescence resonance energy transfer // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1988. - V. 85. - P. 8790-8794.

31. Chen R., Huang W., Lin Z., Zhou Z., Yu H., Zhu D. Development of a novel real-time RT-PCR assay with LUX primer for the detection of swine transmissible gastroenteritis virus // J. Virol. Methods. 2004. - V. 122. - P. 5761.

32. Chen X., Livak K.J., Kwok P.Y. A homogeneous, ligase-mediated DNA diagnostic test // Genome Res. 1998. - V. 8. - P. 549-556.

33. Clegg R.M., Murchi A.I.H., Zechel A., Lilley D.M.J. Observing the helical geometry of double-stranded DNA in solution by fluorescence resonance energy transfer // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1993. - V. 90. - P. 2994-2998.

34. Chomczynski P., Sacchi N. Single-step method of RNA isolation by acid guanidium-thiocyanate-phenol-chloroform extraction // Anal. Biochem. — 1987. -V. 162.-P. 156-159.

35. Compton J. Nucleic acid sequence-based amplification // Nature. 1991. -V.350. - P.91-92.

36. Costa J.M., Ernault P., Olivi M., Gaillon T., Arar K. Chimeric LNA/DNA probes as a detection system for real-time PCR // Clin. Biochem. 2004. - V.37. - P.930-932.

37. Costa A.M., Lamb D., Garland S.M., Tabrizi S.N. Evaluation of LightCycler as a platform for nucleic acid sequence-based amplification (NASBA) in real-time detection of enteroviruses // Curr.Microbiol. 2008. - V. 56. - P. 80-83.

38. Crockett A.O., Wittwer C.T. Fluorescein-labeled oligonucleotides for real-time per: using the inherent quenching of deoxyguanosine nucleotides // Anal. Biochem. 2001. - V. 290. - P. 89-97.

39. Dahl F., Baner J., Gullberg M., Mendel-Hartvig M., Landegren U., Nilsson M. Circle-to-circle amplification for precise and sensitive DNA analysis // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004. -V. 101. -P. 4548-4553.

40. Demchinskaya A.V., Shilov I.A., Karyagina A.S., Plobner L. A new approach for point mutation detection based on a ligase chain reaction // J. Biochem. Biophys. Methods. -2001. -V. 50. №1.-P. 79-89.

41. Denhardt D.T. A membrane-filter technique for the detection of complementary DNA // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1966. - V. 23. - P. 641-646.

42. Dickinson Laing T., Mah D.C., Poirier R.T., Bekkaoui F., Lee W.E., Bader D.E. Genomic DNA detection using cycling probe technology and capillary gel electrophoresis with laser-induced fluorescence // Mol. Cell. Probes. 2004. -V.18. - P. 341-348.

43. Didenko V.V. DNA probes using fluorescence resonance energy transfer (FRET): designs and applications // Biotechniques. 2001. - V. 31 - P. 11061111.

44. Dirks R.M., Pierce N.A. Triggered amplification by hybridization chain reaction // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004. - V. 101. - P. 15275-15278.

45. Drmanac R., Labat I., Brukner I., Crkvenjakov R. Sequencing of megabase plus DNA by hybridization: theory of the method // Genomics. 1989. - V. 4. - P. 114-128.

46. Duck P., Alvarado-Urbina G., Burdick B., Collier B. Probe amplifier system based on chimeric cycling oligonucleotides // BioTechniques. 1990. - V. 9. - P. 142-148.

47. Eggerding F.A. A one-step coupled amplification and oligonucleotide ligation procedure for multiplex genetic typing // PCR Methods Appl. 1995. - V. 4. -P. 337-345.

48. Fong W.K., Modrusan Z., McNevin J.P., Marostenmaki J., Zin B., Bekkaoui F. Rapid solid-phase immunoassay for detection of methicillin-resistant Staphylococcus aureus using cycling probe technology // J. Clin. Microbiol.2000. V.38. - P. 2525-2529.

49. Forster T. Energiewanderung und fluoreszenz // Naturwissenschaften. 1946. -V. 33.-P. 166-175.

50. Forster T. Zwischenmoleculare energiewandenderung und fluoreszenz // Ann. Phys. (Leipzig). 1948. - V. 2. - P. 55-75. (ijht. no Didenko, 2001).

51. French D.J., Archard C.L., Brown T., McDowell D.G. HyBeacon probes: a new tool for DNA sequence detection and allele discrimination // Mol. Cell. Probes.2001.-V. 15.-P. 363-374.

52. Gbaj A., Walsh L., Rogert M.C., Sardarian A., Bichenkova E.V., Etchells L.L., Whitcombe D., Douglas K.T. Target-assembled exciplexes based on Scorpion oligonucleotides // Biosci.Rep. 2008. - V. 28. - P. 1-5.

53. Getz M.J., Altenburg L.C., Saunders G.F. The use of RNA labeled in vitro with iodine-125 in molecular hybridization experiments // Biochim. Biophys. Acta. -1972.-V. 287.-P. 485-494.

54. Gillespie D., Spiegelman S. A quantitative assay for DNA-RNA hybrids with DNA immobilized on a membrane // J. Mol. Biol. 1965. - V. 12. - P. 829-842.

55. Gingeras T.R., Higuchi R., Kricka L.J., Lo Y.M., Wittwer C.T. Fifty years of molecular (DNA/RNA) diagnostics // Clin. Chem. 2005. - V.51. - P.661-671.144

56. Graham D.E. The isolation of high molecular weight DNA from whole organisms or large tissue masses // Anal. Biochem. 1978. - V.85. - P.609-613.

57. Hagiwara M., Sasaki H., Matsuo K., Honda M., Kawase M., Nakagawa H. Loop-mediated isothermal amplification method for detection of human papillomavirus type 6, 11, 16, and 18 // J.Med.Virol. 2007. - V.79. - P.605-615.

58. Hall B.D., Spiegelman S. Sequence complementarity of T2-DNA and T2-specific RNA // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1961. - V. 47. - P. 137-146.

59. Harvey J.J., Lee S.P., Chan E.K., Kim J.H., Hwang E.S., Cha C.Y., Knutson J.R., Han M.K. Characterization and applications of CataCleave probe in realtime detection assays // Anal. Biochem. 2004. - V. 333. - P. 246-255.

60. Hayashi M.N., Hayashi M., Spiegelman S. Chromatographic separation of annealed and enzymatically synthesized RNA-DNA hybrids // Biophys J. -1965.-V. 5.-P. 231-246.

61. Higuchi R., Dollinger G., Walsh P.S., Griffith R. Simultaneous amplification and detection of specific DNA sequences // Biotechnology. 1992. - V. 10. -P.413-417.

62. Higuchi R., Fockler C., Dollinger G., Watson R. Kinetic PCR analysis: realtime monitoring of DNA amplification reactions // Biotechnology. 1993. — V. 11. — P.1026-1030.

63. Holland P.M., Abramson R.D., Watson R., Gelfand D.H. Detection of specific polymerase chain reaction product by utilizing the 5'—»31 exonuclease activity of Thermus aquaticus DNA polymerase // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991. - V. 88.-P. 7276-7280.

64. Horn T., Chang C.A., Urdea M.S. Chemical synthesis and characterization of branched oligodeoxyribonucleotides (bDNA) for use as signal amplifiers in nucleic acid quantification assays // Nucleic Acids Res. 1997. - V. 25. - P. 4842-4849.

65. Horn T., Chang C.A., Urdea M.S. An improved divergent synthesis of comb-type branched oligodeoxyribonucleotides (bDNA) containing multiple secondary sequences // Nucleic Acids Res. 1997. - V. 25. - P. 4835-4841.

66. Housby J.N., Southern E.M. Thermus scotoductus and Rhodothermus marinus DNA ligases have higher ligation efficiencies than thermus thermophilus DNA ligase // Anal. Biochem. 2002. - V. 302. - P. 88-94.

67. Isacsson J., Cao H., Ohlsson L., Nordgren S., Svanvik N., Westman G., Kubista M., Sjoback R., Sehlstedt U. Rapid and specific detection of PCR products using light-up probes // Mol Cell Probes. 2000. - V. 14. - P. 321-328.

68. Johnson S.C., Sherrill C.B., Marshall D.J., Moser M.J., Prudent J.R. A third base pair for the polymerase chain reaction: inserting isoC and isoG // Nucleic Acids Res. 2004. - V. 32. - P. 1937-1941.

69. Jurinke C., van den B.D., Jacob A., Tang K., Worl R., Koster H. Analysis of ligase chain reaction products via matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight-mass spectrometry // Anal. Biochem. 1996. - V. 237. - P. 174181.

70. Kalin I., Shephard S., Candrian U. Evaluation of the ligase chain reaction (LCR) for the detection of point mutations // Mutat Res. 1992. - V.283. -P.l 19-123.

71. Kandimalla E.R., Agrawal S. "Cylicons" as hybridization-based fluorescent primer-probes: Synthesis, properties and application in real-time PCR // Bioorg. Med. Chem. 2000. - V. 8. - P. 1911-1916.

72. Keightley M.C., Sillekens P., Schippers W., Rinaldo C., George K.S. Real-time NASBA detection of SARS-associated coronavirus and comparison with realtime reverse transcription-PCR // J.Med.Virol. 2005. - V. 77. - P. 602-608.

73. Kohler O., Jarikote D.V., Seitz O. Forced intercalation probes (FIT Probes): thiazole orange as a fluorescent base in peptide nucleic acids for homogeneous single-nucleotide-polymorphism detection // Chembiochem. 2005. — V. 6. - P. 69-77.

74. K00 K., Jaykus L.A. Detection of single nucleotide polymorphisms within the Listeria genus using an 'asymmetric' fluorogenic probe set and fluorescence resonance energy transfer based-PCR // Lett. Appl. Microbiol. 2002. - V. 35. -P. 513-517.

75. Landegren U., Kaiser R., Sanders J., Hood L. A ligase-mediated gene detection technique // Science. 1988. -V. 241. - P. 1077-1080.

76. Landegren U. Molecular mechanics of nucleic acid sequence amplification // Trends Genet. 1993. - V. 9. - P. 199-204.

77. Leary J J., Brigati D.J., Ward D.C. Rapid and sensitive colorimetric method for visualizing biotin-labeled DNA probes hybridized to DNA or RNA immobilized on nitrocellulose: Bio-blots // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1983. - V.80. -P.4045-4049.

78. Lee L.G., Connell C.R., Bloch W. Allelic discrimination by nick-translation PCR with fluorogenic probes // Nucl. Acids Res. 1993. - V. 21. - P. 37613766.

79. Lee M.A., Siddle A.L., Page R.H. ResonSense®: simple linear fluorescent probes for quantitative homogenous rapid polymerase chain reaction // Anal. Chim. Acta. 2002. V.457. P.61-70.

80. Li J., Chu X,. Liu Y., Jiang J.H., He Z., Zhang Z., Shen G., Yu R.Q. A colorimetric method for point mutation detection using high-fidelity DNA ligase // Nucleic Acids Res. 2005. - V. 33. - el68.

81. Li J., Wang F., Mamon H., Kulke M.H., Harris L., Maher E., Wang L., Makrigiorgos G.M. Antiprimer quenching-based real-time PCR and its application to the analysis of clinical cancer samples // Clin.Chem. 2006. - V. 52. - P. 624-633.

82. Li J., Makrigiorgos G.M. Anti-primer quenching-based real-time PCR for simplex or multiplex DNA quantification and single-nucleotide polymorphism genotyping // Nat.Protoc. 2007. - V. 2. - P. 50-58.

83. Li J J., Chu Y., Lee B.Y., Xie X.S. Enzymatic signal amplification of molecular beacons for sensitive DNA detection // Nucleic Acids Res. 2008. - V.36. -e36.

84. Liew M., Pryor R., Palais R., Meadows C., Erali M., Lyon E., Wittwer C. Genotyping of single-nucleotide polymorphisms by high-resolution melting of small amplicons // Clin. Chem. 2004. V.50. - P. 1156-1164.

85. Luk, K. C.; Devare, S. G.; Hackett, J. R., Jr. Partially double-stranded linear DNA probes: novel design for sensitive detection of genetically polymorphic targets // J.Virol.Methods 2007. - V. 144. - P. 1-11.

86. Lizardi P.M., Huang X., Zhu Z., Bray-Ward P., Thomas D.C., Ward D.C. Mutation detection and single-molecule counting using isothermal rolling-circle amplification //Nat. Genet. 1998. - V.19. - P. 225-232.

87. Lomeli H., Tyagi S., Pritchard C.G., Lizardi P.M., Kramer F.R. Quantitative assays based on the use of replicatable hybridization probes // Clin., Chem. — 1989.-V. 35.-P. 1826-1831.

88. Luo J., Bergstrom D.E., Barany F. Improving the fidelity of Thermus thermophilus DNA ligase // Nucleic Acids Res. 1996. - V. 24. - P. 3071-3078.

89. Lyamichev V.I., Kaiser M.W., Lyamicheva N.E., Vologodskii A.V., Hall J.G., Ma W.P., Allawi H.T., Neri B.P. Experimental and theoretical analysis of the invasive signal amplification reaction // Biochemistry. 2000. — V. 39. — P. 9523-9532.

90. Marras S.A., Kramer F.R., Tyagi S. Efficiencies of fluorescence resonance energy transfer and contact-mediated quenching in oligonucleotide probes // Nucl. Acids Res. 2002. - V.30. - el22.

91. Mori Y., Nagamine K., Tomita N., Notomi T. Detection of loop-mediated isothermal amplification reaction by turbidity derived from magnesium pyrophosphate formation // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2001. - V. 289. -P. 150-154.

92. Mori Y., Kitao M., Tomita N., Notomi T. Real-time turbidimetry of LAMP reaction for quantifying template DNA // J. Bioch. Bioph. Meth. 2004. - V.59. -P.145-157.

93. Mori Y., Hirano T., Notomi T. Sequence specific visual detection of LAMP reactions by addition of cationic polymers // BMC Biotechnol. 2006. - V.6. -P.3.

94. Nadeau J.G., Pitner J.B., Linn C.P., Schram J.L., Dean C.H., Nycz C.M. Realtime, sequence-specific detection of nucleic acids during strand displacement amplification // Anal. Biochem. 1999. - V. 276. - P. 177-187.

95. Nagamine K., Hase T., Notomi T. Accelerated reaction by loop-mediated isothermal amplification using loop primers // Mol. Cell Probes. — 2002. V.16. -P. 223-229.

96. Nazarenko I.A., Bhatnagar S.K., Hohman R.J. A closed tube format for amplification and detection of DNA based on energy transfer // Nucleic Acids Res. 1997. -V. 25. - P. 2516-2521.

97. Nazarenko I., Lowe B., Darfler M., Ikonomi P., Schuster D., Rashtchian A. Multiplex quantitative PCR using self-quenched primers labeled with a single fluorophore // Nucleic Acids Res. 2002. - V. 30. - e37.

98. Nelson N.C., Kacian D.L. Chemiluminescent DNA probes: a comparison of the acridinium ester and dioxetane detection systems and their use in clinical diagnostic assays // Clin. Chim. Acta. 1990. - V. 194. - P. 73-90.

99. Nickerson D.A., Kaiser R., Lappin S., Stewart J., Hood L., Landegren U. Automated DNA diagnostics using an ELISA-based oligonucleotide ligation assay // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1990. - V. 87. - P. 8923-8927.

100. Niemeyer C.M., Adler M., Wacker R. Immuno-PCR: high sensitivity detection of proteins by nucleic acid amplification // Trends Biotechnol. 2005. - V.23. -P.208-216.

101. Niemeyer C.M., Adler M., Wacker R. Detecting antigens by quantitative immuno-PCR // Nat.Protoc. 2007. - V. 2. - P. 1918-1930.

102. Nilsson M., Malmgren H., Samiotaki M., Kwiatkowski M., Chowdhary B.P., Landegren U. Padlock probes: circularizing oligonucleotides for localized DNA detection // Science. 1994. - V. 265. - P. 2085-2088.

103. Nilsson M., Barbany G., Antson D.O., Gertow K., Landegren U. Enhanced detection and distinction of RNA by enzymatic probe ligation // Nat. Biotechnol. 2000. - V.18. - P.791-793.

104. Nilsson M., Antson D.O., Barbany G., Landegren U. RNA-templated DNA ligation for transcript analysis // Nucleic Acids Res. 2001. - V. 29. - P. 578581.

105. Nilsson M.} Dahl F., Larsson C., Gullberg M., Stenberg J. Analyzing genes using closing and replicating circles // Trends Biotechnol. — 2006. — V.24. — P.83-88.

106. Notomi T., Okayama H., Masubuchi H., Yonekawa T., Watanabe K., Amino N., Hase T. Loop-mediated isothermal amplification of DNA // Nucleic Acids Res.-2000.-V. 28.-E63.

107. Nuovo G.J., Hohman RJ., Nardone G.A., Nazarenko I.A. In situ amplification using universal energy transfer-labeled primers // J. Histochem. Cytochem. 1999. V.47. P.273-279.

108. Nurmi J., Ylikoski A., Soukka T., Karp M., Lovgren T. A new label technology for the detection of specific polymerase chain reaction products in a closed tube // Nucleic Acids Res. 2000. - V. 28. - e28.

109. Patterson S.S., Smith M.W., Casper E.T., Huffinan D., Stark L., Fries D., Paul J.H. A nucleic acid sequence-based amplification assay for real-time detection of norovirus genogroup II // J.Appl.Microbiol. 2006. V. 101. - P. 956-963.

110. Pham H.M., Nakajima C., Ohashi K.} Onuma M. Loop-mediated isothermal amplification for rapid detection of Newcastle disease virus // J. Clin. Microbiol. 2005. - V. 43. - P. 1646-1650.

111. Prensky W., Steffensen D.M., Hughes W.L. The use of iodinated RNA for gene localization // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1973. - V. 70. - P. 18601864.

112. Pritchard C.E., Southern E.M., Effects of base mismatches on joining of short oligodeoxynucleotides by DNA ligases // Nucleic Acids Res. 1997. - V. 25. -P. 3403-3407.

113. Renz M., Kurz C. A colorimetric method for DNA hybridization // Nucleic Acids Res. 1984. -V. 12. - P. 3435-3444.

114. Reynisson E., Josefsen M.H., Krause M., Hoorfar J. Evaluation of probe chemistries and platforms to improve the detection limit of real-time PCR // J.Microbiol.Methods 2006. V. 66. - P. 206-216.

115. Rizzo J., Gifford L.K., Zhang X., Gewirtz A.M., Lu P. Chimeric RNA-DNA molecular beacon assay for ribonuclease H activity // Mol. Cell. Probes. 2002. -V. 16.-P. 277-283.

116. Saiki R.K., Gelfand D.H., Stoffel S., Scharf S.J., Higuchi R., Horn G.T., Mullis K.B., Erlich H.A. Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase // Science. 1988. - V. 239. - P. 487-491.

117. Saiki R.K., Scharf S., Faloona F., Mullis K.B., Horn G.T., Erlich H.A., Arnheim N. Enzymatic amplification of b-globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of side cell anemia // Science. — 1985. — V. 230.-P. 1350-1354.

118. Sano T.} Smith C.} Cantor C.R. Immuno-PCR: very sensitive antigen detection by means of specific antibody-DNA conjugates // Science. 1992. V.258. -P.120-122.

119. Santoro S.W., Joyce G.F., A general purpose RNA-cleaving DNA enzyme //

120. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. - V. 94. - P. 4262-4266. 150.Schachter J. DFA, EIA, PCR, LCR and other technologies: what tests should be used for diagnosis of chlamydia infections? // Immunol Invest. - 1997. - V. 26.-P. 157-161.

121. Seeman N.C. DNA engineering and its application to nanotechnology // Trend.

122. Biotechnol. 1999. - V. 17. - P. 437-443. 154.Seeman N.C. From genes to machines: DNA nanomechanical devices //

123. Sherrill C.B., Marshall D.J., Moser M.J., Larsen C.A., Daude-Snow L., Jurczyk S., Shapiro G., Prudent J.R. Nucleic acid analysis using an expanded genetic alphabet to quench fluorescence // J. Am. Chem. Soc. 2004. V.126. P.4550-4556.

124. Sismour A.M., Benner S.A. The use of thymidine analogs to improve the replication of an extra DNA base pair: a synthetic biological system // Nucl. Acids Res. 2005. V.33. P.5640-5646.

125. Smolina I.V., Demidov V.V., Cantor C.R., Broude N.E. Real-time monitoring of branched rolling-circle DNA amplification with peptide nucleic acid beacon // Anal. Biochem. 2004. - V. 335. - P. 326-329.

126. Southern E.M. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis // J. Mol. Biol. 1975. - V. 98. - P. 503-517.

127. Southern E.M., Maskos U., Elder J.K. Analyzing and comparing nucleic acid sequences by hybridization to arrays of oligonucleotides: evaluation using experimental models // Genomics. 1992. - V. 13. - P. 1008-1017.

128. Spargo C.A., Fraiser M.S., Van Cleve M., Wright D.J., Nycz C.M., Spears P.A., Walker G.T. Detection of M. tuberculosis DNA using thermophilic strand displacement amplification // Mol. Cell Probes. 1996. - V. 10. - P. 247-256.

129. Stryer L., Haugland R.P. Energy transfer: a spectroscopic rule // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1967. - V. 58. - P. 719-726.

130. Svanvik N., Stahlberg A., Sehlstedt U., Sjoback R., Kubista M. Detection of PCR products in real time using light-up probes // Anal. Biochem. 2000. - V. 287.-P.- 179-182.

131. Thomas D.C., Nardone G.A., Randall S.K., Amplification of padlock probes for DNA diagnostics by cascade rolling circle amplification or the polymerase chain reaction // Arch. Pathol. Lab. Med. 1999. - V. 123. - P. 1170-1176.156

132. Tian P., Mandrell R. Detection of norovirus capsid proteins in faecal and food samples by a real time immuno-PCR method // J. Appl. Microbiol. 2006. - V. 100.-P. 564-574.

133. Todd A.V., Fuery C.J., Impey H.L., Applegate T.L., Haughton M.A. DzyNA-PCR: use of DNAzymes to detect and quantify nucleic acid sequences in a realtime fluorescent format // Clin. Chem. 2000. - V. 46. - P. 625-630.

134. Tong J., Cao W., Barany F. Biochemical properties of a high fidelity DNA ligase from Thermus species AK16D // Nucleic Acids Res. 1999. - V. 27. — P. 788-794.

135. Tong J., Barany F., Cao W. Ligation reaction specificities of an NAD(+)-dependent DNA ligase from the hyperthermophile Aquifex aeolicus // Nucleic Acids Res. 2000. - V. 28. - P. 1447-1454.

136. Tyagi S., Kramer F.R. Molecular beacons: probes that fluoresce upon hybridization // Nat. Biotechnol. 1996. - V. 14. - P. 303-308.

137. Tyagi S., Marras S.A., Kramer F.R. Wavelength-shifting molecular beacons // Nat. Biotechnol.-2000.-V. 18.-P. 1191-1196.

138. Uemori T., Mukai H., Takeda O., Moriyama M., Sato Y., Hokazono S., Takatsu N., Asada K., Kato I. Investigation of the molecular mechanism of ICAN, a novel gene amplification method // J.Biochem. 2007. — V.142. -P.283-292.

139. Van Ness J., Van Ness L.K., Galas D.J. Isothermal reactions for the amplification of oligonucleotides // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. - V.100. -P.4504-4509.

140. Vaughn C.P., Elenitoba-Johnson K.S. Hybridization-induced dequenching of fluorescein-labeled oligonucleotides: a novel strategy for PCR detection and genotyping // Am. J. Pathol. 2003. - V. 163. - P. 29-35.

141. Venkatesan N., Seo Y.J., Kim B.H. Quencher-free molecular beacons: a new strategy in fluorescence based nucleic acid analysis // Chem.Soc.Rev. 2008. -V.37.-P. 648-663.

142. Vincent M., Xu Y., Kong H. Helicase-dependent isothermal DNA amplification // EMBO Reports. 2004. - V.5. - P. 795-800.

143. Walker G.T., Fraiser M.S., Schram J.L., Little M.C., Nadeau J.G., Malinowski D.P. Strand displacement amplification—an isothermal, in vitro DNA amplification technique // Nucleic Acids Res. 1992. - V. 20. -1691-1696.

144. Walker G.T., Little M.C., Nadeau J.G., Shank D.D. Isothermal in vitro amplification of DNA by a restriction enzyme/DNA polymerase system // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992. - V. 89. - P. 392-396.

145. Warmaar S.O., Cohen J.A. A quantitative assay for DNA-DNA hybrids using membrane filters // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1966. - V.24. - P.554-558.

146. Watson E.J., Templeton A., Russell I., Paavonen J., Mardh P.A., Stary A., Pederson B.S. The accuracy and efficacy of screening tests for Chlamydia trachomatis: a systematic review // J. Med. Microbiol. 2002. — V. 51. - P. 1021-1031.

147. Whitcombe D., Brownie J., Gillard H.L., McKechnie D., Theaker J., Newton C.R., Little S. A homogenous fluorescence assaya for PCR amplicons: its application to real-time, single-tube genotyping // Clin. Chem. 1998. V.44, P.918-923.

148. Wiedmann M., Wilson W.J., Czajka J., Luo J., Barany F., Batt C.A. Ligase chain reaction (LCR) overview and applications // PCR Methods Applic. -1994.-V. 3.-P. S51-S64.

149. Winn-Deen E.S. Multi-mutation screening using PCR and ligation principles and applications // Trends Biotechnol. - 1996. - V. 14. - P. 112-114.

150. Wittwer C.T., Herrmann M.G., Moss A.A., Rasmussen R.P. Continuous fluorescence monitoring of rapid cycle DNA amplification // Biotechniques. -1997.-V. 22.-P. 130-131, 134-138.

151. Wittwer C.T., Ririe K.M., Andrew R.V., David D.A., Gundry R.A., Balis UJ. The LightCycler: a microvolume multisample fluorimeter with rapid temperature control // Biotechniques. 1997a. - V. 22. - P. 176-181.

152. Wittwer C., Reed G., Gundry C.N., Vandersteen J.G., Pryor R.J. Highresolution genotyping by amplicon melting analysis using LCGreen // Clin. Chem. 2003. - V.49. - P.853-860.

153. Wu D.Y., Wallace R.B. The ligation amplification reaction (LAR)-amplification of specific DNA sequences using sequential rounds of template-dependent ligation // Genomics. 1989. - V. 4. - P. 560-569.

154. Wu D.Y., Wallace R.B. Specificity of the nick-closing activity of bacteriophage T4 DNA ligase // Gene. 1989a. V.76. - P.245-254.

155. Yamane A. MagiProbe: a novel fluorescence quenching-based oligonucleotide probe carrying a fluorophore and an intercalator // Nucl. Acids Res. 2002. -V.30. - e97.

156. Yang J.Q., Tata P.V., Park-Turkel H.S., Waksal H.W. The application of AmpliProbe in diagnostics // Biotechniques. 1991. - V. 11. - P. 392-397.

157. Yang L., Fung C.W., Cho E.J., Ellington A.D. Real-time rolling circle amplification for protein detection // Anal.Chem. 2007. - V.79 - P.3320-3329.

158. Yang L., Liang W., Jiang L., Li W., Cao W., Wilson Z.A., Zhang D. A novel universal real-time PCR system using the attached universal duplex probes for quantitative analysis of nucleic acids // BMC.Mol.Biol. 2008. - V. 9. - P. 54.

159. Yi J., Zhang W., Zhang D.Y. Molecular Zipper: a fluorescent probe for realtime isothermal DNA amplification // Nucleic Acids Res. 2006. - V.34. - e81.

160. Zhang D., Wu J., Ye F., Feng T., Lee I., Yin B. Amplification of circularizable probes for the detection of target nucleic acids and proteins // Clin. Chim. Acta. — 2006. V.363. - P.61-70.

161. Zhang D.Y., Brandwein M., Hsuih T.C., Li H. Amplification of target-specific, ligation-dependent circular probe // Gene. 1998. - V.211. - P.277-285.

162. Zhang D.Y., Zhang W., Li X., Konomi Y. Detection of rare DNA targets by isothermal ramification amplification // Gene. 2001. - V.274. P.209-216.

163. Zhang Y., Zhang D., Li W., Chen J., Peng Y., Cao W. A novel real-time quantitative PCR method using attached universal template probe // Nucleic Acids Res. 2003. - V. 31. - el23.

164. Zhou L., Myers A.N., Vandersteen J.G., Wang L., Wittwer C.T. Closed-tube genotyping with unlabeled oligonucleotide probes and a saturating DNA dye // Clin. Chem. 2004. - V. 50. - P. 1328-1335.