Конъюгаты нуклеозидов и флуоресцентных красителей, содержащие сопряженную систему кратных связей тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.10, кандидат химических наук Малахова, Екатерина Владимировна

• Малахова, Екатерина Владимировна
• кандидат химических наук
• 1998

Оглавление диссертации кандидат химических наук Малахова, Екатерина Владимировна

СОДЕРЖАНИЕ

Список сокращений

Введение

ГЛАВА I. АЛКИНИЛИРОВАННЫЕ НУКЛЕОЗИДЫ И ИХ АНАЛОГИ: СИНТЕЗ, СТРОЕНИЕ И СПЕКТРАЛЬНЫЕ СВОЙСТВА

(обзор литературы)

1.1 Методы синтеза алкинилированных нуклеозидов

1.1.1 Первые примеры синтезов. Генерация алкинов по методу Кори-Фукса. Синтез алкинилированных нуклеозидов

гликозилированием алкинилированных оснований

1.1.2 Алкинилирование нуклеозидов и нуклеиновых оснований с

помощью реакции Хека-Соногаширы

1.2 Строение алкинилированных нуклеозидов

1.3 Спектральные свойства алкинилированных нуклеозидов

ГЛАВА II. ФЛУОРЕСЦЕНТНЫЕ 5-АРИЛЭТИНИЛЬНЫЕ

ПРОИЗВОДНЫЕ 2'-ДЕЗОКСИУРИДИНА: СИНТЕЗ, СПЕКТРАЛЬНЫЕ СВОЙСТВА И ВВЕДЕНИЕ В СОСТАВ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ (результаты и обсуждение)

И.1 Синтез 5-арилэтинильных производных 2'-дезоксиурцдина

II. 1.1 5-( 1 -пиренилэтинил)-2'-дезоксиуридин

II. 1.2 5-(4-пиренилэтинил)-2'-дезоксиуридин

II. 1.3 5-(3-периленилэтинил)-2'-дезоксиуридин

II. 1.4 5-[4-(2-бензоксазолил)фенил]этинил-2'-дезоксиуридин

П.2 Спектральные свойства флуоресцентных аналогов нуклеозидов

II. 3 Синтез модифицирующих реагентов (фосфамидитов и

твердофазных носителей) на основе 5-(1-пиренилэтинил)- и 5-[4-(2-бензоксазолил)фенил] этинил-2'-дезоксиуридина

И.4 Синтез и свойства олигонуклеотидов, содержащих 5-(1-

пиренилэтинил)- и 5-[4-(2-бензоксазолил)фенил] этинил-2'-дезоксиуридин

ГЛАВА III. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ

III. 1 Материалы и оборудование

111.1.1. Растворители

111.1.2. Реактивы

111.1.3. Оборудование 102 III. 2 Методы

Выводы

Благодарности

Литература

120

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

Ас - ацетил

Alk - алкил

Аг - арил

Вое - 7рет-бутилоксикарбонил

Виг - бутил

Bz - бензоил

(Cl)Bz - 4-хлорбензоил

DCC - 1,3-дициклогексилкарбодиимид

DCE - 1,2-дихлорэтан

DDEM - донор-донорная миграция энергии

DDQ - 2,3-дихлор-5,6-дициан-л"-бензохинон

ddUTP - 2',3'-дидезоксиуридин-5'-трифосфат

DMAP - 4-(N, ЛАдиметиламино)пиридин

DMF - диметилформамид

DMSO - диметилсульфоксид

DMT - 4,4'-диметокситритил (4,4'-диметокситрифенилметил)

dUTP - 2'-дезоксиуридин-5'-трифосфат

EDTA - этилендиаминтетрауксусная кислота, динатриевая соль

Et - этил

Fc - ферроценил

Fmoc - 9-флуоренилметоксикарбонил

FRET - резонансный перенос энергии флуоресценции

HMDS - гексаметилдисилазан

HSY - вирус простого герпеса

LCAA-CPG- аминоалкилированное стекло с определенным размером пор

LDA - диизопропиламид лития

Me - метил

MOM - метоксиметил

Ph - фенил

Piv - пивалоил (2,2-диметилпропионил)

Рг7 - изопропил

Рх - пиксил (ксантен-9-ил)

Ру - пиридин

Руг - пиренил

ТВОМБ - трег-бутилдиметилсилил

тг - трифлил (трифторметилсульфонил)

ТИБ - тетрагидрофуран

ТНР - 2-тетрагидропиранил

То1 - толуил (4-метилбензоил)

Тг - тритил (трифенилметил)

ъ - бензилоксикарбонил

ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота

КССВ - константа спин-сгшнового взаимодействия

НК - нуклеиновые кислоты

ПААГ - полиакриламидный гель

ПАУ - полициклические ароматические углеводороды

ПЦР - полимеразная цепная реакция

РНК - рибонуклеиновая кислота

ТСХ - тонкослойная хроматография

УФ - ультрафиолетовый

ЯМР - ядерный магнитный резонанс

-6-

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Конъюгаты нуклеозидов и флуоресцентных красителей, содержащие сопряженную систему кратных связей»

ВВЕДЕНИЕ

Методы ковалентного присоединения люминесцентных красителей к нуклеозидам, нуклеотидам, олиго- и полинуклеотидам хорошо разработаны [1-5], поскольку сфера применения таких конъюгатов обширна. Так, флуоресцентные производные нуклеозид-5'-трифосфатов используются для автоматизированного секвенирования ДНК [6], а флуоресцентные конъюгаты олигонуклеотидов - как ДНК-зонды [7,8].

Предел детекции обычных радиоизотопных меток на два порядка ниже, чем для флуоресцентных красителей, однако у флуоресцентных меток есть такие преимущества, как отсутствие ионизирующего излучения, практически неограниченный срок хранения конъюгатов, возможность автоматизации детекции, возможность одновременного определения нескольких соединений, меченных разными флуорофорами.

В качестве люминесцентных меток для нуклеиновых кислот преимущественно используются производные гидрофильных ксантеновых красителей (флуоресцеин, родамины и т. п.), флуоресценция которых в водных растворах мало зависит от физико-химических свойств микросреды. Поэтому в большинстве случаев красители в составе конъюгатов применяются лишь для детекции их нуклеотидной части. В то же время, флуорофоры могут служить также источником информации о структурных изменениях в ходе различных процессов с участием нуклеиновых кислот (гибридизации с образованием дуплексов или триплексов, взаимодействия с белками, пептидами и смешанными биополимерами). Анализ процессов взаимодействия НК по изменению эмиссионных спектров до недавнего времени привлекал ограниченное внимание исследователей из-за его трудоемкости, особенно в отношении синтеза. Однако в последние годы появилось значительное число работ, иллюстрирующих перспективность флуоресцентных красителей в этой области.

Среди флуорофоров, использовавшихся для детекции взаимодействий НК, бесспорным лидером является пирен - тетрациклический ароматический углеводород, обладающий большим временем жизни возбужденного состояния (до нескольких сотен микросекунд). Одиночная пиреновая метка применялась для мониторинга гибридизации НК [9-27] и взаимодействия меченого зонда с ферментом [28]. Способность пирена к эксимерной флуоресценции, проявляющаяся при сближенном стопочном расположении плоских полиароматических остатков, используется для детекции гибридизации [21,26,2932], например, для эффектного доказательства образования параллельного ДНК-дуплекса [33-35].

Другой возможностью повысить чувствительность эмиссионного спектра зонда к

микроокружению является использование двух различных флуорофоров (донора и акцептора энергии) в качестве "составного" флуорофора. Для такой пары эффективность безызлучательного резонансного переноса энергии флуоресценции (FRET, fluorescence resonance energy transfer) обратно пропорциональна шестой степени расстояния между красителями. Это означает, что цри возбуждении в области поглощения донора и регистрации эмиссии акцептора последняя должна быть крайне чувствительной к изменениям расстояния между обоими флуорофорами. Для биополимеров такой подход особенно эффективен [36-42].

Например, с использованием праймеров, меченных флуорофором и тушителем, реализован экспресс-анализ делеционной мутации AF508 гена кистофиброза человека [43]. Применение донорно-акцепторной пары флуорофоров, присоединенных к олигонуклеотидам, позволило детектировать процесс гибридизации в растворе при концентрациях ДНК на два-три порядка меньших, чем необходимые для наблюдения гипохромизма [44,45]; с помощью FRET была реализована возможность регистрации процесса гибридизации в живой клетке [46], предсказывавшаяся ранее [47]. Резонансный перенос энергии на нуклеиновых кислотах использовался для структурного анализа [48— 56], мониторинга гибридизации [57-65] и деградации [66-68] олигонуклеотидов, секвенирования [69-73], контроля ПЦР [42,62,74,75] и детекции высвобождения олигонуклеотидов из липосом [76].

Для присоединения красителя к нуклеозиду или олигонуклеотиду используют линкеры различной природы. Поскольку взаимодействие флуорофора с гетероциклическими основаниями может вызывать значительное уменьшение квантового выхода флуоресценции (это было показано на примере производных пирена [12]), то, стремясь уменьшить такое взаимодействие, флуорофор обычно присоединяют при помощи довольно длинного спейсера, разобщающего обе группировки и их системы электронов. В то же время с точки зрения изучения спектральных свойств значительный интерес представляют модифицированные нуклеозиды, в которых нуклеиновое основание л-сопряжено с флуорофором, - в этом случае ароматическая система гетероцикла становится составной частью флуоресцентного красителя, что приводит к дополнительным спектральным эффектам. Примеров синтеза подобных соединений известно совсем немного, причем в качестве флуоресцентной метки, как и в работе [12], использовался пирен [77-79].

Известно, что введение 1-алкин-1 -ильной группы в положение 5 пиримидинового нуклеозида не нарушает субстратных свойств dUTP и ddUTP в полимеразной реакции [6,80-83] и даже способно увеличивать стабильность комплексов нуклеиновых кислот [84-

-895]. Алкинильный спейсер оказался удобным для присоединения спиновой метки для изучения молекулярной динамики ДНК [96-101]. В то же время тройная связь пригодна также для сопряжения ^-электронных систем флуорофора и нуклеинового основания, поскольку известно, что введение арилэтинильного заместителя в молекулу красителя (органические красители, люминесцирующие в видимой области, представляют собой (гетеро)ароматические соединения, часто полициклические) приводит к изменению его флуоресцентных свойств, а именно, к существенному длинноволновому сдвигу максимумов поглощения и эмиссии, т.е. фактически к новым красителям (см, например [102-111]).

Целью данной работы явился синтез и исследование спектральных свойств 5-арилэтинильных л-сопряженных флуоресцентных производных 2'-дезоксиуридина, а также получение на их основе реагентов, пригодных для введения флуоресцентных красителей в олигонуклеотиды.

Настоящая работа выполнена в лаборатории механизмов экспрессии генов Института биоорганической химии им. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН (ИБХ РАН).

АЛКИНИЛИРОВАННЫЕ НУКЛЕОЗИДЫ И ИХ АНАЛОГИ: СИНТЕЗ, СТРОЕНИЕ И СПЕКТРАЛЬНЫЕ СВОЙСТВА*

(обзор литературы)

Интерес к химии модифицированных нуклеозидов продолжает расти. В первую очередь это связано с поиском новых противовирусных и противоопухолевых препаратов. Поскольку химический синтез НК разработан превосходно, в настоящее время возможно получение широкого круга олиго- и полинуклеотидов, содержащих модифицированные нуклеозиды в заданных положениях. Такие модифицированные полимеры полезны для изучения структуры и функции НК, межнуклеотидных и нуклеиново-белковых взаимодействий, а также представляют интерес в качестве возможных терапевтических препаратов.

Число публикаций в области химии и применения модифицированных нуклеозидов стремительно возрастает. Множество исследований проводится в лабораториях химических и фармацевтических компаний, поскольку получаемые результаты довольно быстро могут привести к разработке различных коммерческих продуктов: фармацевтических препаратов, реактивов для биохимии, молекулярной биологии и биомедицинской диагностики, высокотехнологичного научного оборудования (например, система для автоматического секвенирования ДНК) и т. д. Результаты исследований в этой области публикуются в десятках журналов, а также в патентах многих стран. Поэтому систематизация и критическое сопоставление результатов, полученных различными исследователями, весьма актуальны.

В данном обзоре обобщены сведения о методах синтеза алкинилированных нуклеозидов и их аналогов и приведена сводка описанных веществ этой группы, представители которой лежат в основе перспективных антисмысловых ингибиторов экспрессии генов.

I. МЕТОДЫ СИНТЕЗА АЛКИНИЛИРОВАННЫХ НУКЛЕОЗИДОВ

1.1 Первые примеры синтезов. Генерация алкинов по методу Кори-Фукса. Синтез алкинилированных нуклеозидов гликозилированием алкинилированных оснований.

Первое сообщение о синтезе представителя алкинилированных нуклеозидов, 5-этинил-2'-дезоксиуридина, было опубликовано в 1976 г. [112]. Исходным веществом служил 5-формилурацил (I). Реакцией Виттига он был превращен в дибромалкен (II),

* Здесь и далее термином "алкинилированные нуклеозиды и их аналоги" обозначены соединения, имеющие 1 -алкин-1 -ильные заместители при С-атомах нуклеиновых оснований нуклеозидов, их аналогов и производных.

дезоксирибозилирование которого силильным методом привело к соответствующему нуклеозиду в виде смеси ß- и а-аномеров (-3:1); после хроматографии на силикагеле ß-аномер (III) был выделен с умеренным выходом (схема 1).

1. hmds/(nh4)2so4

ТоЮ— о

0 о н ^w-a

HnVHO Ph3P-CBr2 HN'VVBr 2' Tolb '^

0^NJ ВГ -~--TolOn^0

I

Н Н . !_

1 1. HMDS NaOMe/^ TolO 111 2. PhLi

° ^ " HN\VBr ^

HN .......Y o N ^ Br 1. HMDS/Me3Sia ±

А ) НО о | 2. PhLi HO-! °o Y

O N ^ 7 3. AcOH/MeOH

" 1 19% '-

IV он V он VI

Схема 1

После удаления л"-толуильных групп был получен нуклеозид (V), кислородные функции в котором защищали щелочелабильными , силильными группами. Дибромэтенильная группировка действием PhLi в THF при -50 и 0°С была превращена в этинильный остаток. После мягкого кислотного десилилирования с низким выходом был выделен целевой нуклеозид (VI) [112] (табл. 1, №1). В этой же работе был описан синтез 5-этинилурацила (IV) из дибромалкена (II) в результате серии аналогичных превращений [112].

Другой группе исследователей после нескольких безуспешных попыток [113] также удалось синтезировать 5-этинилурацил (IV) [114] (схема 2). Исходный 5-ацетилурацил

(VII) обработкой РОС1з переводили в 5-(1-хлорвинил)-2,4-дихлорпиримидин (VIII), который при действии NaOEt в этаноле дал смесь алкинильных производных (IX) и (X) в соотношении ~ 1:2,2 (схема 2). Гидролиз этой смеси 2 М НС1 вернул гетероциклу его исходную структуру, но сопровождался присоединением хлороводорода по тройной связи с образованием 5-(1-хлорвинил)урацила (XI). Отщепление НС1 от этого вещества действием NaOEt с высоким выходом привело к целевому алкину (IV). Авторы обнаружили, что это соединение может быть также получено непосредственно из алкена

(VIII) при щелочном гидролизе/дегидрохлорировании [114].

В работах [112] и [114] отмечается, что не удается провести превращение дибромалкена (II) в алкин (IV) действием BuLi, который использовался в общем методе синтеза терминальных алкинов из альдегидов через дибромалкены, разработанном Кори и Фуксом [115].

ны

О N

н IV

J к

NaOEt 86%

О С1

X

Схема 2

н XI

Оказалось, что алкинилированные пиримидиноны могут быть гликозилированы обычным образом. В 1977 г. появилось сообщение о синтезе таким путем 5-этинилцитидина (XVI) [116] (схема 3). Соединение (VIII) при обработке ГЧНз дало смесь продуктов (XII) и (XIII), последний из которых действием щелочи был превращен в 5-этинилцитозин (XIV). Гликозилирование основания (XIV) с высоким выходом привело к 2',3',5'-три-0-защищенному нуклеозиду (XV), из которого в результате дебензоилирования метилатом натрия бьш получен целевой 5-этинилцитидин (XVI).

С1 С1

ц-Ч^ч ИНз/ЕЮН

С1 С1

I !

МН2 С1

] ] +

СК N

VIII

н2м

.....N

XII

(11%)

С1

N (28%) XIII

2 М КОН -

1. НМ05/^Н4)2504 ВгО-1 о

г 5па4

_В2Р ОВ2_Вго-

<90%

Ш.

ВгО ОВг

XV

Схема 3

НО

ОН ОН

XVI

Таким образом, сначала были разработаны два подхода к синтезу алкинилированных нуклеозидов. В первом из них тройная связь создается из двойной в составе готового нуклеозида по методу Кори-Фукса (например, превращение алкена (V) в алкин (VI); см. также табл. 1).

Таблица 1. Синтез этинилированных нуклеозидов с использованием метода Кори-Фукса [4]

№ Исходный нуклеозид Реагенты Условия реакции Продукт реакции Выход, % Литература

1 о н НС- * о он V 1. HMDS/Me3SiCl 2. PhLi 3. AcOH/MeOH 1 ч при -50°С, затем 45 мин при 0°С в ТЭТ 0 I/ HN ^ НО— о ! О он VI 19 112, 117 (Схема 1)

2 0 н HN^^V^V®1 НО. °0У 41 он он PhLi - о HN-V^ oV он он - 117

3 9 Н Вг BzO qN3 о AcO 1. PhLi (8,4 экв) 2. MeOH 2 ч при -78°С, затем 2 ч при 0°С в ТОТ »V O^N^ HO- o^3 о? он 39* 118

* Приведена методика синтеза.

В табл. 1 приведены имеющиеся данные о превращениях алкенильных производных нуклеозидов в алкинильные. Как видно из примера 3, О-защитные ацильные группы в процессе реакции отщепляются (поэтому необходим большой избыток PhLi), тогда как алифатическая азидогруппа в этих условиях устойчива. Этим методом получали только 5-этинильные производные урацильных нуклеозидов.

Второй подход включает в себя синтез алкинилированного гетероциклического основания и его гликозилирование. В табл. 2 представлены данные о гликозилировании алкинильных производных гетероциклических оснований, триметилсил ильные производные которых могут быть выделены или же приготовлены in situ. Незащищенная терминальная ацетиленовая группа выдерживает различные условия гликозилирования (№ 1, 5, 6 в табл. 2). Выходы нуклеозидов колеблются в широких пределах; препаративное выделение целевого p-аномера нередко представляет собой трудноразрешимую задачу. В реакциях гликозилирования (табл. 2) использовались производные урацила (№ 1-4), цитозина (№ 5-6) и пиримидин-2-она (№ 7-9); сведений о гликозилировании алкинилированных пуринов обнаружено не было.

Таблица 2. Синтез алкинилированных нуклеозидов гликозилированием алкинилированных гетероциклических оснований

№ Алкинилированный гетероцикл и силилирующие реагенты Углеводное производное Условия реакции Продукт реакции Выход, % Литература

1 2 3 4 5 6 7 ■

1а „ ~ ОАс ВхО г> 'Я ВгО ОВг БпСЦ в ОСЕ о КА II \ 1 ВгО ОВг 75*

1Ь 08Ше3 »V ТОЮ-, о \->а Н$Вг2 в БСЕ О ТоЮ-, тою 0 тЛ/* ТоЮ 1 1__I ТоЮ—■ 0 26* 119

! сл ОТо1 25*

0 .БШе,

1с яо^ 0 1 сж НЕВГ2/Н80 яо 402* 117

1(1 О ны у^ й (IV) 0 1У тою-^^ ТоЮ -

2 о сн3 Л X ны н НМОБ/МезЗга/ (ЫН4)2804 ТоЮ 8 ^ "^аллОАС ОТо1 МезвИЛТ в МеСЫ 0 хсн, ТоЮ 80*,3* 120

N

сн,

Me3SiCl/NaI

HMDS/Me3SiCl

Me3SiOTf в DCE/MeCN

Me3SiOTf в DCE/MeCN, затем NH/MeOH

SnCL, в DCE

О N (Cl)BzO—j о

(Cl)Bzi

(Cl)BzO

(Cl)BzO-J °

CH,

HO

CH,

N

O^N (Cl)BzO—[ о

(Q)BzO

О N

(Q)BzO

(Q)BzO—; 0

25.7'

■4*

57.7

25*

124126

125, 126

12

2* 3* 4* 5*

Приведена методика синтеза. Заместители Я не указаны. Смесь р- и а-аномеров состава 1:1.47. Дезацилирование не проводилось. Выход реакции дезацилирования.

Гидроксилы углеводного остатка обычно защищают ацильными группами (Ас, Bz, Bz(Cl), Toi), и лишь однажды (№ 6с) был использован бензильный остаток. В качестве сахарного фрагмента нашли применение производные .¿2-рибозы (№ 1а, 5а, 6а-Ь), 2-дезокси-2>рибозы (№ lb-с, 3, 4, 5Ь, 7-9), 4-тио-2-дезокси-2?-рибозы (№ 2), />арабинозы (№ 6с) и 2-фтор-2-дезокси-/)-арабинозы (№ 5с). В двух случаях в реакции гликозилирования был успешно использован бромалкин (№ 3, 4).

Недостатками обоих подходов являются многостадийность и низкие выходы конечного продукта. Первый подход быстро утратил свое значение, а гликозилирование алкинилированных оснований стало активно применяться после разработки удобных методов синтеза соединений типа (IV) и (XIV). Однако в настоящее время чаще всего используется третий подход - прямое алкинилирование производных нуклеозидов (см. ниже).

1.1.2 Алкинилирование нуклеозидов и нуклеиновых оснований с помощью реакции Хека-Соногаширы

Химия модифицированных нуклеозидов многим обязана развитию синтетических методов органической химии. Так, в первой половине 60-х годов Кастро и Стивене разработали метод замещения галогена в арилиодидах алкин-1 -ильным остатком в результате реакции с медной солью соответствующего ацетилена CuC=CR [127, 128], однако из-за довольно жестких условий (нагревание при 110-125°С в течение нескольких часов) этот метод даже не пытались использовать для синтеза алкинилированных нуклеозидов и нуклеиновых оснований. В конце 1960-х гг было открыто катализируемое соединениями палладия сочетание арил- или винилгалогенидов (и других производных) с алкенами (реакции Хека), представляющее собой эффективный способ образования С—С-связи (см. обзоры [129-133]). В 1975 г. две группы исследователей (в том числе группа Хека) показали, что арилгалогениды АгХ в присутствии Pd(OAc)2, Pd(OAc)2/PPti3 [134], Pd(PPh3)4 или Pd(PBu3)4 [135] и основания способны реагировать с терминальными алкинами RCsCH с образованием ArCsCR в гораздо более мягких условиях, чем по Стивенсу-Кастро. В том же году японские авторы сообщили, что эта реакция может протекать даже при комнатной температуре, если в качестве катализатора реакционная смесь содержит не только соединение палладия (Pd(PPh3)2Cl2), но и Cul, а в качестве растворителя и основания - диэтиламин [136] (схема 4). Эта модификация реакции Хека оказалась настолько удачной и получила такое широкое распространение, что иногда этот метод называют реакцией Соногаширы [137].

д,х + HC»CR ^^ (Х = ВгЛ)

27-98%

Схема 4

Дальнейшее изучение этой реакции показало, что среди арилгалогенидов наиболее активны иодиды, тогда как реакция с бромидами иногда требует повышенной

температуры, а хлориды реагируют с трудом или вообще не реагируют. Впоследствии было описано применение этого метода для алкинилирования галогенированных азотистых гетероциклов - пиримидинов [138-140], пиразинов [141], хинолинов и изохинолинов [142].

Если в качестве алкина взят ацетилен, то даже при большом его избытке основным продуктом реакции является соответствующий толан АгС^САг [136]. Поэтому для синтеза этиниларенов был разработан вариант метода с использованием монозащищенного ацетилена. В этом качестве особенно удобен триметилсилилацетилен - его легко дозировать, поскольку он не газ, а жидкость, а триметилсилильная группа может быть удалена в мягких условиях [143, 144] (схема 5).

КОН или К,СО,

АгХ + ИС^С-БМез —► Аг-С=С~81Ме3 -Аг-С^СН

Схема 5

Если на схеме 5 Аг - остаток нуклеозида, требующий мягких условий десилилирования, то для этого удобно использовать такой селективный реагент, как В^ОТ в f НЕ.

Реакция Хека-Соногаширы в различных модификациях была использована для синтеза алкинилированных нуклеиновых оснований (табл. 3) и нуклеозидов (табл. 4). В табл. 3 приведены те примеры алкинилирования азотистых гетероциклов, где продукт реакции далее был использован (или же мог быть использован после N-деблокирования) для гликозилирования.

Из табл. 3 видно, что алкинилирование азотистых гетероциклов возможно и по Стивенсу-Кастро (№ 8 а), однако более мягкие условия реакции Соногаширы использовать гораздо удобнее. В случае производных урацила конденсация может осложняться последующей циклизацией (№ 2Ь; эта побочная реакция будет рассмотрена ниже). Для нуклеозидов различные условия С-алкинилирования (преимущественно, но не исключительно в условиях реакции Соногаширы) исследованы более подробно (см. табл. 4).

Таблица 3. Синтез алкшшлированных нуклеиновых оснований и других азотистых гетероциклов сочетанием галогенпроизводных с алкинами

& Нуклеиновое основание (азотистый гетероцикл) Алкин* Условия реакции*: катализатор, основание ИТ. д. Продукт реакции Выход, % Литература

1 2- 3 4 5 6 7

1 о HN'^S-, i li O^N^I H HMDS/Me3SiCl —SiMe3 (2,75) Pd(PPh3)2a2 (0,02) Cul (0,08) ночь при к. т. в Et3N, N2 о HN^ H SiMe3 652* 145

2а » (2) Pd(PPh3)2Cl2 (0,007) Cul (0,025) 3 ч при 50°С в Et3N, Аг О .SiMe3 HN^y H 792* 146

0 O^N^ l H О /Fc

2Ь Fe О Pd(PPh3)2Cl2 Cul Et3N МеОН/Н20 ч HN-Sr О N"^ H n Fc fr nV t/V H - 147

За N^1 O^N" H HMDS/Me3SiCl s==—SiMe3 (1,2) Pd(PPh3)2Cl2 (0,01) Cul (0,025) 72 ч при к. т. в Et3N SiMe3 N-/ O^N^ H 76,62* 125, 126

ЗЬ N^1 Л ^ MeO N ses—CH3 Pd(PPh3)2Cl2 (0,011) Cul (0,029) 24 ч в Et3N „СН, 'Jl J MeO N 76,72*

4а I /T^N H s—Ph (1,2-1,3) Pd(PPh3)2a2 Cul Et3N (3,6) 18 ч при 90°C в MeCN, N2 R < X J H R = Ph 793*

4Ь /V (1,2-1,3) Pd(PPh3)2Cl2 Cul Et3N (3,6) R = -CH2CH(CH3)2 643*

5а sss—Ph 48 ч при 90°C в MeCN, N2 R = Ph 583*

5b Cl / V n h (1,2-1,3) Pd(PPh3)2Cl2 Cul Et3N (3,6) 1,5 ч при 90°C в DMSO, N2 » R = -CH2CH(CH3)2 653*

5c УУ (1,2-1,3) Pd(PPh3)2Cl2 Cul Et3N (3,6) 2 ч при 90"C в DMSO, N7. 353* 148

6a nh2 ! Br { Y ¥ h s==—Ph (1,2-1,3) Pd(PPh3)2a2 Cul Et3N (3,6) 2,5 ч при 90°C в DMSO, N2 VV h R = Ph R = -CH2CH(CH3)2 403*

6b XY (1,2-1,3) Pd(PPh3)2Cl2 Cul Et3N (3,6) 4 ч при 90°C в DMSO, N2 113*

7a 0 Br~< I л N n^nhj H s—Ph (1,2-1,3) Pd(PPh3)2Cl2 Cul Et3N (3,6) 24 ч при 90°C в DMSO, N2 h R= Ph R = -CH2CH(CH3)2 353*

7b /V (1,2-1,3) Pd(PPh3)2Cl2 Cul Et3N (3,6) 4 ч при 90° С в DMSO, N2 Следы

8a OMe N^V1 Л J MeO^^N Си (1,3) Py, кипячение 2,5 ч , N2 OMe 1 ^^ OThp MeO-^N 86,62* 149

8b oh (1,5) Pd(PPh3)2Cl2 (0,01) Cul (0,03) 6 ч при 55-60°C в Et3N, N2 oh OMe i Il J ^^OMe MeO xN 992* 150

8c » (2) Pd(PPh3)2Cl2 (0,02) Cul (0,05) NaHC03 (1,3) 1 ч при 30°C, затем 8 ч при 50°C в MeCN 192*

9а С1 N Вг1 Ви^Бп—==—РЬ (1,2) ра(р№3)2а2 (0,05) 24 ч при 60°С в ЭМР, N2 РЬ <д X. ж 682* 151

9Ь а ( Т У Вг1 Р^РЛз)/* (0,025) 2 ч при 65°С в ОМР, N2 РЬ || Ш И» -

Р^РЯз)^ (0,025) 2 ч при 40°С в БМР, N2 С1 ш № 793*

* Количество алкина, катализаторов и основания приведено в экв. в расчете на азотистый гетероцикл, если

данные имеются в литературном источнике. 2* Приведена методика синтеза. 3* Приведена общая методика. 4* Я = 2-фурил.

Таблица 4. Синтез алкинилированных нуклеозидов сочетанием нуклеозидных

производных с алкинами

№ Нуклеозид Алкин* Условия реакции*: катализатор, основание ИТ. д. Продукт реакции Выход, % Литература

1 2 3 4 5 6 7

1 0 iHgci Т J =—Ph "По методу Хека"; ср. [152] о _

ho-^o^J он он или //х/ч°н У/ он он единственный идентифицируемый продукт 153

2а Pd(OAc)2 PPh3 Et3N Сложная смесь продуктов -

0

2Ъ ■rV НО^ он он ^^NHCOCFj Pd(PPh3)4 (0.025) Cul (0.05) Et3N (2) 24 ч при к. т. в DMF 9 КНСОСР3 нк II он он 802* 154

3 NHSilVfej /r^N Br О о i О О Р О OSitVfc3 OSitvfej 1Мг/////ЧЧ//ХЧ (1-3). Pd(PPh3)2Cl2 (0.05) кипячение 5 ч в THF, N2, затем Н20 / \ / 1 0.1 о | ч!У о р...Г 1 О 081Ме3 081Ме3 202* 155

О ОТо1

4 тУ Тою—| о ! V Тою OTol уч OTol / Pd(PPh3)2Q2 Cul 50°С в Et3N, N2 1/ Ш ¡1 ТоЮ-^ ТоЮ ОТо1 92 156

Pd(PPh3)2Q2 Cul 10 ч при 50°С в Et3N, N2 91

о ? У

5а HN^^1 ТоЮ » (2) Pd(PPh3)2a2 (0.02) Cul (0.08) 4 ч при 50°С в Et3N, N2 «XV Тою к = Ег 912* 157

» (~15) Pd(PPh3)2Cl2 (0.02) Cul (0.08) 2-6 ч при 50°C в Et3N, N2 852* 158

(2) Pd(PPh3)2Cl2 (0.02) Cul (0.08) 3 ч при 50°C в Et3N, N2 R = -(CH2)2CH3 85 156. 157*

Pd(PPh3)2a2 (0.02) Cul (0.08) R = -(CH2)3CH3 903* 157

» (2) 4 ч при 50°C в Et3N, N2 » 89 156

^ (2) Pd(PPh3)2a2 (0.02) Cul (0.08) 3 ч при 50°C в Et3N, N2 R = -(CH2)4CH3 77 156, 157

^ (2) Pd(PPh3)2Cl2 (0.02) Cul (0.08) R = -(CH2)5CH3 - 80

12 ч при 50°C в Et3N, N2 R = -C(CH3)3 89 156

» (2) » 9I2* 157

s—SiMe3 (2) Pd(PPh3)2Cl2 ((0.02) Cul ((0.08) 18 ч при 50°C в Et-,N, N2 R = -SiMe3 85 156, 157

HS—Ph (2) Pd(PPh3)2Cl2 (0.02) Cul (0.08) 1 ч при 50°C в EtiN, N2 R = Ph 91

j/^ OThp (2) Pd(PPh3)2Cl2 (0.02) Cul (0.08) 2 ч при 50°C в Et VN, N2 R = -CH2OThp 72

/ч OThp / Pd(PPh3)2Cl2 ((0.02) Cul (0.08) R = -(CH2)20Thp 85

(2) 5 ч при 50°C в Et-)N, N2

OTol / Pd(PPh3)2a2 (0.02) Cul (0.08) R = -(CH2)2OTol 85

(2) 2.5 ч при 50°C в Et3N, N2

^//Ччч//ЧчОТо1 (2) Pd(PPh3)2a2 (0.02) Cul (0.08) 4 ч при 50°C в Et3N, N2 R = -(CH2)3OTol 87

n CH3 ly lY Tol0T/°N 902*

= сн3 (-20) Pd(PPh3)2Cl2 (0.02) Cul (0.08) 2-6 ч при 50°С в Et3N V7 TolO CH3 iV Tin'. 0 N OTol ~2 158

X/ HN Y TolO R = -CH2OCH3

^ä/4 ОСН3 SI2*

NHBoc Pd(PPh3)2Cl2 (0.02) Cul (0.13) Et3N (5) R = -CH2NHBoc 843* 159

(2) 90 ч при к. т. в ЕЮАс

ОН (2.4) Pd(PPh3)2Cl2 (0.12) Cul (0.2) Et3N (2.1) 5 ч при 50° С в DMF, N2 OH R = "ОТ4! 923* 150

ОН OH

Ухх сн3 932*

^^СНз

(2)

ОН OH r= ÀX 882*

OCH3

Заключение диссертации по теме «Биоорганическая химия», Малахова, Екатерина Владимировна

-118-выводы

1. Разработаны эффективные методы синтеза ацетиленовых производных ряда флуоресцентных красителей -1-й 4-этинилпирена, 3-этинилперилена и 2-(4-этинилфенил)бензоксазола.

2. Осуществлен синтез четырех флуоресцентных нуклеозидных производных - 5-(1-пиренилэтинил)-2'-дезоксиуридина, 5-(4-пиренилэтинил)-2'-дезоксиуридана, 5-(3-периленилэтинил)-2'-дезоксиурид]ша и 5-[4-(2-бензоксазолил)фенил]-этинил-2'-дезоксиуридина - первых флуоресцентно меченных нуклеозидов, в которых флуорофор тг-сопряжен с нуклеиновым основанием через этинильный спейсер. Проанализированы спектральные (абсорбционные и флуоресцентные) эффекты, связанные с взаимодействиями между полиароматическими группировками и гетероциклическими основаниями в составе модифицированных нуклеозидов.

3. На основе 5-(1-пиренилэтинил)-2'-дезоксиуридина и 5-[4-(2-бензоксазо-лил)фенилэтинил]-2'-дезоксиуридина синтезированы реагенты (амидофосфиты и модифицированные носители) для автоматического ДНК-синтеза. Показана эффективность полученных реагентов для направленного введения флуоресцентных меток в состав олигонуклеотидов.

-119

БЛАГОДАРНОСТИ

Автор выражает благодарность ЮА. Берлину и ВА. Коршуну за руководство диссертационной работой; своим коллегам из лаборатории механизмов экспрессии генов за постоянную поддержку; сотрудникам ИБХ РАН И.А. Куделиной и И.И. Михалеву за регистрацию спектров флуоресценции; ДА. Стеценко за помощь в регистрации УФ-спектров; Ю.П. Козьмину и A.B. Сулиме за регистрацию масс-спектров; Т.А. Балашовой, Э.В. Бочарову, А.П. Голованову, Д.В. Дементьевой, В.Ю. Орехову и B.C. Пашкову за регистрацию Ш-ЯМР-спектров. Автор признателен коллегам из других институтов: Э.И. Лажко (Институт по изысканию новых антибиотиков РАМН, Москва) за регистрацию 31Р-ЯМР спектров, А.Г. Витухновскому и О.П. Варнавскому (Физический институт им. Н.П. Лебедева РАН, Москва) за помощь в регистрации спектров флуоресценции и полезное обсуждение, Д.Т. Кожичу (Медико-биотехнологический институт при концерне "Белбиофарм", Минск) за предоставление для экспериментов 2-(4о иодфенил)бензоксазола, проф. L.B.-Ä. Johansson (факультет физической химии, университет Umeä, Швеция) за предоставление спектральных данных по полученным нами периленовым производным нуклеозидов.

-120

Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Малахова, Екатерина Владимировна, 1998 год

ЛИТЕРАТУРА

1. Goodchild J. Conjugates of oligonucleotides and modified oligonucleotides: a review of their synthesis and properties. Bioconjugate Chem., 1 (3), 165-187 (1990).

2. Kessler C. (Ed.) Nonradioactive labeling and detection of biomolecules. Berlin, Heidelberg: Springer, 1992.

3. Beaucage S.L., Iyer R.P. The functionalization of oligonucleotides via phosphoramidite derivatives. Tetrahedron, 49 (10), 1925-1963 (1993).

4. Коршун B.A., Берлин Ю.А. Введение нерадиоактивных репортерных групп в синтетические олигонуклеотиды и их детекция. Биоорган, химия, 20 (6), 565616 (1994).

5. Nunnally В.К., Не Н., Li L.C., Tucker S.A., McGown L.B. Characterization of visible dyes for four-decay fluorescence detection in DNA sequencing. Anal. Chem., 69 (13), 2392-2397 (1997).

6. Prober J.M., Trainor G.L., Dam R.J., Hobbs F. W., Robertson C. W., Zagursky R.J., Cocuzza A. J., Jensen M.A., Baumeister К A system for rapid DNA sequencing with fluorescent chain-temiinating dideoxynucleotides. Science, 238 (4825), 336-341 (1987).

7. Tyagi S., Bratu D.P., Kramer F.R. Multicolor molecular beacons for allele discrimination. Nature Biotechnology, 16, 49-53 (1998).

8. Добрецов Т.Е. Флуоресцентные зонды в исследовании клеток, мембран и липопротеинов. - М.:Наука, 1987.

9. Koenig P., Reines S.A., Cantor C.R. Pyrene derivatives as fluorescent probes of conformation near the 3' termini of polyribonucleotides. Biopolymers, 16 (10), 2231-2242 (1977).

10. Telser J., Cruickshank К A., Morrison L.E., Netzel T.L. Synthesis and characterization of DNA oligomers and duplexes containing covalently attached molecular labels: comparison of biotin, fluorescein, and pyrene labels by thermodynamic and optical spectroscopy measurements. J. Am. Chem. Soc., Ill (18), 6966-6976 (1989).

11. Yamana K, Gokota Т., Ohashi Y, Ozaki H., Kitamura M., Nakano H., Sangen O., Shimidzu T. Oligonucleotides with pyrene fluorophore at the sugar fragment: synthesis and properties in binding to complementary polynucleotide. Nucleic Acids Symp. Ser. No. 22, 103-104 (1990).

12. Yamana K, Gokota Т., Ozaki H., Nakano H., Sangen O., Shimidzu T. Enhanced fluorescence in the binding of oligonucleotides with a pyrene group in the sugar fragment to complementary polynucleotides. Nucleosides & Nucleotides, 11 (2/4), 383-390 (1992).

13. Yamana K, Ohashi Y., Nunota K, Aoki M., Nakano H., Sangen O. Fluorescent-labeled oligonucleotides that exhibit a measurable signal in the presence of complementary DNA. Nucleic Acids Symp. Ser. No. 27, 135-136 (1992).

14. Mann J.S., Shibata Y., Meehan T. Synthesis and properties of an oligodeoxynucleotide modified with a pyrene derivative at the 5'-phosphate. Bioconjugate Chem., 3 (6), 554-558 (1992).

15. Bevilacqua P.C., Kierzek R., Johnson K.A., Turner D.H. Dynamics of ribozyme binding of substrate revealed by fluorescence-detected stopped-flow methods. Science, 258 (5086), 1355-1358 (1992).

16. Kierzek R., Li Y., Turner D.H., Bevilacqua P.C. 5'-Amino pyrene provides a sensitive, nonperturbing fluorescent probe of RNA secondary and tertiary structure formation. /. Am. Chem. Soc., 115 (12), 4985-4992 (1993).

17. Murakami A., Furutani S., Yamana K., Makino K. A fluorescent DNA probe containing 2'-(l-pyrenylmethyl)uridine. Nucleic Acids Symp. Ser. No. 31, 53-54 (1994).

18. Yamana K., Nunota K., Nakano H., Sangen O. A new method for introduction of a pyrene group into a terminal position of an oligonucleotide. Tetrahedron Lett., 35 (16), 2555-2558 (1994).

19. Li Y., Bevilacqua P.C., Mathews D., Turner D.H. Thermodynamic and activation parameters for binbing of a pyrene-labeled substrate by the Tetrahymena ribozyme: docking is not diffusion-controlled and is driven by a favorable entropy change. Biochemistry, 34 (44), 14394-14399 (1995).

20. Turner D.H., Li Y, Fountain M., Profenno L., Bevilacqua P.C. Dynamics of a group I ribozyme detected by spectroscopic methods. In: Nucleic Acids and Molecular Biology, Vol. 10. Catalytic RNA. F. Eckstein, D.M.J. Lilley, Eds., Springer: Berlin, Heidelberg, 1996, 19-32.

21. Tong G., Lawlor J.M., Tregear G.W., Haralambidis J. Oligonucleotide-polyamide hybrid molecules containing multiple pyrene residues exhibit significant excimer fluorescence. J. Am. Chem. Soc., 117 (49), 12151-12158 (1995).

22. Manoharan M., Tivel K.L., Zhao M., Nafisi K., Netzel T.L. Base-sequence dependence of emission lifetimes for DNA oligomers and duplexes covalently labeled with pyrene: relative electron-transfer quenching efficiencies of A, G, C, and T nucleosides toward pyrene. J. Chem. Phys., 99 (48), 17461-17472 (1995).

23. Iwase R., Furutani S., Yamaoka T., Yamana K., Murakami A. Fluorescent-labeled oligonucleotides for studies on gene structure. Nucleic Acids Symp. Ser. No. 35, 117-118 (1996).

24. Yguerabide J., Talavera E., Alvarez J.M., Afkir M. Pyrene-labeled DNA probes for homogeneous detection of complementary DNA sequences: poly(C) model system. Anal. Biochem., 241 (2), 238-247 (1996).

25. Dapprich J., Walter N. G., Salingue F., Staerk H. Base-dependent pyrene fluorescence used for in-solution detection of nucleic acids. J. Fluoresc., 7 (suppl.) 87S-89S (1997).

26. Yamana K., TakeiM., Nakano H. Synthesis of oligonucleotide derivatives cotaining pyrene labeled glycerol linkers: enhanced excimer fluorescence on binding to a complementary DNA sequence. Tetrahedron Lett., 38 (34), 6051-6054 (1997).

-12227. Yamana К, Kumamoto S., Nakano H. Homopyrimidine oligonucleotides modified by a pyrenylmethyl group at the terminal position: enhanced fluorescence upon binding to double helical DNA. Chem. Lett., 1997 (11), 1173-1174.

28. Preufi R., Dapprich J., Walter N.G. Probing RNA-protein interactions using pyrene-labeled oligodeoxynucleotides: QJ3 replicase efficiently binds small RNAs by recognizing pyrimidine residues J. Mol. Biol., 273 (3), 600-613 (1997).

29. Ebata K., Masuko M., Ohtani H., Jibu M. Excimer formation by hybridization using two pyrene-labeled oligonucleotide probes. Nucl. Acids Symp. Ser. No. 34, 187-188 (1995).

30. Ebata K, Masuko M., Ohtani H., Kashiwasake-Jibu M. Nucleic acid hybridization accompanied with excimer formation from two pyrene-labeled probes. Photochem. Photobiol., 62 (5), 836-839 (1995).

31. Masuko M., Ebata K, Ohtani H., Optimization of pyrene excimer fluorescence emitted by excimer-forming two-probe nucleic acid hybridization method. Nucl. Acids Symp. Ser. No. 34, 187-188 (1995).

32. Балакин КВ., Коршун B.A., Прохоренко И.А., Малеев Г.В., Куделина И.А., Гонтарев С.В., Берлин Ю.А. Новый реагент для мечения биомолекул -активированное производное пиренового бихромофора с эксимерной флуоресценцией. Биоорган, химия, 23 (1), 33-41 (1997).

33. Rippe К., Fiitsch V., Westhof Е., Jovin Т.М. Alternating d(G-A) sequences form a parallel-stranded DNA homoduplex. EMBO /., 11 (10), 3777-3786 (1992).

34. Fritzsche H., Akhebat A., Taillandier E., Rippe K, Jovin T.M. Structure and drug interactions of parallel-stranded DNA studied by infrared spectroscopy and fluorescence. Nucl. Acids Res., 21 (22), 5085-5091 (1993).

35. Fortsch I., Fritzsche H., Birch-Hirschfeld E, Evertsz E., Klement R., Jovin T.M., Zimmer C. Parallel-stranded duplex DNA containing dA-dU base pairs. Biopolymers, 38 (2), 209-220 (1996).

36. Векшин H.JI. Перенос возбуждения в макромолекулах. Итоги науки и техники. Сер. Радиационная химия. Фотохимия, 7, 3-176 (1989).

37. Clegg R.M. Fluorescence resonance energy transfer and nucleic acids. Meth. Enzymol., 211, 353-388 (1992).

38. Selvin P.R. Fluorescence resonance energy transfer. Meth. Enzymol., 246, 300-334 (1995).

39. Wu P., Brand L. Resonance energy transfer: methods and applications. Anal. Biochem., 218 (1), 1-13 (1994).

40. Clegg R.M. Fluorescence resonance energy transfer (FRET). In: Fluorescence Imaging Spectroscopy and Microscopy, X.F. Wang, B. Herman, Eds., New York: Wiley, 1996, 179-252.

41. Glazer A.N., Mathies R.A. Energy-transfer fluorescent reagents for DNA analyses. Curr. Opin. Biotechnol., 8 (1), 94-102 (1997).

42. De SilvaA.P., Gunaratne H.Q.N., Gunnlaugsson Т., Huxley A. J.M., McCoy C.P., Rademacher J. Т., Rice Т.Е. Signaling recognition events with fluorescent sensors and switches. Chem. Rev., 97 (5), 1515-1566 (1997).

43. Lee L.G., Connell C.R., Bloch W. Allelic discrimination by nick-translation PCR with fluorogenic probes. Nucl. Acids Res., 21 (16), 3761-3766 (1993).

44. Morrison L.E., Haider T.C., Stols L.M. Solution-phase detection of polynucleotides using interacting fluorescent labels and competitive hybridization. Anal. Biochem., 183 (2), 231-244 (1989).

45. Morrison L.E., Stols L.M. Sensitive fluorescence-based thermodynamic and kinetic measurements of DNA hybridization in solution. Biochemistry, 32 (12), 3095-3104 (1993).

46. Sixou S., Szoka F.C., Jr., Green G.A., Guisti B., Zon G., Chin D.J. Intracellular oligonucleotide hybridization detected by fluorescence resonance energy transfer (FRET). Nucl. Acids Res., 22 (4), 662-668 (1994).

47. Cardullo R.A., Agrawal S., Flores C., Zamecnik P.C., Wolf D.E. Detection of nucleic acid hybridization by nonradiative fluorescence resonance energy transfer. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 85 (23), 8790-8794 (1988).

48. Cooper J.P., Hagerman P.J. Analysis of fluorescence energy transfer in duplex and branched DNA molecules. Biochemistry, 29 (39), 9261-9268 (1990).

49. Clegg R.M., Murchie A.I.H., Zechel A, Lilley D.M.J. Observing the helical geometry of double-stranded DNA in solution by fluorescence resonance energy transfer. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90 (7) 2994-2998 (1993).

50. Tuschl T., Gohlke C., Jovin T.M., Westhof E., Eckstein F. A three-dimensional model for the hammerhead ribozyme based on fluorescence measurements. Science, 266 (5186), 785-789 (1994).

51. Gohlke C., Murchie A.I.H., Lilley D.M.J., Clegg R.M. Kinking of DNA and RNA helices by bulged nucleotides observed by fluorescence resonance energy transfer. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 91 (24), 11660-11664 (1994)

52. Mergny J.-L., Boutonne A.S., Garestier T., Belloc F., Rougée M., Bulychev N.V., Koshkin A.A., Bourson J., Lebedev A. V, Valeur B., Thuong N. T., Hélène C. Fluorescence enrgy transfer as a probe for nucleic acid structures and sequences. Nucl. Acids Res., 22 (6), 920-928 (1994).

53. Jares-Erijman E.A., Jovin T.M. Determination of DNA helical handedness by fluorescence resonance energy transfer. J. Mol. Biol., 257 (3), 597-617 (1996).

54. Ota N, Hirano K, Warashina M., Andrus A., Mullah B., Hatanaka K., Tata K. Determination of interactions between structured nucleic acids by fluorescence resonance energy transfer (FRET): selection of target sites for functional nucleic acids. Nucl. Acids Res., 26 (3), 735-743 (1998).

55. Bannwarth W., Miiller F. Energy transfer from a lumazine (=pteridine-2,4(IH,3H)~ dione) chromophore to batophenanthroline-ruthenium(II) complexes during hybridization processes of DNA. Helv. Chim. Acta, 74 (8), 2000-2008 (1991).

56. Ozaki H., McLaughlin L. W. The estimation of distances between specific backbone-labeled sites in DNA using fluorescence resonance energy transfer. Nucl. Acids Res., 20 (19), 5205-5214 (1992).

57. Clegg R.M., Murchie A.I.H., Zechel A., Lilley D.M.J. Observing the helical geometry of double-stranded DNA in solution by fluorescence resonance energy transfer. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90 (7), 2994-2998 (1993).

58. Bjornson K.P., Amaratunga M., Moore K.J.M., Lohman T.M. Single-turnover kinetics of helicase-catalyzed DNA unwinding monitored continuously by fluorescence energy transfer. Biochemistry,, 33 (47), 14306-14316 (1994).

59. Yang M., Ghosh S.S., Millar D.P. Direct measurement of thermodynamic and kinetic parameters of DNA triple helix formation by fluorescence spectroscopy. Biochemistry, 33 (51), 15329-15337 (1994).

60. Selvin PR., Rana T.M., Hearst J.E. Luminescence resonance energy transfer. J. Am. Chem. Soc. 116 (13), 6029-6030 (1994).

61. Selvin P.R., Hearst J.E. Luminescence energy transfer using a terbium chelate: improvements on fluorescence energy transfer. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 91 (21), 10024-10028 (1994).

62. Parkhurst KM., Parkhurst L.J. Kinetic studies by fluorescence resonance energy transfer employing a double-labeled oligonucleotide: hybridization to the oligonucleotide complement and to single-stranded DNA. Biochemistry, 34 (1), 285-292 (1995).

63. Parkhurst KM., Parkhurst L.J. Donor-acceptor distance distributions in a doublelabeled fluorescent oligonucleotide both as a single strand and in duplexes. Biochemistry, 34 (1), 293-300 (1995).

64. Tyagi S., Kramer F.R. Molecular beacons: probes that fluoresce upon hybridization. Nature Biotechnol., 14 (3), 303-308 (1996).

65. Tyagi S., Landegren U., Tazi M., Lizardi P.M., Kramer F.R. Extremely sensitive, background-free gene detection using binary probes and Q(3 replicase. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93 (11), 5395-5400 (1996).

66. Ghosh S.S., Eis P.S., Blumeyer K, Fearon K, Millar D.P. Real time kinetics of restriction endonuclease cleavage monitored by fluorescence resonance energy transfer. Nucl. Acids Res., 22 (15), 3155-3159 (1994).

67. Lee S.P., Censullo M.L., Kim H.G., Knutson J.R., Han M.K. Characterization of endonucleolytic activity of HIV-1 integrase using a fluorogenic substrate. Anal. Biochem., 227 (2), 295-301 (1995).

68. Uchiyama H., Hirano K, Kashiwasake-Jibu M., Taira K. Detection of undegraded oligonucleotides in vivo by fluorescence resonance energy transfer. J. Biol. Chem., 271 (1), 380-384 (1996).

69. Ju J., Ruan C., Fuller C.W., Glazer A.N., Mathies R.A. Fluorescence energy transfer dye-labeled primers for DNA sequencing and analysis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 92 (10), 4347-4351 (1995).

70. Ju J., Kheterpal I., Scherer J.R., Ruan C., Fuller C.W., Glazer A.N., Mathies R.A. Design and synthesis of fluorescence energy transfer dye-labeled primers and their application for DNA sequencing and analysis. Anal. Biochem231 (1), 131-140

(1995).

71. Hung S.-C., Ju J., Mathies R.A., Glazer A.N. Energy transfer primers with 5- or 6-carboxyrhodamine-6G as acceptor chromophores. Anal. Biochem., 238 (2), 165-170

(1996).

72. Hung S.-C., Ju J., Mathies R.A., Glazer A.N. Cyanine dyes with high absorption cross-section as donor chromophores in energy transfer primers. Anal. Biochem., 243 (1), 15-27 (1996).

73. Ju J., Glazer A.N., Mathies R.A. Energy transfer primers - a new fluorescence labeling paradigm for DNA sequencing and analysis. Nature Med., 2 (2), 246-249 (1996).

74. Livak K, Flood S.J.A., Marmaro J., Giusti W., Deetz K. Oligonucleotides with fluorescent dyes at opposite ends provide a quenched probe system useful for detecting PCR product and nucleic acid hybridization. PCR Methods Applic., 4 (6), 357-362 (1995).

75. Ju J., Glazer A.N., Mathies R.A. Cassette labeling for facile construction of energy transfer fluorescent primers. Nucl. Acids Res., 24 (6), 1144-1148 (1996).

76. Zelphati O., Szoka F.C., Jr. Mechanism of oligonucleotide release from cationic liposomes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93 (21), 11493-11498 (1996).

77. Saito I., Ito S., Shinmura T., Matsuura T. A simple synthesis of fluorescent uridines by photochemical method. Tetrahedron Lett. 21 (29), 2813-2816 (1980).

78. Netzel T.L., Zhao M., Nafisi K, Headrick J., Sigman M.S., Eaton B.E. Photophysics of 2'-deoxyuridine (dU) nucleosides covalently substituted with either 1-pyrenyl or 1-pyrenoyl: observation of pyrene-to-nucleoside charge-transfer emission in 5-(l-pyrenyl)-dU. J. Am. Chem. Soc., 117 (36), 9119-9128 (1995).

79. Netzel T.L., Nafisi K, Headrick J., Eaton B.E. Direct observation of photoinduced electrn transfer in pyrene-labeled dU nucleosides and evidence for protonated 2'-deoxyuridine anion, dU(H)', as a primary electron transfer product. J. Phys. Chem., 99 (51), 17948-17955 (1995).

80. Otvos L., Szecsi J., Sagi J., Kovacs T. Substrate specificity of DNA polymerases. II. 5-(l-Alkynyl)-dUTPs as substrates of the Klenow DNA polymerase enzyme. Nucl. Acids Symp. Ser. No. 18, 125-129 (1987).

81. Confalone P.N. The use of heterocyclic chemistry in the synthesis of natural and unnatural products. /. Heterocycl. Chem., 27 (1), 31-46 (1990).

82. Lee L.G., Connell C.R., Woo S.L., Cheng R.D., McArdle B.F., Fuller C.W., Halloran N.D., Wilson R.K. DNA sequencing with dye-labeled terminators and T7 DNA polymerase: effect of dyes and dNTPs on incorporation of dye-terminators and probability analysis of termination fragments. Nucl. Acids Res., 20 (10), 24712483 (1992).

83. Rosenblum B.B., Lee L.G., Spurgeon S.L., Khan S.H., Menchen S.M., Heiner C.R., Chen S.M. New dye-labeled terminators for improved DNA sequencing patterns. Nucl. Acids Res., 25 (22), 4500-4504 (1997).

84. Biala E., Jones A.S., Walker R.T. Synthesis and properties of poly(5-ethynyluridylic acid). Tetrahedron, 36 (1), 155-158 (1980).

85. Froehler B.C., Wadwani S., Terhorst T.J., Gerrard S.R. Oligodeoxynucleotides containing C-5 propyne analogs of 2'-deoxyuridine and 2'-deoxycytidine. Tetrahedron Lett., 33 (37), 5307-5310 (1992).

86. Sagi J., Szemzb A., Ebinger K, Szabolcs A., Sagi G., Ruff E., Otvos L. Base-modified oligodeoxynucleotides. I. Effect of 5-alkyl, 5-(l-alkenyl) and 5-(l-alkynyl)

substitution of the pyrrolidines on duplex stability and hydrophobicity. Tetrahedron Lett., 34 (13), 2191-2194 (1993).

87. Wagner R. W., Matteucci M.D., Lewis J. G., Gutierrez A. J., Moulds C., Froehler B. C. Antisense gene inhibition by oligonucleotides containing C-5 propyne pyrimidines. Science, 260 (5113), 1510-1513 (1993).

88. Milligan J.F., Jones R.J., Froehler B.C., Matteucci M.D. Development of antisense therapeutics. Implications for cancer gene therapy. Ann. NY Acad. Sci., 716 (2), 228-241 (1994).

89. Fenster S.D., Wagner R.W., Froehler B.C., Chin D.J. Inhibition of human immunodeficiency virus type-1 env expression by C-5 propyne oligonucleotides specific for rev-response element stem-loop V. Biochemistry, 33 (28), 8391-8398 (1994).

90. Moulds C, Lewis J.G., Froehler B.C., Grant D., Huang T., Milligan J.F., Matteucci M.D., Wagner R. W. Site and mechanism of antisense inhibition by C-5 propyne oligonucleotides. Biochemistry, 34 (15), 5044-5053 (1995).

91. Wagner R.W., Matteucci M.D., Grant D., Huang T., Froehler B.C. Potent and selective inhibition of gene expression by an antisense heptanucleotide. Nature Biotechnol., 14 (7), 840-844 (1996).

92. Flanagan W.M., Su L.L., Wagner R. W. Elucidation of gene function using C-5 propyne antisense oligonucleotides. Nature Biotechnol., 14 (9), 1139-1145 (1996).

93. Flanagan W.M., Kothavale A., Wagner R.W. Effects of oligonucleotide length, mismatches and mRNA levels on C-5 propyne-modified antisense potency. Nucl. Acids Res., 24 (15), 2936-2941 (1996).

94. Gutierrez A. J., Matteucci M.D., Grant D., Matsumura S., Wagner R. W., Froehler B.C. Antisense gene inhibition by C-5-substituted deoxyuridine-containing oligodeoxynucleotides. Biochemistry, 36 (4), 743-748 (1997).

95. Freier S.M., Altmann K.-H. The ups and downs of nucleic acid duplex stability: structure-stability studies on chemically-modified DNA:RNA duplexes. Nucl. Acids Res., 25 (22), 4429-4443 (1997).

96. Spaltenstein A., Robinson B.H., Hopkins P.B. A rigid and nonperturbing probe for duplex DNA motion! J. Am. Chem. Soc., 110 (4), 1299-1301 (1988).

97. Spaltenstein A., Robinson B.H., Hopkins P.B. DNA structural data from a dynamics probe. The dynamic signatures of single-stranded, hairpin-looped, and duplex forms of DNA are distinguishable. J. Am. Chem. Soc., Ill (6), 2303-2305 (1989).

98. Spaltenstein A., Robinson B.H., Hopkins P.B. Sequence- and structure-dependent DNA base dynamics: synthesis, structure, and dynamics of site and sequence specifically spin-labeled DNA. Biochemistry, 28 (24), 9484-9495 (1989).

99. Kirchner J.J., Hustedt E.J., Robinson B.H., Hopkins P.B. DNA dynamics from a spin probe: dependence of probe motion on tether length. Tetrahedron Lett., 31 (5), 593-596 (1990).

100. Hustedt E.J., Kirchner J.J., Spaltenstein A., Hopkins P.B., Robinson B.H. Monitoring DNA dynamics using spin-labels with different independent mobilities. Biochemistry, 34 (13), 4369-4375 (1995).

101. Fischhaber P.L., Reese A.W., Nguen T., Ktchner J.J., Hustedt EJ., Robinson B.H., Hopkins P.B. Synthesis of duplex DNA containing a spin labeled analog of 2'-deoxycytidine. Nucleosides & Nucleotides, 16 (4), 365-377 (1997).

102. Maulding D.R., Roberts B.G. Electronic and fluorescence of phenylethynyl-substituted acenes. J. Org. Chem., 34 (6), 1734-1736 (1969).

103. Hanhela P.J., Paul D.B. Synthesis and evaluation of fluorescent materials for colour control of peroxylate chemiluminescence. I. The phenylethynylation of antraquinone. Aust. J. Chem., 34 (8) 1669-1685 (1981).

104. Hanhela P.J., Paul D.B. Synthesis and evaluation of fluorescent materials for colour control of peroxylate chemiluminescence. II. Violet and blue emitters. Aust. J. Chem., 34 (8) 1687-1700 (1981).

105. Hanhela P.J., Paul D.B. Synthesis and evaluation of fluorescent materials for colour control of peroxylate chemiluminescence. III. Yellow and red fluorescent emitters. Aust. J. Chem., 34 (8) 1701-1717 (1981).

106. Hanhela P./., Paul D.B. Evaluation of fluorescent materials for colour control of peroxylate chemiluminescence. IV. Fluorescence quantum yields of some phenyl and phenylethynyl aromatic compounds. Aust. J. Chem., 37 (3), 553-559, (1984).

107. Sanechika K., Yamamoto T., Yamamoto A. Palladium catalyzed C-C coupling for synthesis of 7i-conjugated polymers composed of arylene and ethynylene units. Bull. Chem. Soc. Jpn., 57 (3), 752-755 (1984).

108. Nakatsuji S., Matsuda K., Uesugi Y., Nakashima K., Akiyama S., Fabian W. Synthtesis and absorbtion/emission spectroscopic properties of bis(phenylethynyl)benzens and 9, lO-bis(phenylethynyl)anthracenes. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1, 1992 (7), 775-758.

109. Takalo H., Mukkala V.-M., Mikola H., Liitti P., Hemmila I. Synthesis of europium (III) chelates suitable foJlabeling of bioactive molecules. Bioconjugate Chem., 5 (3) 278-282 (1994).

110. Nguyen P., Todd S., Van den Biggelaar D., Taylor N. J., Marder T.B., Wittmann F., Friend R.H. Facile route to highly fluorescent 9,10-bis(p-R-phenylethynyl)anthracene chromophores via palladium-copper catalyzed cross-coupling. Synlett, 1994 (4), 299-301.

111. Akiyama S., Tajima K., Nakasuji S., Nakashima K., Abiru K., Watanabe M. Direct C=C triple bond formation from the C=C double bond and direct hydroxylation into the o-position of a nitro group on the benzene nucleus. Bull. Chem. Soc. Jpn., 68 (7), 2043-2051 (1995).

112. Perman J., Sharma R.A., Bobek M. Synthesis of l-(2-deoxy-J3-D-erythro-pentofuranosyl)-5-ethynyl-1,2,3,4-tetrahydropyrimidine-2,4-dione (5-ethynyl-2'-deoxyuridine). Tetrahedron Lett., 1976 (28), 2427-2430.

113. Jones A.S., Walker R.T. The preparation and properties of some 5-substituted uracil derivatives. Nucl. Acids Spec. Publ. No. 1, sl-s4 (1975).

114. Barr P.J., Jones A.S., Walker R.T. Incorporation of 5-substituted uracil derivatives into nucleic acids. Part IV. The synthesis of 5-ethynyluracil. Nucl. Acids Res., 3 (10), 2845-2849 (1976).

-128115. Corey E.J., Fuchs P.L. A synthetic method for formyl -» ethynyl conversion (RCHO RCsCH or RC=CR'). Tetrahedron Lett., 1972 (36), 3769-3772.

116. Jones A.S., Serafinowski P., Walker R.T. Synthesis of 5-ethynylcytosine and 5-ethynylcytidine. Tetrahedron Lett., 1977 (28), 2459-2460.

117. Bobek M., Bloch A. The chemistry and biology of some new nucleoside analogs active against tumor cells. In: Chemistry and Biology of Nucleosides and Nucleotides. R.E. Harmon, R.K. Robins, L.B. Townsend, Eds., New York: Academic Press, 1978, 135-148.

118. Sharma R.A., Kavai I., Hughes R.G., Jr., Bobek M. Acetylenic nucleosides. 3. Synthesis and biological activities of some 5-ethynylpyrimidine nucleosides. /. Med. Chem., 27 (4), 410-412 (1984).

119. Barr P.J., Jones A.S., Serafinowski P., Walker R.T. The synthesis of nucleosides derived from 5-ethynyluracil and 5-ethynylcytosine. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1, 1978 (10), 1263-1267.

120. Rahim S.G., TrivediN., Bogunovic-BatchelorM.V., Hardy G.W., Mills G., Selway J.W. T., Snowden W., Littler E., Coe P.L., Basnak I., Whale R.F., Walker R.T. Synthesis and anti-herpes virus activity of 2'-deoxy-4'-tMopyrimidine nucleosides. J. Med. Chem., 39 (3), 789-795 (1996).

121. Eger K., Jalalian M., Schmidt M. Synthesis of a potential antiviral compound: 5-bromoethynyl-2'-deoxyuridine. Tetrahedron, 50 (28), 8371-8380 (1994).

122. Walker R.T, Jones A. S., Rahim S.G., Serafinowski P., De Clercq E. The synthesis and properties of some 5-substituted uracil derivatives. Nucl. Acids Symp. Ser. No. 9, 21-24 (1981).

123. Sharma R.A., Goodman M.M., Bobek M. Acetylenic nucleosides. II. Synthesis of 5-ethynylcytidine and 1 - (P - D - arabinofuranosy I) - 5 - ethyny lcytosine. J. Carbohydr. Nucleosides & Nucleotides, 7 (1), 21-34 (1980).

124. Efange S.M.N., Cheng Y.-C., Bardos T.J. Synthesis and biological activities of 2-pyrimidinone nucleosides. III. 5-alkynyl-2-pyrimidinone 2'-deoxyribosides. Nucleosides & Nucleotides, 4 (5), 545-564 (1985).

125. Bardos T.J., Cheng Y.-C., Schroeder A.C., Efange S.M.N. 5-Ioso-2-pyrimidinone nucleoside. Pat. US 4895937 (1990).

126. Bardos T.J., Cheng Y.-C., Schroeder A.C., Efange S.M.N Novel 5-substituted 2-pyrimidinone nucleosides and methods of use. Pat. US 4782142 (1988).

127. Castro C.E., Stephens R.D. Substitutions by ligands of low valent transition metals. A preparation of tolanes and heterocyclics from aryl iodides and cuprous acetylides. J. Org. Chem., 28 (8), 2163 (1963).

128. Stephens R.D., Castro C.E. The substitution of aryl iodides with cuprous acetylides. A synthesis of tolanes and heterocyclics. J. Org. Chem., 28 (12), 3313-3315 (1963).

129. HeckR.F. Palladium-catalyzed reactions of organic halides with olefins. Acc. Chem. Res., 12 (4), 146-151 (1979).

130. Heck R.F. Palladium-catalyzed vinylation of organic halides. Org. React., 21, 345390 (1982).

131. Heck R.F. Palladium Reagents in Organic Syntheses. London: Academic Press, 1985.

132. Cabri W., Candiani I. Recent developments and new perspectives in the Heck reaction. Acc. Chem. Res., 28 (1), 2-7 (1995).

133. De Meijere A., Meyer F.E. Kleider machen Leute: Heck-Reaktion in neuen Gewand. Angew. Chem., 106 (23/24), 2473-2506 (1994).

134. Dieck H.A., Heck F.R. Palladium catalyzed synthesis of aryl, heterocyclic and vinylic acetylene derivatives. /. Organometal. Chem., 93 (2), 259-263 (1975).

135. Cassar L. Synthesis of aryl- and vinyl-substituted acetylene derivatives by the use of nickel and palladium complexes. J. Organometal. Chem., 93 (2), 253-257 (1975).

136. Sonogashira K, Tohda Y., Hagihara N. A convenient synthesis of acetylenes: catalytic substitutions of acetylenic hydrogen with bromoalkenes, iodoarenes, and bromopyridines. Tetrahedron Lett., 1975 (50), 4467-4470.

137. Rossi R., Carpita A, Bellina F. Palladium- and/or copper-mediated cross-coupling reactions between 1-alkynes and vinyl, aryl, 1-alkynyl, 1,2-propadienyl, propaigyl and allylic halides or related compounds. A review. Org. Prep. Proc. Int., 27 (2), 127-160 (1995).

138. Edo K, Sakamoto T., Yamanaka H. Studies on pyrimidine derivatives. IX. Coupling reaction of monosubstituted acetylenes with iodopyrimidines. Chem. Pharm. Bull., 26 (12), 3843-3850 (1978).

139. Edo K, Yamanaka H., Sakamoto T. Coupling reaction of monosubstituted acetylenes with iodopyrimidines. Heterocycles, 9 (3), 271-274 (1978).

140. Tanji K, Sakamoto T., Yamanaka H. Studies on pyrimidine derivatives. XXVII. Synthesis of 2- and 4-pyrimidinyl ketones by means of the hydration of alkynylpyrimidines. Chem. Pharm. Bull., 30 (5), 1865-1867 (1982).

141. Akita Y, Ohta A. Facile syntheses of (Z)- and (E)-2,5-dimethyl-3-styrylpyrazines, isolated from the argentine ants. Heterocycles, 19 (2), 329-331 (1982).

142. Yamanaka H, Shiraiwa M., Edo K, Sakamoto T. Studies on quinoline and isoquinoline derivatives. II. Coupling reaction of haloquinolines and haloisoquinolines with monosubstituted acetylenes in the presence of palladium complex. Chem. Pharm. Bull., 27 (1), 270-273 (1979).

143. Nair V., Sells T.B. Copper mediated reactions in nucleoside synthesis. Tetrahedron Lett, 31 (6), 807-810 (1990).

144. Tanaka H., Haraguchi K., Koizumi Y, Fukui M., Miyasaka T. Synthesis of 6-alkynylated uridines. Can. J. Chem., 64 (8), 1560-1563 (1986).

145. Schroeder A.C., Bloch A., Perman J.L., Bobek M. Synthesis and biological evaluation of 6-ethynyluracil, a thiol-specific alkylating pyrimidine. J. Med. Chem., 25 (10), 1255-1258 (1982).

146. Thornburg L.D., Stubbe J. Mechanism-based inactivation of thymine hydroxylase, an a-ketoglutarate-dependent dioxygenase, by 5-ethynyluracil. Biochemistry, 32 (50), 14034-14042 (1993).

147. Meunier P., Ouattara I., Gautheron B., Tirouflet J., Camboli D., Besançon J. Synthèse, caractérisation et propriétés cytotoxiques des premiers "métallocénonucléosides". Eur. J. Med. Chem., 26 (3), 351-362 (1991).

148. Koyama S., Kumazawa Z., Kashimura N. Synthesis of 6- and 8-alkynylated purines and their ribonucleosides by the coupling of halopurines with alkynes. Nucl. Acids Symp. Ser. No. 11, 41-44 (1982).

149. Kundu N.G., Chaudhuri L.N. Synthesis of dimethoxypyrimidines and uracils with novel C-5 substituents. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1, 1991 (7), 1677-1682.

150. Kundu N.G., Dasgupta S.K Synthesis of 5-(acylethynyl)uracils and then-corresponding 2'-deoxyribonucleosides through palladium-catalysed reactions. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1, 1993 (21), 2657-2663.

151. Langli G., Gundersen L.-L., Rise F. Regiochemistry in Stille couplings of 2,6-dihalopurines. Tetrahedron, 52 (15), 5625-5638 (1996).

152. Bergstrom D., Lin X., Wang G., Rotstein D., Beal P., Norrix K, Ruth J. C-5-substituted nucleoside analogs. Synlett, 1992 (3), 179-188.

153. Bergstrom D.E., Ogawa M.K C-5-substituted pyrimidine nucleosides. 2. Synthesis via olefin coupling to organopalladium intermediates derived from uridine and 2'-deoxyuridine. J. Am. Chem. Soc., 100 (26), 8106-8112 (1978).

154. Hobbs F.W., Jr. Palladium-catalyzed synthesis of alkynylamino nucleosides. A universal linker for nucleic acids. /. Org. Chem., 54 (14), 3420-3422 (1989).

155. Công-Danh N., Beaucourt J.-P., Pichat L. Modification de la position 8 des purines nucleosides et de l'adenosine monophosphate cyclique-3',5'. Reactions de couplage catalytique des organomagnesiens avec les bromo-8 purines ribosides et bromo-8 adenosine monophosphate cyclique-3',5' silyles en presence de dichloro-bis-triphenylphosphine palladium. Tetrahedron Lett., 1979 (34), 3159-3162.

156. Robins M.J., Barr P.J. Nucleic acid related compounds. 31. Smooth and efficient palladium-copper catalyzed coupling of terminal alkynes with 5-iodouracil nucleosides. Tetrahedron Lett., 22 (22), 421-424 (1981).

157. Robins M.J., Barr P.J. Nucleic acid related compounds. 39. Efficient conversion of 5-iodo to 5-alkynyl and derived 5-substituted uracil bases and nucleosides. J. Org. Chem., 48 (11), 1854-1862 (1983).

158. De Clercq E., Descamps J., Balzarini J., Giziewicz J., Barr P.J., Robins M.J. Nucleic acid related compounds. 40. Synthesis and biological activities of 5-alkynyluracil nucleosides. J. Med. Chem., 26 (5), 661-666 (1983).

159. Haralambidis J., Chai M., Tregear G.W. Preparation of base-modified nucleosides suitable for non-radioactive label attachment and their incorporation into synthetic oligodeoxyribonucleotides. Nucl. Acids Res., 15 (12), 4857-4876 (1987).

160. Luyten I., De Winter H., Busson R., Lescrinier T., Creuven I., Durant F., Balzarini J., De Clercq E., Herdewijn P. Synthesis of 2'-deoxy-5-(isothiazol-5-yl)uridine and its interaction with the HSV-1 thymidine kinase, ffelv. Chim. Acta, 79 (5), 14621474 (1996).

161. Vincent P., Beaucourt J.-P., Pichat L. Alcynyl-5 desoxy-2' uridines par couplages d'organozinciques acetyleniques avec l'iodo-5 0-3',5'-bis(trimethylsilyl)desoxy-

uridine, catalyses par des complexes organopalladies et de nickel. Tetrahedron Lett., 22 (10), 945-947 (1981).

162. Vincent P., Beaucourt J.-P., Pichat L., Balzarini J., De Clercq E. Syntheses, activités biologiques et etude conformationnelle D'alcynyl-5 desoxy-2' uridines. Nucleosides & Nucleotides, 4 (5), 429-445 (1985).

163. Matsuda A., Shinozaki M., Yamaguchi T., Homma H., Nomoto R., Miyasaka T., Watanabe Y., Abiru T. Nucleosides and nucleotides. 103. 2-Alkynyladenosines: a novel class of selective adenosine A2 receptor agonists with potent antihypertensive effects. J. Med. Chem., 35 (2), 241-252 (1992).

164. Goodchild J., Porter R.A., Râper R.H., Sim I.S., Upton R.M., Viney J., Wadsworth H.J. Structural requirements of olefinic 5-substituted deoxyuridines for antiherpes activity. /. Med Chem., 26 (9), 1252-1257 (1983).

165. Yamamoto Y., Seko T., Nakamura H., Nemoto H., Hojo H., Mukai N., Hashimoto Y. Synthesis of carboranes containing nucleoside bases. Unexpectedly high cytostatic and cytocidal toxicity towards cancer cells. J. Chem. Soc., Chem. Commun., 1992 (2), 157-158.

166. Tolstikov V.V., Stetsenko D.A., Potapov V.K., Sverdlov E.D. Synthesis and DNA duplex stabilities of oligonucleotides containing C-5-(3-methoxypropynyl)-2'-deoxyuridine residues. Nucleosides & Nucleotides, 16 (3), 215-225 (1997).

167. Nara H., Ono A., Matsuda A. Nucleosides and nucleotides. 135. DNA duplex and triplex formation and resistance to nucleolytic degradation of oligodeoxynucleotides containing syn-norspermidine at the 5-position of 2'-deoxyuridine. Bioconjugate Chem., 6 (1), 54-61 (1995).

168. Robins M.J., Manfredini S., Wood S.G., Wanklin R.J., Rennie B.A., Sacks S.L. Nucleic acid related compounds. 65. New syntheses of l-(p-D-arabinofuranosyl)-5(E)-(2-iodovinyl)uracil (IV AraU) from vinylsilane precursors. Radioiodine uptake as a marker for thymidine kinase positive herpes viral infections. J. Med. Chem., 34 (7), 2275-2280 (1991).

169. Perlman M.E., Watanabe K.A., Schinazi R.F., Fox J.J. Nucleosides. 133. Synthesis of 5-alkenyl-1 -(2-deoxy-2-fluoro-p-D-arabmofuranosyl)cytosines and related pyrimidine nucleosides as potential antiviral agents. J. Med. Chem., 28 (6), 741-748 (1985).

170. Matsuda A., Shinozaki M., Miyasaka T., Machida H., Abiru T. Palladium-catalyzed cross-coupling of 2-iodoadenosine with terminal alkynes: synthesis and biological activities of 2-alkynyladenosines. Chem. Pharm. Bull., 33 (4), 1766-1769 (1985).

171. Matsuda A., Ueda T. The synthesis, mutagenic and pharmacological activities of 2-carbon-substituted adenosines. Nucleosides & Nucleotides, 6 (1/2), 85-94 (1987).

172. Matsuda A., Shinozaki M., Miyasaka T., Abiru T., Ueda T. Synthesis and pharmalogical activities of 2-alkynyl- and 2-alkenyladenine nucleosides. Nucl. Acids Symp. Ser. No. 16, 97-100 (1985).

173. Adah S.A., Nair V. Triflic enolates in the palladium-mediated synthesis of complex ethynyl adenosines. Tetrahedron Lett., 36 (36), 6371-6372 (1995).

174. Abiru T., Miyashita T., Watanabe Y., Yamaguchi T., Machida H, Matsuda A. Nucleosides and nucleotides. 107. 2-(Cycloalkylalkynyl)adenosines: adenosine A2

receptor agonists with potent antihypertensive effects. /. Med. Chem., 35 (12), 2253-2260 (1992).

175. Cristalli G., Eleuteri A., Vittori S., Volpini R., Lohse M.J., Klotz K.-N. 2-Alkynyl derivatives of adenosine and adenosine-5'-N-ethyluronamide as selective agonists at A2 adenosine receptors. /. Med. Chem., 35 (13), 2363-2368 (1992).

176. Shealy Y.F., O'Dell C.A., Arnett G., Shannon W.M. Synthesis and antiviral activity of the carbocyclic analogues of 5-ethyl-2'-deoxyuridine and of 5-ethynyl-2'-deoxyuridine. J. Med. Chem., 29 (1), 79-84 (1986).

177. Bobek M., Kavail, Sharma R.A., Grill S., Dutschman G., Cheng Y.-C. Acetylenic nucleosides. 4. l-p-D-arabinofuranosyl-5-ethynylcytosine. Improved synthesis and evaluation of biochemical and antiviral properties. J. Med. Chem., 30 (11), 2154— 2157 (1987).

178. Inoue H., Imura A., Ohtsuka E. Synthesis of dodecadeoxyribonucleotides containing a pyrrolo[2,3-d]pyrimidine nucleoside and their base-pairing ability. Nippon Kagaku Kaishi, 1987 (7), 1214-1220.

179. Matsuda A., Minakawa N., Sasaki T., Ueda T. The design, synthesis and antileukemic activity of 5-alkynyl-l-p-D-ribofuranosylimidazole-4-carboxamides. Chem. Pharm. Bull., 36 (7), 2730-2733 (1988).

180. Minakawa N., Takeda T., Sasaki T., Matsuda A., Ueda T. Nucleosides and nucleotides. 96. Synthesis and antitumor activity of 5-ethynyl-l-p-D-ribofuranosylimidazole-4-carboxamide (EICAR) and its derivatives. J. Med. Chem., 34 (2), 778-786 (1991).

181. Cruickshank K.A., Stockwell D.L. Oligonucleotide labelling: a concise synthesis of a modified thymidine phosphoramidite. Tetrahedron Lett., 29 (41), 5221-5224 (1988).

182. Saintome C., Clivio P., Fourrey J.-L., Woisard A., Favre A. Development of new nucleic acid photoaffinity probes: synthesis of 4-thiothymine labelled nucleoside analogues. Tetrahedron Lett, 35 (6), 873-876 (1994).

183. Gibson K.J., Benkovic S.J. Synthesis and application of derivatizable oligonucleotides. Nucl. Acids Res., 15 (16), 6455-6467 (1987).

184. HobbsF.W., Jr., Trainor G.L. Alkynylamino-nucleotides. Pat. US 5151507 (1992).

185. Casalnuovo A.L., Calabrese J.C. Palladium-catalyzed alkylations in aqueous media. J. Am. Chem. Soc., 112 (11), 4324-4330 (1990).

186. Kwiatkowski M., Samiotaki M., Lamminntiki U., Mukkala V.-M., Landegren U. Solid-phase synthesis of chelate-labelled oligonucleotides: application in triple-color ligase-mediated gene analysis. Nucl. Acids Res., 22 (13), 2604-2611 (1994).

187. HobbsF.W., Jr., Cocuzza A.J. Alkynylamino-nucleotides. Pat. US 5047519 (1991).

188. Hashimoto H., Nelson M.G., Switzer C. Zwitterionic DNA. J. Am. Chem. Soc., 115 (16), 7128-7134 (1993).

189. Prober J.M., Dam R.J., Robertson C.W., Jr., HobbsF.W., Jr., Trainor G.L. Method, systems and reagents for DNA sequencing. Pat. US 5306618 (1994).

190. Prober J.M., Dam R.J., Robertson C.W., Jr., Hobbs F.W., Jr., Trainor G.L. Method, systems and reagents for DNA sequencing. Pat US 5332666 (1994).

191. Robins M.J., Vinayak R.S., Wood S.G. Solvent, not palladium oxidation state, is the primary determinant for successful coupling of terminal alkynes with iodo-nucleosides. Tetrahedron Lett., 31 (26), 3731-3734 (1990).

192. Crisp G.T., Flyrm B.L. Palladium-catalyzed coupling of terminal alkynes with 5-(trifluoromethanesulfonyloxy)pyrimidine nucleosides. J. Org. Chem., 58 (24), 66146619 (1993).

193. Lin K.-Y., Pudlo J.S., Jones R.J., Bischofberger N., Matteucci M.D., Froehler B.C. Oligodeoxynucleotides containing 5-(l-propynyl)-2'-deoxyuridine foraiacetal and thioformacetal dimer synthons. Bioorg. Med. Chem. Lett., 4 (8), 1061-1064 (1994).

194. Manfredini S., Bazzanini R., Baraldi P.G., Simoni D., Vertuani S., Pani A., Pinna E., Scintu F., Lichino D.s La Colla P. Design, synthesis and antiproliferative activity of methyl 4-iodo-l-p-D-ribofuranosyl-pyrazole-3-carboxylate and related compounds. Bioorg. Med. Chem. Lett., 6 (11), 1279-1284 (1996).

195. Kasnar B. Synthesis of "reversed" and "double headed"nucleosides. Nucleosides & Nucleotides, 14 (3/5), 341-344 (1995).

196. Tanaka H., Baba M., Hayakawa H., Sakamaki T., Miyasaka T., Ubasawa M., Takashima H., Sekiya K., Nitta I., Shigeta S., Walker R. T., Balzarini J., De Clercq E. A new class of HIV-1-specific 6-substituted acyclouridine derivatives: synthesis and anti-HIV-1 activity of 5- or 6-substituted analogues of l-[(2-hydroxyethoxy)methyl]-6-(phenylthio)thymine (HEPT). J. Med. Chem., 34 (1), 349-357 (1991).

197. Tong G., Lawlor J.M., Tregear G.W., Haralambidis J. The synthesis of oligonucleotide-polyamide conjugate molecules suitable as PCR primers. J. Org. Chem., 58 (8), 2223-2231 (1993).

198. Chaudhuri N.C., Kool E.T. Very high affinity DNA recognition by bicyclic and cross-linked oligonucleotides. J. Am. Chem. Soc., 117 (42), 10434-10442 (1995).

199. Goodwin J. T., GHck G.D. Incorporation of alkylthiol chains at C-5 of deoxyuridine. Tetrahedron Lett., 34 (35), 5549-5552 (1993).

200. Osborne S.E., Cain R.J., Glick G.D. Structure and dynamics of disulfide cross-linked DNA triple helices. J. Am. Chem. Soc., 119 (6), 1171-1182 (1997).

201. Seio K, Wada T., Sakamoto K., Yokoyama S., Sekine M. Synthesis and properties of conformationally rigid cyclouridylic acid having a covalent bonding linker between the uracil 5-position and the 5'-phosphate group. Tetrahedron Lett., 36 (52), 95159518 (1995).

202. Davison A., Duckworth G., Vaman Rao M., McClean J., Grzybowski J., Potier P., Brown T., Cubie H. Synthesis and antibody mediated detection of 2,4-dinitrophenyl (DNP) labelled oligonucleotides. Nucleosides & Nucleotides, 14 (3/5), 1049-1052 (1995).

203. Davison A.R., Duckworth G.S., Rao V., Brown T., McClean J.P. Labelling and detection of nucleic acids. EP 754700 (1997).

204. Rahim S.G., Krenitsky T.A. 2',3'-Dideoxy-3'-fluoro-5-ethynyluridine. Pat. US 5157114 (1992).

205. Manfredim S., Baraldi P.G., Bazzanini R., Marangoni M., Simoni D., Balzarini J., De Clercq E. Synthesis and cytotoxic activity of 6-vinyl- and 6-ethynyluridine and 8-vinyl- and 8-ethynyladenosine. /. Med. Chem., 38 (1), 199-203 (1995).

206. Fulcrand-El Kattan G., Goudgaon N.M., Ilksoy N., Huang J.-Т., Watanabe K.A., Sommadossi J.-P., Schinazi R.F. Synthesis and biological properties of 5-o-carboranyl-l-(2-deoxy-2-fluoro-p-D-arabinofuranosyl)uracil. J. Med. Chem., 37 (16), 2583-2588 (1994).

207. Switzer С., Prakash T.P., Ahn Y. Synthesis and characterization of an oligonucleotide containing the bifurcated nucleobase a-adenylpropyl uracil. Bioorg. Med. Chem. Lett., 6 (6), 815-818 (1996).

208. Devadas В., Rogers Т.Е., Gray S.H. Syntheses of novel 3-substituted-2'-deoxy-3-deazauridine nucleosides. Synth. Commun., 25 (20), 3199-3210 (1995).

209. Sagi G., Otvos L., Ikeda S., Andrei G., Snoeck R., De Clercq E. Synthesis and antiviral activities of 8-alkynyl-, 8-alkenyl-, and 8-alkyl-2'-deoxyadenosine analogues. J. Med. Chem., 37 (9), 1307-1311 (1994).

210. Nat V., Purdy D.F. Synthetic approaches to new doubly modified nucleosides: congeners of cordycepin and related 2'-deoxyadenosine. Tetrahedron, 47 (3), 365382 (1991).

211. Edstrom E.D., Wei Y. A new synthetic route to (3-2'-deoxyribosyl-5-substituted pyrrolo[2,3-d]pyrimidines. Synthesis of 2'-deoxycadeguomycin. J. Org. Chem., 60 (16), 5069-5076 (1995).

212. Ramzaeva N., Seela F. 7-Substituted 7-deaza-2'-deoxyguanosines: regioselective halogenation of pyrrolo[2,3-d]pyrimidine nucleosides. Helv. Chim. Acta, 78 (5), 1083-1090 (1995).

213. Homma H., Watanabe Y., Abiru Т., Murayama Т., Nomura Y., Matsuda A. Nucleosides and nucleotides. 112. 2-(l-Hexyn-l-yl)adenosine-5'-uronamides: a new entry of selective A2 adenosine receptor agonists with potent antihypertensive activity. J. Med. Chem., 35 (15), 2881-2890 (1992).

214. Cristalli G., Camaioni E., Vittori S., Volpini R., Borea P.A., ContiA., Dionisotti S., Ongini E., MonopoliA. 2-aralkynyl and 2-heteroalkynyl derivatives of adenosine-5'-N-ethyluronamide as selective A2a adenosine receptor agonists. J. Med. Chem., 38 (9), 1462-1472 (1995).

215. Cristalli G., Camaioni E., Di Francesco E., Vittori S., Volpini R. Chemical and pharmacological profile of selective adenosine receptor agonists. In: Pharmacochemistry Library. V. 24. Perspectives in Receptor Research. Giardina D., PiergentiH A., PiginiM., Eds., Elsevier: Amsterdam, 1996, 165-180.

216. Cristalli G., Volpini R., Vittori S., Camaioni E., Monopoh'A., ContiA., Dionisotti S., Zocchi C., Ongini E. 2-alkynyl derivatives of adenosine-5'-N-ethyluronamide: selective A2 adenosine receptor agonists with potent inhibitory activity on platelet aggregation. J. Med. Chem., 37 (11), 1720-1726 (1994).

217. Seela F, Zulauf M. Palladium-catalyzed cross coupling of 7-iodo-2'-deoxytubercidin with terminal alkynes. Synthesis, 1996 (6), 726-730.

-135218. Kundu N.G., Mahanty J.S., Spears C.P. Unusual cytotoxities of 5-(acylethynyl)-l-(2-hydroxyethoxy)methyluracils. Bioorg. Med. Chem. Lett., 6 (13), 1497-1502 (1996).

219. Balow G., Brugger J., Lesnik E., Acevedo O.L. Positioning of functionalities in a heteroduplex major groove: synthesis of 7-deaza-2-amino-2'-deoxyadenosines. Nucleosides & Nucleotides, 16 (7/9), 941-944 (1997).

220. Acevedo O.L., Andrews R.S., Dunkel M., Dan Cook P. Synthesis of C-4 substituted pyrimidine nucleoside analogs. Preparation of several 4-(2-oxoalkylidene)-2(l.fl)-pyrimidinone ribonucleosides. J. Heterocycl. Chem., 31 (4), 989-995 (1994).

221. Palmisano G., Santagostino M. Base-modified pyrimidine nucleosides. Efficient entry to 6-derivatized uridines by Sn-Pd transmetallation-coupling process. Tetrahedron, 49 (12), 2533-2542 (1993).

222. Bergstrom D.E. Organometallic intermediates in the synthesis of nucleoside analogs. Nucleosides & Nucleotides, 1 (1), 1-34 (1982).

223. Bergstrom D.E., Ruth J.L. Synthesis of C-5-substituted pyrimidine nucleosides via organopalladium intermediates. J. Am. Chem. Soc., 98 (6), 1587-1589 (1976).

224. Castro C.E., Gaughan EJ., Owsley D.C. Indoles, benzofurans, phthalides, and tolanes via copper(I) acetylides. J. Org. Chem., 31 (12), 4071-4078 (1966).

225. Castro C.E., Havlin R., Honwad V.K., Malte A., Mojé S. Copper (I) substitutions. Scope and mechanism of cuprous acetylide substitutions. J. Am. Chem. Soc., 91 (23), 6464-6470 (1969).

226. Толстяков ГЛ., Мустафин А.Г., Гатауллин P.P., Спирихин JI.B., Абдрахманов И.Б. Новый тип взаимодействия 5-иодпиримидинонуклеозидов с алкинами. Изв. АН, Сер. хим., 1992 (6), 1449-1450.

227. Толстиков Г.А., Мустафин А.Г., Гатауллин P.P., Спирихин Л.В., Султанова B.C., Абдрахманов И.Б. Новый тип взаимодействия 5-иодпиримидиновых нуклеозидов с алкинами. Изв. АН, Сер. хим., 1993 (3), 596-598.

228. Ikehara М., Tada Н. 2'-Deoxyadenosine and З'-deoxyadenosine (cordycepin). In: Synthetic Procedures in Nucleic Acid Chemistry. Zorbach W.W., Tipson R.S., Eds., Interscience Publishers: New York, 1968, 188-192.

229. Long R.A., Robins R.K., Townsend L.B. 8-Bromoguanosine. In: Synthetic Procedures in Nucleic Acid Chemistry. Zorbach W.W., Tipson R.S., Eds., Interscience Publishers: New York, 1968, 228-229.

230. Robins M.J., Barr P.J., Giziewicz J. Nucleic acid related compounds. 38. Smooth and high-yield iodination and chlorination at C-5 of uracil bases and p-toluyl-protected nucleosides. Can. J. Chem., 60 (5), 554-557 (1982).

231. Cristalli G., Camaioni E., Vittori S., Volpini R. Platelet aggregation inhibitory activity of selective Aq adenosine receptor agonists. Nucleosides & Nucleotides, 14 (3/5), 449-453 (1995).

232. Asakura J., Robins M.J. Cerium (IV)-mediated halogenation at C-5 of uracil derivatives. J. Org. Chem., 55 (16), 4928-4933 (1990).

233. Tanaka H., Hayakawa H., Haraguchi K, Miyasaka T. Introduction of an azido group to the 6-position of uridine by the use of a 6-iodouridine derivative. Nucleosides & Nucleotides, 4 (5), 607-612 (1985)

234. Nat V., Richardson S.G. Modification of nucleic acid bases via radical intermediates: synthesis of dihalogenated purine nucleosides. Synthesis, 1982 (8), 670-672.

235. Cocuzza A. J. Total synthesis of 7-iodo-2',3'-dideoxy-7-deazapurine nucleosides, key intermediates in the preparation of reagents for the automated sequencing of DNA. Tetrahedron Lett, 29 (33), 4061-4064 (1988).

236. Barr P.J., Hamor ТА., Walker R.T. Antiviral nucleic acid derivatives. III. Crystal structure of 5-ethynyl-2'-deoxyuridine. Acta Cryst., Ser.B, B34 (9), 2799-2802 (1978).

237. Cygler M., Anderson W.F., Giziewicz J., Robins M.J. The crystal and molecular structure of 5-(propyn-l-yl)-l-(p-D-arabinofuranosyl)uratil. A very short C=C triple bond. Can. J. Chem., 62 (1), 147-152 (1984).

238. Зенгер В. Принципы структурной организации нуклеиновых кислот. - М.: Мир, 1987.

239. Molina J.M., Espinosa MR. Theoretical studies of 5-X-2'-deoxyuracils with known antiviral activity. Part 2. A comparison of molecular mechanics, AMI, and PM3 metodologies. J. Mol. Struct. (Theochem), 333 (1/2), 111-119 (1995).

240. Olah G.A., Ed. Friedel-Crafts and Related Reactions. NY: Interscience, 1963- Vol. 3, Pt. 1, 271-272.

241. Bachmann W.E., Carmack M. Methyl derivatives of 3,4-benzpyrene. The Willgerodt reaction on some 3-acylpyrenes. J. Am. Chem. Soc., 63 (9), 2494-2499 (1941).

242. Bodendorf K, Kloss P. Acetylen-Derivate durch Fragmentierung. Angew. Chem., 75 (2), 139 (1963).

243. Bodendorf K, Mayer R. Uber die Darstellung und Fragmentierung von (3-Chlor-acroleinen. Chem. Ber., 98 (11), 3554-3560 (1965).

244. Lotzbeyer J., Bodendorf K. Darstellung von Aryl-buten-inen und Phenyl-hexadien-in. Chem. Ber., 100 (8), 2620-2624 (1967).

245. Gordon A. J., Ford R.A. The Chemist's Companion. A Handbook of Practical Data, Techniques, and References. New York: Wiley-Interscience, 1972, p. 269.

246. Rosenblum M., Brawn N., Papenmeier J., Applebaum M. Synthesis of ferrocenylacetylenes. J. Organometal. Chem., 6 (2), 173-180 (1966).

247. Суворов H.H., Каменский А.Б., Смушкевич Ю.И., Лившиц А.И. Синтез и превращения индол-3-ацетилена. Ж. орган, химии, 13 (1), 197-199 (1977).

248. Royles B.J.L., Smith D.M. The 'inverse electron-demand' Diels-Alder reaction in polymer synthesis. Part 1. A convenient synthetic route to diethynyl aromatic compounds. /. Chem. Soc., Perkin Trans. 1, 1994 (4), 355-358.

249. Koch S.S.C., Dardashti L.J., Hebert J.J, White S.K., Croston G.E, Flatten K.S., Heyman R.A., Nadzan A.M. Identification of the first retinoid X receptor homodimer antagonist. J. Med. Chem., 39 (17), 3229-3234 (1996).

250. Okamoto Y, Chellappa K.L., Kundu S.K. Magnetic shielding of acetylenic protons in ethynylarenes. J. Org. Chem., 37 (20), 3185-3187 (1972).

251. Gan L.-S.L., Acebo A.L., Alworth W.L. 1-Ethynylpyrene, a suicide inhibitor of cytochrome P-450 dependent benzojajpyrene hydroxylase activity in liver microsomes. Biochemistry; 23 (17), 3827-3836 (1984).

252. Nakasuji K, Akiyama S., Nakagawa M. Linear Conjugated systems bearing aromatic terminal groups. VII. Syntheses and electronic spectra of 1,1'- and 2,2'-dipyrenylpoly-ynes. Bull. Chem. Soc. Japan, 45 (3), 875-882 (1972).

253. Woo J., Meyer R.B., Jr., Gamper H.B. G/C-modified oligodeoxynucleotides with selective complementarity. Nucl. Acids Res., 24 (13), 2470-2475 (1996).

254. Коршун B.A., Манасова E.B., Берлин Ю.А. Алкинилнрованные нуклеозиды и их аналоги. I. Методы синтеза. Биоорган, химия, 23 (5), 324-386 (1997).

255. Asakura J. Metal carbonate-mediated complete deacylation of polyacyl protected nucleosides. Nucleosides & Nucleotides, 12 (7), 701-711 (1993).

256. Rodenburg L., de Block R., Bieze T. W.N., Corneh'sse J., Lugtenburg J. Reactivity of pyrene dianion and some of its 2-substituted derivatives. Reel. Trav. Chim. Pays-Bas, 107 (1), 9-14 (1988).

257. Musa A., Sridharan В., Lee H., Mattern D.L. 7-Amino-2-pyrenecarboxylic acid. J. Org. Chem., 61 (16), 5481-5484 (1996).

258. Han W., Tran J., Zhang H., Jeffrey S., Swartling D., Ford G., Biehl R 4-Bromopyrenes with arylacetonitriles and 3-cyanophthalides under aryne-forming conditions. Synthesis, 1995 (7), 827-830.

259. Goldschmiedt G. Über die Structur des Pyrens. Justus Liebigs Ann. Chem., 351, 218-232 (1907).

260. Längstem E. Beiträge zur Kenntnis der Struktur des Pyrens. Monatsh. Chem., 31 (8), 861-870 (1910).

261. Cook J.W., Hewett C.L., Hieger I. The isolation of a cancer-producing hydrocarbon from coal tar. Parts I, II, and III. J. Chem. Soc., 1933 (pt. 1), 395-405.

262. Coulson ЕЛ. Studies in tar hydrocarbons. Part I. Reduction products of pyrene. J. Chem. Soc., 1937 (II), 1298-1305.

263. Vollmann H., Becker H., Corell M., Streeck H. Beiträge zur Kenntnis des Pyrens und seiner Derivate. Justus Liebigs Ann. Chem., 531 (1/2), 1-159 (1937).

264. Герасименко Ю.Е., Шевчук И.Н. Химия пирена. VIII. 4-Ацетилпирены и ЗН-бенз[с^пирен-3-он. Ж. орган, химии, 4 (12), 2198-2203 (1968).

265. Konieczny М., Harvey R.G. Synthesis of cyclopenta[c£^pyrene. J. Org. Chem., 44 (13), 2158-2160 (1979).

266. Sangaiah R., Gold A. Synthesis of cyclopentafccflpyrene and its benzannelated derivative naphtho[l,2,3-mno]acephenantrylene. J. Org. Chem., 53 (11), 2620-2622 (1988).

267. Foroozesh M., Primrose G., Guo Z., Bell L.C., Alworth W.L., Guengerich F.P. Aryl acetylenes as mechanism-based inhibitors of cytochrome P450-dependent monooxygenase enzymes. Chem. Res. Toxicol., 10 (1), 91-102 (1997).

268. Friedel R.A., Orchin M. Ultraviolet spectra of aromatic compounds. John Wiley & Sons Inc., New York, 1951, spectrum no. 563.

269. Johansson L.B.-A., Molotkovsky J.G., Bergelson L.D. Fluorescence and absorption properties of perylenyl and perylenoyl probe molecules in solvents and liquid crystals. J Am. Chem. Soc., 109 (24), 7374-7381 (1987).

270. Balakin K.V., Korshun V.A., Mikhalev I.I., Maleev G.V., Malakhov A.D., Prokhorenko I.A., Berlin Y.A. Conjugates of oligonucleotides with polyaromatic fluorophores as promising DNA probes. Biosensors & Bioelectronics, 13 (7/8), 771778 (1998).

271. Balakin K.V., Korshun V.A., Esipov D.S., Mikhalev 1.1., Berlin Y.A. Perylene-labeled oligonucleotide as a probe in homogeneous hybridization assay. Submitted to Nucleosides & Nucleotides.

272. Masuko M., Ohuchi S, Sode K, Ohtani H., Shimadzu A. A nucleic acid hybridization assay method based on the fluorescence resonance energy transfer from pyrene to perylene labels under homogeneous solution conditions. Nucl. Acids Symp. Ser. No. 39, 111-112 (1998).

273. Shimadzu A., Ohtani H., Ohuchi S., Sode K, Masuko M. Perylene excimer formation by excimer-forming two-probe nucleic acid hybridization method. Nucl. Acids Symp. Ser. No. 39, 45-46 (1998).

274. Добршов М.И., Гайдамаков СЛ., Гайнутдинов Т.И., Тенетова Е.Д., Шишкин Г.В., Власов В.В. Бинарная система олигонукпеотидных производных перилена и /7-азидотетрафторбензальгидразона для сенсибилизированной к видимому свету фотомодификации ДНК. ДАН, 358 (3), 403-407 (1998).

275. Zieger Н.Е. Alkylperylenes. The isomeric ethylperylenes. J. Org. Chem., 31 (9), 2977-2981 (1966).

276.i Гречишникова И.В., Михалев И.И, Молотковский Юл.Г. Флуоресцентные липидные зонды с периленовой меткой. Биоорган, химия, 21 (1), 70-76 (1995).

277. Hall М., Parker D.К, GroverP.L., LuJ.-Y.L., Hopkins N.E., Alworth W.L. Effects of 1-ethynylpyrene and related inhibitors of P450 is zymes upon benzo[a]pyrene metabolism by liver microsomes. Chem.-Biol. Interactions, 76 (2), 181-192 (1990).

278. Devadoss C., Bharathi P., Moore J.S. Energy transfer in dendritic macromolecules: molecular size effects and the role of an energy transfer. J. Am. Chem. Soc., 118 (40), 9635-9644 (1996).

279. Пушкина JI.H., Ткачев В.В. О люминесцентных и сцинтилляционных свойствах некоторых 2-замещенных бензоксазолов. Ж прикл. спектроскопии, 1 (3), 275-279 (1964).

280. Reiser A., Leyshon L.J., Saunders D., Mijovic M.V., Bright A., Bogie J. Fluorescence of aromatic benzoxazole derivatives. J. Am. Chem. Soc., 94 (7), 24142421 (1972).

281. Базылъ O.K., Грузинский B.B., Данилова В.И., Колылова Т.Н., Майер Г.В. Исследование зависимости спектрально-люминесцентных и генерационных свойств некоторых ароматических производных бензоксазода от их электронного строения. Оптика и спектроскопия, 48 (2), 262-266 (1980).

282. Борисевич НА., Гореленко А.Я., Казак НС., Калоша НИ., Моргун Ю.Ф., Агашков А.В., Толкачев В.А., Тугбаев В А. Генерация излучения парами сложных молекул в области 330-350 нм. Ж. прикл. спектроскопии, 32 (2), 357359 (1980).

-139283. Васильева О.А., Гореленко А.Я., Давыдов С.В., Калоша И.И., Толкачев В.А. Генерация излучения растворами арилацетиленовых производных при лазерной и ламповой накачках. Ж. прикл. спектроскопии, 46 (4), 642-645 (1987).

284. Roussilhe J., Despax В., Lopez A., Paillous N. Photodimerization of 2-phenylbenzoxazole and its acid-catalysed reversion as a new system for light energy conversion. J. Chem. Soc., Chem. Commun., 1982 (7), 380-381.

285. Roussilhe J., Fargin E., Lopez A., Despax В., Paillous N. Photochemical behavior of 2-phenylbenzoxazole. Synthesis of 1,3-diazetidine via the intermolecular [2n + 2„] cycloaddition of two carbon-nitrogen double bonds. /. Org. Chem., 48 (21), 37363741 (1983).

286. Fery-Forgues S., Paillous N. Photodehalogenation and photodimerization of 2-(4-halophenyl)benzoxazoles). Dependence of the mechanism on the nature of the halogen atom. J. Org. Chem., 51 (5), 672-677 (1986).

287. Fery-Forgues S., Lavabre D., Paillous N. Electron transfer on the photodehalogenation of 2-(4-halophenyl)benzoxazole assisted by amines. J. Org. Chem., 52 (15), 3381-3386 (1987).

288. Hein D. W., Alhem R.J., Leavitt J.J. The use of polyphosphoric acid in the synthesis of 2-aryl- and 2-alkyl-substituted benzimidazoles, benzoxazoles and benzothiazoles. /. Am. Chem. Soc., 79 (2), 427-429 (1957).

289. So Y.-H., Zaleski J.M., Murlick C., Ellaboudy A. Synthesis and photophysical properiiejof some benzoxazole and benzothiazole compounds. Macromolecules, 29 (8), 2783-2795 (1996).

290. So Y.-H., Heeschen J.P. Mechanism of polyphosphoric acid and phosphorus pentoxide-methanesulfonic acid as synthetic reagents for benzoxazole formation. J. Org. Chem., 62 (11), 3552-3561 (1997).

291. Covello M., De Simone F, Dim A. Nuovi iodorganici di sintesi 2-iodoaribenzossazoli. Rend. Accad. Sci. Fis. Mat., Naples, 36, 219-225 (1969).

292. Varum R.S., Saini R.K, Prakash O. Hypervalent iodine oxidation of phenolic Schiffs bases: synthesis of 2-arylbenzoxazoles. Tetrahedron Lett., 38 (15), 2621-2622 (1997).

293. Delia Giana L., Haim A. Synthesis of l,4-bis(4-pyridyl)butadiyne. J. Heterocycl. Chem., 21 (2), 607-608 (1984).

294. Rodenhouse R., Percec V. Liquid crystal polymers containing macroheterocyclic ligands. 8. Synthesis and characterization of poly{l-(2-methyl-4-(4'-carboxybenzo-15-crown-5)pheriyl)ethynyl-4-( 11 -vinyloxyundecan-1 -yloxy)benzene}. Polym. Bull., 25 (1), 47-54 (1991).

295. MeUssaris A.P., Litt M.H. A simple and economical synthetic route to p-ethynylaniline and ethynyl-terminated substrates. J. Oig. Chem., 59 (19), 5818-5821 (1994).

296. Mal'kina A.G., Brandsma L., Vasilevsky S.F., Trofimov B.A. An improved procedure for the preparation of aryl- and hetarylacetylenes. Synthesis, 1996 (5), 589-590.

297. Cosford N.D.P., Bleicher L., Herbaut A., McCallum J.S., Vernier J.-M., Dawson H., Whitten J.P., Adams P., Chavez-Noriega L., Correa L.D., Crona J.H., Mahaffy

L.S., Menzaghi F., Rao T.S., Reid R., Sacaan A.I., Santori E., Stauderman K.A., Whelan K, Lloyd G.K., McDonald LA. (5)-(-)-5-Ethynyl-3-(l-methyl-2-pyrrolidinyl)pyridine maleate (SIB-1508Y): a novel anti-parkinsonian agent with selectivity for neuronal nicotinic acetylcholine receptors. J. Med. Chem., 39 (17), 3235-3237 (1996).

298. Crisp G.Т., Jiang Y.-L. A convenient route to condensed-ring aromatic acetylenes. Synth. Commun., 28 (14), 2571-2576 (1998).

299. Grechishnikova I.V., Johansson L.B.-A., Molotkovsky J.G. Synthesis of new bifluorophoric probes adapted to studies of donor-donor electronic energy transfer in lipid system. Chem. Phys. Lipids, 18 (1), 87-98 (1996).

300. Sessler J.L., Wang R. Self-assembly of an "artificial dinucleotide duplex". J. Am. Chem. Soc., 118 (40), 9808-9809 (1996).

301. Sessler J. L., Wang R. Design, synthesis, and self-assembly of "artificial dinucleotide duplexes". / Org. Chem., 63 (12), 4079-4091 (1998).

302. Sessler J.L., Wang R. A new base-pairing motif based on modified guanosines. Angew. Chem., Int. Ed., 37 (12), 1726-1729 (1998).

303. Caruthers M.H., Barone A.D., Beaucage S.L., Dodds D.R., Fisher E.F., McBride L.J., Matteucci M., Stabinsky Z., Tang J.-Y. Chemical synthesis of deoxyoligonucleotides by the phosphoramidite method. Meth. Enzymol., 154, 287313 (1987).

304. Damha M.J., Giannaris P.A., Zabarylo S.V. An improved procedure for derivatization of controlled-pore glass beads for solid-phase oligonucleotide synthesis. Nucl. Acids Res., 18 (13), 3813-3821 (1990).

305. Kobertz W.R., Essigmann J.M. Solid-phase synthesis of oligonucleotides containing a site-specific psoralen derivative. J. Am. Chem. Soc., 119 (25), 5960-5961 (1997).

306. Шпаковский Г.В., Лебеденко E.H. Первый представитель нового семейства эукариотических факторов транскрипции, обнаруженный с помощью межвидовой комплементации. Биоорган, химия, 23 (3), 234-237 (1997).

307. Добриков М.И., Гайдамаков С.А., Гайнутдинов Т.И., Иванова Т.М., Власов В.В. Сенсибилизированная фотомодификация ДНК бинарными системами олигонуклеотидных конъюгатов. V. Влияние строения ДНК-мишени. Количественная фотомодификация. Биоорган, химия, 25 (2), в печати (1999).

308. Atkinson Т., Smith М. Solid-phase synthesis of oligodeoxyribonucleotides by the phosphite-triester method. In: Oligonucleotide synthesis: a practical approach. Gait M.H., Ed., IRL Press: Oxford, 35-81 (1984).

309. Органикум. M: Мир, 1992. Т. 2, с. 409-410.

310. Coulson D.R. Tetrakis(triphenylphosphine)palladium (0). Inorg. Synth., 13, 121-124 (1972).

311. Nielsen J., Dahl O. Improved synthesis of (Pr^N^POCHaC^CN. Nucl. Acids Res., 15 (8), 3626 (1987).

312. Bannwarth W., Trzeciak A. A simple and effective chemical phosphorylation procedure for biomolecules. Helv. Chim. Acta, 70 (1), 175-186 (1987).

313. Sarobe M., Zwikker J.W., Snoeijer J.D., Wiersum U.E., Jenneskens L.W.

Preparative flash vacuum thermolysis. A short synthesis of cyclopenta[c,¿/¡pyrene. J. Chem. Soc., Chem. Commun., 1994 (1), 89-90.

314. Graebe C. Uber Pyren. Justus LiebigsAnn. Chem., 158 (3), 285-299 (1871).