Дивергенция пород кур по полиморфизму митохондриальной и геномной ДНК тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Рябова Анна Евгеньевна

• Рябова Анна Евгеньевна
• кандидат наук
• 2025

Оглавление диссертации кандидат наук Рябова Анна Евгеньевна

2. ОСНОВНАЯ ЧАСТЬ

2.1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

2.1.1.Доместикация и селекция пород кур

2.1.2. Молекулярные подходы к оценке генетического разнообразия пород кур

2.1.2.1. Анонимные локусы для изучения генетического разнообразия животных

2.1.2.2. Оценка генетического разнообразия с помощью микросателлитных маркеров

2.1.2.3. Генетическая изменчивость митохондриальной ДНК

2.1.2.4. Изменчивость однонуклеотидных полиморфизмов в геноме

2.1.3. Статистические методы анализа филогении пород кур

2.1.3.1. Оценка биоразнообразия

2.1.3.2. PCA анализ

2.1.3.3. Кластерный анализ (Admixture)

2.1.3.4. Филогенетическое дерево пород

2.1.3.5. Пробеги гомозиготности (ROH)

2.2.МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

2.2.1. Методика исследований

2.3. РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

2.3.1. Фенотипические характеристики изучаемых пород кур

2.3.2. Характеристика генетического разнообразия внутри и между породами на основе данных БЫР

2.3.2.1. Характеристика внутри- и межпородной изменчивости на основе данных результатов секвенирования фрагмента D-петли митохондриальной ДНК кур

2.3.2.2. Характеристика генетического разнообразия внутри и между породами кур на основе анализа данных полногеномного генотипирования на чипах

2.3.3. Поиск «следов селекции» и дрейфа генов, характеризующих особенности исследуемых популяций птицы

2.3.3.1. Поиск следов селекции в породе кур новопавловская

2.3.3.2. Поиск следов селекции в породе кур фавероль

2.3.3.3. Поиск следов селекции в породе кур орловская ситцевая

2.3.3.4. Поиск следов селекции в породе кур юрловская голосистая.. ..85 3. ЗАКЛЮЧЕНИЕ

3.1. Выводы

3.2. Рекомендации по практическому использованию научных выводов

3.3. Перспективы дальнейшей разработки темы исследований

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЯ

Приложение 1. Распределение вариабельных сайтов

последовательности контрольного региона D-петли мтДНК в

идентифицированных гаплотипах у исследуемых пород кур

Приложение 2. Встречаемость гомозиготных районов в исследуемых

породах кур

Приложение 3. Гены, входящие в состав найденных гомозиготных регионов у исследуемых пород кур

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Дивергенция пород кур по полиморфизму митохондриальной и геномной ДНК»

1. ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы. Доместикация кур своими корнями уходит в Древний Китай и датируется ~8000 годами до н.э. [Xiang H. et al., 2014]. С процессом осваивания новых земель птица стала домашним животным и главным источником пищи. На сегодняшний день куры являются самым многочисленным видом относительно других сельскохозяйственных животных. Адаптация животных к условиям окружающей среды и искусственный отбор, направленный на увеличение производства животноводческой продукции, что привело к породообразованию. Поэтому изучение генома кур играет важную роль в получении информации о генетической изменчивости в различных популяциях.

С развитием ДНК-технологий геномные инструменты и биоинформационные ресурсы позволяют проводить детальную оценку генетического разнообразия домашней курицы Gallus gallus domesticus с помощью различных ДНК-маркеров, в том числе и SNP (Single Nucleotide Polymorphism, однонуклеотидный полиморфизм) [Wang M.S. et al., 2020, Dementieva N.V. et al., 2022, Митрофанова О.В. и др., 2007].

В настоящее время большинство исследований направлены на изучение только ядерной ДНК (далее - яДНК). Однако, хорошо известно, что в клетках млекопитающих, кроме яДНК, содержатся и множество копий митохондриальной ДНК (далее - мтДНК). мтДНК в своей структурной и функциональной организации имеет ряд отличительных особенностей, поэтому анализ полиморфизмов мтДНК дает возможность эффективно оценить генетическую изменчивость внутри- и между популяциями [Yussif I. et al., 2024, Ларкина Т.А. и др., 2024]. Благодаря тому, что в мтДНК отсутствуют рекомбинации, ее анализ позволяет исследовать генетические связи между породами и отслеживать как древние, так и относительно недавние эволюционные события [Сулимова Г.Е. и др., 2008].

Данные об однонуклеотидных полиморфизмах геномной и митохондриальной ДНК кур позволяют генерировать новые знания о генетической структуре, дивергенции и родственных связях местных пород на молекулярном уровне. А также они дают информацию об источниках фенотипического разнообразия популяций кур [Harumi T. et al., 2015, Dementieva N.V. et al., 2022]. Исследование ядерного и митохондриального генома служат источником данных об уникальной генетической структуре пород кур [Gering E. et al., 2015].

Несмотря на то, что породное разнообразие кур подробно изучается, многие аспекты процессов дивергенции и филогении непромышленных пород остаются неизвестными.

Исходя из вышесказанного, актуальной задачей является изучение полиморфизмов ядерной и митохондриальной ДНК пород кур, что позволит использовать полученные данные для оценки генетической структуры и особенностей генетического разнообразия Gallus gallus domesticus.

Степень разработанности темы. Дивергенция пород кур изучается во всем мире различными авторами [Miao Y.W. et al., 2013, Tadano R. et al., 2012, Wang M.S. et al., 2020, Larkina T.A. et al., 2021, Sovi S. et al., 2024]. На основании анализа SNP ядерного генома Dementieva et al. (2024) описали филогенетические отношения между современными породами кур [Dementieva N.V. et al., 2024]. В работе Malomane et al. (2021) была обнаружена сильная обратная зависимость между генетическим разнообразием внутри популяций кур и их генетическим расстоянием от диких популяций [Malomane D.K. et al., 2021]. Larkina et al. (2021) на основе анализа SNP изучали генетические параметры популяций кур и взаимосвязь между генотипом и фенотипом [Larkina T.A. et al., 2021]. Также на основании анализа высокополиморфного участка мтДНК описаны филогенетические отношения между современными породами кур и историческими образцами [Lawal R.A., et al., 2021]. Объясняются процессы миграции и история одомашнивания

Gallus gallus domesticus [Lawal R.A. et al., 2021]. Miao Y.W. et al. (2013) был проведен анализ полных митохондриальных геномов с помощью которого реконструировали генеалогию домашних кур и диких предков по материнской линии [Miao Y.W. et al., 2013]. Помимо этого, секвенирование полного митохондриального генома или его фрагментов, а также полногеномное генотипирование на ДНК-чипах позволили установить время расхождения между домашними и дикими популяциями кур Gallus gallus [Wang M.S. et al., 2020].

В настоящее время недостаточно накоплено информации о генетической структуре Российских популяций кур. Данные о полиморфизме ядерного и митохондриального геномов кур позволят расшить знания о филогении, а также выявить определить функционально значимые гены-кандидаты, связанные с селекцией пород.

Объект и предмет исследования. Объектом диссертационного исследования являются представители пород кур орловская ситцевая, фавероль, юрловская голосистая и новопавловская, разводимых в Центре коллективного пользования «Генетическая коллекция редких и исчезающих пород кур», Санкт-Петербург, Пушкин на базе Всероссийского научно-исследовательского института генетики и разведения сельскохозяйственных животных - филиала Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Федеральный исследовательский центр животноводства - ВИЖ имени академика Л. К. Эрнста».

Предметом исследований являются полиморфизмы в митохондриальном и ядерном геноме изучаемых пород кур, определенные на основании исследования SNP-маркеров.

Цели и задачи исследования.

Целью работы является характеристика генетической архитектуры генофондных кур пород фавероль, новопавловская, орловская ситцевая и

юрловская голосистая на основе анализа полиморфизмов геномной и митохондриальной ДНК.

Для достижения цели работы были поставлены и решены следующие задачи:

1. Сравнить генетическую изменчивость участка митохондриальной ДНК на основании анализа нуклеотидной последовательности, полученной с помощью секвенирования фрагмента D-петли (D-loop) у кур пород фавероль, новопавловская, орловская ситцевая и юрловская голосистая;

2. Дать характеристику полногеномной популяционной изменчивости SNP-маркеров исследуемых популяций кур на основе данных генотипирования с использованием ДНК-чипа средней плотности (60K);

3. Выявить участки генома, находящиеся под давлением отбора, в популяциях кур на основании анализа результатов полногеномного генотипирования с использованием ДНК-чипа средней плотности (60K);

4. Провести структурную и функциональную аннотацию генов, идентифицированных в результате анализа ROH.

Научная новизна работы. Впервые проведен сравнительный анализ геномной и митохондриальной ДНК пород кур орловская ситцевая, фавероль, юрловская голосистая и новопавловская, которые являются частью генетической коллекции редких и исчезающих пород кур.

Впервые получена информация о генетических особенностях ядерного и митохондриального генома генофондных популяций кур. Впервые проанализированы филогенетические связи кур пород фавероль, новопавловская, орловская ситцевая и юрловская голосистая. Впервые получены ценные данные о важных особенностях генома кур, разводимых на территории РФ, для понимания их происхождении и филогении пород.

Теоретическая и практическая значимость работы. На основании комплексного исследования митохондриального и ядерного геномов дана сравнительная характеристика генетической архитектуры генофондных пород

кур фавероль, новопавловская, орловская ситцевая и юрловская голосистая. Получена информация об изменчивости SNP-маркеров генома кур исследуемых популяций. Изучено генетическое разнообразие и установлены филогенетические связи изучаемых пород кур. Выявлены характерные для пород гомозиготные районы, находящиеся под давлением отбора. Аннотированные в этих регионах гены могут быть перспективными мишенями для использования в программах маркерной и геномной селекции кур. Предложено их возможное влияние на продуктивные и фенотипические признаки исследуемых пород.

Методология и методы исследования. При проведении исследований методологической основой стали разработки лаборатории молекулярной генетики ВНИИГРЖ в области дивергенции пород кур, зарубежных и отечественных ученых в области изучения дивергенции и генетического разнообразия сельскохозяйственных животных и птиц. Для достижения поставленной цели и решения сформулированных задач были использованы современные методы молекулярной генетики и подходы статистического анализа.

В исследовании использованы образцы ядерной и митохондриальной ДНК исследуемых пород кур, выделенные из биологического материала стандартными методами. Генотипирование осуществляли с использованием ДНК-чипа высокой плотности Illumina Chicken 60K (Illumina Inc., США), содержащего около 60 тыс. SNP. Праймеры для полимеразной цепной реакции подбирали праймеры на основании анализа источников литературы [Nishibori M. et al., 2001, Oka T. et al., 2007, Hata A. et al., 2020, Демин А.Г. и др., 2015]. Последовательность участка D-петли мтДНК определяли методом секвенирования по Сэнгеру. Обработка полученных экспериментальных данных проводилась с использованием статистических методов анализа, реализованных в различных программах, предназначенных для обработки и анализа полиморфизма последовательностей ДНК (Rstudio, PLINK 1.9,

ADMIXTURE 1.3, MEGA11, PopArt 1.7, DnaSP6, SplitsTree 4.14.4, StatSoft STATISTICA 10.0.1011 и online-сервис iTOL).

Основные положения, выносимые на защиту:

1. Полиморфизм участка D-петли митохондриальной ДНК позволяет корректно определять внутрипопуляционную дивергенцию пород новопавловская, фавероль, орловская ситцевая и юрловская голосистая.

2. Полногеномные однонуклеотидные полиморфизмы характеризуют изменчивость аллелофонда и определяют уровень инбридинга в породах кур новопавловская, фавероль, орловская ситцевая и юрловская голосистая.

3. Филогенетический анализ доказывает, что фенотипические особенности популяции связаны с генетической дивергенцией, выявленной с помощью полногеномного SNP-генотипирования.

4. В геномах представителей породы кур фавероль сохранились гомозиготные участки генома, локализация которых идентична гомозиготным районам у некоторых азиатских пород.

Степень достоверности и апробация результатов. Объективность исследований базируется на полученном фактическом материале, использовании современных методов и оборудования, анализе экспериментальных данных с применением методов математической статистики.

В процессе выполнения работы был использован биологический материал (кровь), который взяли от популяций чистопородного разведения кур породы фавероль, орловская ситцевая, новопавловская и юрловская голосистая для выделения ядерной и митохондриальной ДНК. Оценку качества ДНК проводили путем измерения концентрации на спектрофотометре NanoDrop2000. Генотипирование SNP-маркеров проводили с использованием ДНК-чипа высокой плотности Illumina Chicken 60K (Illumina Inc., США), содержащего около 60 тыс. SNP. Оценивали качество и

проводили фильтрацию полногеномных данных. Последовательность D-петли мтДНК определяли методом секвенирования по Сэнгеру на генетическом анализаторе AppliedBiosystems 3500 (Thermo FS, США). Статистическая обработка полученных молекулярно-генетических данных проводилась с использованием общедоступных программ, используемых в аналогичных исследованиях (Rstudio, PLINK 1.9, ADMIXTURE 1.3, MEGA11, PopArt 1.7, DnaSP6, SplitsTree 4.14.4, StatSoft STATISTICA10.0.1011 и online-сервис iTOL).

По материалам диссертационной работы опубликовано 6 работ, в том числе 4 - в журналах, рекомендованных ВАК РФ и к ним приравненным, 2 -в других журналах и сборниках трудов конференций.

Основные результаты диссертационной работы были представлены на 8 конференциях: научной конференции «В генетику - через разные отрасли науки и практики», г. Сочи, 2-5 апреля 2022 г., форма участия - онлайн, тема доклада: «Дивергенция пород кур по полиморфизму митохондриальной и геномной ДНК»; Всероссийской школе-конференции «Клеточные и геномные технологии для совершенствования сельскохозяйственных животных», ВНИИГРЖ, 21-24 июня 2022 г., форма участия - очная, тема доклада: «Характеристика геномной архитектуры пяти пород кур»; Международной научно-практической конференции молодых ученых и обучающихся «Интеллектуальный потенциал молодых ученых как драйвер развития АПК», СПбГАУ, 15-17 марта 2023 год, форма участия - очная, тема доклада: «Оценка генетического разнообразия в популяциях кур брама светлая, брама палевая, новопавловская и китайская шелковая на основе анализа ROH»; Международной научно-практической конференции «Современные достижения в генетике и селекции сельскохозяйственных животных», СПбГАУ, 19 апреля 2024 год, форма участия - очная, тема доклада: «Сравнительные особенности геномного разнообразия кур Gallus Gallus domesticus с декоративным фенотипом оперения «баки и борода»;

Международной научной конференции XII Лужские научные чтения «Современное научное знание: теория и практика», ГАОУ ВО ЛО «ЛГУ ИМ.А.С.ПУШКИНА», 22 мая 2024 год, форма участия - очная, тема доклада: «Особенности генетического разнообразия кур с декоративным оперением»; Молодежной научной конференции «Исследования молодых учёных в реализации приоритетов научно-технологического развития в области животноводства», ФГБНУ ФИЦ ВИЖ им. Л.К. Эрнста, 9 апреля 2025 год, форма участия - очная, тема доклада: «Генетическая архитектура породы Фавероль и её ассоциации с качеством мяса на основании анализа регионов гомозиготности»; Международной научно-практической конференции «Современные тенденции развития зоотехнии и ветеринарии», СПбГАУ, 11 апреля 2025 год, форма участия - очная, тема доклада: «Митохондриальная ДНК в различных популяциях кур»; Международной научно-практической конференции «Современные технологии в генетике, селекции и воспроизводстве сельскохозяйственных животных», ВНИИГРЖ, 10-11 июня 2025 год, форма участия - очная, тема доклада: «Анализ полиморфизмов геномной и митохондриальной ДНК кур».

Список опубликованных работ по теме диссертации.

Публикации в журналах, рекомендованных ВАК РФ и к ним приравненным:

1. Dementieva N.V., Shcherbakov Y.S., Stanishevskaya O.I., Vakhrameev A.B., Larkina T.A., Dysin A.P., Nikolaeva O.A., Ryabova A.E., Azovtseva A.I., Mitrofanova O.V., Peglivanyan G.K., Reinbach N.R., Griffin D.K., Romanov M.N. Large-scale genome-wide SNP analysis reveals the rugged (and ragged) landscape of global ancestry, phylogeny, and demographic history in chicken breeds // Journal of Zhejiang University. Science B. - 2024. - Vol. 25. - №2. 4. - P. 324-340. https://doi.org/10.1631/jzus.B2300443

2. Dementieva N.V., Shcherbakov Y.S., Tyshchenko V.I., Terletsky V.P., Vakhrameev A.B., Nikolaeva O.A., Ryabova A.E., Azovtseva A.I., Mitrofanova

O.V., Peglivanyan G.K., Reinbah N.R., Griffin D.K., Romanov M.N. Comparative Analysis of Molecular RFLP and SNP Markers in Assessing and Understanding the Genetic Diversity of Various Chicken Breeds // Genes (Basel). - 2022. - Vol. 13. -№10. 1876. https://doi.org/10.3390/genes13101876

3. Ryabova A.E., Azovtseva A.I., Shcherbakov Y.S., Dysin A.P., Dementieva N.V. Search for Ancient Selection Traces in Faverolle Chicken Breed (Gallus gallus domesticus) Based on Runs of Homozygosity Analysis // Animals. -2025. - Vol.15. - №10. 1487. https://doi.org/10.3390/ani15101487

4. Дементьева Н.В., Щербаков Ю.С., Рябова А.Е., Вахрамеев А.Б., Макарова А.В., Николаева О.А., Дысин А.П., Азовцева А.И., Рейнбах Н.Р., Митрофанова О.В. Сравнительные особенности геномного разнообразия кур gallus gallus domesticus с декоративным фенотипом оперения «баки и борода» // Вавиловский журнал генетики и селекции. - 2024. - Т. 28. - № 1. - С. 108116. https://doi.org/10.18699/vjgb-24-13

публикации в иных научных изданиях:

1. Рябова А.Е., Рейнбах Н.Р. Оценка генетического разнообразия в популяциях кур брама светлая, брама палевая, новопавловская и китайская шелковая на основе анализа ROH // Вестник АПК Ставрополья. - 2022. - Т 47.

- № 3. - С. 26-32. https://doi.org/10.31279/2222-9345-2022-11-47-26-32

2. Ларкина Т.А., Дементьева Н.В., Рябова А.Е. МтДНК в различных популяциях кур // Международный научно-исследовательский журнал. - 2024.

- Т. 150. - №. 12. - С. 76. https://doi.org/10.60797/IRJ.2024.150.48

Публикации в сборниках трудов конференций:

1. Рябова, А.Е., Азовцева, А.И., Дементьева, Н.В. Генетическая архитектура породы фавероль и её ассоциации с качеством мяса на основании анализа регионов гомозиготности // Сб. докладов международной научной конференции «Исследования молодых учёных в реализации приоритетов научно-технологического развития в области животноводства», пос.

Дубровицы, 9 апреля 2025 - Москва: ФГБНУ ФИЦ ВИЖ им. Л.К. Эрнста. -2025. - С. 25-26.

Личный вклад. Автором проанализировано современное состояние проблемы и актуальность исследования, благодаря чему определены цели и задачи исследований. Автор самостоятельно осуществлял выполнение всех этапов лабораторного исследования, проводил статистическую обработку данных, обобщение и анализ полученных результатов. Публикации по теме диссертации подготовлены самостоятельно, а также в соавторстве.

Автор выражает глубокую благодарность и признательность за неоценимый вклад в подготовке работы научному руководителю, кандидату биологических наук, заведующей лаборатории молекулярной генетики ВНИИГРЖ, ведущему научному сотруднику Дементьевой Наталии Викторовне, старшему научному сотруднику Позовниковой Марине Владимировне, младшим научным сотрудникам лаборатории молекулярной генетики ВНИИГРЖ, Щербакову Юрию Сергеевичу и Азовцевой Анастасии Ивановне, а также главному селекционеру национального центра генетических ресурсов сельскохозяйственных животных Вахрамееву Анатолию Борисовичу.

Объем и структура диссертации. Диссертация изложена на 213 страницах и содержит следующие разделы: введение, обзор литературы, материалы и методика исследований, результаты собственных исследований и обсуждение, заключение, список литературы, включающий в себя 30 отечественных и 368 зарубежных источников, 3 приложения. Работа содержит 13 таблиц и 70 рисунков.

2. ОСНОВНАЯ ЧАСТЬ 2.1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

2.1.1. Доместикация и селекция пород кур

Мировой генофонд птицы формировался в течение тысячелетней истории благодаря человеческому фактору и различным климатическим условиям [Vakhrameev A.B. et al., 2023]. С осваиванием земель человеком происходило возникновение новых центров одомашнивания кур. Таким образом распространение птиц происходило по разным частям света. В настоящее время, по сравнению с другими видами сельскохозяйственных животных, куры являются самым многочисленным видом [Malomane D.K. et al., 2021]. C точки зрения таксономии, домашняя курица принадлежит к роду Gallus, который, согласно литературным данным [Delacour J.L. et al., 2020], включает четыре морфологически разных вида: красная джунглевая Gallus bankiva [Linnaeus C., 1758], серая джунглевая Gallus sonneratii [Temminck C.J., 1813], красная джунглевая птица Gallus lafayettii [Agnvall B. et al., 2014]; зеленая джунглевая птица Gallus varius [Ashutosh S. et al., 2023]. Благодаря одомашниванию диких предков появилось множество пород кур, которые характеризуются ценными генетическими характеристиками. Со временем доместикация кур стала направленной. На сегодняшний день выделяют четыре основных направления формирования пород: яичный тип, мясной тип, мясо-яичный и карликовый тип [Moiseyeva I.G. et al., 2003]. Также можно рассматривать категории пород кур двойного назначения, такие как яично-мясные, мясо-яичные и декоративные [Larkina T.A. et al., 2021]. Несмотря на повсеместное распространение и современное многообразие пород изучение вопроса происхождения сельскохозяйственной птицы остается актуальным. Из-за схожей структуры костей домашних и диких кур, а также других видов Phasianidae, географическое определение центров доместикации является сложной задачей. Согласно археологическим находкам, ранее существовало два основных центра одомашнивания курицы. Один из них

находился на территории долины Инда, где местные жители держали домашних кур около 2500 лет до н.э. [Kanginakudru S. et al., 2008]. В Мохенджо-Даро были найдены печати с изображением бойцовых петухов и глиняные фигурки цыплят. Также были получены сведения о более древних останках [Xiang H. et al., 2014], найденных в Северном Китае (~ < 6000 г. до н.э.), Европе и Западной Азии. В обоих случаях длина костей также была больше, чем у красной джунглевой курицы, но меньше, чем у домашних пород. Это исследование показало, что кости могли принадлежать домашним курам, так как никогда не было упоминаний о том, что дикие джунглевые птицы обитали к северу от Китая [Xiang H. et al., 2014]. Также были найдены останки скелета кур в Европе, куда куры могли быть ввезены по основным торговым маршрутам или через Средиземное и Черное моря [Boudali S.F. et al., 2020]. Более поздние археологические исследования были сосредоточены на Океании и Южной Америке. Куриные кости были обнаружены в нескольких археологических раскопках на островах Океании, одно из которых может быть датировано 1400-900 годами до н.э. [Michèle T.B. et al., 2011]. Интродукция домашних кур в Южную Америку, вероятно, произошла из Полинезии [Michèle T.B. et al., 2011].

В ходе направленной селекции произошла дивергенция первоначально близких групп птиц. В результате искусственного отбора по определенным фенотипическим признакам произошел процесс породообразования на разных континентах и в разных странах [Momen M. et al., 2018]. Это привело к увеличению генетических расстояний между географически удаленными породами, что в свою очередь повлияло на увеличение фенотипического разнообразия одомашненных популяций кур [Restoux G. et al., 2022]. Интенсивный отбор по тем или иным хозяйственно-полезным признакам в значительной степени способствовал увеличению генетического разнообразия [Zhang J. et al., 2020]. Однако существуют опасения, что направленная селекция в результате инбридинга или дрейфа генов может привести к потере

генетической изменчивости, что негативно повлияет на развитие животноводства [Rege J.E.O. et al., 2003, Woelders H. et al., 2006]. В последние десятилетия в результате прогрессивного развития птицеводства происходит постепенное вытеснение генофонда древних пород, что в свою очередь влечет за собой потерю ценных полиморфизмов. Эти SNP's являются источником исходного генетического материала, который необходим для сохранения генетического разнообразия и адаптационных механизмов устойчивости к различным условиям содержания [Bosse M., 2019, Roh H.J. et al., 2020]. Рациональное управление селекционным процессом сельскохозяйственных птиц позволит решить не только проблемы продовольственной безопасности, но и увеличит генетический потенциал существующих пород, поэтому изучение архитектуры генома сельскохозяйственной птицы является востребованным во многих странах.

Совершенствование методов генотипирования расширяет исследовательские возможности в сфере оценки изменчивости и позволяет более детально рассмотреть проблему генетического разнообразия и результатов селекции на молекулярном уровне [Sánchez-Martín J. et al., 2019]. Генетическая оценка современных пород и популяций сельскохозяйственной птицы позволит обнаружить ранее неизвестные участки генома, благодаря изучению которых можно выявить большое количество новых молекулярно-генетических маркеров, отбор по которым будет положительно влиять не только на сохранение генетического разнообразия, но и на развитие животноводства в целом. Это является необходимым шагом для успешного прогнозирования селекционного эффекта и понимания биологических механизмов адаптивных и других породных особенностей [Hoban S. et al., 2022].

Основным предком современных популяций кур принято считать Gallus gallus (Gallus bankiva) [Michèle T.B. et al., 2011]. Однако в какой степени родства находятся домашние куры с дикими подвидами лесных птиц остается

актуальным вопросом. Затруднением в исследованиях филогении является также широкое распространение и разнообразие пород птиц. Акцент большинства современных исследований направлен на изучение местных популяций [Wang M.S. et al., 2015] и коммерческих пород [Wang M.S. et al., 2017]. Для того, чтобы понять механизмы доместикации курицы, необходимо провести исследования всего генома как предполагаемых диких лесных предков, так и одомашненных популяций всех подвидов красной джунглевой курицы.

2.1.2. Молекулярные подходы к оценке генетического разнообразия пород кур

Молекулярные методы позволяют изучить и проанализировать генетическое разнообразие и изменчивость внутри вида и увидеть отличия в тех областях генома, которые не имеют чётко выраженного фенотипического проявления. Генетическое разнообразие вида является важным фактором выживания популяции. Снижение уровня разнообразия в популяции может привести к «обеднению» генетических характеристик и изменению фенотипа, а также к потере редко встречающихся аллелей. Как правило, при оценке генетического разнообразия речь идет о полиморфизме последовательностей ДНК. Локус считается полиморфным в том случае, когда в популяции существуют два или более аллели данного локуса. Но в случае, когда один из аллелей имеет высокую частоту (99% или более), существует низкая вероятность выявить другие аллели в небольшой выборке. Таким образом локус рассматривают как полиморфный только при частотах аллелей ниже 99% [Wen-Hsiung L., 1997].

Для оценки генетического разнообразия пород кур используют молекулярные подходы, основанные на анализе митохондриальной ДНК, микросателлитной ДНК, полногеномного генотипирования на чипах или полногеномного секвенирования (NGS).

Анализ полиморфизма последовательностей мтДНК позволяет выявить количество материнских линий, участвовавших в разведении той или иной породы кур, а также определить географическое происхождение пород. Данное исследование так же упрощает тот факт, что мтДНК наследуется по материнской линии и не рекомбинирует. Самым распространенным методом является анализ последовательностей гена CYTB и гипервариабельного участка D-петли мтДНК [Guo H.W. et al., 2017, Vekic M. et al., 2023, Wattanadilokcahtkun P. et al., 2023]. Также генетическое разнообразие пород кур можно исследовать с помощью микросателлитов. Данный анализ позволяет выявить типичные аллели для той или иной породы, а также идентифицировать породную принадлежность [Vekic M. et al., 2023, Zhuang Z. et al., 2023, Yacouba Z. et al., 2022, Rashid M.A. et al., 2023].

Следующим методом оценки генетического разнообразия является ДНК-фингерпринтинг (ДНК-дактилоскопии), который позволяет оценить генетическую изменчивость и структуру небольших популяций с общим генофондом, а также изучить происхождение некоторых пород и генетически идентифицировать популяции [Dementieva N.V. et al., 2022, Adeyemi O.. et al., 2023].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Рябова Анна Евгеньевна, 2025 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Абозин, И.И. Птицеводство. Птичий двор в русских хозяйствах / И.И. Абозин. - СПб.: Издание А.Ф. Девриеня, 1895. - 748 с.

2. Аврахов, М. Орловские куры / М. Аврахов // Природа и охота. -1882. - № 5. - с. 87-90.

3. Антонова, О.С. Эффективные методы выделения нуклеиновых кислот для проведения анализов в молекулярной биологии (обзор) / О.С. Антонова, Н.А. Корнева, Ю.В. Белов, В.Е. Курочкин // Научное приборостроение. - 2010. - Т. 20. - № 1. - с. 3-9.

4. Белослудцев, К.Н. Транспорт ионов Са2+ митохондриями: механизмы, молекулярные структуры и значение для клетки / К. Н. Белослудцев, М. В. Дубинин, Н. В. Белослудцева, Г. Д. Миронова // Биохимия. - 2019. - Т. 84. - № 6. - с. 759-775. - ёо1: 10.1134/80320972519060022.

5. Вахрамеев, А. Б. Используемые селекционно-генетические методы при создании пород кур во ВНИИГРЖ / А. Б. Вахрамеев // XXVI Царскосельские чтения: Материалы международной научной конференции, Санкт-Петербург, 19-20 апреля 2022 года. Том II. - СПб.: Ленинградский государственный университет имени А.С. Пушкина, 2022. - С. 212-215.

6. Ветох, А.Н. Полногеномные ассоциативные исследования показателей цвета мяса у кур О ресурсной популяции / А.Н. Ветох, Н.А. Волкова, П.В. Ларионова, А.С. Абдельманова, Н.А. Зиновьева // Животноводство и кормопроизводство. - 2024. - Т. 107. - № 4. - с. 94-105. -ёо1: 10.33284/2658-3135-107-4-94.

7. Герасимов, Д.И. Основы промыслового птицеводства / Д.И. Герасимов. - Киев, 1914. - 321 с.

8. Гладырь, Е.А. Выделение ДНК из биообразцов животных методом фенольно-хлороформовой экстракции Выделение ДНК из биоматериалов сельскохозяйственных животных: методическое руководство / Е.А. Гладырь, Н.А. Зиновьева, В.Р. Харзинова // Федеральный исследовательский центр

животноводства - ВИЖ им. акад. Л.К. Эрнста. - Дубровицы: ВИЖ им. Л.К. Эрнста, 2023. - 33 с. URL: https://rucont.ru/efd/874194 (дата обращения: 22.05.2025).

9. Гладырь, Е.А. Характеристика аллелофонда крупного рогатого скота некоторых мясных пород, разводимых на территории Южного Урала и Западной Сибири / E.A. Гладырь, H.A. Зиновьева, Д.Б. Косян, В.В, Волкова, Г.М. Гончаренкоб В.А. Солошенко, А.П. Карпов, Л.К. Эрнст, Г. Брем // Достижения науки и техники АПК. - 2013. - № 3. - с. 61-63.

10. Гусаков, В. К. Подсчет форменных элементов крови у кур: учебно-методическое пособие / В. К. Гусаков, Е. Н. Кудрявцева, А. В. Островский. -Витебск: учреждение образования "Витебская ордена "Знак Почета" государственная академия ветеринарной медицины ", 2002. - 18 с.

11. Дементьева, Н.В. Изучение структуры генофондной популяции русской белой породы кур методом геномного SNP-сканирования / Н.В. Дементьева, М.Н. Романов, А.А, Кудинов, О.В. Митрофанова, О.И. Станишевская, В.П. Терлецкий, Е.С. Федорова, Е.В, Никиткина, К.В. Племяшов // Сельскохозяйственная биология. - 2017. - Т. 52. - № 6. - с. 11661174. - doi: 10.15389/agrobiology.2017.6.1166rus.

12. Демин, А.Г. Анализ полиморфизма D-петли митохондриальной ДНК для оценки популяционного разнообразия кур породы Павловская / А.Г. Демин, М.И. Данилова, С.А. Галкина // Экологическая генетика. - 2015. - T. 13. - № 4. - с. 68-75. - doi: 10.17816/ecogen13468-75.

13. Дмитриев, Ю.И. Куры России / Ю.И. Дмитриев. - Рига: Zelta Rudens, 2009. - 140 с.

14. Зоров, Д.Б. Митохондрия как многоликий янус (обзор) / Д. Б. Зоров, Н. К. Исаев, Е. Ю. Плотников, Л.Д. Зорова, Е.В. Стельмашук, А.К. Васильева, А.А. Архангельская, Т.Г. Хряпенкова // Биохимия. - 2007. - Т. 72. - № 10. - с. 1371-1384.

15. Кузнецов, В. М. Методы Нея для анализа генетических различий между популяциями / В. М. Кузнецов // Проблемы биологии продуктивных животных. - 2020. - № 1. - с. 91-110.

16. Кузнецов, В.И. Б-статистики Райта: оценка и интерпретация / В.М. Кузнецов // Проблемы биологии продуктивных животных. - 2014. - № 4. - с. 80-104.

17. Ларкина, Т.А. мтДНК в различных популяциях кур // Т.А. Ларкина, Н.В. Дементьева, А.Е. Рябова // Международный научно-исследовательский журнал. - 2024. - №. 12 (150). - ёо1: 10.60797/Ш.2024.150.48.

18. Митрофанова, О.В. Исследование особенностей генетической гетерогенности пород и экспериментальных популяций кур на основе анализа полиморфизма ДНК / О.В. Митрофанова, В.И. Тыщенко, Н.В. Дементьева, В.П. Терлецкий, А.Ф. Яковлев // Доклады Российской академии сельскохозяйственных наук. - 2007. - № 6. - С. 36-38. - БЭК 1ЬШМ2.

19. Моисеева, И. Г. Орловская порода кур. История, современное состояние, научные исследования / И.Г. Моисеева, А.А. Севастьянова, А.В. Александров, А.Б. Вахрамеев, М.Н, Романов, Ю.И. Дмитриев, С.К. Семенова, Г.Е. Сулимова // Известия Тимирязевской сельскохозяйственной академии. -2016. - № 1. - с. 78-96.

20. Мустафин, Р. Н. Роль транспозонов в структурной эволюции геномов эукариот / Р. Н. Мустафин // Гены и Клетки. - 2021. - Т. 16. - № 2. -с. 23-30. - ёо1: 10.23868/202107001.

21. Недашковский, И.С. Влияние уровня геномного инбридинга, оцененного по ЯОН-паттернам, на воспроизводительные качества и молочную продуктивность дочерей, а также спермопродукцию голштинских быков-производителей / И.С. Недашковский, А.А. Сермягин, О.В. Костюнина, И.Н. Янчуков, Н.А. Зиновьева // Достижения науки и техники АПК. - 2021. - № 3. - с. 148-154. - ёо1: 10.24411/0235-2451-2021-10307.

22. Пенионжкевич, Э.Э. Распространение и продуктивные качества юрловских голосистых кур: сборник НИИП «Юрловские куры и холмогорские гуси» / Э.Э. Пенионжкевич. - М.: Сельхозгиз, 1939. - с. 7-38.

23. Садовников, Н.В. Общие и специальные методы исследования крови птиц промышленных кроссов / Н. В. Садовников, Н. Д. Придыбайло, Н. А. Верещак, А. С. Заслонов. - Екатеринбург-Санкт-Петербург: УральскаяГСХА, 2009. - 86 с.

24. Сайфитдинова, А.Ф. Организация некодирующих элементов в геномах птиц / А.Ф. Сайфитдинова // Интегративная физиология. - 2022. - Т. 3. - №. 2. - с. 185-203. - doi: 10.33910/2687-1270-2022-3-2-185-203.

25. Селекционное достижение №8653 куры Gallus Gallus L. Новопавловская // Патент РФ №8458041, от 27.10.2016 / А.Б. Вахрамеев, И.А. Паронян, К.В. Племяшов, И.В. Федоров, Н.Д. Филиппова, О.П. Юрченко.

26. Селионова, М.И. Молекулярно-генетические маркеры в селекционной работе с разными видами сельскохозяйственных животных / М. И. Селионова, Е. А. Гладырь, Т. И. Антоненко, С. С. Бурылова // Вестник АПК Ставрополья. - 2012. - № 2(6). - С. 30-35.

27. Сулимова, Г.Е. Мониторинг генофондов популяций животных в связи с задачами селекции и изучения филогении / Г.Е. Сулимова, Ю.А. Столповский, М.Н. Рузина, И.А. Захаров-Гезехус // Биоразнообразия и динамика генофондов, Москва. - 2008. - С. 211-214.

28. Татарских, А.К. Типы и экстерьер голосистых кур Воронежской области / А.К. Татарских; под редакцией В.В. Фердинандова. - Воронеж, 1937. - Т. 2. - № 1. - 47 с.

29. Терлецкий, В. П. Анализ генетической структуры семи генофондных популяций кур / В. П. Терлецкий // Journal of Agriculture and Environment. - 2022. - № 3(23). - DOI: 10.23649/jae.2022.3.23.08.

30. Тыщенко В.И. Молекулярно-генетический анализ внутрипопуляционного разнообразия в генофондной Павловской породе кур

// Исследования в области естественных наук. 2015. № 6 [Электронный ресурс]. URL: https://science.snauka.ru/2015/06/10140 (дата обращения: 13.04.2025).

31. Adeyemi, O. Exploring the genetic diversity of Eimeria acervulina: A polymerase chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) approach / O. Adeyemi, A. Quill, M. Morikone, L. Evans, C. Formoy, E.T. Idowu, B. Akinsanya, I.D. Jatau, D.P. Blake // Veterinary parasitology. - 2023. -Vol. 322. - ID: 110010. - doi: 10.1016/j.vetpar.2023.110010.

32. Adomako, K. Phenotypic characterization and analysis of genetic diversity between commercial crossbred and indigenous chickens from three different agro-ecological zones using DArT-Seq technology / K. Adomako, S. Sovi, B. Kyei, J.A. Hamidu, O.S. Olympio, S.E. Aggrey // PLoS One. - 2024. - Vol. 19.

- No 5. - ID: e0297643. - doi: 10.1371/journal.pone.0297643.

33. Aggarwal, R.K. Isolation of high-molecular-weight DNA from small samples of blood having nucleated erythrocytes, collected, transported, and stored at room temperature / R.K. Aggarwal, W.J. Lang, L. Singh // Genetic Analysis, Techniques and Applications. - 1992. - Vol. 9. - No 2. - p. 54-57. - doi: 10.1016/1050-3862(92)90031-y.

34. Agnvall, B. Red Junglefowl (Gallus gallus) selected for low fear of humans are larger, more dominant and produce larger offspring / B. Agnvall, A. Ali, S. Olby, P. Jensen // Animal: an international journal of animal bioscience. - 2014.

- Vol. 8. - No 9. - pp. 1498-1505. - doi: 10.1017/S1751731114001426.

35. Aikawa, S. Scribble promotes alveologenesis in the pregnant mammary gland for milk production / S. Aikawa, J. Yuan, A. Dewar, X. Sun, S. K. Dey // Reproduction. - 2020. - Vol. 159. - No 6. - pp. 719-731. - doi: 10.1530/REP-20-0108.

36. Alexander, D.H. Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individuals / D.H. Alexander, J. Novembre, K. Lange // Genome Research. - 2009. -Vol. 19. - No 9. - pp. 1655-1664. - doi: 10.1101/gr.094052.109.

37. Al-Jumaili, A.S. The usefulness of maternally inherited genetic markers for phylogeographic studies in village chicken / A.S. Al-Jumaili, O. Hanotte // Animal Biotechnology. - 2023. - Vol. 34. - No 4. - pp. 863-881. - doi: 10.1080/10495398.2021.200042.

38. Altshuler, D.L. The physiology and biomechanics of avian flight at high altitude / D.L. Altshuler, R. Dudley // Integrative and Comparative Biology. - 2006.

- Vol. 46. - No 1. - pp. 62-71. - doi: 10.1093/icb/icj008.

39. Angelov, D. The histone variant macroH2A interferes with transcription factor binding and SWI/SNF nucleosome remodeling / D. Angelov, A. Molla, P.Y. Perche, F. Hans, J. Côté, S. Khochbin, P. Bouvet, S. Dimitrov // Molecular Cell. - 2003. - Vol. 11. - No 3. - pp. 1033-1041. - doi: 10.1016/s1097-2765(03)00100-x.

40. Antontseva, E.V. Human-genome single nucleotide polymorphisms affecting transcription factor binding and their role in pathogenesis / E.V. Antontseva, A.O. Degtyareva, E.E. Korbolina, I.S. Damarov, T.I. Merkulova // Vavilovskiî zhurnal genetiki i selekts ii. - 2023. - Vol. 27. - No 6. - pp. 662-675. -doi: 10.18699/VJGB-23-77.

41. Asadollahpour Nanaei, H. Genetic diversity and signatures of selection for heat tolerance and immune response in Iranian native chickens / H. Asadollahpour Nanaei, H. Kharrati-Koopaee, A. Esmailizadeh // BMC Genomics.

- 2022. - Vol. 23. - No 1. - pp.224. - doi: 10.1186/s12864-022-08434-7.

42. Ashutosh, S. Hundreds of independent midsize deletions mediate DNA loss in wild relatives of Red Jungle Fowl / Ashutosh S., S.S. Sagar, V. Nagarjun // Animal Gene. - 2023. - Vol. 30. - No 1. - pp. 200157. - doi: 10.1016/j.angen.2023.200157.

43. Askari, G. Application of molecular markers in fisheries and aquaculture / G. Askari, A. Shabani, H.K. Miandare // Scientific Journal of Animal Science. - 2013. - Vol. 2. - No. 4. - pp. 82-88.

44. Atramentova, L.A. Bayesian statistics in human genetics / L.A. Atramentova // Faktori eksperimental'noi evolucii organizmiv. - 2020. - Vol. 26. -pp. 316-319. - doi: 10.7124/FEEO.v26.1286.

45. Avazzadeh, S. NRXN1a+/- is associated with increased excitability in ASD iPSC-derived neurons / S. Avazzadeh, L.R. Quinlan, J. Reilly, K. McDonagh, A. Jalali, Y. Wang, V. McInerney, J. Krawczyk, Y. Ding, J. Fitzgerald, M. O'Sullivan, E.B. Forman, S.A. Lynch, S. Ennis, N. Feerick, R. Reilly, W. Li, X. Shen, G. Yang, Y. Lu, L. Gallagher // BMC neuroscience. - 2021. - Vol. 22. - No 1. - pp. 56. - doi: 10.1186/s12868-021-00661-0.

46. Bai, H. Whole-genome resequencing identifies candidate genes associated with heat adaptation in chickens / H. Bai, N. Zhao, X. Li, Y. Ding, Q. Guo, G. Chen, G. Chang // Poultry Science. - 2024. - Vol. 103. - No 10. - pp. 104139. - doi: 10.1016/j.psj.2024.104139.

47. Bakker, S.T. Fancf-deficient mice are prone to develop ovarian tumours / S.T. Bakker, H.J. van de Vrugt, J.A. Visser, E. Delzenne-Goette, A. van der Wal, M.A. Berns, M. van de Ven, A.B. Oostra, S. de Vries, P. Kramer, F. Arwert, M. van der Valk, J.P. de Winter, H. te Riele // The Journal of pathology. - 2012. - Vol. 226.

- No 1. - pp. 28-39. - doi: 10.1002/path.2992.

48. Belous, A.A. Genetic Characterization of Feed Conversion by Sex Chromosomes via Full Genome Association Study / A.A. Belous, P.I. Otradnov, A.A. Sermyagin, N.A. Zinovieva // Russian Journal of Genetics. - 2025. - Vol. 61.

- No 6. - pp. 674-683. - doi: 10.1134/S1022795425700206.

49. Biscarini, F. DetectRUNS: Detect Runs of homozygosity and runs of heterozygosity in diploid genomes [Электронный ресурс] / F. Biscarini, P. Cozzi, G. Gaspa, G. Marras // CRAN (The Compr. R Arch. Network). - 2018. URL: https://cran.r-project.org/web/packages/detectRUNS/ (дата обращения: 01.02.2024)

50. Blank, M. Oxygen supply from the bird's eye perspective: globin E is a respiratory protein in the chicken retina / M. Blank, L. Kiger, A. Thielebein, F.

Gerlach, T. Hankeln, M.C. Marden, T. Burmester // The Journal of biological chemistry. - 2011. - Vol. 286. - No 30. - pp. 26507-26515. - doi: 10.1074/jbc.M111.224634

51. Bosse, M. No «doom» in chicken domestication? / M. Bosse // PLoS Genet. - 2019. - Vol. 15. - No 5. - e1008089. - doi: 10.1371/journal.pgen.1008089.

52. Boudali, S.F. Maternal origin and genetic diversity of Algerian domestic chicken (Gallus gallus domesticus) from North-Western Africa based on mitochondrial DNA analysis / S.F. Boudali, A.S. Al-Jumaili, A. Bouandas, F.Z. Mahammi, N. Tabet Aoul, O. Hanotte, S.B.S. Gaouar // Animal Biotechnology. -2022. - Vol. 33. - No 3. - pp. 457-467. - doi: 10.1080/10495398.2020.1803892.

53. Boukherroub, K. S. Gene expression changes in the turkey hen vagina in response to artificial insemination across the lying cycle / K.S. Boukherroub, S. Kosonsiriluk, K.M. Reed, S.L. Noll, M.M. Studniski, B.W. Wileman, K. Diehl // Research Square. - 2025. - doi: 10.21203/rs.3.rs-5921097/v1. (препринт)

54. Bourckhardt, G.F. Impact of homocysteine on vasculogenic factors and bone formation in chicken embryos / G.F. Bourckhardt, M.S. Cecchini, M.L. da Silveira Hahmeyer, A.P. Remor, A. Latini, D. Ammar, Y.M.R. Müller, E.M Nazari // Cell Biology and Toxicology. - 2019. - Vol. 35. - No 1. - pp. 49-58. - doi: 10.1007/s10565-018-9436-y.

55. Bowcock, A.M. High resolution of human evolutionary trees with polymorphic microsatellites / A.M. Bowcock, A. Ruiz-Linares, J. Tomfohrde, E. Minch, J.R. Kidd, L.L. Cavalli-Sforza // Nature. - 1994. - Vol. 368. - No 6470. -pp. 455-457. - doi: 10.1038/368455a0.

56. Bram, R.J. Calcium signalling in T cells stimulated by a cyclophilin B-binding protein / R.J. Bram. G.R. Crabtree // Nature. - 1994. - Vol. 371. No 6495. - pp. 355-358. - doi: 10.1038/371355a0.

57. Broman, K.W. Long homozygous chromosomal segments in reference families from the centre d'Etude du polymorphisme humain / K.W. Broman, J.L.

Weber // The American Journal of Human Genetics. - 1999. - Vol. 65. - No 6. - pp. 1493-1500. - doi: 10.1086/302661.

58. Brookes, A. J. The essence of SNPs / A.J. Brookes // Gene. - 1999. -Vol. 234. - No 2. - pp. 177-186. - doi: 10.1016/s0378-1119(99)00219-x.

59. Buczkowska, J. Two Faces of Glutaminase GLS2 in Carcinogenesis / J. Buczkowska, M. Szeliga // Cancers (Basel). - 2023. - Vol. 15. - No 23. - p. 5566. - doi: 10.3390/cancers15235566.

60. Buers, I. Lmbrdl expression is essential for the initiation of gastrulation / I. Buers, P. Pennekamp, Y. Nitschke, C. Lowe, B.V. Skryabin, F. Rutsch // Journal of Cellular and Molecular Medicine. - 2016. - Vol. 20. - No 8. - pp.1523-1533. -doi: 10.1111/jcmm.12844.

61. Buggiotti, L. Genotype plus Environment Consortium. Comparison of the transcriptome in circulating leukocytes in early lactation between primiparous and multiparous cows provides evidence for age-related changes / L. Buggiotti, Z. Cheng, M. Salavati, C.D. Wathes // BMC Genomics. - 2021. - Vol. 22. - No 1. - p. 693. - doi: 10.1186/s12864-021-07977-5468.

62. Cavalli-Sforza, L.L. Phylogenetic analysis. Models and estimation procedures / L.L. Cavalli-Sforza, A.W. Edwards // The American Journal of Human Genetics. - 1967. - Vol. 19. - No 3, Pt 1. - pp. 233-257.

63. Ceballos, F.C. Runs of Homozygosity: Windows Into Population History and Trait Architecture / F.C. Ceballos, P.K. Joshi, D.W. Clark, M. Ramsay, J.F. Wilson // Nature Reviews Genetics. - 2018. - Vol. 19. - No 4. - pp. 220-234. -doi: 10.1038/nrg.2017.109.

64. Chang, C.C. Second-generation PLINK: rising to the challenge of larger and richer datasets / C.C. Chang, C.C. Chow, L.C. Tellier, S. Vattikuti, S.M. Purcell, J.J. Lee // Gigascience. - 2015. - Vol. 4. - ID: 7. - doi: 10.1186/s13742-015-0047-8.

65. Chang, L. Identification of genomic characteristics and selective signals in Guizhou black goat / L. Chang, Y. Zheng, S. Li, X. Niu, S. Huang, Q. Long, X.

Ran X, J. Wang // BMC Genomics. - 2024. - Vol. 25. - No 1. - pp. 164. - doi: 10.1186/s12864-023-09954-6.

66. Chang, X. The change of albumen quality during the laying cycle and its potential physiological and molecular basis of laying hens / X. Chang, B. Wang, H. Zhang, K. Qiu, S. Wu // Poultry Science. - 2024. - Vol. 103. - No 10. - pp. 104004. - doi: 10.1016/j.psj.2024.104004.

67. Chanock, S. Candidate genes and single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the study of human disease / S. Chanock // Disease Markers. - 2001. -Vol. 17. - No 2. - pp. 89-98. - doi: 10.1155/2001/858760.

68. Chen, D. Mendelian randomization study on causal association of TEF and circadian rhythm with pulmonary arterial hypertension / D. Chen, Q. Jin, L. Yang, X. Zhang, M. Li, L. Zhang, W. Pan, D. Zhou, J. Ge, L. Guan // Respiratory Research. - 2024. - Vol. 25. - No 1. - ID: 301. - doi: 10.1186/s12931-024-02934-8.

69. Chen, D. The protective effect of Luteolin on chicken spleen lymphocytes from ammonia poisoning through mitochondria and balancing energy metabolism disorders / D. Chen, F. Shen, J. Liu, H. Tang, K. Zhang, X. Teng, F. Yang // Poultry Science. - 2023. - Vol. 102. - No 12. - ID: 103093. - doi: 10.1016/j.psj.2023. 103093.

70. Chen, L. Transcriptomic profiling of hepatic tissues for drug metabolism genes in nonalcoholic fatty liver disease: A study of human and animals / L. Chen, L. Chen, X. Li, L. Qin, Y. Zhu, Q. Zhang, D. Tan, Y. He, Y.H. Wang // Frontiers in Endocrinology (Lausanne). - 2023. - No 13. - pp. 1034494. - doi: 10.3389/fendo.2022.1034494

71. Chen, S. A Network of Circular RNA and MicroRNA Sequencing Provides Insights into Pigment Deposition of Changshun Blue Eggshell Chickens /

5. Chen, M. Zhao, K. Chen, J. Xu, H. Li // Genes (Basel). - 2024. - Vol. 15. - No

6. - pp. 812. - doi: 10.3390/genes15060812.

72. Chen, S.Y. Identifying pleiotropic variants and candidate genes for fertility and reproduction traits in Holstein cattle via association studies based on imputed whole-genome sequence genotypes / S.Y. Chen, F.S. Schenkel, A.L.P. Melo, H.R. Oliveira, V.B. Pedrosa, A.C. Araujo, M.G. Melka, L.F. Brito // BMC Genomics. - 2022. - Vol. 23. - No 1. - pp.331. - doi: 10.1186/s12864-022-08555-z.

73. Chen, X. Genetic patterns and genome-wide association analysis of eggshell quality traits of egg-type chicken across an extended laying period / X. Chen, X. Li, C. Zhong, X. Jiang, G. Wu, G. Li, Y. Yan, N. Yang, C. Sun // Poultry Science. - 2024. - Vol. 104. - No. 4. - pp. 103458. - doi: 10.1016/j.psj.2024.103458.

74. Chen, X. Poly-L-arginine promotes asthma angiogenesis through induction of FGFBP1 in airway epithelial cells via activation of the mTORC1-STAT3 pathway / X. Chen, M. Miao, M. Zhou, J. Chen, D. Li, L. Zhang, A. Sun, M. Guan, Z. Wang, P. Liu, S. Zhang, X. Zha, X. Fan // Cell Death Discovery. -2021. - Vol. 12. - No 8. - pp. 761. - doi: 10.1038/s41419-021-04055-2.

75. Chen, X. Population Genomic Sequencing Delineates Global Landscape of Copy Number Variations that Drive Domestication and Breed Formation of in Chicken / X. Chen, X. Bai, H. Liu, B. Zhao, Z. Yan, Y. Hou, Q. Chu // Frontiers in Genetics. - 2022. - No 13. - ID: 830393. - doi: 10.3389/fgene.2022.830393.

76. Cheng, J. Molecular mechanism for the substrate recognition of USP7 / J. Cheng, Z. Li, R. Gong, J. Fang, Y. Yang, C. Sun, H. Yang, Y. Xu // Protein Cell. - 2015. - Vol. 6. - No 1. - pp. 849-852. - doi: 10.1007/s13238-015-0192-y.

77. Cheng, Z. Circadian gene signatures in the progression of obesity based on machine learning and Mendelian randomization analysis / Z. Cheng, B. Liu, X. Liu // Frontiers in Nutrition. - 2024. - No 11. - ID: 1407265. - doi: 10.3389/fnut.2024.1407265.

78. Chiba, Y. G protein-coupled receptor Gpr115 (Adgrf4) is required for enamel mineralization mediated by ameloblasts / Y. Chiba, K. Yoshizaki, K. Saito, T. Ikeuchi, T. Iwamoto, C. Rhodes, T. Nakamura, S. de Vega, R.J. Morell, E.T. Boger, D. Martin, R. Hino, H. Inuzuka, C.K.E. Bleck, A. Yamada, Y. Yamada, S. Fukumoto // Journal of Biological Chemistry. - 2020. - Vol. 295. - No 45. - pp. 15328-15341. - doi: 10.1074/jbc.RA120.014281.

79. Cho, M.J. Endothelial PTP4A1 mitigates vascular inflammation via USF1/A20 axis-mediated NF-kB inactivation / M.J. Cho, D.G. Lee, J.W. Lee, B. Hwang, S.J. Yoon, S.J. Lee, Y.J. Park, S.H. Park, H.G. Lee, Y.H. Kim, C.H. Lee, J. Lee, N.K. Lee, T.S. Han, H.S. Cho, J.H. Moon, G.S. Lee, K.H. Bae, G.S. Hwang, S.H. Lee, S.J. Chung, S. Shim, J. Cho, G.T. Oh, Y.G. Kwon, J.G. Park, J.K. Min // Cardiovascular Research. - 2023. - Vol. 119. - No 9. - pp. 1265-1278. - doi: 10.1093/cvr/cvac 193.

80. Claire D'Andre, H. Identification and characterization of genes that control fat deposition in chickens / Claire D'Andre, H., Paul, W., Shen, X., Jia, X., Zhang, R., Sun, L., & Zhang, X // Journal of animal science and biotechnology. -2013. - Vol. 1. - No 4. - p. 43. - doi: 10.1186/2049-1891-4-43;

81. Cong, J. Homozygous mutations in CCDC34 cause male infertility with oligoasthenoteratozoospermia in humans and mice / J. Cong, X. Wang, A. Amiri-Yekta, L. Wang, Z.E. Kherraf, C. Liu, C. Cazin, S. Tang, S.H. Hosseini, S. Tian, A. Daneshipour, J. Wang, Y. Zhou, Y. Zeng, S. Yang, X. He, J. Li, Y. Cao, L. Jin, P.F. Ray, F. Zhang // Journal of Medical Genetics. - 2022. - Vol. 59. - No 7. - pp. 710718. - doi: 10.1136/j medgenet-2021-107919.

82. Delacour, J.L. The Pheasant of the World. England. Hindhead / J.L Delacour. - Spur Publications, 1977. - 395 p.

83. Delmaghani, S. Mutations in CDC14A, encoding a protein phosphatase involved in hair cell ciliogenesis, cause autosomal-recessive severe to profound deafness / S. Delmaghani, A. Aghaie, Y. Bouyacoub, H. El Hachmi, C. Bonnet, Z. Riahi, S. Chardenoux, I. Perfettini, J.P. Hardelin, A. Houmeida // American Journal

of Human Genetics. - 2016. - Vol. 98. - No 6. - pp. 1266-1270. - doi: 10.1016/j.ajhg.2016.04.015.

84. Dementieva, N.V. Assessing the effects of rare alleles and linkage disequilibrium on estimates of genetic diversity in the chicken populations / N.V. Dementieva, O.V. Mitrofanova, A.P. Dysin, A.A. Kudinov, O.I. Stanishevskaya, T.A. Larkina, K.V. Plemyashov, D.K. Griffin, M.N. Romanov, M.G. Smaragdov // Animal. - 2021. - Vol. 15. - No 3. - ID: 100171. - doi: 10.1016/j.animal.2021.100171.

85. Dementieva, N.V. Comparative Analysis of Molecular RFLP and SNP Markers in Assessing and Understanding the Genetic Diversity of Various Chicken Breeds / N.V. Dementieva, Y.S. Shcherbakov, V.I. Tyshchenko, V.P. Terletsky, A.B. Vakhrameev, O.A. Nikolaeva, A.E. Ryabova, A.I. Azovtseva, O.V. Mitrofanova, G.K. Peglivanyan, N.R. Reinbah, D.K. Griffin, M.N. Romanov // Genes (Basel). - 2022. - Vol. 16. - No 10. - ID 1876. - doi: 10.3390/genes13101876.

86. Deng, Y. Immune Regulatory Genes Are Major Genetic Factors to Behcet Disease: Systematic Review / Y. Deng, W. Zhu, X. Zhou // Open Rheumatology Journal. - 2018. - No 12. -pp. 70-85. - doi: 10.2174/1874312901812010070.

87. DeWoody, J.A. Microsatellite variation in marine, freshwater and anadromous fishes compared with other animals / J.A. DeWoody, J.C. Avise // Journal of fish biology. - 2000. - Vol. 56. - No 3. - pp. 461-473. - doi: 10.1111/j.1095-8649.2000.tb00748.x.

88. Ding, L.C. RCAN2 and estradiol independently regulate body weight in female mice / L.C. Ding, Q.Q. Gong, S.W. Li, X.L. Fu, Y.C. Jin, J. Zhang, J.G. Gao, X.Y. Sun // Oncotarget. - 2017. - Vol. 8. - No 29. - pp. 48098-48109. - doi: 10.18632/oncotarget.18259.

89. Doherty, A. GWAS identifies 14 loci for device-measured physical activity and sleep duration / A. Doherty, K. Smith-Byrne, T. Ferreira, M.V. Holmes,

C. Holmes, S.L. Pulit, C.M. Lindgren // Nature Communications. - 2018. - Vol. 9. - No 1. - pp. 5257. - doi: 10.1038/s41467-018-07743-4.

90. Dubail, J. Homozygous Loss-of-Function Mutations in CCDC134 Are Responsible for a Severe Form of Osteogenesis Imperfecta / J. Dubail, P. Brunelle, G. Baujat, C. Huber, M. Doyard, C. Michot, P. Chavassieux, A. Khairouni, V. Topouchian, S. Monnot, E. Koumakis, V. Cormier-Daire // Journal of Bone and Mineral Research. - 2020. - Vol. 35. - No 8. - pp. 1470-1480. - doi: 10.1002/jbmr.4011.

91. Dudipala, S.C. Hyperekplexia: A Treatable Seizure Mimicker in Infants / S.C. Dudipala, R.V. Reddy, R. Shankar // Cureus. - 2023. - Vol. 15. - No 4. - pp. e38082. - doi: 10.7759/cureus.38082.

92. Dunleavy, J.E.M. The katanin A-subunits KATNA1 and KATNAL1 act co-operatively in mammalian meiosis and spermiogenesis to achieve male fertility / J.E.M. Dunleavy, M. Graffeo, K. Wozniak, A.E. O'Connor, D.J. Merriner, J. Nguyen, R.B. Schittenhelm, B.J. Houston, M.K. O'Bryan // Development. - 2023. -Vol. 150. - No 22. - pp. dev201956. - doi: 10.1242/dev.201956.

93. Dunn, H.A. ELFN2 is a postsynaptic cell adhesion molecule with essential roles in controlling group III mGluRs in the brain and neuropsychiatric behavior / H.A. Dunn, S. Zucca, M. Dao, C. Orlandi, K.A. Martemyanov // Molecular Psychiatry. - 2019. - Vol. 23. - No 12. - pp. 1902-1919. - doi: 10.1038/s41380-019-0512-3.

94. Ekarius, C. Storey's Illustrated Guide to Poultry Breeds. USA. North Adams, MA / C. Ekarius. - North Adams, MA: Storey Publishing LLC, 2007. - 277 p. Available online: https://archive.org/details/storeysillustrat0000ekar (доступно на 10 июня 2025).

95. Elis, S. Identification of germinal disk region derived genes potentially involved in hen fertility / S. Elis, E. Blesbois, I. Couty, S. Balzergue, M.L. Martin-Magniette, F. Batellier, M.S. Govoroun // Molecular Reproduction and

Development. - 2009. - Vol. 76. - No 11. - pp. 1043-1055. - doi: 10.1002/mrd.21062.

96. Ensembl genome browser: genome browser for vertebrate genomes that supports research in comparative genomics, evolution, sequence variation and transcriptional regulation. Official site // URL: https: //www.ensembl. org/index.html (дата обращения 12.05.23).

97. Farooq, M. RRP7A links primary microcephaly to dysfunction of ribosome biogenesis, resorption of primary cilia, and neurogenesis / M. Farooq, L. Lindb^k, N. Krogh, C. Doganli, C. Keller, M. Mönnich, A.B. Gon?alves, S. Sakthivel, Y. Mang, A. Fatima, V.S. Andersen, M.S. Hussain, H. Eiberg, L. Hansen, K.W. Kjaer, J. Gopalakrishnan, L.B. Pedersen, K. M0llgärd, H. Nielsen, S.M. Baig, N. Tommerup, S.T. Christensen, L.A. Larsen // Nature Communications. - 2020. -Vol. 11. - No 1. - pp. 5816. - doi: 10.1038/s41467-020-19658-0.

98. Fei, C.F. Gene mutations impede oocyte maturation, fertilization, and early embryonic development / C.F. Fei, L.Q. Zhou // BioEssays: news and reviews in molecular, cellular and developmental biology. - 2022. - Vol. 44. - No 10. - ID: e2200007. - doi: 10.1002/bies.202200007.

99. Feng, J. Analysis of the Selection Signal of the Tibetan Black Chicken Genome Based on Whole-Genome Sequencing / J. Feng, W. Zhu, H. Shi, D. Peng, L. Zang, Y. Wang, L. ZhaXi, J. BaiMa, F.K. Amevor, X. Wang, X. Ma, X. Zhao // Genes (Basel). - 2023. - Vol.14. - No 9. - ID: 1672. - doi: 10.3390/genes14091672.

100. Ferencakovic, M. Estimating autozygosity from high-throughput information: effects of SNP density and genotyping errors / M. Ferencakovic J. Sölkner, I. Curik // Genetics Selection Evolution. - 2013. - Vol. 45. - No 1. - doi: 10.1186/1297-9686 45-42.

101. Foote, A.D. Runs of Homozygosity in Killer Whale Genomes Provide a Global Record of Demographic Histories / A.D. Foote, R. Hooper, A. Alexander, R.W. Baird, C.S. Baker, L. Ballance, J. Barlow, A. Brownlow, T. Collins, R. Constantine, L. Dalla Rosa, N.J. Davison, J.W. Durban, R. Esteban, L. Excoffier,

S.L.F. Martin, K.A. Forney, T. Gerrodette, M.T.P. Gilbert, C. Guinet, M.B. Hanson, S. Li, M.D. Martin, K.M. Robertson, F.I.P. Samarra, R. de Stephanis, S.B. Tavares, P. Tixier, J.A. Totterdell, P. Wade, J.B.W. Wolf, G. Fan, Y. Zhang, P.A. Morin // Molecular Ecology. - 2021. - Vol. 30. - No 23. - pp. 6162-6177. - doi: 10.1111/mec.16137.

102. Franca, M.M. Exome Sequencing Reveals the POLR3H Gene as a Novel Cause of Primary Ovarian Insufficiency / M.M. Franca, X. Han, M.F.A. Funari, A.M. Lerario, M.Y. Nishi, E.G.P. Fontenele, S. Domenice, A.A.L. Jorge, D. Garcia-Galiano, C.F. Elias, B.B. Mendonca // The Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism. - 2019. - Vol. 104. - No 7. - pp. 2827-2841. - doi: 10.1210/jc.2018-02485.

103. Francis, R.M. Pophelper: an R package and web app to analyse and visualize population structure / R.M. Francis // Molecular Ecology Resources. -2017. - Vol. 17. - No 1. - p. 27-32. - doi: 10.1111/1755-0998.12509.

104. Frantz, L.A.F. Animal domestication in the era of ancient genomics / L.A.F. Frantz, D.G. Bradley, G. Larson, L. Orlando // Nature Reviews Genetics. -2020. - Vol. 21. - No 8. - pp. 449-460. - doi: 10.1038/s41576-020-0225-0.

105. Fumihito, A. Monophyletic origin and unique dispersal patterns of domestic fowls / A. Fumihito, T. Miyake, M. Takada, R. Shingu, T. Endo, T. Gojobori, N. Kondo, S. Ohno // Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. - 1996. - Vol. 93. - No 13. - pp. 6792-6795. - doi: 10.1073/pnas.93.13.6792.

106. Fumihito, A. One subspecies of the red junglefowl (Gallus gallus gallus) suffices as the matriarchic ancestor of all domestic breeds / A. Fumihito, T. Miyake, S. Sumi, M. Takada, S. Ohno, N. Kondo // Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. - 1994. - Vol. 91. - No 26. - pp.12505-12509. -doi: 10.1073/pnas.91.26.12505.

107. Gao, R. From Gene Discovery to Stroke Risk: C5orf24s Pivotal Role Uncovered / R. Gao, Y. Xu, M. Zhang, Q. Zeng, G. Zhu, W. Su, R. Wang //

Molecular Neurobiology. - 2025. - Vol. 62. - No 7. - pp. 8796-8808. - doi: 10.1007/s12035-025-04802-y.

108. GeneCards: database that provides comprehensive, user-friendly information on all annotated and predicted human genes. Official site // URL: http: //www. genecards .org/ (дата обращения 19.06.23).

109. Genome assembly: GRCg6a (Chicken (Red Jungle fowl) // URL: https://www.ensembl.org/Gallus gallus GCA 000002315.5/Info/Index?db=core;r =1:154053951-154067056 (дата обращения 12.05.2023).

110. Genome assembly: GRCg6a (Chicken (Red Jungle fowl). Region in detail // URL: https://www.ensembl.org/Gallus gallus GCA 000002315.5/Location/View?db=c ore;r=1:154053951-154067056 (дата обращения 12.05.2023).

111. George, L. Genetic improvement of economic traits in Murrah buffalo using significant SNPs from genome-wide association study / L. George, R. Alex, N. Sukhija, K. Jaglan, V. Vohra, R. Kumar, A. Verma // Tropical Animal Health and Production. - 2023. - Vol. 55. - No 3. - pp. 199. - doi: 10.1007/s11250-023-03606-3.

112. Gering, E. Mixed ancestry and admixture in Kauai's feral chickens: invasion of domestic genes into ancient Red Junglefowl reservoirs / E. Gering, M. Johnsson, P. Willis, T. Getty, D. Wright // Molecular Ecology. - 2015. - Vol. 24. -No 9. - pp.2112-2124. - doi: 10.1111/mec.13096.

113. Gheyas, A.A. Microarray resources for genetic and genomic studies in chicken: a review / A.A. Gheyas, D.W. Burt // Genesis. - 2013. - Vol. 51. - No 1. -pp.337-356. - doi: 10.1002/dvg.22387.

114. Gholami, M. Population genomic analyses based on 1 million SNPs in commercial egg layers / M. Gholami, M. Erbe, C. Garke, R. Preisinger, A. Weigend, S. Weigend, H. Simianer // PLoS One. - 2014. - Vol. 9. - No 4. - ID: e94509. - doi: 10.1371/journal.pone.0094509.

115. Ghosh, M. Transformation of animal genomics by next-generation sequencing technologies: a decade of challenges and their impact on genetic architecture / M. Ghosh, N. Sharma, A.K. Singh, M. Gera, K.K. Pulicherla, D.K. Jeong // Critical Reviews in Biotechnology. - 2018. - Vol. 38. - No 8. - pp. 11571175. - doi: 10.1080/07388551.2018.1451819.

116. Godinez, C.J.P. Unveiling new perspective of phylogeography, genetic diversity, and population dynamics of Southeast Asian and Pacific chickens / C.J.P. Godinez, J.K.N. Layos, Y. Yamamoto, T. Kunieda, M. Duangjinda, L.M. Liao, X.H. Huang, M. Nishibori // Scientific Reports. - 2022. - Vol. 12. - No 1. - ID: 14609. -doi: 10.1038/s41598-022-18904-3.

117. Gosney, B.J. ADAP1 / B.J. Gosney, C.R. Robinson, V. Kanamarlapudi // Encyclopedia of Signaling Molecules. - 2018. - Vol. 203. - No 2. - pp. 156-164.

- doi: 10.1007/978-3-319-67199-4_609.

118. Grzonka, M. Mouse SAS-6 is required for centriole formation in embryos and integrity in embryonic stem cells / M. Grzonka, H. Bazzi // Elife. -2024. - No 13. - pp. e94694. - doi: 10.7554/eLife.94694.

119. Gunduz-Cinar, O. Identification of a novel gene regulating amygdala-mediated fear extinction / O. Gunduz-Cinar, E. Brockway, L. Lederle, T. Wilcox, L.R. Halladay, Y. Ding, H. Oh, E.F. Busch, K. Kaugars, S. Flynn, A. Limoges, O. Bukalo, K.P. MacPherson, S. Masneuf, C. Pinard, E. Sibille, E.J. Chesler, A. Holmes // Molecular Psychiatry. - 2019. - Vol. 24. - No 4. - pp. 601-612. - doi: 10.1038/s41380-017-0003-3.

120. Guo, H.W. Genetic diversity of mtDNA D-loop sequences in four native Chinese chicken breeds / H.W. Guo, C. Li, X.N. Wang, Z.J. Li, G.R. Sun, G.X. Li, X.J. Liu, X.T. Kang, R.L. Han // British Poultry Science. - 2017. - Vol. 58.

- No 5. - pp. 490-497. - doi: 10.1080/00071668.2017.1332403.

121. Guo, L. Thymic transcriptome analysis after Newcastle disease virus inoculation in chickens and the influence of host small RNAs on NDV replication / L. Guo, Z. Mu, F. Nie, X. Chang, H. Duan, H. Li, J. Zhang, J. Zhou, Y. Li, M. Li //

Scientific Reports. - 2021. - Vol. 11. - No 1. - ID: 10270. - doi: 10.1038/s41598-021-89464-1.

122. Guo, L. Whole Transcriptome Analysis Reveals a Potential Regulatory Mechanism of LncRNA-FNIP2/miR-24-3p/FNIP2 Axis in Chicken Adipogenesis / L. Guo, X. Chao, W. Huang, Z. Li, K. Luan, M. Ye, S. Zhang, M. Liu, H. Li, W. Luo, Q. Nie, X. Zhang, Q. Luo // Frontiers in Cell and Developmental Biology. -2021. - Vol. 9. - No 9. - pp. e:653798. - doi: 10.3389/fcell.2021.653798.

123. Guo, Y. Transcriptomic Analysis of Spleen Revealed Mechanism of Dexamethasone-Induced Immune Suppression in Chicks / Y. Guo, A. Su, H. Tian, M. Zhai, W. Li, Y. Tian, K. Li, G. Sun, R. Jiang, R. Han, F. Yan, X. Kang // Genes (Basel). - 2020. - Vol. 11. - No 5. - pp. 513. - doi: 10.3390/genes11050513.

124. Gustafsson, M.O. Regulation of nucleocytoplasmic shuttling of Bruton's tyrosine kinase (Btk) through a novel SH3-dependent interaction with ankyrin repeat domain 54 (ANKRD54) / M.O. Gustafsson, A. Hussain, D.K. Mohammad, A.J. Mohamed, V. Nguyen, P. Metalnikov, K. Colwill, T. Pawson, C.I. Smith, B.F. Nore // Molecular and Cellular Biology. - 2012. - Vol. 32. - No 13. -pp. 2440-2453. - doi: 10.1128/MCB.06620-11.

125. Han, H. The olfactomedin domain from Gliomedin is a ß-propeller with unique structural properties / H. Han, P. Kursula // Journal of Biological Chemistry. - 2015. - No 290. - pp. 3612-3621. - doi: 10.1074/jbc.m114.627547.

126. Harumi, T. Allele-specific polymerase chain reaction typing and sequencing of mitochondrial D-loop region in broiler chickens in Japan / T. Harumi, E. Kobayashi, M. Naito // Animal Science Journal. - 2015. - Vol. 86. - No 9. - pp. 815-817. - doi: 10.1111/asj.12369.

127. Hasanpur, K. Investigation of chicken housekeeping genes using next-generation sequencing data / K. Hasanpur, S. Hosseinzadeh, A. Mirzaaghayi, S. Alijani // Frontiers in Genetics. - 2022. - Vol. 13. - ID: 827538. - doi: 10.3389/fgene.2022.827538.

128. Hashemi Karoii, D. Identification of novel cytoskeleton protein involved in spermatogenic cells and Sertoli cells of non-obstructive azoospermia based on microarray and bioinformatics analysis / D. Hashemi Karoii, H. Azizi, M. Darvari, A. Qorbanee, D.J. Hawezy // BMC Medical Genomics. - 2025. - Vol. 18. - No 1. - pp. 19. - doi: 10.1186/s12920-025-02087-7.

129. Hata, A. Geographic Origin and Genetic Characteristics of Japanese Indigenous Chickens Inferred from Mitochondrial D-Loop Region and Microsatellite DNA Markers / A. Hata, A. Takenouchi, K. Kinoshita, M. Hirokawa, T. Igawa, M. Nunome, T. Suzuki, M. Tsudzuki // Animals (Basel). - 2020. - Vol. 10. - No 11. - pp. 2074. - doi: 10.3390/ani10112074.

130. He, Y. Identification of New Genes and Genetic Variant Loci Associated with Breast Muscle Development in the Mini-Cobb F2 Chicken Population Using a Genome-Wide Association Study / Y. He, H. Shi, Z. Li, J. Kang, M. Li, M. Liu, Y. Liu, J. Zhao, T. Dou, J. Jia, Y. Duan, K. Wang, C. Ge // Genes (Basel). - 2022. - Vol. 13. - No 11. - pp. 2153. - doi: 10.3390/genes13112153.

131. Heidaritabar, M. Genome-wide association studies for additive and dominance effects for body composition traits in commercial crossbred Pietrain pigs / M. Heidaritabar, M.C.A.M. Bink, E. Dervishi, P. Charagu, A. Huisman, G.S. Plastow // Journal of Animal Breeding and Genetics. - 2023. - Vol. 140. - No 4. -pp. 413-430. - doi: 10.1111/jbg.12768.

132. Hennig, D. A formiminotransferase cyclodeaminase isoform is localized to the Golgi complex and can mediate interaction of trans-Golgi network-derived vesicles with microtubules / D. Hennig, S. J. Scales, A. Moreau, L.L. Murley, J. De Mey, T.E. Kreis // Journal of Biological Chemistry. - 1998. - Vol. 273. - No 31. - pp. 19602-19611. - doi: 10.1074/jbc.273.31.19602.

133. Herrero Martin, J.C. An ETFDH-driven metabolon supports OXPHOS efficiency in skeletal muscle by regulating coenzyme Q homeostasis. Nat Metab. 2024 Feb;6(2):209-225. - doi: 10.1038/s42255-023-00956-y.

134. Hewett, A.M. Selection, Recombination and Population History Effects on Runs of Homozygosity (ROH) in Wild Red Deer (Cervus elaphus) / A.M. Hewett, M.A. Stoffel, L. Peters, S.E. Johnston, J.M. Pemberton // Heredity. - 2023. - Vol. 130. - No 4. - pp. 242-250. - doi: 10.1038/s41437-023-00602-z.

135. Hoban, S. Global genetic diversity status and trends: towards a suite of Essential Biodiversity Variables (EBVs) for genetic composition / S. Hoban, F.I. Archer, L.D. Bertola, J.G. Bragg, M.F. Breed, M.W. Bruford, M.A. Coleman, R. Ekblom, W.C. Funk, C.E. Grueber, B.K. Hand, R. Jaffé, E. Jensen, J.S. Johnson, F. Kershaw, L. Liggins, A.J. MacDonald, J. Mergeay, J.M. Miller, F. Muller-Karger, D. O'Brien, I. Paz-Vinas, K.M. Potter, O. Razgour, C. Vernesi, M.E. Hunter // Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society. - 2022. - Vol. 97. - No 4. - pp. 1511-1538. - doi: 10.1111/brv.12852.

136. Holsinger, K.E. Genetics in geographically structured populations: defining, estimating and interpreting F(ST) / K.E. Holsinger, B.S. Weir // Nature Review Genetics. - 2009. - Vol. 10. - No 9. - pp. 639-650. - doi: 10.1038/nrg2611.

137. Honda, A. Cholesterol 25-hydroxylation activity of CYP3A / A. Honda, T. Miyazaki, T. Ikegami, J. Iwamoto, T. Maeda, T. Hirayama, Y. Saito, T. Teramoto, Y. Matsuzaki // Journal of Lipid Research. - 2011. - Vol. 52. - No 8. - pp. 15091516. - doi: 10.1194/jlr.M014084.

138. Hosono, N. Genetic abnormalities and pathophysiology of MDS / N. Hosono // International journal of clinical oncology. - 2019. - Vol. 24. - No 8. - pp. 885-892. - doi: 10.1007/s10147-019-01462-6.

139. Huang, H. Fat mass- and obesity-associated (FTO) gene promoted myoblast differentiation through the focal adhesion pathway in chicken / H. Huang, L. Lui, C. Li, Z. Liang, Z. Huang, Q. Wang, S. Li, Z. Zhao // 3 Biotech. - 2020. -Vol. 10. - No 9. - pp. 403. - doi: 10.1007/s13205-020-02386-z.

140. Huang, L. Identification of novel compound heterozygous variants in the SLC30A7 (ZNT7) gene in two French brothers with stunted growth, testicular hypoplasia and bone marrow failure / L. Huang, Z. Yang, C.P. Kirschke, C.

Prouteau, M.C. Copin, D. Bonneau, I. Pellier, R. Coutant, C. Miot, A. Ziegler // Human Molecular Genetics. - 2023. - Vol. 32. - No 12. - pp. 2016-2031. - doi: 10.1093/hmg/ddad033.

141. Huang, R. Genetic and metabolic factors influencing skin yellowness in yellow-feathered broilers / R. Huang, X. Deng, J. Wu, W. Luo // Poultry science. - 2025. - Vol. 1. - No 104. - pp. 104534. - doi: 10.1016/j.psj.2024.104534.

142. Huang, T. A quantitative trait locus on chromosome 2 was identified that accounts for a substantial proportion of phenotypic variance of the yellow plumage color in chicken / T. Huang, Y. Pu, C. Song, Z. Sheng, X. Hu // Poultry Science. - 2020. - No 99. - pp. 2902-2910. - doi: 10.1016/j.psj.2020.01.030.

143. Huson, D.H. Beyond Galled Trees - Decomposition and Computation of Galled Networks / D.H. Huson, T.H. Klopper // Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology. - 2007. - doi: 10.1007/978- 3-540-71681-5_15.

144. Hutt, K.J. HENMT1 is involved in the maintenance of normal female fertility in the mouse / K.J. Hutt, S.L. Lim, Q.H. Zhang, M. Gonzalez, A.E. O'Connor, D.J. Merriner, S.H. Liew, U. Al-Zubaidi, W.S. Yuen, D. Adhikari, R.L. Robker, J.R. Mann, J. Carroll, M.K. O'Bryan // Molecular human reproduction. -2021. - Vol. 27. - No 11. - e:gaab061. - doi: 10.1093/molehr/gaab061.

145. iTOL: Interactive Tree Of Life. Official site // URL: https://itol.embl.de/upload.cgi (дата обращения 10.05.2024)

146. Jarne, P. Microsatellites, from molecules to populations and back // P. Jarne, P.J. Lagoda // Trends in Ecology & Evolution. - 1996. - Vol. 11. - No 11. -pp. 424-429. - doi: 10.1016/0169-5347(96)10049-5.

147. Jia. W. Research Note: Transcriptome analysis reveals differentially expressed genes regulated muscle development in Pekin ducks during dietary threonine deficiency / W. Jia, L. Wu, Z. Zhuang, M. Xu, Y. Lu, Z. Wang, H. Bai, G. Chen, G. Chang, Y, Jiang // Poultry Science. - 2023. - Vol. 102. - No 12. - pp. 103168. - doi: 10.1016/j.psj.2023.103168.

148. Jolliffe, I.T. Principal component analysis: a review and recent developments / I.T. Jolliffe, J. Cadima // Philosophical Transactions: Mathematical, Physical and Engineering Sciences. - 2016. - Vol. 374. - No 2065. - ID: 20150202.

- doi: 10.1098/rsta.2015.0202.

149. Jones, S.E. Genetic studies of accelerometer-based sleep measures yield new insights into human sleep behaviour / S.E. Jones, V.T. van Hees, D.R. Mazzotti, P. Marques-Vidal, S. Sabia, A. van der Spek, H.S. Dashti, J. Engmann, D. Kocevska, J. Tyrrell, R.N. Beaumont, M. Hillsdon, K.S. Ruth, M.A. Tuke, H. Yaghootkar, S.A. Sharp, Y. Ji, J.W. Harrison, R.M. Freathy, A. Murray, A.I. Luik, N. Amin, J.M. Lane, R. Saxena, M.K. Rutter, H. Tiemeier, Z. Kutalik, M. Kumari, T.M. Frayling, M.N. Weedon, P.R. Gehrman, A.R. Wood // Nature Communications. - 2019. - Vol. 10. - No 1. - pp. 1585. - doi: 10.1038/s41467-019-09576-1.

150. Jourdain, A.A. Loss of LUC7L2 and U1 snRNP subunits shifts energy metabolism from glycolysis to OXPHOS / A.A. Jourdain, B.E. Begg, E. Mick, H. Shah, S.E. Calvo, O.S. Skinner, R. Sharma, S.M. Blue, G.W. Yeo, C.B. Burge, V.K. Mootha // Molecular Cell. - 2021. - Vol. 81. - No 9. - pp. 1905-1919. - doi: 10.1016/j.molcel.2021.02.033.

151. Jovanovic, M. Update on the Genetics of Osteogenesis Imperfecta / M. Jovanovic, J.C. Marini // Calcified Tissue International. - 2024. - Vol. 115. - No 6.

- pp. 891-914. - doi: 10.1007/s00223-024-01266-5.

152. Kaleta, K. Correlation between the level of sulfane sulfur and the expression/activity of sulfurtransferases in chicken tissues - a possible ways of cyanide detoxification / K. Kaleta, A. Misterka, L. Rydz, M. Wrobel, H. Jurkowska // Biologia. - 2023. - Vol. 79. - No 1. - pp. 101-108. - doi: 10.1007/s11756-023-01500-9.

153. Kanakachari, M. Embryonic transcriptome unravels mechanisms and pathways underlying embryonic development with respect to muscle growth, egg production, and plumage formation in native and broiler chickens / M. Kanakachari,

R. Ashwini, R.N. Chatterjee, T.K. Bhattacharya // Frontiers in Genetics. - 2022. -No 13. - pp. 990849. - doi: 10.3389/fgene.2022.990849.

154. Kanakachari, M. Indian Red Jungle fowl reveals a genetic relationship with South East Asian Red Jungle fowl and Indian native chicken breeds as evidenced through whole mitochondrial genome sequences / M. Kanakachari, R.N. Chatterjee, M.R. Reddy, M. Dange, T.K. Bhattacharya // Frontiers in Genetics. -2023. - No 14. - ID: 1083976. - doi: 10.3389/fgene.2023.1083976.

155. Kang, N. Genomic and Transcriptomic Characterization Revealed the High Sensitivity of Targeted Therapy and Immunotherapy in a Subset of Endometrial Stromal Sarcoma / N. Kang, Y. Zhang, S. Guo, R. Chen, F. Kong, S. Wang, M. Yuan, R. Chen, D. Shen, J. Wang // Cancer Research and Treatment. 2023. - Vol. 55. - No 3. - pp. 978-991. - doi: 10.4143/crt.2022.1647.

156. Kanginakudru, S. Genetic evidence from Indian red jungle fowl corroborates multiple domestication of modern day chicken / S. Kanginakudru, M. Metta, R.D. Jakati, J. Nagaraju // BMC Ecology and Evolution. - 2008. - Vol. 8. -No 1. - pp. 174. - doi: 10.1186/1471-2148-8-174.

157. Kapusta, A. Evolution of bird genomes — a transposon's-eye view / A. Kapusta, A. Suh // Annals of the New York Academy of Sciences. - 2017. - Vol. 1389. - No 1. - pp. 164-185. - doi: 10.1111/nyas.13295.

158. Karagiannis, T.T. Multi-modal profiling of peripheral blood cells across the human lifespan reveals distinct immune cell signatures of aging and longevity / T.T. Karagiannis, T.W. Dowrey, C. Villacorta-Martin, M. Montano, E. Reed, A.C. Belkina, S.L. Andersen, T.T. Perls, S. Monti, G.J. Murphy, P. Sebastiani // EBioMedicine. - 2023. - Vol. 90. - No 1. - pp. 104514. - doi: 10.1016/j.ebiom.2023.104514.

159. Katsouda, A. MPST sulfurtransferase maintains mitochondrial protein import and cellular bioenergetics to attenuate obesity / A. Katsouda, D. Valakos, V.S. Dionellis, S.I. Bibli, I. Akoumianakis, S. Karaliota, K. Zuhra, I. Fleming, N. Nagahara, S. Havaki, V.G. Gorgoulis, D. Thanos, C. Antoniades, C. Szabo, A.

Papapetropoulos // Journal of Experimental Medicine. - 2022. - Vol. 219. - No 7. -pp. e20211894. - doi:10.1084/jem.20211894.

160. Keel, B.N. RNA-Seq Meta-analysis identifies genes in skeletal muscle associated with gain and intake across a multi-season study of crossbred beef steers / B.N. Keel, C.M. Zarek, J.W. Keele, L.A. Kuehn, W.M. Snelling, W.T. Oliver, H.C. Freetly, A.K. Lindholm-Perry // BMC Genomics. - 2018. - Vol. 19. - No 1. - ID: 430. - doi: 10.1186/s12864-018-4769-8.

161. Keenan, K. DiveRsity: An R package for the estimation of population genetics parameters and their associated errors / K. Keenan, P. McGinnity, T.F. Cross, W.W. Crozier, P.A. Prodohl // Methods in Ecology and Evolution. - 2013. -Vol. 4. - p. 782-788. - doi: 10.1111/2041-210X.12067.

162. Khatei, A. Advances in Fisheries Biotechnology. Molecular Markers in Aquaculture. Singapore / A. Khatei, P.S. Tripathy, J. Parhi; P.K. Pandey, J. Parhi, editors. - Singapore: Springer Nature Singapore, 2021. - 165 p. - doi: 10.1007/978981-16-3215-0.

163. Kherraf, Z.E. Whole-exome sequencing improves the diagnosis and care of men with non-obstructive azoospermia / Z.E. Kherraf, C. Cazin, A. Bouker, S. Fourati Ben Mustapha, S. Hennebicq, A. Septier, C. Coutton, L. Raymond, M. Nouchy, N. Thierry-Mieg, R. Zouari, C. Arnoult, P.F. Ray // American journal of human genetics. - 2022. - Vol. 109. - No 3. - pp. 508-517. - doi: 10.1016/j.ajhg.2022.01.011.

164. Kim, J. Runs of homozygosity analysis for selection signatures in the Yellow Korean native chicken / J. Kim, J.K. Macharia, M. Kim, J.M Heo, M. Yu, H.J. Choo, J.H. Lee // Animal Bioscience. - 2024. - Vol. 37. - No 10. - pp. 16831691. - doi: 10.5713/ab.24.0092.

165. Komori, T. Whole Aspect of RUNX2 Functions in Skeletal Development / T. Komori // International Journal of Molecular Sciences. - 2022. -Vol. 23. No. 10. - pp. 5776. - doi: 10.3390/ijms23105776.

166. Kosla, J. Molecular analysis of the TGF-beta controlled gene expression program in chicken embryo dermal myofibroblasts / J. Kosla, M. Dvorak. V. Cermak // Gene. - 2013. - Vol. 513. - No 1. - p. 90-100. - doi: 10.1016/j.gene.2012.10.069.

167. Kour, A. Genomic Diversity Profiling and Breed-Specific Evolutionary Signatures of Selection in Arunachali Yak / A. Kour, S.K. Niranjan, M. Malayaperumal, U. Surati, M. Pukhrambam, J. Sivalingam, A. Kumar, M. Sarkar // Genes (Basel). - 2022. - Vol. 13. - No 2. - pp. 254. - doi: 10.3390/genes13020254.

168. Kuttappan, V.A. Proteomic analysis reveals changes in carbohydrate and protein metabolism associated with broiler breast myopathy / V.A. Kuttappan, W. Bottje, R. Ramnathan, S.D. Hartson, C.N. Coon, B.W. Kong, C.M. Owens, M. Vazquez-Anon, B.M. Hargis // Poultry Science. - 2017. - No 96. - pp. 2992-2999.

- doi: 10.3382/ps/pex069.

169. Larkina, T.A. Evolutionary Subdivision of Domestic Chickens: Implications for Local Breeds as Assessed by Phenotype and Genotype in Comparison to Commercial and Fancy Breeds / T.A. Larkina, O.Y. Barkova, G.K. Peglivanyan, O.V. Mitrofanova, N.V. Dementieva, O.I. Stanishevskaya, A.B. Vakhrameev, A.V. Makarova, Y.S. Shcherbakov, M.V. Pozovnikova, E.A. Brazhnik, D.K. Griffin, M.N. Romanov // Agriculture. - 2021. - Vol. 11. - No 10.

- pp. 914. - doi: 10.3390/agriculture11100914.

170. Larson, G. Current perspectives and the future of domestication studies. Animal Domestication: A Brief Overview / G. Larson, D.R. Piperno, R.G. Allaby. M.D. Purugganan, L. Andersson, M. Arroyo-Kalin, L. Barton, C. Climer Vigueira, T. Denham, K. Dobney, A.N. Doust, P. Gepts, M.T. Gilbert, K.J. Gremillion, L. Lucas, L. Lukens, F.B. Marshall, K.M. Olsen, J.C. Pires, P.J. Richerson, R. Rubio de Casas, O.I. Sanjur, M.G. Thomas, D.Q. Fuller // Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. - 2014. - Vol. 111. - No 17. - pp. 6139-6146. -doi: 10.1073/pnas.1323964111.

171. Lata, E. RNA Polymerase III Subunit Mutations in Genetic Diseases / E. Lata, K. Choquet, F. Sagliocco, B. Brais, G. Bernard, M. Teichmann // Frontiers in Molecular Biosciences. - 2021. - No 8. - ID: 696438. - doi: 10.3389/fmolb .2021.696438.

172. Lawal, R.A. Domestic chicken diversity: Origin, distribution, and adaptation / R.A. Lawal, O. Hanotte // Animal Genetics. - 2021. - Vol. 54. - No 4.

- pp. 385-394. - doi: 10.1111/age.13091.

173. Lee, S. The transcriptomic landscape of caudal cell mass in different developmental stages of the chick embryo / S. Lee, K.H. Kim, E.S. Lee, V.J. Kim, S.P. Kim, S. Ban, K.C. Wang, J.Y. Lee // Child's Nervous System. - 2022. - Vol. 38. - No 11. - pp. 2101-2111. - doi: 10.1007/s00381-022-05675-5.

174. Leigh, J.W. Popart: Full-feature software for haplotype network construction / J.W. Leigh, D. Bryant // Methods in Ecology and Evolution. - 2015.

- Vol. 6. - No 9. - pp. 1110-1116. - doi: 10.1111/2041-210X.12410.

175. Leishman, E.M. Genome-wide association study to identify biological and metabolic pathways associated with carcass portion weights in turkeys: GWAS of Turkey carcass portion weights / E.M. Leishman, R.J. Vanderhout, D.J. Wood, C.F. Baes, S. Barbut // Poultry Science. - 2025. - Vol. 104. - No 7.- pp 105194. -doi: 10.1016/j.psj.2025.105194.

176. Lengacher, S. Resistance to diet-induced obesity and associated metabolic perturbations in haploinsufficient monocarboxylate transporter 1 mice / S. Lengacher, T. Nehiri-Sitayeb, N. Steiner, L. Carneiro, C. Favrod, F. Preitner, B. Thorens, J.C. Stehle, L. Dix, F. Pralong, F.J. Magistretti, L. Pellerin // PLoS One. -2013. - No 8. - pp. e82505. - doi: 10.1371/journal.pone.0082505.

177. Letunic, I. Interactive Tree Of Life (iTOL) v4: recent updates and new developments / I. Letunic, P. Bork // Nucleic Acids Research. - 2019. - Vol. 47. -No W1. - pp. W256-259. - doi: 10.1093/nar/gkz239.

178. Letunic, I. Interactive Tree Of Life (iTOL) v5: an online tool for phylogenetic tree display and annotation / I. Letunic, P. Bork // Nucleic Acids Research. - 2021. - Vol. 49. - No W1. - pp. 239-296. - doi: 10.1093/nar/gkab301.

179. Li, B. Molecular characterization and epigenetic regulation of Meil in cattle and cattle-yak / B. Li, W. Wu, H. Luo, Z. Liu, H. Liu, Q. Li, Z. Pan // Gene. -2015. - Vol. 573. - No 1. - pp. 50-56. - doi: 10.1016/j.gene.2015.07.021.

180. Li, D. Genomic selection and weighted single-step genome-wide association study of sheep body weight and milk yield: Imputing low-coverage sequencing data with similar genetic background panels / D. Li, Y. Xiao, X. Chen, Z. Chen, X. Zhao, X. Xu, R. Li, Y. Jiang, X. An, L. Zhang, Y. Song // Journal of Dairy Science. - 2025. - Vol. 108. - No 4. - pp. 3820-3834. - doi: 10.3168/jds.2024-25681.

181. Li, D. Genomic Selection and WssGWAS of Sheep Body Weight and Milk Yield: Imputing Low-Coverage Sequencing Data with Similar Genetic Background Panels / D. Li, Y. Xiao, X. Chen, Z. Chen, X. Zhao, X. Xu, R. Li, Y. Jiang, X. An, L. Zhang, Y. Song // Journal of dairy science. - 2025. - Vol. 4. - No 108. - p. 3820-3834. - doi: 10.3168/jds.2024-25681.

182. Li, G. Pigment concentrations in eggshell and their related gene expressions in uterus of Changshun blue eggshell chickens / G. Li, J. Xu, S. Chen, S. Tan, H. Li // British Poultry Science. - 2022. - Vol. 63. - No 3. - pp. 421-425. -doi: 10.1080/00071668.2021.1983919.

183. Li, J. Mutations Upstream of the TBX5 and PITX1 Transcription Factor Genes Are Associated with Feathered Legs in the Domestic Chicken / J. Li, M. Lee, B.W. Davis, S. Lamichhaney, B.J. Dorshorst, P.B. Siegel, L. Andersson // Molecular Biology and Evolution. - 2020. - Vol. 37. - No 9. - pp. 2477-2486. - doi: 10.1093/molbev/msaa093.

184. Li, P. Transcriptome Analysis of Hypothalamic-Pituitary-Ovarian Axis Reveals circRNAs Related to Egg Production of Bian Chicken / P. Li, Q. Zhang, C.

Chu, B. Ren, P. Wu, G. Zhang // Animals (Basel). - 2024. - Vol. 14. - No 15. - pp. 2253. - doi: 10.3390/ani14152253.

185. Li, W.H. Molecular Evolution. USA / W.H. Li. - Sunderland, MA: Sinauer Associates Inc, 1997. - 456 p. Available online: https://archive.org/details/molecularevoluti0000liwe (доступно на 1 июня 2025).

186. Li, X. Identification of the hub genes linked to zearalenone-induced hepatotoxicity in broiler chickens / X. Li, Z. Wang, B. Yang // Environmental Research. - 2024. - No 246. - ID: 118094. - doi: 10.1016/j.envres.2023.118094.

187. Li, Y. Genome-Wide Association Study and Fine Mapping Reveals Candidate Genes for Birth Weight of Yorkshire and Landrace Pigs / Y. Li, B. Li, M. Yang, H. Han, T. Chen, Q. Wei, Z. Miao, L. Yin, R. Wang, J. Shen, X. Li, X. Xu, M. Fang, S. Zhao // Frontiers in Genetics. - 2020. - Vol. 11. - No 1. - p. 183. - doi: 10.3389/fgene.2020.00183.

188. Li, Y.C. Microsatellites within genes: structure, function, and evolution / Y.C. Li, A.B. Korol, T. Fahima, E. Nevo // Molecular Biology and Evolution. - 2004. - Vol. 21. - No 6. - pp. 991-1007. - doi: 10.1093/molbev/msh073.

189. Li, Z. Eggshell Quality Traits and Transcriptome Gene Screening Between Yunnong and Jingfen Chicken Breeds / Z. Li, H. Wu, J. Fu, M. Mushtaq, M. Khan, Y. Liu, Z. Azeem, H. Shi, Y. He, R. Zhang, M.A.U. Rahman, J. Kang, C. Ge, K. Wang // Biology (Basel). - 2024. - Vol. 13. - No 12. - p. 1048. - doi: 10.3390/biology13121048.

190. Lien, C.Y. Identification of quantitative trait locus and positional candidate loci influencing chicken egg quality under tropical conditions / C.Y. Lien, M. Tixier-Boichard, S.W. Wu, C. F. Chen // Tropical animal health and production. - 2024. - Vol. 56. - No 8. - pp. 359. - doi: 10.1007/s11250-024-04197-3.

191. Linnaeus, C. Systema naturae per regna tria naturae, secundum classes, ordines, genera, species, cum characteribus, differentiis, synonymis, locis. Editio decima, reformata. England. London / C. Linnaeus. - Linnean Society of London,

BL.16/1, 1758. - 702 p. Available online:

https://plants.istor.org/stable/10.5555/al.ap.visual.linnann-bl-16-1 (доступно на 5 июня 2025).

192. Litt, M. A hypervariable microsatellite revealed by in vitro amplification of a dinucleotide repeat within the cardiac muscle actin gene / M. Litt, J.A. Luty // The American Journal of Human Genetics. - 1989. - Vol. 44. - No 3. -pp. 397-401.

193. Liu, C. LINC00470 Coordinates the Epigenetic Regulation of ELFN2 to Distract GBM Cell Autophagy / C. Liu, H. Fu, X. Liu, Q. Lei, Y. Zhang, X. She, Q. Liu, Q. Liu, Y. Sun, G. Li, M. Wu // Molecular Theraphy: the journal of the American Society of Gene Therapy. - 2018. - Vol. 26. - No 9. - pp. 2267-2281. doi: 10.1016/j.ymthe.2018.06.019.

194. Liu, D. Five hypoxia and immunity related genes as potential biomarkers for the prognosis of osteosarcoma / D. Liu, Z. Hu, J. Jiang, J. Zhang, C. Hu, J. Huang, Q. Wei // Scientific Reports. - 2022. - Vol. 12. - No 1. - pp. 1617. -doi: 10.1038/s41598-022-05103-3.

195. Liu, L. Genome-wide DNA methylation of lesional and peri-lesional skin in vitiligo: a comparative and integrated analysis of multi-omics in Chinese population / L. Liu, Y. Xue, Y. Li, Y. Chen, X. Pan, Y. Huang, T. Chen, J. Zhong, X. Shao, U. Pu, J. Chen // Human Genetics. - 2023. - Vol. 143. - No 2. - pp. 137149. - doi: 10.1007/s00439-023-02630-5.

196. Liu, L. Transcriptional insights into key genes and pathways controlling muscle lipid metabolism in broiler chickens / Liu L, Liu X, Cui H, Liu R, Zhao G, Wen J // BMC Genomics. - 2019. - Vol. 20. - No 1. - p. 863. - doi: 10.1186/s12864-019-6221-0.

197. Liu, Q. Pseudogene ACTBP2 increases blood-brain barrier permeability by promoting KHDRBS2 transcription through recruitment of KMT2D/WDR5 in AP1-42 microenvironment / Q. Liu, X. Liu, D. Zhao, X. Ruan, R. Su, X. Shang, D.

Wang, C. Yang, Y. Xue // Cell Death Discovery. - 2021. - Vol. 7. - No 1. - pp. 142.

- doi: 10.1038/s41420-021-00531-y.

198. Liu, X. Effect of myristic acid supplementation on triglyceride synthesis and related genes in the pectoral muscles of broiler chickens / X. Liu, Y. Wang, Y. Wang, H. Cui, G. Zhao, Y. Guo, J. Wen // Poultry Science. - 2024. - Vol. 103. - No 10. - ID: 104038. - doi: 10.1016/j.psj.2024.104038.

199. Liu, Y. Identification of molecular pathways and candidate genes associated with cocks' comb size trait by genome-wide transcriptome analysis / Y. Liu, Y. Tu, M. Zhang, G. Ji, K. Wang. Y. Shan, X. Ju, D. Zhang, J. Shu, J. Zou // Scientific Reports. - 2018. - Vol. 8. - No 1. - ID: 2015. - doi: 10.1038/s41598-018-20373-6.

200. Liu, Z.G. Genetic variability of mtDNA sequences in Chinese native chicken breeds / Z.G. Liu, C.Z. Lei, J. Luo, C. Ding, G.H. Chen, H. Chang, K.H. Wang, X.X. Liu, X.Y. Zhang, X.J. Xiao, S.L. Wu // Asian-Australasian Journal of Animal Sciences. - 2004. - Vol. 17. - No 7. - pp. 903-907. - doi: 10.5713/ajas.2004.903.

201. Lu, Y. Identification of candidate genes affecting the tibia quality in Nonghua duck / Y. Lu, B. Wei, Q. Yang, X. Han, X. He, Q. Tao, S. Jiang, M. Xu, Y. Bai, T. Zhang, L. Bai, J. Hu, H. Liu, L. Li // Poultry Science. - 2024. - Vol. 103.

- No 4. - pp. 103515. - doi: 10.1016/j.psj.2024.103515.

202. Luo, W. Investigating the genetic determination of duration-of-fertility trait in breeding hens / W. Luo, X. Huang, J. Li, L. Gu // Scientific Reports. - 2024.

- Vol. 14. - No 1. - ID: 14819. - doi: 10.1038/s41598-024-65675-0.

203. Luo, X. Overview of chicken embryo genes related to sex differentiation / X. Luo, J. Guo, J. Zhang, Z. Ma, H. Li // PeerJ. - 2024. - Vol. 12. -ID: e17072. - doi: 10.7717/peerj.17072.

204. Luo, Y. Protein O-fucosyltransferase 2 adds O-fucose to thrombospondin type 1 repeats / Y. Luo, K. Koles, W. Vorndam, R.S. Haltiwanger,

V.M. Panin // The Journal of Biological Chemistry. - 2006. - Vol. 281. - No 14. -pp. 9393-9399. - doi: 10.1074/jbc.M511975200.

205. Luo, Y. The ovine HIAT1 gene: mRNA expression, InDel mutations, and growth trait associations / Y. Luo, Z. Akhatayeva, C. Mao, F. Jiang, Z. Guo, H. Xu, X. Lan // Frontiers in veterinary science. - 2023. - Vol. 10. - No 1. - pp., 1134903. - doi: 10.3389/fvets.2023.1134903.

206. Lv, C. Characterization of relaxin 3 and its receptors in chicken: Evidence for relaxin 3 acting as a novel pituitary hormone / C. Lv, H. Zheng, B. Jiang, Q. Ren, J. Zhang, X. Zhang, J. Li, Y. Wang // Frontiers in Physiology. - 2022. - Vol. 13. - No 7. - pp. 1010851. - doi: 10.3389/fphys.2022.1010851.

207. Lv, J. ASB1 engages with ELOB to facilitate SQOR ubiquitination and H2S homeostasis during spermiogenesis / J. Lv, T. Wu, J. Xue, C. Shen, W. Gao, X. Chen, Y. Guo, M. Liu, J. Yu, X. Huang, B. Zheng // Redox Biology. - 2025. - No 79. - pp. 103484. - doi: 10.1016/j.redox.2024.103484.

208. Ma, X. MiRNAs and mRNAs Analysis during Abdominal Preadipocyte Differentiation in Chickens / X. Ma, J. Sun, S. Zhu, Z. Du, D. Li, W. Li, Z. Li, Y. Tian, X. Kang, G. Sun // Animals (Basel). - 2020. - Vol. 3. - No 10. - p. 468. - doi: 10.3390/ani10030468.

209. Mac Donald, K. The actin-cytoskeleton associating protein BASP1 regulates neural progenitor localization in the neural tube / K. Mac Donald, A. Iulianella // Genesis. - 2022. - Vol. 60. - No 1-2. - pp. e23464. - doi: 10.1002/dvg.23464.

210. Malomane, D.K. Genetic diversity in global chicken breeds in relation to their genetic distances to wild populations / D.K. Malomane, S. Weigend, A.O. Schmitt, C. Reimer, H. Simianer // Genetics Selection and Evolution. - 2021. - Vol. 53. - No 1. - ID 36. - doi: 10.1186/s12711-021-00628-z.

211. Manjula, P. Genetic diversity of MHC-B in 12 chicken populations in Korea revealed by single-nucleotide polymorphisms / P. Manjula, B. Bed'Hom,

M.R. Hoque, S. Cho, D. Seo, O. Chazara, S.H. Lee, J.H. Lee // Immunogenetics. -2020. - Vol. 72. - No 6-7. - pp. 367-379. - doi: 10.1007/s00251-020-01176-4.

212. Marzieh, E.R. Genome-wide characterization of human minisatellite VNTRs: population-specific alleles and gene expression differences / E.R. Marzieh, Y. Hernández, S.D. Drinan et al. // Nucleic Acids Research. - 2021. - Vol. 49. - no 8. - pp. 4308-4324. - doi: 10.1093/nar/gkab2249.

213. Maserati, M.J. Identification of four genes required for mammalian blastocyst formation / M. Maserati, X. Dai, M. Walentuk, J. Mager // Zygote. - 2014. - Vol. 22. - No 2. - pp. 331-339. - doi: 10.1017/S0967199412000561.

214. McQuillan, R. Runs of homozygosity in European populations / R. McQuillan, A.L. Leutenegger, R. Abdel-Rahman, C.S. Franklin, M. Pericic, L. Barac-Lauc, N. Smolej-Narancic, B. Janicijevic, O. Polasek, A. Tenesa, A.K. Macleod, S.M. Farrington, P. Rudan, C. Hayward, V. Vitart, I. Rudan, S.H. Wild, M.G. Dunlop, A.F. Wright, H. Campbell, J.F. Wilson // The American Journal of Human Genetics. - 2008. - Vol. 83. - No 5. - ID: 658. - doi: 10.1016/j.ajhg.2008.08.007.

215. Melton, T. Mitochondrial DNA Heteroplasmy / T. Melton // Forensic Science Review. - 2004. - Vol. 16. - No 1. - pp. 1-20.

216. Miao, Y.W. Chicken domestication: an updated perspective based on mitochondrial genomes / Y.W. Miao, M.S. Peng, G.S. Wu, Y.N. Ouyang, Z.Y. Yang, N. Yu, J.P. Liang, G. Pianchou, A. Beja-Pereira, B. Mitra, M.G. Palanichamy, M. Baig, T.K. Chaudhuri, Y.Y. Shen, Q.P. Kong, R.W. Murphy, Y.G. Yao, Y.P. Zhang // Heredity. - 2013. - Vol. 110. - No 3. - C. 277-282. - doi: 10.1038/hdy.2012.83.

217. Michèle, T.-B. Chicken domestication: From archeology to genomics / T.-B. Michèle, B. Bertrand, R. Xavier // Comptes Rendus Biologies. - 2011. - Vol. 334. - No 3. - pp. 197-204. - doi: 10.1016/j.crvi.2010.12.012.

218. Mohammadi, H. Genome-Wide Scan for Selective Sweeps Reveals Novel Loci Associated with Prolificacy in Iranian Sheep Breeds in Comparison with

Highly Prolific Exotic Breed / H. Mohammadi, A.H. Khaltabadi Farahani, M.H. Moradi, H. Moradi-Shahrbabak, M. Gholizadeh, A. Najafi, M. Tolone, E D'Alessandro // Animals (Basel). - 2024. - Vol. 14. - No 22. - pp. 3245. - doi: 10.3390/ani14223245.

219. Moiseyeva, I.G. Evolutionary relationships of Red Jungle Fowl and chicken breeds / I.G. Moiseyeva, M.N. Romanov, A.A. Nikiforov, A.A. Sevastyanova, S.K. Semyenova // Genetics Selection Evolution. - 2003. - Vol. 35.

- No 4. - pp. 403-423. - doi: 10.1186/1297-9686-35-5-403.

220. Momen, M. Including Phenotypic Causal Networks in Genome-Wide Association Studies Using Mixed Effects Structural Equation Models / M. Momen, A.M. Ayatollahi, M.R. Amiri, A. Kranis, R. Mercuri Pinto, B.D. Valente, G. Morota, G.J.M. Rosa, D. Gianola // Frontiers in Genetics. - 2018. - Vol. 9. - No 9. - pp. 455. - doi: 10.3389/fgene.2018.00455.

221. Musee, J. Prostaglandin H synthase-2-catalyzed oxygenation of 2-arachidonoylglycerol is more sensitive to peroxide tone than oxygenation of arachidonic acid / J. Musee, L.J. Marnett // Journal of Biological Chemistry. - 2012.

- Vol. 287. - No 44. - pp. 37383-37394. - doi: 10.1074/jbc.M112.381202.

222. Naderi, S. Large-scale mitochondrial DNA analysis of the domestic goat reveals six haplogroups with high diversity / S. Naderi, H.R. Rezaei, P. Taberlet, S. Zundel, S.A. Rafat, H.R. Naghash, M.A. el-Barody, O. Ertugrul, F. Pompanon // PLoS One. - 2007. - Vol. 2. - No 10. - ID: e1012. - doi: 10.1371/journal.pone.0001012.

223. Nakaya, N. Deletion in the N-terminal half of olfactomedin 1 modifies its interaction with synaptic proteins and causes brain dystrophy and abnormal behavior in mice / N. Nakaya, A. Sultana, J. Munasinghe, A. Cheng, M.P. Mattson, S.I. Tomarev // Experimental Neurology. - 2013. - No 250. - pp. 205-218. - doi: 10.1016/j.expneurol.2013.09.019.

224. Nei, M. Genetic distance between populations / M. Nei // The American Naturalist. - 1972. - Vol. 106. - No 949. - pp. 283-292. - doi: 10.1086/282771.

225. Nie, C. Genome-Wide Single-Nucleotide Polymorphism Data Unveil Admixture of Chinese Indigenous Chicken Breeds with Commercial Breeds / C. Nie, P. Almeida, Y. Jia, H. Bao, Z. Ning, L. Qu // Genome Biology and Evolution. -2019. - Vol. 11. - No 7. - pp. 1847-1856. - doi: 10.1093/gbe/evz128.

226. Nishibori, M. Complete sequence of the Japanese quail (Coturnix japónica) mitochondrial genome and its genetic relationship with related species / M. Nishibori, T. Hayashi, M. Tsudzuki, Y. Yamamoto, H. Yasue // Animal Genetics. - 2001. - Vol. 32. - No 6. - pp. 380-385. - doi: 10.1046/j.1365-2052.2001.00795.x.

227. Niu, D. The origin and genetic diversity of Chinese native chicken breeds / D. Niu, Y. Fu, J. Luo, H. Ruan, X.P. Yu, G. Chen, Y.P. Zhang // Biochemical Genetics. - 2002. - Vol. 40. - No 5-6. - pp.163-174. - doi: 10.1023/a:1015832108669.

228. Nouri, N. SLC16A8 is a causal contributor to age-related macular degeneration risk / N. Nouri, B.H. Gussler, A. Stockwell, T. Truong, G.J. Kang, K.C. Browder, Y. Malato, A. Sene, S. Van Everen, C.C. Wykoff, D. Brown, A. Fu, J.D. Palmer, J.R. Lima de Carvalho, E. Ullah, R. Al Rawi, E.Y. Chew, W.M. Zein, B. Guan, M.I. McCarthy, J.W. Hofmann, S.Y. Chaney, H. Jasper, B.L. Yaspan // NPJ Genomic Medicine. - 2024. - Vol. 9. - No 1. - ID: 50. - doi: 10.1038/s41525-024-00442-8.

229. Ogunbawo, A.R. Genetic Foundations of Nellore Traits: A Gene Prioritization and Functional Analyses of Genome-Wide Association Study Results / A.R. Ogunbawo, H.A. Mulim, G.S. Campos, H.R. Oliveira // Genes. - 2024. - Vol. 15. - No 9. - ID: 1131. - doi: 10.3390/genes15091131.

230. Oka, T. Analysis of mtDNA sequences shows Japanese native chickens have multiple origins / T. Oka, Y. Ino, K. Nomura, S. Kawashima, T. Kuwayama, H. Hanada, T. Amano, M. Takada, N. Takahata, Y. Hayashi, F. Akishinonomiya // Animal Genetics. - 2007. - Vol. 38. - No 3. - pp. 287-293. - doi: 10.1111/j.1365-2052.2007.01604.x.

231. Page. R.D. TreeView: an application to display phylogenetic trees on personal computers / R.D. Page // Computer Applications in the Biosciences. - 1996.

- Vol. 12. - No 4. - pp. 357-358. - doi: 10.1093/bioinformatics/12.4.357.

232. Pan, G. Regulation of lipoprotein-associated phospholipase A2 silencing on myocardial fibrosis in mice with coronary atherosclerosis / G. Pan, L. Kou, Y. Wu, Y. Hu, X. Lin, J. Guo, X. Ren, Y. Zhang // Biochemical and Biophysical Research Communications. - 2019. - Vol. 514. - No 2. - pp. 450-455.

- doi: 10.1016/j.bbrc.2019.04.129.

233. Partch, C.L. Posttranslational regulation of the mammalian circadian clock by cryptochrome and protein phosphatase 5 / C.L. Partch. K.F. Shields, C.L. Thompson, C.P. Selby, A. Sancar // Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA. - 2006. - Vol. 103. - No 27. - pp. 10467-10472. - doi: 10.1073/pnas.0604138103.

234. Peng, M. Suppression of fat deposition in broiler chickens by (-)-hydroxycitric acid supplementation: A proteomics perspective / M. Peng, J. Han, L. Li, H. Ma // Scientific Reports. - 2016. - No 6. - ID: 32580. - doi: 10.1038/srep32580.

235. Peng, W. Whole-genome resequencing of major populations revealed domestication-related genes in yaks / W. Peng, C. Fu, S. Shu, G. Wang, H. Wang, B. Yue, M. Zhang, X. Liu, Y. Liu, J. Zhang, J. Zhong, J. Wang // BMC Genomics.

- 2024. - Vol. 25. - No 1. - pp. 69. - doi: 10.1186/s12864-024-09993-7.

236. Peng, Y. New perspectives on the genetic structure of dotted gizzard shad (Konosirus punctatus) based on RAD-seq / Y. Peng, Y. Liu, J. Li, K. Zhang, X. Jin, S. Zheng, Y. Wang, Z. Lu, L. Liu, L. Gong, B. Liu // Marine Life Science & Technology. - 2024. - Vol. 6. - No 1. - pp.50-67. - doi: 10.1007/s42995-024-00216-2.

237. Peripolli, E. Assessment of runs of homozygosity islands and estimates of genomic inbreeding in Gyr (Bos indicus) dairy cattle / E. Peripolli, N.B. Stafuzza, D.P. Munari, A.L.F. Lima, R. Irgang, M.A. Machado, J.C.D.C. Panetto, R.V.

Ventura, F. Baldi, M.V.G.B. da Silva // BMC Genomics. - 2018. - Vol. 19. - No 1.

- ID: 34. - doi: 10.1186/s12864-017-4365-3.

238. Petkova-Kirova, P. SNPs in cytochromes P450 catalyzing cholesterol degradation in brain are associated with Parkinson's disease / P. Petkova-Kirova, A. Kolchina, S. Baas, G. Wagenpfeil, M.M. Unger, J.M. Schulze-Hentrich, R. Bernhardt // Frontiers in Pharmacology. - 2024. - No 15. - pp. 1477009. - doi: 10.3389/fphar.2024.1477009.

239. Prajapati, R.S. Grebl is required for axial elongation and segmentation in vertebrate embryos / R.S. Prajapati, R. Mitter, A. Vezzaro, D Ish-Horowicz // Biology Open. - 2020. - Vol. 9. - No 2. - pp. bio047290. - doi: 10.1242/bio.047290.

240. Pritchard, J.K. Inference of Population Structure Using Multilocus Genotype Data / J.K. Pritchard, M. Stephens, P. Donnelly // Genetics. - 2000. - Vol. 155. - No 2. - p. 945-959. - doi: 10.1093/genetics/155.2.945.

241. PubMed: official site // URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ (дата обращения 21.09.23).

242. Qi, K. Analysis of comb morphology in Sichuan Mountaineous Black-bone chickens and its correlation with growth performance / K. Qi, J. He, F.K. Amevor, Z. Liu, C. Zhai, Y. Wang, L. Wu, G. Shu, X. Zhao // Poultry Science. -2025. - Vol. 104. - No 7. - ID: 105168. - doi: 10.1016/j.psj.2025.105168.

243. Qiu, B. Genome survey and development of polymorphic microsatellite loci for Sillago sihama based on Illumina sequencing technology / B. Qiu, S. Fang, M. Ikhwanuddin, L. Wong, H. Ma // Molecular Biology Reports. - 2020. - Vol. 47.

- No 4. - pp. 3011-3017. - doi: 10.1007/s11033-020-05348-z.

244. Qiu, L. Pro-Angiogenic and Pro-Inflammatory Regulation by lncRNA MCM3AP-AS1 -Mediated Upregulation of DPP4 in Clear Cell Renal Cell Carcinoma / L. Qiu, Y. Ma, Y. Yang, X. Ren, D. Wang, X. Jia // Frontiers in Oncology. - 2020. - Vol. 10. - No 1. - pp. 705. - doi: 10.3389/fonc.2020.00705.

245. Ramiah, S.K. Effect of feeding less shell, extruded and enzymatically treated palm kernel cake on expression of growth-related genes in broiler chickens / S. K. Ramiah, A. Norhani, A. Muhammad, M. Saminathan, S.F. Adboreza, W.L. Chen, J.B. Liang, Z. Idrus // Italian Journal of Animal Science. - 2019. - Vol. 18. -No 1. - pp. 997-1004. - doi: 10.1080/1828051X.2019.1589393.

246. Ran, S. Genome-wide association study identified copy number variants important for appendicular lean mass / S. Ran, Y.J. Liu, L. Zhang, Y. Pei, T.L. Yang, R. Hai, Y.Y. Han, Y. Lin, Q. Tian, H.W. Deng // PLoS One. - 2014. -Vol. 9 - No 3. - pp. e89776. - doi: 10.1371/journal.pone.0089776.

247. Rashid, M.A. Genetic diversity and population structure of indigenous chicken of Bangladesh using microsatellite markers / M.A. Rashid, P. Manjula, S. Faruque, A.K.F.H. Bhuiyan, D. Seo, J. Alam, J. H. Lee, M.S.A. Bhuiyan // Asian-Australasian journal of animal sciences. - 2020. - Vol. 33. - No 11. - pp. 17321740. - doi: 10.5713/ajas.20.0189.

248. Rege, J.E.O. Animal genetic resources and economic development: issues in relation to economic valuation / J.E.O. Rege, J.P. Gibson // Ecological Economics. - 2003. - Vol. 45. - No 3. - pp. 319-330. - doi: 10.1016/S0921-8009(03)00087-9.

249. Ren, X. Phylogenetic analysis reveals multiple origins of Chinese gamecocks / X. Ren, Z. Guan, H. Li, L. Zhang, J. Wen, X. Zhao, G. Wang, X. Zhang, H. Wang, F. Yu, Z. Chen, L. Qu // Poultry Science. - 2023. - Vol. 102. - No 12. -ID: 103068. - doi: 10.1016/j.psj.2023.103068.

250. Resnyk, C.W. RNA-Seq Analysis of Abdominal Fat in Genetically Fat and Lean Chickens Highlights a Divergence in Expression of Genes Controlling Adiposity, Hemostasis, and Lipid Metabolism / C.W. Resnyk, C. Chen, H. Huang, C.H. Wu, J. Simon, E. Le Bihan-Duval, M.J. Duclos, L.A. Cogburn // PLoS One. -2015. - Vol. 10. - No 10. - ID: e0139549. - doi: 10.1371/journal.pone.0139549.

251. Restoux, G. Managing genetic diversity in breeding programs of small populations: the case of French local chicken breeds / G. Restoux, X. Rognon, A.

Vieaud, D. Guemene, F. Petitjean, R. Rouger, S. Brard-Fudulea, S. Lubac-Paye, G. Chiron, M. Tixier-Boichard // Genetics Selection Evolution. - 2022. - Vol. 54. -No 1. - pp. 56. - doi: 10.1186/s12711-022-00746-2.

252. Reynolds, J. Estimation of the coancestry coefficient: basis for a short-term genetic distance / J. Reynolds, B.S. Weir, C.C. Cockerham // Genetics. - 1983. - Vol. 105. - No 3. - pp. 767-779. - doi: 10.1093/genetics/105.3.767.

253. Richardson, C.J. SKAR is a specific target of S6 kinase 1 in cell growth control / C.J. Richardson, M. Bröenstrup, D.C. Fingar, K. Jülich, B.A. Ballif, S. Gygi, J. Blenis // Current biology. - 2004. - Vol. 14. - No 17. - pp. 1540-1549. -doi: 10.1016/j.cub.2004.08.061.

254. Rios, M.N. Expression of Non-visual Opsins Opn3 and Opn5 in the Developing Inner Retinal Cells of Birds. Light-Responses in Müller Glial Cells / M.N. Rios, N.A. Marchese, M.E. Guido // Frontiers in Cellular Neuroscience. -2019. - No 13. - pp. 376. - doi: 10.3389/fncel.2019.00376.

255. Roh, H.J. Estimating genetic diversity and population structure of 22 chicken breeds in Asia using microsatellite markers / H.J. Roh, S.C. Kim, C.Y. Cho, J. Lee, D. Jeon, D.K. Kim, K.W. Kim, F. Afrin, Y.G. Ko, J.H. Lee, S. Batsaikhan, T. Susanti, S. Hegay, S. Kongvongxay, N.A. Gorkhali, L.A.N. Thi, T.T.T. Thao, L. Manikku // Asian-Australasian Journal of Animal Sciences. - 2020. - Vol. 33. - No 12. - pp. 1896-1904. - doi: 10.5713/ajas.19.0958.

256. Romero, A. Free amino acids accelerate the time-dependent inactivation of rat liver nucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase Enpp3 elicited by EDTA / A. Romero, G. Cumplido-Laso, A. Fernández, J. Moreno, J. Canales, R. Ferreira, J. López-Gómez, J.M. Ribeiro, M.J. Costas, J.C. Cameselle // Amino Acids. - 2024. - Vol. 13. - No 1. - pp. 1-20. - doi: 10.1007/s00726-024-03431-4.

257. Rossi, M. Increased PTCHD4 expression via m6A modification of PTCHD4 mRNA promotes senescent cell survival / M. Rossi, N. Banskota, C.H. Shin, C. Anerillas, D. Tsitsipatis, J.H. Yang, R. Munk, J.L. Martindale, X. Yang, Y.

Piao, K. Mazan-Mamczarz, J. Fan, E. Lehrmann, K.G. Lam, S. De, K. Abdelmohsen, M. Gorospe // Nucleic Acids Research. - 2024. - Vol. 52. - No 12.

- pp. 7261-7278. - doi: 10.1093/nar/gkae322.

258. Rostamzadeh Mahdabi, E. A genome-wide scan to identify signatures of selection in two Iranian indigenous chicken ecotypes / E. Rostamzadeh Mahdabi, A. Esmailizadeh, A. Ayatollahi Mehrgardi, M. Asadi Fozi // Genetics Selection Evolution. - 2022. - Vol. 54. - No 1. - ID: 28. - doi: 10.1186/s12711-022-00720-y.

259. Rozas, J. DnaSP 6: DNA sequence polymorphism analysis of large data sets / J. Rozas, A. Ferrer-Mata, J.C. Sánchez-DelBarrio, S. Guirao-Rico, P. Librado, S.E. Ramos-Onsins, A. Sánchez-Gracia // Molecular Biology and Evolution. - 2017.

- Vol. 34. - No 12. - pp. 3299-3302. - doi: 10.1093/molbev/msx248.

260. Ruan, J. DDX23, an Evolutionary Conserved dsRNA Sensor, Participates in Innate Antiviral Responses by Pairing with TRIF or MAVS / J. Ruan, Y. Cao, T. Ling, P. Li, S. Wu, D. Peng, Y. Wang, X. Jia, S. Chen, A. Xu, S. Yuan // Frontiers in Immunology. - 2019. - No 10. - pp. 2202. - doi: 10.3389/fimmu.2019.02202.

261. Sakano, H. Proteomic analyses of nucleus laminaris identified candidate targets of the fragile X mental retardation protei / H. Sakano, D.A.R. Zorio, X. Wang, Y.S. Ting, W.S. Noble, M.J. MacCoss, E.W. Rubel, Y. Wang // The Journal of comparative neurology. - 2017. - Vol. 525. - No 15. - pp. 33413359. - doi: 10.1002/cne.24281.

262. Sakuraba, H. Structural and immunocytochemical studies on alpha-N-acetylgalactosaminidase deficiency (Schindler/Kanzaki disease) / H. Sakuraba, F. Matsuzawa, S.I. Aikawa, H. Doi, M. Kotani, H. Nakada, T. Fukushige, T. Kanzaki // Journal of Human Genetics. - 2004. - Vol. 49. - No 1. - pp. 1-8. - doi: 10.1007/s10038-003-0098-z.

263. Sallam, A.M. New insights into the genetic predisposition of brucellosis and its effect on the gut and vaginal microbiota in goats / A.M. Sallam, I. Abou-

Souliman, H. Reyer, K. Wimmers, A.E. Rabee // Scientific Reports. - 2023. - Vol. 13. - No 1. - pp. 20086. - doi: 10.1038/s41598-023-46997-x.

264. Sánchez-Martín, J. Contribution of recent technological advances to future resistance breeding / J. Sánchez-Martín, B. Keller // Theoretical and applied genetics. Theoretische und angewandte Genetik. - 2019. - Vol. 132. - No 3. - pp. 713-732. - doi:10.1007/s00122-019-03297-1

265. Sarjana, T.A. Association between Synonymous SNPs of SOXIO and Plumage Color and Reproductive Traits of Ducks / T.A. Sarjana, G. Zhang // Animals (Basel). - 2022. - Vol. 12. - No 23. - pp. 3345. - doi: 10.3390/ani12233345.

266. Sato, H. Overexpression of bovine leukemia virus receptor SLC7A1/CAT1 enhances cellular susceptibility to BLV infection on luminescence syncytium induction assay (LuSIA) / H. Sato, L. Bai, L. Borjigin, Y. Aida // Virology Journal. - 2020. - Vol. 17. - No 1. - pp. 57. - doi: 10.1186/s12985-020-01324-y.

267. Schäfgen, J. De novo nonsense and frameshift variants of TCF20 in individuals with intellectual disability and postnatal overgrowth / J. Schäfgen, K. Cremer, J. Becker, T. Wieland, A.M. Zink, S. Kim, I.C. Windheuser, M. Kreiß, S. Aretz, T.M. Strom, D. Wieczorek, H. Engels // European journal of human genetics.

- 2016. - Vol. 12. - No 1. - pp. 1739-1745. - doi: 10.1038/ejhg.2016.90.

268. Schaschl, H. Population-specific, recent positive directional selection suggests adaptation of human male reproductive genes to different environmental conditions / H. Schaschl, B. Wallner // BMC evolutionary biology. - 2020. - Vol. 20. - No 1. - ID: 27. - doi: 10.1186/s12862-019-1575-0.

269. Schwochow, D. The feather pattern autosomal barring in chicken is strongly associated with segregation at the MC1R locus / D. Schwochow, S. Bornelöv, T. Jiang, J. Li, D. Gourichon, B. Bed'Hom, B.J. Dorshorst, C. M. Chuong, M. Tixier-Boichard, L. Andersson // Pigment Cell & Melanoma Research. - 2021.

- Vol. 34. - No 6. - pp.1015-1028. - doi: 10.1111/pcmr.12975.

270. Seki, T. JosDl, a membrane-targeted deubiquitinating enzyme, is activated by ubiquitination and regulates membrane dynamics, cell motility, and endocytosis / T. Seki, L. Gong, A.J. Williams, N. Sakai, S.V. Todi, H.L. Paulson // The Journal of Biological Chemistry. - 2013. - Vol. 288. - No 24. - pp. 1714517155. - doi:10.1074/jbc.M113.463406

271. Sela, N. The role of transposable elements in the evolution of non-mammalian vertebrates and invertebrates / N. Sela, E. Kim, G. Ast // Genome Biology. - 2010. - Vol. 11. - No 6. - ID: R59. - doi: 10.1186/gb-2010-11-6-r59.

272. Seo, D. Association of SNPs in AMY1A and AMY2A genes with chicken meat quality and clinical-chemical traits in chicken / D. Seo, H.B. Park, N. Choi, S. Jin, K.N. Heo, C. Jo, T. Gotoh, J.H. Lee // Journal of the Faculty of Agriculture, Kyushu University. - 2016. - No 61. - pp. 121-125. - doi: 10.5109/1564092.

273. Seong, J. Identification of microRNA and target gene associated with marbling score in Korean cattle (Hanwoo) / J. Seong, H. Yoon, H.S. Kong // Genes & Genomics. - 2016. - No 38. - pp. 529-538. - doi: 10.1007/s13258-016-0401-y.

274. Shah, T.M. A genome-wide approach to screen for genetic variants in broilers (Gallus gallus) with divergent feed conversion ratio / T.M. Shah, N.V. Patel, A.B. Patel, M.R. Upadhyay, A. Mohapatra, K.M. Singh, S.D. Deshpande, C.G. Joshi // Molecular Genetics and Genomics. - 2016. - Vol. 291. - No 4. - pp. 1715-1725.

- doi: 10.1007/s00438-016-1213-0.

275. Shankar, S.P. Undiagnosed Diseases Network. A novel DPH5-related diphthamide-deficiency syndrome causing embryonic lethality or profound neurodevelopmental disorder / S.P. Shankar, K. Grimsrud, L. Lanoue, A. Egense, B. Willis, J. Hörberg, L. AlAbdi, K. Mayer, K. Ütkür, K.G. Monaghan, J. Krier, J. Stoler, M. Alnemer, P.R. Shankar, R. Schaffrath, F.S. Alkuraya, U. Brinkmann, L.A. Eriksson, K. Lloyd, K.A. Rauen // Genetics in Medicine. - 2022. - Vol. 24. - No 7.

- pp. 1567-1582. - doi: 10.1016/j.gim.2022.03.014.

276. Shao, F. Expression of miR-33 from an SREBF2 intron targets the FTO gene in the chicken / F. Shao, X. Wang, J. Yu, H. Jiang, B. Zhu, Z. Gu // PLoS One.

- 2014. - Vol. 9. - No 3. - ID: e91236. - doi: 10.1371/journal.pone.0091236.

277. Shen, X. Transcriptome sequencing reveals genetic mechanisms underlying the transition between the laying and brooding phases and gene expression changes associated with divergent reproductive phenotypes in chickens / X. Shen, X. Bai, J. Xu, M. Zhou, H. Xu, Q. Nie, X. Lu, X. Zhang // Molecular Biology Reports. - 2016. - Vol. 43. - No 9. - pp. 977-989. - doi: 10.1007/s11033-016-4033-8.

278. Silva, G.A. Detectability of Runs of Homozygosity Is Influenced by Analysis Parameters and Population-Specific Demographic History / G.A. Silva, A.M. Harder, K.B. Kirksey, S. Mathur, J.R. Willoughby // PLOS Computational Biology. - 2024. - Vol. 20. - No 10. - ID: e1012566. - doi: 10.1101/2022.09.29.510155.

279. Sin, J.H. ATF7ip Targets Transposable Elements for H3K9me3 Deposition to Modify CD8+ T Cell Effector and Memory Responses / J.H. Sin, S. Kashyap, D. Acenas, J.T. Cortez, J. Lee, A. Marson, M. Matloubian, M.R. Waterfield // Journal of Immunology. - 2022. - Vol. 208. - No 5. - pp. 1155-1169.

- doi: 10.4049/jimmunol.2100996.

280. Soltani, N. Mutations in COL6A Gene Family Responsible for Muscular Dystrophies in Three Unrelated Families / N. Soltani, Z. Shahbazi, M. Karimipoor, M.S. Fallah, F. Zafarghandi Motlagh, M. Amini, M. Jamali, H. Bagherian, R. Zeinali, S. Zeinali // Iranian Biomedical Journal. - 2024. - Vol. 28, Pt. 5-6. - pp. 297-304. - doi: 10.61186/ibj.4018.

281. Song, Y. Regulation of axon regeneration by the RNA repair and splicing pathway / Y. Song, D. Sretavan, E.A. Salegio, J. Berg, X. Huang, T. Cheng, X. Xiong, S. Metlzer, C. Han, T.T. Nguyen, J.C. Bresnahan, M.S. Beattie, L.Y. Jan, Y.N. Jan // Nature Neuroscience. - 2015. - Vol. 18. - No 6. - pp. 817-825. - doi: 10.1038/nn.4019.

282. Song, Z. NEUROG1 Regulates CDK2 to Promote Proliferation in Otic Progenitors / Z. Song, A. Jadali, B. Fritzsch, K.Y. Kwan // Stem Cell Reports. -2017. - Vol. 9. - No 5. - pp. 1516-1529. - doi: 10.1016/j.stemcr.2017.09.011.

283. Sovi, S. A comparative study of population structure and genetic diversity of commercial and indigenous chickens from different agro-ecological zones in Ghana using SilicoDArT and SNP markers / S. Sovi, K. Adomako, B. Kyei,

A.W. Kena, O.S. Olympio, S.E Aggrey // Gene. - 2024. - Vol. 929. - No 1. - pp. 148823. - doi: 10.1016/j.gene.2024.148823.

284. Srikanth, K. Cardiac and Skeletal Muscle Transcriptome Response to Heat Stress in Kenyan Chicken Ecotypes Adapted to Low and High Altitudes Reveal Differences in Thermal Tolerance and Stress Response / K. Srikanth, H. Kumar, W. Park, M. Byun, D. Lim, S. Kemp, M.F.W. Te Pas, J.M. Kim, J.E. Park JE // Frontiers in genetics. - 2019. - Vol. 10. - ID: 993. - doi: 10.3389/fgene.2020.00197.

285. Su, Y. Genetic diversity of bitter taste receptor gene family in Sichuan domestic and Tibetan chicken populations / Y. Su, D. Li, U. Gaur, Y. Wang, N. Wu,

B. Chen, Z. Xu, H. Yin, Y. Hum Q. Zhu // Journal of Genetics. - 2016. - Vol.95. -No 3. - pp. 675-681. - doi: 10.1007/s12041-016-0684-4.

286. Sullivan, M. CDC14 phosphatase induces rDNA condensation and resolves cohesin-independent cohesion during budding yeast anaphase / M. Sullivan, T. Higuchi, V.L. Katis, F. Uhlmann // Cell. - 2004. - Vol. 117. - No 4. - pp. 471482. - doi: 10.1016/s0092-8674(04)00415-5.

287. Sultana, A. Deletion of olfactomedin 2 induces changes in the AMPA receptor complex and impairs visual, olfactory, and motor functions in mice / A. Sultana, N. Nakaya, L. Dong, M. Abu-Asab, H. Qian, S.I. Tomarev // Experimental Neurology. - 2014. - No 261. - pp.802-811. - doi: 10.1016/j.expneurol.2014.09.002.

288. Sun, C. Promising Loci and Genes for Yolk and Ovary Weight in Chickens Revealed by a Genome-Wide Association Study / C. Sun, J. Lu, G. Yi, J.

Yuan, Z. Duan., L. Qu, G. Xu, K. Wang, N. Yang // PLoS One. - 2015. - Vol. 10. -No 9. - pp. e0137145. - doi: 10.1371/journal.pone.0137145.

289. Sun, J. Chicken galectin-1B inhibits Newcastle disease virus adsorption and replication through binding to hemagglutinin-neuraminidase (HN) glycoprotein / J. Sun, Z. Han, T. Qi, R. Zhao, S. Liu // The Journal of biological chemistry. -2017. - Vol. 292. - No 49. - pp. 20141-20161. - doi: 10.1074/jbc.M116.772897.

290. Sun, J. SLITRK5 is a negative regulator of hedgehog signaling in osteoblasts / J. Sun, D.Y. Shin, M. Eiseman, A.R. Yallowitz, N. Li, S. Lalani, Z. Li, M. Cung, S. Bok, S. Debnath, S.J. Marquez, T.E. White, A.G. Khan, I.C. Lorenz, J.H. Shim, F.S. Lee, R. Xu, M.B. Greenblatt // Nature Communications. - 2021. -Vol. 12. - No 1. - pp. 4611. - doi: 10.1038/s41467-021-24819-w.

291. Svacinova, V. Trimetallic nanocomposites developed for efficient in vivo bimodal imaging via fluorescence and magnetic resonance / V. Svacinova, A. Halili, R. Ostruszka, T. Pluhacek, K. Jirakova, D. Jirak, K. Siskova // Journal of Materials Chemistry B. - 2024. - Vol. 12. - No 33. - pp. 8153-8166. - doi: 10.1039/d4tb00655k

292. Szenasi, T. HMGB1 can facilitate activation of the matrilin-1 gene promoter by Sox9 and L-Sox5/Sox6 in early steps of chondrogenesis / T. Szenasi, E. Kenesi, A. Nagy, A. Molnar, B.L. Balint, A. Zvara, Z. Csabai, F. Deak, B. Boros Olah, L. Mates, L. Nagy, L.G. Puskas, I. Kiss // Biochimica et Biophysica Acta. -2013. - Vol. 1829. - No 10. - pp. 1075-1091. - doi: 10.1016/j.bbagrm.2013.07.004.

293. Tachibana, T. Feeding responses to central administration of several somatostatin analogs in chicks / T. Tachibana, M.A. Cline, M.S. Khan, H. Ueda, K. Hiramatsu // Comparative Biochemistry and physiology. - 2011. - Vol. 158. - No 1. - pp. 47-51. - doi: 10.1016/j.cbpa.2010.08.027.

294. Tadano, R. Analysis of genetic divergence between closely related lines of chickens / R. Tadano, A. Nakamura, K. Kino // Poultry science. - 2012. - Vol. 91. - No 2. - pp. 327-333. - doi: 10.3382/ps.2011-01879.

295. Takahashi, T. Angiogenesis in the developing spinal cord: blood vessel exclusion from neural progenitor region is mediated by VEGF and its antagonists / T. Takahashi, Y. Takase, T. Yoshino, D. Saito, R. Tadokoro, Y. Takahashi // PLoS One. - 2015. - Vol. 10. - No 1. - pp. e0116119. - doi: 10.1371/journal.pone.0116119.

296. Tamura, K. MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 11 / K. Tamura, G. Stecher, S. Kumar // Molecular Biology and Evolution.

- 2021. - Vol. 38. - No 7. - pp. 3022-3027. - doi: 10.1093/molbev/msab120.

297. Tan, L. Chicken-derived MERTK protein inhibits Newcastle disease virus replication by increasing STAT1 phosphorylation in DF-1 cells / L. Tan, M. Huang, X. Qiu, X. Zhi, L. Liang, Y. Sun, Y. Liao, C. Song, T. Ren, C. Ding // Virus Res. - 2023. - Vol. 326. - No 1. - pp. 199065. - doi: 10.1016/j.virusres.2023.199065.

298. Tan, X. Genome-wide detections for runs of homozygosity and selective signatures reveal novel candidate genes under domestication in chickens / X. Tan, L. Liu, J. Dong, M. Huang, J. Zhang, Q. Li, H. Wang, L. Bai, M. Cui, Z. Zhou, D. Wu, Y. Xiang, W. Li, D. Wang // BMC Genomics. - 2024. - Vol. 25. -No 1. - pp. 485. - doi: 10.1186/s12864-024-10349-4.

299. Tao, L. Identification of genes associated with litter size combining genomic approaches in Luzhong mutton sheep / L. Tao, X.Y. He, F.Y. Wang, L.X. Pan, X.Y. Wang, S.Q. Gan, R. Di, M.X. Chu // Animal Genetics. - 2021. - Vol. 52.

- No 4. - pp. 545-549. - doi: 10.1111/age.13078.

300. Tautz, D. Hypervariability of simple sequences as a general source for polymorphic DNA markers / D. Tautz // Nucleic Acids Research. - 1989. - Vol. 17.

- p. 6463-6471. - doi: 10.1093/nar/17.16.6463.

301. Tchurikov, N.A. Bipolar Action of Inhibitor of Vasculogenic Mimicry on Gene Expression in Melanoma Cells / N.A. Tchurikov, A.A. Vartanian, E.S. Klushevskaya, I.R. Alembekov, A.N. Kretova, V.R. Chechetkin, G.I. Kravatskaya,

V.S. Kosorukov, Y.V. Kravatsky // Molecular Biology. - 2024. - Vol. 58. - No. 2.

- pp. 289-299. - doi: 10.1134/S0026893324020055.

302. Temminck, C.J. Histoire naturelle générale des pigeons et des gallinacés. Holand. Amsterdam / C.J. Temminck. - Amsterdam: J.C. Sepp & fils, 1813. - 500 p. Available online: https://archive.org/details/Histoirenaturel2CJTe/page/n7/mode/2up (доступно на 5 июня 2025).

303. Terrey, M. GTPBP1 resolves paused ribosomes to maintain neuronal homeostasis / M. Terrey, S.O. Adamson, A. L. Gibson. T. Deng, R. Ishimura, J.H. Chuang, S.L. Ackerman // eLife. - 2020. - Vol. 9. - ID: e62731. - doi: 10.7554/eLife.62731.

304. The Human Protein Atlas: official site // URL: http s : //www. proteinatlas .org/ (дата обращения 25.03.2025).

305. Tian, W. Dynamic Expression and Regulatory Network of Circular RNA for Abdominal Preadipocytes Differentiation in Chicken (Gallus gallus) / W. Tian, B. Zhang, H. Zhong, R. Nie, Y. Ling, H. Zhang, C. Wu // Frontiers in Cell and Developmental Biology. - 2021. - No 9. - pp. 761638. - doi: 10.3389/fcell.2021.761638.

306. Toya, A. The distribution of neuroligin4, an autism-related postsynaptic molecule, in the human brain / A. Toya, M. Fukada, E. Aoki, T. Matsuki, M. Ueda, S. Eda, Y. Hashizume, A. Iio, S. Masaki, A. Nakayama // Molecular Brain. - 2023.

- Vol. 16. - No 1. - pp. 20. - doi: 10.1186/s13041-023-00999-y.

307. Truong, A.D. RNA-seq Profiles of Immune Related Genes in the Spleen of Necrotic Enteritis-afflicted Chicken Lines / A.D. Truong, Y.H. Hong, H.S. Lillehoj // Asian-Australasian Journal of Animal Sciences. - 2015. - Vol. 28. - No 10. - pp. 1496-1511. - doi: 10.5713/ajas.15.0143.

308. Tubaro, C. S100B protein in myoblasts modulates myogenic differentiation via NF-kappaB-dependent inhibition of MyoD expression / C.

Tubaro, C. Arcuri, I. Giambanco, R. Donato R // Journal of Cellular Physiology. -2010. - Vol. 223. - No 1. - pp. 270-282. - doi: 10.1002/jcp.22035.

309. Vakhrameev, A.B. Disentangling clustering configuration intricacies for divergently selected chicken breeds / A.B. Vakhrameev, V.G. Narushin, T.A. Larkina, O.Y. Barkova, G.K. Peglivanyan, A.P. Dysin, N.V. Dementieva, A.V. Makarova, Y.S. Shcherbakov, M.V. Pozovnikova, Y.V. Bondarenko, D.K. Griffin, M.N. Romanov // Scientific Reports. - 2023. - Vol. 13. - No 1. - pp. 3319. - doi: 10.1038/s41598-023-28651-8.

310. Vekic, M. Genetic diversity of Banat Naked Neck, indigenous chicken breed from Serbia, inferred from mitochondrial DNA D-loop sequence and microsatellite markers / M. Vekic, B. Kalamujic Stroil, S. Trivunovic, N. Pojskic, M. Djukic Stojcic // Animal Biotechnology. - 2023. - Vol. 34. - No 7. - pp. 21972206. - doi: 10.1080/10495398.2022.2080688.

311. Velasco, V.V. Genetic Diversity, Runs of Homozygosity, and Selection Signatures in Native Japanese Chickens: Insights from Single-Nucleotide Polymorphisms / V.V. Velasco, M. Tsudzuki, N. Hashimoto, N. Goto, A. Ishikawa // Animals (Basel). - 2024. - Vol. 14. - No 22. - ID: 3341. - doi: 10.3390/ani14223341.

312. Verkerke, A.R.P. SLC25A48 controls mitochondrial choline import and metabolism / A.R.P. Verkerke, X. Shi, M. Li, Y. Higuchi, T. Yamamuro, D. Katoh, H. Nishida, C. Auger, I. Abe, R.E. Gerszten, S. Kajimura // Cell Metabolism. - 2024. - Vol. 36. - No 9. - pp. 2156-2166. - doi: 10.1016/j.cmet.2024.07.010.

313. Wang H. Comparative population genomics analysis uncovers genomic footprints and genes influencing body weight trait in Chinese indigenous chicken / H. Wang, X. Zhao, J. Wen, C. Wang, X. Zhang, X. Ren, J. Zhang, H. Li, G. Muhatai, L. Qu // Poultry Science. - 2023. - Vol. 102. - No 11. - pp. 103031. - doi: 10.1016/j.psj.2023.103031.

314. Wang, B. The COPII cargo adapter SEC24C is essential for neuronal homeostasis / B. Wang, J.H. Joo, R. Mount, B.J.W. Teubner, A. Krenzer, A.L. Ward,

V.P. Ichhaporia, E.J. Adams, R. Khoriaty, S.T. Peters, S.M. Pruett-Miller, S.S. Zakharenko, D. Ginsburg, M. Kundu // Journal of Clinical Investigation. - 2018. -Vol. 128. - No 8. - pp. 3319-3332. - doi: 10.1172/JCI98194.

315. Wang, C.H. Cbx7 promotes the generation of induced pluripotent stem cells / C.H. Wang, Y.F. Huang, W.C. Shyu, L.B. Jeng, S.P. Liu // Regenerative therapy. - 2023. - Vol. 24. - No 1. - pp. 443-450. - doi: 10.1016/j.reth.2023.09.008.

316. Wang, D. Plppr5 gene inactivation causes a more severe neurological phenotype and abnormal mitochondrial homeostasis in a mouse model of juvenile seizure / D. Wang, Y. Liu, D. Zhao, M. Jin, L. Li, H. Ni // Epilepsy Research. -2022. - No 183. - pp. 106944. - doi: 10.1016/j.eplepsyres.2022.106944

317. Wang, J. Expression patterns of PCBP gene family members during zebrafish embryogenesis / J. Wang, X. Guo, D. Wang, S. Yang // Gene Expression Patterns. - 2020. - No 35. - pp.119097. - doi: 10.1016/j.gep.2020.119097.

318. Wang, L. Three regulatory elements upstream of LMO4 are strongly associated with intermittent fertilization intensity in Chicken / L. Wang, W. Fan, X. Wang, Y. Pan, X. Hong, M. Li, S. Li // Poultry Science. - 2025. - Vol. 104.- No 3. - pp. 104769. - doi: 10.1016/j.psj.2025.104769.

319. Wang, M. Quantitative Proteomics Identify the Possible Tumor Suppressive Role of Protease-Activated Receptor-4 in Esophageal Squamous Cell Carcinoma Cells / M. Wang, S. An, D. Wang, H. Ji, M. Geng, X. Guo, Z. Wang // Pathology and Oncology Research. - 2019. - Vol. 25. - No 3. - pp. 937-943. - doi: 10.1007/s12253-018-0395-7.

320. Wang, M.S. 863 genomes reveal the origin and domestication of chicken / M.S. Wang, M. Thakur, M.S. Peng, Y. Jiang, L.A.F. Frantz, M. Li, J.J. Zhang, S. Wang, J. Peters, N.O. Otecko, C. Suwannapoom, X. Guo, Z.Q. Zheng, A. Esmailizadeh, N.Y. Hirimuthugoda, H. Ashari, S. Suladari, M.S.A. Zein, S. Kusza, S. Sohrabi, H. Kharrati-Koopaee, Q.K. Shen, L. Zeng, M.M. Yang, Y.J. Wu, X.Y. Yang, X.M. Lu, X.Z. Jia, Q.H. Nie, S.J. Lamont, E. Lasagna, S. Ceccobelli, H.G.T.N. Gunwardana, T.M. Senasige, S.H. Feng, J.F. Si, H. Zhang, J.Q. Jin, M.L.

Li, Y.H. Liu, H.M. Chen, C. Ma, S.S. Dai, A.K.F.H. Bhuiyan, M.S. Khan, G.L.L.P. Silva, T.T. Le, O.A. Mwai, M.N.M. Ibrahim, M. Supple, B. Shapiro, O. Hanotte, G. Zhang, G. Larson, J.L. Han, D.D. Wu, Y.P. Zhang // Cell Research. - 2020. - Vol. 30. - No 8. - pp. 693-701. - doi: 10.1038/s41422-020-0349-y.

321. Wang, M.S. An Evolutionary Genomic Perspective on the Breeding of Dwarf Chickens / M.S. Wang, N.O. Otecko, S. Wang, D.D. Wu, M.M. Yang, Y.L. Xu, R.W. Murphy, M.S. Peng, Y.P. Zhang // Molecular Biology and Evolution. -2017. - Vol. 34. - No 12. - pp. 3081-3088. - doi: 10.1093/molbev/msx227.

322. Wang, M.S. Genomic Analyses Reveal Potential Independent Adaptation to High Altitude in Tibetan Chickens / M.S. Wang, Y. Li, M.S. Peng, L. Zhong, Z.J. Wang, Q.Y. Li, X.L. Tu, Y. Dong, C.L. Zhu, L. Wang, M.M. Yang, S.F. Wu, Y.W. Miao, J.P. Liu, D.M. Irwin, W. Wang, D.D. Wu, Y.P. Zhang // Molecular Biology and Evolution. - 2015. - Vol. 32. - No 7. - pp. 1880-1889. - doi: 10.1093/molbev/msv071.

323. Wang, T.A. TMEM16C is involved in thermoregulation and protects rodent pups from febrile seizures / T.A. Wang, C. Chen, F. Huang, S. Feng, J. Tien, J.M. Braz, A.I. Basbaum, Y.N. Jan, L.Y. Jan // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2021. - Vol. 118. - No 20. - pp. e2023342118. - doi: 10.1073/pnas.2023342118.

324. Wang, X. Fibin is a crucial mitochondrial regulatory gene in skeletal muscle development / X. Wang, E. Li, C. Li, C. Zhang, Z. Liang, R. Xu, Y. Liu, M. Chen, Y. Li, H.D. Wu, R. Yuan, Y. Xiong, Y. Chen, X. Liu, D. Mo // International Journal of Biological Macromolecules. - 2024. - Vol. 283, Pt 2. - pp. 137568. - doi: 10.1016/j.ijbiomac.2024.137568.

325. Wang, X. JOSD1 Negatively Regulates Type-I Interferon Antiviral Activity by Deubiquitinating and Stabilizing SOCS1 / X. Wang, L. Zhang, Y. Zhang, P. Zhao, L. Qian, Y. Yuan, J. Liu, Q. Cheng, W. Xu, Y. Zuo, T. Guo, Z. Yu, H. Zheng // Viral Immunology. - 2017. - Vol. 30. - No 5. - pp. 342-349. - doi: 10.1089/vim.2017.0015.

326. Wang, X. Receptor-Mediated ER Export of Lipoproteins Controls Lipid Homeostasis in Mice and Human / X. Wang, H. Wang, B. Xu, D. Huang, C. Nie, L. Pu, G.J.M. Zajac, H. Yan, J. Zhao, F. Shi, B.T. Emmer, J. Lu, R. Wang, X. Dong, J. Dai, W. Zhou, C. Wang, G. Gao, Y. Wang, C. Willer, X. Lu, Y. Zhu, X.W. Chen // Cell Metabolism. - 2021. - Vol. 33. - No 2. - pp.350-366.e7. - doi: 10.1016/j.cmet.2020.10.020.

327. Wang, Y. Selection of reference genes for RT-qPCR analysis in developing chicken embryonic ovary / Y. Wang, Y.Q. Zhang, Z.W. Wu, T. Fang, F. Wang, H. Zhao, Z.Q. Du, C.X. Yang // Molecular Biology Reports. - 2023. - Vol. 50. - No 4. - pp. 3379-3387. - doi: 10.1007/s11033-023-08280-0.

328. Wang, Z. Genome wide association study identifies SNPs associated with fatty acid composition in Chinese Wagyu cattle / Z. Wang, B. Zhu, H. Niu, W. Zhang, L. Xu, L. Xu, Y. Chen, L. Zhang, X. Gao, H. Gao, S. Zhang, L. Xu, J. Li // Journal of Animal Science and Biotechnology. - 2019. - No 10. - ID: 27. - doi: 10.1186/s40104-019-0322-0.