Изучение структуры и функции антисмысловых транскриптов генов AFAP1, ASCL1,MAP3K13 человека тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.07, кандидат биологических наук Марахонов, Андрей Владимирович

• Марахонов, Андрей Владимирович
• кандидат биологических наук
• 2010

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Марахонов, Андрей Владимирович

СОДЕРЖАНИЕ.

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.

1. ВВЕДЕНИЕ.

Заключение диссертации по теме «Генетика», Марахонов, Андрей Владимирович

5. ВЫВОДЫ

1. В локусе MAP3K13 человека выявлены молчащий псевдоген и ошибка картирования данного кластера антисмысловых РНК.

2. Экспериментально установлено существование нового некодирующего гена ASCL1AS и исследованы спектры его экспрессии в тканях человека.

3. Установлена экзон-интронная структура антисмыслового транскрипта AFAP1AS. Полученная последовательность AFAP1AS приоритетно зарегистрирована в базе данных Entrez Gene под номером GeneID 84740.

4. При исследовании тканевых спектров экспрессии смыслового гена AFAP1 и антисмыслового гена AFAP1AS человека можно сделать вывод о наличии позитивной регуляции.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Марахонов, Андрей Владимирович, 2010 год

1. Alsheddi, Т., Vasin, L., Meduri, R., Randhawa, M., Glazko, G., Baranova, A. siRNAs with high specificity to the target: a systematic design by CRM algorithm//Mol Biol (Mosk). — 2008. — Vol. 42. —№ 1. —p. 163—171.

2. Altschul, S. F., Gish, W., Miller, W., Myers, E. W., Lipman, D. J. Basic local alignment search tool // J Mol Biol. — 1990. — Vol. 215. — № 3. — p. 403—410.

3. Annilo, Т., Kepp, K., Laan, M. Natural antisense transcript of natriuretic peptide precursor A (NPPA): structural organization and modulation of NPPA expression//BMC Mol Biol. — 2009. — Vol. 10. —p. 81.

4. Baisden, J. M., Qian, Y., Zot, H. M., Flynn, D. C. The actin filament-associated protein AFAP-110 is an adaptor protein that modulates changes in actin filament integrity // Oncogene. — 2001b. — Vol. 20. — № 44. — p. 6435—6447.

5. Barik, S. Treating respiratory viral diseases with chemically modified, second generation intranasal siRNAs // Methods Mol Biol. — 2009. — Vol. 487.p. 331—341.

6. Bartel, D. P. MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function // Cell. — 2004. — Vol. 116. — № 2. — p. 281—297.

7. Beiter, T., Reich, E., Williams, R. W., Simon, P. Antisense transcription: a critical look in both directions // Cell Mol Life Sei. — 2009. — Vol. 66. —№ 1. —p. 94—112.

8. Bernstein, E., Kim, S. Y., Carmell, M. A., Murchison, E. P., Alcorn, H., Li, M. Z., Mills, A. A., Elledge, S. J., Anderson, K. V., Hannon, G. J. Dicer is essential for mouse development // Nat Genet. — 2003. — Vol. 35. — № 3. — p. 215—217.

9. Bitko, V., Musiyenko, A., Shulyayeva, O., Barik, S. Inhibition of respiratory viruses by nasally administered siRNA // Nat Med. — 2005.—Vol. 11. —№1. —p. 50—55.

10. Brennecke, J., Hipfner, D. R., Stark, A., Russell, R. B., Cohen, S. M. bantam encodes a developmentally regulated microRNA that* controls cell proliferation and regulates the proapoptotic gene hid m Drosophila II Cell. — 2003.—Vol. 113.—№ 1.—p. 25—36.

11. Brummelkamp, T. R., Bernards, R., Agami, R. A system for stable expression of short interfering RNAs in mammalian cells // Science. — 2002. — Vol. 296. — № 5567. — p. 550—553.

12. Buzdin, A., Kovalskaya-Alexandrova, E., Gogvadze, E., Sverdlov, E. GREM, a technique for genome-wide isolation and quantitative analysis of promoter active repeats // Nucleic Acids Res. — 2006b. — Vol. 34. — № 9. — p. e67.

13. Caplen, N. J., Parrish, S., Imani, F., Eire, A., Morgan, R. A. Specific inhibition of gene expression by small double-stranded RNAs in invertebrate and*vertebrate systems // Proc Natl Acad Sci USA. — 2001. — Vol. 98. — № 17. — p. 9742—9747.

14. Chen, C. Z., Li, L., Lodish, H. F., Bartel, D. P. MicroRNAs modulate hematopoietic lineage differentiation // Science. — 2004. — Vol. 303. — № 5654.p. 83—86.

15. Chen, H., Kunnimalaiyaan, M., Van Gompel, J. J. Medullary thyroid cancer: the functions of raf-1 and human achaete-scute homologue-1 // Thyroid. — 2005. — Vol. 15. — № 6. — p. 511—521.

16. Chendrimada, T. P., Gregory, R. I., Kumaraswamy, E., Norman, J., Cooch, N., Nishikura, K., Shiekhattar, R. TRBP recruits the Dicer complex to Ago2 for microRNA processing and gene silencing // Nature. — 2005. — Vol. 436. — № 7051. — p. 740—744.

17. Chomczynski, P., Sacchi, N. Single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction // Anal Biochem. — 1987. —Vol. 162,—№ 1. —p. 156—159.

18. Chu, J., Dolnick, B. J. Natural antisense (rTSalpha) RNA induces site-specific cleavage of thymidylate synthase mRNA // Biochim Biophys Acta. — 2002. —Vol. 1587. —№2-3. —p. 183—193.

19. Chung, C. T., Niemela, S. L., Miller, R. H. One-step preparation of competent Escherichia coli: transformation and storage of bacterial cells in the same solution // Proc Natl Acad Sci USA.— 1989. — Vol. 86. — № 7. — p. 2172—2175.

20. Doench, J. G., Petersen, C. P., Sharp, P. A. siRNAs can function as miRNAs // Genes Dev. — 2003. — Vol. 17. — № 4. — p. 438—442.

21. Dohner, H., Stilgenbauer, S., Benner, A., Leupolt, E., Krober, A., Bullinger, L., Dohner, K., B'entz, M., Lichter, P. Genomic aberrations and survivalin chronic lymphocytic leukemia // N Engl J Med. — 2000: — Vol. 343. — № 26.p. 1910—1916.

22. Dong, J. T., Boyd, J. C., Frierson, H. F., Jr. Loss of heterozygosity at 13ql4 and 13q21 in high grade, high stage prostate cancer // Prostate. — 2001. — Vol. 49. —№3.—p. 166—171.

23. Eis, P. S., Tam, W., Sun, L., Chadburn, A., Li, Z., Gomez, M. F., Lund, E., Dahlberg, J. E. Accumulation of miR-155 and BIC RNA in human B cell lymphomas // Proc Natl Acad Sci USA. — 2005. — Vol. 102. — № 10. — p. 3627—3632.

24. Elbashir, S. M., Harborth, J., Lendeckel, W., Yalcin, A., Weber, K., Tuschl, T. Duplexes of 21-nucleotide RNAs mediate RNA interference in cultured mammalian cells // Nature. — 2001a. — Vol. 411. — № 6836. — p. 494—498.

25. Elbashir, S. M., Lendeckel, W., Tuschl, T. RNA interference is mediated by 21- and 22-nucleotide RNAs // Genes Dev. — 2001b. — Vol. 15. — №2. —p. 188—200.

26. ENCODE Project Consortium. The ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) Project // Science. — 2004. — Vol. 306. — № 5696. — p. 636— 640.

27. Faghihi, M. A., Modarresi, F., Khalil, A. M., Wood, D. E., Sahagan,

28. Fire, A., Xu, S., Montgomery, M. K., Kostas, S. A., Driver, S. E., Mello, C. C. Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans // Nature. — 1998. — Vol. 391. — № 6669. — p. 806— 811.

29. Flynn, D. C., Leu, T. H., Reynolds, A. B., Parsons, J. T. Identification and sequence analysis of cDNAs encoding a 110-kilodalton actin filament-associated pp60src substrate // Mol Cell Biol. — 1993. — Vol. 13. — № 12. — p. 7892—7900.

30. Galvani, A., Sperling, L. RNA interference by feeding in Paramecium I I Trends Genet. — 2002. — Vol. 18. — № 1. — p. 11—12.

31. Gatesman, A., Walker, V. G., Baisden, J. M., Weed, S. A., Flynn, D.

32. C. Protein kinase Ca activates c-Src and induces podosome formation via AFAP-110 // Mol Cell Biol. — 2004. — Vol. 24. — № 17. — p. 7578—7597.

33. Gil, J., Esteban, M. Induction of apoptosis by the dsRNA-dependent protein kinase (PKR): mechanism of action // Apoptosis. — 2000. — Vol. 5. — № 2. —p. 107—114.

34. Gogvadze, E., Stukacheva, E., Buzdin, A., Sverdlov, E. Human-specific modulation of transcriptional activity provided by endogenous retroviral insertions // J Virol. — 2009. — Vol. 83. — № 12. — p. 6098—6105.

35. Griffiths-Jones, S., Saini, H. K., van Dongen, S., Enright, A. J. miRBase: tools for microRNA genomics // Nucleic Acids Res. — 2008. — Vol. 36. — № Database issue: — p. D154—158.

36. Grinchuk, O. V., Jenjaroenpun, P., Orlov, Y. L., Zhou, J., Kuznetsov, V. A. Integrative analysis of the human c/s-antisense gene pairs, miRNAs and theirtranscription regulation patterns // Nucleic Acids Res. — 2010. — Vol. 38. — № 2. — p. 534—547.

37. Guappone, A. C., Flynn, D. C. The integrity of the SH3 binding motif of AFAP-110 is required to facilitate tyrosine phosphorylation by, and stable complex formation with, Src // Mol Cell Biochem. — 1997. — Vol. 175. — № 12. — p. 243—252.

38. Guo, S., Kemphues, K. J. par-1, a gene required for establishing polarity in C. elegans embryos, encodes a putative Ser/Thr kinase that is asymmetrically distributed // Cell. — 1995. — Vol. 81. — № 4. — p. 611—620.

39. Halligan, D. L., Keightley, P. D. Ubiquitous selective constraints in the Drosophila genome revealed by a genome-wide interspecies comparison // Genome Res. — 2006. — Vol. 16. — № 7. — p. 875—884.

40. Han, J., Lee, Y., Yeom, K. H., Kim, Y. K., Jin, H., Kim, V. N. The Drosha-DGCR8 complex in primary microRNA processing // Genes Dev. — 2004.

41. Vol. 18. —№24, —p. 3016—3027.

42. Harfe, B. D., McManus, M. T., Mansfield, J. H., Hornstein, E., Tabin, C. J. The RNaselll enzyme Dicer is required for morphogenesis but not patterning of the vertebrate limb // Proc Natl Acad Sci USA. — 2005. — Vol. 102. — № 31.p. 10898—10903.

43. Harris, K. S., Zhang, Z., McManus, M. T., Harfe, B. D., Sun, X. Dicer function is essential for lung epithelium morphogenesis // Proc Natl Acad Sci U S A. — 2006. — Vol. 103. — № 7. — p. 2208—2213.

44. He, Y., Vogelstein, B., Velculescu, V. E., Papadopoulos, N., Kinzler, K. W. The antisense transcriptomes of human cells // Science. — 2008. — Vol. 322. —№5909. —p. 1855—1857.

45. Humphreys, D. T., Westman, B. J., Martin, D. I., Preiss, T. MicroRNAs control translation initiation by inhibiting eukaryotic initiation factor 4E/cap and poly(A) tail function // Proc Natl Acad Sci USA. — 2005. — Vol. 102. —№47. —p. 16961—16966.

46. Hutvagner, G., Zamore, P. D. A microRNA in a multiple-turnover RNAi enzyme complex // Science. — 2002. — Vol. 297. — № 5589. — p. 2056— 2060.

47. Imamura, T., Yamamoto, S., Ohgane, J., Hattori, N., Tanaka, S., Shiota, K. Non-coding RNA directed DNA demethylation of Sphkl CpG island // Biochem Biophys Res Commun. — 2004. — Vol. 322. — № 2. — p. 593—600.

48. International Human Genome Sequencing Consortium. Initial sequencing and analysis of the human genome // Nature. — 2001. — Vol. 409. — №6822. —p. 860—921.

49. Janowski, B. A., Huffman, K. E., Schwartz, J. C., Ram, R., Nordsell, R., Shames, D. S., Minna, J. D., Corey, D. R. Involvement of AGOl and AG02 in mammalian transcriptional silencing // Nat Struct Mol Biol. — 2006. — Vol. 13.9. —p. 787—792.

50. Janowski, B. A., Younger, S. T., Hardy, D. B., Ram, R., Huffman, K. E., Corey, D. R. Activating gene expression in mammalian cells with promoter-targeted duplex RNAs // Nat Chem Biol. — 2007. — Vol. 3. — № 3. — p. 166— 173.

51. Jeanmougin, F., Thompson, J. D., Gouy, M., Higgins, D. G., Gibson, T. J. Multiple sequence alignment with Clustal X // Trends Biochem Sci. — 1998.

52. Vol. 23. — № 10. — p. 403—405.

53. Johnson, S. M;, Grosshans, Hi, Shingara, J., Byrom, M., Jarvis, R., Cheng, A., Labourier, E., Reinert, K. L., Brown, D., Slack, F. J. RAS is regulated by the let-7 microRNA family // Cell. — 2005. — Vol. 120: —№ 5. p. 635— 647.

54. Kanner, S. B., Reynolds, A. B., Vines, R. R., Parsons, J. T. Monoclonal antibodies to individual tyrosine-phosphorylated protein substrates of oncogene-encoded tyrosine kinases // Proc Natl Acad Sci USA. — 1990. — Vol. 87. — № 9. — p. 3328—3332.

55. Khvorova, A., Reynolds, A., Jayasena, S. D. Functional siRNAs and miRNAs exhibit strand bias // Cell. — 2003. — Vol. 115. — № 2. — p. 209—216.

56. Kim, Y. K., Kim, Y. N. Processing of intronic microRNAs // EMBO J. — 2007. — Vol. 26. — № 3. — p. 775—783.

57. Kiriakidou, M., Nelson, P. T., Kouranov, A., Fitziev, P., Bouyioukos, C., Mourelatos, Z., Hatzigeorgiou, A. A combined computational-experimental approach predicts human microRNA targets // Genes Dev. — 2004. — Vol. 18. — № 10. —p. 1165—1178.

58. Kiriakidou, M., Tan, G. S., Lamprinaki, S., De Planell-Saguer, M., Nelson, P. T., Mourelatos, Z. An mRNA m7G cap binding-like motif within human Ago2 represses translation // Cell. — 2007. — Vol. 129. — № 6. — p. 1141—1151.

59. Klimov, D., Skoblov, M., Ryazantzev, A., Tyazhelova, T., Baranova, A. In silico search for natural antisense transcripts reveals their differential expression in human tumors // J Bioinform Comput Biol. — 2006. — Vol. 4. — № 2. —p. 515—521.

60. Knudsen, S. Promoter2.0: for the recognition of PolII promoter sequences // Bioinformatics. — 1999. — Vol. 15. — № 5. — p. 356—361.

61. Kovalskaya, E., Buzdin, A., Gogvadze, E., Vinogradova, T., Sverdlov, E. Functional human endogenous retroviral LTR transcription start sites are located between the R and U5 regions // Virology. — 2006. — Vol. 346. — № 2. — p. 373—378.

62. Kumar, M., Carmichael, G. G. Antisense RNA: function and fate of duplex RNA in cells of higher eukaryotes // Microbiol Mol Biol Rev. — 1998. — Vol. 62. — № 4. — p. 1415—1434.

63. Lapidot, M., Pilpel, Y. Genome-wide natural antisense transcription: coupling its regulation to its different regulatory mechanisms // EMBO Rep. — 2006. —Vol.7.—№ 12. —p. 1216—1222.

64. Lavorgna, G., Dahary, D., Lehner, B., Sorek, R., Sanderson, C. M., Casari, G. In search of antisense // Trends Biochem Sei. — 2004. — Vol. 29. — № 2.—p. 88—94.

65. Lee, R. C., Feinbaum, R. L., Ambros, V. The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14 // Cell. — 1993. — Vol. 75. — № 5. — p. 843—854.

66. Lee, S. Y., Rasheed, S. A simple procedure for maximum yield of high-quality plasmid DNA // Biotechniques. — 1990. — Vol. 9. — № 6. — p. 676—679.

67. Lee, Y., Ahn, C., Han, J., Choi, H., Kim, J., Yim, J., Lee, J., Provost, P., Radmark, O., Kim, S., Kim, V. N. The nuclear RNase III Drosha initiates microRNA processing // Nature. — 2003. — Vol. 425. — № 6956. — p. 415— 419.

68. Lee, Y., Hur, I., Park, S. Y., Kim, Y. K., Suh, M. R., Kim, V. N. The role of PACT in the RNA silencing pathway // EMBO J. — 2006. — Vol. 25. — № 3. — p. 522—532.

69. Letinic, K., Zoncu, R., Rakic, P. Origin of GABAergic neurons in the human neocortex // Nature. — 2002. — Vol. 417. — № 6889. — p. 645—649.

70. Leung, A. K., Sharp, P. A. microRNAs: a safeguard against turmoil? // Cell. —2007. —Vol. 130. —№4. —p. 581—585.

71. Lewis, B. P., Bürge, C. B., Bartel, D. P. Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets // Cell. — 2005. — Vol. 120. — № 1. — p. 15—20.

72. Li, J. T., Zhang, Y., Kong, L., Liu, Q. R., Wei, L. Trans-nataral antisense transcripts including noncoding RNAs in 10 species: implications for expression regulation // Nucleic Acids Res. — 2008. — Vol. 36. — № 15. — p. 4833—4844.

73. Li, L. C., Okino, S. T., Zhao, H., Pookot, D., Place, R. F., Urakami, S., Enokida, H., Dahiya, R. Small dsRNAs induce transcriptional activation in human cells // Proc Natl Acad Sci USA. — 2006. — Vol. 103. — № 46. — p. 17337—17342.

74. Lindlof, A. Gene identification through large-scale EST sequence processing // Appl Bioinformatics. — 2003. — Vol. 2. — № 3. — p. 123—129.

75. Liu, J., Carmell, M. A., Rivas, F. V., Marsden, C. G., Thomson, J. M., Song, J. J., Hammond, S. M., Joshua-Tor, L., Hannon, G. J. Argonaute2 is the catalytic engine of mammalian RNAi // Science. — 2004. — Vol. 305. — № 5689. — p. 1437—1441.

76. Mahmoudi, S., Henriksson, S., Corcoran, M.,- Mendez-Vidal, C., Wiman, K. G., Farnebo, M. Wrap53, a natural p53 antisense transcript required for p53 induction upon DNA damage // Mol Cell. — 2009. — Vol. 33. — № 4. — p. 462—471.

77. Mattick, J. S., Makunin, I. V. Non-coding RNA // Hum Mol Genet. — 2006. —Vol. 15. —№SpecNo 1.—p.R17—29.

78. Matzke, M. A., Birchler, J. A. RNAi-mediated pathways in the nucleus // Nat Rev Genet. — 2005. — Vol. 6. — № 1. — p. 24—35.

79. Meister, G., Landthaler, M., Patkaniowska, A., Dorsett, Y., Teng, G., Tuschl, T. Human Argonaute2 mediates RNA cleavage targeted by miRNAs and siRNAs // Mol Cell. — 2004. — Vol. 15. — № 2. — p. 185—197.

80. Meister, G., Tuschl, T. Mechanisms of gene silencing by double-stranded RNA // Nature. — 2004. — Vol. 431. — № 7006. — p. 343—349.

81. Miller, S. A., Dykes, D. D., Polesky, H. F. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells // Nucleic Acids Res. — 1988. —Vol. 16. —№3. —p. 1215.

82. Mishra, P. J., Banerjee, D., Bertino, J. R. MiRSNPs or MiR-polymorphisms, new players in microRNA mediated regulation of the cell: Introducing microRNA pharmacogenomics // Cell Cycle. — 2008. — Vol. 7. — № 7. —p. 853—858.

83. Morris, K. V., Chan, S. W., Jacobsen, S. E., Looney, D. J. Small interfering RNA-induced transcriptional gene silencing in human cells // Science. — 2004. — Vol. 305. — № 5688. — p. 1289—1292.

84. Muljo, S. A., Ansel, K. M., Kanellopoulou, C., Livingston, D. M., Rao, A., Rajewsky, K. Aberrant T cell differentiation in the absence of Dicer // J Exp Med. — 2005. — Vol. 202. — № 2. — p. 261—269.

85. Murchison, E. P., Partridge, J. F., Tam, O. H., Cheloufi, S., Hannon, G. J. Characterization of Dicer-deficient murine embryonic stem cells // Proc Natl AcadSciUS A. —2005. —Vol. 102. —№34. —p. 12135—12140.

86. Napoli, C., Lemieux, C., Jorgensen, R. Introduction of a Chimeric Chalcone Synthase Gene into Petunia Results in Reversible Co-Suppression of Homologous Genes in trans // Plant Cell. — 1990. — Vol. 2. — № 4. — p. 279— 289.

87. Nilsen, T. W., Graveley, B. R. Expansion of the eukaryotic proteome by alternative splicing // Nature. — 2010. — Vol. 463. — № 7280. — p. 457— 463.

88. O'Brian, C. A. Protein kinase C-alpha: a novel target for the therapy of androgen-independent prostate cancer? (Review-hypothesis) // Oncol Rep. — 1998. — Vol. 5. — № 2. — p. 305—309.

89. Ohler, U., Stemmer, G., Harbeck, S., Niemann, H. Stochastic segment models of eukaryotic promoter regions // Pac Symp Biocomput. — 2000. — p. 380—391.

90. Ota, A., Tagawa, H., Karnan, S., Tsuzuki, S., Karpas, A., Kira, S., Yoshida, Y., Seto, M. Identification and characterization of a novel gene,

91. C13orf25, as a target for 13q31-q32 amplification in malignant lymphoma // Cancer Res. — 2004. — Vol. 64. -№9.~ p. 3087—3095.

92. Paddison, P. J., Caudy, A. A., Bernstein, E., Hannon, G. J'., Conklin, D. S. Short hairpin RNAs (shRNAs) induce sequence-specific silencing in mammalian cells // Genes Dev. — 2002. — Vol. 16. — № 8. — p. 948—958.

93. Palliser, D., Chowdhury, D., Wang, Q. Y., Lee, S. J., Bronson, R. T., Knipe, D. M., Lieberman, J. An siRNA-based microbicide protects mice from lethal herpes simplex virus 2 infection // Nature. — 2006. — Vol. 439. — № 7072.p. 89—94.

94. Patel, R. C., Sen, G. C. PACT, a protein activator of the interferon-induced protein kinase, PKR // EMBO J. — 1998. — Vol. 17. — № 15. — p. 4379—4390.

95. Pillai, R. S., Bhattacharyya, S. N., Artus, C. G., Zoller, T., Cougot, N., Basyuk, E., Bertrand, E., Filipowicz, W. Inhibition of translational initiation by Let-7 MicroRNA in human cells // Science. — 2005. — Vol. 309. — № 5740. — p. 1573—1576.

96. Poy, M. N., Eliasson, L., Krutzfeldt, J., Kuwajima, S., Ma, X., Macdonald, P. E., Pfeffer, S., Tuschl, T., Rajewsky, N., Rorsman, P., Stoffel, M. A pancreatic islet-specific microRNA regulates insulin secretion // Nature. -— 2004.

97. Vol. 432. —№ 7014. —p. 226—230.

98. Prasanth, K. V., Spector, D. L. Eukaryotic regulatory RNAs: an answer to the 'genome complexity' conundrum // Genes Dev. — 2007. — Vol. 21.1. —p. 11—42.

99. Prestridge, D. S. Predicting Pol II promoter sequences using transcription factor binding sites // J Mol Biol. — 1995. — Vol. 249. — № 5. — p. 923—932.

100. Ramakers, C., Ruijter, J. M., Deprez, R. H., Moorman, A. F. Assumption-free analysis of quantitative real-time polymerase chain reaction (PCR) data // Neurosci Lett. — 2003. — Vol. 339. — № 1. — p. 62—66.

101. Reese, M. G. Application of a time-delay neural network to promoter annotation in the Drosophila melanogaster genome // Comput Chem. — 2001. — Vol. 26. — № 1. — p. 51—56.

102. Royo, H., Cavaille, J. Non-coding RNAs in imprinted gene clusters // Biol Cell. —2008. —Vol. 100. —№3. —p. 149—166.

103. Scheie, J. H., Lehmann, K. E., Buschmann, I. R., Unger, T., FunkeKaiser, H. Quantitative real-time RT-PCR data analysis: current concepts and the novel "gene expression's Qr difference" formula // J Mol Med. — 2006. — Vol. 84,—№ 11, — p. 901—910.

104. Scherer, S. A Short Guide to the Human Genome. — CSHL Press, 2008. —173 p.

105. Schratt, G. M., Tuebing, F., Nigh, E. A., Kane, C. G., Sabatini, M. E., Kiebler, M., Greenberg, M. E. A brain-specific microRNA' regulates dendritic spine development // Nature. — 2006. — Vol. 439. — № 7074. — p. 283—289.

106. Schuler, G. D. Pieces of the puzzle: expressed sequence tags and the catalog of human genes // J Mol Med. — 1997. — Vol. 75. — № 10. — p. 694— 698.

107. Schwartz, J. C., Younger, S. T., Nguyen, N. B., Hardy, D. B., Monia, B. P., Corey, D. R., Janowski, B. A. Antisense transcripts are targets for activating small RNAs // Nat Struct Mol Biol. — 2008. — Vol. 15. — № 8. — p. 842—848.

108. Schwarz, D. S., Hutvagner, G., Du, T., Xu, Z., Aronin, N., Zamore, P. D. Asymmetry in the assembly of the RNAi enzyme complex // Cell. — 2003. — Vol. 115. —№2.—p. 199—208.

109. Shendure, J., Church, G. M. Computational discovery of senseantisense transcription in the human and mouse genomes // Genome Biol. — 2002.

110. Vol. 3. — № 9. — pp. research0044.0041-research0044.0014.

111. Sheth, U,, Parker, R. Decapping and decay of messenger RNA occur in cytoplasmic processing bodies // Science. — 2003. — Vol. 300. — № 5620. — p. 805—808.

112. Shuey, D. J., McCallus, D. E., Giordano, T. RNAi: gene-silencing in therapeutic intervention // Drug Discov Today. — 2002. — Vol. 7. — № 20. — p. 1040—1046.

113. Summy, J. M., Gallick, G. E. Src family kinases in tumor progression and metastasis // Cancer Metastasis Rev. — 2003. — Vol. 22. — № 4. — p. 337— 358.

114. Tabaska, J. E., Zhang, M. Q. Detection of polyadenylation signals in human DNA sequences // Gene. — 1999. — Vol. 231. — № 1-2. — p. 77—86.

115. Tam, W., Ben-Yehuda, D., Hayward, W. S. bic, a novel gene activated by proviral insertions in avian leukosis virus-induced lymphomas, is likely to function through its noncoding RNA // Mol Cell Biol. — 1997. — Vol. 17. — № 3, —p. 1490—1502.

116. Tang, G. siRNA and miRNA: an insight into RISCs // Trends Biochem Sci. — 2005. — Vol. 30. — № 2. — p. 106—114.

117. Thrash-Bingham, C. A., Tartof, K. D. aHIF: a natural antisense transcript overexpressed in human renal cancer and during hypoxia // J Natl Cancer Inst.— 1999. —Vol.91. —№2. —p. 143—151.

118. Ting, A. H., Schuebel, K. E., Herman, J. G., Baylin, S. B. Short double-stranded RNA induces transcriptional gene silencing in human cancer cells in the absence of DNA methylation // Nat Genet. — 2005. — Vol. 37. — № 8. — p. 906—910.

119. Tochitani, S., Hayashizaki, Y. Nkx2.2 antisense RNA overexpression enhanced oligodendrocytic differentiation // Biochem Biophys Res Commun. — 2008. — Vol. 372. — № 4. — p. 691—696.

120. Wang, J. P., Lindsay, B. G., Leebens-Mack, J., Cui, L., Wall, K., Miller, W. C., dePamphilis, C. W. EST clustering error evaluation and correction // Bioinformatics. — 2004. — Vol. 20. — № 17. — p. 2973—2984.

121. Wassenegger, M. The role of the RNAi machinery in heterochromatin formation//Cell. — 2005. — Vol. 122. —№ 1. —p. 13—16.

122. Weiner, A. M., Deininger, P. L., Efstratiadis, A. Nonviral retroposons: genes, pseudogenes, and transposable elements generated by the reverse flow of genetic information // Annu Rev Biochem. — 1986. — Vol. 55. — p. 631—661.

123. Werner, A., Berdal, A. Natural antisense transcripts: sound or silence? // Physiol Genomics. — 2005. — Vol. 23. — № 2. — p. 125—131.

124. Werner, A., Sayer, J. A. Naturally occurring antisense RNA: function and mechanisms of action // Curr Opin Nephrol Hypertens. — 2009. — Vol. 18.'4. —p. 343—349.

125. Wienholds, E., Koudijs, M. J., van Eeden, F. J., Cuppen; E., Plasterk, R. H. The microRNA-producing enzyme Dicer 1 is essential for zebrafish development 11 Nat Genet. — 2003. — Vol. 35. — № 3. — p. 217—218.

126. Wieslander, L. A simple method to recover intact high molecular weight RNA and DNA after electrophoretic separation in low gelling temperature agarose gels // Anal Biochem. — 1979. — Vol. 98. — № 2. — p. 305—309.

127. Wightman, B., Ha, I., Ruvkun, G. Posttranscriptional regulation of the heterochronic gene lin-14 by lin-4 mediates temporal pattern formation in C. elegans II Cell. — 1993. — Vol. 75. — № 5. — p. 855—862.

128. Vol. 25. —№ 10. —p. 1149—1157.

129. Xu, P., Vemooy, S. Y., Guo, M., Hay, B. A. The Drosophila microRNA Mir-14 suppresses cell death and is required for normal fat metabolism // Cuit Biol. — 2003. — Vol. 13. — № 9. — p. 790—795.

130. Yi, R., Qin, Y., Macara, I. G., Cullen, B. R. Exportin-5 mediates the nuclear export of pre-microRNAs and short hairpin RNAs // Genes Dev. — 2003.

131. Vol. 17. —№24.—p. 3011—3016.

132. Yin, Y., Zhao, Y., Wang, J., Liu, C., Chen, S., Chen, R., Zhao, H. antiCODE: a natural sense-antisense transcripts database // BMC Bioinformatics.2007. —Vol. 8. —p. 319—323.

133. Yu, W., Gius, D., Onyango, P., Muldoon-Jacobs, K., Karp, J., Feinberg, A. P., Cui, H. Epigenetic silencing of tumour suppressor gene pi5 by its antisense RNA //Nature. — 2008. — Vol. 451. — № 7175. — p. 202—206.

134. Zamore, P. D., Tuschl, T., Sharp, P. A., Bartel, D. P. RNAi: double-stranded RNA directs the ATP-dependent cleavage of mRNA at 21 to 23 nucleotide intervals // Cell. — 2000. — Vol. 101. — № 1. — p. 25—33.

135. Zeng, Y., Wagner, E. J., Cullen, B. R. Both natural and designed micro RNAs can inhibit the expression of cognate mRNAs when expressed in human cells // Mol Cell. — 2002. — Vol. 9. — № 6. — p. 1327—1333.

136. Zhang, M. Q. Identification of human gene core promoters in silico I I Genome Res. — 1998.—Vol. 8.—№3. —p. 319—326.

137. Zhang, Y., Li, J., Kong, L., Gao, G., Liu, Q. R., Wei, L. NATsDB: Natural Antisense Transcripts DataBase // Nucleic Acids Res. — 2007. — Vol. 35.

138. Database issue. — p. D156—161.

139. Zheng, D., Frankish, A., Baertsch, R., Kapranov, P., Reymond, A., Choo, S. W., Lu, Y., Denoeud, F., Antonarakis, S. E., Snyder, M., Ruan, Y., Wei,

140. C. L., Gingeras, T. R., Guigo, R., Harrow, J., Gerstein, M. B. Pseudogenes in the ENCODE regions: consensus annotation, analysis of transcription, and evolution // Genome Res. — 2007. — Vol. 17. —№6. —p. 839—851.

141. Zimmermann, T. S., Lee, A. C., Akinc, A., Bramlage, B., Bumcrot,

142. D., Fedoruk, M. N., Harborth, J., Heyes, J. A., Jeffs, L. B., John, M., Judge, A. D., Lam, K., McClintock, K., Nechev, L. V., Palmer, L. R., Racie, T., Rohl, I.,

143. Скоблов, M. Ю., Баранова, А. В. Подходы к терапии опухолевых заболеваний, основанные на антисмысловом подавлении экспрессии генов // Молекулярная медицина. — 2008. — № 5. — р. 12—19.1. БЛАГОДАРНОСТИ

144. Особую признательность автор выражает своему научному руководителю Скоблову Михаилу Юрьевичу за чуткое руководство, бесценный опыт и понимание.

145. Автор также благодарен Олесе Нурутдиновой за вовремя данный ценный совет.

146. Отдельные слова благодарности Шигееву Сергею Владимировичу и Казубской Татьяне Павловне за помощь в сборе первичного материала.

147. Особую благодарность автор выражает своей семье и друзьям за терпение и готовность помочь.