Оценка генетического разнообразия, генетическое картирование с помощью SNP и SSR маркеров красной смородины (Ribes rubrum L.) тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Должикова Мария Александровна
Должикова Мария Александровна
кандидат наук
2025
- Специальность ВАК РФ00.00.00
- Количество страниц 160
Оглавление диссертации кандидат наук Должикова Мария Александровна
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Красная смородина как сельскохозяйственная культура
1.2. ДНК-маркеры как инструмент изучения генома
1.3. Методы ДНК-идентификации, система генетической паспортизации для востребованных в производстве сортов
1.4. Генетические карты групп сцепления, локализация хозяйственно-полезных признаков в геноме
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Объекты исследований
2.2. Методы исследований
2.2.1. Отбор растительного материала
2.2.3. Выделение ДНК
2.2.4. ББЯ маркеры
2.2.5. ПЦР-анализ и разделение ПЦР-продуктов, электрофорез
2.2.6. ОББ-анализ
2.2.7. Статистическая обработка полученных данных
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Полиморфизм микросателлитных локусов сортов
3.2. База данных микросателлитных локусов сортов красной смородины биоресурсной коллекции ВНИИСПК
3.3. Генетическая паспортизация сортов красной смородины
3.4. Изучение генетического разнообразия сортов красной смородины на основании кластерного анализа по данным микросателлитных локусов
3.5. Исследование генетического разнообразия красной смородины с помощью ОББ анализа
3.6. Анализ полиморфизма ББЯ локусов в расщепляющейся популяции
3.7. Построение генетической карты красной смородины на основании БМР и ББЯ маркеров
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
РЕКОМЕНДАЦИИ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЯ
Приложение 1 - Сорта красной смородины (происхождение и оригинаторы)
Приложение 2 - Приготовление лизирующего буфера рабочего раствора
Приложение 3 - Генетические паспорта некоторых изученных сортов красной смородины
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота ПЦР - полимеразная цепная реакция
CTAB - цетилтриметиламмония бромид (cetyltrimethyl ammonium bromide)
PVP - поливинилпирролидон
ПААГ - полиакриламидный гель
SSR - simple sequence repeat
SNP - single nucleotide polymorphism
ГС - группа сцепления
СР - cross pollination
NGS - next generation sequencing
QTL - локус количественных признаков (quantitative trait loci) PBA - pedigree based analysis
GWAS - полногеномный поиск ассоциаций (genome-wide association study) MDS - анализ многомерного масштабирования
GBS - genotyping by sequencing - генотипирование путем секвенирования об/мин - обороты в минуту п.н. - пары нуклеотидов
PIC (Polymorphism Information Content) - индекс полиморфизма
ВВЕДЕНИЕ
Рекомендованный список диссертаций по специальности «Другие cпециальности», 00.00.00 шифр ВАК
Оценка генетического разнообразия сортов и форм яблони с использованием ДНК-маркеров2014 год, кандидат наук Шамшин, Иван Николаевич
Оценка генетического разнообразия исходного и селекционного материала ягодных культур с помощью молекулярных маркёров2011 год, кандидат биологических наук Пикунова, Анна Викторовна
Совершенствование элементов технологии размножения in vitro и адаптации к условиям ex vitro сортов смородины красной2025 год, кандидат наук Ряго Нелли Васильевна
Оценка исходного материала красной смородины для селекции и практики в условиях Северо-Запада России2021 год, кандидат наук Голод Татьяна Андреевна
Использование технологий ДНК-маркирования в селекционно-генетических исследованиях яблони2015 год, кандидат наук Ушакова, Яна Владимировна
Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Оценка генетического разнообразия, генетическое картирование с помощью SNP и SSR маркеров красной смородины (Ribes rubrum L.)»
Актуальность и степень разработанности проблемы. На
современном экономическом этапе развития садоводства в Российской Федерации роль сорта значительно возросла (Федеральный закон «О семеноводстве» от 30.12.2021 N 454-ФЗ; Клименков и др., 2022). Современный сорт должен обладать рядом хозяйственно-полезных и потребительских качеств: он должен выделяться хорошим качеством плодов, насыщенным биохимическим составом, пластичностью, адаптивностью, высокой степенью устойчивости к неблагоприятным факторам осенне-зимнего и весеннего периода, а также к жаре и засухе. Высокая стоимость пестицидов и взятый в мировом сельском хозяйстве курс на экологизацию наряду с усилением и появлением новых опасных патогенов ведёт к тому, что к сортам ужесточились требования по их устойчивости к болезням и вредителям. Устойчивый сорт - главная составляющая самозащиты культурного растения от возбудителей болезней и важный инновационный элемент в защите плодовых растений от вредных организмов. Устойчивость к болезням и вредителям - один из основных признаков, которым должен обладать новый перспективный сорт. Селекционные учреждения ведут непрерывную наботу по своевременному пополнению сортимента сельскохозяйственных культур новыми высококачественными сортами, которые обходили бы своих «предшественников» по большинству хозяйственно-биологических признаков (Королькова, 2020).
Технологии выведения новых востребованных сортов стали центром инновационных исследований в научной деятельности. Однако, несмотря на весомый прогресс, как в научной сфере, так и в производственной, создание новых сортов - очень длительный, сложный и дорогостоящий процесс. Так, на выведение сорта красной смородины до передачи на государственное сортоиспытание необходимо минимум 14 лет. Эта проблема актуальна в той или иной степени для большинства плодово-ягодных культур (Князев,
Огольцова, 2004). Чтобы решить данную проблему, необходимо активное внедрение новейших методов селекции и сортоизучения.
Нынешний сортимент красной смородины позволяет возделывать культуру с внедрением инновационных промышленных технологий, в том числе и механизированной уборки урожая (Ковешникова и др., 2009). В последние годы сортимент данной культуры пополнился рядом высококачественных, урожайных сортов, обладающих повышенной устойчивостью к патогенам (в частности, устойчивыми к мучнистой росе) и высоким качеством плодов (Голяева, Панфилова, 2020). В садоводстве смородина красная занимает важное место как зимостойкая, высокоурожайная, скороплодная и раннеспелая культура, ягоды которой богаты биологически активными веществами, служат ценным сырьем для переработки (Макаркина, Голяева, 2013).
Селекция красной смородины во Всероссийском НИИ селекции плодовых культур (ВНИИСПК) начата в 1984 году селекционером Людмилой Васильевной Баяновой (Голяева, 2014). И в настоящее время продолжается селекционером Ольгой Дмитриевной Голяевой.
В связи с увеличением требований к конечному продукту сельскохозяйственной деятельности, классические методы исследования смородины красной дополняются наиболее точными и продуктивными инновационными молекулярными методами.
Создание новых сортов должно базироваться на знаниях структурной и функциональной организации генома смородины, а современные методы идентификации сортов, основанные на генетических паспортах, будут полезны как на стадии менеджмента коллекций генетических ресурсов, так и в защите прав селекционеров, сертификации посадочного материала, разрешении юридических споров (Pitsioudis et а1, 2002).
Исследования сцепления генов - важнейший подход, который используется как для картирования генома, так и в генетико-селекционной
деятельности (Чесноков, 2018). Разработка генетической карты красной смородины и исследования по генетической паспортизации отечественных сортов ограничены работами нашей исследовательской группы (Пикунова и др., 2019; Пикунова и др., 2020; Должикова и др., 2021; Должикова и Павленко, 2021).
Таким образом, ДНК-паспортизация сортов и разработка генетической карты смородины красной (Ribes rubrum), с последующей локализацией в геноме количественных и качественных признаков, значимых для селекции, является актуальной задачей. В этой связи применение методов ДНК-генотипирования смородины красной, создание карт групп сцепления с помощью ДНК-маркеров будет способствовать разработке нового инструментария для эффективной работы с генетическими ресурсами и целенаправленному вовлечению хозяйственно-важных генов и аллелей в процесс селекции.
В классическом селекционном подходе генетическое разнообразие рассматривается на основе фенотипических данных и родословных. Однако родословные часто неизвестны, имеют неполную информацию либо могут содержать ошибки. Так же нестабильная таксономическая классификация внутри рода смородины вносит долю неопределенностей и ставит новые задачи по изучению генетического разнообразия рода. В данных исследованиях впервые применен метод генотипирования путем секвенирования (GBS) для изучения генетического разнообразия генофонда красной смородины.
Цель исследований: изучение генетического разнообразия и структурной организации генома красной смородины Ribes rubrum с помощью ДНК-маркеров для повышения эффективности селекционного процесса.
Задачи проведения исследований:
1. Изучить полиморфизм микросателлитных локусов сортообразцов красной смородины (Ribes rubrum) биоресурсной коллекции ВНИИСПК.
2. Сформировать базу данных (БД) микросателлитных локусов сортов красной смородины.
3. Составить генетические паспорта сортов красной смородины на основании полиморфизма микросателлитных локусов.
4. Построить дендрограмму генетического сходства сортов красной смородины в целях проверки родословных у родственных сортов на основании полиморфизма микросателлитных локусов.
5. Провести изучение генетического разнообразия генофонда красной смородины методом генотипирования путем секвенирования (GBS) на основе выявленных SNP маркеров.
6. Составить генетическую карту групп сцепления красной смородины с применением SSR и SNP ДНК-маркеров.
Научная новизна. Впервые с использованием SSR и SNP маркеров методом высокопроизводительного генотипирования (GBS) проведена масштабная работа по изучению генетического разнообразия красной смородины биоресурсной коллекции ВНИИСПК.
Впервые в мире построена генетическая карта красной смородины, на основе подобранных ДНК-маркеров.
Практическая значимость. Разработаны методики ДНК-идентификации сортов красной смородины, применимые для практического использования и обладающие большой степенью информативности для определения сортовой принадлежности.
Созданные ДНК-паспорта могут использоваться для идентификации сортовой принадлежности и при необходимости - для защиты авторских прав.
Генетическая карта, разработанная на основе ББЯ и БЫР маркеров, послужит основой для локализации в генотипе генов, детерминирующих хозяйственно-ценные признаки.
Разработанная методическая база (набор микросателлитных локусов, условия их амплификации и детекции, возможность мультиплексирования, выявленные редкие и уникальные аллели) формализует процесс ДНК-идентификации сортов красной смородины, что очень важно, как для научно-селекционных учреждений, так и в интересах производства красной смородины.
Положения, выносимые на защиту
1. Высокий уровень аллельного разнообразия сортов красной смородины коллекции ВНИИСПК, выявленный при помощи микросателлитного анализа позволил выявить уникальные и редкие аллели и уникальные сочетания аллелей, что свидетельствует о разнообразии изучаемой коллекции.
2. Разработанная база данных полиморфизма 14 микросателлитных локусов 74 сортообразцов красной смородины биоресурсной коллекции ВНИИСПК основанная на подборе наиболее полиморфных и информативных локусов может быть использована в селекции для оценки генетической подлинности, изучения генетического разнообразия исходных форм, менеджмента генетических коллекций.
3. Полученная первая в мире генетическая карта смородины красной с применением микросателлитных и ДНК-маркеров в дальнейшем послужит основой для локализации в геноме генов, детерминирующих хозяйственно-ценные признаки.
Апробация результатов работы. Материалы диссертации представлены и доложены на международных и всероссийских конференциях: VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ (г. Санкт-Петербург,
2019); Региональной научно-практической конференции «Наука без границ и языковых барьеров» (ГАУ, г. Орел, 2020); Всероссийской научно-практической онлайн-конференции молодых учёных и специалистов «Молодые учёные и инновационная сельскохозяйственная наука» (ФГБНУ ВНИИСПК, г. Орёл, 2021); ХХ1-ой научной конференции молодых ученых «Биотехнология в растениеводстве, животноводстве и сельскохозяйственной микробиологии» (ФГБНУ ВНИИСБ, г. Москва, 2021); Всероссийская конференция «Генетические ресурсы растений для генетических технологий: к 100-летию Пушкинских лабораторий ВИР» (г. Санкт-Петербург, 2022); Всероссийской научно-практической онлайн-конференции молодых учёных и специалистов «Достижения и перспективы молодых учёных в науке» (ФГБНУ ВНИИСПК, г. Орел, 2023); Всероссийской научной конференции, проходящей в рамках Второго научного Форума «Генетические ресурсы России» Генетические ресурсы растений для генетических технологий (г. Санкт-Петербург, 2023).
Публикации результатов исследований. По материалам диссертационных исследований опубликовано 12 статей, в том числе в журналах, рекомендованных ВАК, и входящих в международные системы цитирования Scopus и Web of Science.
Личный вклад соискателя. Результаты исследований получены автором лично и совместно с сотрудниками лаборатории биохимической генетики отдела биотехнологии и молекулярной генетики и лаборатории селекции и сортоизучения смородины Всероссийского научно-исследовательского института селекции плодовых культур.
Государственные контракты и гранты. Работа выполнялась при поддержке:
1. Проекта РНФ 18-76-00032 «Изучение генома смородины (Ribes L.) с помощью ДНК маркеров»
2. Государственного задания по тематикам:
«Сохранить, пополнить и изучить генофонд плодовых, ягодных и декоративных растений с целью выделения комплексных доноров и генисточников хозяйственно-ценных признаков для создания новых сортов ^Ш-2019-0017)»;
«Использование физиолого-биохимических и генетических, биотехнологических методов в селекции плодовых культур на улучшение хозяйственно-ценных признаков, адаптивность и управление продукционным процессом (FGZS-2019-0001)»;
«Создание новых конкурентоспособных, адаптивных генотипов ягодных культур с использованием инновационных методов селекции и разработка экологически безопасных элементов технологии выращивания и переработки (FGZS-2022-0007)».
Структура и объем диссертации. Диссертация изложена на 160 страницах. Состоит из введения, основной части, содержащей 9 таблиц и 10 рисунков, заключения, выводов, рекомендаций, списка литературы, приложений.
Благодарности. Автор выражает благодарность научному руководителю кандидату биологических наук Пикуновой Анне Викторовне за научные и методические рекомендации, за постоянное внимание к работе, просмотр и редакцию рукописи, ценные замечания.
Автор выражает благодарность Голяевой Ольге Дмитриевне, кандидату сельскохозяйственных наук, селекционеру за помощь в подборе объектов исследований, предоставление растительного материала, за ценные советы и помощь на протяжении всего периода выполнения и написания диссертационной работы.
Автор выражает благодарность биоинформатикам Денису Валерьевичу Горюнову (Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова) и Светлане Валерьевне Горюновой (Федеральный исследовательский центр
картофеля им. А.Г. Лорха) за помощь в проведении ряда биоинформатических расчетов, представленных в данной научной работе.
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 1.1. Красная смородина как сельскохозяйственная культура
Ribes - единственный род семейства Grossulariaceae DC., который насчитывает от 150 до 200 известных видов. По морфологии Ribes был включен в семейство Saxifragaceae (Lingdi et al., 2001), но в настоящее время его признают единственным родом в семействе Grossulariaceae.
Виды Ribes представляют собой кустарниковые растения, распространённые, в первую очередь, на умеренных территориях северного полушария. Существует несколько таксономических классификаций данного рода, однако наиболее качественно разработанными и точными считаются те, которые основаны либо на морфологических особенностях растений (Rehder, 1954), либо на возможности скрещивать виды между собой. Многие систематики выделяли два рода: Ribes (виды смородины) и Grossularia Hill. (виды крыжовника) (Berger, 1924). По мнению Brennan (2008), Hummer и Barney (2002) общепринятой всё же является систематика Ribes которая была предложена Э. Janczewski (1907). Janczewski разделял Ribes на шесть подродов: Grossularioides, Parilla, Berisia, Coreosma, Ribesia и Grossularia, в зависимости от характеристик цветка, включая текстуру чешуек почек, а также наличие или отсутствие цветоножки, плодоножки, шипов на ветвях (Janczewski, 1907).
Ареал подрода Ribesia охватывает всю европейскую часть, Западную, Восточную Сибирь и Дальний Восток. На севере он заходит в Швецию, Норвегию, на юге - в Италию и Грецию. В Азии ареал на востоке охватывает Японию и Курильские острова, южная граница которого проходит по Киргизским степям, Гималаям и через Китай. Почти все современные сорта красной смородины являются сложными межвидовыми гибридами (Аладина, 2007).
Филогения Grossulariaceae и внутриродовые отношения рода Ribes остаются весьма спорными (Weigend, 2007). Классификация Ribes на данный момент остается также неясной из-за широкого географического распространения, большой доли межвидовой гибридизации и высокого спектра фенотипического разнообразия (Keep, 1963; Weigend, 2007; Zhang et al., 2023). На протяжении многих лет классификация таксонов данного рода остается темой дискуссий и новых научных исследований, направленных на решение проблемы таксономической систематики данного рода (Sun et al., 2023; Pikunova et al., 2023 и др.). Это говорит о том, что специалистам ещё предстоит провести большую работу по окончательному приведению в порядок таксономии и филогении рода Ribes (Пикунова и др., 2011).
Почти все современные сорта красной смородины были получены от таких видов, как садовая смородина (R. vulgare Lam.), крупноплодный сорт (R. vulgare var. macrocarpum), красная смородина (R. rubrum), красная смородина скалистая (R. petraeum Wulf.), многоцветковая смородина (R. multiflorum Kit.), смородина Варшавича (R. warscewiczii Jancz.), смородина Пальчевского (R. palczewskii (Jancz.) Pojark) и их гибриды. Другие виды и их гибриды ценны как исходный материал для дальнейшей селекции (Огольцова и др., 2009).
Красная смородина относится к секции Ribesia Berl. рода Ribes (Rehder, 1954). Ribesia включает красную европейского происхождения (R. rubrum), с. садовую (R. vulgare), с. многоцветковую (R. multiflorum), с. скалистую (R. petraeum) (также встречается в Северной Африке) и R. pubescens (C. Hartm Held.). В Восточной Сибири и на Дальнем Востоке смородина Пальчевского (R. palczewskii), с. Варшевича (R. warscewiczii) (не встречается в диком виде), с. темно-пурпуровая (R. atropurpureum C.A. Mey), с. щетинистая (R. hispidulum (Jancz.) Pojark.), с. Мейера (R. meyeri Maxim), с. высочайшая (R. altissimum Turcz.) и китайский вид смородины (R. longeracemosum Franch.) (Огольцова и др., 2009).
Ареал подрода Ribesia охватывает всю европейскую часть, Западную, Восточную Сибирь и Дальний Восток. На севере он заходит в Швецию, Норвегию, на юге - в Италию и Грецию. В Азии ареал на востоке охватывает Японию и Курильские острова, южная граница которого проходит по Киргизским степям, Гималаям и через Китай. Почти все современные сорта красной смородины являются сложными межвидовыми гибридами (Аладина, 2007). Высокая пластичность и неприхотливость смородины позволяют её возделывать от западных до восточных границ России. Если выращиваются оптимальные для региона сорта, смородина может дать высокие урожаи и в Заполярье.
Красная смородина - высокоурожайная и зимостойкая ягодная культура. Ее ягоды содержат значительный набор витаминов, микроэлементов, сахаров, органических кислот, а также пектины, антоцианы и дубильные вещества (Berk et al., 2020; Новикова и др. 2022; Макаркина и др., 2000; 2020, 2023). В пищевой промышленности ягоды используют для приготовления соков, морсов, желе, мармелада, вина (Осипова и др., 1995; Левгерова и др., 2010; Асманова и др. 2021; Салина и др., 2020, 2023). Большой генетический потенциал адаптивности смородины красной к различным почвенно-климатическим условиям позволяет ее возделывать практически во всех регионах России (Огольцова, Помология Том IV., 2009).
Красная смородина имеет высокий потенциал продуктивности. Однако реализация зависит от ряда причин, к которым относятся: генотип растений, их возраст и состояние, погодные условия во время цветения и формирования ягод, уровень агротехники (Шитт, 1958). Фактическая или хозяйственная урожайность часто не отражает потенциальные возможности сортов (Горбунов и др., 2013).
Большое внимание на смородину было обращено после того, как ученые выяснили, что культура богата антицинготным витамином С. Розанова Г.И. в книге «Ягодоведение и ягодоводство» (1935) приводит
сведения, что к 1934 году площадь под черной смородиной увеличилась до 12-15 тыс. га, красная смородина занимает около 5 тыс. га, ... «в дальнейшем большого увеличения не предполагается, так как основной упор делается на черную смородину».
Российский сортимент красной смородины создавался и развивался в первую очередь за счёт использования интродуцированных зарубежных сортов (Баянова, Голяева, 1999). На сегодняшний момент Всероссийский научно-исследовательский институт селекции плодовых культур (ВНИИСПК г. Орёл) располагает одной из крупнейших в мире биоресурсных коллекций красной смородины, состоящей более чем из 80 сортов как российского, так и иностранного происхождения (https://vmispk.ru/docs/bpk/2022-03/11-red-white-currant.pdf).
Данная коллекция пополняется новыми сортами, которые обязательно проходят изучение на предмет возможности возделывания в определённых почвенно-климатических условиях и наличия тех или иных хозяйственно -ценных признаков, а также степени их выраженности. Данная биоресурсная коллекция служит источником для ведения селекции красной смородины на комплекс важных хозяйственно-биологических показателей и получения новых сортов красной смородины (Голяева, 2015). Как результат многолетней целенаправленной селекции в ФГБНУ ВНИИСПК создано и передано на государственное испытание 21 сортов красной смородины, из которых 13 сортов внесены в Госреестр селекционных достижений, допущенных к использованию. Данные сорта улучшили имеющийся сортимент смородины красной по Центрально-Черноземному региону (Голяева, 2010; 2018).
Основой селекционных исследований и получения новых сортов и форм остаётся скрещивание генетически и географически разных образцов для получения нового генотипа с желаемыми качествами и свойствами. Этот процесс, в том числе и у ягодных культур, длится сравнительно долгое
время. Как правило, в селекционных программах используют такие родительские формы, которые обладают теми свойствами и качествами, которых нет у другой родительской формы, чтобы на выходе получить новый генотип, обладающий всеми желаемыми свойствами. Выявление генетического родства помогает целенаправленнее находить родительские пары к скрещиванию, формируя разнообразные на генетическом уровне и высокоадаптивные сорта. Генетическое различие исходных сортов и форм в селекции смородины - база формирования долговременно устойчивых сортов.
Для успешной селекции недостаточно ограничиваться только традиционными методами (гибридизацией и другими). Следует сочетать данные методы с новыми, связанными с исследованиями на генетическом уровне. Один из наиболее перспективных методов для селекции красной смородины и других сельскохозяйственных культур - использование ДНК-маркеров.
Эксперименты Г. Менделя по генетической наследственности в XIX веке заложили научную основу понимания генетики свойств растений и улучшения урожайности путем систематической селекции растений (Abe et al, 2012).
1.2. ДНК-маркеры как инструмент изучения генома
Как известно, геномная ДНК является основным носителем наследственной информации, а изменения в макромолекулах ДНК могут играть существенную роль в проявлении наследственной изменчивости (Алтухов, Салменкова, 2002; Чесноков, Кочерина 2019; Сулимова, 2004). Поэтому выявление изменений, происходящих в геноме на молекулярном уровне, является фундаментальной задачей для генетики и селекции (Чесноков, 2013).
В последние годы уделяется особое внимание к изменениям, происходящим в геноме, вплоть до изучения изменений, происходящих на
уровне одного единственного нуклеотида, что позволяет более точно подбирать родительские пары для скрещивания, исходя не только из морфологических признаков, но и из установленных на молекулярном уровне отличий между различными генотипами и даже аллелями (Хлесткина, 2011).
Важный и очень значимый молекулярно-биологический селекционный метод, который уже достаточно успешно применяется в практической селекции - это ДНК-маркирование (Collard et al., 2005; Reddy et al., 2021). Прогресс, достигнутый в технологии ДНК-маркеров, огромен. ДНК-маркеры предоставляют ценные инструменты для различных анализов, начиная от филогенетического анализа и заканчивая позиционным клонированием генов (Kumar, 1999).
Молекулярные маркеры - это идентифицируемые последовательности ДНК, которые находятся в определенных местах генома и передаются по стандартным законам наследования от одного поколения к следующему. Молекулярные маркеры - это инструменты, используемые для изучения разнообразия на уровне ДНК (полиморфизма) и помогающие селекционерам идентифицировать конкретные сегменты хромосом, содержащие интересующие гены (Mandal et al., 2018; Мухина, 2012).
Эпоха разработки и применения молекулярных маркеров началась ещё в 1980-х годах. Спустя десятилетия, в исследованиях генома растений началось создание ДНК-маркеров на основе полимеразной цепной реакции (ПЦР). С тех пор маркеры начали применяться в селекции растений (Nadeem et al., 2018), а достижения в различных аспектах генетики растений позволили ещё глубже понять природу молекулярных маркеров, генетическое разнообразие различных видов растений и в большой мере способствовали увеличению успехов в молекулярной селекции растений, что в свою очередь привело к появлению новых методов на основе молекулярных маркеров, которые значительно облегчают исследования во
многих областях выращивания сельскохозяйственных культур (Hailu, Asfere, 2020). ДНК-маркеры востребованы в селекции по признакам, фенотипическая оценка которых является сложной процедурой, а также в селекционных программах, направленных на объединение ряда генов в одном генотипе (Супрун и др., 2019).
В настоящее время существует несколько десятков различных типов молекулярных маркеров. С генетической точки зрения молекулярно-генетические маркеры, удовлетворяющие критериям определения «хорошего» молекулярно-генетического маркера, можно разделить на индивидуально определяемые, как правило, кодоминантные, и на те, которые являются множественными, как правило, доминантные маркеры. Эти различия упрощены и весьма условны: так, при желании можно выявить локусспецифичный и доминантный маркер. Тем не менее, данная классификация соответствует двум основным характерным типам использования маркеров (Календарь, Глазко, 2002; Чесноков, 2020; Ford, 1945; Serrote et al., 2020 и др.).
За последние десятилетия накоплен большой теоретический и практический опыт использования ДНК-маркеров для изучения генетического разнообразия, построения молекулярно-генетических карт, картирования генов и локусов количественных признаков и применения технологий молекулярного маркирования для создания коммерческих сортов и селекционных линий (Азарин и др., 2012; Хлесткина, 2015; Хлесткина и Салина, 2006; Пикунова и др., 2019; Brennan et.al., 2002, 2008; Phillips, Vasil 2013 и др.).
Условно можно выделить основные направления использования молекулярных маркеров при работе с генетическим материалом растений: 1. изучение структурной и функциональной организации генома;
2. поиск нового генетического разнообразия внутри популяций, отдельных видов и их структурных комбинаций (Чесноков, 2018), анализ межвидовых связей и анализ родства видов и генотипов;
3. построение насыщенных генетических карт с последующей локализацией хозяйственно-полезных признаков (Чесноков, 2018);
4. создание коллекций на основе использования молекулярных маркеров: идентификация и регистрация образцов коллекции (Phillips, Vasil, 2013);
5. охрана авторских прав: решение спорных вопросов авторства сортов и образцов сельскохозяйственных растений и др.
ДНК-маркеры могут быть полезны для определения индивидуальных генотипических различий внутри одного или между разными видами. Полиморфизмы молекулярных маркеров обусловлены различными типами мутаций ДНК, которые создают различия в нуклеотидных последовательностях между организмами. Как правило, маркерные полиморфизмы в организмах - это последствия точечных мутаций, (возникающих в результате однонуклеотидных замен), перестроек в виде вставок (могут быть вызваны ретротранспозонами) или делеций, дупликаций участков ДНК, транслокаций и инверсий, а также ошибок при репликации тандемно повторяющихся ДНК (Selvakumari et al., 2017).
Похожие диссертационные работы по специальности «Другие cпециальности», 00.00.00 шифр ВАК
Создание системы генетических маркеров твердой пшеницы (T. durum Desf.) и ее применение в научных исследованиях и практических разработках2007 год, доктор биологических наук Кудрявцев, Александр Михайлович
Фенотипическая, фотосинтетическая и молекулярно-генетическая оценка перспективных форм смородины черной2017 год, кандидат наук Келдибекова, Маргарита Александровна
Ампело-генетический анализ сортов и клонов Vitisviniferal.2016 год, кандидат наук Милованов Александр Валериевич
Идентификация сортов сои с использованием молекулярно-генетических методов2008 год, кандидат биологических наук Рамазанова, Светлана Алексеевна
Генетический контроль устойчивости к грибным болезням у мягкой пшеницы с интрогрессиями от Triticum timopheevii Zhuk2015 год, кандидат наук Леонова, Ирина Николаевна
Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Должикова Мария Александровна, 2025 год
- 35 с.
18.Голяева О.Д. Состояние сортимента смородины красной и перспективы его улучшения / О.Д. Голяева // Достижения науки и техники АПК. -2010. - №. 4. - С. 13-15.
19.Горбунов А.Б. Интродукция нетрадиционных плодовых, ягодных и овощных растений в Западной Сибири / Горбунов А.Б., Симагин В.С., Фотев Ю.В., Боярских И.Г., Снакина Т.И., Локтева А.В., Белоусова, В.П. // Интродукция нетрадиционных плодовых, ягодных и овощных растений в Западной Сибири. - 2013. - С. 128-137. - EDN VJOIRZ
20.Гостимский С.А. Использование молекулярных маркеров для анализа генома растений / С.А. Гостимский, З.Г. Кокаева, В.К. Боброва // Генетика. - 1999. - Т. 35. - №. 11. - С. 1538-1549.
21.Гусева Н.П. Современные методы секвенирования ДНК (обзор) / Н.П., Н.А. Шарапова, А.В. Черкасов // Проблемы особо опасных инфекций. -2014. - №. 2. - С. 73-79.
22.Должикова М.А. Генетическая паспортизация сортов смородины красной (Ribes rubrum) селекции ВНИИСПК / М.А. Должикова, А.А. Павленко // Селекция и сорторазведение садовых культур. - 2021. - Т. 8, № 1-2. - С. 26-30. - EDN CSADHW. https://doi.org/10.24411/2500-0454-2021-10108
23. Должикова М.А. Изучение полиморфизма микросателлитных локусов сортов смородины красной Ribes rubrum / М.А. Должикова, А.А. Павленко, А.В. Пикунова, О.Д. Голяева // Вестник российской сельскохозяйственной науки. - 2021. - № 4. - С. 20-23. - EDN: IGZZAT.- https://doi.org/10.30850/vrsn/2021/4/20-23
24.Жученко А. А. Рекомбинация в еволюции и селекции / А.А. Жученко, А.Б. Король // Наука, 1985.
25.Жученко А.А. Экологическая генетика культурных растений и проблемы агросферы (теория и практика): монография // А.А. Жученко. - Агрорус, 2004.
26.Зеленцов С.В. Полиплоидная рекомбинация генома как фактор формообразования у высших растений / С.В. Зеленцов // Исследовано в России. - 2002. - Т. 5. - С. 35-35.
27.Календарь Р.Н. Типы молекулярно-генетических маркеров и их применение / Р.Н. Календарь, В.И. Глазко // Физиология и биохимия культурных растений. - 2002. - Т. 34. - №. 4. - С. 279-296.
28.Калько Г.В. ДНК-маркеры для оценки генетических ресурсов ели и сосны / Г.В. Калько // Труды Санкт-Петербургского научно-исследовательского института лесного хозяйства. - 2015. - №. 4. - С. 19-34.
29. Картель Н.А. Молекулярные маркеры в изучении хозяйственно--ценных признаков сельскохозяйственных культур / Н.А. Картель, С.В. Малышев, О.Ю. Урбанович, А.А. Хацкевич // Молекулярная и прикладная генетика. - 2009. - Т. 9. - С. 19-27.
30.Клименков Ф.И. Финансово-экономические обоснования по основным нововведениям федерального закона «О семеноводстве» № 454-ФЗ от 30 декабря 2021 г. / Ф.И. Клименков, С.М. Градсков, Н.П. Кузьмина, Л.П. Иванова, И.Н. Клименкова // Московский экономический журнал. - 2022. - №. 10. - С. 330-344.
31.Князев С.Д. Селекция смородины черной на современном этапе / С.Д. Князев, Т.П. Огольцова - Орел: Изд-во Всероссийского научно-исследовательского института селекции плодовых культур. - 2004. - Т. 238.
32.Ковешникова Е.Ю. Формирование сортимента ягодных культур для современных технологий возделывания / Е.Ю. Ковешникова, Д.М. Брыксин, О.С. Родюкова, Н.В. Хромов, В.В. Ламонов, Т.В. Носкова, Д.А. Черенков // Достижения науки и техники АПК. - 2009. - №. 2. - С. 31-33.
33.Коломыцева А.С. Паспортизация сортов сои с использованием SSR-локусов ДНК / А.С. Коломыцева, С.А. Рамазанова // Актуальные вопросы биологии, селекции, технологии возделывания и переработки масличных и других технических культур. - 2019. - С. 85-88.
34.Коробкова Т.С. К вопросу видовой идентификации рода ШЪвя Ь. в Якутии / Т.С. Коробкова // Региональные геосистемы. - 2011. - Т. 15. -№. 9-2 (104). - С. 47-50.
35. Коробкова Т.С. Красная смородина в Якутии: (систематика, география, изменчивость, интродукция): монография / Т.С. Коробкова, С.М. Сабарайкина, В.Н. Сорокопудов. - Белгород: Изд-во БелГУ, 2008. - 175 с.
36.Королькова А.П. Стимулирование развития селекции и семеноводства сельскохозяйственных культур: отечественный и зарубежный опыт: аналитический обзор / А.П. Королькова, В.Н. Кузьмин, Т.Е.
Маринченко А.В. Горячева, ФГБНУ «Росинформагротех». - Москва», 2020. - 124 с. - ISBN 978-5-7367-1565-7. - EDN HRPGRI
37.Кочерина Н.В. Программное обеспечение для генетического картирования и анализа ассоциаций маркер/признак / Н.В. Кочерина, Ю.В. Чесноков // Овощи России. - 2016. - №. 1. - С. 3-9. https://doi.org/10.18619/2072-9146-2016-1-3-9
38.Левгерова Н.С. Технологическая характеристика сортов смородины красной и перспективы их использования в качестве сырья для переработки / Н.С. Левгерова, О.Д. Голяева, И.А. Сидорова, // Совершенствование сортимента и технологий возделывания плодовых и ягодных культур: матер. межд. науч.-практич. конф. Орел: ВНИИСПК. - 2010. - С. 119-122.
39.Макаркина М.А. Биохимическая оценка сортов и гибридов красной смородины в связи с их использованием в селекции и производстве: дис. ...канд. с-х. наук / Макаркина Маргарита Алексеевна. - Орел, 2000. 198 с.
40. Макаркина М.А. Биохимическая оценка сортов некоторых плодовых и ягодных культур селекции ВНИИСПК / М.А. Макаркина, А.Р. Павел, О.А. Ветрова // Вестник Российской сельскохозяйственной науки. -2020. - №. 4. - С. 18-21. - EDN USLVQA https://10.30850/vrsn/2020/4/18-21
41. Макаркина М.А. Изучение содержания каротиноидов в плодах ягодных культур / М.А. Макаркина, О.А. Ветрова, Н.И. Богомолова // Садоводство и виноградарство. - 2023. - №. 5. - P. 49-55. https://doi.org/10.31676/0235-2591-2023-5-49-55
42.Макаркина М.А. Селекция смородины красной Ribes rubrum L. на улучшенный химический состав ягод / М.А. Макаркина, О.Д. Голяева // Сельскохозяйственная биология. - 2013. - №. 3. - С. 18-27.
43.Матвеева Т.В. Молекулярные маркеры для видоидентификации и филогенетики растений / Т.В. Матвеева, О.А. Павлова, Д.И. Богомаз, Л.А. Демкович, А.Е. Лутова // Экологическая генетика. - 2011. - Т. 9. -№. 1. - С. 32-43.
44.Межнина О.А. Анализ вариабельности микросателлитных локусов у представителей рода смородины (Ribes L.), выращиваемых в Беларуси / О.А. Межнина, О.Ю. Урбанович // Известия Национальной академии наук Беларуси. Серия биологических наук. - 2017. - №. 3. - С. 45-54.
45.Межнина О.А. Оценка генетического разнообразия и разработка методов ДНК-идентификации сортов и представителей видов ягодных культур Fragaria L. и Ribes L.: автореф. дис. ... канд. б.н. / Межнина Ольга Анатольевна. - Беларусь, 2017. - 22 с.
46.Мухина Ж.М. Эффективность методов молекулярного маркирования в селекции, семеноводстве сельскохозяйственных культур и для изучения биоразнообразия растительных ресурсов: автореф. дис. ... докт. биол. наук: 06.01.05 / Мухина Жанна Михайловна. - Краснодар, 2012. - 47 с.
47.Новикова И.М. Оценка качества ягод красной смородины как источника БАВ / И.М. Новикова, О.М. Блинникова, Т.С. Блохина // Наука и Образование. - 2022. - Т. 5. - №. 3.
48.Огольцова Т.П. Центры происхождения, эволюции и систематики рода Ribes L. / Т.П. Огольцова // Помология. Том IV. Смородина, крыжовник: под ред. Седова Е.Н. - Орёл: ВНИИСПК, 2009. - С. 7-15.
49.Омашева М.Е. Молекулярно-генетическая паспортизация сортов яблони: научно-методические рекомендации / М.Е. Омашева, А.С. Пожарский, Б.Б. Смайлов, Н.Н. Галиакпаров. - Алматы, 2017. - 50 с.
50.Осипова З.Ф. Сорта плодовых и ягодных культур, рекомендованные для переработки на различные виды консервов / З.Ф. Осипова, Г.Г.
Хакулова, Л.А. Шапенкова // Селекция и сорторазведение садовых культур. - Орел. - 1995. - С. 274-281.
51.Павловская Н.Е. Молекулярные маркеры в решении сохранения биологического разнообразия и паспортизации сортов сельскохозяйственных культур (часть 1) / Н.Е. Павловская, И.Н. Гагарина // Вестник аграрной науки. - 2007. - Т. 7. - №. 4. - С. 30-32.
52.Пикунова А.В. Генетическая карта смородины красной (Ribes rubrum L.), построенная с применением SSR и SNP ДНК-маркеров / А.В. Пикунова, С.В. Горюнова, Д.В. Горюнов, М.А. Должикова, О.Д. Голяева // Генетика. - 2020. - Т. 56. - №. 11. - С. 1340-1344.
53.Пикунова А.В. Исследование генома с применением ДНК-маркеров у смородины / А.В. Пикунова, С.Д. Князев, О.Д. Голяева, А.Ю. Бахотская, О.В. Калинина // Генетика. - 2019. - Т. 55. - №. 9. - С. 9981010.
54. Пикунова А.В. К вопросу об идентификации генотипов: полиморфизм микросателлитных локусов смородины чёрной (Ribes nigrum) и смородины красной (Ribes rubrum): научно-методические рекомендации / А.В. Пикунова, М.А. Должикова, А.А. Толпекина. -Орел: Всероссийский научно-исследовательский институт селекции плодовых культур, 2020. - 36 с. - EDN WWTWER
55.Пикунова А.В. Полиморфизм микросателлитных локусов красной смородины (Ribes rubrum L.) генофонда ВНИИСПК, Орел / А.В. Пикунова, М.А. Должикова, О.Д. Голяева // VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы: сборник тезисов Международного Конгресса, Санкт-Петербург, 18-22 июня 2019 года. - Санкт-Петербург: ООО "Издательство ВВМ", 2019. - С. 1111. - EDN BSMROG
56.Пикунова А.В. Полиморфизм микросателлитных локусов у сортов черной смородины (Ribes nigrum L.) из коллекции ВНИИСПК / А.В. Пикунова, С.Д. Князев, А.Ю. Бахотская, А.А. Кочумова // Сельскохозяйственная биология. - 2015. - №. 1. - С. 46-54. https: //doi.org/10.15389/agrobiology.2015.1.46rus
57. Пикунова А.В. Применение RAPD-анализа для изучения генетического полиморфизма и филогенетических связей у представителей рода Ribes L. / А.В. Пикунова, Е.В. Мартиросян, С.Д. Князев, Н.Н. Рыжова // Экологическая генетика. - 2011. - Т. 9. - №. 2. - С. 34-44.
58.Потокина Е.К. Современные методы геномного анализа в исследованиях генетики количественных признаков у растений (обзор) / Е.К. Потокина, Ю.В. Чесноков // Сельскохозяйственная биология. -2005. - Т. 40. - №. 3. - С. 3-18. - EDN PGCKJR
59. Пшеничникова Т.А. Картирование локусов количественных признаков (QTL), ассоциированных с показателями качества зерна мягкой пшеницы, выращенного в различных условиях среды / Т.А. Пшеничникова, М.Ф. Ермакова, А.К. Чистякова, Л.В. Щукина, Е.В. Березовская, У. Лохвассер, А. Бёрнер // Генетика. - 2008. - Т. 44. - №. 1. - С. 90-101.
60.Родюкова О.С. Продуктивность сортов смородины красной / О.С. Родюкова // Труды Всероссийского научно-исследовательского института садоводства им. И.В. Мичурина. - 2005. - С. 438-447.
61.Розанова М.А. Ягодоведение и ягодоводство / М.А. Розанова. -Ленинградское отделение Сельхозгиза, 1935.
62.Рыбаков Д.А. Номенклатурные стандарты и генетические паспорта сортов картофеля селекции Всероссийского научно-исследовательского института картофеля им. АГ Лорха / Д.А. Рыбаков, О.Ю. Антонова, И.Г. Чухина, Н.А. Фомина, Н.С. Клименко, В.В. Желтова, Т.А. Гавриленко, //Биотехнология и селекция растений. -
2021. - Т. 3. - №. 4. - С. 5-52 https://doi.org/10.30901/2658-6266-2020-4-o1
63.Салина Е.С. Лучшие сорта плодовых и ягодных культур селекции ВНИИСПК для переработки (методические рекомендации) / Е.С. Салина, Н.С. Левгерова, М.А. Макаркина - Litres, 2023.
64.Салина Е.С. Химико-технологическая оценка сортообразцов смородины красной селекции Всероссийского научно-исследовательского института селекции плодовых культур для желе / Е.С. Салина, Н.С. Левгерова, И.А. Сидорова, О.Д. Голяева // Садоводство и виноградарство. - 2020. - №. 6. - Р. 46-55. - EDN SWIFZX https://doi.org/10.31676/0235-2591-2020-6-46-55
65.Смарагдов М.Г. Тотальная геномная селекция с помощью SNP как возможный ускоритель традиционной селекции / М.Г. Смарагдов // Генетика. - 2009. - Т. 45. - №. 6. - С. 725-728. - EDN KMLMWR
66.Сулимова Г.Е. ДНК-маркеры в генетических исследованиях: типы маркеров, их свойства и области применения / Г.Е. Сулимова // Успехи современной биологии. - 2004. - Т. 124. - №. 3. - С. 260-271. - EDN OXMHRV
67.Супрун И.И. Методы молекулярного ДНК-маркирования в оценке генетического разнообразия косточковых культур / И.И. Супрун, С.В. Токмаков, И.В. Степанов, Е.В. Лободина // Научные труды СевероКавказского федерального научного центра садоводства, виноградарства, виноделия. - 2019. - Т. 23. - С. 31-39. https://doi.org/10.30679/2587-9847-2019-23-31-39
68.Урбанович О.Ю. ДНК-технологии в растениеводстве: возможности и перспективы / О.Ю. Урбанович // Наука и инновации. - 2006. - №. 9 (43). - С. 32-36.
69.Федеральный закон «О семеноводстве» от 17.12.1997 N 149-ФЗ (последняя редакция). Статья 21. Заготовка, обработка, хранение и
использование семян [Электронный ресурс]. Доступ https:// www.consultant.ru/document/cons doc LAW 405425/ (дата обращения: 19.01.2024)
70.Хавкин Э.Е. Молекулярная селекция растений: ДНК-технологии создания новых сортов сельскохозяйственных культур / Е.Э. Хавкин // Сельскохозяйственная биология. - 2003. - Т. 38. - №. 3. - С. 26-41. -EDN PGALJX
71.Хавкин Э.Е. Молекулярные маркеры в растениеводстве / Е.Э. Хавкин // Сельскохозяйственная биология. - 1997. - Т. 5. - С. 3-21.
72.Хлесткина Е.К. SNP-маркеры: методы анализа, способы разработки и сравнительная характеристика на примере мягкой пшеницы // Е.К. Хлесткина, Е.А. Салина // Генетика. - 2006. - V. 42. - №. 6. - P. 725736.
73.Хлесткина Е.К. Молекулярные маркеры в генетических исследованиях и в селекции / Е.К. Хлесткина // Вавиловский журнал генетики и селекции. - 2015. - Т. 17. - №. 4/2. - С. 1044-1054.
74. Хлесткина Е.К. Молекулярные методы анализа структурно-функциональной организации генов и геномов высших растений / Е.К. Хлесткина // Вавиловский журнал генетики и селекции. - 2011. - Т. 15. - №. 4. - С. 757-768.
75.Чесноков Ю.В. Ассоциативное картирование у растений (обзор) / Ю.В. Чесноков, А.М. Артемьева // Сельскохозяйственная биология. - 2011. -№. 5. - С. 3-16.
76.Чесноков Ю.В. Генетические ресурсы растений и современные методы
ДНК-типирования / Ю.В. Чесноков // СПб.: ВИР. - 2007. - 80 с. 77.Чесноков Ю.В. Молекулярно-генетические маркеры и их использование в предселекционных исследованиях: монография / Ю.В. Чесноков. - Санкт-Петербург: Агрофизический научно-исследовательский институт РАСХН, 2013. - С.116
78.Чесноков Ю.В. Молекулярные маркеры в популяционной генетике и селекции культурных растений / Ю.В. Чесноков, Н.В. Кочерина, В.М. Косолапов, 2019. EDN JBRUAU https : //doi. org/10.33814/mono graphy_1614
79.Чесноков Ю.В. Нативный полиморфизм двойных спиралей ДНК / Ю.В. Чесноков // Овощи России. - 2020. - № 6. - P. 51-57. - EDN YUQVSN https://doi.org/10.18619/2072-9146-2020-6-51 -57
80.Чесноков Ю.В. Некоторые аспекты построения генетических карт / Ю.В. Чесноков // Овощи России. - 2018. - №. 2. - С. 15-20.
81.Шитт П.Г. Учение о росте и развитии плодовых и ягодных растений / П.Г. Шитт. - Москва: Сельхозгиз. - 1958. - С. 186-1.
82.Abe A., Genome sequencing reveals agronomically important loci in rice using MutMap / A. Abe, S. Kosugi, K. Yoshida, S. Natsume, H. Takagi, H. Kanzaki, R. Terauchi // Nature biotechnology. - 2012. - V. 30. - №. 2. - P. 174-178. https://doi.org/10.1038/nbt.2095
83.Abecasis G.R. Linkage disequilibrium: ancient history drives the new genetics / G.R. Abecasis, D. Ghosh, T.E. Nichols // Human heredity. - 2005. - V. 59. - №. 2. - P. 118-124. https://doi.org/10.1159/000085226
84.Abreu I.N. Quantitative trait loci mapping of polyphenol metabolites in blackcurrant (Ribes nigrum L.) / I.N. Abreu, R.M. Brennan, E.N. Kanichukattu, D. Stewart, R.D. Hancock, G.J. McDougall, C.A. Hackett // Metabolomics. - 2020. - V. 16. - P. 1-23. https://doi.org/10.1007/s11306-020-1647-6
85.Akkaya M.S. Length polymorphisms of simple sequence repeat DNA in soybean / M.S. Akkaya, A.A. Bhagwat, P.B. Cregan // Genetics. - 1992. -V. 132. - №. 4. - P. 1131-1139. https://doi.org/10.1093/genetics/132.4.1131
86.Ali F. Mobile genomic element diversity in world collection of safflower (Carthamus tinctorius L.) panel using iPBS-retrotransposon markers / F. Ali, A. Yilmaz, M.A. Nadeem, E. Habyarimana, I. Subaçi, M.A. Nawaz, F.S.
Baloch // PloS one. - 2019. - V. 14. - №. 2. - e0211985 p. https://doi.org/10.1371/iournal.pone.0211985
87.Almasy L. Challenges for genetic analysis in the 21st century: localizing and characterizing genes for common complex diseases and their quantitative risk factors / L. Almasy, J. Blangero // GeneScreen. - 2000. - V. 1. - №. 2. - P. 113-116. https://doi.org/10.1046/i.1466-9218.2000.00033.x
88.Antonius K. Development of the Northern European Ribes core collection based on a microsatellite (SSR) marker diversity analysis / K. Antonius, S. Karhu, H. Kaldmae, G. Lacis, R. Rugenius, D. Baniulis, K. Jarve// Plant Genetic Resources. - 2012. - V. 10. - №. 1. - P. 70-73. https://doi.org/10.1017/S1479262111000980
89.Arcade A. BioMercator: integrating genetic maps and QTL towards discovery of candidate genes / A. Arcade, A. Labourdette, M. Falque, B. Mangin, F. Chardon, A. Charcosset, J. Joets // Bioinformatics. - 2004. - V. 20. - №. 14. - P. 2324-2326. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth230
90.Babu K.N. Random amplified polymorphic DNA (RAPD) and derived techniques / K.N. Babu, T.E. Sheeja, D. Minoo, M.K. Rajesh, K. Samsudeen, E.J. Suraby, I.P.V. Kumar // Molecular Plant Taxonomy: Methods and Protocols. - 2021. - C. 219-247. https://doi.org/10.1007/978-1-0716-0997-2 13
91.Baenziger P.S. Improving lives: 50 years of crop breeding, genetics, and cytology (C-1) / P.S. Baenziger, W.K. Russell, G.L. Graef, B.T. Campbell // Crop science. - 2006. - V. 46. - №. 5. - P. 2230-2244. https: //doi.org/10.213 5/cropsci2005.11.0404gas
92.Baird N.A. Rapid SNP discovery and genetic mapping using sequenced RAD markers / N.A. Baird, P.D. Etter, T.S. Atwood, M.C. Currey, A.L. Shiver, Z.A. Lewis, E.A. Johnson. Rapid SNP discovery and genetic mapping using sequenced RAD markers // PloS one. - 2008. - V. 3. - №. 10. - e3376 p. https://doi.org/10.1371/iournal.pone.0003376
93.Barker G.L.A. A genome-wide analysis of single nucleotide polymorphism diversity in the world's major cereal crops / G.L.A. Barker, K.J. Edwards // Plant Biotechnology Journal. - 2009. - V. 7. - №. 4. - P. 318-325. https://doi.org/10.1111/j.1467-7652.2009.00412.x
94.Begna T. Genetic mapping in crop plants / T. Begna, H. Yesuf, M. Abdurezake, G. Eshetu // Open Journal of Plant Science. - 2021. - V. 6. -№. 1. - P. 019-026. https://dx.doi.org/10.17352/ojps.000028
95.Berger A.A taxonomic review of currants and gooseberries / A.A. Berger // Bulletin of the New York State Agricultural Experimental Station. - 1924. -№. 109.
96.Berk S. Role of maturity stages on phenolic compounds and organic acids contents in red currant fruits / S. Berk, M. Gundogdu, S. Tuna, A. Tas // International Journal of Fruit Science. - 2020. - V. 20. - №. sup2. - P. S1054-S1071. https://doi.org/10.1080/15538362.2020.1774476
97.Blouin M.S. Use of microsatellite loci to classify individuals by relatedness / M.S. Blouin, M. Parsons, V. Lacaille, S. Lotz // Molecular ecology. - 1996. - V. 5. - №. 3. - P. 393-401. https://doi.org/10.1046/U365-294X.1996.00094.x
98.Bradbury P.J. TASSEL: Software for association mapping of complex traits in diverse samples / P.J. Bradbury, Z. Zhang, D.E. Kroon, T.M. Casstevens, Y. Ramdoss, E.S. Buckler // Bioinform. Oxf. Engl. - 2007. - № 23. - P. 2633-2635. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm308
99.Brennan R. Development and characterization of SSR markers in Ribes species / R. Brennan, L. Jorgensen, M. Woodhead, J. Russell // Molecular Ecology Notes. - 2002. - V.2. - №3. - P.327-330. https://doi.org/10.1046/j.1471-8286.2002.00233.x
100. Brennan R. Improving fruit quality in Rubus and Ribes through breeding R. Brennan, J. Graham // Functional Plant Science and Biotechnology. - 2009. - V. 3. - №. 1. - P. 22-29.
101. Brennan R. The development of a genetic linkage map of blackcurrant (Ribes nigrum L.) and the identification of regions associated with key fruit quality and agronomic traits / R. Brennan, L. Jorgensen, C. Hackett, M. Woodhead, S. Gordon, J. Russell // Euphytica. - 2008. - V. 161. - P. 19-34. https://doi.org/10.1007/s 10681 -007-9412-8/
102. Brickell C.D. International code of nomenclature for cultivated plants (ICNCP or cultivated plant code) / C.D. Brickell, C. Alexander, J.J. Cubey, J.C. David, M.H.A. Hoffman, A.C. Leslie, X. Jin // Scripta horticulturae 18. - 2016.
103. Broman K.W. R/qtl: QTL mapping in experimental crosses / K.W. Broman, H. Wu, S. Sen, G.A. Churchill // Bioinformatics. - 2003. - V. 19. -№. 7. - P. 889-890. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg112
104. Brookes A.J. The essence of SNPs / A.J. Brookes // Gene. - 1999. -V. 234. - №. 2. - P. 177-186. https://doi.org/10.1016/S0378-1119(99)00219-X/
105. Cao X. A novel random amplified polymorphic DNA-based strategy for genetic diversity analysis and identification of tomatoes / X. Cao, Z. Wu, R. Zhou, F.L. Jiang, Z.E. Yang // Genet. Mol. Res. - 2015. - V. 14. - P. 1650-1661. http://dx.doi.org/10.4238/2015
106. Cavanna M. Microsatellite-based evaluation of Ribes spp. germplasm // Genome. - 2009. - V. 52. - №. 10. - P. 839-848. https://doi.org/10.1139/G09-057
107. Chapman N.H. Linkage disequilibrium mapping the role of population history, size, and structure / N.H. Chapman, E.A. Thompson // Advances in genetics. - 2001. - P. 413-437. https://doi.org/10.1016/S0065-2660(01)42034-7
108. Chiche J. Genome size, heterochromatin organisation, and ribosomal gene mapping in four species of Ribes / J. Chiche, S.C. Brown, J.C. Leclerc,
S. Siljak-Yakovlev // Canadian journal of botany. - 2003. - V. 81. - №. 11. - P. 1049-1057. https://doi.org/10.1139/b03-088
109. Cipriani G. The SSR-based molecular profile of 1005 grapevine (Vitis vinifera L.) accessions uncovers new synonymy and parentages, and reveals a large admixture amongst varieties of different geographic origin / G. Cipriani, A. Spadotto, I. Jurman, G.Di Gaspero, M. Crespan, S. Meneghetti, R. Testolin // Theoretical and Applied Genetics. - 2010. - V. 121. - P. 15691585.
110. Collard B.C.Y. An introduction to markers, Quantitative Trait Loci (QTL) mapping and marker-assisted selection for crop improvement: The basic concepts / B.C.Y. Collard, M.Z.Z. Jahufer, J.B. Brouwer, E.C.K. Pang // Euphytica. - 2005. - V. 142. - P. 169-196. https://doi.org/10.1007/s10681-005-1681-5
111. de Mattia F. Chloroplast and nuclear DNA markers to characterize cultivated and spontaneous Ribes / F. de Mattia, F. Grassi, S. Imazio, M. Labra // Plant biosystems. - 2008. - V. 142. - №. 2. - P. 204-212. https://doi.org/10.1080A 1263500802150290
112. Devos K. M. Application of two microsatellite sequences in wheat storage proteins as molecular markers / K.M. Devos, G.J. Bryan, A.J. Collins, P. Stephenson, M.D. Gale // Theoretical and Applied Genetics. -1995. - V.90. - P. 247-252. https://doi.org/10.1007/BF00222209
113. Devoto M. Genetic mapping of quantitative trait loci for disease-related phenotypes / M. Devoto, M. Falchi // Quantitative Trait Loci (QTL) Methods and Protocols. - 2012. - P. 281-311. https://doi.org/10.1007/978-1-61779-785-9 15
114. Doyle J.J. Isolation of plant DNA from fresh tissue / J.J. Doyle, J.L. Doyle // Focus. - 1990. - V. 12. - P. 13-15.
115. Duran C. Genetic maps and the use of synteny / C. Duran, D. Edwards, J. Batley // Plant genomics: methods and protocols. - 2009. - P. 41-55. https://doi.org/10.1007/978-1-59745-427-8 3
116. Dhingani R.M. Introduction to QTL mapping in plants / R.M. Dhingani, V.V. Umrania, R.S. Tomar, M.V. Parakhia, B. Golakiya //Ann Plant Sci. - 2015. - V. 4. - №. 04. - P. 1072-1079.
117. Eathington S.R. Usefulness of Marker-QTAL ssociations in Early Generation Selection / S.R. Eathington, J.W. Dudley, G.K. Rufener // Crop Science. - 1997. - V 37. - №. 6. - P. 1686-1693. https://doi.org/10.2135/cropsci1997.0011183X003700060002x
118. Elshire R.J. A robust, simple genotyping-by-sequencing (GBS) approach for high diversity species / R.J. Elshire, J.C. Glaubitz, Q. Sun, J.A. Poland, K. Kawamoto, E.S. Buckler, S.E. Mitchell // PloS one. - 2011. - V. 6. - №. 5. - P. e19379.
119. Flint-Garcia S.A. Structure of linkage disequilibrium in plants / S.A. Flint-Garcia, J.M. Thornsberry, IV E.S. Buckler // Annual review of plant biology. - 2003. - V. 54. - №. 1. - P. 357-374.
120. Ford E.B. Polymorphism / E.B. Ford // Biological Reviews. - 1945. -V. 20. - №. 2. - C. 73-88.
121. Fusari C.M. Identification of single nucleotide polymorphisms and analysis of linkage disequilibrium in sunflower elite inbred lines using the candidate gene approach / C.M. Fusari, V.V. Lia, H.E. Hopp, R.A. Heinz, N.B. Paniego // BMC plant biology. - 2008. - V. 8. - P. 1-14. https://doi.org/10.1186/1471-2229-8-7
122. Ganal M.W. SNP identification in crop plants / M.W. Ganal, T. Altmann, M.S. Rôder // Current opinion in plant biology. - 2009. - V. 12. -№. 2. - P. 211-217. https://doi.org/10.1016/j.pbi.2008.12.009
123. Gavrilenko T.A. Nomenclatural standards of modern Russian potato cultivars preserved at the VIR herbarium (WIR): A new approach to cultivar
genepool registration in a genebank / T.A. Gavrilenko, I.G. Chukhina // Plant Biotechnology and Breeding. - 2020 - V. 3. -3. - P. 6-17.
124. Girichev V. SSR fingerprinting of a German Rubus collection and pedigree based evaluation on trueness-to-type / V. Girichev, M.V. Hanke, A. Peil, H. Flachowsky // Genetic resources and crop evolution. - 2017. - V. 64. - C. 189-203. https://doi.org/10.1007/s10722-015-0345-0
125. Gobert V. Phylogenetic relationships and genetic exchanges between cultivated and wild mints (Mentha; Lamiaceae) revealed by nucleotide sequences of ncDNA (ITS I, ITS II), cpDNA and genomic fingerprinting (AFLP, ISSR) / V. Gobert, S. Moja, P. Taberlet, M. Wink // Plant Biology. -2006. - P. 470-485.
126. Gupta P.K. Molecular markers and their applications in wheat breeding / P.K. Gupta, R.K. Varshney, P.C. Sharma, B. Ramesh // Plant breeding. - 1999. - V. 118. - №. 5. - P. 369-390 https://doi.org/10.1046/n439-0523.1999.0040Lx
127. Gupta P.K. Association mapping in plants in the post-GWAS genomics era / P.K. Gupta, P.L. Kulwal, V. Jaiswal //Advances in genetics. - 2019. - V. 104. - P. 75-154.
128. Gyapay G. The 1993-94 Genethon human genetic linkage map / G. Gyapay, J. Morissette, A. Vignal, C. Dib, C. Fizames, P. Millasseau, J. Weissenbach // Plant breeding. - 1999. - V. 118. - №. 5. - P. 369-390 https://doi.org/10.1046/U439-0523.1999.0040Lx
129. Hackett C.A. Multi-environment QTL mapping in blackcurrant (Ribes nigrum L.) using mixed models / C.A. Hackett, J. Russell, L. Jorgensen, S.L. Gordon, R.M. Brennan // Theoretical and Applied Genetics. - 2010. - V. 121. - P. 1483-1488.
130. Hailu G. The Role of Molecular Markers in Crop Improvement and Plant Breeding Programs: A / G. Hailu, Y. Asfere // Agric. J. - 2020. - V. 15. - P. 171-175.
131. Haley C.S., A simple regression method for mapping quantitative trait loci in line crosses using flanking markers / C.S. Haley, S.A. Knott // Heredity. - 1992. - V. 69. - №. 4. - P. 315-324 https://doi.org/10.1038/hdy.1992.131
132. Hayes B.J. Prediction of total genetic value using genome-wide dense marker maps / B.J. Hayes, M.E. Goddard // Genetics. - 2001. - V 157. - №. 4. - P. 1819-1829. https://doi.org/10.1093/genetics/157A1819
133. He J. Genotyping-by-sequencing (GBS), an ultimate marker-assisted selection (MAS) tool to accelerate plant breeding / J. He, X. Zhao, A. Laroche, Z.X. Lu, H. Liu, Z. Li // Frontiers in plant science. - 2014. - V. 5. - P. 484.
134. Hummer K.E. Crop Report / K.E. Hummer, D. Barney -Currants.Hort-Technol, 2002. - V. 12. - №. 3. - P. 377-388.
135. Ipek A. Genetic diversity among some currants (Ribes spp.) cultivars as assessed by AFLP markers / A. Ipek, E. Barut, H. Gulen, M. Ipek // Pak. J. Bot. - 2010. - V. 42. - №. 2. - P. 1009-1012.
136. Jaganathan D. Fine mapping and gene cloning in the post-NGS era: advances and prospects / D. Jaganathan, A. Bohra, M. Thudi, R.K. Varshney // Theoretical and Applied Genetics. - 2020. - V. 133. - №. 5. - P. 17911810. https://doi.org/10.1007/s00122-020-03560-w
137. Janczewski E.D. Monograph of the currants Ribes L. / E.D. Janczewski. - Mem. Soc. Phys. Hist. Nat. Geneve, 1907. - V. 35. - P. 199517.
138. Jansen R.C. High resolution of quantitative traits into multiple loci via interval mapping / R.C. Jansen, P. Stam // Genetics. - 1994. - V. 136. - №. 4. - p. 1447-1455. https://doi.org/10.1093/genetics/136.4.1447
139. Jenkins G.I. Environmental regulation of flavonoid biosynthesis / G.I. Jenkins // Health benefits of organic food: effects of the environment.
Wallingford UK: CABI. - 2008. - P. 240-262. http://dx.doi.org/10.1079/9781845934590.0240
140. Kalia R.K. Microsatellite markers: an overview of the recent progress in plants / R.K. Kalia, M.K. Rai, S. Kalia, R. Singh, A.K. Dhawan // Euphytica. - 2011. - V. 177. - №. 3. - P. 309-334. https://doi.org/10.1007/s 10681-010-0286-9
141. Keep E. Interspecific hybridization in Ribes / E. Keep. - Genetica, 1963. - V. 33. - №. 1. - P. 1-23. https://doi.org/10.1007/BF01725743
142. Kumar L.S. DNA markers in plant improvement: an overview / L.S. Kumar // Biotechnology advances. - 1999. - V. 17. - №. 2-3. - P. 143-182.
143. Landjeva S. Molecular markers: actual and potential contributions to wheat genome characterization and breeding / S. Landjeva, V. Korzun, A. Börner // Euphytica - 2007. - V. 156. - P. 271-296. https://doi.org/10.1007/s 10681 -007-9371 -0
144. Lander E.S. Botstein D. Mapping mendelian factors underlying quantitative traits using RFLP linkage maps / E.S. Lander, D. Botstein // Genetics. - 1989. - T. 121. - №. 1. - C. 185-199.
145. Lanham P.G. Genetic diversity within a secondary gene pool for Ribes nigrum L. revealed by RAPD and ISSR markers / P.G. Lanham, A. Korycinska, M. Brennan // The Journal of Horticultural Science and Biotechnology. - 2000. - V. 75. - №. 4. - P. 371-375. https://doi.org/10.1080/14620316.2000.11511253
146. Larsen B. Population structure, relatedness and ploidy levels in an apple gene bank revealed through genotyping-by-sequencing / B. Larsen, K .Gardner, C. Pedersen, M. 0rgaard, Z. Migicovsky, S. Myles, T.B. Toldam-Andersen // PLoS One. - 2018. - V. 13. - №. 8. - P. e0201889. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0201889
147. Li X.-Q. A simplified procedure for verifying and identifying potato cultivars using multiplex PCR / X.-Q. Li, M. Haroon, S. E. Coleman, A.
Sullivan, M. Singh, L. Ward, S.H. De Boer, T. Zhang, D.J. Donnelly // Canadian Journal of Plant Science. - 2008. - Vol. 88, N 4. - P. 583-592.
148. Li F. Genome-wide association study dissects the genetic architecture of seed weight and seed quality in rapeseed (Brassica napus L.) / F. Li, B. Chen, K. Xu, J. Wu, W. Song, I. Bancroft, A. L. Harper, M. Trick, S. Liu, G. Gao, N. Wang, G. Yan, J. Qiao, J. Li, H. Li, X. Xiao, T. Zhang, X. Wu // DNA research. - 2014. - V. 21. - №. 4. - P. 355-367.
149. Lingdi L. In: Flora of China / L. Lingdi, Alexander C // Saxifragacea. Beijing: Science Press, 2001. - 428-452.
150. Mammadov J. SNP markers and their impact on plant breeding / J. Mammadov, R. Aggarwal, R. Buyyarapu, S. Kumpatla // International journal of plant genomics. - 2012. - V. 2012. https://doi.org/10.1155/2012/728398
151. Mandal L. Potential applications of molecular markers in plant / L. Mandal, S.K. Verma, S. Sasmal, J. Katara // Curr. Trends Biomed. Eng. Biosci. - 2018. - V. 12. - P. 85-87.
152. Manivannan A. Genotyping by sequencing-based discovery of SNP markers and construction of linkage map from F 5 population of pepper with contrasting powdery mildew resistance trait / A. Manivannan, S. Choi, T.H. Jun, E.Y. Yang, J.H. Kim, E.S. Lee, Y.K. Ahn // BioMed Research International. - 2021. - V. 2021.https://doi.org/10.1155/2021/6673010
153. Mason A.S. SSR genotyping / A.S. Mason // Plant genotyping: methods and protocols. - 2015. - P. 77-89.
154. Mather K. Crossing-over / K. Mather // Biological Reviews - 1938. V.13. - №. 3. - P. 252-292. https://doi.org/10.1111/j.1469-185X.1938.tb00516.x
155. Mazeikiene I. Genetic background of resistance to gall mite in Ribes species / I. Mazeikiene, V. Bendokas, D. Baniulis, G. Staniene, D. Juskyte,
A. Sasnauskas, T. Siksnianas // Agricultural and Food Science. - 2017. - V. 26. - №. 2. - P. 111-117. https://doi.org/10.23986/afsci.59410
156. Mazeikiene I. Molecular markers linked to resistance to the gall mite in blackcurrant / I. Mazeikiene, V. Bendokas, V. Stanys, T. Siksnianas // Plant breeding. - 2012. - V. 131. - №. 6. - P. 762-766.
https://doi.org/10.1111/i.1439-0523.2012.01995.x
157. Mei Z. Efficiency of improved RAPD and ISSR markers in assessing genetic diversity and relationships in Angelica sinensis (Oliv.) Diels varieties of China / Z. Mei, C. Zhang, M.A. Khan, Y. Zhu, M. Tania, P. Luo, J. Fu // Electronic Journal of Biotechnology. - 2015. - V. 18. - №. 2. - P. 96-102. https://doi.org/10.1016/i.eibt.2014.12.006
158. Mohammadi M. Changes in peroxidase and polyphenol oxidase activities in susceptible and resistant wheat heads inoculated with Fusariumgraminearum and induced resistance / M. Mohammadi, H. Kazemi // Plant Science. - 2002. - V. 162. - №. 4. - P. 491-498. https://doi.org/10.1016/S0168-9452(01)00538-6
159. Moreno S. The use of RAPD markers for identification of cultivated grapevine (Vitis vinifera L.) / S. Moreno, Y. Gogorcena, J.M. Ortiz // Scientia Horticulturae. - 1995. - V. 62. - №. 4. - P. 237-243. https://doi.org/10.1016/0304-4238(95)00784-Q/
160. Nadeem M.A. DNA molecular markers in plant breeding: current status and recent advancements in genomic selection and genome editing / M.A. Nadeem, M.A. Nawaz, M.Q. Shahid, Y. Dogan, G. Comertpay, M. Yildiz, F.S. Baloch // /Biotechnology & Biotechnological Equipment. -2018. - V. 32. - №. 2. - P. 261. https://doi.org/10.1080/13102818.2017.1400401
161. Newell M.A. Population structure and linkage disequilibrium in oat (Avena sativa L.): implications for genome-wide association studies / M.A. Newell, D. Cook, N.A. Tinker, J.L. Jannink // Theoretical and Applied
Genetics. - 2011. - V. 122. - P. 623-632. https://doi.org/10.1007/s00122-010-1474-7
162. Nordborg M. Next-generation genetics in plants / M. Nordborg, D. Weigel // Nature. - 2008. - V. 456. - №. 7223. - P. 720-723.
163. Ott J. Analysis of human genetic linkage / J. Ott - JHU Press, 1999.
164. O'Brien S.J. Genetic maps: locus maps of complex genomes / S.J. O'Brien // Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press. -1990. P. 4.92-4.92.
165. Padmakar B. Molecular exploration of guava (Psidium guajava L.) genome using SSR and RAPD markers: a step towards establishing linkage map / B. Padmakar, D. Sailaja, C. Aswath // Journal of Horticultural Sciences. - 2015. - V. 10. №. 2. P. 130-135. https://doi.org/10.24154/jhs.v10i2.118
166. Palombi M. Comparison between RAPD and SSR molecular markers in detecting genetic variation in kiwifruit (Actinidia deliciosa A. Chev) / M. Palombi, C. Damiano // Plant Cell Reports. - 2002. - T. 20. - C. 10611066. https://doi.org/10.1007/s00299-001-0430-z
167. Palmieri L. Establishment of molecular markers for germplasm management in a worldwide provenance Ribes spp. Collection / L. Palmieri, M.S. Grando, M. Sordo, M. Grisenti, S. Martens, L. Giongo // Plant Omics. - 2013. - V. 6. - №. 3. - P. 165-174.
168. Paterson A.H. Genome Mapping in Plants / A.H. Paterson, 1996.
169. Paterson A.H., Convergent domestication of cereal crops by independent mutations at corresponding genetic loci / A.H. Paterson, Y.R. Lin, Z. Li, K.F. Schertz, J.F. Doebley, S.R. Pinson, J.E. Irvine // Science. -1995. - V. 269. - №. 5231. - P. 1714-1718. https://doi.org/10.1126/science.269.5231.1714
170. Pavlenko A. Use of SSR markers to study genetic polymorphism in members of the Ribes L. genus from the VNIISPK collection / A. Pavlenko,
M. Dolzhikova, A. Pikunova, A. Bakhotskaya // E3S Web of Conferences. -2021. - EDN HOMGIO. https://doi.org/10.1051/e3sconf/202125402009
171. Phillips R. L. DNA-based markers in plants / R.L. Phillips, I.K. Vasil // Springer Science & Business Media, 2013. - V. 6.
172. Poland J.A. Development of high-density genetic maps for barley and wheat using a novel two-enzyme genotyping-by-sequencing approach / J.A. Poland, P.J. Brown, M.E. Sorrells, J.L. Jannink // PloS one. - 2012. - V. 7. -№. 2. - P. e32253. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0032253
173. Pikunova A. Plastome Data of Red Currant and Gooseberry Reveal Potential Taxonomical Issues within the Ribes Genus (Grossulariaceae) / A. Pikunova, S. Goryunova, O. Golyaeva, M. Dolzhikova, A. Pavlenko, O. Kurashev, D. Goryunov, //Horticulturae. - 2023. - T. 9. - №. 9. - C. 972. https://doi.org/10.3390/horticulturae9090972
174. Pikunova A. Genetic Diversity and Pedigree Analysis of Red Currant Germplasm / A. Pikunova, S. Goryunova, D. Goryunov, O. Golyaeva, M. Dolzhikova, A. Pavlenko // Plants. - 2022. - V. 11. - №. 13. - P. 1623.
175. Pitsioudis A. The effect of long day treatment on fruit quality and production period of red currants (Ribes rubrum L.) / A. Pitsioudis, G. Latet, P. Meesters // VIII International Rubus and Ribes Symposium 585. - 2001. -P. 645-648. https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2002.585.106
176. Plaschke J. Detection of genetic diversity in closely related bread wheat using microsatellite markers / J. Plaschke, M.W. Ganal, M.S. Roder // Theoretical and Applied Genetics. - 1995. - V. 91. - P. 1001-1007. https://doi.org/10.1007/BF00223912
177. Premkrishnan B.V. In silico RAPD priming sites in expressed sequences and iSCAR markers for oil palm / B.V. Premkrishnan, V.I. Arunachalam // Comparative and Functional Genomics. - 2012. - V. 2012. https://doi.org/10.1155/2012/913709
178. Rafalski A. Applications of single nucleotide polymorphisms in crop genetics / A. Rafalski // Curr Opin Plant Biol. - 2002. - № 5. - P. 94-100. https://doi.org/10.1016/S 1369-5266(02)00240-6
179. Rajesh M.K. Application of RAPD markers in hybrid verification in coconut / M.K. Rajesh, B.A. Jerard, P. Preethi // Crop Breeding and Applied Biotechnology. - 2014. - V. 14. - P. 36-41. https://doi.org/10.1590/S1984-70332014000100006
180. Reddy B.V. Role of molecular based markers methods and their applications in crop improvement / B.V. Reddy, C.C.M. Reddy, A.C. Sekhar, P.C.O. Reddy, P. Rajasekhar, K. Srinivasulu // Plant Cell Biotechnology and Molecular Biology. - 2021. - P. 38-54.
181. Rehder A. Manual of cultivated trees and shrubs / A. Rehder, 1949.
182. Reim S. Verifying the parents of the Pillnitzer apple cultivars / S. Reim, H. Flachowsky, M.V. Hanke, A. Peil // XII Eucarpia Symposium on Fruit Breeding and Genetics 814. - 2007. - P. 319-324. https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2009.814.50
183. Russell J. The use of genotyping by sequencing in blackcurrant (Ribes nigrum): developing high-resolution linkage maps in species without reference genome sequences / J. Russell, C. Hackett, P. Hedley, H. Liu, L. Milne, M. Bayer, R. Brennan // Molecular breeding. - 2014. - V. 33. - P. 835-849.https://doi.org/10.1007/s11032-013-9996-8
184. Russell J.R. Identification, utilisation and mapping of novel transcriptome-based markers from blackcurrant (Ribes nigrum) / J.R. Russell, M. Bayer, C. Booth, L. Cardle, C.A. Hackett, P.E. Hedley, R.M. Brennan // BMC Plant Biology. - 2011. - V. 11. - №. 1. - P. 1-11. https://doi.org/10.1186/1471-2229-11-147
185. Schnable P.S. Genetic recombination in plants / P.S. Schnable, A.P. Hsia, B.J. Nikolau // Current opinion in plant biology. - 1998. - V. 1. - №. 2. - P. 123-129. https://doi.org/10.1016/S1369-5266(98)80013-7
186. Seaton G. QTL Express: mapping quantitative trait loci in simple and complex pedigrees / G. Seaton, C.S. Haley, S.A. Knott, M. Kearsey, P.M. Visscher // Bioinformatics. - 2002. - V. 18. - №. 2. - P. 339-340. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.2.339
187. Selvakumari E. Application of DNA fingerprinting for plant identification / E. Selvakumari, J. Jenifer, S. Priyadharshini, R. Vinodhini // JAIR. - 2017. - T. 5. - №. 10. - C. 149-151.
188. Semagn K. Principles, requirements and prospects of genetic mapping in plants / K. Semagn, A. Bjornstad, M.N. Ndjiondjop // African Journal of Biotechnology. - 2006. - V. 5. - №. 25.
189. Serrote C.M.L. Determining the Polymorphism Information Content of a molecular marker / C.M.L. Serrote, L.R.S. Reiniger, K.B. Silva, dos Santos Rabaiolli, C.M. Stefanel // Gene. - 2020. - V. 726. - C. 144175. https://doi.org/10.1016/j.gene.2019.144175
190. Serwat M. RAPD and ISSR Polymorphism in the Medicinal Plants: Ocimum sanctum, O. basilicum and O. gratissimum / M. Serwat, S. Srivastana, T.N. Khan // IJPPR. - 2016. - V. 8. - №. 8. - P. 1417-1424.
191. Shendure J. Next-generation DNA sequencing / J. Shendure, Ji H. / /Nature biotechnology - 2008. - V. 26. - №. 10. - P. 1135-1145. https://doi.org/10.1038/nbt1486
192. Snowdon R.J. Molecular markers in Brassica oilseed breeding: Status and future possibilities / R.J. Snowdon, W. Friedt // Plant Breeding. - 2004. - V. 123. - №. 1. - P. 1-8. https://doi.org/10.1111/j.1439-0523.2003.00968.x
193. Sorokopudov V.N. Red currant in the Forest-steppe of the Ob region / V.N. Sorokopudov, A.E. Solovieva, A.S. Smirnov // Novosib. Agro-Sib. -2005. - V. 120.
194. Stam P. Construction of integrated genetic linkage maps by means of a new computer package: Join Map / P. Stam // The plant journal. - 1993. -
V. 3. - №. 5. - P. 739-744. https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.1993.00739.x
195. Sukhareva A.S. DNA markers for genetic analysis of crops / A.S. Sukhareva, B.R. Kuluev // Biomics. - 2018. - V. 10. - №. 1. - P. 69.
196. Sun X. Complete chloroplast genome assembly and phylogenetic analysis of blackcurrant (Ribes nigrum), red and white currant (Ribes rubrum), and gooseberry (Ribes uva-crispa) provide new insights into the phylogeny of Grossulariaceae / X. Sun, Y. Zhan, S. Li, Y. Liu, Q. Fu, X. Quan, C. Zhu // PeerJ. - 2023. - V. 11. - P. e16272.
197. Tanksley S.D. Molecular markers in plant breeding / S.D. Tanksley // Plant Molecular Biology Reporter. - 1983. - V. 1. - P. 3-8. https://doi.org/10.1007/BF02680255
198. Tanksley S.D. Seed banks and molecular maps: unlocking genetic potential from the wild / S.D. Tanksley, S.R. McCouch //Science. - 1997. -V. 277. - №. 5329. - P. 1063-1066.
199. Tautz D. Hypervariability of simple sequences as a general source for polymorphic DNA markers / D. Tautz // Nucleic acids research. - 1989. - V. 17. - №. 16. - P. 6463-6471. https://doi.org/10.1093/nar/17.16.6463
200. Tanksley S.D. Molecular mapping of plant chromosomes / S.D. Tanksley, J. Miller, A. Paterson, R. Bernatzky // Chromosome structure and function: impact of new concepts. - Boston, MA: Springer US, 1988. - C. 157-173.
201. Terwilliger J.D. Gene mapping in the 20th and 21st centuries: statistical methods, data analysis, and experimental design / J.D. Terwilliger, H.H. Goring // Human biology. - 2009. - V. 81. - №. 5/6. - P. 663-728. https://doi.org/10.3378/027.081.0615
202. Thakur J. Genetic homogeneity revealed using SCoT, ISSR and RAPD markers in micropropagated Pittosporum eriocarpum Royle-an endemic and endangered medicinal plant / J. Thakur, M.D. Dwivedi, P.
Sourabh, P.L. Uniyal, A.K. Pandey // PloS one. - 2016. - V. 11. - №. 7. - P. e0159050. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0159050
203. Thoday J.M. Location of polygenes / J.M. Thoday // Nature. - 1961. -V. 191. - №. 4786. - P. 368-370.
204. Turland N.J. International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants (Shenzhen Code) adopted by the Nineteenth International Botanical Congress Shenzhen / N.J. Turland, J.H. Wiersema, F.R. Barrie, W. Greuter, D.L. Hawksworth, P.S. Herendeen, G. Smith // Koeltz botanical books, China, 2018. https://doi.org/10.12705/Code.2018
205. Urrestarazu J. Analysis of the genetic diversity and structure across a wide range of germplasm reveals prominent gene flow in apple at the European level / J. Urrestarazu, C. Denance, E. Ravon, A. Guyader, R. Guisnel, L. Feugey, C.E. Durel // BMC plant biology. - 2016. - V. 16. - P. 1-20. https://doi.org/10.1186/s12870-016-0818-0
206. van Deventer R. The development of genome-wide single nucleotide polymorphisms in blue wildebeest using the DArTseq platform / R. van Deventer, C. Rhode, M. Marx, R. Roodt-Wilding // Genomics. - 2020. - V. 112. - №. 5. - P. 3455-3464. https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2020.04.032
207. Vidyagina E.O. The development of the genic SSR markers for analysis of genetic diversity in gooseberry cultivars / E.O. Vidyagina, V.G. Lebedev, N.M. Subbotina, E.I. Treschevskaya, T.N. Lebedeva, K.A Shestibratov // Agronomy. - 2021. - V. 11. - №. 6. - P. 1050.
208. Vignal A. A review on SNP and other types of molecular markers and their use in animal genetics / A. Vignal, D. Milan, M. SanCristobal, A. Eggen // Genetics selection evolution. - 2002. - V. 34. - №. 3. - P. 275-305. https://doi.org/10.1186/1297-9686-34-3-275
209. Vos P. AFLP: a new technique for DNA fingerprinting. Nucleic Acids Resarch, 23: 4407-4414 / P. Vos, R. Hogers, M. Bleeker, M. Reijans, T.V.
D. Lee, M. Homes, M. Zabeau // Go to original source. - 1995. https://doi.org/10.1093/nar/23.21.4407/
210. Weber J.L. Abundant class of human DNA polymorphisms which can be typed using the polymerase chain reaction / J.L. Weber, P.E. May // American journal of human genetics. - 1989. - V. 44. - №. 3. - P. 388.
211. Weigend M. Grossulariaceae / M. Weigend // Flowering Plants ■ Eudicots. The Families and Genera of Vascular Plants. - Springer. - Berlin.
- 2007. - V. 9 https://doi.org/10.1007/978-3-540-32219-1 20
212. Yan Z.Z. The development and screening of EST-SSR markers in Melilotus albus / Z.Z. Yan, R. Yan, W. Fan, L. Kai, D.Y. Zhang, Y. Qi, J.Y. Zhang // Pratacultural Sci. - 2017.
213. Yang G.P. Comparative analysis of microsatellite DNA polymorphism in landraces and cultivars of rice / G.P. Yang, M.A. Saghai Maroof, C.G. Xu, Q. Zhang, R.M. Biyashev // Molecular and General Genetics MGG. - 1994. - V. 245. - P. 187-194 https://doi.org/10.1007/BF00283266
214. Yang L. Development of RAPD-SCAR markers for Lonicera japonica (Caprifolicaceae) variety authentication by improved RAPD and DNA cloning / L. Yang, M.A. Khan, Z. Mei, M. Yang, T. Zhang, C. Wei, J. Fu // Revista de Biología Tropical. - 2014. - V. 62. - №. 4. - P. 1649-1657.
215. Zegeye H. Genome-wide association mapping for seedling and adult plant resistance to stripe rust in synthetic hexaploid wheat / H. Zegeye, A. Rasheed, F. Makdis, A. Badebo, F.C Ogbonnaya // PloS one. - 2014. - V. 9.
- №. 8. - P. e105593. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0105593
216. Zeng Z.B. Precision mapping of quantitative trait loci / Z.B. Zeng // Genetics. - 1994. - V. 136. - №. 4. - P. 1457-1468. https://doi.org/10.1093/genetics/136A 1457
217. Zhang B.S. Phylogenetic and Morphological Evolution Study of Ribes L. in China Using RAD-Seq / B.S. Zhang, Z.Y. Yu, Z.C. Xu, B.J. Zheng //
Plants. - 2023. - V. 12. - №. 4. - P. 829. https://doi.org/10.3390/plants12040829
218. Zhang J. Genome-wide association study for flowering time, maturity dates and plant height in early maturing soybean (Glycine max) germplasm / J. Zhang, Q. Song, P.B. Cregan, R.L. Nelson, X. Wang, J. Wu, G.L. Jiang // BMC genomics. - 2015. - V. 16. - P. 1-11. https://doi.org/10.1186/s12864-015-1441-4
219. Zietkiewicz E. Genome fingerprinting by simple sequence repeat (SSR)-anchored polymerase chain reaction amplification / E. Zietkiewicz, A. Rafalski, D. Labuda // Genomics. - 1994. - V. 20. - №. 2. - P. 176-183. https://doi.org/10.1006/geno.1994.1151
ПРИЛОЖЕНИЯ
Приложение 1 - Сорта красной смородины (происхождение и
оригинаторы)
№ п/п Сорт Оригинатор Происхождение
1. 1426-21-80 Россия, ВНИИСПК, Орёл 82-4-11 (Rote Spatlese х Chulkovskaya) х 78-2-118 (Rote Spatlese х Maarses Prominent)
2. Blanka Словакия Rote Spatlese х Red Lake
3. Boulogne Blanche (Булонская белая) Франция происхождение неизвестно
4. Cascad США сеянец от свободного опыления сорта Диплом (Вишневая х White grape)
5. Gondouin Бельгия гибрид смородины скалистой и обыкновенной
6. Heros Германия потомок крупноплодной смородины потомок крупноплодной разновидности смородины обыкновенной
7. Jonkheer van Tets. Нидерланды Файя плодородная х Рынок Лондона
8. Losan Словакия Chenonceau х Ersting aus Vierlanden
9. Margaritar Румыния Герой х Голландская красная
10. North Star (Звезда севера) США потомок смородины обыкновенной
11. R multiflorum - R.multiflorum
12. Red Cross (Красный крест) США Вишневая х White grape
13. Rolan Нидерладны Jonkheer van Tets х Rozetta
14. Rondom Нидерланды С.многоцветковая х (Версальская красная х Rote Hollandische)
15. Rote Hollandische (Голландская красная ) Франция гибрид смородины красной и смородины скалистой
16. Rote Spatlese Германия Rote Hollandische х Andenken an Lorgus ( тип R. multiflorum).
17. Rovada Нидерланды Fay's Prolific х Rote Spatlese
18. Transparent Blanche (Прозрачная белая ) Франция потомок смородины обыкновенной
19. Viksne ВНИИ садоводства им. ИВ. Мичурина Мичуринск, Россия сеянец Ribes vulgare (Латвия)
20. Warner's Grape (Виноград Варнера) Европа потомок крупной разновидности смородины обыкновенной
21. Weisse Hollandische (Голландская белая) Нидерланды потомок смородины обыкновенной
22. White cherry - Происхождение неизвестно
23. White grape Великобритания потомок смородины обыкновенной
24. Алтайская рубиновая НИИСС им. Лисавенко Барнаул, Россия от свободного опыления сорта Файя плодородная
25. Альфа Бойница, Словакия Rote Spatlese х Jonkheer van Tets
26. Ася ВНИИСПК Орел, Россия Чулковская х Maarse's Prominent
27. Батищевская Беларусь Мясокрасная х White grape
28. Баяна ВНИИСПК Орел, Россия Rote Spatlese х Red Lake
29. Белая крупная Беларусь происхождение неизвестно
30. Белая Потапенко Новосибирск, Россия Red Cross х Красная сибирячка
31. Белая фея (Алмазная) ВСТИСП Москва, Россия происхождение неизвестно
32. Белка ВНИИСПК Орел, Россия Чулковская х Red Lake
33. Валентиновка ВНИИСПК Орел, Россия Rote Spatlese х Jonkheer van Tets.
34. Вика ВНИИСПК Орел, Россия Чулковская х Red Lake
35. Газель ВНИИСПК Орел, Россия Чулковская х Maarse's Prominent
36. Дана ВНИИСПК Орел, Россия Rote Spatlese х Jonkheer van Tets.
37. Дар Орла ВНИИСПК Орел, Россия Rote Spatlese х Jonkheer van Tets.
38. Дарница Украина Rondom х Алтайская ранняя
39. Константиновская ВСТИСП Москва, Россия происхождение неизвестно
40. Коралл Саратов, Россия Первенец х Тамбовская ранняя
41. Красная Андрейченко Новосибирск, Россия свободное опыление сорта Red Cross
42. Кремовая ВНИИ генетики и селекции плодовых растений Мичуринск, Россия от свободного опыления отборной формы смородины красной
43. Мармеладница ВНИИСПК Орел, Россия Rote Spatlese х Maarse's Prominent
44. Мечта Южно-Уральский НИИ Челябинск, Россия ЮжноУральский научно-исследовательский институт садоводства и картофелеводства (ЮУНИИСК), Россия от свободного опыления от сорта Чулковская
45. Надежда Южно-Уральский научно-исследовательский институт садоводства и картофелеводства (ЮУНИИСК), Россия от свободного опыления сорта Файя плодородная
46. Натали ВСТИСП Москва, Россия исходные формы неизвестны
47. Ненаглядная Институт плодоводства Национальной академии наук Беларуси Минская обл, п. Самохваловичи, Беларусь Вишневая х (Чудесная х Rote Hollandische)
48. Нива ВНИИСПК Орел, Россия Minnesota х Чулковская
49. Новая красная Россия происхождение неизвестно
50. Огонек ВНИИСПК Орел, Россия Rote Spatlese х Jonkheer van Tets.
51. Орловская звезда ВНИИСПК Орел, Россия Rote Spatlese х Minnesota
52. Орловчанка ВНИИСПК Орел, Россия Rote Spatlese х Jonkheer van Tets.
53. Осиповская ВНИИСПК Орел, Россия Rote Spatlese х Minnesota
54. Памятная Южно-Уральский научно-исследовательский институт садоводства и картофелеводства (ЮУНИИСК), Россия от свободного опыления сорта Файя плодородная.
55. Память Губенко Южно-Уральский научно-исследовательский институт садоводства и картофелеводства (ЮУНИИСК), Россия от свободного опыления сорта Файя плодородная
56. Подарок лета ВНИИСПК Орел, Россия Rote Spatlese х Jonkheer van Tets.
57. Пурпурная Беларусь от свободного опыления сорта Rote Spatlese
58. Ранняя сладкая ВСТИСП Москва, Россия Чулковская х Латурнайс
59. Рачновская ВСТИСП Москва, Россия происхождение неизвестно
60. Роза ВНИИСПК Орел, Россия Чулковская х Rose Cheer
61. Рубин Россия происхождение неизвестно
62. Сахарная Россия Чулковская х Латурнайс
63. Светлица Львов, Украина Фертоди Пирос х Jonkheer van Tets
64. Святомихайловская Института садоводства УААН Украина Jonkheer van Tets х Алтайская ранняя
65. Селяночка ВНИИСПК Орел, Россия Rote Spatlese х Red Lake
66. Скороспелая Россия из семян дикой смородины Пальчевского (в последующем установлена гибридная природа сорта)
67. Тамбовская ранняя Россия Местная красная х Rote Hollandische
68. Татьянина Россия происхождение неизвестно
69. Уральская красная Южно-Уральский научно-исследовательский институт садоводства и картофелеводства (ЮУНИИСК), Россия от свободного опыления сорта Файя плодородная
70. Уральские зори Южно-Уральский научно-исследовательский институт садоводства и картофелеводства (ЮУНИИСК), Россия от свободного опыления сорта Файя плодородная
71. Уральский сувенир Южно-Уральский научно-исследовательский институт садоводства и картофелеводства (ЮУНИИСК), Россия от свободного опыления сорта Файя плодородная
72. Устина ВНИИСПК, Орел, Россия Rote Spatlese х Маарсис (Маршал)
73. Циральт Всероссийский НИИ растениеводства им. Н. И. Вавилова Санкт-Петербург, Россия Цирвья Писте х R altissimum
74. Чародейка Львов, Украина Jonkheer van Tets х Rote Spatlese
75. Челябинская красная Россия от свободного опыления сорта Файя плодородная
76. Щедрая Павловская опытная Файя плодородная х Замок Хаутон
станция ВИР
Приложение 2
- Приготовление лизирующего буфера рабочего раствора
На 6 образцов
5М СТАВ 1,750 мл
5M NaCl 1,125 мл
0,5 M EDTA pH8.0 0,175 мл
PVP 40 0,090 г
1М Tris-HCl pH8.0 0,175 мл
MQ 0,750 мл
Меркаптоэтанол (добавляется в рабочий раствор перед добавлением в образцы) 44 мкл
Приложение 3 - Генетические паспорта некоторых изученных сортов
красной смородины
ГЕНЕТИЧЕСКИМ ПАСПОРТ
Сорт Ася
Оригинатор ВНИИСПК, Орел, Россия
Происхождение Чулковская х Maarses Prominent
Авторы Баянова Л.В.
Голяева О.Д.
Год внесения в Госреестр 2001
Местонахождение Биоресурсная коллекция ВНИИСПК
SSR локус Размеры п.н.
g1-K04 306/312
g1-M07 -
el-OOl 136/138
Cra-489 236
Cra-531 165/168
e3-B02 165/170
g2-L17 144
g2-G12 179/191
g2-H21 251/253
e1-O21 302/308
gr2-J05 179/187
g1-A01 207/218
g2-J08 176
g1-L12 214/224
*уникальные аллели/сочетания аллелей выделены полужирным
ГЕНЕТИЧЕСКИМ ПАСПОРТ
Сорт Баяна
Оригинатор ВНИИСПК, Орел, Россия
Происхождение Rote Spatlese х Red Lake
Баянова Л.В.
Авторы Джафарова В.Е.
Макаркина М.А.
Год внесения в Госреестр 2007
Местонахождение Биоресурсная коллекция ВНИИСПК
SSR локус Размеры п.н.
g1-K04 306/307
g1-M07 -
el-OOl 136/138
Cra-489 240
Cra-531 165/168
e3-B02 165
g2-L17 144
g2-G12 185
g2-H21 251/254
e1-O21 308/309
gr2-J05 -
g1-A01 -
g2-J08 149/168
g1-L12 214/228
*уникальные аллели/сочетания аллелей выделены полужирным
ГЕНЕТИЧЕСКИМ ПАСПОРТ
Сорт Дана
Оригинатор ВНИИСПК, Орел, Россия
Происхождение Rote Spatlese х Jonkheer van Tets
Авторы Баянова Л.В
Голяева О.Д.
Год внесения в Госреестр 2007
Местонахождение Биоресурсная коллекция ВНИИСПК
SSR локус Размеры п.н.
g1-K04 306/313
g1-M07 219
e1-001 136
Cra-489 236
Cra-531 165
e3-B02 162/165
g2-L17 144
g2-G12 183/191
g2-H21 251/254
e1-O21 295/317
gr2-J05 187
g1-A01 210/222
g2-J08 149/185
g1-L12 216/229
*уникальные аллели/сочетания аллелей выделены полужирным
ГЕНЕТИЧЕСКИМ ПАСПОРТ
Сорт Вика
Оригинатор ВНИИСПК, Орел, Россия
Происхождение Чулковская х Red Lake
Авторы Баянова Л.В.
Год внесения в Госреестр 2001
Местонахождение Биоресурсная коллекция ВНИИСПК
SSR локус Размеры п.н.
Обратите внимание, представленные выше научные тексты размещены для ознакомления и получены посредством распознавания оригинальных текстов диссертаций (OCR). В связи с чем, в них могут содержаться ошибки, связанные с несовершенством алгоритмов распознавания. В PDF файлах диссертаций и авторефератов, которые мы доставляем, подобных ошибок нет.