Разработка мультикомпонентных ДНК-наномашин на основе ДНК-зимов для селективной детекции нуклеиновых кислот тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Горбенко Дарья Александровна

• Горбенко Дарья Александровна
• кандидат наук
• 2025

Оглавление диссертации кандидат наук Горбенко Дарья Александровна

Оглавление

Реферат

Synopsis

ГЛАВА 1. Обзор литературы

1.1. Нуклеиновые кислоты как ключевые биомаркеры в диагностике и персонализированной медицине

1.2. Методы обнаружения бактериальных и вирусных патогенов: сравнительный анализ

1.3. Амплификационные методы

1.3.1 Классические методы амплификации: Полимеразная Цепная Реакция

1.3.2 Изотермические технологии амплификации

1.3.3. Изотермическая амплификация на основе последовательности нуклеиновых кислот (NASBA)

1.3.4. Петлевая изотермическая амплификация (LAMP) и ее вариация SPA

1.3.5. Амплификация с вытеснением цепи (SDA)

1.3.6. Рекомбиназная полимеразная амплификация (RPA)

1.3.7. Перспективы интеграции амплификационных методов в системы ДМОП

1.3.8 Сравнительный анализ амплификационных методов

1.4 Гибридизационные методы

1.4.1 Молекулярные маяки

1.4.2 Флуоресцентная гибридизация in situ

1.4.3 ДНК-микрочипы: высокопроизводительный мультиплексный анализ

1.4.4 Другие гибридизационные платформы

1.5. Каталитические биосенсоры на основе нуклеиновых кислот

1.5.1 G-квадруплексы: молекулярные усилители сигнала

1.5.2 ДНКзимы и рибозимы: каталитические нуклеиновые кислоты

1.5.3 Интегративные каталитические платформы

1.6. Эволюция ДНК-зондов: от линейных систем к программируемым наномашинам

ГЛАВА 2. Материалы и методы

2.1 Разработка и оптимизация бинарных зондов (biPxD, biDz) и ДНК-наномашин (PxDm, DNM) in silico

2.2 Предварительный анализ сборки бинарных зондов и ДНК-наномашин in vitro

2.3 Анализ эффективности бинарных зондов (biPxD) и ДНК-наномашин

(PxDm) на основе G-квадруплекса

2.4 Анализ эффективности флуоресцентных РНК-расщепляющих бинарных зондов (biDz) и ДНК-наномашин DNM на основе дезоксирибозима

2.5 Организмы и условия их культивирования

2.5.1 Бактериальные штаммы

2.5.2 Вирусные штаммы

2.7 Амплификация нуклеиновых кислот

2.7.1 Амплификация ДНК методом ПЦР

2.7.2. Амплификация РНК методом NASBA

2.7.3 Амплификация ДНК с помощью петлевой амплификации LAMP

2.7.4 Амплификация ДНК с помощью SPA

2.9 Статистические методы обработки

ГЛАВА 3. РEЗУЛЬТАТЫ

3.1 Конструирование и тестирование бинарных зондов biPxD и ДНК-наномашин PxDm на основе G-квадруплекса для выявления одноцепочечных фрагментов РНК и ОНЗ в них

3.2 Конструирование и тестирование бинарных зондов biPxD и ДНК-наномашин PxDm на основе G-квадруплекса для выявления двухцепочечных фрагментов ДНК

3.2.1 Обнаружение ампликонов ОТ-ПЦР с помощью бинарных зондов biPxD и ДНК-наномашин PxDm на основе G-квадруплекса

3.2.2 Обнаружение ампликонов ПЦР, LAMP и SPA с помощью ДНК-наномашин PxDm на основе G-квадруплекса

3.3 Конструрирование и тестирование флуоресцентных ДНК-наномашин

3.3.1 Конструирование бинарных зондов (biDz) на основе ДНКзима 1023 для детекции нуклеиновых кислот

3.3.2 Определение предела обнаружения biDz

3.3.3 Изучение селективности biDz

3.3.4 Разработка шестикомпонентных флуоресцентных ДНК-наномашин 6DNM: базовый дизайн и вариации с "крюковыми" последовательностями

3.3.5 Оптимизация параметров для обнаружения с помощью мультикомпонентных ДНК-наномашин

3.3.6 Определение предела обнаружения шестикомпонентных флуоресцентных ДНК-наномашин

3.3.7 Определение селективности шестикомпонентных флуоресцентных ДНК-наномашин

3.3.8 Проектирование модифицированной m6HDNM с внедрением намеренных однонуклеотидных замен (ОНЗ) для анализа влияния наличия мутаций в гипервариабельных участках

3.3.9 Обнаружение суммарной РНК: применение оптимизированных систем для анализа реальных образцов

3.3.10 Визуальное обнаружение геномной РНК под синим освещением: практические аспекты применения

ГЛАВА 4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ

4.1. Обнаружение оцРНК ампликонов NASBA с помощью пероксидазоподобных ДНК-наномашин на основе G-квадруплекса

4.2. Обнаружение дцДНК ампликонов с помощью пероксидазоподобных ДНК-наномашин на основе G-квадруплекса и селективность к ОНЗ

4.3. Безамплификационное обнаружение структурированной РНК с использованием многокомпонентных ДНК-наномашин на основе РНК-расщепляющего ДНКзима

4.4. Перспективы практического применения ДНК-наномашин

ВЫВОДЫ

Выражение благодарности

Список сокращений

Словарь терминов

Список литературы

Тексты публикаций

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Разработка мультикомпонентных ДНК-наномашин на основе ДНК-зимов для селективной детекции нуклеиновых кислот»

Реферат

Общая характеристики диссертации

Актуальность темы исследования. Биохимической основой для разработки новых методов молекулярной диагностики служит углубленное изучение структуры и функций нуклеиновых кислот (НК), не ограниченное рассмотрением их классической роли носителей генетической информации. Современные исследования направлены на конструирование функциональных нуклеиновых кислот, способных к специфическому молекулярному узнаванию и катализу. В частности, фундаментальные исследования термодинамики гибридизации и кинетики ферментативных реакций с участием дезоксирибозимов (ДНКзимов) открывают путь к созданию систем для обнаружения нуклеиновых кислот без амплификации, различения однонуклеотидных замен (ОНЗ) и анализа сложных структурированных аналитов. Решение этих фундаментальных задач является необходимым условием для разработки универсальных методов диагностики патогенов непосредственно для проведения диагностики на месте оказания медицинской помощи (ДМОП).

Широко используемые в настоящее время иммунохроматографические тест-системы ДМОП обладают недостаточной чувствительностью, уступающей чувствительности методов полимеразной цепной реакции (ПЦР) на несколько порядков. Кроме того, они не позволяют выявлять критически важные мутации в геномах патогенов, что становится особенно важным в условиях растущей устойчивости бактерий к антибиотикам, высокой мутагенности вирусов и развития персонализированной геномной медицины, в том числе в лечении онкологических заболеваний.

С другой стороны, существующие высокоточные молекулярные методы, основанные на технологиях амплификации нуклеиновых кислот (ТАНК), такие, как ПЦР, изотермические амплификации, ДНК-микрочипы и секвенирование нового поколения (NGS), обладают необходимой чувствительностью и способны определять мутации, но при этом требуют дорогостоящего оборудования, сложной пробоподготовки и высококвалифицированного персонала. Это существенно

ограничивает их применение в формате ДМОП и делает несовместимыми с целями быстрой, доступной и точной диагностики в полевых условиях или в удалённых медицинских пунктах.

Перспективным решением указанных проблем являются ДНК-наномашины — программируемые олигонуклеотидные конструкции на основе ДНКзимов, способные к специфическому распознаванию нуклеиновых кислот и каталитическому усилению сигнала обнаружения без использования белковых ферментов. Их ключевое преимущество — возможность визуального обнаружения с высокой чувствительностью в формате, совместимом с требованиями ДМОП.

Важной задачей в рамках развития подходов ДМОП является разработка методов распознавания ОНЗ непосредственно в двухцепочечной ДНК (дцДНК) и одноцепочечных РНК (оцРНК) - ампликонах. Такая технология позволила бы избежать стадий денатурации дцДНК или её обработки экзонуклеазами, что сократило бы количество аналитических этапов и само время анализа, уменьшило бы риск загрязнения образца, а также устранило бы необходимость в использовании ДНК-амплификаторов и привлечении высококвалифицированного персонала.

Особое значение приобретает возможность анализа коротких дцДНК и оцРНК, которые отличаются между собой всего одной нуклеотидной заменой. Анализ таких ОНЗ и выявление вариантов патогенов с другими минимальными генетическими отличиями имеют критическое значение для эпидемиологических исследований, контроля за распространением инфекций, а также для адаптации терапии в рамках персонализированной медицины. Возможность точной и быстрой дифференциации таких близкородственных последовательностей непосредственно на месте оказания помощи позволяет существенно повысить эффективность диагностики и лечения.

Отдельной и не менее важной задачей является обнаружение РНК, свернутых во вторичную и третичную структуры. Стабильные шпилевые и другие вторичные элементы РНК создают препятствия для применения традиционных методов гибридизации и амплификации, значительно снижая эффективность обнаружения

и анализа таких молекул. В связи с этим необходимы новые подходы и усовершенствованные методы, позволяющие надежно обнаруживать сложноструктурированные РНК. Это поможет расширить возможности диагностики в формате ДМОП и повысить качество обнаружения как патогенов, так и важных генетических маркеров.

Целью данной работы является исследование гибридизационных ДНК-структур и разработка на их основе многокомпонентных ДНК-наномашин для визуального обнаружения ОНЗ в сложноструктурированных оцРНК и дцДНК.

Для достижения цели были поставлены следующие задачи:

1. Исследовать чувствительность и селективность многокомпонентной

пероксидазоподобной ДНК-наномашины на основе G-квадруплекса при обнаружении оцРНК-ампликонов.

2. Определить чувствительность и селективность многокомпонентных пероксидазоподобных ДНК-наномашин на основе G-квадруплекса при обнаружении дцДНК-ампликонов.

3. Исследовать влияние элементов захвата флуорогенного субстрата для шестикомпонентной ДНК-наномашины с каталитическим РНК-расщепляющим ДНКзимным ядром 10-23 на чувствительность и селективность, в том числе при визуальном обнаружении вирусной РНК без амплификации.

Научная новизна работы заключается в разработке и экспериментальном обосновании преимущества пероксидазоподобных ДНК-наномашин (PxDm) и каталитических ДНК-наномашин (DNM) в диагностике инфекционных заболеваний перед традиционным гибридизационными зондами. В отличие от существующих методов, предлагаемый подход исключает необходимость предварительного отжига ДНК и РНК с гибридизационными сенсорами. Он позволяет анализировать длинные оцРНК со стабильной вторичной структурой и дцДНК более 100 п.н. с селективностью вплоть до определения ОНЗ, что упрощает и ускоряет анализ ампликонов. Впервые продемонстрирована эффективность ДНК-наномашин для обнаружения длинных структурированных НК и ОНЗ в них,

по сравнению с традиционными бинарными гибридизационными зондами в обнаружении генетических маркеров следующих патогенов: цитомегаловируса (CMV), респираторно синцитиального вируса А, бактерий Escherichia coli, Streptococcus agalactiae, Haemophilus influenzae и Listeria monocytogenes. Разработанный метод может быть интегрирован в быстрые, экономичные и простые в эксплуатации диагностические системы, пригодные для широкого применения в труднодоступных регионах и непосредственно на производстве.

Теоретическая значимость работы заключается в разработке и обосновании преимущества нового класса высокоселективных и чувствительных гибридизационных сенсоров на основе ДНК-наномашин для детекции нуклеиновых кислот (РНК и дцДНК), которые преодолеют ограничения существующих гибридизационных зондов. Предложенные архитектуры ДНК-наномашин на основе G-квадруплексов и ДНКзимов 10-23 демонстрируют возможность модульного конструирования функциональных плеч для повышения селективности и чувствительности обнаружения. Это расширяет фундаментальные знания в области нанобиосенсорики, синтетической биологии и ДНК нанотехнологии.

Практическая значимость работы заключается в создании перспективной технологии для разработки доступных и портативных диагностических систем для выявления инфекционных заболеваний человека, растений и животных. Разработанные ДНК-наномашины представляют собой альтернативу существующим методам, преодолевая ограничения, связанные с высокой стоимостью, сложностью оборудования, а также недостаточной чувствительностью и селективностью. Эти преимущества особенно актуальны в условиях ограниченных ресурсов и в удалённых пунктах оказания медицинской помощи.

Основные научные результаты:

1. В ходе работы впервые созданы и оптимизированы пероксидазные ДНК-наномашины на основе G-квадруплекса, позволяющие после 10-минутной инкубации при комнатной температуре визуально обнаруживать последовательности НК, свернутые во вторичные структуры. Использование нескольких связывающих РНК фрагментов, присоединенных к двухцепочечной ДНК-наноплатформе (далее платформе) позволяет уменьшить длину отдельного компонента при увеличении суммарной длины связанного участка анализируемой РНК. Более длинные фрагменты расплетают сложные вторичные структуры, а короткий фрагмент остается чувствительными к ОНЗ. Платформа служит носителем длинных плеч ДНК-наномашины, повышая их кооперативность связывания и узнавания анализируемой РНК [1]. Такой подход был успешно применен для обнаружения РНК-ампликонов, полученных в ходе изотермической амплификации на основе нуклеиновых кислот NASBA (от англ. nucleic acid sequence-based amplification) вплоть до 100 геномных эквивалентов [1, 3].

2. Разработаны пероксидазные ДНК-наномашины на основе G-квадруплекса для обнаружения дцДНК ампликонов. Продемонстирована возможность визуального обнаружения дцДНК ампликонов, полученных с помощью Stem-loop Primer Amplification, вариации петлевой изотермической амплификации (SPA) с 10 геномных эквивалентов после 15-минутной инкубации с помощью перкосидазных ДНК-наномашин при комнатной температуре без предварительной денатурации. Такие ДНК-наномашины были способны узнавать дцДНК продукта в смеси и точно выявлять ОНЗ в них с фактором селективности (ФС) 88% [2].

3. Показана возможность прямого безамплификационного обнаружения природной РНК респираторно-синцитиального вируса А с использованием шестиплечевых каталитических ДНК-наномашин на основе РНК-расщепляющего ДНКзима с каталитическим ядром 10-23 [4], обладающих высокой селективностью (вплоть до 98%) к ОНЗ и пределом обнаружения на 1-2 порядка ниже, чем у ранее

использованных бинарных ДНКзимов. Впервые исследована селективность бинарных ДНКзимов и каталитических ДНК-наномашин в зависимости от концентрации аналита и времени инкубации. Показано, что увеличение концентрации аналита не приводит к значительному росту ФС, и оптимальным для различения ОНЗ являются концентрации аналита до 200 пМ, тогда как время инкубации не проявляет однозначно интерпретируемого влияния на ФС. Разработана модифицированная ДНК-наномашина для изучения возможности узнавания РНК вирусов со случайными мутациями в вирусных геномах. Продемонстрировано, что такая конструкция остается чувствительной к аналиту и селективной в отношении целевых ОНЗ. Показана возможность виузального обнаружения при освещении синим светом, с пределом обнаружения в 2,4 нг/мкл суммарной РНК вируса.

Положения выносимые на защиту.

Положение 1:

Многокомпонентные пероксидазоподобные ДНК-наномашины на основе G-квадруплекса после гибридизации со структурированными оцРНК ампликонами NASBA образуют продукт оксиления субстрата, различаемый невооруженным глазом и позволяют обнаружить оцРНК ампликоны со 100 геномных эквивалентов в течение 10 минут при комнатной температуре.

Положение 2:

Многокомпонентные пероксидазоподобные ДНК-наномашины на основе G-квадруплекса после гибридизации с дцДНК ампликонами SPA образуют продукт оксиления субстрата, различимый невооруженным глазом и позволяют обнаружить дцДНК ампликоны с 10 геномных эквивалентов и фактором селективности 88% в течение 15 минут при комнатной температуре.

Положение 3:

Шестиплечевые ДНК-наномашины с каталитическим РНК-расщепляющим ядром ДНКзима 10-23 и дополнительными элементами захвата субстрата при флуоресцентном обнаружении синтетической ДНК респираторно-синцитиального

вируса типа А (RSVA) достигают субпикомолярного диапазона чувствительности. Разработанная ДНК-наномашина стабильна к генетической вариабельности вирусов и обнаруживает 2,4 нг/мкл суммарной РНК клеток, зараженных RSVA, с продуктом гидролиза флуорогенного субстрата, различаемого под ультрафиолетовым освещением.

Апробацию результатов проводили в ходе обнаруженя патогенов ЦНС при разработке прибора закрытого типа по заказу Центра стратегического планирования Федерального Медико-Биологического Агентства. Результаты работы были представлены на ряде всероссийских («Современные достижения химико-биологических наук в профилактической и клинической медицине» (2021, 2022), Конференции молодых ученых ИТМО (2021, 2022, 2023, 2024), "Молекулярная диагностика"(2024), и международных конференций, в том числе SPIE (2020-2024), FEBS(2023). По результатам работы опубликовано 4 статьи и получен патент РФ №2798567. По результатам выполнения исследования были получены гранты Комитета по науке и высшей школы (КНВШ) Санкт-Петербурга (2022,2025), внутриуниверситетские гранты НИРМиА (№ 622288 (2022-2023) и № 623101 (2023-2024)).

Достоверность научных достижений результатов подтверждается воспроизводимостью экспериментальных данных, использованием методов, соответствующих поставленным задачам, а также тем, что для интерпретации полученных результатов были применены современные методы статистического анализа данных.

Внедрение результатов проводилось в ходе обнаружения патогенов ЦНС при разработке прибора закрытого типа по заказу Центра стратегического планирования Федерального Медико-Биологического Агентства.

Личный вклад автора. Все описанные в работе экспериментальные процедуры были проведены автором лично или с ее участием. Анализ полученных данных полностью выполнен автором. Также автор участвовала в формулировании целей и постановке задач диссертации, подготовке и публикации статей.

Публикации. Результаты исследований опубликованы в 22 публикациях, из них 10 публикаций в изданиях, рецензируемых Web of Science или Scopus. Основное содержание диссертации отражено в 4 следующих публикациях:

1. Solyanikova V.V., Gorbenko D.A., Zryacheva V.V., Shtro A., Rubel M.S. Multicomponent DNA Nanomachines for Amplification-Free Viral RNA Detection//International Journal of Molecular Sciences, 2025, Vol. 26, No. 8, pp. 3652

2. Maltzeva Y.I., Gorbenko D.A., Nikitina E.V., Rubel M.S., Kolpashchikov D.M. Visual Detection of Stem-Loop Primer Amplification (SPA) Products without Denaturation Using Peroxidase-like DNA Machines (PxDM)//International Journal of Molecular Sciences, 2023, Vol. 24, No. 9, pp. 7812

3. Rubel M.S., Shkodenko L.V., Gorbenko D.A., Solyanikova V.V., Maltzeva Y.I., Rubel A.A., Koshel E.I., Kolpashchikov D.M. Detection of multiplex NASBA RNA products using colorimetric split G quadruplex probes//Methods in Molecular Biology, 2023, Vol. 2709, pp. 287- 298

4. Gorbenko D.A., Shkodenko L.A., Rubel M.S., Slita A.V., Nikitina E.V., Martens E.A., Kolpashchikov D.M. DNA nanomachine for visual detection of structured RNA and double stranded DNA//Chemical Communications, 2022, Vol. 58, No. 35, pp. 5395-5398

Заключение диссертации по теме «Другие cпециальности», Горбенко Дарья Александровна

251 ВЫВОДЫ

Цель диссертационной работы — разработка мультикомпонентных ДНК-наномашин основе ДНКзимов для обнаружения ОНЗ в сложноструктурированных оцРНК и дцДНК в визуальном формате - достигнута. В результате выполнения диссертационной работы получены следующие ключевые результаты, соответствующие поставленным задачам:

1) Исследована и сконструирована пероксидазоподобная ДНК-наномашина на основе G-квадруплекса для визуального обнаружения ампликонов оцРНК без денатурации. Система демонстрирует высокую чувствительность (ПО после амплификации оцРНК =100 ГЭ) и селективность (ФС =72 %), позволяя выявлять оцРНК-ампликоны за 5-20 минут при комнатной температуре.

2) Создана и охарактеризована пероксидазоподобная ДНК-наномашина на основе G-квадруплекса для визуального обнаружения дцДНК-ампликонов, которая исключает стадию денатурации для некоторых типов дцДНК-ампликонов. ДНК-наномашина обладает высокой чувствительностью (ПО после амплификации дцДНК = 10 ГЭ) и селективностью (ФС=88 %).

3) Показано, что введение шести элементов для захвата субстрата в ДНК-наномашину повышает чувствительность обнаружения на два порядка (до ПО =0.03 пМ). ДНК-наномашина визуализировала РНК вируса RSVA после заражения клеток (амплификация не требовалась).

Работа вносит вклад в развитие ДНК-нанотехнологий, предлагая новые принципы конструирования сенсоров для точной диагностики инфекционных заболеваний и генетических вариаций. Результаты работы могут быть интегрированы в клиническую практику.

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Горбенко Дарья Александровна, 2025 год

Список литературы

1. RNA Biomarkers: Frontier of Precision Medicine for Cancer / X. Xi, T. Li, Y. Huang [et al.] // Non-Coding RNA. - 2017. - Т. 3. - RNA Biomarkers. - № 1. -C. 9.

2. A bibliometric analysis of nucleic acid probe and its applications in oncology: towards more precise molecular medicine / X. Zhong, H. He, Y. Xiong [et al.] // Discover Oncology. - 2025. - Т. 16. - A bibliometric analysis of nucleic acid probe and its applications in oncology. - C. 702.

3. Shihong Gao, D. Development and application of sensitive, specific, and rapid CRISPR-Cas13-based diagnosis / D. Shihong Gao, X. Zhu, B. Lu // Journal of Medical Virology. - 2021. - Т. 93. - № 7. - C. 4198-4204.

4. Barnard, R. T. Expecting the unexpected: nucleic acid-based diagnosis and discovery of emerging viruses / R. T. Barnard, R. A. Hall, E. A. Gould // Expert Review of Molecular Diagnostics. - 2014. - Т. 11. - Expecting the unexpected. -№ 4. - C. 409-423.

5. Clinical Validity and Utility of Circulating Tumor DNA (ctDNA) Testing in Advanced Non-small Cell Lung Cancer (aNSCLC): A Systematic Literature Review and Meta-analysis / C. Chen, M. P. Douglas, M. V. Ragavan [et al.] // Molecular Diagnosis & Therapy. - 2024. - Т. 28. - Clinical Validity and Utility of Circulating Tumor DNA (ctDNA) Testing in Advanced Non-small Cell Lung Cancer (aNSCLC). - № 5. - C. 525-536.

6. Disease Diagnosis Based on Nucleic Acid Modifications / X. Xue, Z. Wang, Y. Wang, X. Zhou // ACS chemical biology. - 2023. - Т. 18. - № 10. - C.2114-2127.

7. Recommendations for Clinical Biomarker Specimen Preservation and Stability Assessments / N. Dakappagari, H. Zhang, L. Stephen [et al.] // Bioanalysis. - 2017. - Т. 9. - № 8. - C. 643-653.

8. Lee, J.-E. Effect of Repeated Freezing and Thawing on Biomarker Stability in Plasma and Serum Samples / J.-E. Lee, S. Y. Kim, S.-Y. Shin // Osong Public Health and Research Perspectives. - 2015. - Т. 6. - № 6. - C. 357-362.

9. Xia, S. Single-copy sensitive, field-deployable, and simultaneous dual-gene detection of SARS-CoV-2 RNA via modified RT-RPA / S. Xia, X. Chen // Cell Discovery. - 2020. - T. 6. - C. 37. 10.Srivastava, P. Isothermal nucleic acid amplification and its uses in modern diagnostic technologies / P. Srivastava, D. Prasad // 3 Biotech. - 2023. - T. 13. -№ 6. - C.200.

11.Analytical techniques for nucleic acid and protein detection with single-molecule sensitivity / S. Shin, J. Kim, E. Song [et al.] // Experimental & Molecular Medicine.

- 2025. - T. 57. - № 5. - C. 938-949.

12.Ultrasensitive Detection and Monitoring of Circulating Tumor DNA Using Structural Variants in Early-Stage Breast Cancer / M. J. Elliott, K. Howarth, S. Main [et al.] // Clinical Cancer Research: An Official Journal of the American Association for Cancer Research. - 2025. - T. 31. - № 8. - C.1520-1532.

13.Alonso, D. Mechanisms of catalytic RNA molecules / D. Alonso, A. Mondragon // Biochemical Society transactions. - 2021. - T. 49. - № 4. - C.1529-1535.

14.Biosensing with DNAzymes / E. M. McConnell, I. Cozma, Q. Mou [et al.] // Chemical Society reviews. - 2021. - T. 50. - № 16. - C. 8954-8994.

15.Opening new frontiers with catalytic nucleic acids in miRNA inhibition / O. Patutina, S. Miroshnichenko, D. Chiglintseva, M. Zenkova // Frontiers in Pharmacology. - 2025. - T. 16. - C. 1604711.

16.CRISPR-Cas13: A new technology for the rapid detection of pathogenic microorganisms / Z. Huang, J. Fang, M. Zhou [et al.] // Frontiers in Microbiology.

- 2022. - T. 13. - CRISPR-Cas13. - C.1011399.

17.Recent developments and future directions in point-of-care next-generation CRISPR-based rapid diagnosis / Y. M. Hassan, A. S. Mohamed, Y. M. Hassan, W. M. El-Sayed // Clinical and Experimental Medicine. - 2025. - T. 25. - № 1. - C. 33.

18.Huang, T. CRISPR-Cas-based techniques for pathogen detection: Retrospect, recent advances, and future perspectives / T. Huang, R. Zhang, J. Li // Journal of Advanced Research. - 2022. - T. 50. - CRISPR-Cas-based techniques for pathogen detection. - C. 69-82.

19.Engel, C. Breast Cancer Risks and Risk Prediction Models / C. Engel, C. Fischer // Breast Care. - 2015. - T. 10. - № 1. -C. 7-12.

20.Circulating Tumor DNA detection in cancer: a comprehensive overview of current detection methods and prospects / A. R. De Abreu, A. Wyninckx, T. Vandamme [et al.] // The Oncologist. - 2025. - T. 30. - Circulating Tumor DNA detection in cancer. - № 9. -C. oyaf204.

21.Clonal dynamics of circulating tumor DNA during immune checkpoint blockade therapy for melanoma / E. Takai, W. Omata, Y. Totoki [et al.] // Cancer Science. -2021. - T. 112. - № 11. - C.4748-4757.

22.New Insights into Aptamers: An Alternative to Antibodies in the Detection of Molecular Biomarkers / M. Domsicova, J. Korcekova, A. Poturnayova, A. Breier // International Journal of Molecular Sciences. - 2024. - T. 25. - New Insights into Aptamers. - № 13. - C. 6833.

23.Zhou, J. Aptamers as targeted therapeutics: current potential and challenges / J. Zhou, J. Rossi // Nature reviews. Drug discovery. - 2017. - T. 16. - Aptamers as targeted therapeutics. - № 3. -C. 181-202.

24.Advanced applications of DNA nanostructures dominated by DNA origami in antitumor drug delivery / Y. Zhang, X. Tian, Z. Wang [et al.] // Frontiers in Molecular Biosciences. - 2023. - T. 10. - C. 1239952.

25.Hu, C.-H. Controlled Release in Hydrogels Using DNA Nanotechnology / C.-H. Hu, R. Veneziano // Biomedicines. - 2022. - T. 10. - № 2. - C. 213.

26.DNA-based artificial molecular signaling system that mimics basic elements of reception and response / R. Peng, L. Xu, H. Wang [et al.] // Nature Communications. - 2020. - T. 11. - № 1. - C.978.

27.DNA Origami Nanostructures Elicit Dose-Dependent Immunogenicity and are Non-toxic up to High Doses in vivo / C. R. Lucas, P. D. Halley, A. A. Chowdury [et al.] // Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany). - 2022. - T. 18. - № 26.

- C. e2108063.

28.Sykes, K. S. The Effects of Nucleic Acid Structural Heterogeneity on the Electrochemistry of Tethered Redox Molecules / K. S. Sykes, R. J. White // Langmuir : the ACS journal of surfaces and colloids. - 2022. - T. 38. - № 23. -

C.7322-7330.

29.Cassey, B. Oligonucleotide manufacturing innovation: challenges, risks, and opportunities / B. Cassey. - Text: electronic. - 2025. - Oligonucleotide manufacturing innovation. - URL: https://www.insights.bio/nucleic-acid-insights/journal/article/3534/oligonucleotide-manufacturing-innovation-challenges-risks-and-opportunities (date accessed: 28.10.2025).

30.Research, Z. M. Nucleic Acid Testing Market Size, Share & Trends Report, 2034.

- URL: https://www.zionmarketresearch.com/report/nucleic-acid-testing-market (date accessed: 28.10.2025). - Text: electronic.

31.DNA-Based Biosensors for the Biochemical Analysis: A Review / Y. Hua, J. Ma,

D. Li, R. Wang // Biosensors. - 2022. - T. 12. - DNA-Based Biosensors for the Biochemical Analysis. - № 3. - C.183.

32.Signal Amplification in Electrochemical DNA Biosensors Using Target-Capturing DNA Origami Tiles / P. Williamson, P. Piskunen, H. Ijäs [et al.] // ACS Sensors. -2023. - T. 8. - № 4. -C. 1471-1480.

33.Applications of multi-omics analysis in human diseases / C. Chen, J. Wang, D. Pan [et al.] // MedComm. - 2023. - T. 4. - № 4. - C.e315.

34.The Rapid Detection of Salmonella enterica, Listeria monocytogenes, and Staphylococcus aureus via Polymerase Chain Reaction Combined with Magnetic Beads and Capillary Electrophoresis / N. Ndraha, H.-Y. Lin, S.-K. Tsai [et al.] // Foods. - 2023. - T. 12. - № 21. - C. 3895.

35.Evaluation of Serological Tests for Different Disease Stages of Leptospirosis Infection in Humans / V. C. Rodriguez-Rodriguez, A. M. Castro, R. Soto-Florez [et al.] // Tropical Medicine and Infectious Disease. - 2024. - T. 9. - №2 11. -C.283.

36.Vainionpaa, R. Diagnostic Techniques: Serological and Molecular Approaches / R. Vainionpaa, M. Waris, P. Leinikki // Reference Module in Biomedical Sciences.

- 2015. - Diagnostic Techniques. - C.B978-0-12-801238-3.02558-7.

37.Accuracy of serological tests for COVID-19: A systematic review and metaanalysis / X. Zheng, R. H. Duan, F. Gong [et al.] // Frontiers in Public Health. -2022. - T. 10. - Accuracy of serological tests for COVID-19. - C. 923525.

38.Watzinger, F. Detection and monitoring of virus infections by real-time PCR / F. Watzinger, K. Ebner, T. Lion // Molecular Aspects of Medicine. - 2006. - T. 27. -№ 2. - C.254-298.

39.Advances in Rapid Identification and Susceptibility Testing of Bacteria in the Clinical Microbiology Laboratory: Implications for Patient Care and Antimicrobial Stewardship Programs / F. P. Maurer, M. Christner, M. Hentschke, H. Rohde // Infectious Disease Reports. - 2017. - T. 9. - Advances in Rapid Identification and Susceptibility Testing of Bacteria in the Clinical Microbiology Laboratory. - № 1.

- C.6839.

40.Rentschler, S. Emerging Options for the Diagnosis of Bacterial Infections and the Characterization of Antimicrobial Resistance / S. Rentschler, L. Kaiser, H.-P. Deigner // International Journal of Molecular Sciences. - 2021. - T. 22. - № 1. -C.456.

41.Limitations of current techniques in clinical antimicrobial resistance diagnosis: examples and future prospects / J. Hassall, C. Coxon, V. C. Patel [et al.] // npj Antimicrobials and Resistance. - 2024. - T. 2. - Limitations of current techniques in clinical antimicrobial resistance diagnosis. - № 1. -C.16.

42.Nargis, W. Procalcitonin versus C-reactive protein: Usefulness as biomarker of sepsis in ICU patient / W. Nargis, M. Ibrahim, B. U. Ahamed // International Journal of Critical Illness and Injury Science. - 2014. - T. 4. - Procalcitonin versus C-reactive protein. - № 3. - C.195-199.

43.Serum Procalcitonin and C-Reactive Protein Levels as Markers of Bacterial Infection: A Systematic Review and Meta-analysis / L. Simon, F. Gauvin, D. K. Amre [et al.] // Clinical Infectious Diseases. - 2004. - T. 39. - Serum Procalcitonin and C-Reactive Protein Levels as Markers of Bacterial Infection. - № 2. - C.206-217.

44.Blood MxA protein as a marker for respiratory virus infections in young children / L. Toivonen, L. Schuez-Havupalo, M. Rulli [et al.] // Journal of Clinical Virology. - 2015. - T. 62. - C.8-13.

45.Evaluation of a Novel Point-of-Care Blood Myxovirus Resistance Protein A Measurement for the Detection of Viral Infection at the Pediatric Emergency Department / R. Piri, L. Ivaska, A.-M. Kujari [et al.] // The Journal of Infectious Diseases. - 2024. - T. 230. - № 5. - C. e1049-e1057.

46.Developing a Tool for Differentiation Between Bacterial and Viral Respiratory Infections Using Myxovirus Resistance Protein A and C-Reactive Protein / K. Iliopoulou, P. Koufargyris, S. Doulou [et al.] // Infectious Diseases and Therapy. -2024. - T. 13. - № 1. - C. 105-119.

47.A rapid host-protein test for differentiating bacterial from viral infection: Apollo diagnostic accuracy study / R. G. Bachur, S. L. Kaplan, C. A. Arias [et al.] // Journal of the American College of Emergency Physicians Open. - 2024. - T. 5. - A rapid host-protein test for differentiating bacterial from viral infection. - № 3. - C. e13167.

48.Comparison of two rapid host-response tests for distinguishing bacterial and viral infection in adults with acute respiratory infection / B. E. Dedeoglu, A. R. Tanner, N. J. Brendish [et al.] // The Journal of Infection. - 2024. - T. 89. - № 6. -C.106360.

49.Point-of-care tests for sexually transmitted infections: target product profiles. -URL: https://www.who.int/publications/i/item/9789240077102 (date accessed: 09.11.2025). - Text: electronic.

50.0too, J. A. REASSURED Multiplex Diagnostics: A Critical Review and Forecast / J. A. Otoo, T. S. Schlappi // Biosensors. - 2022. - T. 12. - REASSURED Multiplex Diagnostics. - № 2. - C.124.

51.A Highly Sensitive and Specific Detection Method for Mycobacterium tuberculosis Fluoroquinolone Resistance Mutations Utilizing the CRISPR-Cas13a System / X. Bai, P. Gao, K. Qian [et al.] // Frontiers in Microbiology. - 2022. - T. 13. - C.847373.

52.A streamlined CRISPR-based test for tuberculosis detection directly from sputum / A. G. Bell, O. R. S. Dunkley, N. H. Modi [et al.] // Science Advances. - T. 11. -№ 32. - C. eadx2067.

53.Loop-Mediated Isothermal Amplification-Integrated CRISPR Methods for Infectious Disease Diagnosis at Point of Care / D. Yigci, N. At?eken, A. K. Yetisen, S. Tasoglu // ACS Omega. - 2023. - T. 8. - № 46. - C. 43357-43373.

54.CRISPR/Cas12a coupled with loop-mediated isothermal amplification and lateral flow assay for SARS-CoV-2 detection / Y. Wang, Y. Peng, S. Liu [et al.] // Analytical Methods: Advancing Methods and Applications. - 2024. - T. 16. - № 35. - C. 5971-5981.

55.Akhtarian, S. Electrochemical Impedance Spectroscopy-Based Microfluidic Biosensor Using Cell-Imprinted Polymers for Bacteria Detection / S. Akhtarian, S. Kaur Brar, P. Rezai // Biosensors. - 2024. - T. 14. - № 9. - C.445.

56.Smartphone-based surface plasmon resonance sensing platform for rapid detection of bacteria / J. Wen, Y. Zhu, J. Liu, D. He // RSC Advances. - 2022. - T. 12. - № 21. -C. 13045-13051.

57.Singh, G. P. Smartphone-based Surface Plasmon Resonance Sensors: a Review / G. P. Singh, N. Sardana // Plasmonics (Norwell, Mass.). - 2022. - T. 17. -Smartphone-based Surface Plasmon Resonance Sensors. - № 5. - C. 1869-1888.

58.Rapid antimicrobial susceptibility testing using carbon screen printed electrodes in a microfluidic device / S. Gopalakrishnan, D. Mall, S. Pushpavanam, R. Karmakar // Scientific Reports. - 2025. - T. 15. - № 1. - C. 5133.

59.Collias, D. CRISPR technologies and the search for the PAM-free nuclease / D. Collias, C. L. Beisel // Nature Communications. - 2021. - T. 12. - № 1. -C.555.

60.Uddin, F. CRISPR Gene Therapy: Applications, Limitations, and Implications for the Future / F. Uddin, C. M. Rudin, T. Sen // Frontiers in Oncology. - 2020. - T. 10. - CRISPR Gene Therapy. - C.1387.

61.REASSURED diagnostics to inform disease control strategies, strengthen health systems and improve patient outcomes / K. J. Land, D. I. Boeras, X.-S. Chen [et al.] // Nature Microbiology. - 2019. - T. 4. - № 1. - C. 46-54.

62.Recent advances in CRISPR/Cas systems-associated surface enhanced Raman spectroscopy biosensor towards nucleic acid detection / D. Zhang, S. He, Z. Wang [et al.] // Medicine in Novel Technology and Devices. - 2024. - T. 24. - C.100336.

63.Direct Virus Gene Detection: A CRISPR/dCas9-Mediated Surface-Enhanced Raman Scattering Strategy with Enzyme-Catalyzed Signal Amplification / A. Su, Y. Liu, X. Cao [et al.] // Analytical Chemistry. - 2023. - T. 95. - Direct Virus Gene Detection. - № 14. - C. 5927-5936.

64.A CRISPR/Cas12a-powered gold/nickel foam surface-enhanced Raman spectroscopy biosensor for nucleic acid specific detection in foods / Y. Liu, S. Gou, L. Qiu [et al.] // Analyst. - 2024. - T. 149. - № 17. - C.4343-4350.

65.A CRISPR-Cas12a integrated SERS nanoplatform with chimeric DNA/RNA hairpin guide for ultrasensitive nucleic acid detection / B. Yin, Q. Zhang, X. Xia [et al.] // Theranostics. - 2022. - T. 12. - № 13. - C. 5914-5930.

66.Ma, L. Surface-Enhanced Raman Scattering -Based CRISPR-Cas Assay on Microfluidic Paper Analytical Devices for Supersensitive Detection of Pathogenic Bacteria in Foods / L. Ma, Y. Li, S. Man. - Text: electronic // CRISPR-Cas Methods : Springer Protocols Handbooks / eds. M. T. Islam [et al.]. - New York, NY : Springer US, 2025. - C. 217-226. - URL: https://link.springer.com/10.1007/978-1-0716-4358-7_18 (date accessed: 28.10.2025).

67.Nanoplasmonic SERS on fidget spinner for digital bacterial identification / M. Karmacharya, I. Michael, J. Han [et al.] // Microsystems & Nanoengineering. -2025. - T. 11. - № 1. - C. 38.

68.Disease prediction with multi-omics and biomarkers empowers case-control genetic discoveries in the UK Biobank / M. Garg, M. Karpinski, D. Matelska [et al.] // Nature Genetics. - 2024. - T. 56. - № 9. - C. 1821-1831.

69.Artificial intelligence and the impact of multiomics on the reporting of case reports / A. Boini, V. Grasso, H. Taher, A. A. Gumbs // World Journal of Clinical Cases.

- 2025. - T. 13. - № 15. - C. 101188.

70.Pammi, M. Multiomics, Artificial Intelligence and Precision Medicine in Perinatology / M. Pammi, N. Aghaeepour, J. Neu // Pediatric research. - 2023. -T. 93. - № 2. - C. 308-315.

71.Artificial intelligence performance in testing microfluidics for point-of-care / M. T. Doganay, P. Chakraborty, S. M. Bommakanti [et al.] // Lab on a Chip. - T. 24.

- № 21. - C. 4998-5008.

72.Machine learning at the edge for AI-enabled multiplexed pathogen detection / V. Ganjalizadeh, G. G. Meena, M. A. Stott [et al.] // Scientific Reports. - 2023. - T. 13. - № 1. -C.4744.

73.AI-Enabled Microfluidics for Respiratory Pathogen Detection / D. Zhang, X. Lv, H. Jiang [et al.] // Sensors (Basel, Switzerland). - 2025. - T. 25. - № 18. - C.5791.

74.DNA Transformations for Diagnosis and Therapy / S. Y. Ahn, J. Liu, S. Vellampatti [et al.] // Advanced Functional Materials. - 2021. - T. 31. - № 12. -C.2008279.

75.Yuwen, L. Recent Advances in DNA Nanotechnology-Enabled Biosensors for Virus Detection / L. Yuwen, S. Zhang, J. Chao // Biosensors. - 2023. - T. 13. - № 8. - C.822.

76.Self-assembled methodologies for the construction of DNA nanostructures and biological applications / R. Ye, Y. Wang, Y. Liu [et al.] // Biomaterials Science. -2024. - T. 12. - № 15. - C. 3712-3724.

77.Advances of fluorescent DNA nanostructures in biomedical applications / X. Shen, M. Cao, X. Xing [et al.] // The Innovation Materials. - 2024. - T. 2. - № 2. - C. 100064.

78.DNA nanotechnology for next-generation biosensors: Principles, strategies, and challenges / A. Sarwar, F. Shakeel, T. Fatima [et al.] // International Journal of Biological Macromolecules. - 2025. - T. 329. - DNA nanotechnology for next-generation biosensors. - № Pt 2. - C.147825.

79.CRISPR/Cas-SERS Sensing Platforms: A Frontier Technology for Next-Generation Fast, Low-Cost, Ultra-Micro Biosample Detection / C. Bao, X. Liu, C. Liang, S. Xu // Journal of Raman Spectroscopy. - 2025. - T. 56. - CRISPR/Cas-SERS Sensing Platforms. - № 10. - C.959-973.

80.PCR Cycling Process - An Overview of the 3 Stages | Avantor. - URL: https://www.avantorsciences.com/pl/pl/support/knowledge-center/pcr-cycling-process (date accessed: 03.11.2025). - Text: electronic.

81.Ishino, S. DNA polymerases as useful reagents for biotechnology - the history of developmental research in the field / S. Ishino, Y. Ishino // Frontiers in Microbiology. - 2014. - T. 5. - C.465.

82.Taq DNA Polymerase | BioVendor R&D. - URL: https://www.biovendor.com/taq-dna-polymerase-3 (date accessed: 03.11.2025). - Text: electronic.

83.Reverse transcription polymerase chain reaction / Text: electronic // Wikipedia / Page Version ID: 1319862933. - 2025. - URL: https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Reverse_transcription_polymerase_ch ain_reaction&oldid=1319862933 (date accessed: 03.11.2025).

84.Real-Time Polymerase Chain Reaction: Current Techniques, Applications, and Role in COVID-19 Diagnosis / I. M. Artika, Y. P. Dewi, I. M. Nainggolan [et al.] // Genes. - 2022. - T. 13. - Real-Time Polymerase Chain Reaction. - № 12. - C. 2387.

85.Digital PCR - PL. - URL: https://www.thermofisher.com/uk/en/home/life-science/pcr/digital-pcr.html (date accessed: 03.11.2025). - Text: electronic.

86.How qPCR works: SYBR Green vs TaqMan | INTEGRA. - URL: https://www.integra-biosciences.com/global/en/blog/article/how-qpcr-works-sybrr-green-vs-taqmanr (date accessed: 03.11.2025). - Text : electronic. 87.Inhibition mechanisms of hemoglobin, immunoglobulin G, and whole blood in digital and real-time PCR / M. Sidstedt, J. Hedman, E. L. Romsos [et al.] // Analytical and Bioanalytical Chemistry. - 2018. - T. 410. - № 10. - C.2569-2583. 88.Al-Soud, W. A. Purification and Characterization of PCR-Inhibitory Components in Blood Cells / W. A. Al-Soud, P. Rädström // Journal of Clinical Microbiology.

- 2001. - T. 39. - № 2. - C. 485-493.

89.Sidstedt, M. PCR inhibition in qPCR, dPCR and MPS—mechanisms and solutions / M. Sidstedt, P. Rädström, J. Hedman // Analytical and Bioanalytical Chemistry.

- 2020. - T. 412. - № 9. - C. 2009-2023.

90.Guo, J. ARMSprimer3: An open-source primer design Python program for amplification refractory mutation system PCR (ARMS-PCR) / J. Guo, J. Grojean, H. Guo // Journal of Pathology Informatics. - 2025. - T. 17. - ARMSprimer3. -C.100442.

91.Schuelke, M. An economic method for the fluorescent labeling of PCR fragments / M. Schuelke // Nature Biotechnology. - 2000. - T. 18. - № 2. - C. 233-234.

92.Competitive allele-specific TaqMan PCR (Cast-PCR) is a sensitive, specific and fast method for BRAF V600 mutation detection in Melanoma patients / R. Barbano, B. Pasculli, M. Coco [et al.] // Scientific Reports. - 2015. - T. 5. - № 1. -C. 18592.

93.Digital Nucleic Acid Signal Amplification Platform for Highly Sensitive DNA Mutation Analysis / H. Wu, X. Ma, Y. Chu [et al.] // Analytical Chemistry. - 2022.

- T. 94. - № 9. - C.3858-3864.

94.Differential gene expression analysis of common target genes for the detection of SARS-CoV-2 using real time-PCR / R. Valadan, S. Golchin, R. Alizadeh-Navaei [et al.] // AMB Express. - 2022. - T. 12. - C.112.

95.Single Real-Time Reverse Transcription-PCR Assay for Detection and Quantification of Genetically Diverse HIV-1, SIVcpz, and SIVgor Strains / L. Etienne, S. Eymard-Duvernay, A. Aghokeng [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 2013. - T. 51. - № 3. - C.787-798.

96.CDC. Xpert MTB/RIF Assay. - URL: https://www.cdc.gov/tb/php/laboratory-information/xpert-mtb-rif-assay.html (date accessed: 03.11.2025). - Text: electronic.

97.Limitations of the MTB/RIF Assay: An Xpert Review of 4 Clinical Cases / A. L. Haas, A. Ma, J. Pham [et al.] // Open Forum Infectious Diseases. - 2025. - T. 12. - Limitations of the MTB/RIF Assay. - № 4. - C.ofaf132.

98.Xpert MTB/RIF Ultra for detection of Mycobacterium tuberculosis and rifampicin resistance: a prospective multicentre diagnostic accuracy study / S. E. Dorman, S.

G. Schumacher, D. Alland [et al.] // The Lancet. Infectious Diseases. - 2018. - T. 18. - Xpert MTB/RIF Ultra for detection of Mycobacterium tuberculosis and rifampicin resistance. - № 1. - C. 76-84.

99.NASBA (molecular biology) / Text: electronic // Wikipedia / Page Version ID: 1314083424. - 2025. - URL: https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=NASBA_(molecular_biology)&oldid= 1314083424 (date accessed: 03.11.2025).

100. Special Diagnostic Techniques in Surgical Pathology / A. N. Kalof, M. F. Evans, K. Dantey, K. Cooper. - Text: electronic // Gattuso's Differential Diagnosis in Surgical Pathology. - Elsevier, 2022. - C. 1-40. - URL: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/B9780323661652000016 (date accessed: 09.11.2025).

101. Nai, Y. H. An improved nucleic acid sequence-based amplification method mediated by T4 gene 32 protein / Y. H. Nai, E. H. Doeven, R. M. Guijt // PLOS ONE. - 2022. - T. 17. - № 3. - C. e0265391.

102. Loop-mediated isothermal amplification of DNA / T. Notomi, H. Okayama,

H. Masubuchi [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2000. - T. 28. - № 12. - C. e63.

103. Advancements and applications of loop-mediated isothermal amplification technology: a comprehensive overview / N. Yang, H. Zhang, X. Han [et al.]. -Text: electronic // Frontiers in Microbiology. - 2024. - T. 15. - Advancements and applications of loop-mediated isothermal amplification technology. - URL: https://www.frontiersin.org/journals/microbiology/articles/10.3389/fmicb.2024.1 406632/full (date accessed: 04.11.2025).

104. Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP) | NEB. - URL: https://www.neb.com/en/protocols/2014/06/17/loop-mediated-isothermal-amplification-lamp (date accessed: 04.11.2025). - Text: electronic.

105. Soroka, M. Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP): The Better Sibling of PCR? / M. Soroka, B. Wasowicz, A. Rymaszewska // Cells. - 2021. -T. 10. - Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP). - № 8. - C.. 1931.

106. Stem-loop-primer assisted isothermal amplification enabling high-specific and ultrasensitive nucleic acid detection / G. Luo, T. Yi, Q. Wang [et al.] // Biosensors and Bioelectronics. - 2021. - T. 184. - .C. 113239.

107. Strand displacement amplification—an isothermal, in vitro DNA amplification technique / G. T. Walker, M. S. Fraiser, J. L. Schram [et al.] // Nucleic Acids Research. - 1992. - T. 20. - № 7. - C.1691-1696.

108. Walker, G. T. Empirical aspects of strand displacement amplification / G. T. Walker // PCR methods and applications. - 1993. - T. 3. - № 1. - C. 1-6.

109. Walker, G. T. A DNA probe assay using strand displacement amplification (SDA) and filtration to separate reacted and unreacted detector probes / G. T. Walker, J. G. Nadeau, C. P. Linn // Molecular and Cellular Probes. - 1995. - T. 9.

- № 6. - C. 399-403.

110. Nuovo, G. J. In situ strand displacement amplification: an improved technique for the detection of low copy nucleic acids / G. J. Nuovo // Diagnostic Molecular Pathology: The American Journal of Surgical Pathology, Part B. - 2000.

- T. 9. - In situ strand displacement amplification. - № 4. - C. 195-202.

111. Evaluation of a Strand Displacement Amplification Assay (BD ProbeTec-SDA) for Detection of Neisseria gonorrhoeae in Urine Specimens / D. Akduman, J. M. Ehret, K. Messina [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 2002. - T. 40. - № 1. - C. 281-283.

112. BD ProbeTec ET assay for the diagnosis of gonorrhoea in a high-risk population: a protocol for replacing traditional microscopy and culture techniques / C. Ryan, G. Kudesia, S. McIntyre [et al.] // Sexually Transmitted Infections. -2007. - T. 83. - BD ProbeTec ET assay for the diagnosis of gonorrhoea in a high-risk population. - № 3. - C. 175-179.

113. Lobato, I. M. Recombinase polymerase amplification: Basics, applications and recent advances / I. M. Lobato, C. K. O'Sullivan // Trends in Analytical Chemistry. - 2018. - T. 98. - Recombinase polymerase amplification. - C.19-35.

114. Recombinase Polymerase Amplification for Diagnostic Applications / R. K. Daher, G. Stewart, M. Boissinot, M. G. Bergeron // Clinical Chemistry. - 2016. -T. 62. - № 7. - C. 947-958.

115. The concentration of single-stranded DNA-binding proteins is a critical factor in recombinase polymerase amplification (RPA), as revealed by insights from an open-source system / F. Cordoba-Andrade, A. Peralta-Castro, P. L. Garcia-Medel [et al.] // PeerJ. - 2025. - T. 13. - C. e19758.

116. Recombinase-Controlled Multiphase Condensates Accelerate Nucleic Acid Amplification and CRISPR-Based Diagnostics / A. Homchan, M. Patchsung, P. Chantanakool [et al.] // Journal of the American Chemical Society. - 2025. - T. 147. - № 12. - C. 10088-10103.

117. Advancements in the synergy of isothermal amplification and CRISPR-cas technologies for pathogen detection / X. Mao, M. Xu, S. Luo [et al.] // Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. - 2023. - T. 11. - C.1273988.

118. Point-of-care diagnostic assay for the detection of Zika virus using the recombinase polymerase amplification method / N. I. Vasileva Wand, L. C. Bonney, R. J. Watson [et al.] // The Journal of General Virology. - 2018. - T. 99. - № 8. -C.1012-1026.

119. Recombinase Polymerase Amplification-Based Biosensors for Rapid Zoonoses Screening / X. Feng, Y. Liu, Y. Zhao [et al.] // International Journal of Nanomedicine. - 2023. - T. Volume 18. - C. 6311-6331.

120. Application of recombinase polymerase amplification with lateral flow assay to pathogen point-of-care diagnosis / Y. Zhao, Y. Wei, C. Ye [et al.] // Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. - 2024. - T. 14. - C.1475922.

121. Optimization of oligonucleotide-based DNA microarrays / A. Relogio, C. Schwager, A. Richter [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2002. - T. 30. - № 11.

- C.e51.

122. Kane, M. D. Assessment of the sensitivity and specificity of oligonucleotide (50mer) microarrays / M. D. Kane // Nucleic Acids Research. - 2000. - T. 28. - № 22. - C. 4552-4557.

123. Babady, N. E. The FilmArray® respiratory panel: an automated, broadly multiplexed molecular test for the rapid and accurate detection of respiratory pathogens / N. E. Babady // Expert Review of Molecular Diagnostics. - 2014. - T. 13. - The FilmArray® respiratory panel. - № 8. - C. 779-788.

124. Oligonucleotide Microarray for the Study of Functional Gene Diversity in the Nitrogen Cycle in the Environment / G. Taroncher-Oldenburg, E. M. Griner, C. A. Francis, B. B. Ward // Applied and Environmental Microbiology. - 2003. -T. 69. - № 2. - C. 1159-1171.

125. Advances in Microfluidic PCR for Point-of-Care Infectious Disease Diagnostics / S. Park, Y. Zhang, S. Lin [et al.] // Biotechnology advances. - 2011.

- T. 29. - № 6. - C.830-839.

126. Integrated microfluidic systems with sample preparation and nucleic acid amplification / J. Yin, Y. Suo, Z. Zou [et al.] // Lab on a chip. - 2019. - T. 19. - № 17. - C. 2769-2785.

127. Rapid on-site nucleic acid testing: On-chip sample preparation, amplification, and detection, and their integration into all-in-one systems / J. Wang, H. Jiang, L. Pan [et al.] // Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. - 2023.

- T. 11. - Rapid on-site nucleic acid testing. - C. 1020430.

128. Recent Uses of Paper Microfluidics in Isothermal Nucleic Acid Amplification Tests / J. Reynolds, R. S. Loeffler, P. J. Leigh [et al.] // Biosensors.

- 2023. - T. 13. - № 9. - C.885.

129. Lehnert, T. Microfluidic systems for infectious disease diagnostics / T. Lehnert, M. A. M. Gijs // Lab on a Chip. - 2024. - T. 24. - № 5. - C. 1441-1493.

130. Detection of loop-mediated isothermal amplification reaction by turbidity derived from magnesium pyrophosphate formation / Y. Mori, K. Nagamine, N. Tomita, T. Notomi // Biochemical and Biophysical Research Communications. -2001. - T. 289. - № 1. - C. 150-154.

131. Colorimetric Detection of Loop-Mediated Isothermal Amplification Reaction by Using Hydroxy Naphthol Blue / M. Goto, E. Honda, A. Ogura [et al.].

- Text: electronic // BioTechniques. - 2009. - URL: https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.2144/000113072 (date accessed: 04.11.2025).

132. Ultrasensitive, rapid and inexpensive detection of DNA using paper based lateral flow assay / M. Jauset-Rubio, M. Svobodova, T. Mairal [et al.] // Scientific Reports. - 2016. - T. 6. - № 1. - C. 37732.

133. Application of Targeted Next-Generation Sequencing Assay on a Portable Sequencing Platform for Culture-Free Detection of Drug-Resistant Tuberculosis from Clinical Samples / A. M. Cabibbe, A. Spitaleri, S. Battaglia [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 2020. - T. 58. - № 10. - C. e00632-20.

134. Assessing Nanopore Sequencing for Clinical Diagnostics: a Comparison of Next-Generation Sequencing (NGS) Methods for Mycobacterium tuberculosis / C. Smith, T. A. Halse, J. Shea [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 2020. -T. 59. - Assessing Nanopore Sequencing for Clinical Diagnostics. - № 1. - C. e00583-20.

135. Diagnostic accuracy of nanopore sequencing for detecting Mycobacterium tuberculosis and drug-resistant strains: a systematic review and meta-analysis / T. H. D. C. Carandang, D. J. Cunanan, G. S. Co [et al.] // Scientific Reports. - 2025.

- T. 15. - Diagnostic accuracy of nanopore sequencing for detecting Mycobacterium tuberculosis and drug-resistant strains. - № 1. - C. 11626.

136. Input DNA/RNA QC. - URL: https://nanoporetech.com/document/input-dna-rna-qc (date accessed: 04.11.2025). - Text: electronic.

137. New nanopore sequencing chemistry in developers' hands; set to deliver Q20+ (99%+) "raw read" accuracy. - URL: https://nanoporetech.com/news/news-new-nanopore-sequencing-chemistry-developers-hands-set-deliver-q20-99-raw-read (date accessed: 04.11.2025). - Text: electronic.

138. Gehring, U. Improvements in air quality: whose lungs benefit? / U. Gehring, G. H. Koppelman // European Respiratory Journal. - 2019. - T. 53. -Improvements in air quality. - № 4. - C. 1900365.

139. DeepTCR is a deep learning framework for revealing sequence concepts within T-cell repertoires / J.-W. Sidhom, H. B. Larman, D. M. Pardoll, A. S. Baras // Nature Communications. - 2021. - T. 12. - № 1. - C. 1605.

140. Comparison of Illumina and Oxford Nanopore sequencing data quality for Clostridioides difficile genome analysis and their application for epidemiological surveillance / S. Bejaoui, S. H. Nielsen, A. Rasmussen [et al.] // BMC Genomics.

- 2025. - T. 26. - C. 92.

141. Gu, W. Clinical Metagenomic Next-Generation Sequencing for Pathogen Detection / W. Gu, S. Miller, C. Y. Chiu // Annual review of pathology. - 2019. -T. 14. - C. 319-338.

142. Development of a universal real-time RT-PCR assay for detection of pan-SARS-coronaviruses with an RNA-based internal control / B. Yu, C. Xu, S. Huang [et al.] // Frontiers in Microbiology. - 2023. - T. 14. - C. 1181097.

143. An integrated and multi-functional droplet-based microfluidic platform for digital DNA amplification / Y. Wang, X. Zhou, Z. Yang [et al.] // Biosensors and Bioelectronics. - 2024. - T. 246. - C. 115831.

144. Longo, M. C. Use of uracil DNA glycosylase to control carry-over contamination in polymerase chain reactions / M. C. Longo, M. S. Berninger, J. L. Hartley // Gene. - 1990. - T. 93. - № 1. - C. 125-128.

145. Nucleic acid detection with CRISPR-Cas13a/C2c2 / J. S. Gootenberg, O. O. Abudayyeh, J. W. Lee [et al.]. - Text: electronic // Science. - 2017. - URL: https://www.science.org/doi/10.1126/science.aam9321 (date accessed: 04.11.2025).

146. Watson, J. D. Molecular Structure of Nucleic Acids: A Structure for Deoxyribose Nucleic Acid / J. D. Watson, F. H. C. Crick // Nature. - 1953. - T. 171. - Molecular Structure of Nucleic Acids. - № 4356. - C. 737-738.

147. Discovering Protein-Protein Interactions Using Nucleic Acid Programmable Protein Arrays / Y. Tang, J. Qiu, M. Machner, J. LaBaer. - Text : electronic // Current Protocols in Cell Biology. - 2017. - T. 74. - № 1. - URL: https://currentprotocols. onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cpcb. 14 (date accessed: 09.11.2025).

148. Pardue, M. L. Molecular hybridization of radioactive DNA to the DNA of cytological preparations / M. L. Pardue, J. G. Gall // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1969. - T. 64. - № 2. - C. 600-604.

149. Highly efficient and robust n-FISH rainbow for multiplexed in situ detection of diverse biomolecules / Y. Tao, X. Zhou, L. Sun [et al.] // Nature Communications. - 2023. - T. 14. - № 1. - C. 443.

150. Li, B. Rational, modular adaptation of enzyme-free DNA circuits to multiple detection methods / B. Li, A. D. Ellington, X. Chen // Nucleic Acids Research. -2011. - T. 39. - № 16. - C. e110-e110.

151. Tyagi, S. Molecular Beacons: Probes that Fluoresce upon Hybridization / S. Tyagi, F. R. Kramer // Nature Biotechnology. - 1996. - T. 14. - Molecular Beacons. - № 3. - C. 303-308.

152. Thermodynamic basis of the enhanced specificity of structured DNA probes / G. Bonnet, S. Tyagi, A. Libchaber, F. R. Kramer // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1999. - T. 96. - № 11. - C. 6171-6176.

153. Hybridization kinetics and thermodynamics of molecular beacons / A. Tsourkas, M. A. Behlke, S. D. Rose, G. Bao // Nucleic Acids Research. - 2003. -T. 31. - № 4. - C. 1319-1330.

154. Monroy-Contreras, R. Molecular Beacons: Powerful Tools for Imaging RNA in Living Cells / R. Monroy-Contreras, L. Vaca // Journal of Nucleic Acids.

- 2011. - T. 2011. - Molecular Beacons. - C. 741723.

155. Molecular beacon strategies for sensing purpose / N. Bidar, M. Amini, F. Oroojalian [et al.] // TrAC Trends in Analytical Chemistry. - 2021. - T. 134. - C. 116143.

156. Marras, S. A. E. Efficiencies of fluorescence resonance energy transfer and contact-mediated quenching in oligonucleotide probes / S. A. E. Marras, F. R. Kramer, S. Tyagi // Nucleic Acids Research. - 2002. - T. 30. - № 21. - C. e122.

157. Mhlanga, M. M. Using Molecular Beacons to Detect Single-Nucleotide Polymorphisms with Real-Time PCR / M. M. Mhlanga, L. Malmberg // Methods.

- 2001. - T. 25. - № 4. - C. 463-471.

158. Bao, G. Fluorescent Probes for Live-Cell RNA Detection / G. Bao, W. J. Rhee, A. Tsourkas // Annual review of biomedical engineering. - 2009. - T. 11. -C. 25-47.

159. Rapid Universal Identification of Bacterial Pathogens from Clinical Cultures by Using a Novel Sloppy Molecular Beacon Melting Temperature Signature Technique / S. Chakravorty, B. Aladegbami, M. Burday [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 2010. - T. 48. - № 1. - C. 258-267.

160. Kim, Y. Molecular Beacons in Biomedical Detection and Clinical Diagnosis / Y. Kim, D. Sohn, W. Tan // International Journal of Clinical and Experimental Pathology. - 2008. - T. 1. - № 2. - C. 105-116.

161. Shakoori, A. R. Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) and Its Applications / A. R. Shakoori // Chromosome Structure and Aberrations. - 2017.

- C. 343-367.

162. Cui, C. Fluorescence In situ Hybridization: Cell-Based Genetic Diagnostic and Research Applications / C. Cui, W. Shu, P. Li. - Text: electronic // Frontiers in Cell and Developmental Biology. - 2016. - T. 4. - Fluorescence In situ Hybridization. - URL: https://www.frontiersin.org/journals/cell-and-developmental-biology/articles/10.3389/fcell.2016.00089/full (date accessed: 04.11.2025).

163. Fluorescence In Situ Hybridization Method Using a Peptide Nucleic Acid Probe for Identification of Salmonella spp. in a Broad Spectrum of Samples / C. Almeida, N. F. Azevedo, R. M. Fernandes [et al.] // Applied and Environmental Microbiology. - 2010. - T. 76. - № 13. - C. 4476-4485.

164. Fluorescence In Situ Hybridization Assay Using Peptide Nucleic Acid Probes for Differentiation between Tuberculous and Nontuberculous Mycobacterium Species in Smears of Mycobacterium Cultures / H. Stender, K. Lund, K. H. Petersen [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 1999. - T. 37. - № 9. - C. 2760-2765.

165. HER2 Gene Amplification Testing by Fluorescent In Situ Hybridization (FISH): Comparison of the ASCO-College of American Pathologists Guidelines With FISH Scores Used for Enrollment in Breast Cancer International Research Group Clinical Trials / M. F. Press, G. Sauter, M. Buyse [et al.] // Journal of Clinical Oncology. - 2016. - T. 34. - HER2 Gene Amplification Testing by Fluorescent In Situ Hybridization (FISH). - № 29. - C. 3518-3528.

166. Quantification of Target Molecules Needed To Detect Microorganisms by Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) and Catalyzed Reporter Deposition-FISH / T. Hoshino, L. S. Yilmaz, D. R. Noguera [et al.] // Applied and Environmental Microbiology. - 2008. - T. 74. - № 16. - C. 5068-5077.

167. Brehm-Stecher, B. F. Design and Evaluation of 16S rRNA-Targeted Peptide Nucleic Acid Probes for Whole-Cell Detection of Members of the Genus Listeria / B. F. Brehm-Stecher, J. J. Hyldig-Nielsen, E. A. Johnson // Applied and Environmental Microbiology. - 2005. - T. 71. - № 9. - C. 5451-5457.

168. Barakat, T. S. Combined DNA-RNA Fluorescent In situ Hybridization (FISH) to Study X Chromosome Inactivation in Differentiated Female Mouse Embryonic Stem Cells / T. S. Barakat, J. Gribnau // Journal of Visualized Experiments : JoVE. - 2014. - № 88. - C. 51628.

169. HER2 status in breast cancer: changes in guidelines and complicating factors for interpretation / S. Ahn, J. W. Woo, K. Lee, S. Y. Park // Journal of Pathology and Translational Medicine. - 2019. - T. 54. - HER2 status in breast cancer. - № 1. - c. 34-44.

170. Natraj, C. V. Control of DNA synthesis in growing BALB/c 3T3 mouse cells by a fibroblast growth regulatory factor / C. V. Natraj, P. Datta // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1978. - T. 75. - № 12. - C. 6115-6119.

171. Lockhart, D. J. Genomics, gene expression and DNA arrays / D. J. Lockhart, E. A. Winzeler // Nature. - 2000. - T. 405. - № 6788. - C. 827-836.

172. Beier, M. Production by quantitative photolithographic synthesis of individually quality checked DNA microarrays / M. Beier, J. D. Hoheisel // Nucleic Acids Research. - 2000. - T. 28. - № 4. - C. E11.

173. Hong, B. J. DNA microarrays on nanoscale-controlled surface / B. J. Hong, V. Sunkara, J. W. Park // Nucleic Acids Research. - 2005. - T. 33. - № 12. - C. e106.

174. Arango, B. A. Gene expression profiling in breast cancer / B. A. Arango, C. L. Rivera, S. Glück // American Journal of Translational Research. - 2013. - T. 5. - № 2. - C. 132-138.

175. Representational Oligonucleotide Microarray Analysis: A High-Resolution Method to Detect Genome Copy Number Variation / R. Lucito, J. Healy, J. Alexander [et al.] // Genome Research. - 2003. - T. 13. - Representational Oligonucleotide Microarray Analysis. - № 10. - C. 2291-2305.

176. High-Density RNA Microarrays Synthesized In Situ by Photolithography / J. Lietard, D. Ameur, M. J. Damha, M. M. Somoza // Angewandte Chemie (International Ed. in English). - 2018. - T. 57. - № 46. - C. 15257-15261.

177. Accessing Genetic Information with High-Density DNA Arrays / M. Chee, R. Yang, E. Hubbell [et al.] // Science. - 1996. - T. 274. - № 5287. - C. 610-614.

178. Expression profiling using microarrays fabricated by an ink-jet oligonucleotide synthesizer / T. R. Hughes, M. Mao, A. R. Jones [et al.] // Nature Biotechnology. - 2001. - T. 19. - № 4. - C. 342-347.

179. Development of a DNA Microarray for Detection and Identification of Fungal Pathogens Involved in Invasive Mycoses / D. M. Leinberger, U. Schumacher, I. B. Autenrieth, T. T. Bachmann // Journal of Clinical Microbiology. - 2005. - T. 43. - № 10. - C. 4943-4953.

180. DNA Detection Using Recombination Proteins / O. Piepenburg, C. H. Williams, D. L. Stemple, N. A. Armes // PLOS Biology. - 2006. - T. 4. - № 7. -C.e204.

181. DNA microarrays on nanoscale-controlled surface | Nucleic Acids Research | Oxford Academic. - URL: https://academic.oup.com/nar/article/33/12/e106/2401010 (date accessed: 04.11.2025). - Text: electronic.

182. Electrochemical Detection of Single-Nucleotide Polymorphism Associated with Rifampicin Resistance in Mycobacterium tuberculosis Using Solid-Phase Primer Elongation with Ferrocene-Linked Redox-Labeled Nucleotides / M. Ortiz, M. Jauset-Rubio, V. Skouridou [et al.] // ACS Sensors. - 2021. - T. 6. - № 12. -

C. 4398-4407.

183. Discrimination of single-point mutations in unamplified genomic DNA via Cas9 immobilized on a graphene field-effect transistor / S. Balderston, J. J. Taulbee, E. Celaya [et al.] // Nature Biomedical Engineering. - 2021. - T. 5. - № 7. - C. 713-725.

184. An electrochemical biosensor for the detection of Mycobacterium tuberculosis DNA from sputum and urine samples / D. Ramos-Sono, R. Laureano,

D. Rueda [et al.] // PLoS ONE. - 2020. - T. 15. - № 10. - C. e0241067.

185. Complementarity of EIS and SPR to Reveal Specific and Nonspecific Binding When Interrogating a Model Bioaffinity Sensor; Perspective Offered by Plasmonic Based EIS / C. Polonschii, S. David, S. Gaspar [et al.] // Analytical Chemistry. - 2014. - T. 86. - № 17. - C. 8553-8562.

186. Sensitization Strategies of Lateral Flow Immunochromatography for Gold Modified Nanomaterials in Biosensor Development / X. He, T. Hao, H. Geng [et al.] // International Journal of Nanomedicine. - 2023. - T. Volume 18. - C. 78477863.

187. Stahelin, R. V. Surface plasmon resonance: a useful technique for cell biologists to characterize biomolecular interactions / R. V. Stahelin // Molecular Biology of the Cell. - 2013. - T. 24. - Surface plasmon resonance. - № 7. - C. 883-886.

188. Lateral flow assays (LFA) as an alternative medical diagnosis method for detection of virus species: The intertwine of nanotechnology with sensing strategies / P. Sadeghi, H. Sohrabi, M. Hejazi [et al.] // Trends in Analytical Chemistry. - 2021. - T. 145. - Lateral flow assays (LFA) as an alternative medical diagnosis method for detection of virus species. - C. 116460.

189. Lichtenberg, J. Y. Non-Specific Adsorption Reduction Methods in Biosensing / J. Y. Lichtenberg, Y. Ling, S. Kim // Sensors (Basel, Switzerland). -2019. - T. 19. - № 11. - C. 2488.

190. An Electrochemical Sensor for Single Nucleotide Polymorphism Detection in Serum Based on a Triple-Stem DNA Probe / Y. Xiao, X. Lou, T. Uzawa [et al.] // Journal of the American Chemical Society. - 2009. - T. 131. - № 42. - C. 1531115316.

191. Rapid detection of Mycobacterium tuberculosis in sputum using CRISPR-Cas12b combined with cross-priming amplification in a single reaction / L. Peng, T. Fang, Q. Cai [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 2023. - T. 62. - № 1. - C. e00923-23.

192. Rapid lateral flow immunoassay for the fluorescence detection of SARS-CoV-2 RNA / D. Wang, S. He, X. Wang [et al.] // Nature Biomedical Engineering.

- 2020. - T. 4. - № 12. -C. 1150-1158.

193. Evaluation of SARS-CoV-2 lateral flow device sensitivity: a comparison of systematic laboratory assessments with manufacturer-reported sensitivity / R. Kulasegaran-Shylini, A. Bown, T. Collinge [et al.] // eClinicalMedicine. - 2025. -T. 87. - Evaluation of SARS-CoV-2 lateral flow device sensitivity. - C. 103454.

194. Amplification of nonspecific products in quantitative polymerase chain reactions (qPCR) / A. Ruiz-Villalba, E. van Pelt-Verkuil, Q. D. Gunst [et al.] // Biomolecular Detection and Quantification. - 2017. - T. 14. - C. 7-18.

195. False Positives in Multiplex PCR-Based Next-Generation Sequencing Have Unique Signatures / C. M. McCall, S. Mosier, M. Thiess [et al.] // The Journal of Molecular Diagnostics. - 2014. - T. 16. - № 5. - C. 541-549.

196. DNAzyme-Based Biosensors: Immobilization Strategies, Applications, and Future Prospective / S. Khan, B. Burciu, C. D. M. Filipe [et al.] // ACS Nano. -2021. - T. 15. - DNAzyme-Based Biosensors. - № 9. - C. 13943-13969.

197. Recent progress in the development of DNA-based biosensors integrated with hybridization chain reaction or catalytic hairpin assembly / L. Mo, W. He, Z. Li [et al.] // Frontiers in Chemistry. - 2023. - T. 11. - C. 1134863.

198. Wang, Y. Solution Structure of a Parallel-stranded G-Quadruplex DNA / Y. Wang, D. J. Patel // Journal of Molecular Biology. - 1993. - T. 234. - № 4. - C. 1171-1183.

199. Interaction of hemin with quadruplex DNA / M. Ghahremani Nasab, L. Hassani, S. Mohammadi Nejad, D. Norouzi // Journal of Biological Physics. -2017. - T. 43. - № 1. - C. 5-14.

200. DNA G-quadruplex structures mould the DNA methylome / S.-Q. Mao, A. T. Ghanbarian, J. Spiegel [et al.] // Nature structural & molecular biology. - 2018.

- T. 25. - № 10. - C. 951-957.

201. Maizels, N. G4 motifs in human genes / N. Maizels // Annals of the New York Academy of Sciences. - 2012. - T. 1267. - C. 53-60.

202. Investigation and improvement of catalytic activity of G-quadruplex/hemin DNAzymes using designed terminal G-tetrads with deoxyadenosine caps / Y. Cao, P. Ding, L. Yang [et al.] // Chemical Science. - 2020. - T. 11. - № 26. - C. 68966906.

203. Activatable G-quadruplex based catalases for signal transduction in biosensing / E. E. Iwaniuk, T. Adebayo, S. Coleman [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2023. - T. 51. - № 4. - C. 1600-1607.

204. Biver, T. Discriminating between Parallel, Anti-Parallel and Hybrid G-Quadruplexes: Mechanistic Details on Their Binding to Small Molecules / T. Biver // Molecules. - 2022. - T. 27. - Discriminating between Parallel, Anti-Parallel and Hybrid G-Quadruplexes. - № 13. - C. 4165.

205. A ribozyme and a catalytic DNA with peroxidase activity: active sites versus cofactor-binding sites / P. Travascio, A. J. Bennet, D. Y. Wang, D. Sen // Chemistry & Biology. - 1999. - T. 6. - A ribozyme and a catalytic DNA with peroxidase activity. - № 11. - C. 779-787.

206. Gao, Y. Hemin/G-Quadruplex Dnazyme for Electrochemical Biosensing / Y. Gao, L. Liu, N. Xia. - Text: electronic. - URL: https://austinpublishinggroup.com/biosensors-bioelectronics/fulltext/ajbb-v1-id1009.php (date accessed: 04.11.2025).

207. Yang, H. G-quadruplex DNA for construction of biosensors / H. Yang, Y. Zhou, J. Liu // TrAC Trends in Analytical Chemistry. - 2020. - T. 132. - C. 116060.

208. Xi, H. G-quadruplex based biosensor: A potential tool for SARS-CoV-2 detection / H. Xi, M. Juhas, Y. Zhang // Biosensors & Bioelectronics. - 2020. - T. 167. - G-quadruplex based biosensor. - C. 112494.

209. Development of chromogenic detection for biomolecular analysis / W. Peng, W. Li, H. Han [et al.] // VIEW. - 2022. - T. 3. - № 1. - C. 20200191.

210. Rabiei, P. A label-free G-quadruplex aptamer/gold nanoparticle-based colorimetric biosensor for rapid detection of bovine viral diarrhea virus genotype 1 / P. Rabiei, H. Mohabatkar, M. Behbahani // PLOS ONE. - 2024. - T. 19. - № 7. - C. e0293561.

211. A novel G-quadruplex aptamer-based spike trimeric antigen test for the detection of SARS-CoV-2 / A. Gupta, A. Anand, N. Jain [et al.] // Molecular Therapy. Nucleic Acids. - 2021. - T. 26. - C. 321-332.

212. A Rolling Circle-Amplified G-Quadruplex/Hemin DNAzyme for Chemiluminescence Immunoassay of the SARS-CoV-2 Protein / R. Zhang, J. Wu, H. Ao [et al.] // Analytical Chemistry. - 2021. - T. 93. - № 28. - C. 9933-9938.

213. A Synergistic Dual-Channel Sensor for Ultrasensitive Detection of Pseudomonas aeruginosa by DNA Nanostructure and G-Quadruplex / W. Yuan, X. Wang, Z. Sun [et al.] // Biosensors. - 2022. - T. 13. - № 1. - C. 24.

214. An Integrated Microfluidic Biosensing System Based on a Versatile Valve and Recombinase Polymerase Amplification for Rapid and Sensitive Detection of Salmonella typhimurium / Y. Jin, J. Wang, Z. Wang [et al.] // Biosensors. - 2023.

- T. 13. - № 8. - C. 790.

215. Liu, X. Recent progress on DNAzyme-based biosensors for pathogen detection / X. Liu, W. Yuan, H. Xiao // Analytical Methods. - 2024. - T. 16. - № 29. - C. 4917-4937.

216. Breaker, R. R. A DNA enzyme that cleaves RNA / R. R. Breaker, G. F. Joyce // Chemistry & Biology. - 1994. - T. 1. - № 4. - C. 223-229.

217. Santoro, S. W. A general purpose RNA-cleaving DNA enzyme / S. W. Santoro, G. F. Joyce // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1997.

- T. 94. - № 9. - C. 4262-4266.

218. Santoro, S. W. Mechanism and Utility of an RNA-Cleaving DNA Enzyme / S. W. Santoro, G. F. Joyce // Biochemistry. - 1998. - T. 37. - № 38. - C. 1333013342.

219. Crystal structure of an RNA-cleaving DNAzyme / H. Liu, X. Yu, Y. Chen [et al.] // Nature Communications. - 2017. - T. 8. - № 1. - C. 2006.

220. RNA cleaving '10-23' DNAzymes with enhanced stability and activity / S. Schubert, D. C. Gül, H.-P. Grunert [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2003. - T. 31. - № 20. - C. 5982-5992.

221. Molecular Features and Metal Ions That Influence 10-23 DNAzyme Activity / H. Rosenbach, J. Victor, M. Etzkorn [et al.] // Molecules. - 2020. - T. 25. - № 13. - C. 3100.

222. An RNA-Cleaving DNAzyme That Requires an Organic Solvent to Function / T. Chang, G. Li, D. Chang [et al.] // Angewandte Chemie International Edition. -2023. - T. 62. - № 42. - C. e202310941.

223. The 8-17 DNAzyme can operate in a single active structure regardless of metal ion cofactor / J. Wieruszewska, A. Pawlowicz, E. Polomska [et al.] // Nature Communications. - 2024. - T. 15. - C. 4218.

224. Catalytic mechanisms of the 8-17 and 10-23 DNAzymes: shared mechanistic strategies / M. Muñoz-González, V. Silva-Galleguillos, V. Parra-Meneses [et al.] // Organic & Biomolecular Chemistry. - 2025. - T. 23. - Catalytic mechanisms of the 8-17 and 10-23 DNAzymes. - № 19. - C. 4564-4577.

225. Silverman, S. K. Catalytic DNA: Scope, Applications, and Biochemistry of Deoxyribozymes / S. K. Silverman // Trends in Biochemical Sciences. - 2016. -T. 41. - Catalytic DNA. - № 7. - C. 595-609.

226. A Sensitive DNAzyme-Based Chiral Sensor for Lead Detection / H. Kuang, H. Yin, C. Xing, C. Xu // Materials. - 2013. - T. 6. - № 11. - C. 5038-5046.

227. A sensitive and selective label-free DNAzyme-based sensor for lead ions by using a conjugated polymer / X. Chen, H. Guan, Z. He [et al.] // Analytical Methods. - 2012. - T. 4. - № 6. - C. 1619-1622.

228. Target-catalyzed self-assembled spherical G-quadruplex/hemin DNAzymes for highly sensitive colorimetric detection of microRNA in serum / X. Yang, L. Yuan, Y. Xu, B. He // Analytica Chimica Acta. - 2023. - T. 1247. - C. 340879.

229. Splitting aptamers and nucleic acid enzymes for the development of advanced biosensors / M. Debiais, A. Lelievre, M. Smietana, S. Müller // Nucleic Acids Research. - 2020. - T. 48. - № 7. - C. 3400-3422.

230. DNAzyme-Mediated Assays for Amplified Detection of Nucleic Acids and Proteins / H. Peng, A. M. Newbigging, Z. Wang [et al.] // Analytical Chemistry. -2018. - T. 90. - № 1. - C. 190-207.

231. Target-driven assembly of DNAzyme probes for simultaneous electrochemical detection of multiplex microRNAs / Q. Lin, J. Wu, L. Jiang [et al.] // The Analyst. - 2022. - T. 147. - № 2. - C. 262-267.

232. DNA-only bioassay for simultaneous detection of proteins and nucleic acids / A. Montserrat Pages, S. Safdar, K. Ven [et al.] // Analytical and Bioanalytical Chemistry. - 2021. - T. 413. - № 20. - C. 4925-4937.

233. An ultrasensitive Cd2+ detection biosensor based on DNAzyme and CRISPR/Cas12a coupled with hybridization chain reaction / P. Liang, B. Lv, K. Chen [et al.] // Analytica Chimica Acta. - 2023. - T. 1283. - C. 341950.

234. Biostable L-DNAzyme for Sensing of Metal Ions in Biological Systems / L. Cui, R. Peng, T. Fu [et al.] // Analytical Chemistry. - 2016. - T. 88. - № 3. -C. 1850-1855.

235. In vitro selection of a sodium-specific DNAzyme and its application in intracellular sensing / S.-F. Torabi, P. Wu, C. E. McGhee [et al.] // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2015. - T. 112. - № 19. - C. 5903-5908.

236. DNAzyme-Triggered Equilibrium Transfer with Self-Activated CRISPR-Cas12a Biosensor Enables One-Pot Diagnosis of Nucleic Acids / D. Huang, Y. He, C. Xu [et al.] // Analytical Chemistry. - 2025. - T. 97. - № 5. - C. 3026-3035.

237. Recent advances in cascade isothermal amplification techniques for ultrasensitive nucleic acid detection / H. Jiang, Y. Li, X. Lv [et al.] // Talanta. - 2023.

- T. 260. - C. 124645.

238. Rapid detection of SARS-CoV-2 RNA in saliva via Cas13 / S. S. Chandrasekaran, S. Agrawal, A. Fanton [et al.] // Nature Biomedical Engineering.

- 2022. - T. 6. - № 8. - C. 944-956.

239. Rapid single cell detection of Staphylococcus aureus by aptamer-conjugated gold nanoparticles / Y.-C. Chang, C.-Y. Yang, R.-L. Sun [et al.] // Scientific Reports. - 2013. - T. 3. - № 1. - C. 1863.

240. Construction of an enzyme-free concatenated DNA circuit for signal amplification and intracellular imaging / H. Wang, C. Li, X. Liu [et al.] // Chemical Science. - 2018. - Т. 9. - № 26. - C. 5842-5849.

241. Recent progress in the development of DNA-based biosensors integrated with hybridization chain reaction or catalytic hairpin assembly / L. Mo, W. He, Z. Li [et al.]. - Text: electronic // Frontiers in Chemistry. - 2023. - Т. 11. - URL: https://www.frontiersin.org/journals/chemistry/articles/10.3389/fchem.2023.1134 863/full (date accessed: 04.11.2025).

242. A Nonenzymatic Hairpin DNA Cascade Reaction Provides High Signal Gain of mRNA Imaging inside Live Cells / C. Wu, S. Cansiz, L. Zhang [et al.] // Journal of the American Chemical Society. - 2015. - Т. 137. - № 15. - C. 49004903.

243. Kolpashchikov, D. M. Split DNA Enzyme for Visual Single Nucleotide Polymorphism Typing / D. M. Kolpashchikov // Journal of the American Chemical Society. - 2008. - Т. 130. - № 10. - C. 2934-2935.

244. Kolpashchikov, D. M. Binary Probes for Nucleic Acid Analysis / D. M. Kolpashchikov // Chemical Reviews. - 2010. - Т. 110. - № 8. - C. 4709-4723.

245. Toward a Rational Approach to Design Split G-Quadruplex Probes / R. P. Connelly, C. Verduzco, S. Farnell [et al.] // ACS Chemical Biology. - 2019. - Т. 14. - № 12. - C. 2701-2712.

246. Cao, Y. Split Locations and Secondary Structures of a DNAzyme Critical to Binding-Assembled Multicomponent Nucleic Acid Enzymes for Protein Detection / Y. Cao, H. Zhang, X. C. Le // Analytical Chemistry. - 2021. - Т. 93. - № 47. -C. 15712-15719.

247. How to split a G-quadruplex for DNA detection: new insight into the formation of DNA split G-quadruplex / J. Zhu, L. Zhang, S. Dong, E. Wang // Chemical Science. - 2015. - Т. 6. - How to split a G-quadruplex for DNA detection. - № 8. - C. 4822-4827.

248. Isothermal amplified detection of DNA and RNA / L. Yan, J. Zhou, Y. Zheng [et al.] // Molecular BioSystems. - 2014. - Т. 10. - № 5. - C. 970-1003.

249. Nakayama, S. Colorimetric Split G-Quadruplex Probes for Nucleic Acid Sensing: Improving Reconstituted DNAzyme's Catalytic Efficiency via Probe Remodeling / S. Nakayama, H. O. Sintim // Journal of the American Chemical Society. - 2009. - T. 131. - Colorimetric Split G-Quadruplex Probes for Nucleic Acid Sensing. - № 29. - C. 10320-10333.

250. DNAzyme 10-23 - Based Nanomachines for Nucleic Acid Recognition / P. V. Filatov, M. Ateiah, M. Y. Berezovskaya [et al.] // Journal of Visualized Experiments. - 2024. - № 204. - C. 66461.

251. Expedited quantification of mutant ribosomal RNA by binary deoxyribozyme (BiDz) sensors / Y. V. Gerasimova, P. Yakovchuk, L. M. Dedkova [et al.] // RNA. - 2015. - T. 21. - № 10. - C. 1834-1843.

252. Kolpashchikov, D. M. Evolution of Hybridization Probes to DNA Machines and Robots / D. M. Kolpashchikov // Accounts of Chemical Research. - 2019. - T. 52. - № 7. - C. 1949-1956.

253. Characterization of G-Quadruplex/Hemin Peroxidase: Substrate Specificity and Inactivation Kinetics / X. Yang, C. Fang, H. Mei [et al.] // Chemistry - A European Journal. - 2011. - T. 17. - Characterization of G-Quadruplex/Hemin Peroxidase. - № 51. -C. 14475-14484.

254. Interaction of hemin with quadruplex DNA / M. Ghahremani Nasab, L. Hassani, S. Mohammadi Nejad, D. Norouzi // Journal of Biological Physics. -2017. - T. 43. - № 1. - C. 5-14.

255. Gerasimova, Y. V. RNA-Cleaving Deoxyribozyme Sensor for Nucleic Acid Analysis: The Limit of Detection / Y. V. Gerasimova, E. Cornett, D. M. Kolpashchikov // ChemBioChem. - 2010. - T. 11. - RNA-Cleaving Deoxyribozyme Sensor for Nucleic Acid Analysis. - № 6. - C. 811-817.

256. Recent progress in stimuli-responsive DNA-based logic gates: Design, working principles and biological applications / L. S. Liu, H. M. Leung, Y. Cai, P. K. Lo // Smart Molecules. - 2024. - T. 2. - Recent progress in stimuli-responsive DNA-based logic gates. - № 1. - C. e20230023.

257. Intelligent molecular logic computing toolkits: nucleic acid-based construction, functionality, and enhanced biosensing applications / Y. Hu, J. Zhang, K. Shen [et al.] // Chemical Science. - 2025. - T. 16. - Intelligent molecular logic computing toolkits. - № 43. - C. 20139-20180.

258. De Olazarra, A. S. Advances in point-of-care genetic testing for personalized medicine applications / A. S. De Olazarra, S. X. Wang // Biomicrofluidics. - 2023. - T. 17. - № 3. - C. 031501.

259. Point-of-care nucleic acid detection using nanotechnology / M. R. Hartman, R. C. H. Ruiz, S. Hamada [et al.] // Nanoscale. - 2013. - T. 5. - № 21. - C. 10141.

260. The Promise of Nanotechnology in Personalized Medicine / M. A. Alghamdi, A. N. Fallica, N. Virzi [et al.] // Journal of Personalized Medicine. -2022. - T. 12. - № 5. - C. 673.

261. Point-of-Care Testing (POCT) Devices for DNA Detection: A Comprehensive Review / I. H. Mahardika, S. Naorungroj, W. Khamcharoen [et al.] // Advanced NanoBiomed Research. - 2023. - T. 3. - Point-of-Care Testing (POCT) Devices for DNA Detection. - № 11. - C. 2300058.

262. Point-of-care testing: a critical analysis of the market and future trends / A. R. Khan, W. L. Hussain, H. C. Shum, S. U. Hassan // Frontiers in Lab on a Chip Technologies. - 2024. - T. 3. - Point-of-care testing. - C. 1394752.

263. BLAST: Basic Local Alignment Search Tool. - URL: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi (date accessed: 08.11.2025). - Text: electronic.

264. Zuker, M. Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction / M. Zuker // Nucleic Acids Research. - 2003. - T. 31. - № 13. - C. 3406-3415.

265. NUPACK. - URL: https://www.nupack.org/ (date accessed: 08.11.2025). -Text: electronic.

266. Markham, N. R. DINAMelt web server for nucleic acid melting prediction / N. R. Markham, M. Zuker // Nucleic Acids Research. - 2005. - T. 33. - № Web Server. - C. W577-W581.

267. NCBI BLAST: a better web interface / M. Johnson, I. Zaretskaya, Y. Raytselis [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2008. - Т. 36. - NCBI BLAST. - № Web Server. - C. W5-W9.

268. NUPACK: Analysis and Design of Nucleic Acid Structures, Devices, and Systems. NUPACK / M. E. Fornace, J. Huang, C. T. Newman, [et al.]. -Chemistry, 2022. - URL: https://chemrxiv.org/engage/chemrxiv/article-details/636c7089b588507d0045f283 (date accessed: 08.11.2025). - Text: electronic.

269. Towards Point of Care Diagnostics: Visual Detection of Meningitis Pathogens Directly from Cerebrospinal Fluid / E. A. Kovtunov, L. A. Shkodenko, E. A. Goncharova [et al.] // ChemistrySelect. - 2020. - Т. 5. - Towards Point of Care Diagnostics. - № 46. -C. 14572-14577.

270. DNA nanotechnology for nucleic acid analysis: multifunctional molecular DNA machine for RNA detection / A. J. Cox, H. N. Bengtson, K. H. Rohde, D. M. Kolpashchikov // Chemical Communications. - 2016. - Т. 52. - DNA nanotechnology for nucleic acid analysis. - № 99. - C. 14318-14321.

271. DNA-nanomachines for nucleic acid detection / M. Rubel, S. Zablotskaya, O. Pokatova [et al.]. - Text: electronic. - Федеральный исследовательский центр Институт цитологии и генетики Сибирского отделения Российской академии наук, 2022. - C. 355. - URL: https://elibrary.ru/item.asp?id=49238314 (date accessed: 08.11.2025).

272. DNA nanomachine for visual detection of structured RNA and double stranded DNA / D. A. Gorbenko, L. A. Shkodenko, M. S. Rubel [et al.] // Chemical Communications. - 2022. - Т. 58. - № 35. - C. 5395-5398.

273. Visual Detection of Stem-Loop Primer Amplification (SPA) Products without Denaturation Using Peroxidase-like DNA Machines (PxDM) / Y. I. Maltzeva, D. A. Gorbenko, E. V. Nikitina [et al.]. - Text: electronic // International Journal of Molecular Sciences. - 2023. - Т. 24. - № 9. - URL: https://www.mdpi.com/1422-0067/24/9/7812 (date accessed: 08.11.2025).

274. Wright, M. H. Bacterial DNA Extraction Using Individual Enzymes and Phenol/Chloroform Separation / M. H. Wright, J. Adelskov, A. C. Greene // Journal of Microbiology & Biology Education. - 2017. - T. 18. - № 2. - C. 18.2.60.

275. AmpliSens® DNA-sorb-AM AmpliSens® DNA-sorb-AM. - URL: https://en.interlabservice.ru/catalog/extraction-kits/dna-extraction-kits/k1-12-100-ce.html (date accessed: 08.11.2025). - Text: electronic.

276. LAMP primer designing software:PrimerExplorer. - URL: https://primerexplorer.eiken.co.jp/lampv5e/index.html (date accessed: 08.11.2025). - Text: electronic.

277. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit / K. Okonechnikov, O. Golosova, M. Fursov, the UGENE team // Bioinformatics. - 2012. - T. 28. -Unipro UGENE. - № 8. - C. 1166-1167.

278. Primer3—new capabilities and interfaces / A. Untergasser, I. Cutcutache, T. Koressaar [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2012. - T. 40. - № 15. - C. e115-e115.

279. Armbruster, D. Limit of blank, limit of detection and limit of quantitation / D. Armbruster, T. Pry. - Text: electronic // The Clinical biochemist. Reviews. -2008. - T. 29 Suppl 1. - № Suppl 1. - URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18852857/ (date accessed: 08.11.2025).

280. Modified Bases in RNA Reduce Secondary Structure and Enhance Hybridization / H. B. Gamper, A. Gewirtz, J. Edwards, Y.-M. Hou // Biochemistry. - 2004. - T. 43. - № 31. - C. 10224-10236.

281. Chou, C.-C. Optimization of probe length and the number of probes per gene for optimal microarray analysis of gene expression / C.-C. Chou // Nucleic Acids Research. - 2004. - T. 32. - № 12. - C. e99-e99.

282. Elskens, J. Crosslinker-modified nucleic acid probes for improved target identification and biomarker detection / J. Elskens, A. Madder // RSC Chemical Biology. - 2021. - T. 2. - № 2. - C. 410-422.

283. Affinity-enhanced RNA-binding domains as tools to understand RNA recognition / B. Chaves-Arquero, K. M. Collins, G. Abis [et al.] // Cell Reports Methods. - 2023. - Т. 3. - № 6. - C. 100508.

284. TrueProbes: Quantitative Single-Molecule RNA-FISH Probe Design Improves RNA Detection. TrueProbes / J. J. Hughes, B. K. Kesler, J. E. Adams, [et al.]. - 2025. - URL: https://elifesciences.org/reviewed-preprints/108599v1 (date accessed: 09.11.2025). - Text: electronic.

285. Investigating the interplay between RNA structural dynamics and RNA chemical probing experiments / E. B. Arnold, D. Cohn, E. Bose [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2025. - Т. 53. - № 7. - C. gkaf290.

286. Design of mismatch closure for enhanced specificity in DNA strand displacement reactions / H. Yu, X. Han, L. Zhang [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2025. - Т. 53. - № 13. - C. gkaf660.

287. Thioflavin T as a fluorescence light-up probe for G4 formation / A. Renaud De La Faverie, A. Guédin, A. Bedrat [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2014. -Т. 42. - № 8. - C. e65-e65.

288. Fedotova, T. A. Liquid-to-gel transition for visual and tactile detection of biological analytes / T. A. Fedotova, D. M. Kolpashchikov // Chemical Communications. - 2017. - Т. 53. - № 94. - C. 12622-12625.

289. Design of efficient DNAzymes against muscle AChR a-subunit cRNA in vitro and in HEK 293 cells / A. Abdelgany, M. K. Uddin, M. Wood [et al.] // Journal of RNAi and Gene Silencing : An International Journal of RNA and Gene Targeting Research. - 2005. - Т. 1. - № 2. - C. 88-96.

290. Sequence Requirements in the Catalytic Core of the "10-23" DNA Enzyme / Z. Zaborowska, J. P. Fürste, V. A. Erdmann, J. Kurreck // Journal of Biological Chemistry. - 2002. - Т. 277. - № 43. -C. 40617-40622.

291. Silverman, S. K. In vitro selection, characterization, and application of deoxyribozymes that cleave RNA / S. K. Silverman // Nucleic Acids Research. -2005. - Т. 33. - № 19. - C. 6151-6163.

292. Turning the 10-23 DNAzyme On and Off with Light / J. L. Richards, G. K. Seward, Y. Wang, I. J. Dmochowski // ChemBioChem. - 2010. - T. 11. - № 3. -C. 320-324.

293. Deletion analysis in the catalytic region of the 10-23 DNA enzyme / Z. Zaborowska, S. Schubert, J. Kurreck, V. A. Erdmann // FEBS Letters. - 2005. - T. 579. - № 2. - C. 554-558.

294. Schubert, S. RNA cleaving "10-23" DNAzymes with enhanced stability and activity / S. Schubert // Nucleic Acids Research. - 2003. - T. 31. - № 20. - C. 5982-5992.

295. SantaLucia, J. Improved Nearest-Neighbor Parameters for Predicting DNA Duplex Stability / J. SantaLucia, H. T. Allawi, P. A. Seneviratne // Biochemistry.

- 1996. - T. 35. - № 11. - C.3555-3562.

296. DNA Nanomachine (DNM) Biplex Assay for Differentiating Bacillus cereus Species / M. Ateiah, E. R. Gandalipov, A. A. Rubel [et al.] // International Journal of Molecular Sciences. - 2023. - T. 24. - № 5. - C. 4473.

297. Breaker, R. R. Engineered allosteric ribozymes as biosensor components / R. R. Breaker // Current Opinion in Biotechnology. - 2002. - T. 13. - № 1. -C. 3139.

298. Multivalent DNAzyme agents for cleaving folded RNA / M. V. Dubovichenko, M. Batsa, G. A. Bobkov [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2024.

- T. 52. - № 10. - C. 5866-5879.

299. Enhancing Sensitivity in Nucleic Acid Detection via Collaborative Multiple Catalytic Cores in DNAzyme Nanomachines / Z. Hussein, L. A. Golovina, M. Alaji [et al.] // ChemBioChem. - 2024. - T. 25. - № 23. - C. e202400572.

300. Chemical Engineering of DNAzyme for Effective Biosensing and Gene Therapy / R. Wang, Z. Huang, Z. Wu [et al.] // Small Methods. - 2025. - T. 9. -№ 6. - C. 2401514.

301. Pradeepkumar, P. I. RNA-Cleaving DNA Enzymes and Their Potential Therapeutic Applications as Antibacterial and Antiviral Agents / P. I. Pradeepkumar, C. Höbartner. - Text : electronic // From Nucleic Acids Sequences to Molecular Medicine : RNA Technologies / eds. V. A. Erdmann, J. Barciszewski. - Berlin, Heidelberg : Springer Berlin Heidelberg, 2012. - C. 371-410. - URL: https://link.springer.com/10.1007/978-3-642-27426-8_15 (date accessed: 09.11.2025).

302. Kolpashchikov, D. M. A Binary Deoxyribozyme for Nucleic Acid Analysis / D. M. Kolpashchikov // ChemBioChem. - 2007. - T. 8. - № 17. - C. 2039-2042.

303. Gao, Y. Secondary structure effects on DNA hybridization kinetics: a solution versus surface comparison / Y. Gao // Nucleic Acids Research. - 2006. -T. 34. - Secondary structure effects on DNA hybridization kinetics. - № 11. - C. 3370-3377.

304. Liu, W.-T. Effects of Target Length on the Hybridization Efficiency and Specificity of rRNA-Based Oligonucleotide Microarrays / W.-T. Liu, H. Guo, J.-H. Wu // Applied and Environmental Microbiology. - 2007. - T. 73. - № 1. - C. 73-82.

305. The Importance of Peripheral Sequences in Determining the Metal Selectivity of an in Vitro-Selected Co2+ -Dependent DNAzyme / K. E. Nelson, H. E. Ihms, D. Mazumdar [et al.] // ChemBioChem. - 2012. - T. 13. - № 3. - C. 381391.

306. A Highly Selective Mn(II)-Specific DNAzyme and Its Application in Intracellular Sensing / H. Fan, C. E. McGhee, R. J. Lake [et al.] // JACS Au. -2023. - T. 3. - № 6. - C. 1615-1622.

307. Nonequilibrium Hybridization Enables Discrimination of a Point Mutation within 5-40 °C / M. Stancescu, T. A. Fedotova, J. Hooyberghs [et al.] // Journal of the American Chemical Society. - 2016. - T. 138. - № 41. - C. 13465-13468.

308. Wang, S. Origins of High Sequence Selectivity: A Stopped-Flow Kinetics Study of DNA/RNA Hybridization by Duplex- and Triplex-Forming Oligonucleotides / S. Wang, A. E. Friedman, E. T. Kool // Biochemistry. - 1995.

- T. 34. - Origins of High Sequence Selectivity. - № 30. - C. 9774-9784.

309. Breakdown of thermodynamic equilibrium for DNA hybridization in microarrays / J. Hooyberghs, M. Baiesi, A. Ferrantini, E. Carlon // Physical Review E. - 2010. - T. 81. - № 1. - C. 012901.

310. Dai, H. Use of hybridization kinetics for differentiating specific from nonspecific binding to oligonucleotide microarrays / H. Dai // Nucleic Acids Research.

- 2002. - T. 30. - № 16. - C. 86e-886.

311. Hook-Like DNAzyme-Activated Autocatalytic Biosensor for the Universal Detection of Pathogenic Bacteria / Y. Liu, Y. Shi, S. Wang [et al.] // Analytical Chemistry. - 2024. - T. 96. - № 29. - C. 11951-11958.

312. Toward a Home Test for COVID-19 Diagnosis: DNA Machine for Amplification-Free SARS-CoV-2 Detection in Clinical Samples / A. A. El-Deeb, S. S. Zablotskaya, M. S. Rubel [et al.] // ChemMedChem. - 2022. - T. 17. - Toward a Home Test for COVID-19 Diagnosis. - № 20. - C. e202200382.

313. DNAzyme Nanomachine with Fluorogenic Substrate Delivery Function: Advancing Sensitivity in Nucleic Acid Detection / Z. Hussein, M. A. Y. Nour, A. V. Kozlova [et al.] // Analytical Chemistry. - 2023. - T. 95. - DNAzyme Nanomachine with Fluorogenic Substrate Delivery Function. - № 51. - C. 1866718672.

314. DNA Antenna Tile-Associated Deoxyribozyme Sensor with Improved Sensitivity / A. J. Cox, H. N. Bengtson, Y. V. Gerasimova [et al.] // ChemBioChem.

- 2016. - T. 17. - № 21. -C. 2038-2041.

315. Multicomponent DNA Nanomachines for Amplification-Free Viral RNA Detection / V. V. Solyanikova, D. A. Gorbenko, V. V. Zryacheva [et al.] // International Journal of Molecular Sciences. - 2025. - T. 26. - № 8. - C. 3652.