Рентное регулирование устойчивости аграрных отношений: нормативно-динамический подход тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 08.00.05, доктор наук Зайцев Андрей Александрович

• Зайцев Андрей Александрович
• доктор наук
• 2018

Оглавление диссертации доктор наук Зайцев Андрей Александрович

Перечень сокращений и условных обозначений

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Возбудители черной ножки картофеля

1.2 Возбудитель кольцевой гнили картофеля

1.3 Особенности оценки устойчивости сортов

1.4 Обзор современных методов диагностики бактериозов картофеля

1.4.1 Иммунохимические методы диагностики

1.4.1.1 ИФА

1.4.1.2 ИХА

1.4.1.3 ИФМ

1.4.2 Молекулярно-генетические методы диагностики

1.4.2.1 ПЦР

ГЛАВА II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Реактивы и оборудование

2.2 Подготовка образцов бактериальных культур

2.3 Получение специфических частей тест-систем ИФА к Cms, Pa и Dic

2.4 Получение специфических частей тест-систем ИХА к Cms, Pa и Dic

2.5 Разработка классических DAS-ELISA тест-систем ИФА к Cms, Pa и Dic

2.6 Разработка тест-систем ИХА в полосочном и точечном форматах к Cms,

Pa и Dic

2.7 Определение зараженности картофеля Cms, Pa и Dic методом ИФА

2.8 Определение зараженности картофеля возбудителем Cms методом real-time ПЦР

2.9 Сравнительные исследования

ГЛАВА III. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1 Получение специфических частей тест-систем ИФА и ИХА к штаммам

Cms, Pa и Dic

3.2 Усовершенствование методов диагностики возбудителей бактериозов картофеля

3.2.1 Определение аналитических характеристик созданных диагностических тест-систем ИФА для оптимизации условий выявления Cms, Ра и

Dic

3.2.2 Определение аналитических характеристик созданных диагностических тест-систем ИХА для выявления Cms, Pa и Dic

3.2.3 Создание диагностических наборов ИФА серии «Иммунотест» для определения Cms, Pa и Dic

3.3 Определение распространения Cms, Pa и Dic на семенном картофеле методом ИФА

3.4 Определение распространения Cms на картофеле в России на основе результатов, полученных методом real-time ПЦР

3.5 Оптимизация условий проведения ПЦР для диагностики Pcc

3.6 Сравнение диагностических возможностей ПЦР, ИФА, ИХА и ИФМ при тестировании картофеля на зараженность Cms, Pa и Dic

3.6.1 Сравнительное испытание тест-систем для выявления Cms

3.6.2 Сравнительное испытание тест-систем для выявления Pa

3.6.3 Сравнительное испытание тест-систем для выявления Dic

3.6.4 Сравнительное испытание выявления Cms различными комбинациями

из трех методов: ИФМ, FLASH-ПЦР и real-time ПЦР

3.7 Определение оптимальной для культивирования возбудителей

бактериозов (на примере Cms) картофеля питательной среды

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

ПРИЛОЖЕНИЯ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Рентное регулирование устойчивости аграрных отношений: нормативно-динамический подход»

ВВЕДЕНИЕ

В современных условиях все более значительным становится вопрос продовольственной безопасности. Изменения климатических, а также различных макро- и микроэкономических факторов в последние годы оказывают значительное влияние на развитие экономики всех стран мира, и в первую очередь отраслей сельскохозяйственного производства.

Значительный ущерб от неблагоприятных погодных явлений в период вегетации, проявляющихся засухами, ливневыми дождями, наводнениями, градом, поздними весенними заморозками, а также высокие потери, возникающие в связи с плохим фитосанитарным состоянием основных сельскохозяйственных культур, приводят к большим потерям урожая, что в свою очередь не может не оказывать влияния на рост цен сельскохозяйственной продукции как на мировом рынке, так и на рынке нашей страны. В связи с этим остро встает вопрос о выполнении показателей доктрины продовольственной безопасности [80] и обеспеченности страны основными продуктами сельскохозяйственного производства, а также о привлекательности производимого продовольствия на экспортные цели.

Картофель - это высокопродуктивная, повсеместно возделываемая культура, которая занимает третье место после зерновых и зернобобовых культур и сахарной свеклы по необходимым объемам производства для обеспечения внутреннего потребления нашей страны. Клубни картофеля представляют собой не только ценный, богатый витаминами, микроэлементами, антиоксидантами и незаменимыми аминокислотами продукт питания, но и сырье для производства крахмала и других картофелепродуктов.

По данным БЛОБТАТ в настоящее время картофель выращивается в 156 странах, где проживает более 80 % населения планеты. Это пятый по значению после пшеницы, кукурузы, риса и ячменя источник калорий в рационе современного человека [243]. В мире 50 % производимого картофеля

идет в пищу, 35 % - на корм скоту и около 10 % оставляется как посадочный материал. В настоящее время в мире производится более 355 млн. тонн картофеля в год, большая часть производства приходится на страны Европы и Азии (около 80 % мирового производства картофеля) [132].

В рамках Государственной программы развития сельского хозяйства и регулирования рынков сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия на 2013 - 2020 годы [24] ожидаемые результаты по производству к 2020 году 6,7 млн. тонн картофеля в сельскохозяйственных организациях, крестьянских фермерских хозяйствах и хозяйствах индивидуальных предпринимателей при условии соблюдения показателя удельного веса отечественного картофеля в общем объеме товарных ресурсов (с учетом переходящих запасов) внутреннего рынка на уровне 97,6 % (порог, установленный доктриной продовольственной безопасности, равен 95 %) [80].

Россия по валовому сбору и производству картофеля стабильно занимает третье место в мире после Китая и Индии. Доля нашей страны в мировом производстве этой культуры по посевным площадям и валовому сбору составляет 9,5 %. Культура картофеля требует высокого уровня затрат ресурсов и энергии для ее производства. Урожайность картофеля в России составляет порядка 14 т/га, что значительно ниже даже среднего мирового уровня, составляющего 18 т/га [82]. По данным Минсельхоза России, среднегодовая емкость отечественного рынка картофеля за последние 3 года составляет 30,5 млн. тонн. Потребление его внутри страны включает использование 16,2 млн. тонн на продовольствие в свежем виде, 6,1 млн. тонн - на кормовые цели, 6,7 млн. тонн - на семена и 0,5 млн. тонн - на переработку. Экспорт картофеля оценивается на уровне 54 тыс. тонн в год, а импорт 790 тыс. тонн (более 2,5 % его валового производства).

Кроме того, руководствуясь рациональными нормами потребления картофеля, отвечающих современным требованиям здорового питания [62], среднестатистическому россиянину (не занятому интенсивным физическим

трудом) рекомендуется потреблять 90 кг картофеля в год, что и обуславливает необходимый уровень его ежегодного контролируемого производства только на внутренние продовольственные цели - не менее 13 млн. тонн.

Однако, получению высоких стабильных урожаев качественного картофеля и его сохранению в течение зимнего периода в значительной мере препятствуют масштабные потери, связанные с поражением этой культуры целым комплексом инфекционных болезней. За последние годы потери картофеля составляют, в среднем, около 2 млн. тонн, что составляет 6 % от всего выращиваемого урожая [60]. Ежегодно Россия импортирует значительный объем семенного картофеля, произведенного в других странах с зачастую более сложной фитосанитарной обстановкой. Объем импортного семенного картофеля составляет порядка 5 % от всего высаженного семенного материала данной культуры в нашей стране. В связи с этим, возникает опасность распространения с посадочным семенным материалом возбудителей новых бактериальных болезней, а также опасность появления более агрессивных форм заболеваний, уже имеющих распространение на территории нашей страны. Прежде всего, это те болезни, главным источником инфекции которых являются возбудители, способные сохраняться непосредственно в клубне в течении длительного времени в скрытом (латентном) состоянии, пока для их активизации не проявляются благоприятные условия [61].

Очевидно, что патогены перемещаются как из страны в страну, так и от региона к региону с посадочным материалом. Возбудители болезней на клубнях чаще всего находится в латентной форме. Поэтому, большое значение для борьбы с этими заболеваниями имеет комплексное тестирование на зараженность посадочного материала. Достоверная диагностика является важнейшим условием для предотвращения развития заболевания. Наиболее перспективным для внедрения в производство является использование комплекса современных иммунологических и молекулярных методов, таких

как ИФА, ИХА и ПЦР.

При производстве и размножении оздоровлённого семенного материала картофеля в современных условиях необходимо его многократное тестирование на наличие скрытой заражённости возбудителями бактериальных, фитоплазменных, вирусных и вироидных заболеваний. В настоящее время, исключительно рыночные отношения в сфере производства и торговли семенным материалом картофеля обязывают производителей и распространителей предоставлять полную информацию о качестве продаваемых семян в соответствии с п.1 ст.10 ФЗ №2300-1 от 07.02.1992 «О защите прав потребителей» [81].

Прямые потери от повсеместно распространенных бактериозов могут достигать 25 % урожая, а в некоторых районах страны во влажные годы -50 % [46]. К числу наиболее вредоносных бактериальных болезней картофеля относят черную ножку и кольцевую гниль. Черную ножку вызывают близкородственные виды пектолитических бактерий из семейства Enterobacteriaceae: Pectobacterium atrosepticum (van Hall 1902) Gardan et al. 2003, comb. nov.; Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum (Jones 1901) Hauben et al. 1999, comb. nov.; и Dickeya sp. Samson et al. 2005, gen. nov. Возбудителем кольцевой гнили является бактерия Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus (Spieckermann and Kotthoff 1914) Davis et al. 1984, comb. nov.

Для ограничения распространения вредоносных патогенов отечественным государственным стандартом ГОСТ Р 53136-2008 [21] для семенного картофеля класса оригинальные семена, включающего категории оздоровленного исходного материала, первого полевого поколения и супер-суперэлиты, установлены нулевые допуски по скрытой зараженности возбудителями бактериозов. В то же время этим нормативным документом для классов элитного и репродукционного семенного картофеля предлагается оценивать только явную зараженность (то есть просто констатировать переход болезни из латентного (скрытого) состояния в явное), тогда как европейские

государства с развитым семеноводством картофеля диагностируют скрытую инфекцию во всем посадочном материале, что позволяет избавиться от зараженного возбудителями бактериозов семенного картофеля на ранних этапах размножения, и тем самым, обеспечивать существенную экономию затрат и получение качественного семенного материала [227]. В то же время стандарты ГОСТ Р 53136-2008 [21], ГОСТ Р 55329-2012 [22], и ГОСТ 339962016 [23] регламентируют для оценки скрытой зараженности семенного картофеля возбудителями черной ножки и кольцевой гнили методы ИФА и ПЦР [22] только для исходного материала и оригинальных семян, при этом даже для них, не предлагая норм отбора проб для лабораторного тестирования на возбудителей бактериозов. По нашему мнению, в современных условиях при создании и размножении семенного материала картофеля, а также при воспроизводстве продовольственных партий, целесообразно проводить поэтапное комплексное тестирование на предмет выявления латентной инфекции возбудителей бактериозов. По этой причине необходимо в законодательном порядке обязать всех производителей и распространителей семенного картофеля предоставлять полную информацию относительно не только явных, но и скрытых (латентных) бактериальных инфекций, содержащихся в семенном материале.

Актуальность темы. В силу названых причин в условиях формирования отечественного рынка сортового семенного картофеля, освоения регулярно обновляемой системы сертификации семенного материала также возникает необходимость усовершенствования существующих для этих целей и разработки новых более надежных, чувствительных и экспрессных методов диагностики.

Достоверная диагностика скрытых (латентных) форм возбудителей бактериальных болезней является важнейшим условием для своевременного предотвращения развития и сведения к минимуму на территории Российской Федерации как существующих распространенных бактериозов, так и

предотвращения поступающей вместе с импортом дополнительной бактериальной нагрузки и новых форм заболеваний.

Наиболее перспективным для внедрения в технорлогический процесс производства оригинального, элитного и репродукционного семеного картофеля [58] является применение комплекса современных иммунохимических и молекулярных методов, таких как ИФА, ИХА, ПЦР в классическом и real-time форматах.

К началу выполнения настоящей работы при получении оригинальных семян и сертификации семенного картофеля для выявления скрытой зараженности возбудителями бактериальных болезней государственным стандартом ГОСТ-11856-89 «Картофель семенной. Приемка и методы анализа.» [20] предлагался исключительно метод ИФА, с помощью которого невозможно было охватить все разнообразие видов, подвидов, рас и биоваров патогенных бактерий, поражающих картофель, также отсутствовали достоверные сведения по оценке распространенности латентных (скрытых) форм бактериозов картофеля на территории Российской Федерации.

Вышеизложенные соображения обуславливают актуальность данной работы, целью которой является разработка диагностических тест-систем на основе ИФА, ИХА и ПЦР для выявления скрытой заражённости возбудителей чёрной ножки и кольцевой гнили картофеля, а также проведение мониторинга распространенности возбудителей черной ножки и кольцевой гнили картофеля в регионах Российской Федерации методами ИФА и real-time ПЦР. Для достижения этой цели были поставлены следующие задачи: - создать диагностические тест-системы ИФА на основе лучших полученных партий специфических антисывороток к коллекционным штаммам Cms, Pa, Dic и провести испытания эффективности выявления скрытой заражённости возбудителей чёрной ножки и кольцевой гнили картофеля с помощь разработанных тест-систем в сравнении с импортными коммерческими наборами и альтернативными методами;

- создать моно- и мульти-параметрические диагностические тест-системы ИХА к Cms, Pa, Dic в полосчатом и точечном форматах на основе лучших полученных партий специфических антисывороток и провести испытания эффективности выявления скрытой заражённости возбудителей чёрной ножки и кольцевой гнили картофеля с помощь разработанных тест-систем в сравнении с импортными коммерческими наборами и альтернативными методами;

- усовершенствовать методы ПЦР-анализа для тестирования зараженности картофеля возбудителем кольцевой гнили (Cms) и черной ножки (Pcc) путем модифицирования и подбора режимов амплификации с последующим анализом нуклеотидной последовательности ампликонов;

- с помощью разработанных методов провести мониторинг распространения скрытых (латентных) форм возбудителей кольцевой гнили и черной ножки в семенном и продовольственном картофеле из различных регионов России.

Научная новизна. Впервые в Российской Федерации созданы диагностические тест-системы ИФА и ИХА (к Cms, Pa, Dic), сравнительные испытания которых показали, что они не уступают по диагностическим возможностям импортным аналогам.

Проведена модификация протокола ЕОКЗР метода real-time ПЦР, используемого для выявления Cms, который с успехом применён для массового тестирования семенного и продовольственного картофеля на зараженность возбудителем кольцевой гнили.

Проведена оптимизация температурно-временных условий ПЦР с праймерами Еса00№Д для выявления Pcc, что позволяет диагностировать его в формате классического ПЦР и дает возможность в перспективе создать тест-систему real-time ПЦР для более надежного выявления этого патогена.

Впервые в Российской Федерации с помощью разработанных нами тест-систем ИФА к возбудителям черной ножки и кольцевой гнили проведен

мониторинг зараженности оригинального, элитного и репродукционного семенного картофеля из различных регионов России скрытыми формами возбудителей черной ножки и кольцевой гнили картофеля, на основе которого сделано заключение о степени их распространения.

Впервые в Российской Федерации проведены исследования по определению зараженности возбудителем кольцевой гнили (Cms) более 2000 партий семенного и продовольственного картофеля методом real-time ПЦР.

Теоретическая и практическая значимость. Созданы и апробированы иммунохроматографические диагностические наборы для выявления трех основных возбудителей бактериальных болезней картофеля - Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus, Pectobacterium atrosepticum и Dickeya sp., не уступающих по диагностическим возможностям зарубежным аналогам.

Созданы и апробированы иммуноферментные диагностические наборы нового поколения, позволяющие без снижения чувствительности выявления бактериальных патогенов - Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus, Pectobacterium atrosepticum и Dickeya sp. по сравнению с производимыми на базе ВНИИ картофельного хозяйства им. А.Г. Лорха наборами ИФА в 10-20 раз снизить расход наиболее дорогостоящих специфических частей диагностических наборов.

Впервые методами ИФА и real-time ПЦР проведена оценка фактического распространения латентных форм возбудителей бактериозов в семенном картофеле - зараженность Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus, Pectobacterium atrosepticum и Dickeya sp. оценена в разрезе оригинального, элитного и репродукционного семенного картофеля в зависимости от сорта и времени проведения анализа.

Методы и методология исследований.

Используемые в настоящей работе иммунологические и молекулярные методы являются как объектом самого исследования, так и средством получения экспериментальных данных. Количественная обработка данных

ИФА, ИХА и ПЦР проводилась путем цифровой регистрации.

При использовании общепринятых методик, ГОСТов, современных молекулярно-генетических и иммунохимических методов анализа, различных методов интерпретации результатов и статистического анализа получены результаты фактически 4-х летних комплексных экспериментальных исследований.

Положения, выносимые на защиту диссертационной работы:

1. Оригинальная схема иммунизации лабораторных животных коллекционными штаммами Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus, Pectobacterium atrosepticum и Dickeya sp.

2. Диагностические тест-системы ИФА и ИХА, созданные на основе лучших антисывороток к штаммам Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus, Pectobacterium atrosepticum и Dickeya sp., и коммерческие диагностические наборы ИФА и ИХА для определения Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus, Pectobacterium atrosepticum и Dickeya sp.

3. Распространенность возбудителей чёрной ножки и кольцевой гнили картофеля в различных регионах Российской Федерации на основе результатов, полученных методами ИФА и real-time ПЦР.

Апробация результатов работы.

Результаты исследований были представлены на 8-и международных научных конференциях: «Мировые генетические ресурсы картофеля и их использование в современных направлениях селекции» (к 125-летию со дня рождения Н.И. Вавилова) (ГНУ ВНИИКХ Россельхозакадемии, Москва,

2012 год), Второй съезд аналитиков России (Москва, 23-27 сентября

2013 года), шестая межрегиональная научно-практическая конференция «Современная индустрия картофеля: состояние и перспективы развития» (Чебоксары, 2014 год), «Методы биотехнологии в селекции и семеноводстве картофеля» (Московская область, ГНУ ВНИИКХ Россельхозакадемии,

2014 года), «Биотехнология и качество жизни» (Москва, 18-20 марта

2014 года), «Биотехнологии в комплексном развитии регионов» (15-17 марта 2016 года, Москва, Новый Арбат, 36), «Современное картофелеводство Евразийского содружества: от науки до практики» (РУП «Научно-практический центр Национальной академии наук Беларуси по картофелеводству и плодоовощеводству» - аг. Самохваловичи, 12-14 июля 2016 года), «Сельскохозяйственные науки: научные приоритеты учёных» (г. Пермь, ноябрь 2016 года).

Публикации. По результатам исследований, основные научные результаты настоящей диссертационной работы опубликованы в 19 научных изданиях, 2 из которых - в текущем перечне рецензируемых ВАК РФ журналах, 4 входят в журналы, включенные в реферативные базы Web of Science и Scopus.

Личный вклад автора. Работа является результатом оригинальных исследований. Диссертантом лично проведена основная часть экспериментальных работ, представленных в диссертации, аналитическая обработка полученных данных, обзор литературных источников, подготовка и написание публикаций, обобщение результатов. Разработка программы исследований и выбор необходимых методов исследований выполнены при участии научного руководителя.

Структура и объем диссертации. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, материалов и методов исследований, результатов исследований и их обсуждения, заключения, практических рекомендаций, списка литературы и 14 приложений. Материал изложен на 203 страницах машинописного текста, содержит 32 таблицы и 53 рисунка. Библиографический список включает 252 наименования, из них 165 иностранных и 8 электронных ресурсов.

Характеристика результатов, полученных в соавторстве и благодарности. Планирование и организация работ по вопросам иммунохимических исследований и аналитических характеристиках

создаваемых и изучаемых тест-систем, а также анализ и интерпретация результатов, отображенных в настоящей работе, проводилось совместно и под руководством к.б.н. Ю.А. Варицевым, которому за научные идеи, помощь и оказанное внимание к работе, автор выражает благодарность.

Диссертант в сотрудничестве с коллективом Института биохимии им. А.Н. Баха РАН (ФИЦ Биотехнологии РАН) (к.б.н. И.В. Сафенкова, Г.К. Панкратова (Емельянова), к.б.н. А.В. Жердев, проф. д.х.н. Б.Б. Дзантиев) принимал непосредственное участие в экспериментальной и практической работе по разработке, испытании, реализации, апробации и созданию диагностических наборов ИХА на выявление бактериозов картофеля. Данная исследовательская работа (разработка тест-систем ИХА) выполнена при финансовой поддержке Российского научного фонда (гранты № 14-16-00149; № 16-16-04108), РФФИ (гранты № 13-04-90451, № 14-08-31563), МЦП ЕврАзЭС «Инновационные биотехнологии» (государственный контракт №16.М04.11.0022 от 29.04.2011).

В обучении диссертанта работе с бактериальными патогенами, а также в предоставлении коллекционных изолятов принимали непосредственное участие: д.б.н. Ф.С. Джалилов, к.б.н. А.Н. Карлов, к.б.н. А.М. Лазарев, к.б.н. К.П. Корнев, Н.В. Дренова.

В пробоподготовке поступающих на ИФА образцов семенного картофеля из различных регионов России, а также обеспечение необходимых условий проведения иммунологических исследований на базе ФГБНУ ВНИИКХ принимал совместное с диссертантом участие коллектив отдела биотехнологии и иммунодиагностики (д.с.-х.н. А.И. Усков, к.б.н. Ю.А. Варицев, Г.П. Варицева, к.с.-х.н. П.А. Галушка, к.с.-х.н. Д.В. Кравченко, Е.Г. Азизова, В.В. Ежова, А.Н. Галаева).

Помощь диссертанту в организации проведения исследований по мониторингу зараженности картофеля Cms методом real-time ПЦР на базе ФГБУ «ВНИИКР», предоставленное оборудование оказывали: д.с.-х.н.

Е.А. Симаков, к.б.н. Е.С. Мазурин.

В пробоподготовке поступающих в ФГБУ «ВНИИКР» образцов картофеля из различных регионов Российской Федерации, а также в обеспечении необходимых условий проведения исследований по мониторингу зараженности картофеля Cms методом real-time ПЦР на базе ФГБУ «ВНИИКР» принимал совместное с диссертантом участие коллектив лаборатории бактериологии и молекулярных методов испытательного экспертного центра (к.б.н. Е.С. Мазурин, к.б.н. К.П. Корнев, к.б.н. Г.Н. Мугол Хан, С.И. Приходько, к.с.-х.н. М.Б. Копина, А.А. Кузнецова, М.Б. Баландина, И.М. Игнатьева, Т.Н. Дубовых, И.Н. Писарева и др.), которым автор настоящей работы выражает искреннюю признательность.

Совместно с к.б.н. А.М. Лазаревым проводилась оценка полученных данных мониторинга явных и скрытых форм бактериозов картофеля на территории нашей страны.

Автор благодарит коллективы отдела биотехнологии и иммунодиагностики ФГБНУ ВНИИКХ, лаборатории иммунобиохимии Института биохимии им. А.Н. Баха РАН (ФИЦ Биотехнологии РАН), лаборатории бактериологии и молекулярных методов испытательного экспертного центра ФГБУ «ВНИИКР» и лаборатории защиты растений ФГБОУ РГАУ-МСХА им. К.А. Тимирязева, своих родных и друзей, поддержавших его в период выполнения работы.

Также, настоящим, диссертант заявляет, что в рамках проведенной работы у него нет конкурирующих интересов в исследованиях, проведенных в соавторстве.

Место выполнения экспериментальной работы.

Работа выполнена в отделе биотехнологии и иммунодиагностики ФГБНУ ВНИИКХ им. А.Г Лорха, 140051, Московская область, Люберецкий р-н, п. Красково-1, ул. Лорха, 23.

Отдельные эксперименты были проведены:

- в лаборатории бактериологии и молекулярных методов испытательного экспертного центра ФГБУ «ВНИИКР», 140150, Московская область, Раменский район, п. Быково, ул. Пограничная, д. 32;

- в лаборатории защиты растений ФГБОУ ВО РГАУ-МСХА им. К.А. Тимирязева, 127550, г. Москва, ул. Прянишникова, д. 3а;

- в лаборатории иммунобиохимии Института биохимии им. А.Н. Баха РАН, 119071, Москва, Ленинский проспект, д. 33, Работа выполнена при поддержке МЦП ЕврАзЭС «Инновационные биотехнологии» (государственный контракт № 16.М04.11.0022 от 29.04.2011) и РФФИ (гранты № 13-04-90451, № 14-08-31563);

- на кафедре вирусологии и НИИ физико-химической биологии, ЗАО НВО «Иммунотех» МГУ 119991, г. Москва, ГСП-1, МГУ имени М.В. Ломоносова, Ленинские горы, д.1, модуль-2, работа выполнена при поддержке Министерства образования и науки Российской Федерации (грант № 16.М04.12.0024 от 15.07.2011);

- в лаборатории ООО «Компания «Биоком», 109316, г. Москва, ул. Талалихина, д. 41, стр. 9, офис 65.

ГЛАВА I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Инфекционные заболевания картофеля являются важными факторами, снижающими урожайность данной культуры. Регулярно, только бактериальные патогены вызывают потерю 10-25 % (при эпифитотиях, вплоть до 80 %) урожая данной культуры [96, 154, 217].

1.1 Возбудители черной ножки картофеля.

Черная ножка - одна из самых вредоносных бактериальных болезней картофеля. Общий ущерб урожая от патогенов, вызывающих этот бактериоз, включает выпады в результате гибели больных семенных клубней, всходов, частей растений, снижения продуктивности пораженных растений, потерь при хранении, снижения товарности, качества и семенных кондиций урожая.

Болезнь распространена практически во всех странах, где возделывается

картофель [47]. По литературным данным, в нашей стране, а точнее на всей территории бывшего СССР, черная ножка была отмечена практически повсеместно, и наибольший ущерб она наносила в годы с прохладным летом и избыточным количеством осадков (рис. 1). Зона высокой вредоносности определена там, где бактериоз имеет повсеместное распространение и часто эпифитотийный характер (от 50 до 100 % обследованной площади с количеством пораженных растений до 25-30 % и более; поражение клубней в отдельных партиях достигает 50 %). Зона средней вредоносности охватывает те регионы, где бактериоз проявляется в отдельные годы с наиболее благоприятными для патогена погодными условиями, когда поражается около 50 % обследованной площади; при этом, 10-15 % составляют больные растения. Зона слабой вредоносности определена в тех регионах, где в период вегетации погодные факторы обычно тормозят развитие бактериоза, поражение растений в отдельные годы составляет менее 10 %.

Данная карта создана в 2007 году (авторы: специалист по объекту А.М. Лазарев и ГИС-специалист М.И. Саулич). В карте наглядно

Рисунок 1. а) Зоны распространения и вредоносности черной ножки картофеля (Ра (син. E. carotovora subsp. atroseptica (van Hall) Dye)). б) Типичные симптомы «черной ножки» на клубнях картофеля [55, 64].

представлено распространение бактериоза в регионах с наибольшими площадями под картофелем, где по опубликованным научным материалам (автор сделал обзор 39 литературных источников, изданных в период с 1959 по 2005 годы) на культуре обнаружена черная ножка (мягкая гниль) картофеля преимущественно в процессе визуальных полевых обследований площадей в период вегетации, а также в период хранения по мере проявления характерных симптомов [ 64]. Однако, следует отметить, что методы диагностики, использованные авторами литературных источников, на момент проведения ими исследований, к сожалению, не позволяли выявлять полный спектр видов бактерий вызывающих данную болезнь.

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Зайцев Андрей Александрович, 2018 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Абелев, Г.И. Основы иммунитета / Г.И. Абелев // Соросовский Образовательный Журнал. - 1996. - № 5. - С. 4-10.

2. Абелев, Г.И. Моноклональные антитела / Г.И. Абелев // Соросовский Образовательный Журнал. - 1998. - № 1. - С. 16-20.

3. Анисимов, Б.В. Защита картофеля от болезней, вредителей и сорняков / Б.В. Анисимов, Г.Л. Белов, Ю.А. Варицев, С.Н. Еланский, Г.К. Журомский, С.К. Завриев, В.Н. Зейрук, В.Г. Иванюк, М.А. Кузнецова, М.П. Пляхневич, К.А. Пшеченков, Е.А. Симаков, Н.П. Склярова, З. Сташевски, А.И. Усков, И.М. Яшина // М. - Картофелевод. - 2009. - С. 249-252.

4. Багирова, С.Ф. Фундаментальная фитопатология / С.Ф. Багирова, В.Г. Джавахия, Ю.Т Дьяков, О.Л. Озерецковская, Н.А. Проворов, И.А. Тихонович, Л.А. Щербакова // под ред. Ю.Т. Дьякова. - М. : КРАСАНД, 2012. - 512 с.

5. Белова, О.Д. Кольцевая гниль, черная ножка картофеля и меры борьбы с ними / О.Д. Белова // М. : Колос, 1964. - 104 с.

6. Блинцов, А.Н. Диагностические наборы нового поколения для иммуноферментного определения возбудителей вирусных и бактериальных болезней картофеля / А.Н. Блинцов, Ю.А. Варицев, А.И. Усков, Г.П. Варицева, И.А. Зайцев, М.Д. Ерохова, С.Н. Еланский, А.Б. Комаров, Б.В. Анисимов // В сб.: Методы биотехнологии. Материалы научной конференции «Мировые генетические ресурсы картофеля и их использование в современных направлениях селекции», посвященной 125-летию со дня рождения Н.И. Вавилова. Сборник научных трудов. Сер. "Картофелеводство" ГНУ ВНИИКХ Россельхозакадемии. - 2012. - С. 103-112.

7. Блинцов, А.Н., Новые диагностические тест-системы для иммуноферментного определения возбудителей вирусных и бактериальных болезней картофеля / А.Н. Блинцов, Ю.А. Варицев, А.И. Усков, Г.П. Варицева, И.А. Зайцев, М.Д. Ерохова, С.Н. Еланский, А.Б. Комаров,

Б.В. Анисимов // В сб.: Состояние и перспективы инновационного развития современной индустрии картофеля. Материалы V научно-практической конференции. Министерство сельского хозяйства Чувашской Республики; КУП Чувашской Республики «Агро-Инновации». Чебоксары - 2013. - С. 7681.

8. Бояркина, С.В. Ответные реакции растений табака на воздействие биотрофа Clavibacter michiganensis и некротрофа Pectobacterium carotovorum / С.В. Бояркина, Ю.В. Омеличкина, О.Д. Волкова, А.Г. Еникеев, В.В. Верхотуров, Т.Н. Шафикова // Известия вузов. Прикладная химия и биотехнология. - 2016. - Т. 6. - № 3. - С. 42-49.

9. Букасов, С.М. Селекция и семеноводство картофеля / С.М. Букасов, А.Я. Камераз // Л. : Колос, 1972. - 359 с.

10. Бызова, Н.А. Взаимодействие вируса шарки сливы с антителами, конъюгированными с коллоидным золотом, и разработка иммунохроматографической тест-системы для детекции вируса / Н.А. Бызова, И.В. Сафенкова, С.Н. Чирков, В.Г. Авдиенко, А.Н. Гусева, И.В. Митрофанова, А.В. Жердев, Б.Б. Дзантиев, И.Г. Атабеков // Биохимия. - 2010. - Т. 75. -Вып. 11. - С. 1583-1595.

11. Варицев, Ю.А. Методические указания по диагностике возбудителей черной ножки (Erwinia carotovora (Jones) Bergey et al.) и кольцевой гнили картофеля (Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus (Spieck. et Kotth.) Skaptasson et Burk.) методами иммуноферментного анализа, иммунофлуоресцентной микроскопии и полимеразной цепной реакции / Ю.А. Варицев, Г.Л. Белов, А.И. Усков, Г.П. Варицева, С.К. Завриев, Н.В. Аршава, В.В. Зайцев // - М. : ГНУ ВНИИКХ Россельхозакадемии. - 2003. - 33 с.

12. Варицев, Ю.А. Результаты сравнительного испытания российских и зарубежных тест-систем для выявления латентной инфекции возбудителя кольцевой гнили / Ю.А. Варицев, Е.С. Мазурин, Н.В. Дренова, А.И. Усков,

Ф.С. Джалилов, Н.А. Шероколава // В сб.: Картофелеводство. Сборник научных трудов. НПЦ НАН Беларуси по картофелеводству и овощеводству. Минск - 2008. - Т. 14. - С. 350-357.

13. Варицев, Ю.А. Иммуноферментный анализ возбудителей черной ножки картофеля / Ю.А. Варицев, И.А. Зайцев, А.Н. Карлов, Г.П. Варицева,

A.И. Усков // Картофель и овощи. - 2014. - № 6. - С. 28-29.

14. Варицев, Ю.А. Разработка иммуноферментных диагностических тест-систем для выявления возбудителя черной ножки картофеля (Pectobacterium atrosepticum) / Ю.А. Варицев, И.В. Сафенкова, И.А. Зайцев, Г.П. Варицева // В сб.: Материалы международной научно-практической конференции «Современное картофелеводство Евразийского содружества: от науки до практики» (12-14 июля 2016 года). РУП «Научно-практический центр НАН Беларуси по картофелеводству и плодоовощеводству». Самохваловичи -2016. - С. 38-39.

15. Варицев, Ю.А. Разработка иммуноферментных диагностических тест-систем для выявления возбудителя черной ножки картофеля (Pectobacterium atrosepticum) / Ю.А. Варицев, И.В. Сафенкова, И.А. Зайцев, Г.П. Варицева // В сб.: Картофелеводство. Сборник научных трудов. РУП «Научно-практический центр Национальной академии наук Беларуси по картофелеводству и плодоовощеводству». Минск - 2016. - Т. 24. - С. 139-148.

16. Власов, Н.М. Основа защиты картофеля от чёрной ножки / Н.М. Власов, Д.С. Переверзев, JI.H. Бушкова // Защита растений. - 1990. -№ 6. - С. 9-10.

17. Воробьёва, Н.В. Иммунодиффузия и иммуноэлектрофорез. Теория и практика / Н.В. Воробьёва // М. : Научный мир, 2006. - 80 с.

18. Галактионов, В.Г. Как работает иммунная система /

B.Г. Галактионов // Соросовский Образовательный Журнал. - 1997. - № 12. -

C. 2-9.

19. Гнутова, Р.В. Антигенная характеристика Y- вируса картофеля

(штаммовый состав) / Р.В. Гнутова, И.И. Сибирякова, Ю.А. Варицев, В.Г. Корж // Биологические науки. - 1992. - № 5. - С. 42-49.

20. ГОСТ 11856-89 Картофель семенной. Приемка и методы анализа. -М.: Стандартинформ, 2006. - 16 с.

21. ГОСТ Р 53136-2008 Картофель семенной. Технические условия. -М.: Стандартинформ, 2010. - 10 с.

22. ГОСТ Р 55329-2012 Картофель семенной. Приемка и методы анализа. - М.: Стандартинформ, 2013. - 28 с.

23. ГОСТ 33996-2016 Картофель семенной. Технические условия и методы оценки качества. - М.: Стандартинформ, 2017. - 35 с.

24. Государственная программа развития сельского хозяйства и регулирования рынков сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия на 2013-2020 годы. Постановление Правительства РФ от 14 июля 2012 года № 717 / Собрание законодательства Российской Федерации, 2012. - № 32. - ст. 4549.

25. Джалилов, Ф.С. Методы изучения бактериальных болезней растений / Ф.С. Джалилов // Методические указания для научно-исследовательской работы студентов. - М. : МСХА, 1989. - 26 с.

26. Джалилов, Ф.С. Распространение Dickeya dianthicola и Dickeya solani в России с 2001 по 2013 гг. / Ф.С. Джалилов, А.Н. Игнатов, А.Н. Карлов, В.Е. Карандашов, М.С. Князькина, К.П. Корнев, Э.Ш. Пехтерева // Защита картофеля. - 2014. - № 1. - С. 40.

27. Дрыгин, Ю.Ф. Высокочувствительный иммунохроматографический экспресс-метод определения зараженности растений вирусом табачной мозаики / Ю.Ф. Дрыгин, А.Н. Блинцов, А.П. Осипов, В.Г. Григоренко, И.П. Андреева, А.И. Усков, Ю.А. Варицев, Б.В. Анисимов, В.К. Новиков, И.Г. Атабеков // Биохимия. - 2009. - Т. 74, - Вып. 9. - С. 1212-1220.

28. Дыкман, Л.А. Золотые наночастицы: синтез, свойства, биомедицинское применение / Л.А. Дыкман, В.А. Богатырев, С.Ю. Щеголев,

Н.Г. Хлебцов. // Институт биохимии и физиологии растений и микроорганизмов РАН. - М. : Наука. - 2008. - 319 с.

29. Егоров, А.М. Теория и практика иммуноферментного анализа / А.М. Егоров, А.П. Осипов, Б.Б. Дзантиев, Е.М. Гаврилова // М. : Высшая школа, 1991. - 288 с.

30. Зайцев, И.А. Разработка иммуноферментных и иммунохроматографических тест-систем для выявления возбудителей черной ножки картофеля рода Dickeya / И.А. Зайцев, И.В. Сафенкова, Ю.А. Варицев,

A.Н. Карлов, Г.П. Варицева, А.И. Усков, А.В. Жердев, Б.Б. Дзантиев // В сб.: Картофелеводство. Сборник научных трудов «История развития и результаты научных исследований по культуре картофеля», посвященный 85-летию ВНИИКХ имени А.Г. Лорха. - М. : ФГБНУ ВНИИКХ. - 2015. - С. 425-437.

31. Зильбер, Л.А. Иммунохимический анализ / Л.А. Зильбер // Медицина. - М. : Академия медицинских наук СССР. - 1968. - 300 с.

32. Игнатов, А.Н. Новые возбудители бактериозов и прогноз их распространения в России / А.Н. Игнатов, Н.В. Пунина, Е.В. Матвеева, К.П. Корнев, Э.Ш. Пехтерева, В.А. Политыко // Защита и карантин растений.

- 2009. - № 4. - С. 38-40.

33. Игнатов, А.Н. Необходимо усилить борьбу с бактериозами картофеля / А.Н. Игнатов // Картофель и овощи. - 2011. - № 5. - С. 28-29.

34. Игнатов, А.Н. Распространение Dickeya dianthicola и Dickeya solani в России с 2001 по 2013 гг. / А.Н. Игнатов, А.Н. Карлов, Ф.С. Джалилов,

B.Е. Карандашов, М.С. Князькина, К.П. Корнев, Э.Ш. Пехтерева // Защита картофеля. - 2014. - № 2. - С. 50-52.

35. Игнатов, А.Н. Распространение возбудителей опасных бактериозов растений в Российской Федерации / А.Н. Игнатов // Защита картофеля. - 2014.

- № 2. - С. 53-57.

36. Игнатов, А.Н. Бактериозы картофеля: прогноз развития, распространенность, методы диагностики / А.Н. Игнатов, Ф.С. Джалилов //

Материалы международной конференции 28.03.2014. [Электронный ресурс]. - М. : Биологический факультет МГУ, 2014. - 27 с. - Режим доступа: http://www.welikepotato.ru/articles/presentations/presentation/bacterioz.

37. Игнатов, А.Н. Распространение возбудителей бактериозов картофеля в РФ / А.Н. Игнатов, Ф.С. Джалилов, А.Н. Карлов, В.Е. Карандашов, М.С. Князькина, Э.Ш. Пехтерева // Картофель и овощи. -2014. - № 8. - С. 32-33.

38. Игнатов, А.Н. Распространение в России черной ножки картофеля, вызываемой бактериями р. Dickeya / А.Н. Игнатов, А.Н. Карлов, Ф.С. Джалилов, А.Е. Карандашов, М.С. Князькина, К.П. Корнев, Э.Ш. Пехтерева // Защита и карантин растений. - 2014. - № 11. - С. 41-43.

39. Израильский, В.П. Бактериальные болезни растений / В.П. Израильский // М. : Сельхозгиз, 1960. - 469 с.

40. Израильский, В.П. Руководство для изучения бактериальных болезней растений. Общие вопросы / В.П. Израильский // М. : Колос, 1968. -344 с.

41. Калач, В.И. Методические указания по локализации и ликвидации бактериальной кольцевой гнили картофеля Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicum (Spieckermann and Kotthoff) Davis et al. / В.И. Калач, М.И. Жукова, Д.А. Ильяшенко, В.М. Ерчик, А.С. Романович, Л.Д. Криштофик // РУП «Научно-практический центр НАН Беларуси по картофелеводству и плодоовощеводству». Самохваловичи - 2010. - 12 с.

42. Камераз, А.Я. Генетика устойчивости картофеля к наиболее распространенным болезням / А.Я. Камераз, И.М. Яшина, Н.П. Склярова // Генетика и селекция болезнеустойчивых сортов культурных растений. - М. : Наука, 1974. - С 247-268.

43. Карлов, А.Н. Dickeya dianthicola - новый для России бактериальный патоген картофеля / А.Н. Карлов, В.С. Зотов, Е.Ш. Пехтерева, Е.В. Матвеева, Ф.С. Джалилов, И.А. Фесенко, Г.И. Карлов, А.Н. Игнатов // Известия ТСХА. -

2010. - Вып. 3. - С. 134-141.

44. Карлов, А.Н. Диагностика бактериального патогена картофеля Dickeya dianthicola / А.Н. Карлов, А.Н. Игнатов, Г.И. Карлов, Э.Ш. Пехтерева, Е.В. Матвеева, Н.В. Шаад, Ю.А. Варицев, Ф.С. Джалилов // Известия ТСХА. -

2011. - Вып. 3. - С. 38-48.

45. Карлов, А.Н. Диагностика черной ножки картофеля, вызываемой бактериями рода Dickeya и генетический полиморфизм штаммов возбудителей / А.Н. Карлов : дис. ... канд. биол. наук. М. : РГАУ-МСХА, 2011. - 129 с.

46. Катаева, М.М. Устойчивость сортов и сеянцев картофеля к бактериальным болезням / М.М. Катаева // В сб.: Сборник научных работ НИИСХ ЦЧП. - 1972. - Т. 5. - С. 155-157.

47. Киру, С.Д. Источники устойчивости к Erwinia carotovora (Van Hall) среди образцов культурных и диких видов картофеля из коллекции ВИР / С.Д. Киру, А.М. Лазарев // Фитосанитарное оздоровление экосистем: материалы второго Всероссийского съезда по защите растений, С.-Петербург, 5-10 декабря 2005 г. - С.-Пб. : ВИЗР, 2005. - Т. 1. - С. 466-468.

48. Когут, И.Д. Испытание культурных видов картофеля и их гибридов на устойчивость к бактериальным болезням / И.Д. Когут // Селекция и семеноводство картофеля. Научные труды: - М. : НИИКХ, МСХ РСФСР, 1985.

- Вып. 44. - С. 65-74.

49. Козлов, Л.П. Получение диагностической сыворотки к первому серотипу Еса и испытание её в иммунологических тестах / Л.П. Козлов, А.М. Лазарев, Е.В. Рома // Защита с/х продукции от вредных организмов при хранении. Ленинград - 1991. - С. 67.

50. Корнев, К.П. Бактерия Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis

- патоген картофеля / К.П. Корнев, А.Н. Игнатов, Е.В. Матвеева, Э.Ш. Пехтерева, В.А. Политыко, Н.В. Шаад // В сб.: 50 лет на страже продовольственной безопасности страны. Юбилейный сборник трудов ВНИИ фитопатологии РАСХН. - Большие Вяземы. - 2008. - C. 218-233.

51. Корнев, К.П. Новый бактериальный патоген картофеля / К.П. Корнев, Е.В. Матвеева, Э.Ш. Пехтерева, В.А. Политыко, А.Н. Игнатов // Защита и карантин растений. - 2009. - № 6. - С. 12-15.

52. Корнев, К.П. Характеристика бактерий Clavibacter michiganensis БиЬрБ. michiganensis, выделенных из растений томата на территории России / К.П. Корнев, В.А. Политыко, Е.И. Кырова, С.В. Виноградова, Н.В. Шаад, Д. Ластер, А.Н. Игнатов // Защита картофеля. - 2014. - № 2. - С. 71-77.

53. Лазарев, А.М. Биологические особенности возбудителя черной ножки картофеля в Северо-Западной зоне РСФСР и методы его диагностики / А.М. Лазарев : автореф. дис. ... канд. биол. наук. Л. : ВИЗР, 1985. - 18 с.

54. Лазарев, А.М. Бактерии Pectobacterium Брр. и Dickeya Брр. -возбудители черной ножки картофеля / А.М. Лазарев, А.Н. Карлов, Ю.А. Варицев, А.Н. Игнатов, Ф.С.У. Джалилов // В сб.: Актуальные вопросы аграрной науки и научное обеспечение АПК. Материалы Международной научно-практической конференции. Министерство сельского хозяйства РФ; ФГБОУ ВПО «Великолукская государственная сельскохозяйственная академия». Великие Луки - 2014. - С. 68-73.

55. Лазарев, А.М. Ареалы и зоны вредоносности основных бактериозов растений на территории России и сопредельных стран / А.М. Лазарев, Е.Н. Мысник, Ю.А. Варицев, И.А. Зайцев, А.П. Кожемяков, Ф.А. Попов, С.А. Волгарев, В.К. Чеботарь // Приложения к журналу «Вестник защиты растений». : научное электронное издание. - С.-Пб. : ВИЗР, 2017. - № 24. - 136 с. - Режим доступа: Шр://у17г.врЬ.ги/а88е18/ёос8/уе81шк/8ир/Ьа7агеу-2017-24-

56. Лоза, Г.М. Методика определения экономической эффективности использования в сельском хозяйстве результатов научно-исследовательских и опытно-констукторских работ, новой техники, изобретений и рационализаторских предложений / Г.М. Лоза // - М. : ВНИИПИ, 1983. - 149 с.

57. Мазурин, Е.С. Контроль достоверности результатов фитосанитарной экспертизы при использовании молекулярных методов диагностики / Е.С. Мазурин, М.Б. Копина, Н.А. Шероколава // Вестник РУДН. Серия: Агрономия и животноводство. - М. : РУДН, 2012. - № 3. - С. 31-38.

58. Малько, А.М. Технологический процесс производства оригинального, элитного и репродукционного семенного картофеля / А.М. Малько, Ю.Н. Николаев, Д.Н. Говоров, В.С. Макарова, М.И. Мельникова, Б.В. Анисимов, Е.А. Симаков, С.В. Жевора, Е.В. Овэс, С.Н. Зебрин, В.Н. Зейрук, А.В. Митюшкин, А.И. Усков, С.М. Юрлова, А.А. Журавлев, В.С. Чугунов // Практическое руководство. - М. : Издательство ПравоБук, 2017. - 65 с.

59. Матвеева, Е.В. Основные методы диагностики фитопатогенных бактерий / Е.В. Матвеева, Е.С. Семигонова, Э.Ш. Пехтерева // - М. - 1990. -50 с.

60. Министерство сельского хозяйства Российской Федерации. Расширенное заседание коллегии Минсельхоза России 25 февраля 2015 года / Электронные данные в виде презентационного материала. - Режим доступа: http://www.mcx.ru/news/news/show/35122.355.htm (дата обращения:

26.02.2015).

61. Попкова, К.В. Изменчивость бактерий - возбудителей черной ножки и мокрых гнилей клубней картофеля и устойчивость его к бактериозам / К.В. Попкова, Ю.И. Шнейдер, С.Р. Эль Хатиб // Известия ТСХА. - 1980. -Вып. 5. - С. 116-122.

62. Приказ Минздрава России от 19.08.2016 № 614 «Об утверждении рекомендаций по рациональным нормам потребления пищевых продуктов, отвечающих современным требованиям здорового питания» (ред. от

19.08.2016) / Вестник образования России, 2016. - № 19. - 4 с.

63. Приказ Министерства сельского хозяйства Российской Федерации №2 501 от 15 декабря 2014 года об утверждении Перечня карантинных объектов /

Российская газета, № 12/1, 23.01.2015, специальный выпуск. - 8 с.

64. Проект «Агроэкологический атлас России и сопредельных стран: экономически значимые растения, их болезни, вредители и сорные растения». Зоны распространения и вредоносности черной ножки (мягкой гнили) картофеля Erwinia carotovora subsp. atroseptica (van Hall) Dye. - Электронные данные. - Режим доступа: http://www.agroatlas.ru/ru/content/ diseases/Solani/Solani_Erwinia_carotovora_subsp_atroseptica/map/ (дата обращения: 17.10.2014).

65. Проект «Агроэкологический атлас России и сопредельных стран: экономически значимые растения, их болезни, вредители и сорные растения». Зоны распространения и вредоносности кольцевой гнили картофеля Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus (Spieckermann & Kothoff) Davis et al. - Электронные данные. - Режим доступа: http://www.agroatlas.ru/ru/content/diseases/Solani/Solani_Clavibacter_michiganen sis_subsp_sepedonicus/map/ (дата обращения: 17.10.2014).

66. Ребриков, Д.В. ПЦР «в реальном времени» / Д.В. Ребриков, Г.А. Саматов, Д.Ю. Трофимов, П.А. Семёнов, А.М. Савилова, И.А. Кофиади, Д.Д. Абрамов // - М. : Бином. Лаборатория знаний, 2009. - 223 с.

67. Ройт, А. Иммунология / А. Ройт, Д. Бростофф, Д Мейл // - М. : Мир, 2000. - 592 с.

68. Рудницкая, Г.Е. Иммунофлюорисцентная микроскопия на полимерных мембранах, как метод обнаружения бактерий рода Erwinia в клубнях картофеля / Г.Е Рудницкая., Л.П. Козлов, А.М. Лазарев // Тезисы докладов Четвертой Всесоюзной Конференции по мембранным методам разделения смесей. - М. - 1987. - С. 91-93.

69. Рудницкая, Г.Е. Диагностика Erwinia phytophtora на клубнях картофеля методом флуорисцирующих антител с использованием полимерных мембран / Г.Е Рудницкая., Л.П. Козлов, А.М. Лазарев //

Сельскохозяйственная биология. Серия биология растений. - 1992. - № 3. - С. 115-158.

70. Рымарева, Е.В. Влияние монойодацетата и теплового шока на выживаемость возбудителя кольцевой гнили картофеля / Е.В. Рымарева, Е.Г. Рихванов, А.И. Перфильева, В.Н. Копытчук, Н.Н. Варакина // Картофелеводство. - Минск, 2008. - Т. 14. - С. 430-439.

71. Самуилов, В.Д. Иммуноферментный анализ / В.Д. Самуилов // Соросовский Образовательный Журнал. - 1999. - № 12. - С. 9-15.

72. Сафенкова, И.В. Взаимодействие вирусов растений с антителами: количественные закономерности и практическое применение / И.В. Сафенкова : дис. ... канд. биол. наук. - М., 2010. - 165 с.

73. Сафенкова, И.В. Разработка мультипараметрических иммуноаналитических тест-систем для выявления скрытой заражённости картофеля вирусными и бактериальными патогенами / И.В. Сафенкова, Г.К. Панкратова, А.В. Жердев, И.А. Зайцев, А.И. Усков, Ю.А. Варицев, Б.Б. Дзантиев // Защита картофеля. - 2014. - № 1. - C. 60.

74. Сафенкова, И.В. Разработка иммунохроматографических тест-систем для экспрессного выявления вирусных и бактериальных патогенов картофеля / И.В. Сафенкова, Г.К. Панкратова, И.А. Зайцев, Ю.А. Варицев, А.В. Жердев, Б.Б. Дзантиев // В сб.: Материалы международной конференции «Биотехнология и качество жизни», 18-20 марта 2014 г. - М., 2014. - С. 235236.

75. Сибирякова, И.И. Исследование иммуноферментными методами антигенного родства вирусов кольцевой пятнистости гортензии, мозаики белого клевера, Х-вируса картофеля и аукуба мозаики картофеля / И.И. Сибирякова, А.В. Курика, Р.В. Гнутова, А.Ф. Павленко, Ю.С. Оводов, А.В. Крылов // Биологические науки. - 1987. - № 2. - С. 20-26.

76. СТО ВНИИКР 4.009-2013 Возбудитель бурой бактериальной гнили картофеля Ralstonia solanacearum (Smith) Yabuuchi et al. Методы выявления

и идентификации / п. Быково, Московская обл.: ФГБУ «ВНИИКР», 2013. - 69 с.

77. Твердофазный иммуноферментный анализ // Труды Института имени Пастера. - Л.: Межвузовская типография (3) СППО-2 Ленуприздата, 1988. - Т. 64. - 188 с.

78. Томчук, Н.Г. Устойчивость некоторых форм andigenum к чёрной ножке / Н.Г. Томчук, С.И. Бельская, И.В. Генералова // Известия АН Белорусской ССР. Минск - 1977. - № 2. - С. 98-100.

79. Третьякова, О.М. Пектолитическая и мацерирующая активность штаммов Ре^оЬа^епит саго^огит, Ре^оЬа^епит а^в8ер^сит и Dickeya Dadantii на тканях клубней картофеля / О.М. Третьякова, А.Н. Евтушенков // Картофелеводство. - Минск, 2010. - Т. 18. - С. 186-190.

80. Указ Президента РФ от 30 января 2010 года № 120 «Об утверждении Доктрины продовольственной безопасности Российской Федерации» / Собрание законодательства Российской Федерации, № 5, 01.02.2010, ст.502. Российская газета, № 21, 03.02.2010. - 9 с.

81. Федеральный Закон от 7 февраля 1992 года № 2300-1 «О защите прав потребителей» (ред. от 01.05.2017) / Собрание законодательства Российской Федерации, №3, 15.01.1996, ст.140. - п.1. - ст.10.

82. Федеральная служба государственной статистики. Россия в цифрах. Валовой сбор и урожайность основных сельскохозяйственных культур / -Электроные данные. - Режим доступа: Шр://,^^^§к8.гиМр8Мст/соппес1/ го881а1_та1п/го881а1/ги/81а1181:ю8/еП:егрп8е/есопоту/# (дата обращения: 10.04.2014).

83. Чумаевская, М.А. Методические указания по изоляции и идентификации фитопатогенных бактерий / М.А. Чумаевская, Е.В. Матвеева. // - М.: ВАСХНИЛ, 1986. - 40 с.

84. Шафикова, Т.Н. Развитие локального и системного защитного ответа у растений и культуры клеток табака на заражение С^^а^ег michiganensis

subsp. sepedonicus / Т.Н. Шафикова, Ю.В. Омеличкина, А.С. Солдатенко, А.Л. Алексеенко, А.Г. Еникеев // Картофелеводство. - Минск, 2010. - Т. 18. -С. 191-198.

85. Шнейдер, Ю.А. Candidatus Liberibacter solanacearum - новый микроорганизм, создающий опасность для сельского хозяйства Российской Федерации / Ю.А. Шнейдер, М.А. Тихомирова, Е.В. Каримова, Ю.Н. Приходько // Карантин растений. Наука и практика. - М., 2016. - Вып. 2. - С. 20-23.

86. Шнейдер, Ю.И. Методика оценки картофеля на устойчивость к бактериальным болезням / Ю.И. Шнейдер // Результаты исследований по селекции и семеноводству картофеля. Научные труды НИИКХ, 1970. - С. 228240.

87. Шнейдер, Ю.И. Методические указания по оценке селекционного материала картофеля на устойчивость к фитофторозу, ризоктониозу, бактериальным болезням и механическим повреждениям / Ю.И. Шнейдер, И.М. Яшина, С.А. Ерохина // - М. - 1980. - С. 38-42.

88. Allan, E. Immunofluorescent stain procedures for detection and identification of Erwinia carotovora var. atroseptica / E. Allan, A. Kelman // Phytopathology. - 1977. - Vol. 67. - № 10.- Pp. 1305-1312.

89. Adams, A.N. The detection of plum pox virus in Prunus species by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) / A.N. Adams // Annals of Applied Biology. - 1978. - Vol. 90. - Pp. 215-221.

90. Anilkumar, T.B. Factors affecting survival of Erwinia carotovora, causal organism of stalk rot of maize in soil / T.B. Anilkumar, B.P. Chakravarti // Acta Phytopathologica Academiae Scientiarum Hungaricae. - 1970. - Vol. 5. - Pp. 333340.

91. Bach, H.J. A TaqMan-PCR protocol for quantification and differentiation of the phytopathogenic Clavibacter michiganensis subspecies / H.J. Bach, I. Jessen, M. Schloter, J.C. Munch // Journal of Microbiological Methods. - 2003. - Vol. 52.

- Pp. 85-91.

92. Baer, D. Serological detection of nonmucoid strains of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus in potato / D. Baer, N.C. Gudmestad // Phytopathology. - 1993. - Vol. 83. - № 2. - Pp. 157-163.

93. Bain, R.A. Blackleg development and tuber yield in relation to numbers of Erwinia carotovora subsp. atroseptica on seed potatoes / R.A. Bain, M.C.M. Perombelon, L. Tsror, A. Nachmias // Plant Pathology. - 1990. - Vol. 39.

- Pp. 125-133.

94. Barbara, D.J. Rapid detection and serotyping of prunus necrotic ringspot virus in perennial crops by enzyme-linked immunosorbent assay / D.J. Barbara, M.F. Clark, J.M. Thresh, R. Casper // Annals of Applied Biology. - 1978. - Vol. 90.

- Pp. 395-399.

95. Barras, F. Extracellular enzymes and pathogenesis of soft rot Erwinia / F. Barras, F. Van Gijsegem, A.K. Chatterjee // Annual Review of Phytopathology.

- 1994. - Vol. 32. - Pp. 201-234.

96. Bebber, D.P. Economic and physical determinants of the global distributions of crop pests and pathogens / D.P. Bebber, T. Holmes, D. Smith, S.J. Gurr // New Phytologist. - 2014. - Vol. 202. - Pp. 901-910.

97. Byzova, N.A. Development of immunochromatographic test systems for express detection of plant viruses / N.A. Byzova, I.V. Safenkova, S.N. Chirkov, A.V. Zherdev, A.N. Blintsov, B.B. Dzantiev, I.G. Atabekov // Applied Biochemistry and Microbiology. - 2009. - Vol. 45. - № 2. - Pp. 204-209.

98. Byzova, N.A. Interaction of plum pox virus with specific colloidal goldlabeled antibodies and development of immunochromatographic assay of the virus / N.A. Byzova, I.V. Safenkova, S.N. Chirkov, V.G. Avdienko, A.N. Guseva, I.V. Mitrofanova, A.V. Zherdev, B.B. Dzantiev, J.G. Atabekov // Biochemistry (Moscow). - 2010. - Vol. 75. - № 11. - Pp. 1393-1403.

99. Brierley, J. Improving decision making for the management of potato diseases using real-time diagnostics / J. Brierley, A. Lees, A. Hilton, S. Wale,

J. Peters, J. Elphinstone, N. Boonham // Potato Council. Final Report. - Oxford, Oxford Business Park South. - 2008(6). - 72 pp.

100. Casjens, S. Capsid assembly: bacterial virus structure and assembly / S. Casjens, B.W.J. Mahy, M.H.V. Regenmortel // Encyclopedia of Virology. -Oxford, Academic Press. - 2008. - Pp. 432 - 440.

101. Chao, Y.C. First Report of Aglaonema Bacterial Blight Caused by Erwinia chrysanthemi in Taiwan / Y.C. Chao, C.T. Feng, W.C. Ho // Plant disease.

- 2006. - Vol. 90. - № 10. - P. 1358

102. Charermroj, R. Antibody array in a multiwell plate format for the sensitive and multiplexed detection of important plant pathogens / R. Charermroj, O. Himananto, C. Seepiban, M. Kumpoosiri, N. Warin, O. Gajanandana, C.T. Elliott, N. Karoonuthaisiri // Analytical Chemistry. - 2014. - Vol. 86. - № 14.

- Pp. 7049-7056.

103. Charkowsky, A. The soft rot Erwinia / A. Charkowsky // In: Plant-Associated Bacteria. - Springer, The Netherlands. - 2006. - Pp. 423-505.

104. Claflin, L.E. An agglutination test for the serodiagnosis of Corynebacterium sepedonicum / L.E. Claflin, J.F. Shepard // American potato journal. - 1977. - Vol. 54. - Pp. 331-338.

105. Clark, M.F. Characteristics of the Microplate Method of Enzyme-Linked Immunosorbent Assay for the Detection of Plant Viruses / M.F. Clark, A.N. Adams // Journal of General Virology. - 1977. - Vol. 34. - Pp. 475-483.

106. Clark, M.F. The Detection of Spiroplasma citri by Enzyme-linked Immunosorbent Assay (ELISA) / M.F. Clark, C.L. Flegg, M. Bar-Joseph, S. Rottem // Phytopath. Z. - 1978. - Vol. 92. - Pp. 332-337.

107. Crowley, C.F. Nonpathogenic bacteria associated with potato stems cross-react with Corynebacterium sepedonicum antisera in immunofluorescence / C.F. Crowley, S.H. De Boer // American Potato Journal. - 1982. - Vol. 59. - Pp. 18.

108. Czajkowski, R. Distribution of Dickeya spp. and Pectobacterium

carotovorum subsp carotovorum in naturally infected seed potatoes / Czajkowski, R., G.J. Grabe, J.M. van der Wolf // European Journal of Plant Pathology. - 2009. - Vol. 125. - Pp. 263-275.

109. Czajkowski, R. Detection, identification and differentiation of Pectobacterium and Dickeya species causing potato blackleg and tuber soft rot: a review / R. Czajkowski, M.C.M. Perombelon, S. Jafra, E. Lojkowska, M. Potrykus, J.M. van der Wolf, W. Sledz // Annals of Applied Biology. - 2015. - Vol. 166. - Pp. 18-38.

110. Danks, C. On-site detection of plant pathogens using lateral-flow devices / C. Danks, I. Barker // EPPO Bulletin. - 2000. - Vol. 30. - № 3-4. - Pp. 421-426.

111. Darrasse, A. PCR and restriction fragment length polymorphism of a pel gene as a tool to identify Erwinia carotovora in relation to potato diseases / A. Darrasse, S. Priou, A. Kotoujansky, Y. Bertheau // Applied and Environmental Microbiology. - 1994. - Vol. 60. - № 5. - Pp. 1437-1443.

112. De Boer, S.H. Evaluation of immunofluorescence with monoclonal antibodies for detecting latent bacterial ring rot infection / S.H. De Boer, M.E. McNaughton // American Potato Journal. - 1986. - Vol. 63. - № 10. - Pp. 533-543.

113. De Boer, S.H. Determination of population densities of Corynebacterium sepedonicum in potato stems during the growing season / S.H. De Boer, M. McCann // Phytopathology. - 1989. - Vol. 79. - № 9. - Pp. 946951.

114. De Boer, S.H. Evaluation of serological tests for detection of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus in composite potato stem and tuber samples / S.H. De Boer, D.E. Stead, A.S. Alivizatos, J.D. Janse, J. Van Vaerenbergh, T.L. De Haan, J. Mawhinney // Plant Disease. - 1994. - Vol. 78. - № 7. - Pp. 725729.

115. De Boer, S.H. PCR detection of Erwinia carotovora subsp. atroseptica associated with potato tissue / S.H. De Boer, L.J. Ward // Phytopathology. - 1995.

- Vol. 85. - № 8. - Pp. 854-858.

116. De Boer, S.H. Validation of thresholds for serological tests that detect Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus in potato tuber tissue / S.H. De Boer, A. Boucher, T.L. De Haant // Bulletin OEPP/EPPO. - 1996. - Vol. 26. - № 2. - Pp. 391-398.

117. De Boer, S.H. New grower-friendly methods for plant pathogen monitoring / S.H. De Boer, M.M. Lopez // Annu Rev Phytopathol. - 2012. - Vol. 50. Pp.197-218.

118. De Brugne, E. Evaluation of the identification procedure of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus, the causal agent of ring rot in potatoes / E. De Brugne, R. Vantomme, J. Van Vaevenbergh // Medical Fac Landbouww Rijksuniv Gent. - 1986. - Vol. 51. - № 38. - Pp. 1347-1350.

119. Dees, M.W. Pectobacterium polaris sp. nov., isolated from potato (Solanum tuberosum) / M.W. Dees, E. Lys0e, S. Rossmann, J. Perminow, M.B. Brurberg // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - Taxonomic description - New Taxa. - 2017. DOI: 10.1099/ijsem.0.002448. - 8 pp.

120. De Haan, E.G. Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum can cause potato blackleg in temperate climates / E. De Haan, T. Dekker-Nooren, G. Van Den Bovenkamp, A. Speksnijder, P. Van Der Zouwen, J. Van Der Wolf // European Journal of Plant Pathology. - 2008. - Vol. 122. - Pp. 561-569.

121. Dehnen-Schmutz, K. The role of regulatory mechanisms for control of plant diseases and food security-case studies from potato production in Britain / K. Dehnen-Schmutz, A. MacLeod, P. Reed, P.R. Mills // Food Security. - 2010. -Vol. 2. - № 3. - Pp. 233-245.

122. Diallo, S. Simultaneous and selective detection of two major soft rot pathogens of potato: Pectobacterium atrosepticum (Erwinia carotovora subsp. atrosepticum) and Dickeya spp. (Erwinia chrysanthemi) / S. Diallo, X. Latour, A. Groboillot, B. Smadja, P. Copin, N. Orange, M.G.J. Feuilloley, S. Chevalier //

European Journal of Plant Pathology. - 2009. - Vol. 125. - Pp. 349-354.

123. Dinesen, I.G. Extraction of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus from composite samples of potato tubers / I.G. Dinesen, S.H. De Boer // American Potato Journal. - 1995. - Vol. 72. - Pp. 133-142.

124. Dreier, J. Southern Hybridization and PCR for Specific Detection of Phytopathogenic Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis / J. Dreier, A. Bermpohl, R. Eichenlaub // Phytopathology. - 1995. - Vol. 85. - № 4. - Pp. 462468.

125. Duarte, V. Characterization of atypical Erwinia carotovora strains causing blackleg of potato in Brazil / V. Duarte, S.H. De Boer, L.J. Ward,

A.M.R. De Oliveira // Journal of Applied Microbiology. - 2004. - Vol. 96. - Pp. 535-545.

126. Dupuis, B. The Dickeya and Pectobacterium situation in Switzerland /

B. Dupuis, S. Schaerer, H. Gilliand, O. Cazelles // In Dickeya Workshop, Emmeloord, The Netherlands. - 2010.

127. Dye, D.W. A taxonomic study of the genus Erwinia. II. The «carotovora» group / D.W. Dye // New Zealand Journal of Science. - 1969. -Vol. 12. - Pp. 81-97.

128. Dzantiev, B.B. Immunochromatographic methods in food analysis / B.B. Dzantiev, N.A. Byzova, A.E. Urusov, A.V. Zherdev // Trends in Analytical Chemistry. - 2014. - Vol. 55. - Pp. 81-93.

129. Elphinstone, J.G. Contamination of potatoes by Erwinia carotovora during grading / J.G. Elphinstone, C.M. Perombelon // Plant Pathology. - 1986. -Vol. 35. - № 1. - Pp. 25-33.

130. EPPO A1 and A2 Lists of pests recommended for regulation as quarantine pests / PM 1/2(25) English. European and Mediterranean Plant Protection Organization: approved in September 2016. - Accessed on 22 November 2017. http: //www.eppo. org/QUARANTINE/quarantine.htm.

131. EPPO. Diagnostic protocols for regulated pests, EPPO standard PM 7.

https: //gd.eppo. int/standards/PM7/.

132. FAOSTAT. Food and Agriculture Organization of the United Nations. -09/04/2015. http://faostat.fao .org/site/567/default.aspx#ancor.

133. Frechon, D. Evaluation of a PCR kit for the detection of Erwinia carotovora subsp. atroseptica on potato tubers / D. Frechon, P. Exbrayat, V. Helias, L.J. Hyman, B. Jouan, P. Llop, M.M. Lopez, N. Payet, M.C.M. Perombelon, I.K. Toth, J.R.C.M. Van Beckhoven, J.M. Van der Wolf, Y. Bertheau // Potato Research. - 1998. - Vol. 41. - Pp. 163-173.

134. Frens, G. Controlled nucleation for the regulation of the particle size in monodisperse gold suspensions / G. Frens // Nature Physical Science. - 1973. -Vol. 241. - Pp. 20-22.

135. Frost, K.E. Integrated control of potato pathogens through seed potato certification and provision of clean seed potatoes / K.E. Frost, R.L. Groves, A.O. Charkowski // Plant Disease. - 2013. - Vol. 97. - № 10. - Pp. 1268-1280.

136. Fuqua, C. Regulation of gene expression by cellto- cell communication: acyl homoserine lactone quorum sensing / C. Fuqua, M.R. Parsek, E.P. Greenberg // Annual Review of Genetics. - 2001. - Vol. 35. - Pp. 439-468.

137. Gardan, L. Elevation of three subspecies of Pectobacterium carotovorum to species level: Pectobacterium atrosepticum sp. nov., Pectobacterium betavasculorum sp. nov. and Pectobacterium wasabiae sp. nov. / L. Gardan, C. Gouy, R. Christen, R. Samson // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2003. - Vol. 53. - Pp. 381-391.

138. Gill, E.D. Factors impacting blackleg development caused by Dickeya spp. in the field / E.D. Gill, S. Schaerer, B. Dupuis // European Journal of Plant Pathology. - 2014. - Vol. 140. - № 2. - Pp. 317-327.

139. Graham, D.C. Re-infection by Erwinia carotovora (Jones) Bergey et al. in potato stocks derived from stem cuttings / D.C. Graham // EPPO Bulletin. - 1976. - Vol. 6. - № 4. - Pp. 243-245.

140. Gudmestad, N.C. A Real-Time PCR Assay for the Detection of

Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus Based on the Cellulase A Gene Sequence / N.C. Gudmestad, I. Mallik, J.S. Pasche, N.R. Anderson, K. Kinzer // Plant Disease. - 2009. - Vol. 93. - № 6. - Pp. 649-659.

141. Hauben, L. Phylogenetic position of phytopathogens within the Enterobacteriaceae / L. Hauben, E.R.B. Moore, L. Vauterin, M. Steenackers, J. Mergaert, L. Verdonck, J. Swings // Systematic and Applied Microbiology. -1998. - Vol. 21. - № 3. - Pp. 384-397.

142. Harrison, M.D. Presence of Erwinia carotovora in surface water in North America / M.D. Harrison, G.D. Franc, D.A. Maddox, J.E. Michaud, N.J. McCarter-Zorner // Journal of Applied Microbiology. - 1987. - Vol.62. - № 6. - Pp. 565-570.

143. Helias, V. Characterization of Erwinia carotovora subspecies and detection of Erwinia carotovora subsp. atroseptica in potato plants, soil and water extracts with PCR-based methods / V. Helias, A.C. Le Roux, Y. Bertheau, D. Andrivon, J.P. Gauthier, B. Jouan // European Journal of Plant Pathology. - 1998. - Vol. 104. - № 7. - Pp. 685-699.

144. Hermanson, G.T. Bioconjugate techniques / G.T. Hermanson // Elsevier. 2nd edition. - 2008. - 1202 pp.

145. Hermanson, G.T. Chapter 3—The reactions of Bioconjugation / G.T. Hermanson // Bioconjugate techniques. Elsevier. 3rd edition, 2013. - Pp. 229258.

146. Hill, B.D. An Environmental Model Predicting Bacterial Ring Rot Symptom Expression / B.D. Hill, M. Kalischuk, D.R. Waterer, B. Bizimungu, R. Howard, L.M. Kawchuk // American Journal of Potato Research. - 2011. -Vol. 88. - № 3. - Pp. 294-301.

147. Hodgetts, J. Development of a lateral flow device for in-field detection and evaluation of PCR-based diagnostic methods for Xanthomonas campestris pv. musacearum, the causal agent of banana xanthomonas wilt / J. Hodgetts, G. Karamura, G. Johnson, J. Hall, K. Perkins, F. Beed, V. Nakato, M. Grant, D.J. Studholme, N. Boonham, J. Smith // Plant Pathology. - 2015. - Vol. 64. - № 3.

- Pp. 559-567.

148. Horka, M. Combination of capillary isoelectric focusing in a tapered capillary with MALDI-TOF MS for rapid and reliable identification of Dickeya species from plant samples / M. Horka, J. Salplachta, P. Karasek, A. Kubesova, J. Horky, H. Matouskova, K. Slais, M. Roth // Analytical Chemistry. - 2013. -Vol. 85. - № 14. - Pp. 6806-6812.

149. Hugh, R. The taxonomic significance of fermentative versus oxidative metabolism of carbohydrates by various Gram-negative bacteria / R. Hugh, E. Leifson // Journal of Bacteriology. - 1953. - Vol. 66. - Pp. 24-26.

150. Humphris, S.N. Detection of the bacterial potato pathogens Pectobacterium and Dickeya spp. using conventional and real-time PCR / S.N. Humphris, G. Cahill, J.G. Elphinstone, R. Kelly, N.M. Parkinson, L. Pritchard, I.K. Toth, G.S. Saddler // Methods in Molecular Biology. - 2015. - Vol. 1302. - Pp. 1-16.

151. Jensen, M.A. Rapid identification of bacteria on the basis of polymerase chain reaction-amplified ribosomal DNA spacer polymorphisms / M.A. Jensen, J.A. Webster, N. Straus // Applied and Environmental Microbiology. - 1993. -Vol. 59. - № 4. - Pp. 945-952.

152. Jones, D.A.C. Blackleg potential of potato seed: determination of tuber contamination by Erwinia carotovora subsp. atroseptica by immunofluorescence colony staining and stocks and tuber sampling / D.A.C. Jones, L.J. Hyman, M. Tumersereit P. Smith, M.C.M. Pérombelon // Annals of applied biology. - 1994.

- Vol. 124. - № 3. - Pp. 557-568.

153. Karjalainen, R. Evaluation of PCR methods for the diagnosis of bacterial ring rot infections in potato / R. Karjalainen, A. Kangasniemi, J. Hamalainen, J. Tegel // EPPO Bulletin. - 1995. - Vol. 25. - № 1-2. - Pp. 169-175.

154. Kaemmerer, D. Epidemiology of bacterial ring rot of potato in plant and soil-consequences for disease management / D. Kaemmerer, L. Seigner, G. Poschenrieder, M. Zellner, M. Munzert // Journal of Plant Diseases and

Protection. - 2007. - Vol. 114. - № 4. - Pp. 159-166.

155. Kang, H.W. PCR-based specific and sensitive detection of Pectobacterium carotovorum ssp. carotovorum by primers generated from a URP-PCR fingerprinting-derived polymorphic band / H.W. Kang, S.W. Kwon, S.J. Go // Plant Pathology. - 2003. - Vol. 52. - Pp. 127-133.

156. Khlebtsov, N.G. Optical properties and biomedical applications of plasmonic nanoparticles / N.G. Khlebtsov, L.A. Dykman // Journal of Quantitative Spectroscopy and Radiative Transfer. - 2010. - Vol. 111. - № 1. - Pp. 1-35.

157. Kim, M.H. Quantitative Real-Time Polymerase Chain Reaction Assay for Detection of Pectobacterium wasabiae Using YD Repeat Protein Gene-Based Primers / M.H. Kim, M.S. Cho, B.K. Kim, H.J. Choi, J.H. Hahn, C.K. Kim, M.J. Kang, S.H. Kim, D.S. Park // Plant Disease. - 2012. - Vol. 96. - № 2. - Pp. 253-257.

158. Kirk, W.W. Introduction to 2013 symposium on bacterial diseases of potatoes / W.W. Kirk // American Journal of Potato Research. - 2015. - Vol. 92. -№ 2. - Pp. 215-217.

159. Koenig, R. ELISA in the study of homologous and heterologous reactions of plant viruses / R. Koenig // Journal of General Virology. - 1978. -Vol. 40. - Pp. 309-318.

160. Krysinski, E.P. Use of enzyme-labeled antibodies to detect Salmonella in foods / E.P. Krysinski, R.C. Heimsch // Applied and Environmental Microbiology. - 1977. - Vol. 33. - № 4. - Pp. 947-954.

161. Kudela, V. History of bacterial ring rot of potato in the Czech Lands and a proposal for relaxation of strict quarantine measures / V. Kudela // Plant Protection Science. - 2007. - Vol. 43. - № 2. - Pp. 35-46.

162. Laurila, J. Symptoms and yield reduction caused by Dickeya spp. strains isolated from potato and river water in Finland. / J. Laurila, A. Hannukkala, J. Nykyri, M. Pasanen, V. Helias, L. Garlant, M. Pirhonen // European Journal of Plant Pathology. - 2010. - Vol. 126. - Pp. 249-262.

163. Lawellin, D.W. Enzyme-linked immunosorbent analysis for aflatoxin B1 / D.W. Lawellin, D.W. Grant, B.K. Joyce // Applied and Environmental Microbiology. - 1977. - Vol. 34. - № 1. - Pp. 94-96.

164. Law, J.W.F. Rapid methods for the detection of foodborne bacterial pathogens: principles, applications, advantages and limitations / J.W.F. Law, N.S. Ab Mutalib, K.G. Chan, L.H. Lee // Frontiers in Microbiology. - 2015. -Vol. 5. - № 770. - 19 pp.

165. Lee, Y.A. Characterization of Erwinia chrysanthemi, the soft-rot pathogen of white-flowered calla lily, based on pathogenicity and PCR-RFLP and PFGE analyses / Y.A. Lee, K.P. Chen, Y.W. Hsu // Plant Pathology. - 2006. -Vol. 55. - Pp. 530-536.

166. Li, X. Development and evaluation of a loop-mediated isothermal amplification assay for rapid detection and identification of Pectobacterium atrosepticum / X. Li, J. Nie, L.J. Ward, J. Nickerson, S.H. De Boer // Canadian Journal of Plant Pathology. - 2011. - Vol. 33. - № 4. - Pp. 447-457.

167. Lim, W.H. The survival of Erwinia chrysanthemi in peat and mineral soil / W.H. Lim // Mardi Research Bulletin. - 1975. - Vol. 3. - Pp. 20-23.

168. Liu, X. Extinction coefficient of gold nanoparticles with different sizes and different capping ligands / X. Liu, M. Atwater, J. Wang, Q. Huo // Colloids and Surfaces B: Biointerfaces. - 2007. - Vol. 58. - № 1. - Pp. 3-7.

169. Lojkowska, E. Comparison of the effectiveness of different methods of screening for bacterial soft rot resistance of potato tubers / E. Lojkowska, A. Kelman // American Potato Journal. - 1994. - Vol. 71. - Pp. 99-113.

170. Lopez, M.M. Innovative tools for detection of plant pathogenic viruses and bacteria / M.M. Lopez, E. Bertolini, A. Olmos, P. Caruso, M.T. Gorris, P. Lop, R. Penyalver, M. Cambra // International Microbiology. - 2003. - Vol. 6. - № 4. -Pp. 233-243.

171. Lou, S. A gold nanoparticle-based immunochromatographic assay: the influence of nanoparticulate size / S. Lou, J.Y. Ye, K.Q. Li, A.G. Wu // Analyst. -

2012. - Vol. 137. - № 5. - Pp. 1174-1181.

172. Maas Geesteranus, H.P. Natrot en zwart benigheid bij aardappelen / H.P. Maas Geesteranus // Bedrijfsontwikkeling. - 1972. - Vol. 3. - Pp. 941-945.

173. Ma, B. Host range and molecular phylogenies of the soft rot enterobacterial genera Pectobacterium and Dickeya / B. Ma, M.E. Hibbing,

H.S. Kim, R.M. Reedy, I. Yedidia, J. Breuer, J. Breuer, J.D. Glasner, N.T. Perna, A. Kelman, A.O. Charcowski // Phytopaology. - 2007. - Vol. 97. - № 9. - Pp. 1150-1163.

174. Mansfield, J. Top 10 plant pathogenic bacteria in molecular plant pathology / J. Mansfield, S. Genin, S. Magori, V. Citovsky, M. Sriariyanum, P. Ronald, M. Dow, V. Verdier, S.V. Beer, M.A. Machado, I. Toth, G. Salmond, G.D. Foster // Molecular Plant Pathology. - 2012. - Vol. 13. - № 6. - Pp. 614-629.

175. Massart, S. Development of the simultaneous detection of Ralstonia solanacearum race 3 and Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus in potato tubers by a multiplex real-time PCR assay / S. Massart, C. Nagy, M. H. Jijakli // European Journal of Plant Pathology. - 2014. - Vol. 138. - Pp. 29-37.

176. Mc Carter-Zorner, N.J. Soft rot Erwinia bacteria in surface and underground waters in southern Scotland and in Colorado, United States / N.J. McCarter-Zorner, G.D. Franc, M.D. Harrison, J.E. Michaud, C.E. Quinn,.

I.A. Sells, D.C. Graham // Journal of Applied Microbiology. - 1984. - Vol. 57. -№ 1. - Pp. 95-105.

177. Mills, D. Specific detection of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus by amplification of three unique DNA sequences isolated by subtraction hybridisation / D. Mills, B.W. Russell, J.W. Hanus // Phytopathology. -1997. - Vol. 87. - № 8. - Pp. 853-861.

178. Mohammed, M.J. Detection of Erwinia spp. on potato (Solanum tuberosum L.) using conventional and PCR Technique / M.J. Mohammed // University of Baghdad. College of Agriculture. - 1434H-Safar. - 2013. - 113 pp.

179. Molina, J.J. The role of Erwinia carotovora in the epidemiology of

potato blackleg I. Relationship of E. carotorora var. carotovora and E. carotovora var. atroseptica to potato blackleg in Colorado / J.J. Molina, M.D. Harrison // American Potato Journal. - 1977. - Vol. 54. - № 12. - Pp. 587-591.

180. Nabhan, S. Taxonomic relatedness between Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum, Pectobacterium carotovorum subsp. odoriferum and Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliense subsp. nov. / S. Nabhan, S.H. De Boer, E. Maiss1, K. Wydra // Journal of Applied Microbiology. - 2012. -Vol. 113. - Pp. 904-913.

181. Nakane, P.K. Peroxidase-labeled antibody a new method of conjugation / P.K. Nakane, A. Kawaoi // The Journal of Histochemistry and Cytochemistry. -1974. - Vol. 22. - № 12. - Pp. 1084-1091.

182. Narayanasamy, P. Diagnosis of bacterial diseases of plants / P. Narayanasamy // Microbial Plant Pathogens - Detection and Disease Diagnosis: Bacterial and Phytoplasmal Pathogens. - Springer Science+Business Media B.V. -2011. - Vol. 2. - Pp. 233-246.

183. Narayanasamy, P. Diagnosis of viral and viroid diseases of plants / P. Narayanasamy // Microbial Plant Pathogens - Detection and Disease Diagnosis: Viral and Viroid Pathogens. - Springer Science+Business Media B.V. - 2011. -Vol. 3. - Pp. 295-312.

184. Nassar, A. Characterization of Erwinia chrysanthemi by Pectinolytic Isozyme Polymorphism and Restriction Fragment Length Polymorphism Analysis of PCR-Amplified Fragments of pel Genes / A. Nassar, A. Darrasse, M. Lemattre, A. Kotoujansky, C. Dervin, R. Vedel, Y. Bertheau // Applied and Environmental Microbiology. - 1996. - Vol. 62. - № 7. - Pp.2228-2235.

185. Nezhad, A.S. Future of portable devices for plant pathogen diagnosis /

A.S. Nezhad // Lab on a Chip. - 2014. - Vol. 14. - № 16. - Pp. 2887-2904.

186. Ngom, B. Development and application of lateral flow test strip technology for detection of infectious agents and chemical contaminants: a review /

B. Ngom, Y.C. Guo, X.L. Wang, D.R. Bi // Analytical and Bioanalytical Chemistry.

- 2010. - Vol. 397. - № 3. - Pp. 1113-1135.

187. Noval, C. Ensayos de laboratorio para la detección de Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus en tubérculos de patata / C. Noval, S. Llamas, M.T. Seisdedos, R. Marquinez // Boletín de Sanidad Vegetal - Plagas. - 1993. -Vol. 19. - № 2. - Pp. 237-247.

188. Onkendi, E.M. Characterization of Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum and brasiliense from diseased potatoes in Kenya / E.M. Onkendi, L.N. Moleleki // European Journal of Plant Pathology. - 2014. DOI: 10.1007/s10658-014-0411-z. - 10 pp.

189. Palacio-Bielsa, A. PCR detection and identification of plant-pathogenic bacteria: updated review of protocols (1989-2007) / A. Palacio-Bielsa, M.A. Cambra, M.M. Lopez // Journal of Plant Pathology. - 2009. - Vol. 91. - № 2.

- Pp. 249-297.

190. Panferov, V.G. Development of the sensitive lateral flow immunoassay with silver enhancement for the detection of Ralstonia solanacearum in potato tubers / V.G. Panferov, I.V. Safenkova, Y.A. Varitsev, N.V. Drenova, K.P. Kornev, A.V. Zherdev, B.B. Dzantiev // Talanta. - 2016. - Vol. 152. - Pp. 521-530.

191. Park, D.S. PCR-based sensitive and specific detection of Pectobacterium atrosepticum using primers based on Rhs family gene sequences / D.S. Park, J.K. Shim, J.S. Kim, B.Y. Kim, M.J. Kang, Y.J. Seol, J.H. Hahn, R. Shrestha, C.K. Lim, S.J. Go, H.G. Kim // Plant Pathology. - 2006. - Vol. 55. - Pp. 625-629.

192. Parkinson, N. Dickeya species relatedness and clade structure determined by comparison of recA sequences / N. Parkinson, D. Stead, J. Bew, J. Heeney, L. Tsror, J. Elphinstone // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2009. - Vol. 59. - Pp. 2388-2393.

193. Parkinson, N. Epidemiology of Dickeya dianthicola and Dickeya solani in ornamental hosts and potato studied using variable number tandem repeat analysis / N. Parkinson, L. Pritchard, R. Bryant, I. Toth, J. Elphinstone // European Journal of Plant Pathology. - 2015. - Vol. 141. - № 1. - Pp. 63-70.

194. Pastrik, K.H. Detection of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus in potato tubers by multiptex PCR with coamplification of host DNA / K.H. Pastrik // European Journal of Plant Pathology. - 2000. - Vol. 106. - № 2. -Pp. 155-165.

195. Perombelon, M.C.M. The extent and survival of contamination of potato stocks in Scotland by Erwinia carotovora var. carotovora and Erwinia carotovora var. atroseptica / M.C.M. Perombelon // Annals of Applied Biology. - 1972. -Vol. 71. - № 2. - Pp. 111-117.

196. Perombelon, M.C.M. The role of the seed tuber in the contamination by Erwinia carotovora of potato crops in Scotland / M.C.M. Perombelon // Potato Research. - 1974. - Vol. 17. - № 2. - Pp. 187-199.

197. Perombelon, M.C.M. Factors affecting the accuracy of the tuber incubation test for the detection of contamination of potato stocks by Erwinia carotovora / M.C.M. Perombelon // Potato Research. - 1979. - Vol. 22. - № 1. -Pp. 63-68.

198. Perombelon, M.C.M. Ecology of the soft rot Erwinias / M.C.M. Perombelon, A. Kelman // Annual Review of Phytopathology. - 1980. -Vol. 18. - Pp. 361-387.

199. Perombelon, M.C.M. Factors affecting potato blackelg development / M.C.M. Perombelon, V.M. Lumb, D. Zutra, L.J. Hyman, E.M. Burnett // Vascular Wilt Diseases of Plants. - 1989. - Vol. 28. - Pp. 421-431.

200. Perombelon, M.C.M. Potato blackleg: Epidemiology, host-pathogen interaction and control / M.C.M. Perombelon // Netherlands Journal of Plant Pathology. - 1992. - Vol. 98. - № 2. - Pp. 135-146.

201. Perombelon, M.C.M. Seroligical metods to quantify potato seed contamination by Erwinia carotovora subsp. atroseptica / M.C. Perombelon, L.J. Hyman // EPPO Bulletin. - 1995. - Vol. 25. - № 1-2. - Pp. 195-202.

202. Perombelon, M.C.M. Bacterial soft rots / M.C.M. Perombelon, G.P.C. Salmond // Singh, US, Singh, RP, Kohmoto, K, eds. Pathogenesis and Host

Specificity in Plant Diseases, Oxford, UK: Pergamon. - 1995. - Vol. 1. - Pp. 1-20.

203. Perombelon, M.C.M. Methods for the detection and quantification of Erwinia carotovora subsp. atroseptica (Pectobacterium carotovorum subsp. atrosepticum) on potatoes: a laboratory manual / M.C.M. Perombelon, J.M. van der Wolf // Scotish Crop Research Institute Occasional Publication. Revised Version, 2002. - № 10. - Pp. 1-32.

204. Peters, J. An enrichment microsphere immunoassay for the detection of Pectobacterium atrosepticum and Dickeya dianthicola in potato tuber extracts / J. Peters, W. Sledz, J.H.W. Bergervoet, J.M. van der Wolf // European Journal of Plant Pathology. - 2007. - Vol. 117. - Pp. 97-107.

205. Posthuma-Trumpie, G.A. Lateral flow (immuno)assay: its strengths, weaknesses, opportunities and threats. A literature survey / G.A. Posthuma-Trumpie, J. Korf, A. van Amerongen // Analytical and Bioanalytical Chemistry. -2009. - Vol. 393. - № 2. - Pp. 569-582.

206. Potrykus, M. Simultaneous detection of major blackleg and soft rot bacterial pathogens in potato by multiplex polymerase chain reaction / M. Potrykus, W. Sledz, M. Golanowska, M. Slawiak, A. Binek, A. Motyka, S. Zoledowska, R. Czajkowski, E. Lojkowska // Annals of Applied Biology. - 2014. - Vol. 165. -Pp. 474-487.

207. Pritchard, L. Detection of phytopathogens of the genus Dickeya using a PCR primer prediction pipeline for draft bacterial genome sequences / L. Pritchard, S. Humphris, G.S. Saddler, N.M. Parkinson, V. Bertrand, J.G. Elphinstone, I.K. Toth // Plant Pathology. - 2013. - Vol. 62. - № 3. - Pp. 587-596.

208. Rangarajan, M. Studies on the survival of corn stalk rot bacteria / M. Rangarajan, B.P. Chakravarti // Plant and Soil. - 1970. - Vol. 33. - № 1-3. - Pp. 140-144.

209. Rivas, L. Chapter 14 - Lateral flow biosensors based on gold nanoparticles / L. Rivas, Adl. Escosura-Muniz, J. Pons, A. Merko?i // Comprehensive analytical chemistry. Amsterdam: Elsevier, 2014. - Vol. 66. - Pp.

569-605.

210. Safenkova, I.V. Correlation between the composition of multivalent antibody conjugates with colloidal gold nanoparticles and their affinity / I.V. Safenkova, A.V. Zherdev, B.B. Dzantiev // Journal of Immunological Methods. - 2010. - Vol. 357. - № 1-2. - Pp. 17-25.

211. Safenkova, I. Factors influencing the detection limit of the lateral-flow sandwich immunoassay: a case study with potato virus X / I. Safenkova, A. Zherdev, B. Dzantiev // Analytical and Bioanalytical Chemistry. - 2012. - Vol. 403. - №2 6. -Pp. 1595-1605.

212. Safenkova, I.V. Lateral flow immunoassay for rapid detection of potato ring rot caused by Clavibacter michiganensis subsp sepedonicus / I.V. Safenkova, I.A. Zaitsev, G.K. Pankratova, Y.A. Varitsev, A.V. Zherdev, B.B. Dzantiev // Applied Biochemistry and Microbiology. - 2014. - Vol. 50. - № 6. - Pp. 675-682.

213. Safenkova, I.V. Multiarray on a test strip (MATS): rapid multiplex immunodetection of priority potato pathogens / I.V. Safenkova, G.K. Pankratova, I.A. Zaitsev, Y.A. Varitsev, Y.Y. Vengerov, A.V. Zherdev, B.B. Dzantiev // Analytical and Bioanalytical Chemistry. - 2016. - Vol. 408. - № 22. - Pp. 60096017.

214. Safenkova, I.V. Development of a lateral flow immunoassay for rapid diagnosis of potato blackleg caused by Dickeya species / I.V. Safenkova, I.A. Zaitsev, Yu.A. Varitsev, N.A. Byzova, N.V. Drenova, A.V. Zherdev, B.B. Dzantiev // Analytical and Bioanalytical Chemistry. - 2017. - Vol. 409. - Pp. 1915-1927.

215. Samson, R. Biochemical and serological diversity of Erwinia chrysanthemi / R. Samson, N. Ngwira, N. Rivera // In: Klement Z, ed. Proceedings of the Seventh International Conference on Plant Pathogenic Bacteria, Budapest, Hungary. - 1990. - Pp. 895-900.

216. Samson, R. Transfer of Pectobacterium chrysanthemi (Burkholder et al. 1953) Brenner et al. 1973 and Brenneria paradisiaca to the genus Dickeya gen. nov.

as Dickeya chrysanthemi comb. nov. and Dickeya paradisiaca comb. nov. and delineation of four novel species, Dickeya dadantii sp. nov., Dickeya dianthicola sp. nov., Dickeya dieffenbachiae sp. nov. and Dickeya zeae sp. nov. / R. Samson, J.B. Legendre, R. Christen, M. Fischer-le Saux, W. Achouak, L. Gardan // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2005. -Vol. 55. - Pp. 1415-1427.

217. Savary, S. Quantification and Modeling of Crop Losses: A Review of Purposes / S. Savary, P.S. Teng, L. Willocquet, F.W. Nutter // Annual Review of Phytopathology. - 2006. - Vol. 44. - Pp. 89-112.

218. Schaad, W. Detection of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus in potato tubers by BIO-PCR and an automated real-time fluorescence detection system / W. Schaad, Y. Berthier-Schaad, A. Sechler, D. Knorr // Plant Disease. -1999. - Vol. 83. - Pp. 1095-1100.

219. Schaad, N.W. Laboratory guide for identification of plant pathogenic bacteria / N.W. Schaad, J.B. Jones, W. Chun // 3rd ed. St. Paul: The American Phytopathological Society (APS Press), 2001. - Pp. 56-72. - Pp. 218-234.

220. Shan, S. Novel strategies to enhance lateral flow immunoassay sensitivity for detecting foodborne pathogens / S. Shan, W. Lai, Y. Xiong, H. Wei, H. Xu // Journal of agricultural and food chemistry. - 2015. - Vol. 63. - № 3. - Pp. 745-753.

221. Slawiak, M. Biochemical and genetical analysis reveal a new clade of biovar 3 Dickeya spp. strains isolated from potato in Europe / M. Slawiak, J.R.C.M. van Beckhoven, A.G.C.L. Speksnijder, R. Czajkowski, G. Grabe, J.M. van der Wolf // European Journal of Plant Pathology. - 2009. - Vol. 125. -№ 2. - Pp. 245-261.

222. Sletten, A. Diagnosis of bacterial infections by immynological methods / A. Sletten // Vascular Wilt Diseases of Plants. - 1989. - Vol. H28. - Pp. 107-111.

223. Smid, E.J. Detection of Erwinia carotovora subsp. atroseptica and Erwinia chrysanthemi in potato tubers using polymerase chain reaction / E.J. Smid,

A.H.J. Jansen, L.G.M. Gorris // Plant Pathology. - 1995. - Vol. 44. - № 6. - Pp. 1058-1069.

224. Spencer, J.F.T. The occurence in the host plant of physeoloyially active gume produced by Corynebacterium insidiosum and Corynebacterium sepedonicum / J.F.T. Spencer, F.A.J. Gorin // Canadian Journal of Microbiology. - 1961. - Vol. 7.

- Pp. 185-188.

225. Steinmoller, S. Risk of dissemination of Clavibacter michiganensis ssp. sepedonicus with potato waste / S. Steinmoller, P. Muller, M. Bandte, C. Buttner // European Journal of Plant Pathology. - 2013. - Vol. 137. - № 3. - Pp. 573-584.

226. Taranova, N.A. Integration of lateral flow and microarray technologies for multiplex immunoassay: application to the determination of drugs of abuse / N.A. Taranova, N.A. Byzova, V.V. Zaiko, T.A. Starovoitova, Y.Y. Vengerov, A.V. Zherdev, B.B. Dzantiev // Microchimica Acta. - 2013. - Vol. 180. - № 11-12.

- Pp. 1165-1172.

227. The Dutch General Inspection Service (NAK): AANWIJZING PA-01 IN-VITRO VERMEERDERING VAN POOTAARDAPPELEN 2017-2018, AANWIJZING PA-05 VELDKEURING POOTAARDAPPELEN 2017, AANWIJZING PA-06 PARTIJKEURING POOTAARDAPPELEN 2017, AANWIJZING PA-07 NACONTROLE POOTAARDAPPELEN 2017. -https://www.nak.nl/zakelijke-informatie/wet-a-regelgeving/.

228. Thresh, J.M. The detection of three viruses of hop (Humulus lupulus) by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) / J.M. Thresh, A.N. Adams, D.J. Barbara, M.F. Clark // Annals of Applied Biology. - 1977. - Vol. 87. - № 1. -Pp. 57-65.

229. Toth, I.K. A one step PCR-based method for the detection of economically important soft rot Erwinia species on micropropagated potato plants / I.K. Toth, L.J. Hyman, J.R. Wood // Journal of Applied Microbiology. - 1999. -Vol. 87. - Pp. 158-166.

230. Toth, I.K. Rapid identification and differentiation of the soft rot Erwinias

by 16S-23S intergenic transcribed spacer-PCR and restriction fragment length polymorphism analyses / I.K. Toth, A.O. Avrova, L.J. Hyman // Applied and Environmental Microbiology. - 2001. - Vol. 67. - № 9. - Pp. 4070-4076.

231. Toth, I.K. Soft rot erwiniae: from genes to genomes / I.K. Toth, K.S. Bell, M.C. Holeva, P.R.J. Birch // Molecular Plant Pathology. - 2003. - Vol. 4.

- № 1. - Pp. 17-30.

232. Toth, I.K. Dickeya species: an emerging problem for potato production in Europe / I.K. Toth, J.M. Van Der Wolf, G. Saddler, E. Lojkowska, V. Helias, M. Pirhonen, L. Tsror, J.G. Elphinstone // Plant Pathology. - 2011. - Vol. 60. - Pp. 385-399.

233. Toth, I. Investigating the biology and appropriate control of Dickeya species affecting GB potatoes / I. Toth, G. Saddler, J. Elphinstone // Kenilworth: Potato Council, 2014. - P. 87.

234. Tsror, L.L. Erwinia carotovora subsp. atroseptica infection promotes verticullium wilt development in potato in Israel / L.L. Tsror, A. Nachimias, L. Livescu, M.C.M. Perombelon, Z. Barak // Potato Research. - 1990. - Vol. 33. -№ 1. - Pp. 3-11.

235. Vaerenbergh, J.V. Sequence Diversity in the Dickeya fliC Gene: Phylogeny of the Dickeya Genus and TaqMan PCR for 'D. solani ', New Biovar 3 Variant on Potato in Europe / J.V. Vaerenbergh, S. Baeyen, P. De Vos, M. Maes // PLoS ONE. www.plosone.org. - 2012. - Vol. 7. - № 5. - 9 pp.

236. Van Vuurde, J.W.L. Comparison of immunofluorescence colony-staining in media, selective isolation on pectate medium, ELISA and immunofluorescence cell staining for detection of Erwinia carotovora subsp. atroseptica and E. chrysanthemi in cattle manure slurry / J.W.L. Van Vuurde, N.J.M. Roozen // Netherlands Journal of Plant Pathology. - 1990. - Vol. 96. - № 2.

- Pp. 75-89.

237. Van Vuurde, J.W.L. Population dynamics of Erwinia carotovora subsp. atroseptica on the surface of intact and wounded seed potatoes during storage /

J.W.L. Van Vuurde, P.M. De Vries // Journal of Applied Microbiology. - 1994. -Vol. 76. - № 6. - Pp. 568-575.

238. Van Vuurde, J.W.L. Immunofluorescence colony-staining (IFC) as a concept for bacterial detection in quality testing of plant materials and ecological research / J.W.L. Van Vuurde, P. Kastelein, J.M. van der Wolf // EPPO Bulletin. -1995. - Vol. 25. - Pp. 157-162.

239. Van der Wolf, J.M. Immunomagnetic separation of Erwinia carotovora subsp. atroseptica from potato peel extracts to improve detection sensivity on a crystal violet pectate medium or by PCR / J.M. Van der Wolf, L.J. Hyman, D.A.C. Jones, C. Grevesse, J.R.C.M. Van Beckhoven, J.W.L. Van Vuurde, M.C.M. Perombelon // Journal of Applied Bacteriology. - 1996. - Vol. 80. - № 5. - Pp. 487-495.

240. Van der Wolf, J.M. Epidemiology of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus in relation to control of bacterial ring rot / J.M. Van der Wolf, J.G. Elphinstone, D.E. Stead, M. Metzler, P. Muller, A. Hukkanen, R. Karjalainen // Wageningen, Plant Research International B.V., 2005. - Rep. 95. - 44 p.

241. Van der Wolf, J.M. Why is Erwinia chrysanthemi (Dickeya sp.) taking over - the ecology of a blackleg pathogen / J.M. Van der Wolf, A. Speksnijder, H. Velvis, J. Van de Haar, J. van Doorn // New and old pathogens of potato in changing climate. Jokionen, Finland: MTT Agrifood Research, Agrifood Research Working Papers. - 2007. - № 142. - P. 32.

242. Van der Wolf, J.M Dickeya solani sp. nov., a pectinolytic plant-pathogenic bacterium isolated from potato (Solanum tuberosum) / J.M. Van der Wolf, E.H. Nijhuis, M.J. Kowalewska, G.S. Saddler, N. Parkinson, J.G. Elphinstone, L. Pritchard, I.K. Toth, E. Lojkowska, M. Potrykus, M. Waleron, P. De Vos, I. Cleenwerck, M. Pirhonen, L. Garlant, V. Helias, J.F. Pothier, V. Pflüaut, B. Duffy, L. Tsror, S. Manulis // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2014. - Vol. 64. - Pp. 768-774.

243. Van der Zaag, D.E. Potato production and utilization in world

perspective with special reference to the tropics and sub-tropics / D.E. Van der Zaag, D. Horton // Potato Research. - 1983. - Vol. 26. - № 4. - Pp. 323-362.

244. Verdonck, L. Genus Erwinia: numerical analysis of phenotypic features / L. Verdonck, J. Mergaert, C. Rijckaert, J. Swings, K. Kersters, J. De Ley // International Journal of Systematic Bacteriology.-1987.-Vol. 37.-№ 1.- Pp. 4-18.

245. Voller, A. The detection of viruses by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) / A. Voller, A. Bartlett, D.E. Bidwell, M.F. Clark, A.W. Adams // Journal of General Virology. - 1976. - Vol. 33. - Pp. 165-167.

246. Voller, A. Enzyme-Immynoassays in diagnostic medicine. Theory and Practice / A. Voller, D.E. Bidwell, A. Bartlett // Bulletin of the World Health Organization. 1976. - Vol. 53. - Pp. 55-65.

247. Waldee, E.L. Comparative studies of some peritrichous phytopathogenic bacteria / E.L. Waldee // Iowa State Journal of Science. - 1945. - Vol. 19. - Pp. 435-484.

248. Waleron, M. Occurrence of Pectobacterium wasabiae in potato field samples / M. Waleron, K. Waleron, E. Lojkowska // European Journal of Plant Pathology. - 2013. - Vol. 137. - Pp. 149-158.

249. Weller, M.G. Immunochromatographic techniques - a critical review / M.G. Weller // Fresenius' Journal of Analytical Chemistry. - 2000. - Vol. 366. -№ 6-7. - Pp. 635-645.

250. Weller, S.A. Detection of Ralstonia solanacearum Strains with a Quantitative, Multiplex, Real-Time, Fluorogenic PCR (TaqMan) Assay / S.A. Weller, J.G. Elphinstone, N.C. Smith, N. Boonham, D.E. Stead // Applied and Environmental Microbiology. - 2000. - Vol. 66. - № 7. - Pp. 2853-2858.

251. Wild, D.G. The immunoassay handbook / D.G. Wild // 4th ed. Elsevier, 2013. - 1036 pp.

252. Wong, R. Lateral Flow Immunoassay/ R. Wong, H. Tse // New York: Humana Press, 2009. - 224 pp.

ПРИЛОЖЕНИЯ

Приложение 1

Список использованных в настоящей работе и заложенных на длительное хранение методом криоконсервации (— 70°С) фитопатогенных бактерий

Большинство штаммов микроорганизмов заложено на хранение в многократной повторности в коллекцию фитопатогенных бактерий ФГБУ ВНИИКР, а также в коллекцию лаборатории биотехнологии и иммунодиагностики ФГБНУ ВНИИКХ им. А.Г. Лорха для внутреннего использования. При закладке штаммов на хранение использовалась следующая схема. Первый и второй ряды - ПРОБА А, ПРОБА Б, состоящие из 5 пробирок с глицерином + 5 пробирок с чистой культурой патогена. Третий ряд - 10 пробирок с чистой культурой патогена, нанесенной на стенку пробирки.

Бактериальные штаммы, заложенные на хранение как ПРОБА А предназначены для длительного хранения с целью сохранения начальных свойств. Для обмена материалом или иных целей предлагается использовать пробирки, обозначенные как ПРОБА Б. Для рутинных анализов рекомендуется использовать пробирки из третьего ряда, представляющие собой бактериальную культуру, нанесенную на стенке пробирки.

Наименование патогена Наименова ние изолята /штамма Растение-хозяин, сорт Путь от происхождения до хранения Год выделения Закладка на хранение и подтверждение Дата закладки

Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus Cms204 Solanum tuberosum ВНИИКХ - РГАУ-МСХА — ВНИИКР (0137-40) - real-time ПЦР, ПРОБА А real-time ПЦР, ПРОБАБ real-time ПЦР, б. к. 15.08.13

CmsR77 Solanum tuberosum, Картофель семенной, сорт Романо Московская обл. (Я77/80-о) -ВНИИКР(0138-40) -ВНИИКХ 08.02.13 real-time ПЦР, ПРОБА А real-time ПЦР, ПРОБАБ real-time ПЦР, б. к. 20.08.13

CmsM2 Solanum tuberosum, сорт Романо Московская обл., Раменский р-н, д.Заворово ^40) Н.В. Дренова -ВНИИКР(0139-41) 2012 real-time ПЦР, ПРОБА А real-time ПЦР, ПРОБАБ real-time ПЦР, б. к. 20.08.13

CmsMl Solanum tuberosum Московская обл., Н.В. Дренова -ВНИИКР(0140-41) 01.2012 real-time ПЦР, ПРОБА А real-time ПЦР, ПРОБАБ real-time ПЦР, б. к. 21.08.13

Cms12 Solanum tuberosum РГАУ-МСХА -ВНИИКХ - ПЦР кл., ИФА, ИХА 06.10.11

CmsCl Solanum tuberosum Белоруссия -ВНИИФ - РГАУ-МСХА -ВНИИКХ - ПЦР кл., ИФА, ИХА 06.10.11

CmsC3 Solanum tuberosum Белоруссия -ВНИИФ - РГАУ-МСХА -ВНИИКХ - ПЦР кл., ИФА, ИХА 06.10.11

Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis Cmm1214 Brassica olerácea / Томаты РГАУ-МСХА -ВНИИКХ - ПЦР кл. 25.09.12

Наименование патогена Наименова ние изолята /штамма Растение-хозяин, сорт Путь от происхождения до хранения Год выделения Закладка на хранение и подтверждение Дата закладки

Cmm1208 Brássica olerácea / Томаты РГАУ-МСХА -ВНИИКХ - ПЦР кл. 25.09.12

Cmm1202 Томаты РГАУ-МСХА -ВНИИКХ 2006 ПЦР кл. 25.09.12

Pectobacterium atrosepticum Ра3398 Solanum tuberosum (ДеБоер196, Канада) 1990, Англия, Перомбелон - А.М. Лазарев ВИЗР -ВНИИКХ 1990 ПЦР, ПРОБА А ПЦР, ПРОБА Б ПЦР, б.к. 31.03.14

Ра18077 /DSM18077 Solanum tuberosum Великобритания -DSMZ Германия (Типовой штамм) - РГАУ-МСХА -ВНИИКХ -ВНИИКР (0142-41/42) 2003 real-time ПЦР, ПРОБА А real-time ПЦР, ПРОБАБ real-time ПЦР, б. к. ИФА, ИХА 26.08.13

Pa393 Solanum tuberosum Белоруссия -ВНИИФ - РГАУ-МСХА -ВНИИКХ -ВНИИКР (0143-42) - real-time ПЦР, ПРОБА А real-time ПЦР, ПРОБАБ real-time ПЦР, б. к. ИФА, ИХА 26.08.13

Ра201-4 Solanum tuberosum Белоруссия-ВНИИФ - РГАУ-МСХА -ВНИИКХ - ПЦР кл., ИФА, ИХА 06.10.11

Pa204-3 Solanum tuberosum Белоруссия-ВНИИФ - РГАУ-МСХА -ВНИИКХ - ПЦР кл., ИФА, ИХА 06.10.11

Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum Рсс3394 Solanum tuberosum (ДеБоер71)1990, Перомбелон, Англия А.М. Лазарев ВИЗР -ВНИИКХ 1990 ПЦР, ПРОБА А ПЦР, ПРОБА Б ПЦР, б.к. 31.03.14

Рсс30168/ DSM30168 Solanum tuberosum Великобритания -DSMZ Германия (Типовой штамм) - РГАУ-МСХА -ВНИИКХ-ВНИИКР(0141-41) 02.2003 real-time ПЦР, ПРОБА А real-time ПЦР, ПРОБАБ real-time ПЦР, б. к. 21.08.13

Рсс3365 Solanum tuberosum (ДеБоер71)1990, Перомбелон (Англия) - А.М. Лазарев ВИЗР -ВНИИКХ 1990 ПЦР, ПРОБА А ПЦР, ПРОБА Б ПЦР, б.к. 31.03.14

Dickeya dianthicola D9 Solanum tuberosum Нижегородская обл. - ВНИИФ - РГАУ-МСХА А.Н. Карлов -ВНИИКХ 2009 ПЦР, ИФА, ИХА 25.09.12

D17 Solanum tuberosum 2009 ПЦР, ИФА, ИХА 25.09.12

D3B2 Solanum tuberosum Воронежская обл. . - ВНИИФ - РГАУ-МСХА А.Н. Карлов -ВНИИКХ 2010 ПЦР, ИФА, ИХА 25.09.12

D33 Solanum tuberosum Нижегородская обл. . - ВНИИФ - РГАУ-МСХА А.Н. Карлов -ВНИИКХ 2009 ПЦР, ИФА, ИХА 25.09.12

Dickeya solani DFil Solanum tuberosum Воронежская обл. . - ВНИИФ - РГАУ-МСХА А.Н. Карлов -ВНИИКХ 2010 ПЦР, ИФА, ИХА 25.09.12

Наименование патогена Наименова ние изолята /штамма Растение-хозяин, сорт Путь от происхождения до хранения Год выделения Закладка на хранение и подтверждение Дата закладки

Dickeya chrysanthemi pv. chrysanthemi Dch402 - Шотландия -ВНИИКР М.Д. Ерохина-ВНИИКХ - ПЦР, ИФА, ИХА -

Dickeya chrysanthemi pv. partheni Dch516 - - ПЦР, ИФА, ИХА -

Erwinia amylovora £a0172/ FEa2 CFBP1430 Crataegus oxyacantha IVIA, Валенсия, Испания -ВНИИКР(0172-50/51) Н.В. Дренова 05.2010 ЯТ ПЦР, ПРОБА А 04.12.13

ЯТ ПЦР, ПРОБА Б

ЯТ ПЦР, б.к.

Enterobacter amnigenus £a0047/ KE 10 Crataegus oxyacantha Калининградская обл., г. Светлый (территория теплопункта, рядом с судоходным каналом), 213-о -ВНИИКР (0047-14) Н.В. Дренова 2003 МЛЬБ1-ТОР 08.07.15

Микробанк

Pseudomonas congelans (Штамм изначально определен как Pseudomonas syringae pv. syringae) Pc0046/ Ps.ss2/ 101 /B2 ICMP 9032 Prunus persica (peach), bud AOBC PPSCD, Печ, Венгрия. Kovacs N.A., Hungary, 1976 -ВНИИКР (004613) Н.В. Дренова 10.2007 МЛЬБ1-ТОР -

Микробанк

Pseudomonas syringae pv. syringae Pss0222 / Ps.ss1 Prunus avium (Prunus cerasus?) AOBCPPSCD, Печ, Венгрия -ВНИИКР (022262) Н.В. Дренова 10.2007 ПРОБА А+ RT ПЦР, б.к 17.10.14

Микробанк

Xilophilus ampelinus Xamp0050 / X.amp. LSV 28.02 Vitis vinifera LSV Франция. France 2004 -ВНИИКР (005014) Н.В. Дренова 28.11.2013 RT ПЦР, ПРОБА А 18.02.13 30.04.13 15.07.15 01.11.15

RT ПЦР, ПРОБА Б

RT ПЦР, б.к.

Микробанк

Ralstonia solanacearum, раса 3, bv.2 Äs0040 / FRs 32 / NCPPB 2316 Solanum tuberosum NCPPB, FERA (Йорк, Великобритания). Австралия, 1970 -ВНИИКР (004012) Н.В. Дренова 07.2010 RT ПЦР, ПРОБА А 07.07.15

RT ПЦР, ПРОБА Б

RT ПЦР, б.к.+ Микробанк

Приложение 2

Обзор систем ПЦР, real-time ПЦР и внутренних контролей из литературных источников для диагностики бактериозов картофеля._

Специфичность Публикации (авторы, статьи) == БР в а н в Название олигонуклеотида 5' - 3' последовательность Ген - мишень Идентификация Размер продукта н.п. Программа амплификации

Pectobacterium spp., Dic [109, 189, 229] Классический SR3F GGTGCAAGCGTTAATCGGAATG 16S rRNA из чистой культуры и растительного экстракта 119 Терцик: 1) 95°C - 9м; 2) 40 циклов: 94°C - 30с; 68°C - 45с; 72°C - 45с; 3)72°C - 8м

SR1cR AGACTCTAGCCTGTCAGTTTT

[109, 151, 230] Классический (RELP*) G1 GAAGTCGTAACAA GG pectate lyase из чистой культуры и питательных сред 115-520 1) 94°C - 5 м; 2) 25 циклов: 94°C - 1м; 2м до 55°C; 55°C -7м; 2м до 72°C; 72°C - 2м; 3)72°C - 7 м.

L1 CAAGGCATCCACCGT

Pectobacterium sPP. [108, 109, 111, 189] Классический (RELP*) Y1 TTACCGGACGCCGAGCTGTGGCGT Y family of pectate lyase (pel) из чистой культуры и растительного экстракта 434 25циклов: 94°C - 1м; 65°C -1м; 72°C - 90с

Y2 CAGGAAGATGTCGTTATCGCGAGT

Pa [109, 115, 189, 239] Классический ECA1f CGGCATCATAAAAACACG Chromosomal DNA (unknown) из чистой культуры и растительного экстракта 690 Терцик: 1)95°C - 5м; 2)36циклов: 94°C - 30с; 62°C -45с; 72°C -45с;3)72°C - 8 м Mix5x - 5 ECA1F/2R (10pkm) - 2 H20 - 14 ДНК - 2

ECA2r GCACACTTCATCCAGCGA

[109, 122, 133, 206] Классический / Мульти-классический (с пр. Ech1/1') Y45 TCACCGGACGCCGAACTGTGGCGT pectinolytic enzyme (PelY) из чистой культуры и растительного экстракта 439 Терцик: 1)94°C - 5м; 2) 35 циклов: 94°C - 30с; 70°C -30с; 72°C - 45с; 3)охлаждение до 4°C.

Y46 TCGCCAACGTTCAGCAGAACAAGT

[109, 189, 223] Классический / Мульти-классический (с пр. CHRREV) ERWFOR ACGCATGAAATCGGCCATGC Metalloprotease из чистой культуры и растительного экстракта 389 1)94°C - 4м; 2)30 циклов: 94°C - 1м; 55°C - 1м; 72°C - 2м; 3)72°C - 10 м

ATROREV ATCGATAATTTGATTGTCCT

[109, 189, 191] Классический PEAF CCGGTACTTCAAGCTAATCC the Rhs family gene homologous to RhsA (cell envelope biogenesis - outer membrane) из чистой культуры и растительного экстракта 904 1)94°C - 5м; 2)25 циклов: 94°C - 1м; 62°C - 30с; 72°C - 1м; 3)72°C - 10 м

PEAR CCTTACCTATCGCTTCTCCT

[109, 166] Классический (LAMP**) BIP (B1TCCCCACAGTGTCACCAAGTTG+ T linker+B2 TCGGCAGCCTATTCCTCTG) polyketide synthase gene Cfa6 из чистой культуры и растительного экстракта варьирует 1)65°C - 50м; 2)80°C - 10 м

FIP (FIc GTCGCAGCCTCCGTTGAAGA+T linker +F2c AGCAAGCCTACCATCCCA)

B3 GCATTCTGTAGGCGAAGCG

F3 TGCTGTTGATAGCGGCAAT

LoopF1 GTTACGCCGTTACTCAAAGA

LoopB 1 GCGTCCTCTTGGCTTAAATA

P^ [108, 109, 120] Классический contig 1F CCTGCTGGCGTGGGGTATCG Расположен на двух (в 500 bp) ДНК фрагментах (неопубликованные результаты) из чистой культуры и растительного экстракта 258 1)94°C - 5м; 2)25 циклов: 94°C - 30с; 72°C - 90с; 3)72°C - 5 м

contig 1R TTGCGGAAGATGTCGTGAGTGCG

Классический contig 3F GCATTGACCAGTTTCGCCAGTTAC 132

contig 3R CTTTTTGAGCAGCGCGGGTTGTG

Специфичность Публикации (авторы, статьи) 1 & н В Название олигонуклеотида 5' - 3' последовательность Ген - мишень Идентификация Размер продукта н.п. Программа амплификации

Pœ, P. wasabiae [109, 120, 155, 189, 206] Классический / составной (nested) ExpccF GAACTTCGCACCGCCGACCTTCTA from genomic DNA из чистой культуры и растительного экстракта 550 1)94°C - 4м; 2)30 циклов: 94°C - 1м; 60°C - 1м; 72°C - 2м; 3)72°C - 7 м

ExpccR GCCGTAATTGCCTACCTGCTTAAG

INPCCF GGCCAAGCAGTGCCTGTATATCC 400

INPCCR TTCGATCACGCAACCTGCATTACT

P. wasabiae [109, 157] Классический / real-time PW7011F CTATGACGCTCGCGGGTTGCTGTT YD repeat protein из чистой культуры и растительного экстракта 140 1)35 циклов: 94°C - 1м; 67°C -30с; 72°C - 1м; 2)94°C - 5 м; 3)72°C - 10 м

PW7011R CGGCGGCGTCGTAGTGGAAAGTC

Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliense [109, 125] Классический BR1f GCGTGCCGGGTTTATGACCT IGS region of BPBB based on the restriction enzyme site of SexAI из чистой культуры и растительного экстракта 690 1)94°C - 2м; 2)25 циклов: 94°C - 45с; 62°C - 45с; 72°C - 90с; 3)72°C - 10 м

L1r CA(A/G)GGCATCCACCGT

Pœ [178] Классический Ec001F CGGTTACGATCAGCGTCTCG The DNA plasmids и ChromosomalDNA из чистой культуры и растительного экстракта 312 и 1500 Терцик:1) 95°C - 15c; 2)36циклов: 94°C - 30с; 68°C -45^72°C - 45с;3) 72°C - 8м. Mix5x - 5 Ec001F/R (10pkm) - 2 H20 - 14 DNA - 2

Ec001R GATGTGCCGATGCCGATAC

Pa, Dic [109, 189, 204] Мульти-классический Pca for GATCGGCATCATAAAAACACG Chromosomal DNA (unknown) из чистой культуры и растительного экстракта 667 1)96 °C - 1м; 2)30 циклов: 94°C - 1м; 58°C - 1м; 72°C - 2м; 3)72°C - 5 м

Pca rev CGCACACTTCATCCAGCGAG