Роль эндогенных и экзогенных опухолевых модуляторов в метастазировании и репопуляции радиорезистентного немелкоклеточного рака легкого тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Малахов Филипп Андреевич

• Малахов Филипп Андреевич
• кандидат наук
• 2026

Оглавление диссертации кандидат наук Малахов Филипп Андреевич

Введение

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Клинико-биологические особенности немелкоклеточного рака легкого

1.2. Подходы к терапии НМРЛ и роль лучевой терапии

1.3. Радиорезистентность при НМРЛ: механизмы формирования и стратегии преодоления

1.3.1. Репарация ДНК как центральный механизм

радиорезистентности

1.3.2. Транслезионный синтез ДНК как механизм толерантности к повреждениям

1.3.3. Эпителиально-мезенхимальный переход

1.3.4. Роль опухолевого микроокружения

1.4. Микроокружение, жесткость стромы и метастатический каскад: от биомеханики к терапевтической резистентности

1.4.1. Биологические основы миграции и инвазии опухолевых клеток

1.4.2. Жесткость опухолевого микроокружения как драйвер прогрессии

НМРЛ

1.4.3. Взаимосвязь инвазивного и стволоподобного фенотипа опухолевых клеток с их устойчивостью к терапии

1.4.4. Лекарственная устойчивость ОСК и отсутствие адекватных моделей метастазирования в онкологии

1.5. Роль микроРНК в регуляции онкогенеза и радиорезистентности

1.5.1. Структура, функции и роль miR-16 в патогенезе НМРЛ

1.5.2. Роль miR-16 в регуляции радиочувствительности

1.6. Интегративный взгляд на стратегии преодоления радиорезистентности и метастазирования при НМРЛ

Глава 2. Материалы и методы исследования

2.1 Клеточные культуры и условия облучения

2.2. Клоногенный тест и оценка образования колоний в мягком агаре

2.3. Транскриптомный анализ клеток НМРЛ

2.4. Биоинформатический анализ

2.5. Анализ обогащения онтологии генов

2.6. Анализ клеток, позитивных по сенесценс-ассоциированной Р-галактозидазе (SA-0-Gal)

2.7. Оценка миграционной способности и получение сублиний клеток с высокой миграционной активностью

2.8. Иммунофлуоресцентный анализ экспрессии виментина и Ki67

2.9. Анализ интернализации наночастиц

2.10. Анализ чувствительности клеток к цисплатину

2.11. Клеточные линии с нокаутом генов PRIMPOL и условия культивирования

2.12. Анализ анизотропии и ориентации F-актина

2.13. Анализ жесткости клеток

2.14. Получение клеточных линий с гиперэкспрессией микроРНК

Глава 3. Результаты и обсуждение

3.1. Получение резистентных к ионизирующему излучению клеточных линий НМРЛ и их характеризация

3.2. Оценка изменения экспрессии генов радиорезистентных сублиний по сравнению с родительскими клетками НМРЛ

3.3. Взаимосвязь между приобретенной радиорезистентностью и миграционной активностью клеток А549

3.4. Исследование влияния нокаута гена PRIMPOL на миграционную активность клеток НМРЛ

3.5. Влияние сверхэкспрессии miR-16-1-3p, miR-16-2-3p и miR-16 на миграционную активность и резистентность клеток НМРЛ

Заключение

Выводы

Библиографический список

Введение

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Роль эндогенных и экзогенных опухолевых модуляторов в метастазировании и репопуляции радиорезистентного немелкоклеточного рака легкого»

Актуальность исследования

Рак легкого уже много лет остается одним из главных вызовов для онкологов во всем мире. По уровню заболеваемости и смертности он стабильно находится в лидерах среди онкозаболеваний. По данным GLOBOCAN за 2022 год было выявлено почти 2,5 млн новых случаев рака легкого и зарегистрировано около 1,8 млн случаев смертей от данного заболевания [1]. Основную долю среди гистологических подтипов рака легкого (около 85%) составляет немелкоклеточный рак легкого (НМРЛ). Основную проблему в статистике НМРЛ представляет выявление заболевания на поздних стадиях: примерно у 70% пациентов диагноз выяваляется на местно-распространенной или метастатической стадии, когда радикальная операция уже невозможна. Даже несмотря на то, что терапевтические подходы в лечении НМРЛ постоянно развиваются, пятилетняя общая выживаемость при НМРЛ остается низкой (15-20%), особенно если речь идет о формах, устойчивых к лечению.

Одна из самых серьезных проблем в современной онкологии - это приобретенная устойчивость опухолевых клеток к терапии. Клетки «учатся» сопротивляться и облучению, и химиотерапии. Лучевую терапию, например, до сих пор широко применяют при НМРЛ, но из-за развития радиорезистентности нередко случаются локальные рецидивы, и болезнь прогрессирует. Механизмов такой устойчивости много: это и усиленная работа систем репарации ДНК, и способность клеток менять фенотип (эпителиально-мезенхимальный переход, приобретение «стволовых» свойств), и изменения в микроокружении опухоли, и даже эпигенетические сбои. В последнее время особый интерес в понимании механизмов резистентности к ионизирующему излучению представляют транслезионные полимеразы, обеспечивающие толерантность к повреждениям ДНК, и микроРНК, способные одновременно модулировать множество сигнальных путей, участвующих в формировании

клеточного ответа на ионизирующее излучение, включая репарацию ДНК, контроль клеточного цикла и апоптоз. Живые клетки активно реагируют на механические возмущения, происходящие в их микроокружении во время таких заболеваний, как фиброз и рак. Патология рака из-за широкой гетерогенности типов рака до сих пор не полностью изучена. Следовательно, необходимо выявить сигнальные пути, такие как пути механо-трансдукции и механосенсации, которые, по-видимому, участвуют в развитии и установлении метастатического и туморогенного фенотипа в клетках. Механосенсация окружающей стромы раковыми клетками вызывает у них активацию внутриклеточных биохимических процессов и сил сокращения, которые изменяют их меатаболизм и поведение.

В этой роли он преобразует физический стресс в биохимические сигналы, которые влияют на клеточное поведение, такое как деление, адгезия и миграция. Многочисленные собственные и опубликованные другими группами данные свидетельствуют о том, что рентгеновское облучение индуцирует деполимеризацию актиновых филаментов и, как следствие, снижение их жесткости (модуля Юнга), что в конечном итоге приводит к усилению миграционных и инвазивных способностей раковых клеток [2]. То, насколько активно раковая клетка способна мигрировать через соединительную ткань и преодолевать барьеры (базальную мембрану, эндотелий сосудов), во многом определяется степенью ее адгезии. Но дальше начинается взаимное влияние. На те же адгезивные клетки воздействуют физические силы: сдвиговые напряжения от потоков жидкости в сосудах, силы сжатия вокруг опухоли. Это усиливает адгезию, меняет сократимость клеток и перестраивает локальный матрикс стромы, а в итоге стимулирует секрецию либо сшивающих цитоскелет белков, либо ферментов, разрушающих матрикс.

Так инвазивные клетки меняют механику своего микроокружения, но и сами постоянно подстраиваются под него - и под рельеф, и под биофизические свойства, которые считывают через механизмы механосенсации. Проще говоря, с точки зрения механобиологии, физические сигналы от

микроокружения опухоли (МОО) превращаются в биохимические, которые управляют поведением клеток. Классический пример - переход из эпителиального (неподвижного) фенотипа в мезенхимальный (подвижный, инвазивный). Именно этот переход и лежит в основе метастазирования.

В этом контексте экспрессия определенных микроРНК - важнейших регуляторов экспрессии генов - может быть изменена, что существенно влияет на реакцию раковых клеток на лучевую и химиотерапию, включая метастазирование и радиорезистентность. Из большого множества микроРНК в данной работе акцент сделан на исследование роли miR-16 и ее пассажирских цепей. Данные микроРНК были выбранны из-за того, что согласно статистическим данным клинических исследований снижение их экспрессии приводило к неблагоприятным прогнозам для пациентов с НМРЛ [3]. В литературных источниках описан прямой эффект сверхэкспресии miR-16 на ген BCL2, вызывающий апоптотическую гибель клеток остеосеркомы, однако функциональная роль miR-16, а также ее пассажирских цепей (miR-16-1-3p и miR-16-2-3p) в контексте радиорезистентности НМРЛ практически не исследована [4].

Таким образом, выявление новых молекулярных мишеней и разработка подходов к преодолению резистентности являются актуальными задачами фундаментальной и клинической онкологии.

Степень разработанности темы исследования

Среди повреждений ДНК, вызванных ионизирующим излучением (ИИ), именно двунитевые разрывы (ДР) наиболее опасны, поскольку могут приводить к гибели клетки, мутациям и канцерогензу. В современной литературе хорошо описано, каким образом клетки способны репарировать ДР ДНК. Самыми распространенными способами репарации ДР ДНК являются негомологичное соединение концов (НГСК) и гомологичная рекомбинация (ГР). Большую роль в этих процессах играют киназы ATM, ATR и DNA-PK, которые являются сенсорами/медиаторами и непосредственными участниками репарации ДНК в ответ на облучение. Эти и другие факторы репарации ДР

ДНК активно изучаются как средства для повышения чувствительности опухолевых клеток к лучевой и химиотерапии. Так, например, показано, что повышенная экспрессия маркера ГР КА051 напрямую связана с радиорезистентностью клеток НМРЛ. Использование селективных ингибиторов КА051 совместно с облучением позволит увеличить гибель клеток НМРЛ при нарушении других систем репарации ДР ДНК.

В последние годы активно изучают, как такая система репарации ДНК, как транслезионный синтез (TLS) помогает клеткам преодолевать генотоксический стресс. Среди множества TLS-полимераз особый интерес вызывает полимераза PRIMPOL, так как она обладает уникальной способностью к репраймингу. Так, работы Кобаяши с соавторами (2016), а также Болдиновой с коллегами (2023, 2025) показали критическую важность PRIMPOL для выживания клеток при повреждениях ДНК. PRIMPOL предотвращает коллапс вилки репликации, снижая апоптоз при воздействии лучевой и химиотерапии. В то же время, неизученными остаются другие неожиданные функиции PRIMPOL, например, ее влияние на миграцию клеток НМРЛ и их механобиологические свойства.

Много фундаментальных исследований в онкологии посвящено взаимосвязи эпителиально-мезенхимального перехода (ЭМП) и стволовости в процессах устойчивости к терапии. Но открытым остается вопрос, как пространственные ограничения микроокружения такие, как жесткость и узкие ограниченные пространства внутри опухоли влияют на миграционный потенциал клеток и формирование резистентности. До сих пор отсутствует адекватная модель, позволяющая оценивать терапевтическую чувствительность популяций инвазивных клеток.

Еще одним важным регуляторным пластом ответа опухолевых клеток на проводимую терапию являются микроРНК, особенно опухоль-супрессирующие семейства miR-34 и т1Я-16. Для т1Я-16-5р (лидирующей цепи miR-16), например, уже известны мишени: ВСЬ2, циклины, МЕК1, KRAS. В основном, исследовательские работы фокусируются на функциях

лидерной цепи miR-16 и ее роли в регуляции онкогенеза. В клиническом исследовании Баче с соавт. было обнаружено, что низкий уровень циркулирующей miR-16 ассоциирован с худшей выживаемостью после лучевой терапии - это указывает на прогностический потенциал данной мироРНК, хотя данные и требуют дополнительной проверки [5]. А вот пассажирские цепи miR-16 (miR-16-1-3p, miR-16-2-3p) изучены гораздо хуже. Те немногие работы, что есть, выполнены в основном на других типах опухолей, например, на остеосаркоме. Как эти микроРНК ведут себя в радиорезистентных клетках НМРЛ, влияют ли они на миграцию и чувствительность к химиопрепаратам - системно не изучалось.

Таким образом, не смотря на многочисленные данные многие вопросы о том, как связаны радиорезистентность, миграционная активность, механобиологические свойства клеток НМРЛ и их эпигенетическая регуляция, до сих пор остаются не выясненными. Проведение данного исследования продитовано необходимостью прояснения данных вопросов.

Цели и задачи исследования

Целью работы являлось изучение роли эндогенных (молекулярно-клеточные механизмы) и экзогенных (микроокружение) опухолевых модуляторов в метастазировании и репопуляции радиорезистентного НМРЛ, а также поиск новых мишеней для их преодоления.

Для достижения поставленной цели решались следующие задачи:

1. Получить стабильные радиорезистентные сублинии клеток НМРЛ (А549 и Н1299) путем фракционированного рентгеновского облучения и провести их комплексную характеризацию (морфология, радиочувствительность, способность к независимому от прикрепления росту).

2. Провести сравнительный транскриптомный анализ родительских и радиорезистентных клеток НМРЛ для выявления изменений экспрессии

генов и сигнальных путей, ассоциированных с приобретением устойчивости к лучевой терапии.

3. Исследовать взаимосвязь между радиорезистентностью и миграционной активностью клеток в условиях пространственного ограничения, имитирующего условия опухолевого микроокружения. Оценить роль виментина, изменение эндоцитозной активности и чувствительности к цисплатину в супермигрирующих субпопуляциях.

4. Изучить влияние нокаута гена транслезионной полимеразы PRIMPOL на миграционный потенциал, организацию F-актинового цитоскелета и жесткость клеток НМРЛ.

5. Оценить эффекты сверхэкспрессии miR-16 и ее пассажирских цепей (miR-16-1-3p, miR-16-2-3p) на способность к образованию колоний, миграцию и чувствительность к цисплатину в родительских и радиорезистентных клетках НМРЛ.

Научная новизна исследования

В настоящей работе впервые:

1. Получены и охарактеризованы новые клеточные модели радиорезистентного НМРЛ на основе линий А549 (р53-дикого типа) и Н1299 (р53-дефицитная), что позволило выявить р53-зависимые и независимые механизмы адаптации к гипофракционированному облучению.

2. С использованием полногеномного транскриптомного анализа идентифицированы общие для обеих резистентных линий гены со сниженной экспрессией (ADGRF1, EPHA7, LOX, SNAI2, TNFRSF11B и др.), что указывает на универсальные механизмы радиорезистентности.

3. Выявлены гены, ассоциированные с повышенной миграционной активностью клеток НМРЛ (MMP16, SERPINB7, WNT5A, ADGRL3, TLR4, BMP2), которые были индуцированны воздействием ионизирующего излучения.

4. Установлена взаимосвязь между приобретением радиорезистентности и усилением миграционной активности, уровня экспрессии виментина, а также способности к эндоцитозу наночастиц. Впервые продемонстрировано, что многократная миграционная селекция индуцирует формирование супермигрирующих субпопуляций с повышенной устойчивостью к цисплатину и снижением пролиферативной активности (Ю67), что свидетельствует о переходе клеток в дормантное состояние.

5. Впервые показано, что нокаут гена РШЫРОЬ значимо снижает миграционную активность клеток НМРЛ в условиях пространственных ограничений, изменяет организацию F-актинового цитоскелета (снижение анизотропии) и увеличивает жесткость клеток. Это открывает новую функцию РЫМРОЬ как регулятора механобиологических свойств, определяющих миграционный потенциал.

6. Впервые на модели радиорезистентных клеток НМРЛ проведено комплексное исследование влияния пассажирских цепей miR-16 (ш1Я-16-1-3р и miR-16-2-3p). Показано, что они обладают самостоятельной и мощной опухоль-супрессорной активностью, сопоставимой или превосходящей действие ведущей цепи miR-16-5p, и эффективно сенсибилизируют резистентные клетки НМРЛ к цисплатину.

Теоретическая и практическая значимость исследования

Полученные результаты существенно углубляют понимание молекулярно-клеточных механизмов формирования радиорезистентности НМРЛ. Выявлены р53-зависимые различия в транскрипционных перестройках и активации сигнальных путей при адаптации к облучению в режиме гипофракционирования. Установлена ранее неизвестная связь между активностью транслезионной полимеразы PRIMPOL и механобиологическими свойствами клеток (организация актинового цитоскелета, жесткость), определяющими их миграционный потенциал. Было

расширено понимание функциональной роли пассажирских цепей микроРНК. Так впервые было продемонстрировано, что miR-16-1-3p и miR-16-2-3p способны выступать в роли регуляторов пролиферационной и миграционной активности радиорезистентных клеток НМРЛ, а также повышать их чувствительность к химиотерапевтическим соединениям. Таким образом полученные данные позволяют сформировать новую многоуровневую концепцию взаимосвязи репарационных механизмов, фенотипической изменчивости и механобиологии раковых клеток в процессе формирования резистентности.

Результаты исследования способны лечь в основу новых подходов в диагностике и лечении резистентных форм НМРЛ, а именно:

1. В результате транскриптомного анализа радиорезистентных клеток выявлены гены с изменившейся экспрессией, которые могут стать потенциальными мишенями для терапии.

2. Установлена роль PRIMPOL в регуляции миграционной активности и изменении жесткости клеток, что указывает на перспективность разработки ингибиторов этой TLS-полимеразы в качестве средств, способных подавлять метастатический потенциал НМРЛ.

3. Полученные доказательства мощной опухоль-супрессорной активности mLR-16-1-3p и miR-16-2-3p, особенно в сочетании с цисплатином, обосновывают целесообразность разработки терапевтических стратегий, направленных на восстановление экспрессии этих микроРНК.

4. Разработанный подход оценки миграционной активности в условиях пространственного ограничения и анализа эндоцитоза наночастиц может быть использован для скрининга соединений с потенциальным антиметастатическим действием.

5. Созданные клеточные модели радиорезистентного НМРЛ являются ценным инструментом для дальнейшего изучения механизмов

резистентности и тестирования новых комбинированных терапевтических стратегий.

Положения, выносимые на защиту

1. Выявлены гены-мишени (интерлейкин-8, интерлейкин-6, трансформирующий фактор роста бета и нейрегулин-1 и др.), которые могут оказывать влияние на резистентность клеток НМРЛ к ионизирующему излучению.

2. Повторяющаяся миграция через ограниченное порами 8 мкм пространство, имитирующее условия жесткого опухолевого микроокружения, оказывает влияние на клетки НМРЛ, снижая связанную с Ki67 реорганизацию хроматина и ремодулируя экспрессию виментина, что увеличивает химиорезистентность и способность к репопуляции и метастазированию таких клеток вне зависимости от их исходной миграционной способности, а также химио- и радиочувствительности.

3. Нокаут гена PRIMPOL в клетках A549 аденокарциномы легкого человека приводит к значительному снижению их миграционной активности в условиях пространственного ограничения (3D).

4. Повышение экспрессии лидерной цепи miR-16-^р, а также ее пассажирских цепей miR-16-1-3p и miR-16-2-3p в клетках НМРЛ может представлять собой потенциально эффективную стратегию подавления опухолевого роста и преодоления терапевтической резистентности при комбинированной терапии цисплатином и/или рентгеновским излучением.

Личный вклад диссертанта

Все результаты и данные экспериментов, описанные в данной работе, были получены соискателем лично или при его определяющем участии за исключением получения нокаутных по PRIMPOL клеточных линий. Данные линии были любезно предоставлены сотрудниками ИБГ РАН. Автор

участвовал в подготовке к публикации трех работ, содержащих результаты данного исследования. Работа выполнена в лаборатории персонализированной химиолучевой терапии МФТИ в период с 2022 по 2026 год.

Апробация результатов исследования

Основные положения и полученные результаты по теме диссертации были представлены для обсуждения на следующих научных конференциях: 65-я Всероссийская научная конференция МФТИ (Долгопрудный, 2023), 66-я Всероссийская научная конференция МФТИ (Долгопрудный, 2024), 67-я Всероссийская научная конференция МФТИ (Долгопрудный, 2025), 63-я Международная научная студенческая конференция МНСК (Новосибирск, 2025).

Публикации

По результатам, полученным при выполнении данной работы, были опубликованы 3 статьи в рецензируемых научных журналах, индексируемых в международных базах данных Web of Science и Scopus, входящих в список ВАК.

Глава 1. Обзор литературы

1.1. Клинико-биологические особенности немелкоклеточного рака

легкого

Рак легкого на протяжении десятилетий удерживает лидирующие позиции в структуре онкологической заболеваемости и смертности во всем мире, представляя собой одну из наиболее значимых медико-социальных проблем. Согласно глобальной статистике GLOBOCAN 2022, опубликованной Брей с соавторами, рак легкого является наиболее часто диагностируемым злокачественным новообразованием: в 2022 году зафиксировано почти 2,5 миллиона новых случаев, что составило 12,4% от всех онкологических заболеваний в мире, причем среди мужчин заболеваемость остается вдвое выше, чем среди женщин [1]. Эта патология также остается основной причиной смерти от рака, унося, по оценкам, 1,8 миллиона жизней, что соответствует 18,7% от всех случаев смерти от онкозаболеваний. Такой разрыв между долей в структуре заболеваемости и смертности красноречиво свидетельствует об агрессивности этого типа опухолей и сложностях его раннего выявления [1]. Демографические прогнозы, также основанные на анализе GLOBOCAN, указывают на дальнейший рост бремени заболевания: ожидается, что к 2050 году ежегодное число новых случаев достигнет 35 миллионов, что на 77% больше показателей 2022 года, причем наиболее значительный прирост прогнозируется в регионах с очень высоким индексом человеческого развития, что связано не только с особенностями возрастной структуры населения и старением популяции, но и с исторически сложившейся распространенностью табакокурения в этих регионах [1].

Немелкоклеточный рак легкого, сокращенно НМРЛ, составляет подавляющее большинство случаев рака легкого - около 85%, объединяя гистологически гетерогенную группу опухолей, основными подтипами которой выступают аденокарцинома, плоскоклеточный рак и крупноклеточный рак, при этом некоторые авторы также выделяют железисто-

плоскоклеточный рак и другие редкие варианты [6]. Аденокарцинома, являющаяся наиболее распространенным подтипом в большинстве стран мира, обычно локализуется в периферических отделах легких, нередко возникая на фоне предшествующих фиброзных изменений или аденоматоза, и характеризуется быстрым ростом и склонностью к ранней диссеминации, причем нередко первыми клиническими проявлениями становятся симптомы, связанные с отдаленными метастазами, а не с первичной опухолью. Плоскоклеточный рак, напротив, чаще возникает в центральных отделах, поражая субсегментарные и крупные бронхи, он рано метастазирует в лимфатические узлы и склонен к инвазии в кровеносные сосуды, что нередко проявляется таким грозным клиническим симптомом, как кровохарканье, а также ателектазами и обструктивными пневмониями вследствие нарушения бронхиальной проходимости. Крупноклеточный рак встречается реже, но отличается высокой степенью злокачественности и неблагоприятным прогнозом, причем этот диагноз часто ставится методом исключения, когда при световой микроскопии не удается обнаружить признаков железистой или плоскоклеточной дифференцировки. Клиническое значение НМРЛ определяется не только его распространенностью, но и поздней диагностикой: примерно у 70% пациентов заболевание выявляется на местно-распространенных, то есть III стадии, или метастатических, то есть IV стадии, когда радикальное хирургическое лечение уже невозможно, и именно эта категория пациентов определяет высокую летальность [6]. Поэтому крайне важно использовать мультимодальные подходы, включающие в себя химиотерапию, таргетную терапию, иммунотерапию и лучевую терапию. Несмотря на то, что успехи современной медицины позволяют диагностироать НМРЛ на ранних стадиях, а также благодаря внедрению новых скрининговых программ с использованием низкодозной компьютерной томографии, пятилетняя выживаемость пациентов с НМРЛ остается неутешительной. Так, по данным аналитической базы данных SEER она варьируется от 60-70% для IA стадии до менее чем 10% для IV стадии. Более того даже при локализованных

формах выживаемость пациентов не достигает 100% из-за роста риска микрометастазирования [6]. Несмотря на это, стоит также отметить, что трехлетняя выживаемость для любых стадий НМРЛ увеличилась с 25% для пациентов, которых диагностировали в период с 2004 по 2006 годов, до 38% для диагностированных в 2016-2018 годах. Эти цифры обусловлены внедрением новых таргетных и иммуноонкологических препаратов, поэтому важно и необходимо углублять изучение биологических процессов опухоли для того, чтобы разработать все более и более эффективные терапевтические стратегии.

Говоря об этиологии НМРЛ, стоит сказать, что главной причиной развития заболевания является табакокурение. Причем риск напрямую коррелирует с интенсивностью курения, традиционно измеряемой в пачко-годах, а также длительностью стажа курильщика [7]. Табачный дым содержит большое множество канцергенных веществ, например, таких как полициклические ароматические углеводороды и табакоспецифичные нитрозамины, которые могут вызывать образование аддуктов ДНК и приводить к специфическим мутациям и различным хромосомным аберрациям. Можно отметить, что для курильщиков характерен высокий мутационный груз, который в десятки раз выше, чем у некурящих. Данный факт позволяет объяснить эффективность иммунотерапии именно у курильшиков, так как большое количество неоантигенов делает опухоль более заметной и видимой для их иммунной системы после снятия блокады контрольных точек иммунитета (PD-1/PD-L1 и СТЬА-4). Помимо активного курения, важное значение имеют факторы, ассоциированные с определенными типами профессий. Так, к примеру, для людей, работающих с радоном, который способен хорошо скапливаться в невентилируемых помещениях, а также работающих с асбестом, риск онкозаболеваний легочной системы возрастает многократно. Наряду с радоном и асбестом канцерогенными являются и соединения мышьяка, хрома, никеля и полициклических ароматических углеводородов, встречающихся в некоторых производствах [8]. Нельзя забывать и о генетической предрасположенности. Так, наличие рака

легкого у родственников первой линии увеличивает риск в полтора-два раза [9], что связано с полиморфизмами в генах, отвечающих за метаболизм канцергенов, например, в генах семейства цитохромов Р450, или за репарацию ДНК, таких как ERCC1, причем эти полиморфизмы могут определять индивидуальную чувствительность к воздействию канцерогенов. Кроме того, предшествующие хронические заболевания легких, такие как хроническая обструктивная болезнь легких (ХОБЛ), при которой хроническое воспаление создает проканцерогенный фон, и идиопатический легочный фиброз, который сам по себе является независимым фактором риска развития аденокарциномы, вносят свой вклад в этиологию НМРЛ.

Патогенез НМРЛ представляет собой многоступенчатый процесс накопления генетических и эпигенетических изменений, приводящий к злокачественной трансформации нормальных эпителиальных клеток бронхов и альвеол, и в основе этого процесса лежит теория клональной эволюции. Под действием канцерогенов возникают повреждения ДНК, и, если системы репарации не справляются, мутации фиксируются, затрагивая ключевые онкогены и опухолевые супрессоры, причем инициация может происходить в стволовых или прогениторных клетках респираторного эпителия. Клетка, с так называемой драйверной мутацией, например, в гене EGFR или KRAS, получает селективное преимущество в росте и дает начало клону, однако по мере роста опухоли внутри нее возникают новые мутации под действием продолжающегося воздействия канцерогенов и нестабильности генома, что приводит к внутриопухолевой гетерогенности, которая является основной причиной неудач терапии и развития резистентности. Важным этапом патогенеза является взаимодействие опухолевых клеток с микроокружением: раковые клетки перепрограммируют фибробласты, превращая их в опухоль-ассоциированные фибробласты, которые секретируют факторы роста и компоненты внеклеточного матрикса, стимулируют ангиогенез через фактор VEGF, а также подавляют противоопухолевый иммунитет, рекрутируя регуляторные Т-клетки и макрофаги М2-фенотипа. Особую роль в патогенезе

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Малахов Филипп Андреевич, 2026 год

Библиографический список

1. Bray F. Global cancer statistics 2022: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries / Bray F., Laversanne M., Sung H., et al. // CA Cancer J Clin. - 2024. - Т. 4. - № 3. - С. 229-263. - DOI: 10.3322/caac.21834.

2. Huang Q. Low-dose X-ray irradiation induces morphological changes and cytoskeleton reorganization in osteoblasts / Huang Q., Zhou Z., Yan F., Dong Q., Wang L., Sha W., Xu Q., Zhu X., Zhao L. // Experimental and Therapeutic Medicine. - 2020. - Т. 20. - № 6. - Статья № 283. - DOI: 10.3892/etm.2020.9413.

3. Wang Y. Pathway-based serum microRNA profiling and survival in patients with advanced stage non-small cell lung cancer / Wang Y., Gu J., Roth J. A., Hildebrandt M. A., Lippman S. M., Ye Y., Minna J. D., Wu X. // Cancer Research. - 2013. - Т. 73. - № 15. - С. 4801-4809. - DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-12-3273.

4. Chatterjee A. MiR-16 targets Bcl-2 in paclitaxel-resistant lung cancer cells and overexpression of miR-16 along with miR-17 causes unprecedented sensitivity by simultaneously modulating autophagy and apoptosis / Chatterjee A., Chattopadhyay D., Chakrabarti G. // Cellular Signalling. -2015. - Т. 27. - № 2. - С. 189-203. - DOI: 10.1016/j.cellsig.2014.11.023.

5. Bache M. Correlation between Circulating miR-16, miR-29a, miR-144 and miR-150, and the Radiotherapy Response and Survival of Non-Small-Cell Lung Cancer Patients / Bache M., Kadler F., Struck O., Medenwald D., Ostheimer C., Güttier A., Keßler J., Kappler M., Riemann A., Thews O., Seliger B., Vordermark D. // International journal of molecular sciences. -2023. - Т. 24. - № 16. - С. 12835. - DOI: 10.3390/ijms241612835.

6. Siegel R. L. Cancer statistics, 2024 / Siegel R. L., Giaquinto A. N., Jemal A. // CA Cancer J Clin. - 2024. - Т. 74. - № 1. - С. 12-49.

7. Walser T. Smoking and lung cancer: the role of inflammation / Walser T., Cui X., Yanagawa J., Lee J. M., Heinrich E., Lee G., Sharma S., Dubinett S. M. // Proceedings of the American Thoracic Society. - 2008. - Т. 5. - № 8. - С. 811-815. - DOI: 10.1513/pats.200809-100TH.

8. Morabia A. Lung cancer and occupation: results of a multicentre case-control study / Morabia A., Markowitz S., Garibaldi K., Wynder E. L. // British journal of industrial medicine. - 1992. - Т. 49. - № 10. - С. 721-727. - DOI: 10.1136/oem.49.10.721.

9. Kanwal M. Familial risk for lung cancer / Kanwal M., Ding X. J., Cao Y. // Oncology letters. - 2017. - T. 13. - № 2. - C. 535-542. - DOI: 10.3892/ol.2016.5518.

10. Gomez-Casal R. Non-small cell lung cancer cells survived ionizing radiation treatment display cancer stem cell and epithelial-mesenchymal transition phenotypes / Gomez-Casal R., Bhattacharya C., Ganesh N., Bailey L., Basse P., Gibson M., Epperly M., Levina V. // Molecular cancer. - 2013. - T. 12. -№ 1. - C. 94. - DOI: 10.1186/1476-4598-12-94.

11. Li Y. ITGB1 enhances the Radioresistance of human Non-small Cell Lung Cancer Cells by modulating the DNA damage response and YAP1-induced Epithelial-mesenchymal Transition / Li Y., Sun C., Tan Y., Zhang H., Li Y., Zou H. // International Journal of Biological Sciences. - 2021. - T. 17. - № 2. - C. 635-650. - DOI: 10.7150/ijbs.52319.

12. Li Y. Advances and challenges in the treatment of lung cancer / Li Y., Yan B., He S. // Biomedicine & pharmacotherapy. - 2023. - T. 169. - №. 115891. - DOI: 10.1016/j.biopha.2023.115891.

13. Walker M. J. Discovery and Validation of Predictive Biomarkers of Survival for Non-small Cell Lung Cancer Patients Undergoing Radical Radiotherapy: Two Proteins With Predictive Value / Walker M. J., Zhou C., Backen A., Pernemalm M., Williamson A. J., Priest L. J., Koh P., Faivre-Finn C., Blackhall F. H., Dive C., Whetton A. D. // EBioMedicine. - 2015. - T. 2. -№ 8. - C. 841-850. - DOI: 10.1016/j.ebiom.2015.06.013.

14. Zhao C. Mechanisms Underlying Radioresistance and Reversal Strategies in Non-Small Cell Lung Cancer / Zhao C., Luo S., Shao Q., Li P., Huang L., Meng L., Cheng H., Zhang A., Gong X. // International journal of molecular sciences. - 2025. - T. 26. - № 14. - C. 6559. - DOI: 10.3390/ijms26146559.

15. Jonna S. Advances in Multimodality Management of Localized Non-Small Cell Lung Cancer / Jonna S., Nusair J. A., Santos G. F. C., Jalal S. // Seminars in Respiratory and Critical Care Medicine. - 2025. - T. 46. - № 5. - C. 520529. - DOI: 10.1055/a-2715-6723.

16. Lomax M. E. Biological consequences of radiation-induced DNA damage: relevance to radiotherapy / Lomax M. E., Folkes L. K., O'Neill P. // Clinical oncology (Royal College of Radiologists (Great Britain)). - 2013. - T. 25. -№ 10. - C. 578-585. - DOI: 10.1016/j.clon.2013.06.007.

17. Chalmers A. J. Radiobiology Summaries: DNA Damage and Repair / Chalmers A. J., Carruthers R. D. // Clinical oncology (Royal College of Radiologists (Great Britain)). - 2021. - T. 33. - № 5. - C. 275-278. - DOI: 10.1016/j.clon.2020.12.006.

18. Huang R. X. DNA damage response signaling pathways and targets for radiotherapy sensitization in cancer / Huang R. X., Zhou P. K. // Signal transduction and targeted therapy. - 2020. - T. 5. - № 1. - C. 60. - DOI: 10.1038/s41392-020-0150-x.

19. Havaki S. The role of oxidative DNA damage in radiation induced bystander effect / Havaki S., Kotsinas A., Chronopoulos E., Kletsas D., Georgakilas A., Gorgoulis V. G. // Cancer letters. - 2015. - T. 356. - № 1. - C. 43-51. - DOI: 10.1016/j.canlet.2014.01.023.

20. Chen Y. Irradiation hardening behavior of high entropy alloys using random field theory informed discrete dislocation dynamics simulation / Chen Y., Wang S., Feng H., Li W., Liu B., Li J., Liu Y., Liaw P. K., Fang Q. // International Journal of Plasticity. - 2023. - T. 162. - № 103497. - DOI: 10.1016/j.ijplas.2022.103497.

21. Zhou T. Review: Mechanisms and perspective treatment of radioresistance in non-small cell lung cancer / Zhou T., Zhang L. Y., He J. Z., Miao Z. M., Li Y. Y., Zhang Y. M., Liu Z. W., Zhang S. Z., Chen Y., Zhou G. C., Liu Y. Q. // Frontiers in immunology. - 2023. - T. 14. - № 1133899. - DOI: 10.3389/fimmu.2023.1133899.

22. Attouahri F. Z. Understanding the molecular basis of radioresistance in lung cancer: A comprehensive review / Attouahri F. Z., Addoum B., Benbacer L., Mimount S., El Mchichi B., Barakat A., El Ouazzani H., Rhorfi I., Abid A., Ababou M., Ennibi K., Errafii K., El Mzibri M. // Eurasian Journal of Medicine and Oncology. - 2026. - T. 10. - № 1. - C. 32-59. - DOI: 10.36922/EJMO025190168.

23. Sak A. Targeting of Rad51-dependent homologous recombination: implications for the radiation sensitivity of human lung cancer cell lines / Sak A., Stueben G., Groneberg M., Bocker W., Stuschke M. // British journal of cancer. - 2005. - T. 92. - № 6. - C. 1089-1097. - DOI: 10.1038/sj.bjc.6602457.

24. Scharer O. D. Nucleotide excision repair in eukaryotes / Scharer O. D. // Cold Spring Harbor perspectives in biology. - 2013. - T. 5. - № 10. - C. a012609. - DOI: 10.1101 /cshperspect.a012609.

25. Prabhu K. S. H2AX: A key player in DNA damage response and a promising target for cancer therapy / Prabhu K. S., Kuttikrishnan S., Ahmad N., Habeeba U., Mariyam Z., Suleman M., Bhat A. A., Uddin S. // Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie. - 2024. - T. 175. - C. 116663. - DOI: 10.1016/j.biopha.2024.116663.

26. Lundholm L. Resistance to DNA-damaging treatment in non-small cell lung cancer tumor-initiating cells involves reduced DNA-PK/ATM activation and

diminished cell cycle arrest / Lundholm L., Haag P., Zong D., Juntti T., Mörk B., Lewensohn R., Viktorsson K. // Cell death & disease. - 2013. - T. 4. - № 1. - C. e478. - DOI: 10.1038/cddis.2012.211.

27. Yang W. An overview of Y-Family DNA polymerases and a case study of human DNA polymerase n / Yang W. // Biochemistry. - 2014. - T. 53. - № 17. - C. 2793-2803. - DOI: 10.1021/bi500019s.

28. Kobayashi K. Repriming by PrimPol is critical for DNA replication restart downstream of lesions and chain-terminating nucleosides / Kobayashi K., Guilliam T. A., Tsuda M., Yamamoto J., Bailey L. J., Iwai S., Takeda S., Doherty A. J., Hirota K. // Cell cycle (Georgetown, Tex.). - 2016. - T. 15. -№ 15. - C. 1997-2008. - DOI: 10.1080/15384101.2016.1191711.

29. Kalluri R. The basics of epithelial-mesenchymal transition / Kalluri R., Weinberg R. A. // The Journal of clinical investigation. - 2009. - T. 119. - № 6. - C. 1420-1428. - DOI: 10.1172/JCI39104.

30. He E. Fractionated Ionizing Radiation Promotes Epithelial-Mesenchymal Transition in Human Esophageal Cancer Cells through PTEN Deficiency-Mediated Akt Activation / He E., Pan F., Li G., Li J. // PloS one. - 2015. - T. 10. - № 5. - C. e0126149. - DOI: 10.1371/journal.pone.0126149.

31. Wang X. Epithelial-mesenchymal plasticity in cancer: signaling pathways and therapeutic targets / Wang X., Xue X., Pang M., Yu L., Qian J., Li X., Tian M., Lyu A., Lu C., Liu Y. // MedComm. - 2024. - T. 5. - № 8. - C. e659. -DOI: 10.1002/mco2.659.

32. Wang S. S. Links between cancer stem cells and epithelial-mesenchymal transition / Wang S. S., Jiang J., Liang X. H., Tang Y. L. // OncoTargets and therapy. - 2015. - T. 8. - C. 2973-2980. - DOI: 10.2147/OTT.S91863.

33. Ashrafi A. Current Landscape of Therapeutic Resistance in Lung Cancer and Promising Strategies to Overcome Resistance / Ashrafi A., Akter Z., Modareszadeh P., Modareszadeh P., Berisha E., Alemi P. S., Chacon Castro M. D. C., Deese A. R., Zhang L. // Cancers. - 2022. - T. 14. - № 19. - C. 4562. - DOI: 10.3390/cancers14194562.

34. Kunachowicz D. Influence of Hypoxia on Tumor Heterogeneity, DNA Repair, and Cancer Therapy: From Molecular Insights to Therapeutic Strategies / Kunachowicz D., Tomecka P., S<?dzik M., Kalinin J., Kuznicki J., Rembialkowska N. // Cells. - 2025. - T. 14. - № 14. - C. 1057. - DOI: 10.3390/cells14141057.

35. Su C. Integrinß-1 in disorders and cancers: molecular mechanisms and therapeutic targets / Su C., Mo J., Dong S., Liao Z., Zhang B., Zhu P. // Cell communication and signaling : CCS. - 2024. - T. 22. - № 1. - C. 71. - DOI: 10.1186/s 12964-023-01338-3.

36. Xie Y. Epithelial-mesenchymal transition orchestrates tumor microenvironment: current perceptions and challenges / Xie Y., Wang X., Wang W., Pu N., Liu L. // Journal of translational medicine. - 2025. - T. 23.

- № 1. - C. 386. - DOI: 10.1186/s12967-025-06422-5.

37. Chen T. miR-16 regulates proliferation and invasion of lung cancer cells via the ERK/MAPK signaling pathway by targeted inhibition of MAPK kinase 1 (MEK1) / Chen T., Xiao Q., Wang X., Wang Z., Hu J., Zhang Z., Gong Z., Chen S. // The Journal of international medical research. - 2019. - T. 47. - № 10. - C. 5194-5204. - DOI: 10.1177/0300060519856505.

38. Peng H. Biomechanics in the tumor microenvironment: from biological functions to potential clinical applications / Peng H., Chao Z., Wang Z., Hao X., Xi Z., Ma S., Guo X., Zhang J., Zhou Q., Qu G., Gao Y., Luo J., Wang Z., Wang J., Li L. // Experimental hematology & oncology. - 2025. - T. 14. - № 1. - C. 4. - DOI: 10.1186/s40164-024-00591 -7.

39. Okuyama K. Desmoplastic reaction in the microenvironment of head and neck and other solid tumors: the therapeutic barrier / Okuyama K., Tsuchiya M., Debnath K. C., Islam S., Yanamoto S. // Therapeutic advances in medical oncology. - 2025. - T. 17. - C. 17588359251317144. - DOI: 10.1177/17588359251317144.

40. Ortega A. The YAP/TAZ Signaling Pathway in the Tumor Microenvironment and Carcinogenesis: Current Knowledge and Therapeutic Promises / Ortega A., Vera I., Diaz M. P., Navarro C., Rojas M., Torres W., Parra H., Salazar J., De Sanctis J. B., Bermudez V. // International journal of molecular sciences.

- 2021. - T. 23. - № 1. - C. 430. - DOI: 10.3390/ijms23010430.

41. Espina J. A. Durotaxis: the mechanical control of directed cell migration / Espina J. A., Marchant C. L., Barriga E. H. // The FEBS journal. - 2022. - T. 289. - № 10. - C. 2736-2754. - DOI: 10.1111/febs.15862.

42. Bordeleau F. Matrix stiffening promotes a tumor vasculature phenotype / Bordeleau F., Mason B. N., Lollis E. M., Mazzola M., Zanotelli M. R., Somasegar S., Califano J. P., Montague C., LaValley D. J., Huynh J., Mencia-Trinchant N., Negron Abril Y. L., Hassane D. C., Bonassar L. J., Butcher J. T., Weiss R. S., Reinhart-King C. A. // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2017. - T. 114. - № 3. - C. 492-497. - DOI: 10.1073/pnas.1613855114.

43. Li Y. Invasion and metastasis in cancer: molecular insights and therapeutic targets / Li Y., Liu F., Cai Q., Deng L., Ouyang Q., Zhang X. H., Zheng J. // Signal transduction and targeted therapy. - 2025. - T. 10. - № 1. - C. 57. -DOI: 10.1038/s41392-025-02148-4.

44. Zhao W. Stemness-Related Markers in Cancer / Zhao W., Li Y., Zhang X. // Cancer translational medicine. - 2017. - T. 3. - № 3. - C. 87-95. - DOI: 10.4103/ctm.ctm_69_ 16.

45. Calses P. C. TEAD Proteins Associate With DNA Repair Proteins to Facilitate Cellular Recovery From DNA Damage / Calses P. C., Pham V. C., Guarnaccia A. D., Choi M., Verschueren E., Bakker S. T., Pham T. H., Hinkle T., Liu C., Chang M. T., Kljavin N., Bakalarski C., Haley B., Zou J., Yan C., Song X., Lin X., Rowntree R., Ashworth A., Dey A., Lill J. R. // Molecular & cellular proteomics : MCP. - 2023. - T. 22. - № 2. - C. 100496. - DOI: 10.1016/j.mcpro .2023.100496.

46. Kapalczynska M. 2D and 3D cell cultures - a comparison of different types of cancer cell cultures / Kapalczynska M., Kolenda T., Przybyla W., Zaj^czkowska M., Teresiak A., Filas V., Ibbs M., Blizniak R., Luczewski L., Lamperska K. // Archives of medical science : AMS. - 2018. - T. 14. - № 4. - C. 910-919. - DOI: 10.5114/aoms.2016.63743.

47. Gómez-Cuadrado L. Mouse models of metastasis: progress and prospects / Gómez-Cuadrado L., Tracey N., Ma R., Qian B., Brunton V. G. // Disease models & mechanisms. - 2017. - T. 10. - № 9. - C. 1061-1074. - DOI: 10.1242/dmm.030403.

48. Ying S. Y. The microRNA (miRNA): overview of the RNA genes that modulate gene function / Ying S. Y., Chang D. C., Lin S. L. // Molecular biotechnology. - 2008. - T. 38. - № 3. - C. 257-268. - DOI: 10.1007/s12033-007-9013-8.

49. Ghafouri-Fard S. A review on the role of mir-16-5p in the carcinogenesis / Ghafouri-Fard S., Khoshbakht T., Hussen B. M., Abdullah S. T., Taheri M., Samadian M. // Cancer cell international. - 2022. - T. 22. - № 1. - C. 342. -DOI: 10.1186/s12935-022-02754-0.

50. Sadeghi Z. The role of miR-16 and miR-34a family in the regulation of cancers: A review / Sadeghi Z., Malekzadeh M., Sharifi M., Hashemibeni B. // Heliyon. - 2025. - T. 11. - № 4. - C. e42733. - DOI: 10.1016/j.heliyon.2025.e42733.

51. Huang X. microRNA-16-5p suppresses cell proliferation and angiogenesis in colorectal cancer by negatively regulating forkhead box K1 to block the PI3K/Akt/mTOR pathway / Huang X., Xu X., Ke H., Pan X., Ai J., Xie R., Lan G., Hu Y., Wu Y. // European journal of histochemistry : EJH. - 2022. -T. 66. - № 2. - C. 3333. - DOI: 10.4081/ejh.2022.3333.

52. Calin G. A. MiR-15a and miR-16-1 cluster functions in human leukemia / Calin G. A., Cimmino A., Fabbri M., Ferracin M., Wojcik S. E., Shimizu M., Taccioli C., Zanesi N., Garzon R., Aqeilan R. I., Alder H., Volinia S., Rassenti

L., Liu X., Liu C. G., Kipps T. J., Negrini M., Croce C. M. // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2008. -T. 105. - № 13. - C. 5166-5171. - DOI: 10.1073/pnas.0800121105.

53. Fanini F. MicroRNA-16 Restores Sensitivity to Tyrosine Kinase Inhibitors and Outperforms MEK Inhibitors in KRAS-Mutated Non-Small Cell Lung Cancer / Fanini F., Bandini E., Plousiou M., Carloni S., Wise P., Neviani P., Murtadha M., Foca F., Fabbri F., Vannini I., Fabbri M. // International journal of molecular sciences. - 2021. - T. 22. - № 24. - C. 13357. - DOI: 10.3390/ijms222413357.

54. Gao Q. Functional Passenger-Strand miRNAs in Exosomes Derived from Human Colon Cancer Cells and Their Heterogeneous Paracrine Effects / Gao Q., Lei F., Zeng Q., Gao Z., Niu P., Junnan, Ning, Li J., Zhang J. // International journal of biological sciences. - 2020. - T. 16. - № 6. - C. 10441058. - DOI: 10.7150/ijbs.40787.

55. Zhang W. C. MicroRNA-21 guide and passenger strand regulation of adenylosuccinate lyase-mediated purine metabolism promotes transition to an EGFR-TKI-tolerant persister state / Zhang W. C., Skiados N., Aftab F., Moreno C., Silva L., Corbilla P. J. A., Asara J. M., Hata A. N., Slack F. J. // Cancer gene therapy. - 2022. - T. 29. - № 12. - C. 1878-1894. - DOI: 10.1038/s41417-022-00504-y.

56. Maximov V. V. MiR-16-1-3p and miR-16-2-3p possess strong tumor suppressive and antimetastatic properties in osteosarcoma / Maximov V. V., Akkawi R., Khawaled S., Salah Z., Jaber L., Barhoum A., Or O., Galasso M., Kurek K. C., Yavin E., Aqeilan R. I. // International journal of cancer. - 2019. - T. 145. - № 11. - C. 3052-3063. - DOI: 10.1002/ijc.32368.

57. Du R. Knockdown of lncRNA X inactive specific transcript (XIST) radiosensitizes non-small cell lung cancer (NSCLC) cells through regulation of miR-16-5p/WEE1 G2 checkpoint kinase (WEE1) axis / Du R., Jiang F., Yin Y., Xu J., Li X., Hu L., Wang X. // International journal of immunopathology and pharmacology. - 2021. - T. 35. - C. 2058738420966087. - DOI: 10.1177/2058738420966087.

58. Wang Q. Quercetin radiosensitizes non-small cell lung cancer cells through the regulation of miR-16-5p/WEE1 axis / Wang Q., Chen Y., Lu H., Wang H., Feng H., Xu J., Zhang B. // IUBMB life. - 2020. - T. 72. - № 5. - C. 1012-1022. - DOI: 10.1002/iub.2242.

59. Borowicz S. The soft agar colony formation assay / Borowicz S., Van Scoyk M., Avasarala S., Karuppusamy Rathinam M. K., Tauler J., Bikkavilli R. K., Winn R. A. // Journal of visualized experiments : JoVE. - 2014. - № 92. - C. e51998. - DOI: 10.3791/51998.

60. Dobin A. STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner / Dobin A., Davis C. A., Schlesinger F., Drenkow J., Zaleski C., Jha S., Batut P., Chaisson M., Gingeras T. R. // Bioinformatics (Oxford, England). - 2013. - T. 29. - № 1.

- C. 15-21. - DOI: 10.1093/bioinformatics/bts635.

61. Love M. I. Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data with DESeq2 / Love M. I., Huber W., Anders S. // Genome biology. -2014. - T. 15. - № 12. - C. 550. - DOI: 10.1186/s13059-014-0550-8.

62. Sorokin M. Oncobox Bioinformatical Platform for Selecting Potentially Effective Combinations of Target Cancer Drugs Using High-Throughput Gene Expression Data / Sorokin M., Kholodenko R., Suntsova M., Malakhova G., Garazha A., Kholodenko I., Poddubskaya E., Lantsov D., Stilidi I., Arhiri P., Osipov A., Buzdin A. // Cancers. - 2018. - T. 10. - № 10. - C. 365. - DOI: 10.3390/cancers10100365.

63. Sorokin M. Algorithmic Annotation of Functional Roles for Components of 3,044 Human Molecular Pathways / Sorokin M., Borisov N., Kuzmin D., Gudkov A., Zolotovskaia M., Garazha A., Buzdin A. // Frontiers in genetics.

- 2021. - T. 12. - C. 617059. - DOI: 10.3389/fgene.2021.617059.

64. Zheng Q. GOEAST: a web-based software toolkit for Gene Ontology enrichment analysis / Zheng Q., Wang X. J. // Nucleic acids research. - 2008.

- T. 36. - C. 358-363. - DOI: 10.1093/nar/gkn276.

65. Yu G. clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among gene clusters / Yu G., Wang L. G., Han Y., He Q. Y. // Omics : a journal of integrative biology. - 2012. - T. 16. - № 5. - C. 284-287. - DOI: 10.1089/omi.2011.0118.

66. Pustovalova M. The p53-53BP1-Related Survival of A549 and H1299 Human Lung Cancer Cells after Multifractionated Radiotherapy Demonstrated Different Response to Additional Acute X-ray Exposure / Pustovalova M., Alhaddad L., Smetanina N., Chigasova A., Blokhina T., Chuprov-Netochin R., Osipov A. N., Leonov S. // International journal of molecular sciences. -2020. - T. 21. - № 9. - C. 3342. - DOI: 10.3390/ijms21093342.

67. Merkher Y. Encapsulation and adhesion of nanoparticles as a potential biomarker for TNBC cells metastatic propensity / Merkher Y., Kontareva E., Bogdan E., Achkasov K., Maximova K., Grolman J. M., Leonov S. // Scientific reports. - 2023. - T. 13. - № 1. - C. 12289. - DOI: 10.1038/s41598-023-33540-1.

68. Gromova A. S. Response of PRIMPOL-Knockout Human Lung Adenocarcinoma A549 Cells to Genotoxic Stress / Gromova A. S., Boldinova E. O., Kim D. V., Chuprov-Netochin R. N., Leonov S. V., Pustovalova M. V.,

Zharkov D. O., Makarova A. V. // Biochemistry. Biokhimiia. - 2023. - T. 88.

- № 11. - C. 1933-1943. - DOI: 10.1134/S0006297923110214.

69. Boudaoud A. FibrilTool, an ImageJ plug-in to quantify fibrillar structures in raw microscopy images / Boudaoud A., Burian A., Borowska-Wykr^t D., Uyttewaal M., Wrzalik R., Kwiatkowska D., Hamant O. // Nature protocols.

- 2014. - T. 9. - № 2. - C. 457-463. - DOI: 10.1038/nprot.2014.024.

70. Schindelin J. Fiji: an open-source platform for biological-image analysis / Schindelin J., Arganda-Carreras I., Frise E., Kaynig V., Longair M., Pietzsch T., Preibisch S., Rueden C., Saalfeld S., Schmid B., Tinevez J. Y., White D. J., Hartenstein V., Eliceiri K., Tomancak P., Cardona A. // Nature methods. -2012. - T. 9. - № 7. - C. 676-682. - DOI: 10.1038/nmeth.2019.

71. Rheinlaender J. Mapping the mechanical stiffness of live cells with the scanning ion conductance microscope / Rheinlaender J., Schäffer T. E. // Soft Matter. - 2013. - T. 9. - C. 3230-3236. - DOI: 10.1039/C2SM27412D.

72. Biton M. Epithelial microRNAs regulate gut mucosal immunity via epithelium-T cell crosstalk / Biton M., Levin A., Slyper M., Alkalay I., Horwitz E., Mor H., Kredo-Russo S., Avnit-Sagi T., Cojocaru G., Zreik F., Bentwich Z., Poy M. N., Artis D., Walker M. D., Hornstein E., Pikarsky E., Ben-Neriah Y. // Nature immunology. - 2011. - T. 12. - № 3. - C. 239-246.

- DOI: 10.1038/ni.1994.

73. Taddei M. L. Anoikis: an emerging hallmark in health and diseases / Taddei M. L., Giannoni E., Fiaschi T., Chiarugi P. // The Journal of pathology. -2012. - T. 226. - № 2. - C. 380-393. - DOI: 10.1002/path.3000.

74. Prateep A. Avicequinone B sensitizes anoikis in human lung cancer cells / Prateep A., Sumkhemthong S., Karnsomwan W., De-Eknamkul W., Chamni S., Chanvorachote P., Chaotham C. // Journal of biomedical science. - 2018.

- T. 25. - № 1. - C. 32. - DOI: 10.1186/s12929-018-0435-3.

75. Frisch S. M. Integrins and anoikis / Frisch S. M., Ruoslahti E. // Current opinion in cell biology. - 1997. - T. 9. - № 5. - C. 701-706. - DOI: 10.1016/s0955-0674(97)80124-x.

76. Borisov N. Quantitation of Molecular Pathway Activation Using RNA Sequencing Data / Borisov N., Sorokin M., Garazha A., Buzdin A. // Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). - 2020. - T. 2063. - C. 189-206. - DOI: 10.1007/978-1-0716-0138-9_15.

77. Croft D. The Reactome pathway knowledgebase / Croft D., Mundo A. F., Haw R., Milacic M., Weiser J., Wu G., Caudy M., Garapati P., Gillespie M., Kamdar M. R., Jassal B., Jupe S., Matthews L., May B., Palatnik S., Rothfels K., Shamovsky V., Song H., Williams M., Birney E., D'Eustachio P. //

Nucleic acids research. - 2014. - T. 42. - C. 472-477. - DOI: 10.1093/nar/gkt 1102.

78. Schaefer C. F. PID: the Pathway Interaction Database / Schaefer C. F., Anthony K., Krupa S., Buchoff J., Day M., Hannay T., Buetow K. H. // Nucleic acids research. - 2009. - T. 37. - C. 674-679. - DOI: 10.1093/nar/gkn653.

79. Schoetz U. Early senescence and production of senescence-associated cytokines are major determinants of radioresistance in head-and-neck squamous cell carcinoma / Schoetz U., Klein D., Hess J., Shnayien S., Spoerl S., Orth M., Mutlu S., Hennel R., Sieber A., Ganswindt U., Luka B., Thomsen A. R., Unger K., Jendrossek V., Zitzelsberger H., Bluthgen N., Belka C., Unkel S., Klinger B., Lauber K. // Cell death & disease. - 2021. - T. 12. - № 12. - C. 1162. - DOI: 10.1038/s41419-021 -04454-5.

80. Chien Y. Control of the senescence-associated secretory phenotype by NF-kB promotes senescence and enhances chemosensitivity / Chien Y., Scuoppo C., Wang X., Fang X., Balgley B., Bolden J. E., Premsrirut P., Luo W., Chicas A., Lee C. S., Kogan S. C., Lowe S. W. // Genes & development. - 2011. - T. 25. - № 20. - C. 2125-2136. - DOI: 10.1101/gad.17276711.

81. Simpson C. D. Anoikis resistance and tumor metastasis / Simpson C. D., Anyiwe K., Schimmer A. D. // Cancer letters. - 2008. - T. 272. - № 2. - C. 177-185. - DOI: 10.1016/j.canlet.2008.05.029.

82. Fanfone D. Confined migration promotes cancer metastasis through resistance to anoikis and increased invasiveness / Fanfone D., Wu Z., Mammi J., Berthenet K., Neves D., Weber K., Halaburkova A., Virard F., Bunel F., Jamard C., Hernandez-Vargas H., Tait S. W. G., Hennino A., Ichim G. // eLife. - 2022. - T. 11. - C. e73150. - DOI: 10.7554/eLife.73150.

83. Xia H. microRNA-146b inhibits glioma cell migration and invasion by targeting MMPs / Xia H., Qi Y., Ng S. S., Chen X., Li D., Chen S., Ge R., Jiang S., Li G., Chen Y., He M. L., Kung H. F., Lai L., Lin M. C. // Brain research. - 2009. - T. 1269. - C. 158-165. - DOI: 10.1016/j.brainres.2009.02.037.

84. Chou R. H. Suppression of the invasion and migration of cancer cells by SERPINB family genes and their derived peptides / Chou R. H., Wen H. C., Liang W. G., Lin S. C., Yuan H. W., Wu C. W., Chang W. S. // Oncology reports. - 2012. - T. 27. - № 1. - C. 238-245. - DOI: 10.3892/or.2011.1497.

85. Grither W. R. ROR2/Wnt5a Signaling Regulates Directional Cell Migration and Early Tumor Cell Invasion in Ovarian Cancer / Grither W. R., Baker B., Morikis V. A., Ilagan M. X. G., Fuh K. C., Longmore G. D. // Molecular

cancer research : MCR. - 2024. - T. 22. - № 5. - C. 495-507. - DOI: 10.1158/1541-7786.MCR-23-0616.

86. Goto T. Latrophilin-3 as a downstream effector of the androgen receptor induces urothelial tumorigenesis / Goto T., Yasui M., Teramoto Y., Nagata Y., Mizushima T., Miyamoto H. // Molecular carcinogenesis. - 2024. - T. 63.

- № 10. - C. 1847-1854. - DOI: 10.1002/mc.23783.

87. Wang W. Toll-Like Receptor 4 (TLR4)/Cyclooxygenase-2 (COX-2) Regulates Prostate Cancer Cell Proliferation, Migration, and Invasion by NF-kB Activation / Wang W., Wang J. // Medical Science Monitor. - 2018. - T. 24. - C. 5588-5597. - DOI: 10.12659/MSM.906857.

88. Takazawa Y. Toll-like receptor 4 signaling promotes the migration of human melanoma cells / Takazawa Y., Kiniwa Y., Ogawa E., Uchiyama A., Ashida

A., Uhara H., Goto Y., Okuyama R. // The Tohoku journal of experimental medicine. - 2014. - T. 234. - № 1. - C. 57-65. - DOI: 10.1620/tjem.234.57.

89. Jin H. BMP2 promotes migration and invasion of breast cancer cells via cytoskeletal reorganization and adhesion decrease: an AFM investigation / Jin H., Pi J., Huang X., Huang F., Shao W., Li S., Chen Y., Cai J. // Applied Microbiology and Biotechnology. - 2012. - T. 93. - № 4. - C. 1715-1723. -DOI: 10.1007/s00253-011-3865-3.

90. Fujita M. Irradiation induces diverse changes in invasive potential in cancer cell lines / Fujita M., Yamada S., Imai T. // Seminars in cancer biology. -2015. - T. 35. - C. 45-52. - DOI: 10.1016/j.semcancer.2015.09.003.

91. Xuan B. Dysregulation in Actin Cytoskeletal Organization Drives Increased Stiffness and Migratory Persistence in Polyploidal Giant Cancer Cells / Xuan

B., Ghosh D., Cheney E. M., Clifton E. M., Dawson M. R. // Scientific reports.

- 2018. - T. 8. - № 1. - C. 11935. - DOI: 10.1038/s41598-018-29817-5.

92. Esue O. A direct interaction between actin and vimentin filaments mediated by the tail domain of vimentin / Esue O., Carson A. A., Tseng Y., Wirtz D. // The Journal of biological chemistry. - 2006. - T. 281. - № 41. - C. 3039330399. - DOI: 10.1074/jbc.M605452200.

93. Shen Q. Physical confinement during cancer cell migration triggers therapeutic resistance and cancer stem cell-like behavior / Shen Q., Hill T., Cai X., Bui L., Barakat R., Hills E., Almugaiteeb T., Babu A., Mckernan P. H., Zalles M., Battiste J. D., Kim Y. T. // Cancer letters. - 2021. - T. 506. -

C. 142-151. - DOI: 10.1016/j.canlet.2021.01.020.

94. Bunn P. A., Jr. The expanding role of cisplatin in the treatment of non-small-cell lung cancer / Bunn P. A., Jr. // Seminars in oncology. - 1989. - T. 16. -№ 4. - C. 10-21.

95. Cho K. Numerical learning of deep features from drug-exposed cell images to calculate IC50 without staining / Cho K., Choi E. S., Kim J. H., Son J. W., Kim E. // Scientific reports. - 2022. - T. 12. - № 1. - C. 6610. - DOI: 10.1038/s41598-022-10643-9.

96. Xuan B. Vimentin filaments drive migratory persistence in polyploidal cancer cells / Xuan B., Ghosh D., Jiang J., Shao R., Dawson M. R. // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2020. -T. 117. - № 43. - C. 26756-26765. - DOI: 10.1073/pnas.2011912117.

97. Valeriote F. Proliferation-dependent cytotoxicity of anticancer agents: a review / Valeriote F., van Putten L. // Cancer research. - 1975. - T. 35. - № 10. - C. 2619-2630.

98. Tubiana M. The long-term prognostic significance of the thymidine labelling index in breast cancer / Tubiana M., Pejovic M. H., Chavaudra N., Contesso G., Malaise E. P. // International journal of cancer. - 1984. - T. 33. - № 4. -C. 441-445. - DOI: 10.1002/ijc.2910330404.

99. Miller I. Ki67 is a Graded Rather than a Binary Marker of Proliferation versus Quiescence / Miller I., Min M., Yang C., Tian C., Gookin S., Carter D., Spencer S. L. // Cell reports. - 2018. - T. 24. - № 5. - C. 1105-1112. - DOI: 10.1016/j.celrep.2018.06.110.

100. Sobecki M. The cell proliferation antigen Ki-67 organises heterochromatin / Sobecki M., Mrouj K., Camasses A., Parisis N., Nicolas E., Llères D., Gerbe F., Prieto S., Krasinska L., David A., Eguren M., Birling M. C., Urbach S., Hem S., Déjardin J., Malumbres M., Jay P., Dulic V., Lafontaine D. L. J., Feil R., Fisher D. // eLife. - 2016. - T. 5. - C. e13722. - DOI: 10.7554/eLife. 13722.

101. Mrouj K. Ki-67 regulates global gene expression and promotes sequential stages of carcinogenesis / Mrouj K., Andrés-Sánchez N., Dubra G., Singh P., Sobecki M., Chahar D., Al Ghoul E., Aznar A. B., Prieto S., Pirot N., Bernex F., Bordignon B., Hassen-Khodja C., Villalba M., Krasinska L., Fisher D. // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 2021. - T. 118. - № 10. - C. e2026507118. - DOI: 10.1073/pnas.2026507118.

102. Kang Z. BRCA2 associates with MCM10 to suppress PRIMPOL-mediated repriming and single-stranded gap formation after DNA damage / Kang Z., Fu P., Alcivar A. L., Fu H., Redon C., Foo T. K., Zuo Y., Ye C., Baxley R., Madireddy A., Buisson R., Bielinsky A. K., Zou L., Shen Z., Aladjem M. I., Xia B. // Nature communications. - 2021. - T. 12. - № 1. - C. 5966. - DOI: 10.1038/s41467-021-26227-6.

103. Palumbieri M. D. Nuclear actin polymerization rapidly mediates replication fork remodeling upon stress by limiting PrimPol activity / Palumbieri M. D., Merigliano C., Gonzalez-Acosta D., Kuster D., Krietsch J., Stoy H., von Känel T., Ulferts S., Welter B., Frey J., Doerdelmann C., Sanchi A., Grosse R., Chiolo I., Lopes M. // Nature communications. - 2023. - T. 14. - № 1. -C. 7819. - DOI: 10.1038/s41467-023-43183-5.

104. Guck J. Optical deformability as an inherent cell marker for testing malignant transformation and metastatic competence / Guck J., Schinkinger S., Lincoln B., Wottawah F., Ebert S., Romeyke M., Lenz D., Erickson H. M., Ananthakrishnan R., Mitchell D., et al. // Biophys J. - 2005. - T. 88. - C. 3689-3698. - DOI: 10.1529/biophysj.104.045476.

105. Swaminathan V. Mechanical stiffness grades metastatic potential in patient tumor cells and in cancer cell lines / Swaminathan V., Mythreye K., O'Brien E. T., Berchuck A., Blobe G. C., Superfine R. // Cancer Res. - 2011. - T. 71.

- C. 5075-5080. - DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-11-0247.

106. Alibert C. Are cancer cells really softer than normal cells? / Alibert C., Goud B., Manneville J. B. // Biol Cell. - 2017. - T. 109. - C. 167-189. - DOI: 10.1111/boc.201600078.

107. Cross S. E. AFM-based analysis of human metastatic cancer cells / Cross S. E., Jin Y. S., Tondre J., Wong R., Rao J., Gimzewski J. K. // Nanotechnology.

- 2008. - T. 19. - C. 384003. - DOI: 10.1088/0957-4484/19/38/384003.

108. Rajagopal V. Computational modeling of single-cell mechanics and cytoskeletal mechanobiology / Rajagopal V., Holmes W. R., Lee P. V. S. // Wiley Interdiscip Rev Syst Biol Med. - 2018. - T. 10. - DOI: 10.1002/wsbm.1407.

109. Rudzka D. A. Migration through physical constraints is enabled by MAPK-induced cell softening via actin cytoskeleton re-organization / Rudzka D. A., Spennati G., McGarry D. J., Chim Y. H., Neilson M., Ptak A., Munro J., Kalna G., Hedley A., Moralli D., et al. // J Cell Sci. - 2019. - T. 132. - DOI: 10.1242/jcs.224071.

110. Anand J. Roles of trans-lesion synthesis (TLS) DNA polymerases in tumorigenesis and cancer therapy / Anand J., Chiou L., Sciandra C., Zhang X., Hong J., Wu D., Zhou P., Vaziri C. // NAR Cancer. - 2023. - T. 5. - C. zcad005. - DOI: 10.1093/narcan/zcad005.