Система биоконтроля антибиотикорезистентности возбудителей зоонозных болезней тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, доктор наук Иванова Ольга Евгеньевна

• Иванова Ольга Евгеньевна
• доктор наук
• 2025

Оглавление диссертации доктор наук Иванова Ольга Евгеньевна

Введение

1. Обзор литературы

1.1 Этиология и значение ключевых бактериальных патогенов при кишечных инфекциях у животных

1.2 Проблема антибиотикорезистентности возбудителей зоонозных болезней

1.2.1 Антибиотикорезистентность бактериальных патогенов: механизмы возниконовения, распространение и меры их контроль

1.2.1.1 Виды и механизмы антибиотикорезистентности

1.2.1.2 Распространение антибиотикорезистентных бактерий в окружающей среде

1.2.1.3 Меры, направленные на снижение распространения антибиотикорезистентных бактерий

1.3 Мониторинг антибиотикорезистентности бактерий, выделяемых от животных, из пищевого сырья и продукции животноводства

1.4 Профилактика кишечных инфекций продуктивных животных с использованием средств, альтернативных антимикробным средствам

2. Собственные исследования

2.1 Материалы

2.2 Методы

2.2.1 Микробиологические методы исследований

2.2.1.1 Метод выделения и идентификации Escherichia coli

2.2.1.2 Метод выделения и идентификации Salmonella enterica

2.2.2 Методы идентификации микроорганизмов

2.2.2.1 Иммунохроматографический метод (ИХА)

2.2.2.2 Биохимический метод с применением тест-систем Api

2.2.2.3 Масс-спектрометрический метод

2.2.3 Метод определения чувствительности микроорганизмов к антибактериальным средствам

2.2.4 Молекулярно-генетические методы

2.2.4.1 Выделение ДНК и оценка качества

2.2.4.2 Приготовление ДНК-библиотеки и полногеномное секвенирование

2.2.4.3 Биоинформатический анализ данных

2.2.5 Определение антагонистической активности лактобактерий и их симбиотических консорциумов

2.2.5.1 Метод перпендикулярных штрихов

2.3 Результаты собственных исследований

2.3.1 Выделение и идентификация микроорганизмов

2.3.1.1 Выделение и идентификация E. coli

2.3.1.2 Нозологический профиль E. coli

2.3.1.3. Выделение и идентификация бактерий рода Salmonella

2.3.1.4. Выделение и идентификация Campylobacter spp

2.3.2 Разработка научно-обоснованных критериев оценки для создания базы данных антибиотикорезистентности возбудителей социально-значимых бактериозов животных в Российской Федерации

2.3.2.1 Планирование и организация исследований

2.3.2.2 Проведение анализа с помощью ветеринарной базы данных антибиотикорезистентности возбудителей зоонозных болезней на онлайн платформе AMRcloud

2.3.2.3 Построение графиков распределения МПК как дополнительный инструмент контроля качества исследований по антибиотикорезистентности микроорганизмов

2.3.3 Проведение мониторинга антибиотикорезистентности возбудителей зоонозных болезней в Российской Федерации

2.3.3.1 Результаты определения антибиотикорезистентности E. coli, Salmonella spp и Campylobacter spp

2.3.3.2 Результаты определения антибиотикорезистентности Salmonella spp

2.3.3.3 Результаты определения антибиотикорезистентности Campylobacter spp

2.3.3.4 Динамика распространения антибиотикорезистентных возбудителей социально-значимых бактериозов животных

2.3.4 Результаты полногеномного секвенирования

2.3.4.1 Биоинформатический анализ данных полногеномного секвенирования

2.3.5 Создание коллекции мультирезистентных штаммов возбудителей социально-значимых токсикоинфекций продуктивных животных

2.3.6 Анализ информации о резистентности микроорганизмов к АМП в зависимости от их применения

2.3.7 Разработка методик выявления генов устойчивости к антибактериальным средствам у бактерий семейства Enterobacteriaceae методом ПЦР с детекцией в режиме «реального времени»

2.3.8 Селекция штаммов-пробионтов с высокой антагонистической активностью в отношении антибиотикорезистентных возбудителей социально-значимых бактериозов животных

2.3.8.1 Исследования антагонистической активности изолятов лактобактерий. Антагонистическая активность изолятов лактобактерий по отношению к штаммам E. coli

2.3.8.2 Антагонистическая активность изолятов лактобактерий по отношению к штаммам S. enterica

2.3.8.3 Антагонистическая активность изолятов лактобактерий по отношению к штаммам C. jejuni

2.3.8.4 Сравнительная оценка антагонистической активности пробиотических изолятов и их симбиотических консорциумов по отношению к антибиотикорезистентным возбудителям зоонозных болезней

2.3.9 Исследование биосовместимости пробиотических культур, используемых для создания симбиотических консорциумов

2.3.9.1 Исследование биосовместимости культур L. rhamnosus и L. plantarum

2.3.9.2 Исследование биосовместимости культур L. salivarius и L. fermentum

2.3.9.3 Исследование биосовместимости культур L. salivarius и L. crispatus

2.3.9.4 Исследование симбиотических свойств пробиотических культур, используемых для создания симбиотических консорциумов

2.3.9.5 Лиофилизация полученных бактериальных консорциумов

2.3.10 Определение чувствительности к антимикробным средствам пробиотических штаммов

2.3.11 Определение устойчивости изолятов лактобактерий L. rhamnosus, L. plantarum, L. salivarius, L. fermentum и L. crispatus к желудочному и кишечному стрессам

2.3.12 Изучение влияния симбиотических консорциумов лактобактерий на MIC антимикробных средств, подавляющих рост возбудителей социально-значимых бактериозов животных

2.3.13 Система биоконтроля антибиотикорезистентности возбудителей зоонозных болезней

2.3.14 Предложения по рациональному применению антимикробных средств

3. Обсуждение результатов

4. Заключение

5. Сведения о практическом использовании результатов

6. Рекомендации по использованию научных выводов

7. Список сокращений и условных обозначений

8. Список использованной литературы

9. Приложения

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Система биоконтроля антибиотикорезистентности возбудителей зоонозных болезней»

Введение

Актуальность темы исследования. Как известно, наиболее распространёнными инфекционными болезнями желудочно-кишечного тракта животных и человека являются эшерихиоз, сальмонеллёз и кампилобактериоз [Ленёв С. В., 2015, Пирожков М. К., 2015, Скляров О. Д., 2011 и др.]. Повсеместное распространение у человека и животных инфекций, вызванных Escherichia coli, Salmonella enterica и Campylobacter spp, свидетельствуют о высоком уровне их социально-экономической значимости [ECDC/EFSA, 2024; World Health Organization 2023, Codex Alimentarius, 2016].

Устойчивость возбудителей зоонозных болезней к противомикробным препаратам создает серьезную угрозу для здоровья живых существ, поэтому привлекает пристальное внимание ученых и общественности и представляет собой проблему, выходящую за пределы национальных границ вне зависимости от экономического статуса государства [Hasler В., 2016, Queenan K., 2016, Rushton J. 2016 et al.]. По данным научных исследований [Fair R. J., 2014 и Yitzhak T., 2014] экономический ущерб, обусловленный распространением возбудителей инфекций, устойчивых к противомикробным препаратам, резко вырос в начале XXI века.

По мнению зарубежных и отечественных ученых, бактерии, присутствующие в различных объектах биосферы, могут нести гены антибиотикорезистентности [Богомазова А. Н., 2021, Крылова Е. В., 2020, Caffrey N. P., 2017, Niekerk J. M. V., 2016, Nobrega D. В., 2017, Penders J., 2016, Tang K. L., 2017, Wintersdorff C. J. H. V., 2016 et al.]. Поэтому международные организации (ФАО, ВОЗ, ВОЗЖ и ЮНЕП) уделяют особое внимание решению проблемы антимикробной резистентности возбудителей инфекционных болезней человека и животных и обосновывают необходимость постоянного поиска новых антимикробных препаратов, направленных на эффективную борьбу с возбудителями социально-значимых зоонозных болезней (E. coli, S. enterica и C. jejuni) [Kassim A., 2016, Omuse G., 2016, Premji Z., 2016 et al.].

В последние годы в фокусе исследовательского внимания оказались вопросы, связанные с изучением антимикробного потенциала пробиотических штаммов бактерий, продуцирующих пептидогликан-деградирующие бактериоцины и ферменты, повышающие проницаемость наружной мембраны грамотрицательных бактерий [Абрамов В. М., 2024, Карлышев А. В., 2024 и др.].

Исходя из вышеизложенного, можно сделать вывод о том, что организация и проведение мониторинга антибиотикорезистентности возбудителей инфекционных болезней человека и животных, а также совершенствование их диагностики и профилактики является важной задачей научного изучения, определяющим актуальность настоящего диссертационного исследования.

Степень разработанности темы. По данным отечественных и зарубежных авторов, в большинстве стран мира проблема распространения антибиотикорезистентных бактерий в агропромышленном секторе связана с активным применением антимикробных средств [Олсуфьева Е. Н., 2024, Янковская В. С., 2024, Mamphweli S., 2018, Manyi-Loh C., 2018, Meyer E., 2018 et al.]. Во Франции, Дании, Нидерландах, Германии, Бельгии, Испании, Китае, США и других странах разработаны стратегии снижения распространения антибиотикорезистентных возбудителей инфекционных болезней животных, направленные на ограничение применения антимикробных препаратов в животноводстве [https://www.who.int/teams/surveillance-prevention-control-

AMR/national-action-plan-monitoring-evaluation/library-of-national-action-plans].

Отдельные исследования, посвящённые проблеме

антибиотикорезистентности бактериальных возбудителей в области ветеринарии, проведены учреждениями, подведомственными Россельхознадзору (ФГБУ «ВГНКИ», ФГБУ «ВНИИЗЖ»), ФГБНУ «Уральским федеральным аграрным научно-исследовательским центром» УрФАНИЦ УрО РАН, ФГБОУ ВО «Московской государственной академией ветеринарной медицины и биотехнологии - МВА им. К. И. Скрябина», ФБУН «Государственный научный

центр прикладной микробиологии и биотехнологии», ФГБОУ ВО «Оренбургский государственный аграрный университет», ФГБОУ ВО «Санкт-Петербургский государственный университет ветеринарной медицины», ФГБНУ «Всероссийский-исследовательский институт ветеринарной вирусологии и микробиологии РАН» и др. [Брылина В. Е., 2022, Донник И. М., 2022, Колбасов Д. В., 2021, Литвинов О. Б., 2022, Макавчик С.А., 2022, Светоч Э. А., 2017, Шадрова Н.Б., 2022 и др.], однако гармонизированная программа ветеринарного мониторинга

антибиотикорезистентности возбудителей зоонозных болезней в Российской Федерации в области ветеринарии до сих пор отсутствует.

В 2012 году в ФГБУ «ВГНКИ» были проведены первые исследования по определению чувствительности к антимикробным средствам двухсот штаммов сальмонелл из «Всероссийской коллекции штаммов микроорганизмов», находящихся на хранении с 1948 по 2009 год и 108 изолятов, поступивших из различных регионов Российской Федерации в период с 2010 - 2012 гг. [Ильина Е.Н., 2011, Ленёв С. В., 2015, Панин А. Н., 2017 и др.]. Штаммы сальмонелл выделены из пищевых продуктов, кормов и фекалий от животных. У культур сальмонелл, выделенных в период с 2010 - 2012 годы, отмечено увеличение устойчивости к ампициллину и доксициклину в 2 раза, к стрептомицину - в 1,8 раз, по сравнению с изолятами, выделенными в 1940-х гг. Установлено увеличение в 3,9 раза количества изолятов, устойчивых к ципрофлоксацину, и в 5,6 раз - к норфлоксацину [Ленёв С. В., 2015, Панин А. Н., 2015 и др.]. Устойчивость культур сальмонелл к фторхинолонам вызывает особую озабоченность, поскольку данная группа относится к «критически важным» для медицины антимикробным средствам, являющимися препаратами «последней надежды» [Комаров А. А., 2017, Куликовский А. В., 2017, Макаров Д. А., 2020, Панин А. Н., 2017 и др.].

В 2019 году Распоряжением Правительства Российской Федерации от 30.03.2019 г. № 604-р был утвержден план мероприятий на 2019 - 2024 годы по реализации Стратегии предупреждения распространения антимикробной резистентности в Российской Федерации на период до 2030 года. В 2024 году

опубликован план мероприятий на 2025 - 2030 годы, утверждённый распоряжением Правительства РФ от 16.08.2024 г. № 2214-р. Одним из основных положений данных документов является проведение мониторинга антибиотикорезистентности возбудителей зоонозных болезней.

Состояние изученности проблемы распространения возбудителей инфекционных болезней животных, устойчивых к антимикробным средствам и необходимость разработки средств их диагностики и профилактики подтверждают их актуальность.

Цель и задачи исследования. На основании изучения научной литературы и анализа фактических данных исследуемой предметной области определена цель настоящей диссертационной работы, а именно: создание системы биоконтроля антибиотикорезистентности возбудителей зоонозных болезней (Escherichia coli, Salmonella enterica и Campylobacter spp.).

Для достижения указанной цели были поставлены следующие задачи:

1. Изучить нозологический профиль социально-значимых бактериозов животных.

2. Разработать научно-обоснованные критерии для создания и оценки ветеринарной базы данных антибиотикорезистентности возбудителей зоонозных болезней в Российской Федерации.

3. Провести мониторинг антибиотикорезистентности возбудителей зоонозных болезней в Российской Федерации на основе данных микробиологических и молекулярно-генетических методов исследования.

4. Разработать методики выявления генов устойчивости к антибактериальным средствам у бактерий семейства Enterobacteriaceae методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме «реального времени».

5. Селекционировать штаммы-пробионты с высокой антагонистической активностью по отношению к антибиотикорезистентным возбудителям зоонозов.

6. Создать консорциумы штаммов-пробионтов, повышающие антагонистическую активность в отношении микробных патогенов, и оценить их эффективность в условиях in vitro.

7. Создать систему биоконтроля антибиотикорезистентности возбудителей зоонозных болезней, включающую оценку нозологического профиля Escherichia coli, Salmonella enterica и Campylobacter spp, совершенствование диагностики, направленной на выявление генов резистентности на основе ПЦР и совершенствование профилактики зоонозных инфекций с помощью разработанных симбиотических консорциумов.

Научная новизна исследования. Впервые в России разработана система биоконтроля антибиотикорезистентности возбудителей зоонозных болезней, включающая оценку нозологического профиля Escherichia coli, Salmonella enterica и Campylobacter spp, совершенствование диагностики, направленной на выявление генов резистентности, и профилактики зоонозных инфекций с помощью разработанных симбиотических консорциумов пробиотических штаммов.

В нашей стране выявлены генетические детерминанты резистентности культур Escherichia coli, Salmonella spp и Campylobacter spp., выделенных от животных, и определены механизмы резистентности возбудителей эшерихиоза, сальмонеллеза и кампилобактериоза. Изучена динамика распространения антибиотикорезистентных культур Escherichia coli, Salmonella enterica и Campylobacter spp., выделенных от животных на предприятиях АПК в разные годы (2017 - 2024 гг.). Создана коллекция мультирезистентных штаммов - возбудителей социально-значимых бактериозов продуктивных животных.

Впервые разработан и внедрен в лабораторную практику алгоритм изучения генетической характеристики антибиотикорезистентных возбудителей зоонозных болезней на основе метода полногеномного секвенирования.

В рамках межведомственного взаимодействмя НИИ антимикробной химиотерапии (НИИАХ) ГБОУ ВПО «Смоленский государственный медицинский

университет» Минздрава России создана база данных результатов ветеринарного мониторинга антибиотикорезистентности возбудителей зоонозных болезней на онлайн платформе АМКс1о^, которая позволила визуализировать результаты мониторинга резистентности бактерий в Российской Федерации.

Разработаны научно-обоснованные критерии оценки результатов изучения антибиотикорезистентности возбудителей зоонозных болезней на онлайн платформе AMRcloud.

Теоретическая и практическая значимость работы. Во исполнение положений национальной «Стратегии предупреждения распространения антимикробной резистентности в Российской Федерации на период до 2030 года», утверждённой распоряжением Правительства Российской Федерации от 25.09.2017 N 2045-р, подготовлены рабочие программы и календарные планы научно-исследовательских работ на 2017-2030 гг., утвержденные Россельхознадзором.

Проведены мониторинговые исследования по определению устойчивых возбудителей бактериальных инфекций животных к антимикробным препаратам, используемым в ветеринарии, в рамках которых изучен нозологический профиль возбудителей социально-значимых бактериальных инфекций (эшерихиоза, сальмонеллёза и кампилобактериоза), выделенных из фекалий продуктивных животных на предприятиях АПК.

Подготовлены «Методические рекомендации по организации и проведению мониторинга резистентности возбудителей зоонозных болезней к антимикробным средствам», рекомендованные к утверждению на Учёном совете ФГБУ «ВГНКИ» (протокол от 17 апреля 2025 г. № 2) и предназначенные для использования специалистами государственной ветеринарной службы Российской Федерации (приложение 1).

Разработаны научно-обоснованные критерии для создания и оценки ветеринарной базы данных антибиотикорезистентных возбудителей зоонозных болезней, опубликованные в практическом руководстве

«Антибиотикорезистентность зоонозных и индикаторных бактерий, выделяемых

от продуктивных животных» (приложение 2). База данных создана для визуализации результатов исследований и необходима для проведения оценки и анализа антибиотикорезистентности возбудителей социально-значимых бактериальных инфекций животных как в отдельных регионах Российской Федерации, так и комплексно в масштабах страны.

Создана база данных «Программа мониторинга антибиотикорезистентности зоонозных и комменсальных бактерий, выделенных от продуктивных животных» (приложение 3).

На основании результатов исследований издан приказ Минсельхоза России от 18.11.2021 № 771 «Перечень лекарственных препаратов, предназначенных для лечения инфекционных и паразитарных болезней животных, вызываемых патогенными микроорганизмами и условно-патогенными микроорганизмами, в отношении которых вводится ограничение на применение в лечебных целях, в том числе для лечения сельскохозяйственных животных». Разработаны ПЦР методики:

1. «Методика выявления генов, кодирующих ß-лактамазы CTX-M и CMY типов у бактерий семейства Enterobacteriaceae методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме «реального времени»; утверждена директором ФГБУ «ВГНКИ» 30.12.2020 г. (аспиранткой Путинцевой А. В. под научным руководством Ивановой О.Е.);

2. «Методика выявления генов устойчивости к сульфаниламидам sul1 и к триметоприму dfrA12 у бактерий семейства Enterobacteriaceae методом ПЦР с детекцией в режиме «реального времени»; утверждена директором ФГБУ «ВГНКИ» 29.12.2022 г. (приложение 4);

На основе результатов собственных исследований была разработана и зарегистрирована в Федеральной службе по интеллектуальной собственности база данных генов вирулентности российских штаммов Salmonella, предназначенных для использования при разработке средств вакцинопрофилактики сальмонеллеза сельскохозяйственных животных, (приложение 5).

Созданы симбиотические консорциумы штаммов-пробионтов:

- L. rhamnosus ВКШМ-Б-24ПД и L. plantarum ВКШМ-Г-06ПД;

- L. salivarius ВКШМ-Г-08ПД и L. fermentum ВКШМ-Б-25ПД;

- L. salivarius ВКШМ-Г-08Ц# и L. crispatus ВКШМ-Б-26ПД.

Их изучение показало, что симбиотические консорциумы пробиотических штаммов обладают высокой антагонистической активностью по отношению к антибиотикорезистентным возбудителям социально-значимых бактериозов животных (E. coli, S. enterica и C. jejuni).

Для контроля качества исследований по определению чувствительности микроорганизмов к антимикробным средствам, контроля качества лекарственных препаратов, проведения исследований по диагностике инфекционных болезней животных (эшерихиоза, сальмонеллёза и кампилобактериоза) пригодны штаммы из созданной нами коллекции мультирезистентных штаммов-возбудителей социально-значимых бактериозов продуктивных животных.

Изучены и селекционированы штаммы лактобактерий, обладающие пробиотическими свойствами, для разработки средств профилактики эшерихиоза, сальмонеллёза и кампилобактериоза сельскохозяйственных животных.

Материалы диссертационной работы внедрены в учебный процесс:

- при проведении лекций и семинаров по темам: «Антибиотикорезистентность. Меры по её сдерживанию», «Отбор проб сырья, продукции животного происхождения и кормов для животных», «Микробиологический контроль сырья и продукции животного происхождения» на базе учебного центра ФГБУ «ВГНКИ» с целью повышения квалификации ветеринарных врачей Государственной ветеринарной службы субъектов РФ и территориальных управлений Россельхознадзора;

- в работе Государственной экзаменационной комиссии Российского университета дружбы народов им. Патриса Лумумбы.

Методология и методы исследования. В диссертационной работе использованы классические и высокотехнологичные аналитические методы (микробиологические, серологические, молекулярно-генетические и статистические исследования), направленные на изучение культуральных, морфологических, биохимических и других свойств E. coli, S. enterica, C. jejuni, выделенных от продуктивных животных и Lactobacillus spp, обладающих пробиотическими свойствами. Для проверки чувствительности выделенных бактериальных культур к антимикробным средствам использован международный метод серийных разведений. Для изучения механизмов резистентности использованы молекулярно-генетические методы с применением полногеномного секвенирования и ПЦР в режиме реального времени.

Основные положения, выносимые на защиту:

1. Нозологический профиль бактериальных возбудителей зоонозных болезней - эшерихиоза, сальмонеллеза и кампилобактериоза.

2. Методики выявления генов устойчивости к антибактериальным средствам у бактерий семейства Enterobacteriaceae методом ПЦР с гибридизационно-флуоресцентной детекцией в режиме «реального времени», позволяющие проводить экспресс-выявление генов антибиотикорезистентности в биоматериале от животных, в пробах из окружающей среды, из продовольственного сырья, в том числе без предварительного изолирования чистых культур микроорганизмов, и могут применяться в рамках комплексного ветеринарного мониторинга антибиотикоре-зистентности.

3. База данных антибиотикорезистентных возбудителей социально-значимых бактериозов животных, размещённая на онлайн-платформе AMRcloud, публично доступная для профессионального сообщества.

4. Коллекция мультирезистентных штаммов возбудителей социально-значимых бактериозов животных (E. coli, Salmonella enterica и Campylobacter jejuni) с учётом их фенотипической и генетической резистентности.

5. Консорциумы пробиотических штамов бактерий, ингибирующих рост антибиотикорезистентных E. coli, S. enterica и C. jejuni.

6. Система биоконтроля антибиотикорезистентности возбудителей зо-онозных болезней, включающая изучение нозологического профиля E. coli, S. enterica и Campylobacter spp, совершенствование диагностики, направленной на выявление генов резистентности на основе ПЦР и профилактики зоонозных инфекций с помощью разработанных симбиотических консорциумов лактобактерий.

Степень достоверности результатов исследования. Результаты научно-исследовательской работы и выводы обоснованы, получены экспериментальным путём и подтверждены большим объёмом лабораторных исследований, степень достоверности которых подтверждается их статистической обработкой и анализом.

Основные положения и результаты исследований одобрены на заседаниях Учёного совета ФГБУ «ВГНКИ» и на заседаниях научно-технического совета Россельхознадзора (протоколы заседания секции ветеринарного надзора НТС Россельхознадзора: № 11 от 21.12.2017 г, № 1 от 13.03.2019 г., № 3 от 27.02.2020 г., № 2 от 12.02.2021 г., № 2 от 04.02.2022 г., № 1 от 23.01.2023 г., № 4 от 19.01.2024 г.). г.

Личный вклад автора. Настоящая диссертационная работа представляет собой авторское научное исследование. Личный вклад диссертанта состоит в непосредственном выполнении научных изысканий: постановке целей и задач; определении объектов и методов изучения; проведении опытной и экспериментальной работы; обработке и интерпретации полученных результатов; формулировке выводов; апробации итогов исследований на учёных советах ФГБУ «Всероссийский государственный Центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов» (ФГБУ «ВГНКИ»), научно-технических советах Россельхознадзора, научных конференциях, в том числе международных, и подготовке публикаций, раскрывающих основные положения и результаты исследования.

Особую благодарность автор выражает д.в.н. профессору, член-корреспонденту РАН А.А. Комарову за оказание консультативной и методической помощи при выборе приоритетного направления диссертационной работы, посвященной изучению проблемы антибиотикорезистентности возбудителей зоонозных болезней, организации мониторинговых исследований и основных тенденций, направленных на совершенствование средств профилактики инфекционных болезней животных.

Искренние слова признательности адресованы коллегам НИИ антимикробной химиотерапии ГБОУ ВПО «Смоленский государственный медицинский университет» Минздрава России: д.м.н., профессору, член-корреспонденту РАН Р.С. Козлову, д.м.н. А.Ю. Кузьменкову и к.б.н. М.В. Эйдельштейну за плодотворное межведомственное взаимодействие при организации мониторинговых исследований и за возможность размещения результатов ветеринарного мониторинга антибиотикорезистентности возбудителей зоонозов на платформе АМКс1о^.

Бесценна консультативная и методическая помощь главного научного сотрудника отдела санитарной и клинической микробиологии, д.б.н. С.М. Боруновой и заведующего отделом микологии, к.в.н. М.Г. Маноян.

Диссертант признателен научным сотрудникам научно-технологической лаборатории: д.в.н. М.К. Пирожкову, д.в.н. О.Д. Склярову и к.в.н. С.В. Ленёву за плодотворное сотрудничество по идентификации возбудителей социально-значимых бактериозов животных.

Выезды на животноводческие комплексы с целью отбора образцов осуществлялись совместно с сотрудниками отдела санитарной и клинической микробиологии: д.в.н. С.М. Боруновой и главным специалистом Д.А. Рудняевым.

Большую методическую помощь в организации микробиологических исследований образцов фекалий от продуктивных животных оказывали сотрудники отдела санитарной и клинической микробиологии: Д.А. Блюменкранц, А.В. Гончарова и М.А. Егорева.

В интерпретации результатов исследований проверки чувствительности изолятов бактерий по критериям CLSI и EUCAST принимал непосредственное участие старший научный сотрудник отдела безопасности пищевой продукции и кормов Д.А. Макаров.

Молекулярно-генетические исследования проводились совместно с сотрудниками отдела молекулярной биологии: полногеномное секвенирование стало итогом коллективной деятельности с заведующим отделом Солтынской И.В. и к.б.н. Крыловой Е.В.; биоинформатический анализ результатов полногеномного секвенирования осуществлялся в союзе с к.б.н. А.Н. Богомазовой и к.б.н. В.Д. Гордеевой; выявление генов резистентности методом ПЦР стало возможным благодаря участию сотрудников: Н.А. Кирсановой, Ю.А. Осиповой и аспирантов А.В. Путинцевой, И.А. Тимофеевой.

Изучение пробиотических свойств симбиотических консорциумов лактобактерий было реализовано при содействии главного научного сотрудника отдела д.в.н. Н.И. Малик, д.б.н. профессора ОАО «Институт инженерной иммунологии» В.М. Абрамова и старшего преподавателя кафедры химии и физиологии ФГБОУ ВО «Санкт-Петербургский Государственный университет ветеринарной медицины», к.б.н. И.Н. Никонова.

Вклад коллег отражен в наших коллективных публикациях. Всем партнерам, оказавшим консультационную, методическую и непосредственную помощь при организации и проведении исследований, а также при подготовке совместных публикаций, отражающих основные направления и результаты исследования, автор выражает глубокую благодарность и искреннюю признательность.

Апробация результатов исследования. Результаты исследований представлены и обсуждены на учёных советах ФГБУ «ВГНКИ», научно-технических советах Россельхознадзора, агропромышленных выставках, научных конференциях:

- Италия, Рим в рамках 9-й Международной конференции по антимикробным средствам в ветеринарной медицине (9th International Conference on Antimicrobial Agents in Veterinary Medicine), 2018 г.;

- специальная межправительственная рабочая группа комиссии Codex Alimentarius по антибиотикорезистентности в Южной Корее, Пхёнчане, 2019 г.;

- 23-я Всероссийская агропромышленная выставка «Золотая осень», 2021 г.;

- форум «Животноводство будущего». Изменения в законодательстве в отношении хранения и применения антимикробных средств в Сколково на международной выставке животноводства, племенного дела и кормопроизводства Agros Expo, 2021 г.;

- 24-я Всероссийская агропромышленная выставка «Золотая осень», 2022 г.;

- Всемирная неделя правильного использования противомикробных препаратов (совместно с ФАО, ВОЗ, ВОЗЖ, ЮНЕП), 2022 г.;

- третья Министерская конференция по вопросу устойчивости к противомикробным препаратам в г. Маскат (Оман), по итогам которой был принят Маскатский Министерский Манифест по устойчивости к противомикробным препаратам, 2022 г.;

- конференция с международным участием «Пищевая безопасность и совместные усилия по снижению устойчивости к противомикробным препаратам», проводимой под эгидой Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор) при техническом содействии Продовольственной и сельскохозяйственной организации Объединенных Наций (ФАО), 2022 г.;

- Международная научно-практическая конференция «Социально значимые инфекции сельскохозяйственных животных: меры профилактики и борьбы», при участии представителей ФАО и Всемирной организации по охране здоровья животных (World organization for animal health (WOAH) в Москве, 2022 г.,

- Уральский ветеринарный фестиваль в г. Екатеринбурге, 2023 г.;

- Второй научный форум «Генетические ресурсы России», под эгидой Вавиловского общества генетиков и селекционеров г. Санкт-Петербурге, 2023 г.;

- Всероссийская агропромышленная выставка «Золотая осень», в РГАУ-МСХА им. К.А. Тимирязева, 2023 г.;

Материалы исследований представлены на международных выставках:

- Международная выставка кормов, кормовых добавок, ветеринарии и оборудования Кормвет в г. Москве, Крокус Экспо, 2024 г.;

- Международная выставка технологий производства и переработки картофеля и овощей Potatohorti в г. Москве, 2024 г.;

- Международная выставка и саммит Мясная промышленность индустрия холода для АПК и Куриный король в г. Москве, Крокус Экспо, 2024 г.

Публикации. По теме диссертации опубликована 61 научная статья, 13 из которых - в журналах, рекомендованных ВАК Минобрнауки РФ и журналах, включённых в «белый» список ФГБУ «Российский центр научной информации», получены патенты и созданы базы данных - 12, написано 1 практическое руководство (монография), изданы материалы конференций - 23.

Объем и структура диссертации. Диссертация изложена на 355 страницах машинописного текста и включает в себя: введение, обзор литературы, результаты собственных исследований, обсуждение полученных результатов, заключение, библиографический список использованной литературы, приложения. Работа иллюстрирована таблицами в количестве - 64, диаграммами - 38, графиками - 2, фотоматериалами - 15, рисунками - 8. Список используемой литературы включает 336 источников, в том числе 112 - отечественных и 224 - зарубежных авторов.

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Иванова Ольга Евгеньевна, 2025 год

8. Список использованной литературы

1. Amrcloud: новая парадигма мониторинга антибиотикорезистентности / А. Ю. Кузьменков, А. Г. Виноградова, И. В. Трушин [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2019. - Т. 21, № 2. - С. 119124. URL: https://cons.vgnki.ru/cgi/online.cgi?req=doc&base=OTN&n=25751&cacheid=0B6 A95C4E3284ED4372D018A24A6132A&mode=splus&rnd=xFnLHvUVsdC4ihZ9 #v8WOHvULdtTvPDS7

2. VET01-A4 Performance Standards for Antimicrobial Disk and Dilution Susceptibility Tests for Bacteria Isolated From Animals, Approved Standard -Fourth Edition. - Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI), 2015. - 128 p.

- ISBN 1-56238-908-4

3. Анализ мобильных генетических элементов в изолятах бактерий, выделенных при ветеринарном мониторинге резистентности / А. С. Пырсиков, Е. В. Крылова, И. В. Солтынская [и др.] // Генетические и радиационные технологии в сельском хозяйстве : сборник докладов II Международной молодежной конференции, Обнинск, 19-20 октября 2023 года. - Обнинск : Всероссийский научно-исследовательский институт радиологии и агроэкологии, 2023. - С. 76 -78. - EDN UVTYYS.

4. Анализ полногеномной последовательности изолятов Campylobacter spp. с множественной лекарственной устойчивостью / О. В. Прасолова, И. А. Тимофеева, О. Е. Иванова, В. А. Грицюк // Молекулярная диагностика: сборник трудов, Москва, 21 октября 2021 года. - Москва: Илига, 2021. - Т. 2.

- С. 163-164. - EDN UXHMLP.

5. Антибиотикорезистентность Enterobacteriaceae в микробиомах цыплят-бройлеров / А. С. Кривоногова, И. М. Донник, А. Г. Исаева [и др.] // Техника и технология пищевых производств / Food Processing: Techniques and Technology. - 2023. - Т. 53, № 4. - С. 710-717. - D0I.10.21603/2074-9414-2023-4-2472.

6. Антибиотикорезистентность зоонозных и индикаторных бактерий, выделяемых от продуктивных животных: практическое руководство / Д. А. Макаров, О. Е. Иванова, А. Г.Виноградова [и др.] // СГМУ. - Смоленск : Высшая школа, 2023. - 79 с. - ISBN 978-5-9903685-0-7.

7. Антибиотикорезистентность клинических изолятов Escherichia coli, выделенных от животных / М. Н. Исакова, О. В. Соколова, Н. А. Безбородова [и др.] // Ветеринария сегодня. - 2022. - Т. 11, № 1. - С. 14-19. - DOI 10.29326/2304-196X-2022-11-1-14-19.

8. Антибиотикорезистентность сальмонелл и разработка тест-систем для выявления маркеров резистентности к аминогликозидам / С. А. Стрельченко, С. В. Ленев, О. Д. Скляров [и др.] // Сборник трудов международной научной конференции ВГНКИ. Лекарственные препараты для животных. Разработка, производство, эффективность и качество. - Москва: Типография Момент, 2011. - С. - 44-45. - ISBN 978-5-903926-17-6.

9. Антибиотикочувствительность листерий, выделенных из пищевых продуктов / Г. С. Скитович, К. В. Серова, Н. Б. Шадрова, О. В. Прунтова // Ветеринария сегодня. - 2017. - № 2. - С. 13-16.

10. Блинкова, Л. П. Свойства некультивируемых и покоящихся форм микроорганизмов / Л. П. Блинкова, Ю. Д. Пахомов, Л. Г. Стоянова // Иммунопатология, аллергология, инфектология. - 2010. - № 3. - С. 67-76.

11. Бухарин, О. В. Механизмы персистенции бактериальных патогенов / О. В. Бухарин // Вестник Российской Академии медицинских наук. - 2000. - № 2. -С. 43-49.

12. Ветеринарный мониторинг антимикробной резистентности в Российской Федерации / О. Е. Иванова, А. Н. Панин, С. Ю. Карабанов [и др.] // Аграрная наука. - 2021. - № S4. - С. 7-11. - DOI 10.32634/0869-8155-2021-347-4-7-11. -EDN PSEIGS.

13. Видовая идентификация и антибиотикорезистентность бактерий рода Streptococcus spp и Enterococcus spp., выделенных от сельскохозяйственной птицы / О. Б. Литвинов, В. Е. Брылина, Е. Е. Садовая Е. Е. [и др.] // Сборник

трудов научно-практической конференции. Актуальные проблемы ветеринарной медицины, зоотехнии, биотехнологии и экспертизы сырья и продуктов животного происхождения. - Москва: 2022. - С. - 302-304. -

14. Выявление генетических детерминант резистентности к тетрациклинам и фторхинолонам в рамках ветеринарного мониторинга / О. В. Прасолова, И. В. Солтынская, О. В. Иванова, А. В. Путинцева // Знания молодых для развития ветеринарной медицины и АПК страны: материалы X юбилейной международной научной конференции студентов, аспирантов и молодых ученых, посвященной году науки и технологий, Санкт-Петербург, 23-24 ноября 2021 года. - Санкт-Петербург: Санкт-Петербургский государственный университет ветеринарной медицины, 2021. - С. 293-294. - EDN DSHNLU.

15. Выявление генов Р-лактамаз CTX-M в изолятах Salmonella enterica и Escherichia coli, выделенных в рамках ветеринарного мониторинга антибиотикорезистентности / И. А. Тимофеева, А. В. Путинцева, Е. В. Крылова [и др.] // Молекулярная диагностика и биобезопасность - 2020 : сборник материалов Всероссийской научно-практической конференции с международным участием, Москва, 19-20 марта 2020 года. - Москва : Федеральное бюджетное учреждение науки "Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, 2020. -С. 139. - EDN YEZXUX.

16. ГОСТ ISO 20776-1. Клинические лабораторные испытания и испытательные системы для диагноститки in vitro. Испытания инфекционных агентов на чувствительность и оценивание функционирования приборов для испытаний на антимикробную чувствительность. Ч. 1. Эталонный метод испытания действия in vitro антимикробных агентов против быстрорастущих аэробных бактерий, участвующих в инфекционных заболеваниях: международный стандарт. - 1-е изд. - Москва: Стандартинформ, 2006. - 6 с. - URL: https://cdn. standards. iteh.ai/samples/41630/deea52866b8d4e5a87febf96d4916dee/I S0-20776-1-2006.pdf.

17. Гостев, В. В. Бактериальные биопленки и инфекции / В. В. Гостев, С. В. Сидоренко // Журнал инфектологии. - 2010. - Т. 2, № 3. - С. 4-15.

18. Донник, И. М. Антибиотикорезистентность: актуальность возрастает / И. М. Донник // Животноводство России. - 2022. - № 4. - С. 27-28. -D0I:10.25701/ZZR.2022.04.04.010

19. Забровская, А. В. Чувствительность к антимикробным препаратам микроорганизмов, выделенных от сельскохозяйственных животных и из продукции животноводства / А. В. Забровская // Farm Animals. - 2013. - № 1. -С. 78-83.

20. Землянко, О. М. Механизмы множественной устойчивости бактерий к антибиотикам / О. М. Землянко, Т. М. Рогоза, Г. А. Журавлева // Экологическая генетика. - 2018. - Т. 16, № 3. - С. 4-17. - doi: 10.17816/ecogen1634-17.

21. Иванова, О. Е. Ветеринарно-санитарная оценка и совершенствование методов детекции и идентификации бактерий рода Campylobacter в мясе птицы: диссертация кандидата ветеринарных наук / Иванова Ольга Евгеньевна. -Москва, 2017. - 154 с. - EDN IYXKHC.

22. Иванова, О. Е. Индикация биопленок и некультивируемых микроорганизмов при мониторинге социально значимых болезней сельскохозяйственных животных / О. Е. Иванова, Д. А. Блюменкранц, А. В. Гончарова // Экономически и социально значимые инфекции сельскохозяйственных животных: меры профилактики и борьбы: материалы Международной научно-практической конференции, Москва, 15 декабря 2022 года. - Москва: Сельскохозяйственные технологии, 2022. - С. 80-87. - EDN XLBHNM.

23. Идентификация генов резистентности в рамках ветеринарного мониторинга / О. В. Прасолова, Е. В. Крылова, И. В. Солтынская [и др.] // Международный вестник ветеринарии. - 2023. - № 2. - С. 77-85. - DOI 10.52419/issn2072-2419.2023.2.77. - EDN RLYPCS.

24. Изучение антибитикорезистентности сальмонелл, выделенных от животных и из пищевых продуктов животного происхождения на территории Российской

Федерации / О. Н. Виткова, О. Е. Иванова, С. Б. Базарбаев, В. И. Белоусов // Ветеринария Кубани. - 2015. - № 2. - С. 11-15. - EDN TPPJDX.

25. Изучение микробных сообществ мясоперерабатывающих предприятий / А. А. Семенова, Ю. К. Юшина, М. А. Грудистова [и др.] // Новые технологии в медицине, биологии, фармакологии и экологии: материалы Международной конференции NT + Ы&ЕсЛ2020. Весенняя сессия, Гурзуф, 31 мая - 10 июня 2021 года. - Москва: Институт новых информационных технологий, 2021. -С. 184-189. - DOI 10.47501/978-5-6044060-1-4.30. - EDN SBTEXP.

26. Изучение молекулярных механизмов резистентности к аминогликозидным антибиотикам возбудителей сальмонеллеза / А. В. Зубрицкий, Е. Н. Ильина, С. А. Стрельченко [и др.] // Антибиотики и химиотерапия. - 2011. - Т. 56, № 9-10.

- С. 7-12.

27. Изучение с помощью «тепловых» карт MALDI-TOF-MS близкородственных свойств изолятов, выделенных на птицефабриках в российской федерации / О. Е. Иванова, Д. А. Блюменкранц, М. А. Егорева [и др.] // Материалы III Международной Научно-практической конференции «Социально-значимые инфекции сельскохозяйственных животных: меры профилактики и борьбы», 12-13 декабря 2024. - Москва : ВГНКИ, 2024. - С. 17-28.

28. Использование антибиотиков и фитобиотиков у продуктивной птицы / Кривоногова А. С., Исаева А. Г., Логинов Е. А., [и др.] // Ветеринария Кубани.

- 2023. - № 3. - С. 39-42. - DOI 10.33861/2071-8020-2023-3-39-42.

29. Использование метагеномных образцов, собранных на предприятиях АПК, для ПЦР-исследований в рамках ветеринарного мониторинга антибиотикорезистентности бактерий / А. Н. Богомазова, Е. В. Крылова, В. Д. Гордеева [и др.] // Фундаментальные и прикладные аспекты микробиологии в науке и образовании: материалы международной научно-практической конференции, Рязань, 25-26 мая 2022 года. - Рязань: Рязанский государственный медицинский университет имени академика И. П. Павлова, 2022. - С. 66-69. - EDN YQIXKE.

30. Использование полногеномного секвенирования для характеристики мультирезистентных изолятов E. coli, выделенных от сельскохозяйственных животных в Российской Федерации / Е. В. Крылова, И. В. Солтынская, А. В. Путинцева [и др.] // Экономически и социально значимые инфекции сельскохозяйственных животных: меры профилактики и борьбы : материалы Международной научно-практической конференции, Москва, 15 декабря 2022 года. - Москва : Сельскохозяйственные технологии, 2022. - С. 88-102. - EDN WMBOAD.

31. Использование полногеномного секвенирования для характеристики референтных штаммов бактерий из коллекции ФГБУ "ВГНКИ" / Е. В. Крылова, И. В. Солтынская, В. Д. Гордеева [и др.] // Фундаментальные и прикладные аспекты микробиологии в науке и образовании : материалы III международной научно-практической конференции, Рязань, 27-28 мая 2024 года. - Рязань : ФГБОУ ВО РязГМУ Минздрава России, кафедра микробиологии ГБУ РО «Консультативно-диагностический центр». - С. 6974. - EDN DGCHRB.

32. Исследование резистентности бактериальных возбудителей желудочно-кишечных и респираторных болезней поросят к антимикробным препаратам / А. Г. Шахов, Л. Ю. Сашнина, М. И. Лебедев, Е. В. Лебедева // Доклады Российской академии сельскохозяйственных наук. - 2011. - № 2. - С. 53-55.

33. Исследование устойчивости к антимикробным средствам зоонозных бактерий, выделенных от продуктивных животных и из пищевой и кормовой продукции / А. А. Комаров, С. Ю. Карабанов, Д. А. Макаров [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2019. - Т. 21, №2 S1. - С. 37. - EDN WDIPEU.

34. Консорциум штаммов пробиотических микроорганизмов для профилактики зооантропонозных инфекций: разработка и перспективы использования в птицеводстве / А. Н. Панин, И. Н. Никонов, В. М. Абрамов [и др.] // Материалы III Международной Научно-практической конференции «Социально-

значимые инфекции сельскохозяйственных животных: меры профилактики и борьбы», 12-13 декабря 2024. - Москва : ВГНКИ, 2024. - С. 6-16.

35. Консорциум штаммов пробиотических микроорганизмов для профилактики зооантропонозных инфекций: разработка и перспективы использования в птицеводстве / А.Н. Панин, И. Н. Никонов, В. М. Абрамов [и др.] // Мировое и российское птицеводство: динамика и перспективы развития - научные разработки по генетике и селекции сельскохозяйственной птицы, кормлению, инновационным технологиям производства и переработки яиц и мяса, ветеринарии, экономики отрасли : материалы XXI Международной конференции, Сергиев Посад, 23-25 сентября 2024 года. - Сергиев Посад : Федеральный научный центр "Всероссийский научно-исследовательский и технологический институт птицеводства" (ФНЦ "ВНИТИП"), 2024. - С. 399404. - EDN PMKIAY.

36. Куликовский, А. В. Мониторинг сальмонеллезов в странах ЕС и Российской Федерации / А. В. Куликовский, А. Н. Панин // Ветеринария. - 2017. - № 2. - С. 3-6.

37. Куликовский, А. В. Распространение некоторых пищевых зоонозов в странах ЕС [обзор литературных данных] / А. В. Куликовский, А. Н. Панин, Е. В. Тарасенко // Ветеринария. - 2015. - № 12. - С. 3-6.

38. Макавчик, С. А. Антибиотикорезистентность микроорганизмов рода Staphylococcus aureus, изолированных от животных / С. А. Макавчик, А. Л. Кротова // Международный вестник ветеринарии. - 2021. - № 3. - С. 103-107. - DOI: 10.17238/issn2072-2419.2021.3.103.

39. Методические рекомендации 24 ФЦ/976. Методы выявления патогенных микроорганизмов с использованием хроматографических экспресс-тестов производства Merck. - Москва : Федеральный центр Госсанэпиднадзора Минздрава России, 2004. - URL: https: //mibio. ru/docs/ 110/mr-singlepath.pdf.

40. Методические рекомендации. Лабораторная диагностика кампилобактериоза сельскохозяйственных и домашних животных. - Москва : ФГБНУ «Росинформагротех», 2023. - 52 с. - ISBN 978-5-7367-1760-6.

41. Методические указания 13-7-2/2117 по лабораторной диагностике колибактериоза (эшерихиоза) сельскохозяйственных животных, утв. Минсельхозпродом России, 2000. - 15 с.

42. Методические указания Идентификация микроорганизмов с применением масс-спектрометра MALDI Biotyper microflex при исследовании продовольственного сырья и пищевых продуктов. - Москва : Федеральное государственное бюджетное учреждение «Центральная научно-методическая ветеринарная лаборатоия», 2014. - 22 с.

43. Методы определения чувствительности зоонозных бактерий к антибиотикам / Д. А. Макаров, А. С. Пырсиков, О. Е. Иванова [и др.] // Ветеринария, зоотехния и биотехнология. - 2025. - № 2. - С. 107-122. - DOI: 10.36871/vet.zoo.bio.202502112. - EDN KERQJR.

44. Молекулярно-генетическая и фенотипическая оценка бактерий, выделенных при ветеринарном мониторинге резистентности / А. С. Пырсиков, Е. В. Крылова, И. В. Солтынская [и др.] // Генетические и радиационные технологии в сельском хозяйстве : сборник докладов III международной молодежной конференции, Обнинск, 23-24 октября 2024 года. - Обнинск : НИЦ "Курчатовский институт" - ВНИИРАЭ. - С. 76-79. - EDN HOXPHQ.

45. Молекулярно-генетическая характеристика полирезистентных штаммов Listeria monocytogenes и идентификация новых сиквенс-типов / Е. И. Асташкин, Е. А. Алексеева, В. Н. Борзенков [и др.] // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. - 2021. - Т. 39, № 4. - С. 3-13. - DOI: 10.17116/molgen2021390413.

46. МУ 4.2.4070-24. Лабораторная диагностика сальмонеллезов, обнаружение сальмонелл в пищевых продуктах и объектах окружающей среды. - Москва : «Бюллетень нормативных и методических документов Госсанэпиднадзора», 2024. - № 4. - 150 с.

47. Музыка, Н. Н. Оценка антибиотикорезистентности перед применением антимикробных препаратов у птицы / Н. Н. Музыка, А. В. Белецкая

//Актуальные проблемы интенсивного развития животноводства. - 2020. - № 23 -2. - С. 183-189. - EDN ZUWSDO.

48. МУК 4.2.1890-04. Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам. - Москва : Федеральный центр Госсанэпиднадзора Минздрава России, 2004. - 74 с.

49. МУК 4.2.2963-11. Методические указания по лабораторной диагностике заболеваний, вызываемых Escherichia coli, продуцирующих шига-токсины (STEC-культуры), и обнаружению возбудителей STEC-инфекций в пищевых продуктах. - Москва: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора, 2011. - 40 с.

50. Мультипараметрическое определение генов и точечных мутаций в них для идентификации бета-лактамаз / М. Ю. Рубцова, М. М. Уляшова, Т. Т. Бахман [и др.] // Успехи биологической химии. - 2010. - Т. 50. - С. 303-348.

51. Новиков, В. В. Антибиотикорезистентность микроорганизмов, выделяемых при эндометрите у коров / В. В. Новиков, Н. Е. Горковенко // Вектор современной науки : сборник тезисов по материалам Международной научно-практической конференции студентов и молодых ученых, 15 ноября 2022 года. - Краснодар : КубГАУ, 2022. - С. 260-261. - ISBN 978-5-907667-92-1.

52. О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2015 году : государственный доклад / Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. — Москва : Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, 2016. — 199 с. - ISBN 978-5-75081488-6. - URL: https: //trade. bashkortostan. ru/documents/active/257580.

53. О Стратегии предупреждения распространения антимикробной резистентности в Российской Федерации на период до 2030 года : распоряжение Правительства Российской Федерации от 25 сентября 2017 года № 2045-р. - URL: https://www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/71677266/?ysclid=m4l30ll3368081 01105.

54. Обзор проблем при регистрации вакцин для животных, содержащих генетически-модифицированные штаммы микроорганизмов / O. В. Прасолова, И. В. Солтынская, А. Н. Богомазова [и др.] // Научные основы производства и обеспечения качества биологических препаратов : материалы Международной научно-практической конференции молодых ученых, Лосино-Петровский, 2728 октября 2022 года. - Лосино-Петровский, 2022. - С. 305-309. - DOI 10.47804/9785899040313_2022_300. - EDN ZLHFFS.

55. Олескин, А. В. Колониальная организация и межклеточная коммуникация у микроорганизмов / А. В. Олескин, И. В. Ботвинко, Е. А. Цавкелова // Микробиология. - 2000. - Т. 69, № 3. - С. 309-327.

56. Олсуфьева, Е.Н. Анализ проблемы антибиотикорезистентности в агропромышленном комплексе / Е. Н. Олсуфьева, В. С. Янковская // Антибиотики и Химиотерапия. - 2024. - Т. 69. - С. 108-132. - DOI: 10.37489/0235-2990-2024-69-9-10-108-132. - EDN: POUZCX

57. Определение антимикробной устойчивости и серотипизация сальмонелл, выделенных из пищевой продукции животного происхождения / С. Ю. Карабанов, Д. А. Макаров, О. В. Карабанова [и др.] // Ветеринария, зоотехния и биотехнология. - 2021. - № 3. - С. 20-26. - DOI 10.36871/vet.zoo.bio.202103003. - EDN JQAUJN.

58. Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам: методические указания. - Москва : Федеральный центр Госсанэпиднадзора Минздрава России, 2004. - 91 с. - URL: https://fües.stroyinf.ru/Data2/1/4293754/4293754463.pdf7vsclid=m4mizuuptf9147 93383.

59. Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам : клинические рекомендации. Версия-2018-03 / Межрегиональная ассоциация по клинической микробиологии и антимикробной химиотерапии. - 206 с. - URL: https://www.antibiotic.ru/files/321/clrec-dsma2018.pdf?ysclid=m4mj2b618g3 8991567.

60. Опыт использования онлайн-платформы AMRcloud для ветеринарного мониторинга антибиотикорезистентности зоонозных бактерий / Д. А. Макаров, С. Ю. Карабанов, Е. В. Крылова [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2020. - Т. 22, № 1. - С. 5359. - DOI 10.36488/cmac.2020.1.53-59. - EDN WDWXZJ.

61. Оценка способов культивирования биоплёнок и индикации некультивируемых жизнеспособных клеток микроорганизмов / Д. А. Блюменкранц, И. Г. Гламаздин, О. Е. Иванова [и др.] // Материалы III Международной Научно-практической конференции «Социально-значимые инфекции сельскохозяйственных животных: меры профилактики и борьбы», 12-13 декабря 2024. - Москва: ВГНКИ, 2024. - С. 37-45.

62. Павлова И. Б. Исследование формирования биопленок патогенными бактериями / И. Б. Павлова, А. Н. Антонова, Е. М. Ленченко // Проблемы ветеринарной санитарии, гигиены и экологии. - 2016. - № 2. - С. 63-70.

63. Панин, А. Н. Пробиотики - неотъемлемый компонент рационального кормления животных / А. Н. Панин, Н. И. Малик // Ветеринария сельскохозяйственных животных. - 2010. - № 10. - С. - 5.

64. Патент № 2504580 C1 МПК C12N 1/20. Пробиотические штаммы Lactobacillus и их консорциум для профилактики и лечения урогенитальных инфекционных заболеваний у женщин: 2012132895/10 : заявл. 01.08.2012 : опубл. 20.01.2014 / В.М. Абрамов, В.С. Хлебников, С.Ю. Пчелинцев [и др.]. - EDN ZFLIVV.

65. Патент № 2506308 C1 МПК C12N 1/20. Консорциум пробиотических штаммов Lactobacillus rhamnosus и Lactobacillus plantarum для изготовления бактериального препарата и закваски прямого внесения для производства ферментированного молока и ферментированного свекольного сока: 2012131794/10 : заявл. 25.07.2012 : опубл. 10.02.2014 / В.М. Абрамов, В.С. Хлебников, С.Ю. Пчелинцев [и др.]. - EDN ZFLUMX.

66. Патент № 2528862 C1 МПК C12N 1/20. Штамм Lactobacillus fermentum, обладающий широким спектром антагонистической активности и пробиотический консорциум лактобактерий для изготовления бактериальных

препаратов: 2013118084/10 : заявл. 19.04.2013 : опубл. 20.09.2014 / В.М. Абрамов, В.С. Хлебников, С.Ю. Пчелинцев [и др.]. - EDN BCBRHV.

67. Патент № 2752895 C1 Российская Федерация, МПК C12N 1/20, C12Q 1/04, C12R 1/01. Штамм бактерий Salmonella enterica VGNKI-11 (ВКШМ-б-848М) в качестве контрольного штамма для фенотипических и молекулярных исследований в диагностике сальмонеллёза: № 2020139894: заявл. 04.12.2020: опубл. 11.08.2021 / О. Е. Иванова, С. В. Ленев, Ю. Н. Крамер [и др.] ; заявитель Федеральное государственное бюджетное учреждение "Всероссийский государственный Центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов". - EDN KEMLCK.

68. Патент № 2782213 C1 Российская Федерация, МПК C12N 1/20. Штамм бактерий Salmonella infantis, используемый в качестве положительного контроля для молекулярно-генетических, а также микробиологических исследований, связанных с определением чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам: № 2021139600 : заявл. 29.12.2021 : опубл. 24.10.2022 / Л. К. Киш, О. Е. Иванова, И. В. Солтынская [и др.] ; заявитель Федеральное государственное бюджетное учреждение "Всероссийский государственный Центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов". - EDN VNPMGL.

69. Патент № 2794156 C1 Российская Федерация, МПК C12Q 1/6806. Набор олигонуклеотидов для выявления генов устойчивости к тетрациклинам из группы tet у бактерий методом ПЦР с детекцией в режиме "реального времени": № 2022118597: заявл. 07.07.2022: опубл. 12.04.2023 / О. Е. Иванова, О. В. Прасолова, Е. В. Крылова [и др.]; заявитель Федеральное государственное бюджетное учреждение "Всероссийский государственный Центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов". - EDN WSBXDG.

70. Патент № 2796348 C1 Российская Федерация, МПК C12N 1/20. Штамм бактерий Campylobacter jejuni для микробиологических исследований, связанных с определением чувствительности микроорганизмов к

антибактериальным препаратам: № 2022132477: заявл. 12.12.2022: опубл. 22.05.2023 / О. Е. Иванова, Л. К. Киш, А. Н. Панин [и др.]; заявитель Федеральное государственное бюджетное учреждение "Всероссийский государственный Центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов" ФГБУ ВГНКИ". - EDN JRGVGC

71. Патент № 2797383 C1 Российская Федерация, МПК C12N 1/20, C12N 15/00, C12R 1/19. Полирезистентный штамм бактерий Escherichia coli для определения бактерицидного действия антибактериальных препаратов в ветеринарии: № 2022127817: заявл. 26.10.2022: опубл. 05.06.2023 / О. В. Прасолова, М. К. Пирожков, О. Е. Иванова [и др.]; заявитель Федеральное государственное бюджетное учреждение "Всероссийский государственный Центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов". - EDN SBNJYI.

72. Патент № 2821556 C1 МПК C12N 1/20. Штамм бактерий Levilactobacillu brevis ВКШМ-Г-07ПД : 2024108239: заявл. 28.03.2024 : опубл. 25.06.2024 / А. Н. Панин, А. В. Карлышев, В. М. Абрамов [и др.] ; заявитель Федеральное государственное бюджетное учреждение "Всероссийский государственный Центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов". - EDN ZYSDZY.

73. Патент № 2822455 C1 МПК C12N 1/20. Штамм Lactobacillus salivarius ВКШМ-Г-08ПД : 2024108069 : заявл. 27.03.2024 : опубл. 05.07.2024 / А. Н. Панин, А. В. Карлышев, В.М. Абрамов [и др.] ; заявитель Федеральное государственное бюджетное учреждение "Всероссийский государственный Центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов". - EDN QFJDRH.

74. Патент № 2824466 C1 МПК C12Q 1/686, C12Q 1/689, C12N 15/00. Олигонуклеотидные праймеры и зонд для выявления фрагмента гена 23S рРНК бактерий семейства Enterococcaceae : 2023128113 : заявл. 31.10.2023 : опубл. 08.08.2024 / И. В. Солтынская, О. В. Прасолова, Е. В. Крылова [и др.] ; заявитель Федеральное государственное бюджетное учреждение

"Всероссийский государственный Центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов". - EDN MDOGAH.

75. Патент № RU 2827608 C1, МПК C12N 1/00, C12N 1/20, C12Q 1/04, A61K 35/74, A61P 1/00. Штамм бактерий Lactobacillus plantarum ВКШМ-Г-06ПД : 2024108230 : заявл. 28.03.2024 опубл. 30.09.2024 / А.Н. Панин, А.В. Карлышев, О.Е. Иванова [и др.] ; заявитель Федеральное государственное бюджетное учреждение "Всероссийский государственный Центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов". - EDN RXDOWM.

76. Пирожков, М. К. Диагностика, специфическая профилактика и лечение при бактериальных болезнях животных / М. К. Пирожков, С. В. Ленев, Е. В. Викторова // Ветеринария. - 2015. - № 1. - С. 24.

77. Пирожков, М. К. Эшерихиоз (колибактериоз) поросят / М. К. Пирожков // Ветеринария сельскохозяйственных животных. - 2011. - № 7. - С. - 37.

78. Полициклические модуляторы стабильности геномных G-квадруплексов / П. Н. Камзеева, С. А. Лизунова, В. Б. Цветков [и др.] // XXXV зимняя молодёжная научная школа "перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии : сборник тезисов, Москва, 07-10 февраля 2023 года. - Москва : Институт биоорганической химии имени М. М. Шемякина и Ю. А. Овчинникова РАН, 2023. - С. 45. - EDN NNXOXT.

79. Полногеномное секвенирование изолятов Listeria monocytogenes, выделенных в рамках мониторинга антибиотикорезистентности / А. С. Пырсиков, И. В. Солтынская, Е. В. Крылова [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия : XXVI Международный конгресс МАКМАХ по антимикробной терапии и клинической микробиологии, Москва, 29-31 мая 2024 года. - Москва : Министерство здравоохранения Российской Федерации, 2024. - С. 47-48. - EDN BEUQIE.

80. Полногеномное секвенирование изолятов Staphylococcus aureus, выделенных из образцов от животных и из окружающей среды на предприятиях АПК в рамках мониторинга антибиотикорезистентности / Е. В. Крылова, Н. А.

Кирсанова, А. В. Путинцева [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2023. - Т. 25, № S1. - С. 34. - EDN UMACNA.

81. Полногеномный анализ антибиотикорезистентности энтерококков, выделенных у северных оленей в России / А. Н. Богомазова, В. Д. Гордеева, Д. А. Макаров [и др.] // Молекулярная диагностика : сборник трудов X юбилейной международной научно-практической конференции, Москва, 0911 ноября 2021 года. - Тамбов : Юлис, 2021. - Т. 2. - С. 218-220. - EDN XOHLYQ.

82. Практическое руководство по антиинфекционной химиотерапии / ред. Л. С. Страчунский [и др.]. - Смоленск : Межрегиональная ассоциация по клинической микробиологии и антимикробной химиотерапии, 2007. - 462 с. -ISBN 5-86064-115-Х.

83. Проблема резистентности к антибиотикам возбудителей болезней, общих для человека и животных / А. Н. Панин, А. А. Комаров, А. В. Куликовский, Д. А. Макаров // Ветеринария, зоотехния и биотехнология. - 2017. - № 5. - С. 18-24.

84. Прозоровский, С. В. L-формы бактерий (механизм образования, структура, роль в патологии) / С. В. Прозоровский, Л. Н. Кац, Г. Я. Каган. - Москва : Медицина, 1981. - 240 с.

85. Происхождение, эволюция и миграция генов лекарственной устойчивости / С. З. Миндлин, М. А. Петрова, И. А. Басс, Ж. М. Горленко // Генетика. - 2006. -Т. 42, № 11. - С. 1495-1511.

86. Проккоева, Ж. А. Особенности бактериологических исследований цыплят, экспериментально инфицированных Salmonella enteritidis, на фоне применения пробиотического биокомплекса / Ж. А. Проккоева // БИО. - 2018. - № 11. - С. 9-11.

87. Прунтова, О. В. Современное представление о механизмах антимикробной резистентности бактерий : (аналитический обзор) / О. В. Прунтова, В. С. Русалеев, Н. Б. Шадрова // Ветеринария сегодня. - 2022. - Т. 11, № 1. - С. 713. - DOI 10.29326/2304- 196X-2022-11-1-7-13. - EDN EKXQQK.

88. Разработка и валидация ПЦР-методики выявления генов группы AADA,

обеспечивающих устойчивость к аминогликозидам бактерий семейства Enterobacteriaceae / Е. В. Крылова, Ю. А. Осипова, О. О. Леухина [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2023. - Т. 25, № S1. - С. 34-35. - EDN DWLCED.

89. Разработка и валидация ПЦР-методики выявления генов резистентности qnrs и QNRB, обеспечивающих устойчивость к фторхинолонам бактерий семейства Enterobacteriaceae / Н. А. Кирсанова, А. В. Путинцева, И. А. Тимофеева [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2022. - Т. 24, № S1. - С. 17-18. - EDN NYLDXJ.

90. Разработка ПЦР методик для комплексного ветеринарного мониторинга резистентности бактерий к антимикробным препаратам / И. В. Солтынская, Е. В. Крылова, А. Н. Богомазова [и др.] // Научные достижения в ветеринарии и животноводстве: от теории к практике : материалы всероссийской научно-практической конференции молодых учёных и специалистов, Екатеринбург, 2024. - Екатеринбург : ФГБНУ УрФАНИЦ УрО РАН, 2024. - 104-109. - EDN TKNWNP.

91. Распространённость и устойчивость к антибиотикам патогенных микроорганизмов, выделенных из мяса различных видов животных / Е. В. Зайко, А. А. Панченко, Д. М. Сатабаева, Д. С. Батаева. // Все о мясе. - 2019. -№ 3. - С. 42-45. - DOI: 10.21329/2071-2499-2019-3-42-45.

92. Резистентность изолятов Enterococcus faecalis и E. coli, выделенных от северных оленей / Д. А. Макаров, О. Е. Иванова, Е. В. Крылова [и др.] // Достижения и проблемы ветеринарной медицины на крайнем севере российской федерации : сборник материалов международной научно-практической конференции, посвященной 115-летию организации Якутской бактериологической лаборатории и проведения научных исследований по ветеринарной медицине в Якутии, Якутск, 07-08 декабря 2023 года. - Якутск : ООО «Компания «Дани-Алмас», 2023. - С. 813-822. - EDN EANXXO.

93. Решедько, Г. К. Определение чувствительности к антибиотикам: методы, результаты, оценка / Г. К. Решедько. - Смоленск : СГМА, 2000. - URL:

http://old.antibiotics.ru/rus/all/articles/absens.shtml?ysclid=m4mh0u19p05798648 08#liter.

94. Рубцова, М. Ю., Уляшова М. М., Бахман Т. Т. Мультипараметрическое определение генов и точечных мутаций в них для идентификации бета-лактамаз / М. Ю. Рубцова, М. М. Уляшова, Т. Т. Бахман // Успехи биологической химии. - 2010. - Т. 20. - С. 303-348.

95. Руководство пользователя MALDI Biotyper 3.0. - Bruker Daltonik GmbH, редакция, 2011 г. - 119 с.

96. Ручко, Е. Н. Антибиотикорезистентность микроорганизмов рода Staphylococcus, выделенных от животных Омской области / Е. Н. Ручко, Н. А. Лещева, В. И. Плешакова // Вестник Красноярского государственного аграрного университета. - 2022. - № 8. - С. 116-121.

97. Рыбальченко, О. В. Морфо-физиологические аспекты взаимодействий микроорганизмов в микробных сообществах : диссертация ... доктора биологических наук: 03.00.23 / Рыбальченко Оксана Владимировна. - Санкт-Петербург, 2003. - 337 с.

98. Светоч, Э. А. Антибиотикорезистентность культур Enterococcus spp., выделенных от промышленной птицы в 2013-2016 гг. в хозяйствах Российской Федерации, и детекция у них генов резистентности к ванкомицину / Э. А. Светоч, М. Г. Теймуразов, О. И. Тазина // Альманах клинической медицины. -2017. - № 45. - С. 138-146.

99. Свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2024621355. База данных генов вирулентности российских штаммов Salmonella, предназначенных для профилактики сальмонеллеза сельскохозяйственных животных: 2024620750 : заявл. 07.03.2024 : опубл. 28.03.2024 / О. Е. Иванова, А. С. Пырсиков, И. В. Солтынская [и др.] ; заявитель Федеральное государственное бюджетное учреждение "Всероссийский государственный Центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов". - EDN KNXBBA.

100. Свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2024622488.

Генетические детерминанты резистентности, идентифицированные с помощью полимеразной цепной реакции у разных видов животных и на объектах их содержания в 2020-2022 годах : 2024622237 : заявл. 31.05.2024 : опубл. 05.06.2024 / О. В. Прасолова, А. С. Пырсиков, И. А. Тимофеева [и др.] ; заявитель Федеральное государственное бюджетное учреждение "Всероссийский государственный Центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов". - EDN BWLSMJ.

101. Свидетельство о регистрации базы данных № RU 2025621396, Российская Федерация. Программа мониторинга антибиотикорезистентности зоонозных и комменсальных бактерий, выделенных от продуктивных животных : № 2025620975 : заявл. 12.03.2025 : опубл. 27.03.2025 / Д.А. Макаров, А.С. Пырсиков, О.Е. Иванова [и др.] ; заявитель Федеральное государственное бюджетное учреждение "Всероссийский государственный Центр качества и стандартизации лекарственных средств для животных и кормов". - EDN RSIEXL.

102. Семина, А. Н. Изучение генома сальмонелл для специфического определения

ЕШвп&з, Б. 1п/апИз и ТурЫтипит / А. Н. Семина, О. Б. Новикова, С. Р. Абгарян // Эффективное животноводство. - 2018. - №. 9 (148). - С. 6-6.

103. Сидоренко, С. В. Молекулярные механизмы устойчивости грамотрицательных бактерий семейства ЕШегоЪа^впасвав к цефалоспориновым антибиотикам / С. В. Сидоренко, А. Г. Березин, Д. В. Иванов // Антибиотики и химиотерапия. - 2004. - Т. 49, № 3. - С. 6-16.

104. Создание синергического синбиотика на основе консорциума штаммов лактобацилл Ыто811ас1оЪасШш fermentum 3872, LigilactoЪacillus заНуапш 7247 и пребиотика актиген для профилактики сальмонеллёза у человека и сельскохозяйственных животных / А. М. Маноян, А. В. Мачулин, Т. Т. Папазян [и др.] // Биомедицина. - 2024. - Т. 20, № S3. - С. 59-64. - DOI: 10.33647/2713-0428-20-3Е-59-64. - EDN OEMQCU.

105. Тищенко, А. С. Видовой состав микроорганизмов семейства Е^егоЪа^впасвав, выделенных от телят при острых кишечных болезнях / А.

С. Тищенко // Итоги научно-исследовательской работы за 2017 год : сборник статей по материалам 75-й научно-практической конференции преподавателей, Краснодар, 14 марта 2018 года. - Краснодар : Кубанский государственный аграрный университет имени И. Т. Трубилина, 2018. - С. 181-182. - EDN YWHNDH.

106. Уровень кампилобактерионосительства у цыплят-бройлеров и его зависимость от микробиоценоза кишечника / О. А. Яковлев, Д. И. Скородумов, О. Д. Скляров [и др.] // Ветеринарный врач. - 2010. - № 3.- С. 24-26.

107. Характеристика полиморфизма генов PmrA/PmrB в отношении mcr-1-независимой резистентности к колистину в изолятах E. coli, выделенных от сельскохозяйственных животных / Е. В. Крылова, А. Н. Богомазова, И. А. Тимофеева [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2020. - Т. 22, № S1. - С. 17. - EDN WFCLFU.

108. Хмель, И. А. Quorum-sensing регуляция экспрессии генов: фундаментальные и прикладные аспекты, роль в коммуникации бактерий / И. А. Хмель // Микробиология. - 2006. - Т. 75, № 4. - С. 457.

109. Чугунова, Е. О. Геном сальмонелл (обзор) / Е. О. Чугунова, Н. А. Татарникова // Современные проблемы науки и образования. - 2014. - №2. 6. - С. 1828-1828.

110. Эйдельштейн, М. В. ß-лактамазы аэробных грамотрицательных бактерий: характеристика, основные принципы классификации, современные методы выявления и типирования / М. В. Эйдельштейн // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2001. - Т. 3, № 3. - С. 223-242.

111. Экономически и социально значимые инфекции сельскохозяйственных животных: меры профилактики и борьбы : материалы Международной научно-практической конференции, Москва, 15 декабря 2022 года. - Москва : Сельскохозяйственные технологии, 2022. - 214 с. - ISBN 978-5-6049117-4-7. -DOI 10.18720/SPBPU/2/z22-18. - EDN MMTWXI.

112. Этиология колибактериоза телят и поросят на фермах Краснодарского края / М. К. Пирожков, В. Н. Боровой, В. И. Терехов, В. Н. Псиола // Сборник научных трудов ВГНКИ. - Москва : ВГНКИ, 2005. - С. - 212-218.

113. A massive epidemic of multidrug-resistant typhoid fever in Tajikistan associated with consumption of municipal water / J. H. Mermin, R. Villar, J. Carpenter [et al.] // The Journal of Infectious Diseases. - 1999. - Vol. 179, № 6. - P. 1416-1422. - doi: 10.1086/314766.

114. A novel Bifidobacterium longum subsp. longum T1 strain from cow's milk: homeostatic and antibacterial activity against ESBL-producing Escherichia coli / A. V. Machulin, V. M. Abramov, I. V. Rjsarev [et al.] // Antibiotics. - 2024. - T. 13, № 10. - P. 924. - DOI: 10.3390/antibiotics13100924. - EDN BUBYRI.

115. A single nucleotide in the promoter region modulates the expression of the P-lactamase OXA-61 in Campylobacter jejuni / X. Zeng, S. Brown, B. Gillespie [et al.] // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2014. - Vol. 69, №. 5. - P. 12151223. - DOI: 10.1093/j ac/dkt515.

116. A unique megaplasmid contributes to stress tolerance and pathogenicity of an emergent Salmonella enterica serovar Infantis strain / G. Aviv, K. Tayba, N. Steck [et al.] // Environmental Microbiology. - 2014. - Vol. 16, № 4. - P. 977-994. - DOI: 10.1111/1462-2920.12351.

117. Activities of the Russian federation on AMR monitoring and control in veterinary field / A. A. Komarov, D. A. Makarov, O. E. Ivanova [et al.] // OIE Global Conference on antimicrobial resistance. Putting standarts lnto practice, Marrakesh, Morocco, 29-31 October 2018. - Marrakesh, Morocco : World Organisation for Animal Health, 2018. - P. 74. - EDN VONVRS.

118. Adhesion mechanisms mediated by probiotics and prebiotics and their potential impact on human health / A. Monteagudo-Mera, R. A. Rastall, G. R. Gibson [et al.] // Applied Microbiology and Biotechnology. - 2019. - Vol. 103, № 16. - P. 64636472. - DOI: 10.1007/s00253-019-09978-7.

119. Albert, T. Antibiotic resistance: a survival strategy / T. Albert, J. Sheldon // Clinical Laboratory Science. - 2005. - Vol. 18, № 3. - P. 170-180. - URL: https://clsjournal.ascls.org/content/ascls/18/3/170.full.pdf.

120. Alfredson, D. A. Isolation and expression of a novel molecular class D P-lactamase, OXA-61, from Campylobacter jejuni / D. A. Alfredson, V. Korolik //Antimicrobial

agents and chemotherapy. - 2005. - T. 49. - №. 6. - C. 2515-2518. - DOI: 10.1128/AAC.49.6.2515-2518.2005.

121. An overview of atypical enteropathogenic Escherichia coli FEMS / R. T. Hernandes, W. P. Elias, M. A. Vieira, T. A. Gomes // FEMS Microbiology Letters. - 2009. -Vol. 292. - P. 137 - 149. - DOI: 10.1111/j.1574-6968.2009.01664.x.

122. An overview of Salmonella typing: Public health perspectives / S. S. Yan, M. L. Pendrak, B. Abela-Ridder [et al.] // Clinical and Applied Immunology. - 2004. -Vol. 4. - P. 189-204. - DOI: 10.1016/j.cair.2003.11.002.

123. Ancient bacteria of the Otzi's microbiome: a genomic tale from the Copper Age / G. A. Lugli, C. Milani, L. Mancabelli [et al.] // Microbiome. - 2017. - Vol. 5, № 1. -P. 5. - doi: 10.1186/s40168-016-0221-y.

124. Andino, A. Salmonella enterica: Survival, Colonization, and Virulence in Poultry / A. Andino, I. Hanning // International Journal of Food Science. - 2015. - DOI: 10.1155/2015/520179 .

125. Andremont, A. Commensal flora may play key role in spreading antibiotic resistance / A. Andremont // ASM news. - 2003. - Vol. 69, № 2. - P. 601-607.

126. Antibiotic resistance in foodborne bacteria / M. Canica, V. Manageiro, H. Abriouel [et al.] // Trends in Food Science & Technology. - 2018. - doi: 10.1016/j.tifs.2018.08.001.

127. Antibiotic Resistance in Salmonella Typhimurium Isolates Recovered From the Food Chain Through National Antimicrobial Resistance Monitoring System Between 1996 and 2016 / X. Wang, S. Biswas, N. Paudyal [et al.] // Frontiers in Microbiology. - 2019. - Vol. 10. - P. 1-12. - DOI: 10.3389/fmicb.2019.00985.

128. Antibiotic resistance is ancient / V. M. D'Costa, C. E. King, L. Kalan [et al.] // Nature. - 2011. - Vol. 477, № 7365. - P. 457-461. - doi: 10.1038/nature10388.

129. Antibiotic resistance plasmid composition and architecture in Escherichia coli isolates from meat / T. S. Darphorn, K. Bel, B. B. Koenders-van [et al.] // Scientific Reports. - 2021. - Vol. 11, № 1. - P. 2136. - doi: 10.1038/s41598-021-81683-w.

130. Antibiotic Resistance Threats in the United States, 2013. - US : Center for Disease Control and Prevention, 2013. - 113 p. - https://storage.googleapis.com/lunchbox-

prod-v1/downloads/Antibiotic-Resistance-Threats-in-the-United-States.pdf?ysclid=m4mco7h6k5952760650.

131. Antibiotic Use in Agriculture and Its Consequential Resistance in Environmental Sources: Potential Public Health Implications / C. Manyi-Loh, S. Mamphweli, E. Meyer [et al.] // Molecules. - 2018. - Vol. 23, № 4. - P. 1-48. - DOI: 10.3390/molecules23040795 . - EDN:

132. Antimicrobial preservative use in parenteral products: past and present / B. K. Meyer, A. Ni, B. Hu, L. Shi // Journal of Pharmaceutical Sciences. - 2007. - Vol. 96, № 12. - P. 3155-3167. - doi: 10.1002/jps.20976.

133. Antimicrobial resistance in humans, livestock and the wider environment / M. Woolhouse, M. Ward, B. V. Bunnik, J. Farrar // Philosophical Transactions of the Royal Society B : Biological Sciences. - 2015. - Vol. 370, № 1670. - P. 20140083. -doi: 10.1098/rstb.2014.0083.

134. Antimicrobial resistance in Salmonella enteritidis strains isolated from broiler carcasses, food, human and poultry-related samples / S. D. de Oliveira, F. S. Flores, L. R. dos Santos [et al.] // International Journal Food Microbiology. - 2005. - Vol. 97. - P. 297-305. - 10.1016/j.ijfoodmicro.2004.04.022.

135. Antimicrobial resistance of commensal Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium from food-producing animals in Russia / D. A. Makarov, O. E. Ivanova, A. V. Pomazkova [et al.] // Veterinary World. - 2022. - Vol. 15, № 3. - P. 611-621. -DOI 10.14202/vetworld.2022.611-621. - EDN KARHXN.

136. Antimicrobial resistance of commensal Escherichia coli from food-producing animals in Russia / D. A. Makarov, O. E. Ivanova, S. Y. Karabanov [et al.] // Veterinary World. - 2020. - Vol. 13, No. 10. - P. 2053-2061. - DOI 10.14202/vetworld.2020.2053-2061. - EDN AKWEZT.

137. Antimicrobial resistance of Listeria monocytogenes strains isolated from humans, animals and food products in Russia in 1950-1980, 2000-2005 and 2018-2021 / P. A. Andriyanov, P. A. Zhurilov, D. V. Kolbasov [et al.] // Antibiotics (Basel). -2021. - № 10. - P. 1206. - DOI: 10.3390/antibiotics10101206.

138. Antimicrobial resistance: a threat to global health / Y Jee, J. cartson, E. Rafal [et al.] // Lancet infectious Diseases. - 2018. - Vol. 18, № 9. - P. 939-940. - doi: 10. 1016/S1473-3099(18)30471-7.

139. Antimicrobial stewardship and targeted therapies in the changing landscape of maternal sepsis / N. M. Shah, E. Charani, D. Ming [et al.] // Journal of Intensive Medicine. - 2023. - Vol. 4, № 1. - P. 46-61. - doi: 10.1016/j.jointm.2023.07.006.

140. Antimicrobial susceptibility and multilocus sequence typing of Listeria monocytogenes isolated over 11 years from food, humans, and the environment in Italy / M. Caruso, R. Fraccalvieri, F. Pasquali [et al.] // Foodborne Pathogens and Disease. - 2020. - Vol. 17, № 4. - P. 284-294. - DOI: 10.1089/fpd.2019.2723.

141. Anti-salmonella defence and intestinal homeostatic maintenance in vitro of a consortium containing Limosilactobacillus fermentum 3872 and Ligilactobacillus salivarius 7247 strains in human, porcine, and chicken enterocytes / V. M. Abramov, I. V. Kosarev, A. V. Machulin [et al.] // Antibiotics. - 2024. - Vol. 13, № 1. - P. 28. - doi.org/10.3390/antibiotics13010030.

142. Are There Effective Intervention Measures in Broiler Production against the ESBL/AmpC Producer Escherichia coli? / E. Becker, M. Projahn, E. Burow, A. Käsbohrer // Pathogens. - 2021. - Vol. 10, № 5. - P. 608. -doi:10.3390/pathogens10050608.

143. ARG-ANNOT, a new bioinformatic tool to discover antibiotic resistance genes in bacterial genomes / S. K. Gupta, B. R. Padmanabhan, S. M. Diene [et al.] //Antimicrobial Agents and Chemotherapy. - 2014. - Vol. 58, №. 1. - P. 212-220. -DOI: 10.1128/AAC.01310-13.

144. Autoproteolysis and Intramolecular Dissociation of Yersinia YscU Precedes Secretion of Its C-Terminal Polypeptide YscUCC / S. Frost, O. Ho, F. H. Login [et al.] // PLOS ONE. - 2012. - Vol. 7, № 11. - P. e49349. - doi: 10.1371/journal.pone.0049349.

145. Avian Pathogenic Escherichia coli (APEC): An Overview of Virulence and Pathogenesis Factors, Zoonotic Potential, and Control Strategies / D. Kathayat, D.

Lokesh, S. Ranjit, G. Rajashekara // Pathogen. - 2021. - Vol. 10, № 4. - P. 467. -doi:10.3390/pathogens10040467.

146. Bacterial characteristics of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE) colonized strains and their correlation with subsequent infection / Q. Lin, Y. Wang, J. Yu [et al.] // BMC Infectious Diseases. - 2021. - Vol. 21, № 1. - P. 638. - doi: 10.1186/s12879-021-06315-0.

147. Barker, J. H. Detecting lipopolysaccharide in the cytosol of mammalian cells: Lessons from MD-2/TLR4 / J. H. Barker, J. P. Weiss // Journal of Leukocyte Biology. - 2019. - Vol. 106, № 1. - P. 127-132. - doi: 10.1002/JLB.3MIR1118-434R.

148. Benchmarking of methods for identification of antimicrobial resistance genes in bacterial whole genome data / P. T. L. C. Clausen, E. Zankari, F. M. Aarestrup, O. Lund // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2016. - Vol. 71, № 9. - P. 24842488. - DOI: 10.1093/jac/dkw184.

149. Berry, R. J. Studies on enterotoxigenic Escherichia coli isolated from persons without diarrhea in Western Australia / R. J. Berry, K. A. Bettelheim, M. Gracey // The Journal of Hygiene (Lond). - 1983. - Vol. 90 (1). - P. 99-106. - DOI: 10.1017/s0022172400063 890.

150. Bifidobacterium longum subsp. longum BL21 ameliorates alcoholic liver disease in mice through enhancement of the hepatic antioxidant capacity and modulation of the gut microbiota / Y. Dong, Z. Wu, Z. Gai, M. Han // Journal of Applied Microbiology. - 2023. - Vol. 134, № 1l. - P. 251. - doi: 10.1093/jambio/lxad251.

151. Braden, C. R. Salmonella enterica Serotype Enteritidis and Eggs: A National Epidemic in the United States / C. R. Braden // Clinical Infectious Diseases. - 2006. - Vol. 43. - P. 512-517. - DOI: 10.1086/505973.

152. Braine, T. Race against time to develop new antibiotics / T. Braine // Bulletin of the World Health Organization. - 2011. - Vol. 89, № 2. - P. 88-89. -doi:10.2471/BLT. 11.030211.

153. CARD 2017: expansion and model-centric curation of the comprehensive antibiotic resistance database / B. Jia, A. R. Raphenya, B. Alcock [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2017. - Vol. 45, № 1. - P. 566-573. - DOI: 10.1093/nar/gkw1004.

154. Chiu, C-H. Salmonella enterica Serotype choleraesuis: Epidemiology, Pathogenesis, Clinical Disease, and Treatment / C-H. Chiu, L-H. Su, C. Chu // Clinical Microbiology Reviews. - 2004. - Vol. 17. - P. 311-322. - DOI: 10.1128/CMR. 17.2.311-322.2004.

155. Ciesielska, A. TLR4 and CD14 trafficking and its influence on LPS-induced proinflammatory signaling / A. Ciesielska, M. Matyjek, K. Kwiatkowska // Cellular and Molecular Life Sciences. - 2021. - Vol. 78, № 4. - P. 1233-1261. - doi: 10.1007/s00018-020-03656-y.

156. Colibacillosis in poultry: A disease overview and the new perspectives for its control and prevention / D. Koutsianos, L. Athanasiou, D. Mossialos, K. C. Koutoulis // Journal of the Hellenic Veterinary Medical Society. - 2021. - Vol. 71, № 4. - P. 2425. - doi: 10.12681/jhvms.25915.

157. Comparative analysis of extended-spectrum-P-lactamase CTX-M-65-producing Salmonella enterica serovar Infantis lsolates from humans, food animals, and retail chickens in the United States / H. Tate, J. P. Folster, C.-H. Hsu [et al.] // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. - 2017. - Vol. 61, № 7. - P. 00488-17. -DOI: 10.1128/AAC.00488-17.

158. Comparison of Clinical Laboratory Standards Institute and European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing guidelines for the interpretation of antibiotic susceptibility at a University teaching hospital in Nairobi, Kenya: a cross-sectional study / A. Kassim, G. Omuse, Z. Premji, G. Revathi // Annals of clinical microbiology and antimicrobials. - 2016. - Vol. 15, № 21. - P. 15-21. -doi:10.1186/s12941-016-0135-3.

159. Comparison of Escherichia coli isolates implicated in human urinary tract infection and evian colibacillosis / K. E. Rodriguez, C. W. Doetkott, T. J. Johnson [et al.] // Microbiology (Reading, England). - 2005. - Vol. 151. - P. 2097-2110. - DOI: 10.1099/mic.0.27499-0.

160. Competitive exclusion of Salmonella enteritidis by Salmonella gallinarum in poultry / W. Rabsch, B. M. Hargis, R. M. Tsolis [et al.] // Emerging Infectious diseases. - 2000. - Vol. 6. - P. 443-448. - DOI: 10.3201/eid0605.000501.

161. Consortium of Lactobacillus crispatus 2029 and Ligilactobacillus salivarius 7247 strains shows in vitro bactericidal effect on Campylobacter jejuni and, in combination with prebiotic, protects against intestinal barrier dysfunction / V. M. Abramov, I. V. Kosarev, A. V. Machulin [et al.] // Antibiotics. - 2024. - Vol. 13, №2 12. - P. 1143. - DOI: 10.3390/antibiotics13121143. - EDN: YIPJTL.

162. Critically important antimicrobials for human medicine, 6th revision 2018 : ranking of medically important antimicrobials for risk management of antimicrobial resistance due to non-human use. - Geneva : World Health Organization, 2019. - 45 p. - ISBN 978-02-4-151552-8.

163. Crump, J. A. Clinical response and outcome of infection with Salmonella enterica serotype Typhi with decreased susceptibility to fluoroquinolones: a United States FoodNet multicenter retrospective cohort study / J. A. Crump, K. Kretsinger, K. Gay // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. - 2008. - Vol. 52, № 4. - P. 1278-1284. - doi: 10.1128/AAC.01509-07.

164. Dadgostar, P. Antimicrobial resistance: implications and costs / P. Dadgostar // Infection and drug resistance. - 2019. - Vol. 12. - P. 3903-3910. - doi: 10.2147/IDR. S234610.

165. Dawwam, G. E Green synthesis of cellulose nanocrystal/ZnO bio-nanocomposites exerting antibacterial activity and downregulating virulence toxigenic genes of food-poisoning bacteria / G. E. Dawwam, M. T. Al-Shemy, A. S. El-Demerdash // Scientific Reports. - 2022. - Vol. 12, № 1. - P. 16848. - doi: 10.1038/s41598-022-21087-6.

166. Design of Oligonucleotide Primers for the Development of a Method for Typing Salmonella Isolates in the Russian Federation / I. V. Soltynskaya, A. N. Bogomazova, E. Krylova [et al.] // International Transaction Journal of Engineering, Management and Applied Sciences and Technologies. - 2022. - Vol. 13, №2 12. - P. 1312. - EDN YJNVNE.

167. Determination of gyrA and parC mutations and prevalence of plasmid-mediated quinolone resistance genes in E. coli and Klebsiella pneumoniae isolated from patients with urinary tract infection in Iran / M. Mirzaii, S. Jamshidi, M. Zamanzadeh

[et al.] // Journal of Global Antimicrobial Resistance. - 2018. - № 13. - P. 197 - 200. - DOI: 10.1016/j.jgar.2018.04.017.

168. Development and biochemical and immunological characterization of early passage and immortalized bovine intestinal epithelial cell lines from the ileum of a young calf / P. Katwal, M. Thomas, T. Uprety [et al.] // Cytotechnology. - 2019. - Vol. 71, № 1. - P. 127-148. - doi: 10.1007/s10616-018-0272-y.

169. DeWaal, C. S. Antibiotic resistance in foodbome pathogens / C. S. DeWaal, S. V. Grooters. - Washington : Center for Science in the Public Interest (CSPI), 2013. - 22 p. -https://www.cspinet.org/sites/default/files/attachment/outbreaks_antibiotic_resistan ce_in_foodborne_pathogens_2013.pdf.

170. Diagnostic strategy for identifying avian pathogenic Escherichia coli based on four patterns of virulence genes / C. Schouler, B. Schaeffer, A. Bree [et al.] // Journal of clinical microbiology. - 2012. - Vol. 50 (5). - P. 1673-1678. - DOI: 10.1128/JCM.05057-11.

171. Diarrhoeagenic Escherichia coli and Escherichia albertii in Brazil: pathotypes and serotypes over a 6-year period of surveillance / E. L. Ori, E. H. Takagi, T. S. Andrade [et al.] // Epidemiology and Infection. - 2018. - Vol. 147. - P. 1-9. - DOI: 10.1017/S0950268818002595.

172. Discovery, research, and development of new antibiotics: the WHO priority list of antibiotic-resistant bacteria and tuberculosis / E. Tacconelli, E.Carrara, A. Savoldi [et al.] // The lancet Infectious Diseases. - 2018. - Vol. 18, № 3. - P. 318-327.

173. Dissemination of Antimicrobial Resistance in Microbial Ecosystems through Horizontal Gene Transfer / C. J. H. V. Wintersdorff, J. Penders, J. M. V. Niekerk [et al.] // Frontiers in Microbiology. - 2016. - Vol. 7. - P. 173. - doi: 10.3389/fmicb.2016.00173.

174. Distribution of Salmonella serovars and antimicrobial susceptibility from poultry and swine farms in central Vietnam / A. A. Lettini, T. V. Than, E. Marafin [et al.] // Zoonoses and Public Health. - 2016. - Vol. 63, № 7. - P. 569-576. - doi: 10.1111/zph.12265.

175. Dos Santos, A. M. P. Virulence s in Salmonella Typhimurium: the sagacity of a bacterium / A. M. P. Dos Santos, R. G. Ferrari, C. A. Conte-Junior // Current microbiology. - 2019. - Т. 76. - С. 762-773. - DOI: 10.1007/s00284-018-1510-4.

176. Early life supply of competitive exclusion products reduces colonization of extended spectrum beta-lactamase-producing Escherichia coli in broilers / A. Dame-Korevaar, E. A. J. Fischer, J. van der Goot [et al.] // Poultry Science. - 2020. - Vol. 99, № 8. - P. 4052-4064. - doi: 10.1016/j.psj.2020.04.025.

177. ECDC/EFSA database «Antimicrobial resistance in Europe» [Электронный ресурс]. - Режим доступа: https: //multimedia. efsa. europa. eu/dataviz-2020/index.htm. - Дата обращения: 23.12.2024.

178. Efficacy of BOX-PCR fingerprinting for taxonomic discrimination of bifidobacterial species isolated from diverse sources / R. Jena, P. K. Choudhury, A. K. Puniya // 3 Biotech. - 2021. - Vol. 11, № 6. - P. 270. - doi: 10.1007/s13205-021-02765-0.

179. Electromagnetic signals are produced by aqueous nanostructures derived from bacterial DNA sequences / L. Montagnier, J. Ai'ssa, S. Ferris [et al.] // Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences. - 2009. - Vol. 1, № 2. - P. 81-90. - DOI: 10.1007/s12539-009-0036-7.

180. Emergence of a clonal lineage of multidrug-resistant ESBL-producing Salmonella Infantis transmitted from broilers and broiler meat to humans in Italy between 2011 and 2014 / A. Franco, P. Leekitcharoenphon, F. Feltrin [et al.] // PLoS One. - 2015. - Vol. 10, № 12. - P. e0144802. - DOI: 10.1371/journal.pone.0144802.

181. Emergence of plasmid-mediated colistin resistance mechanism MCR-1 in animals and human beings in China: a microbiological and molecular biological study / Y.Y. Liu, Y. Wang, T. R. Walsh [et al.] // The Lancet Infectious Diseases. - 2016. -Vol. 16, № 2. - P. 161-168. - DOI: 10.1016/S1473-3099(15)00424-7.

182. EMPeror: a tool for visualizing high-throughput microbial community data / Y. Vazquez-Baeza, M. Pirrung, A. Gonzalez, R. Knight // Gigascience. - 2013. - Vol. 2, № 1. - P. 16. - doi: 10.1186/2047-217X-2-16.

183. Escherichia coli from animal reservoirs as a potential source of human extraintestinal pathogenic E. coli / L. Belanger, A. Garenaux, J. Harel [et al.] // FEMS Immunology and medical Microbiology. - 2011. - Vol. 62. - P. 1-10. - DOI: 10.1111/j.1574-695X.2011.00797.x.

184. Estimation of the impact of vaccination on faecal shedding andorgan and egg contamination for Salmonella Enteritidis, Salmonella Typhiumurium and monophasic SalmonellaTyphimurium / M. E. Arnold, R. J. Gosling, R. M. La Ragione [et al.] // Avian Pathology. - 2014. - Vol. 43, № 7. - P. 155-163. - DOI: 10.1080103079457.2014.896990.

185. Eurofins Genomics [Электронный ресурс]. - Режим доступа: https://eurofinsgenomics.eu/en/ecom/tools/oligo-analysis.aspx/. - Дата обращения: 17.04.2025.

186. European Committee on Antimicrobial susceptibility testing (EUCAST) [Электронный ресурс]. - Режим доступа: https://mic.eucast.org/search/. - Дата обращения: 29.08.2025.

187. Extended-spectrum p-lactamases in German isolates belonging to the emerging monophasic Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium 4, [5],12:i:-European clone / I. Rodriguez, S. Jahn, A. Schroeter [et al.] // The journal of antimicrobial chemotherapy. - 2012. - Vol. 67. - P. 505-508. - DOI: 10.1093/jac/dkr452.

188. Fair, R. J. Antibiotics and Bacterial Resistance in the 21st Century / R. J. Fair, T. Yitzhak // Perspectives in Medicinal Chemistry. - 2014. - Vol. 28, №2 6. - P. 25-64. - DOI: 10.4137/PMC.S 14459. - DOI: 10.4137/PMC.S14459.

189. Fecal carriage of ESBL-producing Escherichia coli in Egyptian patients admitted to the Medical Research Institute hospital, Alexandria University / A. ElBaradei, D. A. Maharem, O. Kader [et al.] // AIMS Microbiology. - 2020. - Vol. 6, № 4. - P. 422-433. - doi: 10.3934/microbiol.2020025.

190. First detection of the staphylococcal trimethoprim resistance gene dfrK and the dfrK-carrying transposon Tn559 in enterococci / M. Lopez, K. Kadlec, S. Schwarz,

C. Torres // Microbial Drug Resistance. - 2012. - Vol. 18, № 1. - P. 13-18. - doi: 10.1089/mdr.2011.0073.

191. Fluoroquinolone treatment of experimental Salmonella enterica serovar Typhimurium DT104 infections in chickens selects for both gyrA mutations and changes in efflux pump gene expression / L. P. Randall, D. J. Eaves, S. W. Cooles [et al.] // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2005. - Vol. 56, № 2. - P. 297306. - DOI: 10.1093/jac/dki189.

192. Founding of the culture collection of antibiotic-resistant strains of zoonotic bacteria in the Russian Federation / O. Ivanova, D. Blumenkrants, E. Krylova [et al.] // Veterinary World. - 2023. - Vol. 16, № 7. - P. 1451-1460. - DOI: 10.14202/vetworld.2023.1451-1460. - EDN AKVNAI.

193. Gauba, A. Evaluation of Antibiotic Resistance Mechanisms in Gram-Negative Bacteria / A. Gauba, K. M. Rahman // Antibiotics. - 2023. - Vol. 12, № 11. - P. 1590. - doi: 10.3390/antibiotics12111590.

194. Genetic diversity of Salmonella enterica recovered from chickens farms and its potential transmission to human / O. S. Magdy, I. M. Moussa, H. A. Hussein [et al.] // Journal of Infection and Public Health. - 2020. - Vol. 13, № 4. - P. 571-576. -doi: 10.1016/j.jiph.2019.09.007.

195. Genetic Mechanisms of Antibiotic Resistance and the Role of Antibiotic Adjuvants / D. S. Pontes, R. S. Aguino de Araujo, N. Dantas [et al.] // Current Topics in Medicinal Chemistry. - 2018. - Vol. 18, № 1. - P. 42-74. - doi: 10.2174/1568026618666180206095224.

196. Genetic Profiles and Antimicrobial Resistance Patterns of Salmonella Infantis Strains Isolated in Italy in the Food Chain of Broiler Meat Production / P. C. Proietti, V. Stefanetti, L. Musa [et al.] // Antibiotics (Basel). - 2020. - Vol. 9, № 11. - P. 112. - DOI: 10.3390/antibiotics9110814.

197. Genome Analysis of ESBL-Producing Escherichia coli Isolated from Pigs / L. L. Founou, R. C. Founou, M. Allam [et al.] // Pathogens. - 2022. - Vol. 11, № 7. - P. 776. - URL: https://doi.org/10.3390/pathogens11070776.

198. Genome analysis of Listeria monocytogenes sequence type 8 strains persisting in salmon and poultry processing environments and comparison with related strains / A. Fagerlund, S. Langsrud, B. C. T. Schirmer [et al.] // PloS one. - 2016. - Vol. 11, № 3. - P. e0151117. - DOI 10.1371/journal.pone.0151117. - EDN WULICL.

199. Genomic characterisation of a multiple drug resistant IncHI2 ST4 plasmid in Escherichia coli ST744 in Australia / T. Zingali, T. A. Chapman, J. Webster [et al.] // Microorganisms. - 2020. - Vol. 8, № 6. - P. 896. - doi: 10.3390/microorganisms8060896.

200. Global Action Plan on Antimicrobial Resistance. - Geneva : World Health Organization, 2015. - 19 p. - ISBN 978-92-4-150976-3. - URL: https://www.woah.org/app/uploads/2021/03/en-whoglobalactionplan.pdf.

201. Good practices for the feed sector - Implementing the Codex Alimentarius Code of Practice on Good Animal Feeding. - Rome : FAO and IFIF, 2016. - 113 p. - ISBN 978-92-5-133533-8. - URL: https://ifif.org/wp-content/uploads/2020/11/IFIF-FA0 -Feed-Manual-2020 CB1761EN FINAL.pdf.

202. Goulart, D. B. Escherichia coli Mastitis in Dairy Cattle: Etiology, Diagnosis, and Treatment Challenges / D. B. Goulart, M. Mellata // Frontiers in Microbiology. -2022. - Vol. 13. - P. 1-15. - doi: 10.3389/fmicb.2022.928346.

203. Guard-Petter J.The chicken, the egg, and Salmonella enteritidis / J. Guard-Petter // Environmental Microbiology. - 2001. - Vol. 3. - P. 421-430. - DOI: 10.1046/j.1462-2920.2001.00213.x.

204. Guidelines. Monitoring and surveillance of antimicrobial resistance in bacteria from healthy food animals intended for consumption. - Rome : FAO, 2019. - Vol. 1. -74 p. - 978-92-5-131930-7.

205. Gutiérrez-Gutiérrez, B. Current options for the treatment of infections due to extended-spectrum beta-lactamase-producing Enterobacteriaceae in different groups of patients / B. Gutiérrez-Gutiérrez, J. Rodríguez-Baño // Clinical Microbiology and Infection. - 2019. - Vol. 25, № 8. - P. 932-942. - doi: 10.1016/j.cmi.2019.03.030.

206. Host stress drives Salmonella recrudescence / E. Verbrugghe, M. Dhaenens, B. Leyman [et al.] // Scientific Reports. - 2016. - Vol. 6. - P. 1-9. - DOI: 10.1038/srep20849.

207. Identification and analysis of integrons and cassette arrays in bacterial genomes / J. Cury, T. Jove, M. Touchon [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2016. - Vol. 44, №

10. - P. 4539-4550. - doi: 10.1093/nar/gkw319.

208. Identification of acquired antimicrobial resistance genes / E. Zankari, H. Hasman, S. Cosentino [et al.] // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2012. - Vol. 67, №

11. - P. 2640-2644. - DOI: 10.1093/jac/dks261.

209. Identification, Characterization, and Antioxidant Potential of Bifidobacterium longum subsp. longum Strains Isolated from Feces of Healthy Infants / L. Zhao, S. Wang, J. Dong [et al.] // Frontiers in Microbiology. - 2021. - Vol. 12. - P. 756519. -doi: 10. 3389/frnicb.2021.756519.

210. IIAEK Targets Intestinal Alkaline Phosphatase (IAP) to Improve Cholesterol Metabolism with a Specific Activation of IAP and Downregulation of ABCA1 / A. Takeuchi, K. Hisamatsu, N. Okumura [et al.] // Nutrients. - 2020. - Vol. 12, № 9. -P. 2859. - dol:10.3390/nu12092859.

211. Impact of CLSI and EUCAST breakpoint discrepancies on reporting of antimicrobial susceptibility and AMR surveillance / T. R. Cusack, E. A. Ashley, C. Ling [et al.] // Clinical Microbiology and Infection. - 2019. - Vol. 25, № 7. - P. 910 - 911. - DOI: 10.1016/j.cmi.2019.03.007.

212. In silico analysis to develop PCR assays for identification of bacterial pathogens in animals: what can we improve / A. Bogomazova, E. Krylova, I. Soltynskaya [et al.] // Frontiers in Veterinary Science. - 2023. - Vol. 10. - P. 1235837. - DOI 10.3389/fvets.2023.1235837. - EDN HEVYYV.

213. In vitro and in vivo activity of new strains of Bacillus subtilis against ESBL-producing Escherichia coli: an experimental study / M. Ishnaiwer, Y. Bezabih, F. Javaudin [et al.] // Journal of Applied Microbiology. - 2022. - Vol. 132, № 3. - P. 2270-2279. - doi: 10.1111/jam.15329.

214. Inflammation in obesity, diabetes, and related disorders / T. V. Rohm, D. T. Meier, J. M. Olefsky, M. Y. Donath // Immunity. - 2022. - Vol. 55, № 1. - P. 31-55. - doi: 10.1016/j.immuni.2021.12.013.

215. Integrated DNA Technologies [Электронный ресурс]. - Режим доступа: https://eu.idtdna.com/Primerquest/Home/Index/. - Дата обращения: 19.03.2025.

216. Integrated Surveillance of Antimicrobial Resistance in Foodborne Bacteria : Application of a One Health Approach. - Geneva : World Health Organization, 2017.

- 76 p. - ISBN 978-92-4-151241-1. -https://www.aidsdatahub.org/sites/default/files/resource/who-integrated-surveillance-antimicrobial-resistance-foodborne-bacteria-2017.pdf.

217. Integrons in Enterobacteriaceae: diversity, distribution and epidemiology / M. Kaushik, S. Kumar, R. K. Kapoor [et al.] // International Journal of Antimicrobial Agents. - 2018. - Vol. 51, № 2. - P. 167-176. - doi: 10.1016/j.ijantimicag.2017.10.004.

218. Intestinal Alkaline Phosphatase: A Review of This Enzyme Role in the Intestinal Barrier Functio / G. M. Santos, S. Ismael, J. Morais [et al.] // Microorganisms. -2022. - Vol. 10, № 4. - P. 746. - dol: 10. 3390/microorganisms10040746.

219. Intestine and environment of the chicken as reservoirs for extraintestinal pathogenic Escherichia coli strains with zoonotic potential / C. Ewers, I. Diehl, H.C. Philipp, L.H. Wieler [et al.] // Applied and environmental microbiology. - 2009. - Vol. 75.

- P. 184-192. - doi: 10.1128/AEM.01324-08.

220. Intra- and Extra-Hospital Dissemination of IMP-22-Producing Klebsiella pneumoniae in Northern Portugal: The Breach of the Hospital Frontier Toward the Community / D. D. Gonfalves, P. Cecilio, A. Faustino [et al.] // Frontiers in Microbiology. - 2021. - Vol. 12. - doi: 10.3389/fmicb.2021.777054.

221. Is antimicrobial administration to food animals a direct threat to human health? A rapid systematic review / A. M. Scott, E. Beller, P. Glasziou [et al.] // International Journal of Antimicrobial Agents. - 2018. - Vol. 52, № 3. - P. 316-323. - doi: 10.1016/j.ijantimicag.2018.04.005.

222. ISO 20776-2. Clinical labotatory testing and in vitro diagnostic test systems -Susceptibility testing of infectious agents and evaluation of performance of antimicrobial suscertibility test devices. P. 2. Evaluation of performance of antimicrobial susceptibility test devices : international standard. - 1rd ed. - Moscow : Standardinform, 2007. - 5 p. - URS: https://cdn. standards.iteh. ai/samples/41631/b4b5730c61f54cb39097d7e63047b410 /ISO-20776-2-2007.pdf.

223. Isolation of Chromosomal and Plasmid DNA from Bifidobacteria / M. Esteban-Torres, L. Ruiz, R. Sanchez-Gallardo, D. van Sinderen // Methods in molecular biology. - 2021. - Vol. 2278. - P. 21-29. - doi: 10.1007/978-1-0716-1274-3_3.

224. Kelly, S. M. Plant Glycan Metabolism by Bifidobacteria / S. M. Kelly, J. Munoz-Munoz, D. van Sinderen // Frontiers in Microbiology. - 2021. - Vol. 12. - P. 609418.

- doi: 10.3389/fmicb.2021.609418.

225. Kinetics of antimicrobial peptide activity measured on individual bacterial cells using high-speed atomic force microscopy / G. E. Fantner. R. J. Jarbero, D. S. Gray [et al.] // Nature Nanotechnology. - 2010. - Vol. 5, № 4. - P. 280-285. - doi: 10.1038/nnano.2010.29.

226. Kircheis, R. Special Issue "The Role of Toll-Like Receptors (TLRs) in Infection and Inflammation 2.0"/ R. Kircheis, O. Planz // International Journal of Molecular Sciences. - 2024. - Vol. 25, № 17. - P. 9709. - doi: 10.3390/ijms25179709.

227. Kirchhelle, C. Pharming animals: a global history of antibiotics in food production (1935-2017) / C. Kirchhelle // Palgrave Communications. - 2018. - № 4. - P. 1-13.

- DOI: 10.1057/s41599-018-0152-2.

228. Kiss, T. Contribution of SPI-4 genes to the virulence of Salmonella enterica / T. Kiss, E. Morgan, G. Nagy // FEMS microbiology letters. - 2007. - T. 275. - №. 1.

- C. 153-159. - DOI: 10.1111/j.1574-6968.2007.00871.x.

229. Klebsiella pneumoniae ST307 with blaOXA-181, South Africa, 2014-2016 / M. Lowe, M. M. Kock, J. Coetzee [et al.] // Emerging Infectious Diseases. - 2019. -Vol. 25, № 4. - P. 739-747. - doi:10.3201/eid2504.181482.

230. Lenchenko, E. The effect of antibacterial drugs on the formation Salmonella biofilms / E. Lenchenko, V. Khai, Y. Vatnikov // International Journal of Pharmaceutical Research. - 2021. - Vol. 13, № 1. - P. 2736-2742. - DOI 10.31838/ijpr/2021.13.01.392.

231. Letunic, I. Interactive Tree Of Life (iTOL) v5: an online tool for phylogenetic tree display and annotation / I. Letunic, P. Bork // Nucleic Acids Research. - 2021. -Vol. 49, № 1. - P. 293-296. - doi: 10.1093/nar/gkab301.

232. Ligilactobacillus salivarius 7247 strain: probiotic properties and anti- Salmonella effect with prebiotics / V. M. Abramov, I. V. Kosarev, A. V. Machulin [et al.] // Antibiotics. - 2023. - Vol. 12, № 10. - P. 1535. - DOI: 10.3390/antibiotics12101535. - EDN HIYEPS.

233. Listeria monocytogenes ST37 Distribution in the Moscow Region and Properties of Clinical and Foodborne Isolates / O. L. Voronina, M. S. Kunda, N. N. Ryzhova [et al.] // Life. - 2023. - Vol. 13, № 11. - P. 2167. - DOI 10.3390/life13112167. - EDN JWSAIR.

234. Madden, T. The BLAST sequence analysis tool : Ch. 16 / T. Madden // The NCBI Handbook. - 2nd ed. - US : National Center for Biotechnology Information, 2013. - P. 1-15. - URL: https://typeset.io/pdf/the-blast-sequence-analysis-tool-38yro3bdej.pdf?ysclid=m4mkp0bx8r265630031.

235. Marquez, B. Bacterial efflux systems and efflux pumps inhibitors / B. Marquez // Biochimie. - 2005. - Vol. 87, № 12. - P. 1137-1147. - doi: 10.1016/j.biochi.2005.04.012.

236. Martin, M. J. Antibiotics Overuse in Animal Agriculture: A Call to Action for Health Care Providers / M. J. Martin, S. E. Thottathil, T. B. Newman // American Journal of Public Health. - 2015. - Vol. 105, № 12. - P. 2409-2410. - doi: 10.2105/AJPH.2015.302870.

237. Maternal milk microbiota and oligosaccharides contribute to the infant gut microbiota assembly / M. F. Laursen, C. T. Pekmez, M. W. Larsson [et al.] // ISME Communications. - 2021. - Vol. 1, № 1. - P. 21. - doi: 10.1038/s43705-021-00021-3.

238. Mechanisms of Action of Probiotics / J. Plaza-Diaz, F. J. Ruiz-Ojeda, M. Gil-Campos [et al.] // Advances in Nutrition. - 2019. - Vol. 10, № 1. - P. 49-66. - DOI: 10.1093/advances/nmy063.

239. Mechanisms of egg contamination by Salmonella Enteritidis / I. Gantois, R. Ducatelle, F. Pasmans [et al.] // FEMS Microbiology reviews. - 2009. - Vol. 33. -P. 718-738. - DOI: 10.1111/j.1574-6976.2008.00161.x.

240. Mechanisms of resistance in nontyphoidal Salmonella enterica strains exhibiting a nonclassical quinolone resistance phenotype / M. Gunell, M. A. Webber, P. Kotilainen [et al.] // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. - 2009. - Vol. 53, №2 9. - P. 3832-3836. - DOI: 10.1128/AAC.00121-09.

241. Mega-plasmid found worldwide confers multiple antimicrobial resistance in Salmonella Infantis of broiler origin in Russia / A. N. Bogomazova, V. D. Gordeeva, E. V. Krylova [et al.] // International Journal of Food Microbiology. - 2020. - Vol. 319. - P. 108497. - DOI 10.1016/j.ijfoodmicro.2019.108497. - EDN LQAMZZ.

242. Mendes, C. D. D. S. Pipeline of Known Chemical Classes of Antibiotics / C. D. D. S. Mendes, A. M. D. S. Antunes // Antibiotics. - 2013. - Vol. 2, № 4. - P. 500-534. - doi: 10.3390/antibiotics2040500.

243. Modulatory Effect of Competitive Exclusion on the Transmission of ESBL E. coli in Chickens / A. F. Ebrahem, A. S. El-Demerdash, R. M. Orady, N. M. Nabil // Probiotics and Antimicrobial Proteins. - 2023. - Vol. 16, №2 3. - P. 1087-1098. - dol: 10.1007/s12602-023-10095-1.

244. Molecular analisis of plasmids from multy-drug resistsnt Salmonella Enterica ser. Infantis from poultry / E. Davydova, E. Krylova, A. Bogomazova [et al.] // Abstract book of 5th Congress of the European Association of Veterinary Laboratory Diagnostics, 14-17.10.2018, Brussels, Belgium. - P. 131.

245. Molecular characterization of gut microbiome in weaning pigs supplemented with multi-strain probiotics using metagenomic, culturomic, and metabolomic approaches / W. J. Lee, S. Ryu, A. N. Kang // Animal Microbiome. - 2022. - Vol. 4, № 60. - P. 1-18. - DOI: 10.1186/s42523-022-00212-w.

246. Molecular relatedness of ESBL/AmpC-producing Escherichia coli from humans, animals, food and the environment: a pooled analysis / A. Dorado-Garcia, J. H. Smid, W. W. Pelt [et al.] // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2018. - Vol.

73, № 2. - P. 339-347. - doi: 10. 1093/jac/dkx397.

247. Monitoring and control of AMR in products of animal origin in the Russian Federation / A. A. Komarov, O. E. Ivanova, M. A. Gergel [et al.] // International Journal of Health, Animal Science and Food safety. - 2018. - Vol. 5, № S3. - P.

74. - EDN VKSWIX.

248. Mortality and its predictors among hospitalized patients with infections due to extended spectrum beta-lactamase (ESBL) Enterobacteriaceae in Malaysia: a retrospective observational study / U. Abubakar, B. Tangiisuran, M. H. Elnaem [et al.] // Future Journal of Pharmaceutical Sciences. - 2022. - Vol. 8, № 17. - dol: 10.1186/s43094-022-00406-8.

249. Multidrug-resistant Enterobacteria in newborn dairy calves in Germany / J. Waade, U. Seibt, W. Honscha [et al.] // PLoS ONE. - 2021. - Vol. 16, № 3. - P. e0248291. - doi: 10.1371/journal.pone.0248291.

250. Multidrug-resistant non-typhoidal Salmonella of public health significance recovered from migratory birds in Bangladesh / R. M. Card, T. Chisnall, R. Begum [et al.] // Frontiers in Microbiology. - 2023. - Vol. 14. - P. 1-11. - DOI: 10.3389/fmicb.2023.1162657.

251. Multidrug-resistant Salmonellae isolated in Japanese quails reared in Abeokuta, Nigeria / E. O. Omoshaba, F. O. Olufemi, O. E. Ojo [et al.] // Tropical Animal Health and Production. - 2017. - Vol. 49, № 7. - P. 1455-1460. - doi: 10.1007/s11250-017-1347-z.

252. Multilocus sequence typing of total-genome-sequenced bacteria / M. V. Larsen, S. Cosentino, S. Rasmussen [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 2012. - Vol. 50, № 4. - P. 1355-1361. - DOI: 10.1128/JCM.06094-11.

253. Nationwide Stepwise Emergence and Evolution of Multidrug-Resistant Campylobacter jejuni Sequence Type 5136, United Kingdom / B. S. Lopes, N. J. C.

Strachan, M. Ramjee [et al.] // Emerging infectious diseases. - 2019. - Vol. 25. -№. 7. - C. 1320-1329. - DOI: 10.3201/eid2507.181572.

254. NDM Production as a Dominant Feature in Carbapenem-Resistant Enterobacteriaceae Isolates from a Tertiary Care Hospital / F. Uddin, S. H. Imam, S. Khan [et al.] // Antibiotics. - 2021. - Vol. 11, № 1. - P. 48. - doi: 10.3390/antibiotics11010048.

255. O'Neil, J. Antimicrobial Resistance: Tackling a crisis for the health and wealth of nations / J. O'Neil. - London : Review on Antimicrobial Resistance, 2014. - p. 16.

- URL: https://pdf4pro.com/view/antimicrobial-resistance-tackling-a-crisis-for-the-health-5c9559.html.

256. Occurrence of Healthcare-Associated Infections (HAIs) by Escherichia coli and Klebsiella spp. Producing Extended-Spectrum P-lactamases (ESBL) and/or Carbapenemases in Portuguese Long-Term Care Facilities / E. Machado, P. Costa, A. Carvalho [et al.] // Pathogens. - 2022. - Vol. 11, № 9. - P. 1019. - doi: 10.3390/pathogens11091019.

257. Okonechnikov, K. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit / K. Okonechnikov, O. Colosova, M. Fursov // Bioinformatics. - 2012. - Vol. 28, № 8.

- P. 1166-1167. - doi: 10.1093/bioinformatics/bts091.

258. Old friends in new places: exploring the role of extraintestinal E. coli in intestinal disease and foodborne illness / S.M. Markland, K.J. LeStrange, M. Sharma, K.E. Kniel // Zoonoses Public Health. - Vol. 62. - P. 491-496. - DOI: 10.1111/zph.12194.

259. Oleskin, A. V. Colonial organization and intercellular communication in microorganisms / A. V. Oleskin, I. V. Botvinko, E. A. Tsavkelova // Mikrobiologiya.

- 2000. - Vol. 69, № 3. - P. 309-327.

260. One Health Joint Plan of Action (2022-2026): working together for the health of humans, animals, plants and the environment. - Rome : WOAH, 2022. - p. 70. -ISBN 978-92-5-136957-9.

261. Optimizing taxonomic classification of marker-gene amplicon sequences with QIIME 2's q2-feature-classifier plugin / N. A. Bokulich, B. D. Kaehler, J. R. Rideout

[et al.] // Microbiome. - 2018. - Vol. 6, № 1. - P. 1-17. - DOI: 10.1186/s40168-018-0470-z.

262. Outbreak-associated Salmonella enterica Serotypes and Food Commodities, United States, 1998-2008 / B. R. Jackson, P. M. Griffin, D. Cole [et al.] // Emerging Infectious diseases. - 2013. - Vol. 19. - P. 1239-1244. - DOI: 10.3201/eid1908.121511.

263. Palmeira, J. D. Extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing Enterobacteriaceae in cattle production — a threat around the world / J. D. Palmeira, H. M. N. Ferreira // Heliyon. - 2020. - Vol. 6, № 1. - P. e03206. - doi: 10.1016/j.heliyon.2020.e03206.

264. Pandemic Uropathogenic Fluoroquinolone-resistant Escherichia coli Have Enhanced Ability to Persist in the Gut and Cause Bacteriuria in Healthy Women / V. L. Tchesnokova, E. Rechkina, D. Chan [et al.] // Clinical Infectious Diseases. -2020. - Vol. 70, № 5. - P. 937-939. - doi: 10.1093/cid/ciz547.

265. Pathogen Detection (NCBI) [Электронный ресурс]. - Режим доступа: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pathogens/. - Дата обращения: 12.03.2025.

266. Performance Standards for Antimicrobial Disk and Dilution Susceptibility Tests for Bacteria Isolated From Animals. - 3nd ed. - Pennsylvania : Clinical and Laboratory Standards Institute, 2015. - 117 p. - ISBN 1-56238-907-6. - ISBN 1-56238-908-4. -URL: https://clsi.org/media/1530/vet01 s_sample.pdf.

267. Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing. - 28th ed. -.Pennsylvania : Clinical and Laboratory Standards Institute, 2018. - 257 p. - ISBN 1-56238-838-X. - ISBN 1-56238-839-8. - URL: https://clsi.org/media/1930/m100ed28_sample.pdf.

268. Phenotypic and genotypic survey of antibiotic resistance in Salmonella enterica isolates from dairy farms in Uruguay / M. L. Casaux, B. D'Alessandro, R. Vignoli [et al.] // Frontiers Microbiology. - 2023. - Vol. 10. - P. 1-13. - DOI: 10.3389/fvets.2023.1055432.

269. Phenotyping and genotyping studies on extended-spectrum ß-lactamase-producing Escherichia coli isolates from mastitic cows on dairy farms in Egypt / S. S. El-

Mohandes, R. H. Eid, A. M. Allam [et al.] // Veterinary World. - 2022. - Vol. 15, № 4. - P. 890-897. - doi: 10.14202/vetworld.2022.890-897.

270. Plasmid-mediated OqxAB is an important mechanism for nitrofurantoin resistance in Escherichia coli / P.-L. Ho, K.-Y. Ng, W.-U. Lo [et al.] // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. - 2016. - Vol. 60, № 1. - P. 537-543. -doi:10.1128/AAC.02156-15.

271. Platon: identification and characterization of bacterial plasmid contigs in short-read draft assemblies exploiting protein sequence-based replicon distribution scores / O. Schwengers, P. Barth, A. Goesmann [et al.] // Microbial Genomics. - 2020. - Vol. 6, № 10. - P. 1-12. - doi: 10.1099/mgen.0.000398.

272. Pobolelova, Y. I. Identification of patotypes and antibiotic resistance genes of museum strains of diarrhea genic E. coli / Y. I. Pobolelova, S. P. Yatsentyuk // Proceedings of FSC VIEV RAS. - 2018. - Vol. 80, № 1. - P. 259-265.

273. Prevalence and risk factors for Salmonella spp. contamination in broiler chicken farms and slaughterhouses in the northeast of Algeria / S. Djeffal, B. Mamache, R. Elgroud [et al.] // Veterinary World. - 2018. - Vol. 11, № 8. - P. 1102-1108. - doi: 10.14202/vetworld.2018.1102-1108.

274. Prevalence of Salmonella in poultry processing environments in wet markets in Penang and Perlis, Malaysia / H. Nidaullah, N. Abirami, A. K. Shamila-Syuhada [et al.] // Veterinary World. - 2017. - Vol. 10, № 3. - P. 286-292. - DOI: 10.14202/vetworld.2017.286-292.

275. Primer-BLAST: a tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction / J. Ye, G. Coulouris, I. Zaretskaya [et al.] // BMC bioinformatics. - 2012. - Vol. 13, № 1. - P. 134. - doi: 10.1186/1471-2105-13-134.

276. Probiotic mechanisms of action / M. Bermudez-Brito, J. Plaza-Diaz, S. Munoz-Quezada [et al.] // Annals of nutrition and metabolism. - 2012. - Vol .61, № 2. P. 160-174. - DOI: 10.1159/000342079.

277. Probiotics Mechanism of Action on Immune Cells and Beneficial Effects on Human Health / C. Mazziotta, M. Tognon, F. Martini [et al.] // Cells. - 2023. - Vol. 12, № 1. - P. 1-33. - DOI: 10.3390/cells12010184.

278. Proksee: in-depth characterization and visualization of bacterial genomes / J. R. Grant, E. Enns, E. Marinier [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2023. - Vol. 51, № 1. - p. 484-492. - doi: 10.1093/nar/gkad326.

279. Public health risk of antimicrobial resistance transfer from companion animals / C. Pomba, M. Rantala, C. Greko [et al.] // Journal of Antimicrobial Chemotherapy.

- 2017. - Vol. 72, № 4. - P. 957-968. - doi: 10.1093/jac/dkw481.

280. QnrB, another plasmid-mediated gene for quinolone resistance / G. A. Jacoby, K. E. Walsh, D. M. Mills [et al.] // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. - 2006. -Vol. 50, № 4. - P. 1178-1182. - DOI: 10.1128/AAC.50.4.1178-1182.2006.

281. Queenan, K. A One Health approach to antimicrobial resistance surveillance: is there a business case for it / K. Queenan, B. Hasler, J. Rushton // International journal of antimicrobial agents. - 2016. - Vol. 48, № 4. - P. 422-427. - DOI: 10.1016/j.ijantimicag.2016.06.014. - EDN

282. Ramirez, M. S. Aminoglycoside modifying enzymes / M. S. Ramirez, M. E. Tolmasky // Drug Resistance Updates. - 2010. - № 13. - P. 151-171. - doi: 10.1016/j.drup.2010.08.003.

283. Rapid whole-genome sequencing for detection and characterization of microorganisms directly from clinical samples / H. Hasman, D. Saputra, T. Sicheritz-Ponten [et al.] // Journal of Clinical Microbiology. - 2014. - Vol. 52, № 1. - P. 139-146. - DOI: 10.1128/JCM.02452-13 .

284. RASTtk: a modular and extensible implementation of the RAST algorithm for building custom annotation pipelines and annotating batches of genomes / T. Brettin, J. J. Dayis, T. Disz [et al.] // Scientific Reports. - 2015. - Vol. 5, № 1. - P. 83 -85.

- DOI: 10.1038/srep08365.

285. Recovery of a Functional Class 2 Integron from an Escherichia coli Strain Mediating a Urinary Tract Infection / C. Marquez, M. Labbate, A. J. Ingold [et al.] // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. - 2008. - Vol. 52, № 11. - P. 4153-4154.

- DOI: 10.1128/AAC.00710-0.

286. Reduction of veterinary antimicrobial use in the Netherlands. The Dutch success model / D. C. Speksnijder, D. J. Mevius, C. J. M. Bruschke, J. A. Wagenaar //

Zoonoses and Public Health. - 2015 . - Vol. 62, № 1. - P. 79-87. - doi: 10.1111/zph.12167.

287. Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2 / E. Bolyen, J. R. Rideout, M. R. Dillon [et al.] // Nature biotechnology. - 2019. - Vol. 37, № 8. - P. 852-857. - doi: 10.1038/s41587-019-0209-9.

288. Resistance integrons: class 1, 2 and 3 integrons / Y. Deng, X. Bao, L. Ji [et al.] // Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials. - 2015. - Vol. 14, № 1. - P. 111. - DOI 10.1186/s12941-015-0100-6.

289. Restricting the use of antibiotics in food-producing animals and its associations with antibiotic resistance in food-producing animals and human beings: a systematic review and meta-analysis / K. L. Tang, N. P. Caffrey, D. B. Nobrega [et al.] // Lancet Planet Health. - 2017. - Vol. 1, № 8. - P. 316-327. - DOI: 10.1016/S2542-5196(17)30141-9. - EDN

290. Rhamnolipid-Coated Iron Oxide Nanoparticles as a Novel Multitarget Candidate against Major Foodborne E. coli Serotypes and Methicillin-Resistant S. aureus / M. Sharaf, A. H. Sewid, H. I. Hamouda [et al.] // Microbiology Spectrum. - 2022. - Vol. 10, № 4. - P. 1-17. - doi: 10.1128/spectrum.00250-22.

291. Ribosomal Protection Proteins and Their Mechanism of Tetracycline Resistance / S. R. Connell, D. M. Tracz, K. H. Nierhaus, D. E. Taylor // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. - 2003. - Vol. 47, № 12. - P. 3675-3681. - doi: 10.1128/aac.47.12.3675-3681.2003.

292. Safely Coupling Livestock and Crop Production Systems: How Rapidly Do Antibiotic Resistance Genes Dissipate in Soil following a Commercial Application of Swine or Dairy Manure? / R. Marti, Y.-C. Tien, R. Murray [et al.] // Applied and Environnental Microbiology. - 2014. - Vol. 80, № 10. - P. 3258-3265. - doi: 10.1128/AEM.00231-14.

293. Salmonella enteritidis and Salmonella typhimurium identification in poultry carcasses / A. Afshari, A. Baratpour, S. Khanzade [et al.] // Iranian Journal of Microbiology. - 2018. - Vol. 10. - P. 45-50.

294. Sandoval-Motta, S. Adaptive resistance to antibiotics in bacteria: a systems biology perspective / S. Sandoval-Motta, M. Aldana // Wiley Interdisciplinary Reviews Systems Biology and Medicine. - 2016. - Vol. 8, № 3. - P. 253-267. - doi: 10.1002/wsbm. 1335.

295. SCC mec Finder, a web-based tool for typing of staphylococcal cassette chromosome mec in Staphylococcus aureus using whole-genome sequence data / H. Kaya, H. Hasman, J. Larsen [et al.] // Msphere. - 2018. - Vol. 3, № 1. - P. E00612-17. - doi: 10.1128/mSphere.00612-17.

296. Seasonal shedding of Escherichia coli O157: H7 in ruminants: a new hypothesis / T.S. Edrington T. R. Callaway, S. E. Ives [et al.] // Foodbourne Pathogens and Desease. - 2006. - Vol. 4. - P. 413-421. - DOI: 10.1089/fpd.2006.3.413.

297. Sequence Manipulation Suite: PCR Primer Stats [Электронный ресурс]. - Режим доступа: http://www.bioinformatics.org/sms2/pcr_primer_stats.html/. - Дата обращения: 02.04.2025.

298. Serogroups of Escherichia coli isolated from piglets in Spain / J. I. Garabal, E.A. Gonzalez, J. Blanco [et al.] // Vet Microbiol. - 1996. - Vol. 48 (1-2). - P. 113-123.

- doi: 10.1016/0378-1135(95)00150-6.

299. Short communication: Bovine mastitis caused by a multidrug-resistant, mcr-1-positive (colistin-resistant), extended-spectrum ß-lactamase-producing Escherichia coli clone on a Greek dairy farm / G. Filioussis, M. Kachrimanidou, G. Christodoulopoulos [et al.] // Journal of Dairy Science. - 2020. - Vol. 103, № 1. -P. 852-857. - doi:10.3168/jds.2019-17320.

300. Sievers, F. Clustal omega / F. Sievers, D. G. Higgins // Current protocols in bioinformatics. - 2014. - Vol. 48. - P. 3.13.1-3.13.16. - doi: 10.1002/0471250953.bi0313s48.

301. Strain belonging to an emerging, virulent sublineage of ST131 Escherichia coli isolated in fresh spinach, suggesting that ST131 may be transmissible through agricultural products / M. G. Balbuena-Alonso, M. Camps, G. Cortes-Cortes [et al.] // Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. - 2023. - Vol. 13. - P. 1237725.

- doi: 10.3389/fcimb.2023.1237725.

302. Strategies to attack pathogenic avian microorganisms: From probiotics to postbiotics / D. J. Bueno, J. D. Latorre, A. A. Shehata [et al.] // German Journal of Veterinary Research. - 2024. - Vol. 4, № 1. - P. 95-118. - DOI 10.51585/gjvr.2024.1.0079. -EDN AQDNIS.

303. Structure and mechanism of the genomically encoded fosfomycin resistance protein, FosX, from Listeria monocytogenes / K. L. Fillgrove, S. Pakhomova, M. R. Schaab [et al.] // Biochemistry. - 2007. - Vol. 46, № 27. - P. 8110-8120. - doi: 10.1021/bi700625p.

304. Structure and viability of 24-and 72-h-old biofilms formed by four pathogenic bacteria on polystyrene and glass contact surfaces / C. Rodriguez-Melcon, F. Riesco-Pelaez, J. Carballo [et al.] // Food Microbiology. - 2018. - Vol. 76. - P. 513517. - doi: 10.1016/j.fm.2018.06.016.

305. Surveillance of antimicrobial resistance among Escherichia coli from chicken and swine, China, 2008-2015 / P. Zhang, Z. Shen, C. Zhang [et al.] // Veterinary microbiology. - 2017. - Vol. 203. - P. 49-55. - DOI: 10.1016/j.vetmic.2017.02.008.

306. Swanson, K. V. The NLRP3 inflammasome: molecular activation and regulation to therapeutics / K. V. Swanson, M. Deng, J. P.-Y. Ting // Nature Reviews Immunology. - 2019. - Vol. 19, № 8. - P. 477-489. - doi: 10.1038/s41577-019-0165-0.

307. Taconelli, E. Public health burden of antimicrobial resistance in Europe / E. Taconelli, M. D. Pezzani // Lancet Infectious Diseases. - 2019. - Vol. 19, № 1. - P. 4-6. - doi: 10. 1016/S1473-3099(18)30648-0 .

308. Tankhiwale, S. Beta-lactamases in P. aeruginosa: a threat to clinical therapeutics / S. Tankhiwale // Current Pediatric Research. - 2016. - Vol. 20, № 1 - 2. - P. 253 -257. - URL: https://www.alliedacademies.org/articles/betalactamases-in-p-aeruginosa-a-threat-to-clinical-therapeutics.pdf.

309. Tenover, F. C. Mechanisms of antimicrobial resistance in bacteria / F. C. Tenover // The American Journal of Medicine. - 2006. - Vol. 119, № 6. - P. 562-570. - doi: 10.1016/j.amjmed.2006.03.011.

310. Terrestrial animal health code : general provisions. Yol. I. - 29-h edition. - Paris, 2021. - 491 p. - ISBN 978-92-95108-85-1.

311. Terrestrial animal health code : recommendations applicable to OIE listed diseases. Yol. II. - 28th edition. - Paris, 2019. - 797 p. - ISBN 978-92-95108-86-8. - URL: https://rr-europe.woah.org/app/uploads/2024/08/en_csatvol2-2022.pdf.

312. The effect of atmospheric cold plasma on bacterial stress responses and virulence using Listeria monocytogenes knockout mutants / A. Patange, C. OByrne, D. Boehm [et al.] // Frontiers in microbiology. - 2019. - Vol. L0. - P. 2841. - doi: 10.3389/fmicb.2019.02841.

313. The Escherichia coli O149 rfb gene cluster and its use for the detection of porcine E. coli O149 by real-time PCR / P. Goswami, C. Gyles, R. Friendship [et al.] // Veterinary Microbiology. - 2010. - Vol.141 (1-2). - P. 120-126. - DOI: 10.1016/j.vetmic.2009.08.017.

314. The European Union Summary Report on Antimicrobial Resistance in zoonotic and indicator bacteria from humans, animals and food in 2018/2019 // EFSA Jornal. -2021. - Vol. 19, № 4. - P. 6490. - DOI: 10.2903/j.efsa.2021.6490.

315. The global transcriptomes of Salmonella enterica serovars Gallinarum, Dublin and Enteritidis in the avian host / X. Fei, C. Schroll, K. Huang [et al.] //Microbial Pathogenesis. - 2023. - T. 182. - C. 106236. - DOI: 10.1016/j.micpath.2023.106236.

316. The impact of zoonotic MRSA colonization and infection in Germany / R. Kock, B. Ballhausen, M. Bischoff [et al.] // Berliner und Munchener Tierarztliche Wochenschrift. - 2014. - Vol. 127, № 9-10. - P. 384-398.

317. The NLRP3 Inflammasome: An Overview of Mechanisms of Activation and Regulation / N. Kelley, D. Jeltema, Y. Duan, Y. He // International Journal of Molecular Sciences. - 2019. - Vol. 20, № 13. - P. 3328. - doi: 10.3390/ijms20133328.

318. The OIE Strategy on Antimicrobial Resistance and the Prudent Use of Antimicrobials, November 2016. - OiE : World organisation for animal health, 2016. - 12 p. -

https://www.woah.org/fileadmin/Home/eng/Media_Center/docs/pdf/PortailAMR7E N_OIE-AMRstrategy.pdf.

319. The Present and Future of Whole Genome Sequencing (WGS) and Whole Metagenome Sequencing (WMS) for Surveillance of Antimicrobial Resistant Microorganisms and Antimicrobial Resistance Genes across the Food Chain / E. A. Oniciuc, E. Likotrafiti. A. Alvarez-Molina [et al.] // Genes. - 2018. - Vol. 9, № 5. -P. 268. - DOI: 10.3390/genes9050268.

320. The RAST Server: Rapid Annotation using Subsystems Technology / R. K. Aziz, D. Bartels, A. A. Best [et al.] // BMC Genomics. - 2008. - Vol. 9, № 1. - P. 75. - DOI: 10.1186/1471-2164-9-75.

321. The Rising Tide of Antimicrobial Resistance in Aquaculture: Sources, Sinks and Solutions / J. E. M. Watts, H. J. Schreier, L. Lanska, M. S. Hale // Marine drugs. -2017. - Vol. 15, № 6. - P. 158. - doi: 10. 3390/md15060158.

322. Toll-like receptor 4 (TLR4) antagonists as potential therapeutics for intestinal inflammation / J. S. Y. Tam, J. K. Coller, P. A. Hughes [et al.] // Indian Journal of Gastroenterology. - 2021. - Vol. 40, № 1. - P. 5-21. - doi:10.1007/s12664-020-01114-y.

323. Uncovering Listeria monocytogenes hypervirulence by harnessing its biodiversity / M. M. Maury, Y.-H. Tsai, C. Charlier [et al.] // Nature Genetics. - 2016. - Vol. 48, № 3. - P. 308-313. - doi: 10.1038/ng.3501.

324. Validating the AMRFinder tool and resistance gene database by using antimicrobial resistance genotype-phenotype correlations in a collection of isolates / M. Feldgarden, V. Brover, D. H. Haft [et al.] // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. - 2019. - Vol. 63, № 11. - P. e00483-19. - doi: 10.1128/AAC.00483-19.

325. VFDB 2016: hierarchical and refined dataset for big data analysis—10 years on / L. Chen, D. Zheng, B. Liu [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2016. - Vol. 44, № 1. -P. 694-697. - doi: 10.1093/nar/gkv1239.

326. VFDB 2019: a comparative pathogenomic platform with an interactive web interface / B. Liu, D. Zheng, Q. Jin [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2019. - Vol. 47, № 1. - P. 687- 692. - DOI: 10.1093/nar/gky1080 .

327. Villena J. Modulation of Intestinal TLR4-Inflammatory Signaling Pathways by Probiotic Microorganisms: Lessons Learned from Lactobacillus jensenii TL2937 / J. Villena, H. Kitazawa // Frontiers in immunology. - 2014. - Vol. 4. - P. 512. -DOI: 10.3389/fimmu.2013.00512.

328. Wagner, J. Cryo-electron tomography—the cell biology that came in from the cold / J. Wagner, M. Schaffer, R. Fernandez-Busnadiego // FEBS Letters. - 2017. - Vol. 591, № 17. - P. 2520-2533. - doi: 10.1002/1873-3468.12757.

329. Waksman, S. A. What is an antibiotic or an antibiotic substance? / S. A. Waksman // Mycologia. - 1947. - Vol. 39, № 5. - P. 565-569.

330. Walsh, C. Antibiotic resistance in foodborne pathogens. Teagasc Final Report Project RMIS No. 5036 / C. Walsh, G. Duffy. - Dublin : The National Food Centre, 2013. - 16 p. - URL : core.ac.uk>download/pdf/301304500.pdf.

331. WGS characterization of multidrug-resistant Escherichia coli isolated from poultry in the Russia / E. V. Krylova, I. V. Soltynskaya, A. N. Bogomazova [et al.] // Journal of Infection and Public Health. - 2020. - Vol. 13, № 2. - P. 332-333. - DOI 10.1016/j.jiph.2020.01.073. - EDN AYOODS.

332. Whole-genome sequence analysis of multidrug-resistant Campylobacter isolates: a

focus on aminoglycoside resistance determinants / Fabre A., M. Oleastro, A. Nunes [et

al.] //Journal of clinical microbiology. - 2018. - Vol. 56. - №. 9. - P. E00390-18. - DOI:

10.1128/JCM.00390-18.

333. Wise, E. M. J. Sulfonamide resistance mechanism in Escherichia coli: R plasmids can determine sulfonamide-resistant dihydropteroate synthases / E. M. J. Wise, M. M. Abou-Donia // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 1975. - Vol. 72, № 7. - P. 2621-2625.- doi: 10.1073/pnas.72.7.2621.

334. World Health Organization (WHO) [Электронный ресурс]. - Режим доступа: https://www.who.int/teams/surveillance-prevention-control-AMR/national-action-

plan-monitoring-evaluation/library-of-national-action-plans/. - Дата обращения: 29.08.2025.

335. Primer-BLAST: a tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction / J. Ye, G. Coulouris, I. Zaretskaya [et al.] // BMC bioinformatics. - 2012. - Vol. 13. - №. 1. - С. 134. - DOI: 10.1186/1471-2105-13-134.

336. Zeng, X. A single nucleotide in the promoter region modulates the expression of the P-lactamase OXA-61 in Campylobacter jejuni / X. Zeng, S. Brown, B. Gillespie //Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2014. - Vol. 69. - №. 5. - С. 12151223. - DOI: 10.1093/jac/dkt515.

9. Приложения

Приложение 1

УДК 619:579.6 ББК 48.41 А72

щии

Рецензенты на _ кандидат медицинских наук, 3аведуК)

Коробова ^"а^0бИОЛОгии Медицинского научно-образовател?;

лабораторией микробио т каф медиШт ' Ьн°-

3 лГгТГмени М В. Ломоносова, доцент кафедры медицинской Ми

—Ги иммунологии факультета фундаментальной медицины Mfy имени М В Ломоносова, г. Москва.

Кузьмин Владимир ^хександрович - доктор ветеринарных наук, Про. (Ьессор профессор кафедры эпизоотологии имени Урбана В.П. ФедералЬное ™сударс4нное бюджетное образовательное учреждение высшего обРазо_ вания «Санкт-Петербургский государственный университет ветеринарной медицины», г. Санкт-Петербург.

Хапцев Заур Юрьевич — кандидат биологических наук, доцент, До. цент кафедры микробиологии и биотехнологии Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Саратовский государственный университет генетики, биотехнологии и инженерии имени Н И. Вавилова», г. Саратов.

Макаров Д.А., Иванова O.E., Виноградова А.Г., Кузьменков А.Ю., Козлов P.C.

А72 Антибиотикорезистентность зоонозных и индикаторных бактерий, выделяемых от продуктивных животных. Практическое руководство. -Смоленск: СГМУ, 2023. — 80 е.: ил.

ISBN 978-5-9903685-0-7

В практическом руководстве отображена информация по вопросам изучения антибиотикорезистентности зоонозных и индикаторных бактерии, полученных от продуктивных животных. Представлены основные подх к транспортировке, хранению биоматериала и подготовке для последую щего исследования. Дана информация об этапах работы с биоматери > направленных на выделение, идентификацию и определение чувс™и и_ ности микроорганизмов к антибактериальных препаратам. Описаны ^ анты работы с онлайн-платформой AMRcloud для анализа и БИЗУ^И 'р11й, данных антибиотикорезистентности зоонозных и индикаторных оак ^ полученных от продуктивных животных. Руководство будет поле3оП1Й! и