Технологии редактирования генома для этиотропной терапии муковисцидоза тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, доктор наук Смирнихина Светлана Анатольевна

• Смирнихина Светлана Анатольевна
• доктор наук
• 2025

Оглавление диссертации доктор наук Смирнихина Светлана Анатольевна

ОГЛАВЛЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы

Степень разработанности темы исследования

Цель и задачи исследования

Задачи, решаемые в ходе исследования:

Научная новизна

Теоретическая и практическая значимость работы

Методология и методы диссертационного исследования

Основные положения, выносимые на защиту

Степень достоверности результатов

Апробация работы

Личный вклад автора в проведение исследования

Соответствие диссертации паспорту научной специальности

Публикации

Объем и структура работы

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Терапия наследственных заболеваний

1.1.1 Симптоматическая терапия наследственных заболеваний

1.1.2 Патогенетическая терапия наследственных заболеваний

1.1.3 Этиотропная (генная) терапия наследственных заболеваний

1.2 Муковисцидоз

1.2.1 Этиология и распространенность муковисцидоза

1.2.2 Лечение МВ

1.3 Геномное редактирование

1.3.1 Описание подхода

1.3.2 Методы геномного редактирования на основе двуцепочечного разрыва ДНК

1.3.3 Методы геномного редактирования без двуцепочечного разрыва ДНК

1.3.4 Потенциал методов геномного редактирования для лечения заболеваний человека

1.3.5 Пути лечения с использованием геномного редактирования

1.3.6 Преимущества и недостатки методов геномного редактирования

1.3.7 Клинические исследования препаратов на основе геномного редактирования

1.4 Модели для разработки терапии МВ

1.4.1 Индуцированные плюрипотентные стволовые клетки

1.4.2 2D культуры

1.4.3 3D культуры

1.5 Генная терапия МВ сейчас

1.6 Геномное редактирование для лечения МВ

1.7 Заключение

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Материалы исследования

2.2. Методы исследования

2.2.1 Репрограммирование фибробластов

2.2.2 Эмбриоидные тельца и дифференцировка

2.2.3 Получение бронхиальных органоидов из ИПСК

2.2.4 Получение легочных органоидов из ИПСК

2.2.5 Получение БКЛ из ИПСК

2.2.6 Получение легочных органоидов из БКЛ

2.2.7 Ведение линий ИПСК

2.2.8 Ведение линий БКЛ

2.2.9 Иммуноцитохимическое окрашивание ИПСК, эмбриоидных телец и дифференцированных клеток

2.2.10 Генотипирование ИПСК и фибробластов

2.2.11 Кариотипирование ИПСК

2.2.12 STR-анализ

2.2.13 Подтверждение элиминации вируса Сендай

2.2.14 Тестирование на микоплазменную контаминацию ИПСК

2.2.15 Форсколин-индуцированное набухание органоидов

2.2.16 Дизайн и синтез гидовой РНК для коррекции мутации F508del в гене СГТЯ с помощью CRISPR-Cas

2.2.17 Дизайн одноцепочечных олигодезоксирибонуклеотидов (оцОДР)

2.2.18 Дизайн и синтез молекул ДНК, кодирующих пегРНК, для праймированного редактирования

2.2.19 Клонирование плазмид

2.2.20 Приготовление химически компетентных клеток E.coli

2.2.21 Химическая трансформация E.coli

2.2.22 Выделение плазмидной ДНК из E.coli

2.2.23 Верификация плазмид

2.2.24 Трансфекция линий ИПСК

2.2.25 Трансфекция линий БКЛ

2.2.26 Проточная цитофлуориметрия

2.2.27 Амплификация фрагментов гена СЕТЯ и их глубокое таргетное секвенирование

2.2.28 Анализ результатов глубокого таргетного секвенирования после редактирования F508del

2.2.29 Оценка эффективности и точности редактирования мутации W1282X в гене СГТЯ111

2.2.30 Оценка неспецифического действия геномных редакторов

2.2.31 Статистический анализ

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

3.1 Создание биобанка охарактеризованных линий индуцированных плюрипотентных стволовых клеток от больных МВ с разными генотипами для разработки методов коррекции мутаций

3.2 Создание биобанка охарактеризованных производных ИПСК: бронхиальных, легочных органоидов и БКЛ

3.3 Оптимизация программы для анализа данных глубокого таргетного секвенирования

3.4 Коррекция мутации F508del в гене СЕТЯ в клеточных линиях от пациентов с МВ с использованием подходов CRISPR-Cas с гомологичной рекомбинацией и праймированного редактирования

3.4.1 Дизайн систем для геномного редактирования

3.4.2 Редактирование мутации F508del в гене СЕТЯ с помощью CRISPR-Cas

3.4.3 Редактирование мутации F508del в гене СЕТЯ с помощью праймированного редактирования

3.4.4 Сравнение эффективности редактирования мутации F508del в гене СЕТЯ с помощью CRISPR-Cas и праймированного редактирования

3.5 Коррекция мутации W1282X в гене СЕТЯ в разных клеточных линиях от пациента с МВ с использованием редактора оснований

3.6 Изучение восстановления проводимости канала CFTR после редактирования мутаций F508del и W1282X в гене СЕТЯ в легочных органоидах пациентов с МВ

3.6.1 Восстановление проводимости канала CFTR после редактирования мутации F508del в гене ОТЯ

3.6.2 Восстановление проводимости канала CFTR после редактирования мутации W1282X в гене ОТЯ

3.7 Неспецифическая активность методов геномного редактирования при коррекции мутаций F508del и W1282X в гене СГТЯ

3.7.1 Неспецифическая активность CRISPR-Cas в локусе редактирования мутации F508del в гене CFTR

3.7.2 Неспецифическая активность праймированного редактирования в локусе редактирования мутации F508del в гене CFTR

3.7.3 Сравнение неспецифической активности CRISPR-Cas и праймированного редактирования при коррекции мутации F508del в гене CFTR

3.7.4 Неспецифическая активность редактора оснований в локусе редактирования мутации W1282X в гене CFTR

3.7.5 Неспецифическая активность CRISPR-Cas в геноме после редактирования мутации F508del в гене CFTR

3.7.6 Неспецифическая активность праймированного редактирования в геноме после коррекции мутации F508del в гене CFTR

3.7.7 Неспецифическая активность редактора оснований в геноме после коррекции мутации W1282X в гене CFTR

3.8 Перспективы проведения доклинических исследований разработанных прототипов лекарственных препаратов

3.8.1 Выбор или создание системы доставки генетических конструкций в целевые клетки

3.8.2 Выбор пути введения препарата in vivo

3.8.3 Животная модель МВ

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

СПИСОК ПУБЛИКАЦИЙ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

Статьи в рецензируемых изданиях, рекомендованных ВАК при Минобрнауки России

Публикации в сборниках конференций, конгрессов и съездов

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

ААВ - аденоассоциированный вирус

ААВ6 - ААВ серотипа

БКЛ - базальные клетки легкого

БО - бронхиальные органоиды

гРНК - гидовая РНК

ДКИ - доклинические исследования

ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота

ДЦР - двуцепочечный разрыв

ДЭ - дефинитивная эндодерма

ИПСК - индуцированные плюрипотентные стволовые клетки,

ИЦХ - иммуноцитохимическое окрашивание

кДНК - комплементарная ДНК

КИ - клинические исследования

ЛНЧ - липидные наночастицы

ЛО - легочные органоиды

МВ - муковисцидоз

МДБ - миодистрофия Дюшенна-Беккера МДД - миодистрофия Дюшенна мРНК - матричная РНК

НГР - направленная гомологичная репарация НГСК - негомологичное соединение концов НК - нуклеиновая кислота

ОФВ1 - объём форсированного выдоха за первую секунду

оцОДР - одноцепочечный олигодезоксирибонуклеотид (от англ. single-stranded oligodeoxynucleotide)

пегРНК - направляющая РНК для праймированного редактирования (от англ. prime editing guide RNA, pegRNA)

ПЦР - полимеразная цепная реакция

РНК - рибонуклеиновая кислота

РНП - рибонуклеопротеиновый комплекс

СМА - спинальная мышечная атрофия

ФИН - форсколин-индуцированное набухание

ЭПК - эндодерма передней кишки ЭСК - эмбриональные стволовые клетки

ALI-культура - культивирование клеток на разделе воздух-жидкость (от англ. air-liquid interface)

BER - эксцизионная репарация оснований (от англ. base excision repair) CFBE41o— клетки бронхов трахеи больного муковисцидозом (от англ. cystic fibrosis bronchial epithelial 41о-)

CFTE - клетки эпителия трахеи больного муковисцидозом (от англ. cystic fibrosis tracheal epithelial),

CFTR - белок трансмембранный регулятор муковисцидоза (от англ. cystic fibrosis transmembrane conductance regulator)

CFTR - ген, кодирующий трансмембранный регулятор муковисцидоза (от англ. cystic fibrosis transmembrane conductance regulator)

CRISPR-Cas - группа методов на основе CRISPR-Cas9, включающая нуклеазы Cas12a, Cas13 и др.

CRISPR-Cas9 - группа регулярно перемежающихся коротких палиндромных повторов (CRISPR) и CRISPR-ассоциированный белок 9 (Cas9) (от англ. Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats/ CRISPR-associated protein 9)

crRNA - транскрипт РНК CRISPR локуса бактерий (от англ. CRISPR RNA) dCas9 - неактивная форма нуклеазы Cas9 (от англ. dead Cas9)

FDA - Управление по контролю качества пищевых продуктов и лекарственных средств США (от англ. Food and Drug Administration)

HBE - клетки линии бронхиального эпителия человека (от англ. human bronchial epithelial) HBECs - базальные клетки эпителия бронхов человека (от англ. human bronchial epithelial basal cells)

HNEs - первичные эпителиальные назальные клетки (от англ. human nasal epithelial), nCas9 - никаза Cas9 (от англ. nickase Cas9)

NGS - секвенирование следующего поколения (от англ. next-generation sequencing)

PAM - последовательность, смежная с протоспейсером (от англ. protospacer adjacent motif)

PBS - сайт начала синтеза кДНК (от англ. primer binding site)

PE1 - система праймированного редактирования 1 (от англ. prime editing 1)

PE2 - система праймированного редактирования 2 (от англ. prime editing 2)

PE3 - система праймированного редактирования 3 (от англ. prime editing 3)

RT template - матрица для обратной транскриптазы (от англ. reverse transcriptase template)

SEM - стандартная ошибка среднего (от англ. standard error of the mean)

sgRNA - единая направляющая РНК (от англ. single guide RNA) SpCas9 - нуклеаза Cas9 из Streptococcus pyogenes

TALEN - эффекторные нуклеазы, подобные активаторам транскрипции (от англ. transcription activator-like effector nucleases)

tracrRNA - трансактивирующая crRNA (от англ. trans-activating crRNA) UABCs - базальные стволовые клетки верхних дыхательных путей (от англ. upper-airway basal stem cells)

ZFN - нуклеазы цинковых пальцев (от англ. Zink Finger Nucleases)

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Технологии редактирования генома для этиотропной терапии муковисцидоза»

ВВЕДЕНИЕ Актуальность темы

Моногенные заболевания - группа редких (орфанных) болезней, возникающих в результате нарушений в генах. Обычно это тяжелые инвалидизирующие заболевания, возникающие в раннем возрасте, имеющие хроническое прогредиентное течение и зачастую не имеющие этиотропной терапии [1]. Успехи молекулярной биологии, генетики, химии и фармацевтики позволили для ряда заболеваний (например, для некоторых наследственных болезней обмена веществ) разработать патогенетическую терапию [2]. Несмотря на ее эффективность, она не позволяет излечить заболевание и сопровождается пожизненным приемом препаратов, имеющих побочные эффекты и довольно высокую стоимость [3].

В связи с этим попытки разработать этиотропную терапию наследственных заболеваний ведутся с конца 60-х гг. прошлого века [4]. Сама идея генной терапии стала возможной, благодаря открытию рестриктаз, промоторов, вирусов, которые инфицировали клетки, определению причины заболеваний, определению последовательности и функций генов [5]. Несмотря на то, что все эти вопросы были достаточно изучены еще в XX веке, первый генотерапевтический препарат был одобрен лишь в 2012 году [6]. Сейчас (по состоянию на апрель 2025 года) в мире одобрено 33 препарата для генной ДНК терапии (включая генно-клеточную терапию) и 35 препаратов на основе РНК терапии [7].

Успехи молекулярной генетики в 1996 году привели к появлению первого метода, позволяющего редактировать (то есть изменять) структуру гена - метод нуклеаз цинковых пальцев (ZFNs) [8], который буквально перевернул наши представления о возможностях генной терапии. За ним последовало открытие и других методов геномного редактирования: на основе нуклеаз эффекторов, подобных активатору транскрипции (TALEN) [9] и CRISPR-Cas [10]. Направление, связанное с редактированием генома, настолько быстро развивается, что в конце 2023 года был одобрен первый препарат генной терапии (exagamglogene autotemcel), основанный на методе CRISPR-Cas, для лечения серповидно-клеточной анемии [11], и он же получил одобрение в начале 2024 года для лечения бета-талассемии [12].

Муковисцидоз (МВ) - довольно частое моногенное заболевание, обусловленное мутациями в гене CFTR (в рамках данной работы под мутациями понимали патогенные и вероятно-патогенные варианты), кодирующем одноименный хлорный ионный канал, расположенный на апикальной поверхности эпителиальных клеток [13]. Количество пациентов в мире превышает 100 тыс. человек (около 4 тыс. проживает в России [14], более 33 тыс.

зарегистрированы в США [15], более 56 тыс. - в Европе [16]). Несмотря на высокую эффективность существующей патогенетической терапии МВ в отношении пациентов с мутацией F508del (c.1521_1523delCTT, p.Phe508del) в гене CFTR, лечение является пожизненным, дорогостоящим и имеет побочные эффекты, которые приводят к вынужденной отмене препаратов [3]. При этом патогенетическая терапия подходит не всем пациентам с МВ, так, например, не разработано препаратов для патогенетического лечения МВ, обусловленного нонсенс-мутациями, например, W1282X (c.3846G>A, p.Trp1282*).

Попытки разработки генной терапии МВ предпринимаются с 90-х гг. прошлого века, однако до сих пор ни один из препаратов не получил одобрение для клинического применения. Во всех проведенных клинических исследованиях была показана низкая эффективность и кратковременность действия препаратов, что, в первую очередь, было связано с тем, что в основе разрабатываемых препаратов лежала генозаместительная терапия [17]. Принцип действия геномного редактирования имеет основное преимущество - возможность коррекции мутации в клетках, что обеспечивает длительный, если не пожизненный эффект.

Таким образом, разработка этиотропной терапии МВ остается актуальной задачей и для ее решения оптимальным подходом является использование геномного редактирования.

Степень разработанности темы исследования

Согласно американской базы данных клинических исследований (КИ), ClinicalTrials.gov [18], сейчас зарегистрировано 135 КИ по лечению разных заболеваний (наследственных, онкологических, инфекционных и многофакторных) с помощью трех основных методов геномного редактирования. КИ разработанных препаратов на основе редактирования генома инициированы в отношении серповидно-клеточной анемии, ß-талассемии, гемофилии В, мукополисахаридозов I и II типов, врожденного амавроза Лебера 10 и ряда других моногенных нозологий [18]. Один из препаратов (CTX001) для лечения серповидно-клеточной анемии и ß-талассемии, в основе которого лежит метод CRISPR-Cas, сейчас проходит III фазу КИ и не так давно получил одобрение FDA для терапии серповидно-клеточной анемии [11].

В отношении МВ было инициировано около 1500 КИ, часть из которых была связана с генозаместительной терапией. Несмотря на это, на текущий момент не инициировано ни одного КИ препаратов на базе методов геномного редактирования для лечения МВ. Между тем, известно, что довольно много научных коллективов проводят соответствующие исследования in vitro. Опубликовано порядка 50 научных исследований, посвященных доклинической разработке

препаратов на основе геномного редактирования для лечения МВ [19-61]. Большинство этих исследований направлено на коррекцию самой частой при МВ мутации - Б508ёе1.

Лучшие результаты по коррекции мутации Б508ёе1 в гене СГТЯ были показаны в работах Яиап I. с соавт. [35] - 12,7% отредактированных аллелей СГТЯ, и Уа1ёуапаШап Б с соавт. [41] -41% эффективность коррекции мутации. В этих исследованиях был использован классический метод СШБРЯ-Сав, в основе которого лежит создание двуцепочечного разрыва ДНК. Более современные методы СШБРЯ-Сав, работающие через создание одноцепочечного разрыва или вообще без разрыва ДНК (редакторы оснований и праймированное редактирование), также были протестированы для коррекции мутаций в гене СГТЯ и продемонстрировали различную эффективность - от единичных редактированных клеток [39, 46] до 82% корректированных аллелей [48].

В России разработкой препаратов для лечения МВ на основе методов редактирования генома занимается только одна научная группа из Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова» (ФГБНУ «МГНЦ»).

Цель и задачи исследования

Цель исследования: разработать подходы к коррекции мутаций, приводящих к муковисцидозу, на основе методов геномного редактирования.

Задачи, решаемые в ходе исследования:

1. Создать биобанк охарактеризованных линий индуцированных плюрипотентных стволовых клеток (ИПСК) от больных муковисцидозом (МВ) с разными генотипами, пригодный для разработки методов коррекции мутаций.

2. Создать биобанк охарактеризованных производных ИПСК: легочных, бронхиальных органоидов и базальных клеток легкого.

3. Оптимизировать и внедрить программу для анализа данных глубокого таргетного секвенирования.

4. Сравнить эффективность подходов CRISPR-Cas с гомологичной рекомбинацией и праймированного редактирования для коррекции F508del у пациентов с МВ.

5. Изучить эффективность коррекции мутации W1282X в гене СГТЯ в разных клеточных линиях от пациента с МВ с использованием редактора оснований.

6. Оценить восстановление проводимости канала CFTR после редактирования мутаций F508del и W1282X в гене СЕТЯ в легочных органоидах пациентов с МВ.

7. Оценить неспецифические последствия применения геномного редактирования после коррекции мутаций F508del и W1282X в гене СЕТЯ.

Научная новизна

В работе представлены данные разработки прототипов генотерапевтических препаратов для лечения МВ на основе методов редактирования генома.

Впервые в России создан биобанк клеточных линий ИПСК и их производных, полученных из клеток пациентов с МВ. Этот биобанк может быть использован для разработки новых методов лечения, создания лекарственных препаратов как на основе генотерапии, так и с использованием традиционных фармакологических подходов. Клеточные линии от пациентов также могут быть использованы в скрининге уже существующих активных молекул, потенциально пригодных для терапии МВ.

Впервые в мире получены данные по эффективности коррекции мутаций в гене СЕТЯ с помощью мутированной нуклеазы eSpCas9(1.1) и аденинового редактора оснований xCas9(3.7)-АВЕ(7.10). Полученные данные свидетельствуют о том, что указанные редакторы обладают высокой точностью, но недостаточной эффективностью, что требует дальнейшей оптимизации их работы.

Впервые разработан метод коррекции мутации F508del в гене СЕТЯ на основе праймированного редактирования, эффективность которого достаточна для получения клинического эффекта при лечении МВ. Указанный метод может быть использован как основа для разработки современных генотерапевтических препаратов, в том числе для лечения МВ.

Впервые в мире показано, что метод праймированного редактирования имеет более высокую эффективность, по сравнению с CRISPR-Cas с гомологичной рекомбинацией, в отношении мутации F508del в гене СЕТЯ.

Впервые в мире показано восстановление проводимости канала CFTR после праймированного редактирования мутации F508del в гене СЕТЯ в легочных органоидах при проведении форсколин-индуцированного набухания.

Теоретическая и практическая значимость работы

Данное диссертационное исследование является первым этапом создания лекарственных генотерапевтических препаратов для лечения МВ, которые затем будут тестированы на доклиническом и клиническом уровнях. Создание препаратов позволит излечить или существенно улучшить качество жизни пациентов с МВ, повысит продолжительность жизни пациентов. Стоимость препаратов, предположительно, будет существенно ниже пожизненной терапии CFTR-модуляторами, что снизит затраты государства на обеспечение лекарственными препаратами нескольких тысяч пациентов с МВ. По предварительной оценке препараты для коррекции мутации Б508ёе1 в гене СЕТЯ подойдут для лечения более 50% пациентов с МВ в России.

В рамках работы создан биобанк клеточных линий ИПСК и их производных, полученных из клеток пациентов с МВ. Клеточные линии из этого биобанка могут быть использованы для широкого спектра задач: изучения патогенеза МВ и работы ионных каналов при МВ, разработки новых препаратов для лечения МВ, скрининга существующих лекарственных препаратов.

Показано, что мутированная нуклеаза eSpCas9(1.1), редакторы РЕтах и РЕ2-КО обладают достаточной эффективностью, а праймированные редакторы также обладают низким уровнем неспецифических изменений генома, в связи с чем потенциально могут стать основной лекарственных препаратов для лечения заболеваний человека, включая МВ.

Были созданы медицинские технологии «Лечение муковисцидоза методами таргетного редактирования генома» и «Исправление с помощью CRISPR/Cas9 мутации F508del в гене СЕТЯ при муковисцидозе», которые были внедрены в практику научно-исследовательских работ ФГБНУ «МГНЦ» (Акт внедрения (использования) №21 от 24.11.2016 г. и Акт внедрения (использования) №3 от 23.12.2019 г.) и в практику научно-исследовательских работ НИИ медицинской генетики Федерального государственного бюджетного научного учреждения «Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук» (Акт внедрения (использования) №39 от 25.11.2016 г.).

Результаты работы внедрены в педагогическую деятельность ФГБНУ «МГНЦ»: входят в рабочую программу дисциплины «Методы редактирования генома в терапии наследственных заболеваний» (108 часов (3 з.е.)) и опубликованы в учебно-методическом пособии «Базовые принципы редактирования генома» (2023 год).

Методология и методы диссертационного исследования

Методологической и теоретической основой диссертационной работы являлись отечественные и зарубежные исследования в области генной терапии, геномного редактирования и лечения МВ.

На первом этапе создан биобанк охарактеризованных линий индуцированных плюрипотентных стволовых клеток (ИПСК) от больных МВ с разными генотипами для разработки методов коррекции мутаций. Для этого взята биопсия кожи у пациентов, выделены фибробласты, из которых затем с помощью методов репрограммирования получены ИПСК. ИПСК охарактеризованы следующим образом: генотипированы, кариотипированы, подтверждена экспрессия маркеров плюрипотентности и способность к дифференцировке в три зародышевых листка, проведено STR типирование. Клетки криоконсервированы для дальнейшей работы.

На втором этапе создан биобанк охарактеризованных производных ИПСК: легочных, бронхиальных органоидов и базальных клеток легкого (БКЛ). Характеристика включает следующее: генотипирование, STR типирование, подтверждение экспрессии специфических клеточных маркеров. Клетки криоконсервированы для дальнейшей работы.

Далее проведено изучение эффективности коррекции мутаций F508del в гене СГТЯ в разных клеточных линиях от пациентов с МВ с использованием подходов CRISPR-Cas с гомологичной рекомбинацией и праймированного редактирования. Для этого использованы следующие методы: клонирование, наращивание и выделение плазмид для редактирования; трансфекция плазмид в клетки разных линий от разных пациентов; выделение ДНК, ПЦР, глубокое таргетное секвенирование, биоинформатический анализ полученных данных, методы статистической обработки данных.

Изучена эффективность коррекции мутаций W1282X в гене СГТЯ в разных клеточных линиях от пациента с МВ с использованием редактора оснований. Для этого использованы следующие методы: клонирование, наращивание и выделение плазмид для редактирования; трансфекция плазмид в клетки разных линий от пациента; выделение ДНК, РНК, ПЦР, глубокое таргетное секвенирование, биоинформатический анализ полученных данных, методы статистической обработки данных.

Для оценки восстановления проводимости канала CFTR после редактирования мутаций F508del и W1282X в гене СГТЯ из БКЛ пациентов с МВ после редактирования мутаций получены легочные органоиды, в которых проведено форсколин-индуцированное набухание. Использован биоинформатический анализ полученных данных, методы статистической обработки данных.

Для оценки неспецифической активности CRISPR-Cas после геномного редактирования мутаций F508del и W1282X в гене СЕТЯ из редактированных БКЛ выделена ДНК и проведено глубокое таргетное секвенирование. Использован биоинформатический анализ полученных данных, методы статистической обработки данных.

Основные положения, выносимые на защиту

1. Для разработки и оценки эффективности и безопасности технологий редактирования генов необходимо создание клеточных моделей заболеваний, например, индуцированных плюрипотентных стволовых клеток и их производных различной направленности и степени дифференцировки (например, базальных клеток легкого).

2. Оба использованных в данной работе подхода: технология CRISPR-Cas и праймированное редактирование позволяют получить относительно высокую эффективность коррекции мутации F508del в гене СЕТЯ в пациент-специфических клетках (13,8% и 18,9% аллелей, соответственно), что превышает принятый в данной работе порог эффективности в 10% аллелей.

3. Оценка частоты внесения нежелательных изменений ДНК (инделов) в локус редактирования на примере коррекции мутации F508del в гене СЕТЯ с использованием технологии CRISPR-Cas в пациент-специфических клетках показала превышение частоты нежелательных изменений по сравнению с частотой эффективной коррекции мутации, что делает данный подход неприменимым для клинического использования.

4. Технология праймированного редактирования показала высокую эффективность коррекции мутации F508del в гене СЕТЯ в пациент-специфических клетках и низкую частоту внесения нежелательных изменений как в локус редактирования, так и за его пределами, что позволяет рассматривать данный подход как наиболее перспективный для разработки генной терапии МВ.

5. Адениновый редактор оснований хСаБ9(3.7)-АВЕ(7.10) демонстрирует недостаточно высокую эффективность коррекции мутации W1282X (c.3846G>A) в гене СЕТЯ в пациент-специфических клетках, что не позволяет рассматривать данный терапевтический подход как потенциально эффективный.

6. Функциональный анализ, необходимый для оценки эффективности редактирования гена, показал что праймированное редактирование мутации F508del в гене СЕТЯ вариантом пегРНК4+РЕ2-КО в БКЛ позволяет восстановить проводимость канала CFTR до уровня,

демонстрируемого с применением тройной терапии CFTR-модулятором ивакафтор/тезакафтор/элексакафтор, что составляет около 20% от нормы.

Степень достоверности результатов

Результаты работы получены на большом экспериментальном материале. Для достижения высокого уровня достоверности эксперименты проводились в не менее трех повторностях с последующим анализом полученных результатов при использовании современных методов статистической оценки, верифицированы независимыми методами. Цель и задачи работы основываются на данных современных исследований в области молекулярной биологии, биотехнологии, генетики и клеточной биологии. В работе использовались современные молекулярно-биологические и генетические методы исследования. Поставленные в работе цель и задачи полностью выполнены, и их результаты полностью отражены в выводах.

Апробация работы

Материалы диссертации представлены на 39 научных конгрессах, конференциях, съездах, форумах и саммитах: Первая международная научно-практическая конференция «Геномное редактирование в медицинской генетике» в рамках Третьего всероссийского научно-практического конгресса с международным участием «ОРФАННЫЕ БОЛЕЗНИ», 2 июня 2018 г., г. Москва, Россия; European Human Genetics Conference-2018, 16-19 июня 2018, г. Милан, Италия; Международный конгресс CRISPR-2018, 10-14 сентября 2018 г., г. Новосибирск, Россия; Международный Научный Конгресс "Генетика XXI века", 25-28 мая 2019 г., г. Москва, Россия; 42nd European Cystic Fibrosis Conference, 5-8 июня 2019 г., г. Ливерпуль, Великобритания; Международный конгресс "Health age. Активное долголетие", 13 июня 2019 г., г. Москва, Россия; European Human Genetics Conference-2019, 15-18 июня 2019 г., г. Гетеборг, Швеция; 34th Annual North American Cystic Fibrosis Conference, 7-23 октября 2020 г., онлайн; Форум «Инновационная терапия в области редких заболеваний и биотехнологий», 10 декабря 2020 г., онлайн; Всероссийская мультимедийная конференция с международным участием «Генная терапия: настоящее и будущее», 18 декабря 2020 г., онлайн; Онлайн-конференция «Перспективы разработки новых методов диагностики и лечения редких наследственных заболеваний в Российской Федерации», 23 марта 2021 г., онлайн; XV Национальный конгресс «Инновационные методы диагностики и терапии муковисцидоза. Прорыв в будущее» с международным участием, посвященный памяти профессора Н.И. Капранова, 20-21 мая 2021 г., г. Суздаль, Россия;

Международная научно-практическая конференция «Геномное редактирование в медицинской генетике» в рамках IX Съезда Российского общества медицинских генетиков, 30 июня - 2 июля 2021 г., г. Москва, Россия; Всероссийский фестиваль науки, 8-10 октября 2021 г., г. Москва, Россия; III Всероссийский форум медицинских и общественных организаций «Объединим усилия в борьбе с муковисцидозом», 12-13 ноября 2021 г., онлайн; Всероссийская мультимедийная конференция с международным участием «Генная терапия: настоящее и будущее», 14 декабря 2021 г., онлайн; IV Всероссийский научно-практический конгресс с международным участием «Орфанные болезни», 9-10 июня 2022 г., г. Москва, Россия; Всероссийская школа-конференция «Биоресурсные коллекции биологических образцов пациентов с генетическими заболеваниями» в рамках Научного форума «Генетические ресурсы России», 21-24 июня 2022 г., г. Санкт-Петербург, Россия; The 7th BRICS Young Scientist Forum, 29 августа - 1 сентября 2022 г., онлайн; Юбилейная научная конференция «Николай Константинович Кольцов и биология XXI века», 3-8 октября 2022 г., г. Москва, Россия; Всероссийский фестиваль науки 0+, 7-9 октября 2022 г., г. Москва, Россия; Всероссийская мультимедийная конференция «Генная терапия: настоящее и будущее», 14 декабря 2022 г., онлайн; XVI Национальный конгресс «Муковисцидоз и наследственные заболевания легких» с международным участием, 26-28 апреля 2023 г., г. Самара, Россия; Вторая всероссийская школа-конференция «Биоресурсные коллекции биологических образцов пациентов с генетическими заболеваниями», 26-27 июня 2023 г., г. Санкт-Петербург, Россия; VII Сеченовский Международный Биомедицинский Саммит 2023: Мегатренды в биомедицине (SIBS 2023), 8-9 ноября 2023 г., г. Москва, Россия; Всероссийская мультимедийная конференция «Генная терапия: настоящее и будущее», 14 декабря 2023 г., онлайн; Всероссийская мультимедийная конференция «Генная терапия: настоящее и будущее», 23 мая 2024 г., онлайн; Международная онлайн-конференция «Технология системы редактирования генома: области применения в современном мире», 20 июня 2024 г., онлайн; VI Всероссийский научно-практический конгресс с международным участием «Орфанные болезни», 20-21 июня 2024 г., г. Москва; 14-я Международная конференция по биоинформатике регуляции и структуры генома/системной биологии, 5-10 августа 2024 г., г. Новосибирск; XVIII международный симпозиум памяти Р.М. Горбачевой, 19-21 сентября 2024 г., г. Санкт-Петербург; Вебинар ПЦР Ньюс, 10 октября 2024 г., онлайн; Всероссийская конференция с международным участием «Биохимия человека», 17-19 октября 2024 г., г. Москва; VI Всероссийский Форум медицинских и общественных организаций «Объединим усилия в борьбе с муковисцидозом», 8-9 ноября 2024 г., онлайн; Всероссийская мультимедийная конференция «Генная терапия: настоящее и будущее», 7-8 апреля 2025 г., г. Москва; XVII Национальный конгресс по муковисцидозу «Новые горизонты в диагностике и лечении муковисцидоза: с верой в будущее» с международным участием, посвящённый 35-летию

научно-клинического отдела муковисцидоза ФГБНУ «МГНЦ им. Н.П Бочкова», 24-25 апреля 2025 г., г. Москва; Третий Саммит разработчиков лекарственных препаратов «Сириус.Биотех», 21-23 мая 2025 г., г. Сочи; XI Съезд Российского общества медицинских генетиков с международным участием, 12-15 мая 2025 г., г. Санкт-Петербург; Международная научно-практическая конференция студентов и молодых ученых до 35 лет «#SCIENCE4HEALTH», 1517 мая 2025 г., г. Москва.

Работа одобрена этическим комитетом (Протокол № 7/1 от 12 октября 2023 г.) и прошла экспертную комиссию, рекомендована к защите на заседании Диссертационного совета 24.1.168.01 при Федеральном государственном бюджетном научном учреждении «Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова».

Личный вклад автора в проведение исследования

Автор работы принимал участие на всех этапах её проведения. Автором проанализированы актуальные данные отечественной и зарубежной литературы по теме диссертации, определено направление работы. Автором лично сформулированы цель и задачи исследования, определены методы, используемые в работе. Автором лично разработан дизайн всех генетических конструкций, используемых в работе. Автор осуществлял проведение всех этапов экспериментальной работы. Автор участвовал в разработке программы для ЭВМ для анализа данных глубокого таргетного секвенирования, которая использована в работе. Автор принимал участие в анализе эффектов редактирования на уровне ДНК. Автор осуществлял обработку и интерпретацию полученных результатов, сформулировал выводы. Автор лично представил результаты работы на 15 международных и 24 всероссийских конференциях. Материалы исследования подготовлены автором к публикации в рецензируемых зарубежных журналах.

Соответствие диссертации паспорту научной специальности

Диссертация соответствует паспорту специальности 1.5.7. — Генетика (медицинские науки). В диссертационной работе рассмотрены следующие направления: «Генетика человека. Медицинская генетика. Наследственные болезни. Генетическая терапия» (целью работы является разработка подходов к коррекции мутаций, приводящих к МВ, на основе методов геномного редактирования, то есть разработка генной терапии наследственного заболевания), «Генетика соматических клеток. Репрограммирование стволовых/соматических клеток»

(диссертация включает в себя работу с соматическими клетками пациентов и их репрограммирование в индуцированные плюрипотентные стволовые клетки), «Генетические основы биотехнологии. Генетическая и клеточная инженерия» (работа описывает создание и использование генно-инженерных конструкций для направленного изменения генома клеток пациентов).

Публикации

Материалы диссертационной работы представлены в 55 печатных работах, в том числе в 28 статьях (24 в Web of Science и/или Scopus, К1 - 4, К2 - 2), опубликованных в журналах, рекомендованных ВАК при Минобрнауки России для соискателей ученой степени доктора медицинских наук. В опубликованных научных работах и автореферате полностью отражены основные результаты диссертации, положения и выводы.

По результатам исследования получено два патента на изобретение: № 2815943 от 25.03.2024 «Способ получения базальных клеток легкого человека из индуцированных плюрипотентных стволовых клеток человека» и № 2821564 от 25.06.2024 «Способ получения, культивирования и характеристики бронхиальных и легочных органоидов из индуцированных плюрипотентных стволовых клеток человека».

По результатам исследования получено Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ: «Программа анализа данных глубокого таргетного секвенирования для оценки геномного редактирования» (Свидетельство о регистрации программы для ЭВМ № 2021680469, 10.12.2021).

Список литературы диссертационного исследования доктор наук Смирнихина Светлана Анатольевна, 2025 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Бочков Н.П.Клиническая генетика: учебник / Н. П. Бочков, В. П. Пузырев, С. А. Смирнихина - М.: ГЭОТАР- Медиа Вып. 4-е изд., доп. и перераб.- 592 с.

2. Гинтер Е.К.Медицинская генетика: национальное руководство / Е. К. Гинтер, В. П. Пузырев, С. И. Куцев - М.: ГЭОТАР-Медиа, 2022.- 896 с.

3. Jia S. Cystic Fibrosis Modulator Therapies / Jia S., Taylor-Cousar J.L. // Annual Review of Medicine - 2023. - Т. 74 - С.413-426.

4. Aposhian H.V. The use of DNA for gene therapy--the need, experimental approach, and implications / Aposhian H.V. // Perspectives in Biology and Medicine - 1970. - Т. 14 - № 1 - С.98-108.

5. Wirth T. History of gene therapy / Wirth T., Parker N., Yla-Herttuala S. // Gene - 2013. - Т. 525 - № 2 - С.162-169.

6. Yla-Herttuala S. Endgame: glybera finally recommended for approval as the first gene therapy drug in the European union / Yla-Herttuala S. // Molecular Therapy: The Journal of the American Society of Gene Therapy - 2012. - Т. 20 - № 10 - С.1831-1832.

7. Quarterly Gene, Cell, and RNA Therapy Landscape Report | ASGCT - American Society of Gene & Cell Therapy [Электронный ресурс]. URL: https://www.asgct.org/publications/landscape-report (дата обращения: 27.03.2025).

8. Kim Y.G. Hybrid restriction enzymes: zinc finger fusions to Fok I cleavage domain / Kim Y.G., Cha J., Chandrasegaran S. // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America - 1996. - Т. 93 - № 3 - С.1156-1160.

9. Cermak T. Efficient design and assembly of custom TALEN and other TAL effector-based constructs for DNA targeting / Cermak T., Doyle E.L., Christian M., Wang L., Zhang Y., Schmidt C., Baller J.A., Somia N.V., Bogdanove A.J., Voytas D.F. // Nucleic Acids Research - 2011. - Т. 39 - № 12 - C.e82.

10. Jinek M. A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity / Jinek M., Chylinski K., Fonfara I., Hauer M., Doudna J.A., Charpentier E. // Science (New York, N.Y.) - 2012. - Т. 337 - № 6096 - С.816-821.

11. Philippidis A. CASGEVY Makes History as FDA Approves First CRISPR/Cas9 Genome Edited Therapy / Philippidis A. // Human Gene Therapy - 2024. - Т. 35 - № 1-2 - С.1-4.

12. Vertex Pharmaceuticals Incorporated Casgevy (exagamglogene autotemcel) [package insert].

13. Derichs N. Targeting a genetic defect: cystic fibrosis transmembrane conductance regulator modulators in cystic fibrosis / Derichs N. // European Respiratory Review: An Official Journal of the European Respiratory Society - 2013. - Т. 22 - № 127 - С.58-65.

14. Воронкова А.Ю.Регистр пациентов с муковисцидозом в Российской Федерации. 2022 год / А. Ю. Воронкова, Е. Л. Амелина, Н. Ю. Каширская, Е. И. Кондратьева, С. А. Красовский, М. А. Старинова, Н. А. Ильенкова, В. В. Чикунов - М.: ИД «МЕДПРАКТИКА-М», 2024 - 68c.

15. Patient Registry | Cystic Fibrosis Foundation [Электронный ресурс]. URL: https://www.cff.org/medical-professionals/patient-registry (дата обращения: 27.03.2025).

16. The European Cystic Fibrosis SocietyThe European Cystic Fibrosis Society Patient Registry. Highlights Report 2023 / The European Cystic Fibrosis Society - , 2025.

17. Griesenbach U. Cystic Fibrosis Gene Therapy in the UK and Elsewhere / Griesenbach U., Pytel K.M., Alton E.W.F.W. // Human Gene Therapy - 2015. - Т. 26 - № 5 - С.266-275.

18. National Library of Medicine ClinicalTrials.gov.

19. Maeder M.L. Rapid «open-source» engineering of customized zinc-finger nucleases for highly efficient gene modification / Maeder M.L., Thibodeau-Beganny S., Osiak A., Wright D.A., Anthony R.M., Eichtinger M., Jiang T., Foley J.E., Winfrey R.J., Townsend J.A., Unger-Wallace E., Sander J.D., Müller-Lerch F., Fu F., Pearlberg J., Göbel C., Dassie J.P., Pruett-Miller S.M., Porteus M.H., Sgroi D C., Iafrate A.J., Dobbs D., McCray P.B., Cathomen T., Voytas D.F., Joung J.K. // Molecular Cell - 2008. - Т. 31 - № 2 - С.294-301.

20. Lee C.M. Correction of the AF508 Mutation in the Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator Gene by Zinc-Finger Nuclease Homology-Directed Repair / Lee C.M., Flynn R., Hollywood J A., Scallan M.F., Harrison P.T. // BioResearch Open Access - 2012. - Т. 1 - № 3 -С.99-108.

21. Ramalingam S. Generation and genetic engineering of human induced pluripotent stem cells using designed zinc finger nucleases / Ramalingam S., London V., Kandavelou K., Cebotaru L., Guggino W., Civin C., Chandrasegaran S. // Stem Cells and Development - 2013. - Т. 22 - № 4 -С.595-610.

22. Schwank G. Functional repair of CFTR by CRISPR/Cas9 in intestinal stem cell organoids of cystic fibrosis patients / Schwank G., Koo B.-K., Sasselli V., Dekkers J.F., Heo I., Demircan T., Sasaki N., Boymans S., Cuppen E., Ent C.K. van der, Nieuwenhuis E.E.S., Beekman J.M., Clevers H. // Cell Stem Cell - 2013. - Т. 13 - № 6 - С.653-658.

23. Ramalingam S. TALEN-mediated generation and genetic correction of disease-specific human induced pluripotent stem cells / Ramalingam S., Annaluru N., Kandavelou K., Chandrasegaran S. // Current Gene Therapy - 2014. - Т. 14 - № 6 - С.461-472.

24. Crane A.M. Targeted correction and restored function of the CFTR gene in cystic fibrosis induced pluripotent stem cells / Crane A.M., Kramer P., Bui J.H., Chung W.J., Li X.S., Gonzalez-Garay ML., Hawkins F., Liao W., Mora D., Choi S., Wang J., Sun H.C., Paschon D.E., Guschin D.Y., Gregory P.D., Kotton D.N., Holmes M.C., Sorscher E.J., Davis B.R. // Stem Cell Reports - 2015. - T. 4 - № 4 -C.569-577.

25. Firth A.L. Functional Gene Correction for Cystic Fibrosis in Lung Epithelial Cells Generated from Patient iPSCs / Firth A.L., Menon T., Parker G.S., Qualls S.J., Lewis B.M., Ke E., Dargitz C.T., Wright R., Khanna A., Gage F.H., Verma I.M. // Cell Reports - 2015. - T. 12 - № 9 - C.1385-1390.

26. Bednarski C. Targeted Integration of a Super-Exon into the CFTR Locus Leads to Functional Correction of a Cystic Fibrosis Cell Line Model / Bednarski C., Tomczak K., Vom Hövel B., Weber WM., Cathomen T. // PloS One - 2016. - T. 11 - № 8 - C.e0161072.

27. Suzuki S. TALENs Facilitate Single-step Seamless SDF Correction of F508del CFTR in Airway Epithelial Submucosal Gland Cell-derived CF-iPSCs / Suzuki S., Sargent R.G., Illek B., Fischer H., Esmaeili-Shandiz A., Yezzi M.J., Lee A., Yang Y., Kim S., Renz P., Qi Z., Yu J., Muench M.O., Beyer A.I., Guimaräes A.O., Ye L., Chang J., Fine E.J., Cradick T.J., Bao G., Rahdar M., Porteus M.H., Shuto T., Kai H., Kan Y.W., Gruenert D C. // Molecular Therapy. Nucleic Acids - 2016. - T. 5 - № 1

- C.e273.

28. Hollywood J.A. Analysis of gene repair tracts from Cas9/gRNA double-stranded breaks in the human CFTR gene / Hollywood J.A., Lee C.M., Scallan M.F., Harrison P.T. // Scientific Reports -2016. - T. 6 - C.32230.

29. Palmer D.J. Homology Requirements for Efficient, Footprintless Gene Editing at the CFTR Locus in Human iPSCs with Helper-dependent Adenoviral Vectors / Palmer D.J., Grove N.C., Ing J., Crane A.M., Venken K., Davis B.R., Ng P. // Molecular Therapy. Nucleic Acids - 2016. - T. 5 - № 10

- C.e372.

30. Merkert S. Generation of a gene-corrected isogenic control iPSC line from cystic fibrosis patient-specific iPSCs homozygous for p.Phe508del mutation mediated by TALENs and ssODN / Merkert S., Bednarski C., Göhring G., Cathomen T., Martin U. // Stem Cell Research - 2017. - T. 23 -C.95-97.

31. Sanz D.J. Cas9/gRNA targeted excision of cystic fibrosis-causing deep-intronic splicing mutations restores normal splicing of CFTR mRNA / Sanz D.J., Hollywood J.A., Scallan M.F., Harrison P.T. // PloS One - 2017. - T. 12 - № 9 - C.e0184009.

32. Palmer D.J. Gene Editing with Helper-Dependent Adenovirus Can Efficiently Introduce Multiple Changes Simultaneously over a Large Genomic Region / Palmer D.J., Grove N.C., Turner D.L., Ng P. // Molecular Therapy. Nucleic Acids - 2017. - T. 8 - C.101-110.

33. Peters-Hall J.R. Long-term culture and cloning of primary human bronchial basal cells that maintain multipotent differentiation capacity and CFTR channel function / Peters-Hall J.R., Coquelin ML., Torres M.J., LaRanger R., Alabi B.R., Sho S., Calva-Moreno J.F., Thomas P.J., Shay J.W. // American Journal of Physiology. Lung Cellular and Molecular Physiology - 2018. - T. 315 - № 2 -C.L313-L327.

34. Maule G. Allele specific repair of splicing mutations in cystic fibrosis through AsCas12a genome editing / Maule G., Casini A., Montagna C., Ramalho A.S., De Boeck K., Debyser Z., Carlon M.S., Petris G., Cereseto A. // Nature Communications - 2019. - T. 10 - № 1 - C.3556.

35. Ruan J. Efficient Gene Editing at Major CFTR Mutation Loci / Ruan J., Hirai H., Yang D., Ma L., Hou X., Jiang H., Wei H., Rajagopalan C., Mou H., Wang G., Zhang J., Li K., Chen Y.E., Sun F., Xu J. // Molecular Therapy. Nucleic Acids - 2019. - T. 16 - C.73-81.

36. Zhou Z.P. In Vitro Validation of a CRISPR-Mediated CFTR Correction Strategy for Preclinical Translation in Pigs / Zhou Z.P., Yang L.L., Cao H., Chen Z.R., Zhang Y., Wen X.-Y., Hu J. // Human Gene Therapy - 2019. - T. 30 - № 9 - C.1101-1116.

37. Sanz D.J. Minigene assay to Evaluate CRISPR/Cas9-based excision of Intronic mutations that Cause Aberrant Splicing in Human Cells / Sanz D.J., Harrison P.T. // Bio-Protocol - 2019. - T. 9 -№ 11 - C.e3251.

38. Xia E. TALEN-Mediated Gene Targeting for Cystic Fibrosis-Gene Therapy / Xia E., Zhang Y., Cao H., Li J., Duan R., Hu J. // Genes - 2019. - T. 10 - № 1 - C.39.

39. Geurts M.H. CRISPR-Based Adenine Editors Correct Nonsense Mutations in a Cystic Fibrosis Organoid Biobank / Geurts M.H., Poel E. de, Amatngalim G.D., Oka R., Meijers F.M., Kruisselbrink E., Mourik P. van, Berkers G., Winter-de Groot K.M. de, Michel S., Muilwijk D., Aalbers

B.L., Mullenders J., Boj S.F., Suen S.W.F., Brunsveld J.E., Janssens H.M., Mall M.A., Graeber S.Y., Boxtel R. van, Ent C.K. van der, Beekman J.M., Clevers H. // Cell Stem Cell - 2020. - T. 26 - № 4 -

C.503- 510.e7.

40. Melfi R. Investigating REPAIRv2 as a Tool to Edit CFTR mRNA with Premature Stop Codons / Melfi R., Cancemi P., Chiavetta R., Barra V., Lentini L., Di Leonardo A. // International Journal of Molecular Sciences - 2020. - T. 21 - № 13 - C.4781.

41. Vaidyanathan S. High-Efficiency, Selection-free Gene Repair in Airway Stem Cells from Cystic Fibrosis Patients Rescues CFTR Function in Differentiated Epithelia / Vaidyanathan S., Salahudeen A.A., Sellers Z.M., Bravo D.T., Choi S.S., Batish A., Le W., Baik R., O S. de la, Kaushik MP., Galper N., Lee CM., Teran CA., Yoo JH., Bao G., Chang E.H., Patel Z.M., Hwang PH., Wine J.J., Milla C.E., Desai T.J., Nayak J.V., Kuo C.J., Porteus M.H. // Cell Stem Cell - 2020. - T. 26 - № 2 - C.161- 171.e4.

42. Erwood S. Allele-Specific Prevention of Nonsense-Mediated Decay in Cystic Fibrosis Using Homology-Independent Genome Editing / Erwood S., Laselva O., Bily T.M.I., Brewer R.A., Rutherford A.H., Bear C.E., Ivakine E.A. // Molecular Therapy. Methods & Clinical Development - 2020. - T. 17 - C.1118-1128.

43. Suzuki S. Highly Efficient Gene Editing of Cystic Fibrosis Patient-Derived Airway Basal Cells Results in Functional CFTR Correction / Suzuki S., Crane A.M., Anirudhan V., Barillà C., Matthias N., Randell S.H., Rab A., Sorscher E.J., Kerschner J.L., Yin S., Harris A., Mendel M., Kim K., Zhang L., Conway A., Davis B.R. // Molecular Therapy: The Journal of the American Society of Gene Therapy - 2020. - T. 28 - № 7 - C.1684-1695.

44. Fleischer A. iPSC-Derived Intestinal Organoids from Cystic Fibrosis Patients Acquire CFTR Activity upon TALEN-Mediated Repair of the p.F508del Mutation / Fleischer A., Vallejo-Díez S., Martín-Fernández J.M., Sánchez-Gilabert A., Castresana M., Del Pozo A., Esquisabel A., Ávila S., Castrillo J.L., Gaínza E., Pedraz J.L., Viñas M., Bachiller D. // Molecular Therapy. Methods & Clinical Development - 2020. - T. 17 - C.858-870.

45. Palmer D.J. A Single «All-in-One» Helper-Dependent Adenovirus to Deliver Donor DNA and CRISPR/Cas9 for Efficient Homology-Directed Repair / Palmer D.J., Turner D.L., Ng P. // Molecular Therapy. Methods & Clinical Development - 2020. - T. 17 - C.441-447.

46. Geurts M.H. Evaluating CRISPR-based prime editing for cancer modeling and CFTR repair in organoids / Geurts M.H., Poel E. de, Pleguezuelos-Manzano C., Oka R., Carrillo L., Andersson-Rolf A., Boretto M., Brunsveld J.E., Boxtel R. van, Beekman J.M., Clevers H. // Life Science Alliance -2021. - T. 4 - № 10 - C.e202000940.

47. Vaidyanathan S. Targeted replacement of full-length CFTR in human airway stem cells by CRISPR-Cas9 for pan-mutation correction in the endogenous locus / Vaidyanathan S., Baik R., Chen L., Bravo D.T., Suarez C.J., Abazari S.M., Salahudeen A.A., Dudek A.M., Teran C.A., Davis T.H., Lee C.M., Bao G., Randell S.H., Artandi S.E., Wine J.J., Kuo C.J., Desai T.J., Nayak J.V., Sellers Z.M., Porteus M.H. // Molecular Therapy: The Journal of the American Society of Gene Therapy - 2022. - T. 30 - № 1 - C.223-237.

48. Krishnamurthy S. Functional correction of CFTR mutations in human airway epithelial cells using adenine base editors / Krishnamurthy S., Traore S., Cooney A.L., Brommel C.M., Kulhankova K., Sinn P L., Newby G.A., Liu D.R., McCray P.B. // Nucleic Acids Research - 2021. - T. 49 - № 18 -C.10558-10572.

49. Suzuki S. Seamless Gene Correction in the Human Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator Locus by Vector Replacement and Vector Insertion Events / Suzuki S., Chosa K., Barillà C., Yao M., Zuffardi O., Kai H., Shuto T., Suico M.A., Kan Y.W., Sargent R.G., Gruenert D C. // Frontiers in Genome Editing - 2022. - T. 4 - C.843885.

50. Chiavetta R.F. Site-Specific RNA Editing of Stop Mutations in the CFTR mRNA of Human Bronchial Cultured Cells / Chiavetta R.F., Titoli S., Barra V., Cancemi P., Melfi R., Di Leonardo A. // International Journal of Molecular Sciences - 2023. - T. 24 - № 13 - C.10940.

51. Cuevas-Ocana S. A Cell-Based Optimised Approach for Rapid and Efficient Gene Editing of Human Pluripotent Stem Cells / Cuevas-Ocana S., Yang J.Y., Aushev M., Schlossmacher G., Bear

C.E., Hannan N.R.F., Perkins N.D., Rossant J., Wong A.P., Gray M.A. // International Journal of Molecular Sciences - 2023. - T. 24 - № 12 - C.10266.

52. Li C. Prime editing-mediated correction of the CFTR W1282X mutation in iPSCs and derived airway epithelial cells / Li C., Liu Z., Anderson J., Liu Z., Tang L., Li Y., Peng N., Chen J., Liu X., Fu L., Townes T.M., Rowe S.M., Bedwell D.M., Guimbellot J., Zhao R. // PloS One - 2023. - T. 18 - № 11 - C.e0295009.

53. Wei T. Lung SORT LNPs enable precise homology-directed repair mediated CRISPR/Cas genome correction in cystic fibrosis models / Wei T., Sun Y., Cheng Q., Chatterjee S., Traylor Z., Johnson L.T., Coquelin M.L., Wang J., Torres M.J., Lian X., Wang X., Xiao Y., Hodges C.A., Siegwart

D.J. // Nature Communications - 2023. - T. 14 - № 1 - C.7322.

54. Amistadi S. Functional restoration of a CFTR splicing mutation through RNA delivery of CRISPR adenine base editor / Amistadi S., Maule G., Ciciani M., Ensinck M.M., De Keersmaecker L., Ramalho A.S., Guidone D., Buccirossi M., Galietta L.J.V., Carlon M.S., Cereseto A. // Molecular Therapy: The Journal of the American Society of Gene Therapy - 2023. - T. 31 - № 6 - C.1647-1660.

55. Mention K. Use of adenine base editing and homology-independent targeted integration strategies to correct the cystic fibrosis causing variant, W1282X / Mention K., Cavusoglu-Doran K., Joynt A.T., Santos L., Sanz D., Eastman A.C., Merlo C., Langfelder-Schwind E., Scallan M.F., Farinha C M., Cutting G.R., Sharma N., Harrison P.T. // Human Molecular Genetics - 2023. - T. 32 - № 23 -C.3237-3248.

56. Walker A.J. Molecular and functional correction of a deep intronic splicing mutation in CFTR by CRISPR-Cas9 gene editing / Walker A.J., Graham C., Greenwood M., Woodall M., Maeshima R., O'Hara-Wright M., Sanz D.J., Guerrini I., Aldossary A.M., O'Callaghan C., Baines D.L., Harrison P.T., Hart S.L. // Molecular Therapy. Methods & Clinical Development - 2023. - T. 31 - C.101140.

57. Joynt A.T. Protospacer modification improves base editing of a canonical splice site variant and recovery of CFTR function in human airway epithelial cells / Joynt A.T., Kavanagh E.W., Newby G.A., Mitchell S., Eastman A.C., Paul K.C., Bowling A.D., Osorio D.L., Merlo C.A., Patel S.U., Raraigh K.S., Liu D R., Sharma N., Cutting G.R. // Molecular Therapy. Nucleic Acids - 2023. - T. 33 - C.335-350.

58. Kulhankova K. Shuttle peptide delivers base editor RNPs to rhesus monkey airway epithelial cells in vivo / Kulhankova K., Traore S., Cheng X., Benk-Fortin H., Hallee S., Harvey M., Roberge J.,

Couture F., Kohli S., Gross T.J., Meyerholz D.K., Rettig G.R., Thommandru B., Kurgan G., Wohlford-Lenane C., Hartigan-O'Connor D.J., Yates B.P., Newby G.A., Liu D.R., Tarantal A.F., Guay D., McCray P.B. // Nature Communications - 2023. - Т. 14 - № 1 - С.8051.

59. Vaidyanathan S. Investigating adverse genomic and regulatory changes caused by replacement of the full-length CFTR cDNA using Cas9 and AAV / Vaidyanathan S., Kerschner J.L., Paranjapye A., Sinha V., Lin B., Bedrosian T.A., Thrasher A.J., Turchiano G., Harris A., Porteus M.H. // Molecular Therapy. Nucleic Acids - 2024. - Т. 35 - № 1 - С.102134.

60. Sun Y. In vivo editing of lung stem cells for durable gene correction in mice / Sun Y., Chatterjee S., Lian X., Traylor Z., Sattiraju S.R., Xiao Y., Dilliard S.A., Sung Y.-C., Kim M., Lee S.M., Moore S., Wang X., Zhang D., Wu S., Basak P., Wang J., Liu J., Mann R.J., LePage D.F., Jiang W., Abid S., Hennig M., Martinez A., Wustman B.A., Lockhart D.J., Jain R., Conlon R.A., Drumm M.L., Hodges C.A., Siegwart D.J. // Science (New York, N.Y.) - 2024. - Т. 384 - № 6701 - С.1196-1202.

61. Bulcaen M. Prime editing functionally corrects cystic fibrosis-causing CFTR mutations in human organoids and airway epithelial cells / Bulcaen M., Kortleven P., Liu R.B., Maule G., Dreano E., Kelly M., Ensinck M.M., Thierie S., Smits M., Ciciani M., Hatton A., Chevalier B., Ramalho A.S., Casadevall I Solvas X., Debyser Z., Vermeulen F., Gijsbers R., Sermet-Gaudelus I., Cereseto A., Carlon M.S. // Cell Reports. Medicine - 2024. - Т. 5 - № 5 - С.101544.

62. Home - OMIM [Электронный ресурс]. URL: https://www.omim.org/ (дата обращения: 27.03.2025).

63. Braga Neto P. Current concepts in the treatment of hereditary ataxias / Braga Neto P., Pedroso J.L., Kuo S.-H., Marcondes Junior C.F., Teive H.A.G., Barsottini O.G.P. // Arquivos De Neuro-Psiquiatria - 2016. - Т. 74 - № 3 - С.244-252.

64. Martín-Martín M. Ehlers-Danlos Syndrome Type Arthrochalasia: A Systematic Review / Martín-Martín M., Cortés-Martín J., Tovar-Gálvez M.I., Sánchez-García J.C., Díaz-Rodríguez L., Rodríguez-Blanque R. // International Journal of Environmental Research and Public Health - 2022. -Т. 19 - № 3 - С.1870.

65. Wegberg A.M.J. van The complete European guidelines on phenylketonuria: diagnosis and treatment / Wegberg A.M.J. van, MacDonald A., Ahring K., Bélanger-Quintana A., Blau N., Bosch A.M., Burlina A., Campistol J., Feillet F., Gizewska M., Huijbregts S.C., Kearney S., Leuzzi V., Maillot F., Muntau A.C., Rijn M. van, Trefz F., Walter J.H., Spronsen F.J. van // Orphanet Journal of Rare Diseases - 2017. - Т. 12 - № 1 - С.162.

66. Silva E.M.K. da Enzyme replacement therapy with idursulfase for mucopolysaccharidosis type II (Hunter syndrome) / Silva E.M.K. da, Strufaldi M.W.L., Andriolo R.B., Silva L A. // The Cochrane Database of Systematic Reviews - 2016. - Т. 2 - № 2 - C.CD008185.

67. Hill S.F. Antisense Oligonucleotide Therapy for Neurodevelopmental Disorders / Hill S.F., Meisler M.H. // Developmental Neuroscience - 2021. - T. 43 - № 3-4 - C.247-252.

68. Chiriboga C.A. Nusinersen for the treatment of spinal muscular atrophy / Chiriboga C.A. // Expert Review of Neurotherapeutics - 2017. - T. 17 - № 10 - C.955-962.

69. Lim K.R.Q. Eteplirsen in the treatment of Duchenne muscular dystrophy / Lim K.R.Q., Maruyama R., Yokota T. // Drug Design, Development and Therapy - 2017. - T. 11 - C.533-545.

70. South E. Strimvelis® for Treating Severe Combined Immunodeficiency Caused by Adenosine Deaminase Deficiency: An Evidence Review Group Perspective of a NICE Highly Specialised Technology Evaluation / South E., Cox E., Meader N., Woolacott N., Griffin S. // PharmacoEconomics Open - 2018. - T. 3 - № 2 - C.151-161.

71. Kang C. Voretigene Neparvovec: A Review in RPE65 Mutation-Associated Inherited Retinal Dystrophy / Kang C., Scott L.J. // Molecular Diagnosis & Therapy - 2020. - T. 24 - № 4 - C.487-495.

72. Blair H.A. Onasemnogene Abeparvovec: A Review in Spinal Muscular Atrophy / Blair H.A. // CNS drugs - 2022. - T. 36 - № 9 - C.995-1005.

73. Ferraresi M. Therapeutic perspective for children and young adults living with thalassemia and sickle cell disease / Ferraresi M., Panzieri D.L., Leoni S., Cappellini M.D., Kattamis A., Motta I. // European Journal of Pediatrics - 2023. - T. 182 - № 6 - C.2509-2519.

74. Fahim S.M. Atidarsagene autotemcel for metachromatic leukodystrophy / Fahim S.M., Lin G., Suh K., Carlson J.J., Richardson M., Herce-Hagiwara B., Dickerson R., Pearson S.D., Rind D.M., Agboola F. // Journal of Managed Care & Specialty Pharmacy - 2024. - T. 30 - № 2 - C.201-205.

75. Keam S.J. Elivaldogene Autotemcel: First Approval / Keam S.J. // Molecular Diagnosis & Therapy - 2021. - T. 25 - № 6 - C.803-809.

76. Keam S.J. Eladocagene Exuparvovec: First Approval / Keam S.J. // Drugs - 2022. - T. 82 -№ 13 - C.1427-1432.

77. Blair H.A. Valoctocogene Roxaparvovec: First Approval / Blair H.A. // Drugs - 2022. - T.

82 - № 14 - C.1505-1510.

78. Heo Y.-A. Etranacogene Dezaparvovec: First Approval / Heo Y.-A. // Drugs - 2023. - T. 83 - № 4 - C.347-352.

79. Hoy S.M. Delandistrogene Moxeparvovec: First Approval / Hoy S.M. // Drugs - 2023. - T.

83 - № 14 - C.1323-1329.

80. Dhillon S. Beremagene Geperpavec: First Approval / Dhillon S. // Drugs - 2023. - T. 83 -№ 12 - C.1131-1135.

81. Hoy S.M. Exagamglogene Autotemcel: First Approval / Hoy S.M. // Molecular Diagnosis & Therapy - 2024. - T. 28 - № 2 - C.133-139.

82. Kanter J. Biologic and Clinical Efficacy of LentiGlobin for Sickle Cell Disease / Kanter J., Walters M.C., Krishnamurti L., Mapara M.Y., Kwiatkowski J.L., Rifkin-Zenenberg S., Aygun B., Kasow K.A., Pierciey F.J., Bonner M., Miller A., Zhang X., Lynch J., Kim D., Ribeil J.-A., Asmal M., Goyal S., Thompson A.A., Tisdale J.F. // The New England Journal of Medicine - 2022. - T. 386 - № 7 - C.617-628.

83. Cuker A. Gene Therapy with Fidanacogene Elaparvovec in Adults with Hemophilia B / Cuker A., Kavakli K., Frenzel L., Wang J.-D., Astermark J., Cerqueira M.H., Iorio A., Katsarou-Fasouli O., Klamroth R., Shapiro A.D., Hermans C., Ishiguro A., Leavitt A.D., Oldenburg J.B., Ozelo M.C., Teitel J., Biondo F., Fang A., Fuiman J., McKay J., Sun P., Rasko J.E.J., Rupon J., BENEGENE-2 Trial Investigators // The New England Journal of Medicine - 2024. - T. 391 - № 12 - C.1108-1118.

84. Zhang W.-W. The First Approved Gene Therapy Product for Cancer Ad-p53 (Gendicine): 12 Years in the Clinic / Zhang W.-W., Li L., Li D., Liu J., Li X., Li W., Xu X., Zhang M.J., Chandler L.A., Lin H., Hu A., Xu W., Lam D.M.-K. // Human Gene Therapy - 2018. - T. 29 - № 2 - C.160-179.

85. Cheng P.-H. Oncolytic Replication of E1b-Deleted Adenoviruses / Cheng P.-H., Wechman S.L., McMasters K.M., Zhou H.S. // Viruses - 2015. - T. 7 - № 11 - C.5767-5779.

86. Chawla S.P. A Phase I-II Study Using Rexin-G Tumor-Targeted Retrovector Encoding a Dominant-Negative Cyclin G1 Inhibitor for Advanced Pancreatic Cancer / Chawla S.P., Bruckner H., Morse M.A., Assudani N., Hall F.L., Gordon E.M. // Molecular Therapy Oncolytics - 2018. - T. 12 -C.56-67.

87. Ferrucci P.F. Talimogene Laherparepvec (T-VEC): An Intralesional Cancer Immunotherapy for Advanced Melanoma / Ferrucci P.F., Pala L., Conforti F., Cocorocchio E. // Cancers - 2021. - T. 13 - № 6 - C.1383.

88. Awasthi R. Kymriah® (tisagenlecleucel) - An overview of the clinical development journey of the first approved CAR-T therapy / Awasthi R., Maier H.J., Zhang J., Lim S. // Human Vaccines & Immunotherapeutics - 2023. - T. 19 - № 1 - C.2210046.

89. Papadouli I. EMA Review of Axicabtagene Ciloleucel (Yescarta) for the Treatment of Diffuse Large B-Cell Lymphoma / Papadouli I., Mueller-Berghaus J., Beuneu C., Ali S., Hofner B., Petavy F., Tzogani K., Miermont A., Norga K., Kholmanskikh O., Leest T., Schuessler-Lenz M., Salmonson T., Gisselbrecht C., Garcia J.L., Pignatti F. // The Oncologist - 2020. - T. 25 - № 10 -C.894-902.

90. Brexucabtagene Autoleucel (Tecartus): CADTH Reimbursement Recommendation: Indication: For the treatment of adult patients with relapsed or refractory B-cell precursor acute lymphoblastic leukemia / - Ottawa (ON): Canadian Agency for Drugs and Technologies in Health, 2023.- 23c.

91. Lisocabtagene Maraleucel (Breyanzi): CADTH Reimbursement Review: Therapeutic area: Relapsed or refractory large B-cell lymphoma [Internet] Canadian Agency for Drugs and Technologies in Health, 2022.

92. Sharma P. FDA Approval Summary: Idecabtagene Vicleucel for Relapsed or Refractory Multiple Myeloma / Sharma P., Kanapuru B., George B., Lin X., Xu Z., Bryan W.W., Pazdur R., Theoret M.R. // Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research -2022. - T. 28 - № 9 - C.1759-1764.

93. Frampton J.E. Teserpaturev/G47A: First Approval / Frampton J.E. // BioDrugs: Clinical Immunotherapeutics, Biopharmaceuticals and Gene Therapy - 2022. - T. 36 - № 5 - C.667-672.

94. Ying Z. Relmacabtagene autoleucel (relma-cel) CD19 CAR-T therapy for adults with heavily pretreated relapsed/refractory large B-cell lymphoma in China / Ying Z., Yang H., Guo Y., Li W., Zou D., Zhou D., Wang Z., Zhang M., Wu J., Liu H., Zhang P., Yang S., Zhou Z., Zheng H., Song Y., Zhu J. // Cancer Medicine - 2021. - T. 10 - № 3 - C.999-1011.

95. Chekol Abebe E. Ciltacabtagene autoleucel: The second anti-BCMA CAR T-cell therapeutic armamentarium of relapsed or refractory multiple myeloma / Chekol Abebe E., Yibeltal Shiferaw M., Tadele Admasu F., Asmamaw Dejenie T. // Frontiers in Immunology - 2022. - T. 13 - C.991092.

96. Lee A. Nadofaragene Firadenovec: First Approval / Lee A. // Drugs - 2023. - T. 83 - № 4 -

C.353-357.

97. Keam S.J. Equecabtagene Autoleucel: First Approval / Keam S.J. // Molecular Diagnosis & Therapy - 2023. - T. 27 - № 6 - C.781-787.

98. Wang Y. Inaticabtagene autoleucel in adult relapsed or refractory B-cell acute lymphoblastic leukemia / Wang Y., Lv L., Song Y., Wei X., Zhou H., Liu Q., Xu K., Yan D., Zhang C., Liu S., Jin J., Mei H., Niu T., Liang A., Gu R., Ren J., Feng Y., Jin W., Zhou Y., Deng Y., Wang J. // Blood Advances - 2025. - T. 9 - № 4 - C.836-843.

99. Dhillon S. Zevorcabtagene Autoleucel: First Approval / Dhillon S. // Molecular Diagnosis & Therapy - 2024. - T. 28 - № 4 - C.501-506.

100. D'Angelo S.P. Afamitresgene autoleucel for advanced synovial sarcoma and myxoid round cell liposarcoma (SPEARHEAD-1): an international, open-label, phase 2 trial / D'Angelo S.P., Araujo

D.M., Abdul Razak A.R., Agulnik M., Attia S., Blay J.-Y., Carrasco Garcia I., Charlson J.A., Choy E., Demetri G.D., Druta M., Forcade E., Ganjoo K.N., Glod J., Keedy V.L., Le Cesne A., Liebner D.A., Moreno V., Pollack S.M., Schuetze S.M., Schwartz G.K., Strauss S.J., Tap W.D., Thistlethwaite F., Valverde Morales C.M., Wagner M.J., Wilky B.A., McAlpine C., Hudson L., Navenot J.-M., Wang T., Bai J., Rafail S., Wang R., Sun A., Fernandes L., Van Winkle E., Elefant E., Lunt C., Norry E., Williams D., Biswas S., Van Tine B.A. // Lancet (London, England) - 2024. - T. 403 - № 10435 - C.1460-1471.

101. Roddie C. Obecabtagene Autoleucel in Adults with B-Cell Acute Lymphoblastic Leukemia / Roddie C., Sandhu K.S., Tholouli E., Logan A.C., Shaughnessy P., Barba P., Ghobadi A., Guerreiro M., Yallop D., Abedi M., Pantin J.M., Yared J.A., Beitinjaneh A.M., Chaganti S., Hodby K., Menne T., Arellano M.L., Malladi R., Shah B.D., Mountjoy L., O'Dwyer K.M., Peggs K.S., Lao-Sirieix P., Zhang Y., Brugger W., Braendle E., Pule M., Bishop M.R., DeAngelo D.J., Park J.H., Jabbour E. // The New England Journal of Medicine - 2024. - T. 391 - № 23 - C.2219-2230.

102. Shvalb P.G. Efficacy and safety of application «Neovasculgen» in the complex treatment patients with chronic lower limbischemia (IIb-III phase of clinical trials) / Shvalb P.G., r ffl.n., Gavrilenko A.V., B r.A., Kalinin R.E., E K.P., Chervyakov Y.V., B H.M., Voronov D.A., A B.A., Staroverov I.N., H C.H., Gryaznov S.V., B T.C., Mzavanadze N.D., A M.H., Nersesyan E.G., r H E., Kiselev S.L., R K.C., Isaev A.A., A H.A., Deev R.V., B fl.P. // Genes & Cells - 2011. - T. 6 - № 3 -C.76-83.

103. Revakinagene taroretcel (Encelto) - a gene therapy for idiopathic macular telangiectasia / // The Medical Letter on Drugs and Therapeutics - 2025. - T. 67 - № 1727 - C.e74.

104. Frangoul H. CRISPR-Cas9 Gene Editing for Sickle Cell Disease and ß-Thalassemia / Frangoul H., Altshuler D., Cappellini M.D., Chen Y.-S., Domm J., Eustace B.K., Foell J., Fuente J. de la, Grupp S., Handgretinger R., Ho T.W., Kattamis A., Kernytsky A., Lekstrom-Himes J., Li A.M., Locatelli F., Mapara M.Y., Montalembert M. de, Rondelli D., Sharma A., Sheth S., Soni S., Steinberg M.H., Wall D., Yen A., Corbacioglu S. // The New England Journal of Medicine - 2021. - T. 384 - № 3 - C.252-260.

105. Berger H.A. Identification and regulation of the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator-generated chloride channel / Berger H.A., Anderson M.P., Gregory R.J., Thompson S., Howard P.W., Maurer R.A., Mulligan R., Smith A.E., Welsh M.J. // The Journal of Clinical Investigation

- 1991. - T. 88 - № 4 - C.1422-1431.

106. Choi J.Y. Aberrant CFTR-dependent HCO3- transport in mutations associated with cystic fibrosis / Choi J.Y., Muallem D., Kiselyov K., Lee M.G., Thomas P.J., Muallem S. // Nature - 2001. -T. 410 - № 6824 - C.94-97.

107. Burgel P.-R. Future trends in cystic fibrosis demography in 34 European countries / Burgel P.-R., Bellis G., Olesen H.V., Viviani L., Zolin A., Blasi F., Elborn J.S., ERS/ECFS Task Force on Provision of Care for Adults with Cystic Fibrosis in Europe // The European Respiratory Journal - 2015.

- T. 46 - № 1 - C.133-141.

108. O'Sullivan B.P. Cystic fibrosis / O'Sullivan B.P., Freedman S.D. // Lancet (London, England) - 2009. - T. 373 - № 9678 - C.1891-1904.

109. Sanders D.B. Background and Epidemiology / Sanders D.B., Fink A.K. // Pediatric Clinics of North America - 2016. - T. 63 - № 4 - C.567-584.

110. Singh M. Epidemiology and genetics of cystic fibrosis in Asia: In preparation for the next-generation treatments / Singh M., Rebordosa C., Bernholz J., Sharma N. // Respirology (Carlton, Vic.)

- 2015. - Т. 20 - № 8 - С.1172—1181.

111. Schrijver I. The Spectrum of CFTR Variants in Nonwhite Cystic Fibrosis Patients: Implications for Molecular Diagnostic Testing / Schrijver I., Pique L., Graham S., Pearl M., Cherry A., Kharrazi M. // The Journal of molecular diagnostics: JMD - 2016. - Т. 18 - № 1 - С.39-50.

112. Kondratyeva E. Clinical and Functional Characteristics of the E92K CFTR Gene Variant in the Russian and Turkish Population of People with Cystic Fibrosis / Kondratyeva E., Melyanovskaya Y., Bulatenko N., Davydenko K., Filatova A., Efremova A., Skoblov M., Bukharova T., Sherman V., Voronkova A., Zhekaite E., Krasovskiy S., Amelina E., Petrova N., Polyakov A., Adyan T., Starinova M., Krasnova M., Vasilyev A., Makhnach O., Zinchenko R., Kutsev S., Gokdemir Y., Karadag B., Goldshtein D. // International Journal of Molecular Sciences - 2023. - Т. 24 - № 7 - С.6351.

113. Guo J. Worldwide rates of diagnosis and effective treatment for cystic fibrosis / Guo J., Garratt A., Hill A. // Journal of Cystic Fibrosis: Official Journal of the European Cystic Fibrosis Society

- 2022. - Т. 21 - № 3 - С.456-462.

114. Amaral M.D. Novel personalized therapies for cystic fibrosis: treating the basic defect in all patients / Amaral M.D. // Journal of Internal Medicine - 2015. - Т. 277 - № 2 - С.155-166.

115. UK Cystic Fibrosis Registry 2022 Annual Data Report // - 2023.

116. Petrova N. Ethnic Differences in the Frequency of CFTR Gene Mutations in Populations of the European and North Caucasian Part of the Russian Federation / Petrova N., Balinova N., Marakhonov A., Vasilyeva T., Kashirskaya N., Galkina V., Ginter E., Kutsev S., Zinchenko R. // Frontiers in Genetics - 2021. - Т. 12 - С.678374.

117. Красовский С.А.Регистр пациентов с муковисцидозом в Российской Федерации. 2021 год / С. А. Красовский, М. А. Старинова, А. Ю. Воронкова, Е. Л. Амелина, Н. Ю. Каширская, Е. И. Кондратьева, Л. П. Назаренко - СПб.: Благотворительный фонд «Острова», 2023.- 81c.

118. Каширская Н.Ю. Современные фармакотерапевтические подходы к лечению муковисцидоза / Каширская Н.Ю., Капранов Н.И. // Фарматека - 2014. - № 3 - С.38-43.

119. Красовский С.А. Медикаментозное лечение муковисцидоза в России: анализ данных национального регистра (2014) / Красовский С.А., Амелина Е.Л., Кондратьева Е.И., Воронкова А.Ю., Черняк А.В., Горинова Ю.В., Усачева М.В., Ревель-Муроз Н.П., Романенко НИ., Рыбалкина М.Г., Сафонова Т.И., Сацук Н.А., Сергиенко Д.Ф., Сероклинов В.Н., Симанова Т.В., Симонова О.И., Скачкова М.А., Смирнова В.В., Смирнова И.И., Стародубцева О.И., Сташкевич Т.В., Степаненко Т.А., Чикунов В.В., Шабалова Л.А., Голубцова О.И., Шадрина В.В., Зоненко О.Г., Шевлякова А.А., Шерман В.Д., Карчевская Н.А., Науменко Ж.К., Бутюгина И.Н., Грачева

О.Ю., Кеворкова М.С., Яковлева В.Б., Каширская Н.Ю. // Пульмонология - 2016. - Т. 26 - № 5 -С.539-555.

120. Кондратьева Е.И. Заместительная терапия ферментами поджелудочной железы при муковисцидозе / Кондратьева Е.И., Капранов Н.И., Каширская Н.Ю., Воронкова А.Ю., Шерман

B.Д., Шелепнева Н.Е. // Журнал Педиатрия имени Г.Н.Сперанского - 2014. - Т. 93 - № 4 - С.124-131.

121. Smirnikhina S.A. Modern pathogenesis-based methods and development of new gene and cell-based methods for cystic fibrosis treatment / Smirnikhina S.A., Lavrov A.V. // Genes & Cells -2018. - Т. 13 - № 3 - С.23-31.

122. McDonald C.M. Ataluren in patients with nonsense mutation Duchenne muscular dystrophy (ACT DMD): a multicentre, randomised, double-blind, placebo-controlled, phase 3 trial / McDonald

C.M., Campbell C., Torricelli R.E., Finkel R.S., Flanigan K.M., Goemans N., Heydemann P., Kaminska A., Kirschner J., Muntoni F., Osorio A.N., Schara U., Sejersen T., Shieh P.B., Sweeney H.L., Topaloglu H., Tulinius M., Vilchez J.J., Voit T., Wong B., Elfring G., Kroger H., Luo X., Mcintosh J., Ong T., Riebling P., Souza M., Spiegel R.J., Peltz S.W., Mercuri E., Clinical Evaluator Training Group, ACT DMD Study Group // Lancet (London, England) - 2017. - Т. 390 - № 10101 - С.1489-1498.

123. Zainal Abidin N. Ataluren in cystic fibrosis: development, clinical studies and where are we now? / Zainal Abidin N., Haq I.J., Gardner A.I., Brodlie M. // Expert Opinion on Pharmacotherapy -2017. - Т. 18 - № 13 - С.1363-1371.

124. Van Goor F. Rescue of CF airway epithelial cell function in vitro by a CFTR potentiator, VX-770 / Van Goor F., Hadida S., Grootenhuis P.D.J., Burton B., Cao D., Neuberger T., Turnbull A., Singh A., Joubran J., Hazlewood A., Zhou J., McCartney J., Arumugam V., Decker C., Yang J., Young C., Olson E.R., Wine J.J., Frizzell R.A., Ashlock M., Negulescu P. // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America - 2009. - Т. 106 - № 44 - С.18825-18830.

125. Ramsey B.W. A CFTR potentiator in patients with cystic fibrosis and the G551D mutation / Ramsey B.W., Davies J., McElvaney N.G., Tullis E., Bell S.C., Drevinek P., Griese M., McKone E.F., Wainwright C.E., Konstan M.W., Moss R., Ratjen F., Sermet-Gaudelus I., Rowe S.M., Dong Q., Rodriguez S., Yen K., Ordonez C., Elborn J.S., VX08-770-102 Study Group // The New England Journal of Medicine - 2011. - Т. 365 - № 18 - С.1663-1672.

126. Eckford P.D.W. Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) potentiator VX-770 (ivacaftor) opens the defective channel gate of mutant CFTR in a phosphorylation-dependent but ATP-independent manner / Eckford P.D.W., Li C., Ramjeesingh M., Bear C.E. // The Journal of Biological Chemistry - 2012. - Т. 287 - № 44 - С.36639-36649.

127. Vertex Pharmaceuticals Incorporated Kalydeco (ivacaftor) [package insert].

128. Flume P.A. Ivacaftor in subjects with cystic fibrosis who are homozygous for the F508del-CFTR mutation / Flume P.A., Liou T.G., Borowitz D.S., Li H., Yen K., Ordoñez C.L., Geller D.E., VX 08-770-104 Study Group // Chest - 2012. - T. 142 - № 3 - C.718-724.

129. Mijnders M. Correcting CFTR folding defects by small-molecule correctors to cure cystic fibrosis / Mijnders M., Kleizen B., Braakman I. // Current Opinion in Pharmacology - 2017. - T. 34 -C.83-90.

130. Ren H.Y. VX-809 corrects folding defects in cystic fibrosis transmembrane conductance regulator protein through action on membrane-spanning domain 1 / Ren H.Y., Grove D.E., De La Rosa O., Houck S.A., Sopha P., Van Goor F., Hoffman B.J., Cyr D.M. // Molecular Biology of the Cell -2013. - T. 24 - № 19 - C.3016-3024.

131. Clancy J.P. Results of a phase IIa study of VX-809, an investigational CFTR corrector compound, in subjects with cystic fibrosis homozygous for the F508del-CFTR mutation / Clancy J.P., Rowe S.M., Accurso F.J., Aitken M.L., Amin R.S., Ashlock M.A., Ballmann M., Boyle M.P., Bronsveld I., Campbell P.W., De Boeck K., Donaldson S.H., Dorkin H.L., Dunitz J.M., Durie P.R., Jain M., Leonard A., McCoy K.S., Moss R.B., Pilewski J.M., Rosenbluth D.B., Rubenstein R.C., Schechter M.S., Botfield M., Ordoñez C.L., Spencer-Green G.T., Vernillet L., Wisseh S., Yen K., Konstan M.W. // Thorax - 2012. - T. 67 - № 1 - C.12-18.

132. Kopeikin Z. Combined effects of VX-770 and VX-809 on several functional abnormalities of F508del-CFTR channels / Kopeikin Z., Yuksek Z., Yang H.-Y., Bompadre S.G. // Journal of Cystic Fibrosis: Official Journal of the European Cystic Fibrosis Society - 2014. - T. 13 - № 5 - C.508-514.

133. Deeks E.D. Lumacaftor/Ivacaftor: A Review in Cystic Fibrosis / Deeks E.D. // Drugs -2016. - T. 76 - № 12 - C.1191-1201.

134. Clinical Review Report: Lumacaftor/Ivacaftor (Orkambi): (Vertex Pharmaceuticals (Canada) Incorporated): Indication: For the treatment of cystic fibrosis in patients aged six years and older who are homozygous for the F508del mutation in the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator gene / - Ottawa (ON): Canadian Agency for Drugs and Technologies in Health, 2018.

135. Vertex Pharmaceuticals Incorporated Orkambi (lumacaftor and ivacaftor) [package insert].

136. Vertex Pharmaceuticals Incorporated Symdeko (tezacaftor/ivacaftor) [package insert].

137. Vertex Pharmaceuticals Incorporated Trikafta (elexacaftor, tezacaftor, and ivacaftor tablets; ivacaftor tablets) [package insert].

138. Bacalhau M. Elexacaftor-Tezacaftor-Ivacaftor: A Life-Changing Triple Combination of CFTR Modulator Drugs for Cystic Fibrosis / Bacalhau M., Camargo M., Magalhäes-Ghiotto G.A.V., Drumond S., Castelletti C.H.M., Lopes-Pacheco M. // Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) - 2023. -T. 16 - № 3 - C.410.

139. Kapouni N. Efficacy and Safety of Elexacaftor-Tezacaftor-Ivacaftor in the Treatment of Cystic Fibrosis: A Systematic Review / Kapouni N., Moustaki M., Douros K., Loukou I. // Children (Basel, Switzerland) - 2023. - Т. 10 - № 3 - С.554.

140. Merali Z. Life-changing cystic fibrosis treatment wins US$3-million Breakthrough Prize / Merali Z. // Nature - 2023. - Т. 621 - № 7979 - С.450-451.

141. Manciulli T. Prevalence of adverse events in cystic fibrosis patients treated with elexacaftor/tezacaftor/ivacaftor: Experience of the regional referral center in Tuscany, Italy / Manciulli T., Bresci S., Mencarini J., Avarello A., Taccetti G., Terlizzi V. // Pediatric Pulmonology - 2023. - Т. 58 - № 12 - С.3626-3629.

142. Zhang L. Impact of elexacaftor/tezacaftor/ivacaftor on depression and anxiety in cystic fibrosis / Zhang L., Albon D., Jones M., Bruschwein H. // Therapeutic Advances in Respiratory Disease - 2022. - Т. 16 - С.17534666221144211.

143. Arslan M. Suicide attempts in adolescents with cystic fibrosis on Elexacaftor/Tezacaftor/Ivacaftor therapy / Arslan M., Chalmers S., Rentfrow K., Olson J.M., Dean V., Wylam M.E., Demirel N. // Journal of Cystic Fibrosis: Official Journal of the European Cystic Fibrosis Society - 2023. - Т. 22 - № 3 - С.427-430.

144. Roy S. US FDA approves Vertex Pharma's triple combo cystic fibrosis treatment | Reuters// Reuters [Электронный ресурс]. URL: https://www.reuters.com/business/healthcare-pharmaceuticals/us-fda-approves-vertex-pharmas-triple-combo-cystic-fibrosis-treatment-2024-12-20/ (дата обращения: 02.04.2025).

145. Safety & Possible Side Effects | ALYFTREK™ (vanzacaftor/tezacaftor/deutivacaftor) [Электронный ресурс]. URL: https://www.alyftrek.com/safety-side-effects (дата обращения: 02.04.2025).

146. Калиновская Е. В России зарегистрирован тройной комбинированный препарат от муковисцидоза / Калиновская Е. // Фармацевтический вестник - 2023.

147. Collins F. The cystic fibrosis gene: isolation and significance - PubMed [Электронный ресурс]. URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/1698801/ (дата обращения: 26.03.2025).

148. Aitken M.L. A phase I study of aerosolized administration of tgAAVCF to cystic fibrosis subjects with mild lung disease / Aitken M.L., Moss R.B., Waltz D.A., Dovey M.E., Tonelli M.R., McNamara S.C., Gibson R.L., Ramsey B.W., Carter B.J., Reynolds T.C. // Human Gene Therapy -2001. - Т. 12 - № 15 - С.1907-1916.

149. Flotte T.R. Phase I trial of intranasal and endobronchial administration of a recombinant adeno-associated virus serotype 2 (rAAV2)-CFTR vector in adult cystic fibrosis patients: a two-part clinical study / Flotte T.R., Zeitlin P.L., Reynolds T.C., Heald A.E., Pedersen P., Beck S., Conrad C.K.,

Brass-Ernst L., Humphries M., Sullivan K., Wetzel R., Taylor G., Carter B.J., Guggino W.B. // Human Gene Therapy - 2003. - T. 14 - № 11 - C.1079-1088.

150. Flotte T.R. Correlation between DNA transfer and cystic fibrosis airway epithelial cell correction after recombinant adeno-associated virus serotype 2 gene therapy / Flotte T.R., Schwiebert E M., Zeitlin P L., Carter B.J., Guggino W.B. // Human Gene Therapy - 2005. - T. 16 - № 8 - C.921-928.

151. Alton E.W.A randomised, double-blind, placebo-controlled trial of repeated nebulisation of non-viral cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) gene therapy in patients with cystic fibrosis / E. W. Alton, D. K. Armstrong, D. Ashby, on behalf of the UK Cystic Fibrosis Gene Therapy Consortium - Southampton (UK): NIHR Journals Library, 2016.

152. Cox D.B.T. Therapeutic genome editing: prospects and challenges / Cox D.B.T., Platt R.J., Zhang F. // Nature Medicine - 2015. - T. 21 - № 2 - C.121-131.

153. Komor A.C. Programmable editing of a target base in genomic DNA without double-stranded DNA cleavage / Komor A.C., Kim Y.B., Packer M.S., Zuris J.A., Liu D R. // Nature - 2016. -T. 533 - № 7603 - C.420-424.

154. Anzalone A.V. Genome editing with CRISPR-Cas nucleases, base editors, transposases and prime editors / Anzalone A.V., Koblan L.W., Liu D R. // Nature Biotechnology - 2020. - T. 38 - № 7 - C.824-844.

155. Haque A.K.M.A. Chemically modified hCFTR mRNAs recuperate lung function in a mouse model of cystic fibrosis / Haque A.K.M.A., Dewerth A., Antony J.S., Riethmüller J., Schweizer G.R., Weinmann P., Latifi N., Yasar H., Pedemonte N., Sondo E., Weidensee B., Ralhan A., Laval J., Schlegel P., Seitz C., Loretz B., Lehr C.-M., Handgretinger R., Kormann M.S.D. // Scientific Reports - 2018. -T. 8 - № 1 - C.16776.

156. Sasaki A. Monitoring intracellular degradation of exogenous DNA using diffusion properties / Sasaki A., Kinjo M. // Journal of Controlled Release: Official Journal of the Controlled Release Society - 2010. - T. 143 - № 1 - C.104-111.

157. Yang E. Decay rates of human mRNAs: correlation with functional characteristics and sequence attributes / Yang E., Nimwegen E. van, Zavolan M., Rajewsky N., Schroeder M., Magnasco M., Darnell J.E. // Genome Research - 2003. - T. 13 - № 8 - C.1863-1872.

158. Brommel C.M. Adeno-Associated Virus-Based Gene Therapy for Lifelong Correction of Genetic Disease / Brommel C.M., Cooney A.L., Sinn P.L. // Human Gene Therapy - 2020. - T. 31 - № 17-18 - C.985-995.

159. Alton E.W.F.W. Genetic medicines for CF: Hype versus reality / Alton E.W.F.W., Boyd A.C., Davies J.C., Gill D.R., Griesenbach U., Harrison P.T., Henig N., Higgins T., Hyde S.C., Innes J.A., Korman M.S.D. // Pediatric Pulmonology - 2016. - T. 51 - № S44 - C.S5-S17.

160. Boucher R.C. Gene therapy for cystic fibrosis using El-deleted adenovirus: a phase I trial in the nasal cavity. The University of North Carolina at Chapel Hill / Boucher R.C., Knowles M.R., Johnson L.G., Olsen J.C., Pickles R., Wilson J.M., Engelhardt J., Yang Y., Grossman M. // Human Gene Therapy - 1994. - T. 5 - № 5 - C.615-639.

161. Knowles M.R. A controlled study of adenoviral-vector-mediated gene transfer in the nasal epithelium of patients with cystic fibrosis / Knowles M.R., Hohneker K.W., Zhou Z., Olsen J.C., Noah T.L., Hu P.C., Leigh M.W., Engelhardt J.F., Edwards L.J., Jones K.R. // The New England Journal of Medicine - 1995. - T. 333 - № 13 - C.823-831.

162. Zuckerman J.B. A phase I study of adenovirus-mediated transfer of the human cystic fibrosis transmembrane conductance regulator gene to a lung segment of individuals with cystic fibrosis / Zuckerman J.B., Robinson C.B., McCoy K.S., Shell R., Sferra T.J., Chirmule N., Magosin S.A., Propert K.J., Brown-Parr E.C., Hughes J.V., Tazelaar J., Baker C., Goldman M.J., Wilson J.M. // Human Gene Therapy - 1999. - T. 10 - № 18 - C.2973-2985.

163. Moss R.B. Repeated adeno-associated virus serotype 2 aerosol-mediated cystic fibrosis transmembrane regulator gene transfer to the lungs of patients with cystic fibrosis: a multicenter, doubleblind, placebo-controlled trial / Moss R.B., Rodman D., Spencer L.T., Aitken M.L., Zeitlin P.L., Waltz D., Milla C., Brody A.S., Clancy J.P., Ramsey B., Hamblett N., Heald A.E. // Chest - 2004. - T. 125 -№ 2 - C.509-521.

164. Davies L.A. Aerosol delivery of DNA/liposomes to the lung for cystic fibrosis gene therapy / Davies L.A., Nunez-Alonso G.A., McLachlan G., Hyde S.C., Gill D.R. // Human Gene Therapy. Clinical Development - 2014. - T. 25 - № 2 - C.97-107.

165. Alton E.W.F.W. Repeated nebulisation of non-viral CFTR gene therapy in patients with cystic fibrosis: a randomised, double-blind, placebo-controlled, phase 2b trial / Alton E.W.F.W., Armstrong D.K., Ashby D., Wolstenholme-Hogg P. // The Lancet Respiratory Medicine - 2015. - T. 3 - № 9 - C.684-691.

166. Cmielewski P. Gene therapy for Cystic Fibrosis: Improved delivery techniques and conditioning with lysophosphatidylcholine enhance lentiviral gene transfer in mouse lung airways / Cmielewski P., Farrow N., Devereux S., Parsons D., Donnelley M. // Experimental Lung Research -2017. - T. 43 - № 9-10 - C.426-433.

167. Robinson E. Lipid Nanoparticle-Delivered Chemically Modified mRNA Restores Chloride Secretion in Cystic Fibrosis / Robinson E., MacDonald K.D., Slaughter K., McKinney M., Patel S., Sun C., Sahay G. // Molecular Therapy: The Journal of the American Society of Gene Therapy - 2018. - T. 26 - № 8 - C.2034-2046.

168. Reyne N. Single-Dose Lentiviral Mediated Gene Therapy Recovers CFTR Function in Cystic Fibrosis Knockout Rats / Reyne N., Cmielewski P., McCarron A., Delhove J., Parsons D., Donnelley M. // Frontiers in Pharmacology - 2021. - T. 12 - C.682299.

169. Schuster B.S. Overcoming the cystic fibrosis sputum barrier to leading adeno-associated virus gene therapy vectors / Schuster B.S., Kim A.J., Kays J.C., Kanzawa M.M., Guggino W.B., Boyle M.P., Rowe S.M., Muzyczka N., Suk J.S., Hanes J. // Molecular Therapy: The Journal of the American Society of Gene Therapy - 2014. - T. 22 - № 8 - C.1484-1493.

170. Hida K. Common gene therapy viral vectors do not efficiently penetrate sputum from cystic fibrosis patients / Hida K., Lai S.K., Suk J.S., Won S.Y., Boyle M.P., Hanes J. // PloS One - 2011. - T. 6 - № 5 - C.e19919.

171. Schuster B.S. Nanoparticle diffusion in respiratory mucus from humans without lung disease / Schuster B.S., Suk J.S., Woodworth G.F., Hanes J. // Biomaterials - 2013. - T. 34 - № 13 -C.3439-3446.

172. Parekh K.R. Stem cells and lung regeneration / Parekh K.R., Nawroth J., Pai A., Busch S.M., Senger C.N., Ryan A.L. // American Journal of Physiology. Cell Physiology - 2020. - T. 319 -№ 4 - C.C675-C693.

173. Bustamante-Marin X.M. Cilia and Mucociliary Clearance / Bustamante-Marin X.M., Ostrowski L.E. // Cold Spring Harbor Perspectives in Biology - 2017. - T. 9 - № 4 - C.a028241.

174. Katz M.G. Targeted Gene Delivery through the Respiratory System: Rationale for Intratracheal Gene Transfer / Katz M.G., Fargnoli A.S., Gubara S.M., Fish K., Weber T., Bridges C.R., Hajjar R.J., Ishikawa K. // Journal of Cardiovascular Development and Disease - 2019. - T. 6 - № 1 -C.8.

175. Peng K.W. Organ distribution of gene expression after intravenous infusion of targeted and untargeted lentiviral vectors / Peng K.W., Pham L., Ye H., Zufferey R., Trono D., Cosset F.L., Russell S.J. // Gene Therapy - 2001. - T. 8 - № 19 - C.1456-1463.

176. Hiltunen M.O. Biodistribution of adenoviral vector to nontarget tissues after local in vivo gene transfer to arterial wall using intravascular and periadventitial gene delivery methods / Hiltunen M.O., Turunen MP., Turunen A.M., Rissanen T.T., Laitinen M., Kosma V.M., Yla-Herttuala S. // FASEB journal: official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology - 2000. - T. 14 - № 14 - C.2230-2236.

177. McCaskill J. Efficient Biodistribution and Gene Silencing in the Lung epithelium via Intravenous Liposomal Delivery of siRNA / McCaskill J., Singhania R., Burgess M., Allavena R., Wu S., Blumenthal A., McMillan N.A. // Molecular Therapy. Nucleic Acids - 2013. - T. 2 - № 6 - C.e96.

178. Michelfelder S. Peptide ligands incorporated into the threefold spike capsid domain to redirect gene transduction of AAV8 and AAV9 in vivo / Michelfelder S., Varadi K., Raupp C., Hunger

A., Körbelin J., Pahrmann C., Schrepfer S., Müller O.J., Kleinschmidt J.A., Trepel M. // PloS One -2011. - T. 6 - № 8 - C.e23101.

179. Wu P. Mutational analysis of the adeno-associated virus type 2 (AAV2) capsid gene and construction of AAV2 vectors with altered tropism / Wu P., Xiao W., Conlon T., Hughes J., Agbandje-McKenna M., Ferkol T., Flotte T., Muzyczka N. // Journal of Virology - 2000. - T. 74 - № 18 - C.8635-8647.

180. Johnson M. Differential biodistribution of adenoviral vector in vivo as monitored by bioluminescence imaging and quantitative polymerase chain reaction / Johnson M., Huyn S., Burton J., Sato M., Wu L. // Human Gene Therapy - 2006. - T. 17 - № 12 - C.1262-1269.

181. Kochergin-Nikitsky K. Tissue and cell-type-specific transduction using rAAV vectors in lung diseases / Kochergin-Nikitsky K., Belova L., Lavrov A., Smirnikhina S. // Journal of Molecular Medicine (Berlin, Germany) - 2021. - T. 99 - № 8 - C.1057-1071.

182. Marquez Loza L.I. Lentiviral Vectors for the Treatment and Prevention of Cystic Fibrosis Lung Disease / Marquez Loza L.I., Yuen E.C., McCray P.B. // Genes - 2019. - T. 10 - № 3 - C.218.

183. Johnson L.G. Retroviral approaches to gene therapy of cystic fibrosis / Johnson L.G. // Annals of the New York Academy of Sciences - 2001. - T. 953 - C.43-52.

184. Brody S.L. Adenovirus-mediated in vivo gene transfer / Brody S.L., Crystal R.G. // Annals of the New York Academy of Sciences - 1994. - T. 716 - C.90-101; discussion 101-103.

185. Van Heeckeren A.M. Delivery of CFTR by adenoviral vector to cystic fibrosis mouse lung in a model of chronic Pseudomonas aeruginosa lung infection / Van Heeckeren A.M., Scaria A., Schluchter M.D., Ferkol T.W., Wadsworth S., Davis P.B. // American Journal of Physiology. Lung Cellular and Molecular Physiology - 2004. - T. 286 - № 4 - C.L717-726.

186. Cao H. A helper-dependent adenoviral vector rescues CFTR to wild-type functional levels in cystic fibrosis epithelial cells harbouring class I mutations / Cao H., Ouyang H., Laselva O., Bartlett C., Zhou Z.P., Duan C., Gunawardena T., Avolio J., Bear C.E., Gonska T., Hu J., Moraes T.J. // The European Respiratory Journal - 2020. - T. 56 - № 5 - C.2000205.

187. Martini S.V. Adeno-associated virus for cystic fibrosis gene therapy / Martini S.V., Rocco P.R.M., Morales M.M. // Brazilian Journal of Medical and Biological Research = Revista Brasileira De Pesquisas Medicas E Biologicas - 2011. - T. 44 - № 11 - C.1097-1104.

188. Hacein-Bey-Abina S. Insertional oncogenesis in 4 patients after retrovirus-mediated gene therapy of SCID-X1 / Hacein-Bey-Abina S., Garrigue A., Wang G.P., Soulier J., Lim A., Morillon E., Clappier E., Caccavelli L., Delabesse E., Beldjord K., Asnafi V., MacIntyre E., Dal Cortivo L., Radford I., Brousse N., Sigaux F., Moshous D., Hauer J., Borkhardt A., Belohradsky B.H., Wintergerst U., Velez M.C., Leiva L., Sorensen R., Wulffraat N., Blanche S., Bushman F.D., Fischer A., Cavazzana-Calvo M. // The Journal of Clinical Investigation - 2008. - T. 118 - № 9 - C.3132-3142.

189. Alton E.W.F.W. Preparation for a first-in-man lentivirus trial in patients with cystic fibrosis / Alton E.W.F.W., Beekman J.M., Boyd A.C., Brand J., Carlon M.S., Connolly M.M., Chan M., Conlon S., Davidson H.E., Davies J.C., Davies L.A., Dekkers J.F., Doherty A., Gea-Sorli S., Gill D.R., Griesenbach U., Hasegawa M., Higgins T.E., Hironaka T., Hyndman L., McLachlan G., Inoue M., Hyde S.C., Innes J A., Maher T.M., Moran C., Meng C., Paul-Smith M.C., Pringle I.A., Pytel K.M., Rodriguez-Martinez A., Schmidt A.C., Stevenson B.J., Sumner-Jones S.G., Toshner R., Tsugumine S., Wasowicz M.W., Zhu J. // Thorax - 2017. - T. 72 - № 2 - C.137-147.

190. Duncan C.N. Hematologic Cancer after Gene Therapy for Cerebral Adrenoleukodystrophy / Duncan C.N., Bledsoe J.R., Grzywacz B., Beckman A., Bonner M., Eichler F.S., Kühl J.-S., Harris M.H., Slauson S., Colvin R.A., Prasad V.K., Downey G.F., Pierciey F.J., Kinney M.A., Foos M., Lodaya A., Floro N., Parsons G., Dietz A.C., Gupta A.O., Orchard P.J., Thakar H.L., Williams D A. // The New England Journal of Medicine - 2024. - T. 391 - № 14 - C.1287-1301.

191. Welsh M.J. Cystic fibrosis gene therapy using an adenovirus vector: in vivo safety and efficacy in nasal epithelium / Welsh M.J., Smith A.E., Zabner J., Rich D.P., Graham S.M., Gregory R.J., Pratt B.M., Moscicki R.A. // Human Gene Therapy - 1994. - T. 5 - № 2 - C.209-219.

192. Khare R. Advances and future challenges in adenoviral vector pharmacology and targeting / Khare R., Chen C.Y., Weaver E.A., Barry M.A. // Current Gene Therapy - 2011. - T. 11 - № 4 -C.241-258.

193. Sibbald B. Death but one unintended consequence of gene-therapy trial / Sibbald B. // CMAJ: Canadian Medical Association journal = journal de l'Association medicale canadienne - 2001. - T. 164 - № 11 - C.1612.

194. Logunov D.Y. Safety and immunogenicity of an rAd26 and rAd5 vector-based heterologous prime-boost COVID-19 vaccine in two formulations: two open, non-randomised phase 1/2 studies from Russia / Logunov D.Y., Dolzhikova I.V., Zubkova O.V., Tukhvatullin A.I., Shcheblyakov D.V., Dzharullaeva A.S., Grousova D.M., Erokhova A.S., Kovyrshina A.V., Botikov A.G., Izhaeva F.M., Popova O., Ozharovskaya T.A., Esmagambetov I.B., Favorskaya I.A., Zrelkin D.I., Voronina D.V., Shcherbinin D.N., Semikhin A.S., Simakova Y.V., Tokarskaya E.A., Lubenets N.L., Egorova D.A., Shmarov M.M., Nikitenko N.A., Morozova L.F., Smolyarchuk E.A., Kryukov E.V., Babira V.F., Borisevich S.V., Naroditsky B.S., Gintsburg A.L. // Lancet (London, England) - 2020. - T. 396 - № 10255 - C.887-897.

195. Logunov D.Y. Safety and efficacy of an rAd26 and rAd5 vector-based heterologous prime-boost COVID-19 vaccine: an interim analysis of a randomised controlled phase 3 trial in Russia / Logunov D.Y., Dolzhikova I.V., Shcheblyakov D.V., Tukhvatulin A.I., Zubkova O.V., Dzharullaeva A.S., Kovyrshina A.V., Lubenets N.L., Grousova D.M., Erokhova A.S., Botikov A.G., Izhaeva F.M., Popova O., Ozharovskaya T.A., Esmagambetov I.B., Favorskaya I.A., Zrelkin D.I., Voronina D.V.,

Shcherbinin D.N., Semikhin A.S., Simakova Y.V., Tokarskaya E.A., Egorova D.A., Shmarov M.M., Nikitenko N.A., Gushchin V.A., Smolyarchuk E.A., Zyryanov S.K., Borisevich S.V., Naroditsky B.S., Gintsburg A.L., Gam-COVID-Vac Vaccine Trial Group // Lancet (London, England) - 2021. - T. 397 - № 10275 - C.671-681.

196. Shibata M. Real-space and real-time dynamics of CRISPR-Cas9 visualized by high-speed atomic force microscopy / Shibata M., Nishimasu H., Kodera N., Hirano S., Ando T., Uchihashi T., Nureki O. // Nature Communications - 2017. - T. 8 - № 1 - C.1430.

197. Flotte T.R. Stable in vivo expression of the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator with an adeno-associated virus vector / Flotte T.R., Afione S.A., Conrad C., McGrath S.A., Solow R., Oka H., Zeitlin P.L., Guggino W.B., Carter B.J. // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America - 1993. - T. 90 - № 22 - C.10613-10617.

198. Vidovic D. rAAV-CFTRAR Rescues the Cystic Fibrosis Phenotype in Human Intestinal Organoids and Cystic Fibrosis Mice / Vidovic D., Carlon M.S., Cunha M.F. da, Dekkers J.F., Hollenhorst M.I., Bijvelds M.J.C., Ramalho A.S., Van den Haute C., Ferrante M., Baekelandt V., Janssens H.M., De Boeck K., Sermet-Gaudelus I., Jonge H.R. de, Gijsbers R., Beekman J.M., Edelman A., Debyser Z. // American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine - 2016. - T. 193 - № 3 -C.288-298.

199. Fischer A.C. Expression of a truncated cystic fibrosis transmembrane conductance regulator with an AAV5-pseudotyped vector in primates / Fischer A.C., Smith C.I., Cebotaru L., Zhang X., Askin F.B., Wright J., Guggino S.E., Adams R.J., Flotte T., Guggino W.B. // Molecular Therapy: The Journal of the American Society of Gene Therapy - 2007. - T. 15 - № 4 - C.756-763.

200. Patel A. Design of AAV Vectors for Delivery of Large or Multiple Transgenes / Patel A., Zhao J., Duan D., Lai Y. // Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.) - 2019. - T. 1950 - C.19-33.

201. Kristen A.V. Patisiran, an RNAi therapeutic for the treatment of hereditary transthyretin-mediated amyloidosis / Kristen A.V., Ajroud-Driss S., Concei9ao I., Gorevic P., Kyriakides T., Obici L. // Neurodegenerative Disease Management - 2019. - T. 9 - № 1 - C.5-23.

202. Alfano L.N. Long-term treatment with eteplirsen in nonambulatory patients with Duchenne muscular dystrophy / Alfano L.N., Charleston J.S., Connolly A.M., Cripe L., Donoghue C., Dracker R., Dworzak J., Eliopoulos H., Frank D.E., Lewis S., Lucas K., Lynch J., Milici A.J., Flynt A., Naughton E., Rodino-Klapac L.R., Sahenk Z., Schnell F.J., Young G.D., Mendell J.R., Lowes L P. // Medicine -2019. - T. 98 - № 26 - C.e15858.

203. Hu J. Long Circulating Polymeric Nanoparticles for Gene/Drug Delivery / Hu J., Sheng Y., Shi J., Yu B., Yu Z., Liao G. // Current Drug Metabolism - 2018. - T. 19 - № 9 - C.723-738.

204. Fernández Fernández E. Biopolymer-Based Nanoparticles for Cystic Fibrosis Lung Gene Therapy Studies / Fernández Fernández E., Santos-Carballal B., Santi C. de, Ramsey J.M., MacLoughlin R., Cryan S.-A., Greene C.M. // Materials (Basel, Switzerland) - 2018. - T. 11 - № 1 - C.122.

205. Kolonko A.K. Capsaicin-Loaded Chitosan Nanocapsules for wtCFTR-mRNA Delivery to a Cystic Fibrosis Cell Line / Kolonko A.K., Efing J., González-Espinosa Y., Bangel-Ruland N., Driessche W. van, Goycoolea F.M., Weber W.-M. // Biomedicines - 2020. - T. 8 - № 9 - C.364.

206. Singh B.K. Extracellular Vesicle-Mediated siRNA Delivery, Protein Delivery, and CFTR Complementation in Well-Differentiated Human Airway Epithelial Cells / Singh B.K., Cooney A.L., Krishnamurthy S., Sinn P.L. // Genes - 2020. - T. 11 - № 4 - C.351.

207. Bell G.D. mRNA transfection by a Xentry-protamine cell-penetrating peptide is enhanced by TLR antagonist E6446 / Bell G.D., Yang Y., Leung E., Krissansen G.W. // PloS One - 2018. - T. 13 - № 7 - C.e0201464.

208. National Academies of Sciences, Engineering, and MedicineHuman Genome Editing: Science, Ethics, and Governance / National Academies of Sciences, Engineering, and Medicine -Washington, DC: The National Academies Press, 2017.- 310c.

209. Trimidal S.G. Can Designer Indels Be Tailored by Gene Editing?: Can Indels Be Customized? / Trimidal S.G., Benjamin R., Bae J.E., Han M.V., Kong E., Singer A., Williams T.S., Yang B., Schiller M.R. // BioEssays: News and Reviews in Molecular, Cellular and Developmental Biology - 2019. - T. 41 - № 12 - C.e1900126.

210. Harmatz P. First-in-human in vivo genome editing via AAV-zinc-finger nucleases for mucopolysaccharidosis I/II and hemophilia B / Harmatz P., Prada C.E., Burton B.K., Lau H., Kessler C.M., Cao L., Falaleeva M., Villegas A.G., Zeitler J., Meyer K., Miller W., Wong Po Foo C., Vaidya S., Swenson W., Shiue L.H., Rouy D., Muenzer J. // Molecular Therapy: The Journal of the American Society of Gene Therapy - 2022. - T. 30 - № 12 - C.3587-3600.

211. Mullard A. CRISPR pioneers win Nobel prize / Mullard A. // Nature Reviews. Drug Discovery - 2020. - T. 19 - № 12 - C.827.

212. Mali P. Cas9 as a versatile tool for engineering biology / Mali P., Esvelt K.M., Church G.M. // Nature Methods - 2013. - T. 10 - № 10 - C.957-963.

213. Smirnikhina S.A. Ways of improving precise knock-in by genome-editing technologies / Smirnikhina S.A., Anuchina A.A., Lavrov A.V. // Human Genetics - 2019. - T. 138 - № 1 - C.1-19.

214. Stinson B.M. Repair of DNA Double-Strand Breaks by the Non-homologous End Joining Pathway / Stinson B.M., Loparo J.J. // Annual review of biochemistry - 2021. - T. 90 - C.137-164.

215. Hartlerode A.J. Mechanisms of double-strand break repair in somatic mammalian cells / Hartlerode A.J., Scully R. // The Biochemical Journal - 2009. - T. 423 - № 2 - C.157-168.

216. Gearing M. CRISPR 101: Cas9 Nickase Design and Homology Directed Repair [Электронный ресурс]. URL: https://blog.addgene.org/crispr-101-cas9-nickase-design-and-homology-directed-repair (дата обращения: 27.03.2025).

217. Gaudelli N.M. Programmable base editing of A*T to G*C in genomic DNA without DNA cleavage / Gaudelli N.M., Komor A.C., Rees H.A., Packer M.S., Badran A.H., Bryson D.I., Liu D R. // Nature - 2017. - Т. 551 - № 7681 - С.464-471.

218. Lavrov A.V. Genome scale analysis of pathogenic variants targetable for single base editing / Lavrov A.V., Varenikov G.G., Skoblov MY. // BMC medical genomics - 2020. - Т. 13 - № Suppl 8

- С.80.

219. Rees H.A. Base editing: precision chemistry on the genome and transcriptome of living cells / Rees H.A., Liu D R. // Nature Reviews. Genetics - 2018. - Т. 19 - № 12 - С.770-788.

220. Anzalone A.V. Search-and-replace genome editing without double-strand breaks or donor DNA / Anzalone A.V., Randolph P.B., Davis J.R., Sousa A.A., Koblan L.W., Levy J.M., Chen P.J., Wilson C., Newby G.A., Raguram A., Liu D R. // Nature - 2019. - Т. 576 - № 7785 - С.149-157.

221. Kim D.Y. Unbiased investigation of specificities of prime editing systems in human cells / Kim D.Y., Moon S.B., Ko J.-H., Kim Y.-S., Kim D. // Nucleic Acids Research - 2020. - Т. 48 - № 18

- С.10576-10589.

222. Liu Y. Efficient generation of mouse models with the prime editing system / Liu Y., Li X., He S., Huang S., Li C., Chen Y., Liu Z., Huang X., Wang X. // Cell Discovery - 2020. - Т. 6 - С.27.

223. Li H. Precise Modifications of Both Exogenous and Endogenous Genes in Rice by Prime Editing / Li H., Li J., Chen J., Yan L., Xia L. // Molecular Plant - 2020. - Т. 13 - № 5 - С.671-674.

224. Xu W. Versatile Nucleotides Substitution in Plant Using an Improved Prime Editing System / Xu W., Zhang C., Yang Y., Zhao S., Kang G., He X., Song J., Yang J. // Molecular Plant - 2020. - Т. 13 - № 5 - С.675-678.

225. Tang X. Plant Prime Editors Enable Precise Gene Editing in Rice Cells / Tang X., Sretenovic S., Ren Q., Jia X., Li M., Fan T., Yin D., Xiang S., Guo Y., Liu L., Zheng X., Qi Y., Zhang Y. // Molecular Plant - 2020. - Т. 13 - № 5 - С.667-670.

226. Hua K. Precision genome engineering in rice using prime editing system / Hua K., Jiang Y., Tao X., Zhu J.-K. // Plant Biotechnology Journal - 2020. - Т. 18 - № 11 - С.2167-2169.

227. Lin Q. Prime genome editing in rice and wheat / Lin Q., Zong Y., Xue C., Wang S., Jin S., Zhu Z., Wang Y., Anzalone A.V., Raguram A., Doman J.L., Liu D.R., Gao C. // Nature Biotechnology

- 2020. - Т. 38 - № 5 - С.582-585.

228. Surun D. Efficient Generation and Correction of Mutations in Human iPS Cells Utilizing mRNAs of CRISPR Base Editors and Prime Editors / Surun D., Schneider A., Mircetic J., Neumann K.,

Lansing F., Paszkowski-Rogacz M., Hänchen V., Lee-Kirsch M.A., Buchholz F. // Genes - 2020. - Т. 11 - № 5 - С.511.

229. Gillmore J.D. CRISPR-Cas9 In Vivo Gene Editing for Transthyretin Amyloidosis / Gillmore J.D., Gane E., Taubel J., Kao J., Fontana M., Maitland M.L., Seitzer J., O'Connell D., Walsh K.R., Wood K., Phillips J., Xu Y., Amaral A., Boyd A.P., Cehelsky J.E., McKee M.D., Schiermeier A., Harari O., Murphy A., Kyratsous C.A., Zambrowicz B., Soltys R., Gutstein D.E., Leonard J., Sepp-Lorenzino L., Lebwohl D. // The New England Journal of Medicine - 2021. - Т. 385 - № 6 - С.493-502.

230. Matsuo M. Antisense Oligonucleotide-Mediated Exon-skipping Therapies: Precision Medicine Spreading from Duchenne Muscular Dystrophy / Matsuo M. // JMA journal - 2021. - Т. 4 -№ 3 - С.232-240.

231. Horgan R. Preliminary findings from the CRD-TMH-001 clinical trial | | Cure Rare Disease// CURE RARE DISEASE [Электронный ресурс]. URL: https://www.cureraredisease.org/blog-posts/preliminary-findings-from-the-crd-tmh-001-clinical-trial (дата обращения: 02.04.2025).

232. Poletto E. Genome Editing for Mucopolysaccharidoses / Poletto E., Baldo G., Gomez-Ospina N. // International Journal of Molecular Sciences - 2020. - Т. 21 - № 2 - С.500.

233. Johnson L.G. Efficiency of gene transfer for restoration of normal airway epithelial function in cystic fibrosis / Johnson L.G., Olsen J.C., Sarkadi B., Moore K.L., Swanstrom R., Boucher R.C. // Nature Genetics - 1992. - Т. 2 - № 1 - С.21-25.

234. Kosicki M. Repair of double-strand breaks induced by CRISPR-Cas9 leads to large deletions and complex rearrangements / Kosicki M., Tomberg K., Bradley A. // Nature Biotechnology - 2018. - Т. 36 - № 8 - С.765-771.

235. Cohn D.M. CRISPR-Based Therapy for Hereditary Angioedema / Cohn D.M., Gurugama P., Magerl M., Katelaris C.H., Launay D., Bouillet L., Petersen R.S., Lindsay K., Aygören-Pürsün E., Maag D., Butler J.S., Shah M.Y., Golden A., Xu Y., Abdelhady A.M., Lebwohl D., Longhurst H.J. // New England Journal of Medicine - 2025. - Т. 392 - № 5 - С.458-467.

236. Takahashi K. Induction of pluripotent stem cells from mouse embryonic and adult fibroblast cultures by defined factors / Takahashi K., Yamanaka S. // Cell - 2006. - Т. 126 - № 4 - С.663-676.

237. Kawamura M. Enhanced Therapeutic Effects of Human iPS Cell Derived-Cardiomyocyte by Combined Cell-Sheets with Omental Flap Technique in Porcine Ischemic Cardiomyopathy Model / Kawamura M., Miyagawa S., Fukushima S., Saito A., Miki K., Funakoshi S., Yoshida Y., Yamanaka S., Shimizu T., Okano T., Daimon T., Toda K., Sawa Y. // Scientific Reports - 2017. - Т. 7 - № 1 -С.8824.

238. Kikuchi T. Human iPS cell-derived dopaminergic neurons function in a primate Parkinson's disease model / Kikuchi T., Morizane A., Doi D., Magotani H., Onoe H., Hayashi T., Mizuma H., Takara

S., Takahashi R., Inoue H., Morita S., Yamamoto M., Okita K., Nakagawa M., Parmar M., Takahashi J. // Nature - 2017. - T. 548 - № 7669 - C.592-596.

239. Demchenko A. Lung organoids: current strategies for generation and transplantation / Demchenko A., Lavrov A., Smirnikhina S. // Cell and Tissue Research - 2022. - T. 390 - № 3 - C.317-333.

240. Miller A.J. In Vitro Induction and In Vivo Engraftment of Lung Bud Tip Progenitor Cells Derived from Human Pluripotent Stem Cells / Miller A.J., Hill D.R., Nagy M.S., Aoki Y., Dye B.R., Chin A.M., Huang S., Zhu F., White E.S., Lama V., Spence J R. // Stem Cell Reports - 2018. - T. 10 -№ 1 - C.101-119.

241. Della Latta V. Bleomycin in the setting of lung fibrosis induction: From biological mechanisms to counteractions / Della Latta V., Cecchettini A., Del Ry S., Morales M.A. // Pharmacological Research - 2015. - T. 97 - C.122-130.

242. Rosen C. Preconditioning allows engraftment of mouse and human embryonic lung cells, enabling lung repair in mice / Rosen C., Shezen E., Aronovich A., Klionsky Y.Z., Yaakov Y., Assayag M., Biton I.E., Tal O., Shakhar G., Ben-Hur H., Shneider D., Vaknin Z., Sadan O., Evron S., Freud E., Shoseyov D., Wilschanski M., Berkman N., Fibbe W.E., Hagin D., Hillel-Karniel C., Krentsis I.M., Bachar-Lustig E., Reisner Y. // Nature Medicine - 2015. - T. 21 - № 8 - C.869-879.

243. Smirnikhina S.A. P.F508del editing in cells from cystic fibrosis patients / Smirnikhina S.A., Kondrateva E.V., Adilgereeva E.P., Anuchina A.A., Zaynitdinova M.I., Slesarenko Y.S., Ershova A.S., Ustinov K.D., Yasinovsky M.I., Amelina E.L., Voronina E.S., Yakushina V.D., Tabakov V.Y., Lavrov A.V. // PloS One - 2020. - T. 15 - № 11 - C.e0242094.

244. Hawkins F.J. Derivation of Airway Basal Stem Cells from Human Pluripotent Stem Cells / Hawkins F.J., Suzuki S., Beermann M.L., Barilla C., Wang R., Villacorta-Martin C., Berical A., Jean J.C., Le Suer J., Matte T., Simone-Roach C., Tang Y., Schlaeger T.M., Crane A.M., Matthias N., Huang S.X.L., Randell S.H., Wu J., Spence J.R., Carraro G., Stripp B.R., Rab A., Sorsher E.J., Horani A., Brody S.L., Davis B.R., Kotton D.N. // Cell Stem Cell - 2021. - T. 28 - № 1 - C.79- 95.e8.

245. Dekkers J.F. A functional CFTR assay using primary cystic fibrosis intestinal organoids / Dekkers J.F., Wiegerinck C.L., Jonge H.R. de, Bronsveld I., Janssens H.M., Winter-de Groot K.M. de, Brandsma A.M., Jong N.W.M. de, Bijvelds M.J.C., Scholte B.J., Nieuwenhuis E.E.S., Brink S. van den, Clevers H., Ent C.K. van der, Middendorp S., Beekman J.M. // Nature Medicine - 2013. - T. 19 - № 7 - C.939-945.

246. Sato T. Growing self-organizing mini-guts from a single intestinal stem cell: mechanism and applications / Sato T., Clevers H. // Science (New York, N.Y.) - 2013. - T. 340 - № 6137 - C.1190-1194.

247. Ramalho A.S. Assays of CFTR Function In Vitro, Ex Vivo and In Vivo / Ramalho A.S., Boon M., Proesmans M., Vermeulen F., Carlon M.S., Boeck K.D. // International Journal of Molecular Sciences - 2022. - Т. 23 - № 3 - С.1437.

248. Клинические рекомендации. Кистозный фиброз // - 2021.

249. McCauley K.B. Derivation of Epithelial-Only Airway Organoids from Human Pluripotent Stem Cells / McCauley K.B., Hawkins F., Kotton D.N. // Current Protocols in Stem Cell Biology - 2018.

- Т. 45 - № 1 - C.e51.

250. Weiner A.I. Mesenchyme-free expansion and transplantation of adult alveolar progenitor cells: steps toward cell-based regenerative therapies / Weiner A.I., Jackson S.R., Zhao G., Quansah K.K., Farshchian J.N., Neupauer K.M., Littauer E.Q., Paris A.J., Liberti D.C., Scott Worthen G., Morrisey E E., Vaughan A.E. // NPJ Regenerative medicine - 2019. - Т. 4 - С.17.

251. Leibel S.L. Generation of Complete Multi-Cell Type Lung Organoids From Human Embryonic and Patient-Specific Induced Pluripotent Stem Cells for Infectious Disease Modeling and Therapeutics Validation / Leibel S.L., McVicar R.N., Winquist A.M., Niles W.D., Snyder E.Y. // Current Protocols in Stem Cell Biology - 2020. - Т. 54 - № 1 - C.e118.

252. Miller A.J. Generation of lung organoids from human pluripotent stem cells in vitro / Miller A.J., Dye B.R., Ferrer-Torres D., Hill D.R., Overeem A.W., Shea L.D., Spence J R. // Nature Protocols

- 2019. - Т. 14 - № 2 - С.518-540.

253. Demchenko A. Airway and Lung Organoids from Human-Induced Pluripotent Stem Cells Can Be Used to Assess CFTR Conductance / Demchenko A., Kondrateva E., Tabakov V., Efremova A., Salikhova D., Bukharova T., Goldshtein D., Balyasin M., Bulatenko N., Amelina E., Lavrov A., Smirnikhina S. // International Journal of Molecular Sciences - 2023. - Т. 24 - № 7 - С.6293.

254. Chiu M.C. Human Nasal Organoids Model SARS-CoV-2 Upper Respiratory Infection and Recapitulate the Differential Infectivity of Emerging Variants / Chiu M.C., Li C., Liu X., Song W., Wan Z., Yu Y., Huang J., Xiao D., Chu H., Cai J.-P., To K.K.-W., Yuen K.Y., Zhou J. // mBio - 2022. - Т. 13 - № 4 - C.e0194422.

255. Zhou J. Differentiated human airway organoids to assess infectivity of emerging influenza virus / Zhou J., Li C., Sachs N., Chiu M.C., Wong B.H.-Y., Chu H., Poon V.K.-M., Wang D., Zhao X., Wen L., Song W., Yuan S., Wong K.K.-Y., Chan J.F.-W., To K.K.-W., Chen H., Clevers H., Yuen K-Y. // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America - 2018. - Т. 115

- № 26 - С.6822-6827.

256. Food and Drug Administrarion Three-Dimensional (3D) Cell Culture (Microphysiological) Platforms as Drug Development Tools// FDA [Электронный ресурс]. URL: https://www.fda.gov/drugs/regulatory-science-action/three-dimensional-3d-cell-culture-microphysiological-platforms-drug-development-tools (дата обращения: 27.03.2025).

257. Smirnikhina S.A. Perspectives on Genetic Medicine for Cystic Fibrosis / Smirnikhina S.A. // Current Gene Therapy - 2022. - T. 22 - № 5 - C.386-396.

258. Zhang L. Efficient expression of CFTR function with adeno-associated virus vectors that carry shortened CFTR genes / Zhang L., Wang D., Fischer H., Fan P.D., Widdicombe J.H., Kan Y.W., Dong J.Y. // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America - 1998.

- T. 95 - № 17 - C.10158-10163.

259. McCarthy V.A. The CFTR gene and regulation of its expression / McCarthy V.A., Harris A. // Pediatric Pulmonology - 2005. - T. 40 - № 1 - C.1-8.

260. Stutts M.J. Functional consequences of heterologous expression of the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator in fibroblasts / Stutts M.J., Gabriel S.E., Olsen J.C., Gatzy J.T., O'Connell T.L., Price E.M., Boucher R.C. // The Journal of Biological Chemistry - 1993. - T. 268 - № 27 - C.20653-20658.

261. Epstein A.L. HSV-1-derived recombinant and amplicon vectors for gene transfer and gene therapy / Epstein A.L., Marconi P., Argnani R., Manservigi R. // Current Gene Therapy - 2005. - T. 5

- № 5 - C.445-458.

262. Krystal Biotech Vyjuvek™ (beremagene geperpavec-svdt) [package insert].

263. Stocker A.G. Single-dose lentiviral gene transfer for lifetime airway gene expression / Stocker A G., Kremer K.L., Koldej R., Miller D.S., Anson D.S., Parsons D.W. // The Journal of Gene Medicine - 2009. - T. 11 - № 10 - C.861-867.

264. Milo R.Cell Biology by the Numbers / R. Milo, R. Phillips - Garland Science (Taylor & Francis Group), 2015.- 393c.

265. Yan Y. Non-viral vectors for RNA delivery / Yan Y., Liu X.-Y., Lu A., Wang X.-Y., Jiang L.-X., Wang J.-C. // Journal of Controlled Release: Official Journal of the Controlled Release Society -2022. - T. 342 - C.241-279.

266. Sarepta Therapeutics, Inc. Exondys 51 (eteplirsen) [package insert].

267. Mall M.A. ENaC inhibition in cystic fibrosis: potential role in the new era of CFTR modulator therapies / Mall M.A. // The European Respiratory Journal - 2020. - T. 56 - № 6 -C.2000946.

268. Alnylam Pharmaceuticals, Inc Onpattro (patisiran) [package insert] // - 2018.

269. Santos L. Comparison of Cas9 and Cas12a CRISPR editing methods to correct the W1282X-CFTR mutation / Santos L., Mention K., Cavusoglu-Doran K., Sanz D.J., Bacalhau M., Lopes-Pacheco M., Harrison P.T., Farinha C.M. // Journal of Cystic Fibrosis: Official Journal of the European Cystic Fibrosis Society - 2022. - T. 21 - № 1 - C.181-187.

270. Кондратьева Е.В. Редактирование мутации c.3846G>A (p.Trp1282*) в гене CFTR в ИПСК с использованием аденинового редактора / Кондратьева Е.В., Демченко А.Г., Лавров А.В., Смирнихина С.А. // Медицинская генетика - 2023. - Т. 22 - № 11 - С.20-26.

271. Richardson C.D. Enhancing homology-directed genome editing by catalytically active and inactive CRISPR-Cas9 using asymmetric donor DNA / Richardson C.D., Ray G.J., DeWitt M.A., Curie G.L., Corn J.E. // Nature Biotechnology - 2016. - Т. 34 - № 3 - С.339-344.

272. Hwang G.-H. PE-Designer and PE-Analyzer: web-based design and analysis tools for CRISPR prime editing / Hwang G.-H., Jeong Y.K., Habib O., Hong S.-A., Lim K., Kim J.-S., Bae S. // Nucleic Acids Research - 2021. - Т. 49 - № W1 - C.W499-W504.

273. Slaymaker I.M. Rationally engineered Cas9 nucleases with improved specificity / Slaymaker I.M., Gao L., Zetsche B., Scott D.A., Yan W.X., Zhang F. // Science (New York, N.Y.) -2016. - Т. 351 - № 6268 - С.84-88.

274. Hwang G.-H. Web-based design and analysis tools for CRISPR base editing / Hwang GH., Park J., Lim K., Kim S., Yu J., Yu E., Kim S.-T., Eils R., Kim J.-S., Bae S. // BMC bioinformatics

- 2018. - Т. 19 - № 1 - С.542.

275. Clement K. CRISPResso2 provides accurate and rapid genome editing sequence analysis / Clement K., Rees H., Canver M.C., Gehrke J.M., Farouni R., Hsu J.Y., Cole M.A., Liu D.R., Joung J.K., Bauer D.E., Pinello L. // Nature Biotechnology - 2019. - Т. 37 - № 3 - С.224-226.

276. Bae S. Cas-OFFinder: a fast and versatile algorithm that searches for potential off-target sites of Cas9 RNA-guided endonucleases / Bae S., Park J., Kim J.-S. // Bioinformatics (Oxford, England)

- 2014. - Т. 30 - № 10 - С.1473-1475.

277. Kondrateva E. Generation of induced pluripotent stem cell line (RCMGi001-A) from human skin fibroblasts of a cystic fibrosis patient with p.F508del mutation / Kondrateva E., Adilgereeva E., Amelina E., Tabakov V., Demchenko A., Ustinov K., Yasinovsky M., Voronina E., Lavrov A., Smirnikhina S. // Stem Cell Research - 2020. - Т. 48 - С.101933.

278. Panchuk I. Generation of two induced pluripotent stem cell lines (RCMGi005-A/B) from human skin fibroblasts of a cystic fibrosis patient with homozygous F508del mutation in CFTR gene / Panchuk I., Kondrateva E., Demchenko A., Grigorieva O., Erofeeva A., Amelina E., Tabakov V., Orlova M., Voronina E., Pozhitnova V., Lavrov A., Smirnikhina S., Kutsev S. // Stem Cell Research - 2022. -Т. 64 - С.102896.

279. Kondrateva E. Generation of two induced pluripotent stem cell lines (RCMGi004-A and -B) from human skin fibroblasts of a cystic fibrosis patient with compound heterozygous F508del/W1282X mutations in CFTR gene / Kondrateva E., Demchenko A., Slesarenko Y., Pozhitnova V., Yasinovsky M., Amelina E., Tabakov V., Voronina E., Lavrov A., Smirnikhina S. // Stem Cell Research - 2021. - Т. 52 - С.102232.

280. Kondrateva E. Derivation of iPSC line (RCMGi002-A) from dermal fibroblasts of a cystic fibrosis female patient with homozygous F508del mutation / Kondrateva E., Demchenko A., Slesarenko Y., Yasinovsky M., Amelina E., Tabakov V., Voronina E., Lavrov A., Smirnikhina S. // Stem Cell Research - 2021. - T. 53 - C.102251.

281. Kondrateva E. Generation of induced pluripotent stem cell line (RCMGi008-A) from human skin fibroblasts of a cystic fibrosis patient with compound heterozygous F508del/CFTRdele2.3 mutations in CFTR gene / Kondrateva E., Panchuk I., Demchenko A., Grigorieva O., Zheglo D., Voronina E., Erofeeva A., Tabakov V., Orlova M., Lavrov A., Smirnikhina S., Kutsev S. // Stem Cell Research - 2022. - T. 63 - C.102854.

282. Bayart E. Technological overview of iPS induction from human adult somatic cells / Bayart E., Cohen-Haguenauer O. // Current Gene Therapy - 2013. - T. 13 - № 2 - C.73-92.

283. Garitaonandia I. Increased risk of genetic and epigenetic instability in human embryonic stem cells associated with specific culture conditions / Garitaonandia I., Amir H., Boscolo F.S., Wambua G.K., Schultheisz H.L., Sabatini K., Morey R., Waltz S., Wang Y.-C., Tran H., Leonardo T.R., Nazor K., Slavin I., Lynch C., Li Y., Coleman R., Gallego Romero I., Altun G., Reynolds D., Dalton S., Parast M., Loring J.F., Laurent L.C. // PloS One - 2015. - T. 10 - № 2 - C.e0118307.

284. Kerschner J.L. OTX2 regulates CFTR expression during endoderm differentiation and occupies 3' cis-regulatory elements / Kerschner J.L., Paranjapye A., NandyMazumdar M., Yin S., Leir S.-H., Harris A. // Developmental Dynamics: An Official Publication of the American Association of Anatomists - 2021. - T. 250 - № 5 - C.684-700.

285. Wang R. Differentiation of human airway-organoids from induced pluripotent stem cells (iPSCs) / Wang R., McCauley K.B., Kotton D.N., Hawkins F. // Methods in Cell Biology - 2020. - T. 159 - C.95-114.

286. Tsai P.-H. Modifications of lipid pathways restrict SARS-CoV-2 propagation in human induced pluripotent stem cell-derived 3D airway organoids / Tsai P.-H., Sun J.-R., Chien Y., Chan M.S., Khor W., Yang H.-C., Huang C.-H., Hsiung C.-N., Hwa T.-Y., Lin Y.-Y., Yeh C.-L., Wang M.-L., Yang Y.-P., Chen Y.-M., Tsai F.-T., Lee M.-S., Cheng Y.-H., Tsai S.-K., Liu P.-C., Chou S.-J., Chiou S.-H. // Journal of Advanced Research - 2024. - T. 60 - C.127-140.

287. Tiwari S.K. Generation of 3D lung organoids from human induced pluripotent stem cells for modeling of lung development and viral infection / Tiwari S.K., Rana T.M. // Heliyon - 2023. - T. 9 - № 9 - C.e19601.

288. Kim M.J. Reciprocal enhancement of SARS-CoV-2 and influenza virus replication in human pluripotent stem cell-derived lung organoids1 / Kim M.J., Kim S., Kim H., Gil D., Han H.-J., Thimmulappa R.K., Choi J.-H., Kim J.-H. // Emerging Microbes & Infections - 2023. - T. 12 - № 1 -C.2211685.

289. Hein R.F.C. Stable iPSC-derived NKX2-1+ lung bud tip progenitor organoids give rise to airway and alveolar cell types / Hein R.F.C., Conchola A.S., Fine A.S., Xiao Z., Frum T., Brastrom L.K., Akinwale M.A., Childs C.J., Tsai Y.-H., Holloway E.M., Huang S., Mahoney J., Heemskerk I., Spence J R. // Development (Cambridge, England) - 2022. - T. 149 - № 20 - C.dev200693.

290. Spitalieri P. Two Different Therapeutic Approaches for SARS-CoV-2 in hiPSCs-Derived Lung Organoids / Spitalieri P., Centofanti F., Murdocca M., Scioli M.G., Latini A., Di Cesare S., Citro

G., Rossi A., Orlandi A., Miersch S., Sidhu S.S., Pandolfi P.P., Botta A., Sangiuolo F., Novelli G. // Cells - 2022. - T. 11 - № 7 - C.1235.

291. Xu X. Generation of 2.5D lung bud organoids from human induced pluripotent stem cells / Xu X., Nie Y., Wang W., Ullah I., Tung W.T., Ma N., Lendlein A. // Clinical Hemorheology and Microcirculation - 2021. - T. 79 - № 1 - C.217-230.

292. Miura A. Oncogenic potential of human pluripotent stem cell-derived lung organoids with HER2 overexpression / Miura A., Yamada D., Nakamura M., Tomida S., Shimizu D., Jiang Y., Takao T., Yamamoto H., Suzawa K., Shien K., Yamane M., Sakaguchi M., Toyooka S., Takarada T. // International Journal of Cancer - 2021. - T. 149 - № 8 - C.1593-1604.

293. Dye B.R. In vitro generation of human pluripotent stem cell derived lung organoids / Dye B.R., Hill D R., Ferguson M.A.H., Tsai Y.-H., Nagy M.S., Dyal R., Wells J.M., Mayhew C.N., Nattiv R., Klein O.D., White E.S., Deutsch G.H., Spence J R. // eLife - 2015. - T. 4 - C.e05098.

294. Berical A. A multimodal iPSC platform for cystic fibrosis drug testing / Berical A., Lee R.E., Lu J., Beermann M.L., Le Suer J.A., Mithal A., Thomas D., Ranallo N., Peasley M., Stuffer A., Bukis K., Seymour R., Harrington J., Coote K., Valley H., Hurley K., McNally P., Mostoslavsky G., Mahoney J., Randell S.H., Hawkins F.J. // Nature Communications - 2022. - T. 13 - № 1 - C.4270.

295. Noordhoek J. Intestinal organoids and personalized medicine in cystic fibrosis: a successful patient-oriented research collaboration / Noordhoek J., Gulmans V., Ent K. van der, Beekman J.M. // Current Opinion in Pulmonary Medicine - 2016. - T. 22 - № 6 - C.610-616.

296. Lefferts J.W. CFTR Function Restoration upon Elexacaftor/Tezacaftor/Ivacaftor Treatment in Patient-Derived Intestinal Organoids with Rare CFTR Genotypes / Lefferts J.W., Bierlaagh M.C., Kroes S., Nieuwenhuijze N.D.A., Sonneveld van Kooten H.N., Niemöller P.J., Verburg T.F., Janssens

H.M., Muilwijk D., Beuningen S.F.B. van, Ent C.K. van der, Beekman J.M. // International Journal of Molecular Sciences - 2023. - T. 24 - № 19 - C.14539.

297. Kondratyeva E. Clinical and genetic characterization of patients with cystic fibrosis and functional assessment of the chloride channel with the pathogenic variant c.831G>A (p.Trp277*), described for the first time / Kondratyeva E., Efremova A., Melyanovskaya Y., Petrova N., Satsuk N., Bulatenko N., Bukharova T., Zodbinova A., Sherman V., Kashirskaya N., Zinchenko R., Kutsev S., Goldshtein D. // Gene - 2020. - T. 761 - C.145023.

298. Kondratyeva E. Evaluation of the Complex p.[Leu467Phe;Phe508del] CFTR Allele in the Intestinal Organoids Model: Implications for Therapy / Kondratyeva E., Efremova A., Melyanovskaya Y., Voronkova A., Polyakov A., Bulatenko N., Adyan T., Sherman V., Kovalskaia V., Petrova N., Starinova M., Bukharova T., Kutsev S., Goldshtein D. // International Journal of Molecular Sciences -2022. - T. 23 - № 18 - C.10377.

299. Kondratyeva E. Personalized Selection of a CFTR Modulator for a Patient with a Complex Allele [L467F;F508del] / Kondratyeva E., Bulatenko N., Melyanovskaya Y., Efremova A., Zhekaite E., Sherman V., Voronkova A., Asherova I., Polyakov A., Adyan T., Kovalskaia V., Bukharova T., Goldshtein D., Kutsev S. // Current Issues in Molecular Biology - 2022. - T. 44 - № 10 - C.5126-5138.

300. Uhlen M. Proteomics. Tissue-based map of the human proteome / Uhlen M., Fagerberg L., Hallström B.M., Lindskog C., Oksvold P., Mardinoglu A., Sivertsson Ä., Kampf C., Sjöstedt E., Asplund A., Olsson I., Edlund K., Lundberg E., Navani S., Szigyarto C.A.-K., Odeberg J., Djureinovic D., Takanen J.O., Hober S., Alm T., Edqvist P.-H., Berling H., Tegel H., Mulder J., Rockberg J., Nilsson P., Schwenk J.M., Hamsten M., Feilitzen K. von, Forsberg M., Persson L., Johansson F., Zwahlen M., Heijne G. von, Nielsen J., Ponten F. // Science (New York, N.Y.) - 2015. - T. 347 - № 6220 -C.1260419.

301. Suzuki S. Differentiation of human pluripotent stem cells into functional airway basal stem cells / Suzuki S., Hawkins F.J., Barilla C., Beermann M.L., Kotton D.N., Davis B.R. // STAR protocols - 2021. - T. 2 - № 3 - C.100683.

302. Nelson J.W. Engineered pegRNAs improve prime editing efficiency / Nelson J.W., Randolph P.B., Shen S.P., Everette K.A., Chen P.J., Anzalone A.V., An M., Newby G.A., Chen J.C., Hsu A., Liu D R. // Nature Biotechnology - 2022. - T. 40 - № 3 - C.402-410.

303. Chen P.J. Enhanced prime editing systems by manipulating cellular determinants of editing outcomes / Chen P.J., Hussmann J.A., Yan J., Knipping F., Ravisankar P., Chen P.-F., Chen C., Nelson J.W., Newby G.A., Sahin M., Osborn M.J., Weissman J.S., Adamson B., Liu D R. // Cell - 2021. - T. 184 - № 22 - C.5635- 5652.e29.

304. Nishimasu H. Engineered CRISPR-Cas9 nuclease with expanded targeting space / Nishimasu H., Shi X., Ishiguro S., Gao L., Hirano S., Okazaki S., Noda T., Abudayyeh O.O., Gootenberg J.S., Mori H., Oura S., Holmes B., Tanaka M., Seki M., Hirano H., Aburatani H., Ishitani R., Ikawa M., Yachie N., Zhang F., Nureki O. // Science (New York, N.Y.) - 2018. - T. 361 - № 6408 - C.1259-1262.

305. Kweon J. Engineered prime editors with PAM flexibility / Kweon J., Yoon J.-K., Jang A.-H., Shin H.R., See J.-E., Jang G., Kim J.-I., Kim Y. // Molecular Therapy: The Journal of the American Society of Gene Therapy - 2021. - T. 29 - № 6 - C.2001-2007.

306. Chechik L. Genome Editing Fidelity in the Context of DNA Sequence and Chromatin Structure / Chechik L., Martin O., Soutoglou E. // Frontiers in Cell and Developmental Biology - 2020.

- Т. 8 - С.319.

307. Farmen S.L. Gene transfer of CFTR to airway epithelia: low levels of expression are sufficient to correct Cl- transport and overexpression can generate basolateral CFTR / Farmen S.L., Karp P H., Ng P., Palmer D.J., Koehler D.R., Hu J., Beaudet A.L., Zabner J., Welsh M.J. // American Journal of Physiology. Lung Cellular and Molecular Physiology - 2005. - Т. 289 - № 6 - C.L1123-1130.

308. Char J.E. A Little CFTR Goes a Long Way: CFTR-Dependent Sweat Secretion from G551D and R117H-5T Cystic Fibrosis Subjects Taking Ivacaftor / Char J.E., Wolfe M.H., Cho H., Park I.-H., Jeong JH., Frisbee E., Dunn C., Davies Z., Milla C., Moss R.B., Thomas E.A.C., Wine J.J. // PLoS ONE

- 2014. - Т. 9 - № 2 - C.e88564.

309. Takayama K. Highly efficient biallelic genome editing of human ES/iPS cells using a CRISPR/Cas9 or TALEN system / Takayama K., Igai K., Hagihara Y., Hashimoto R., Hanawa M., Sakuma T., Tachibana M., Sakurai F., Yamamoto T., Mizuguchi H. // Nucleic Acids Research - 2017.

- Т. 45 - № 9 - С.5198-5207.

310. Mikkelsen N.S. Enrichment strategies to enhance genome editing / Mikkelsen N.S., Bak R.O. // Journal of Biomedical Science - 2023. - Т. 30 - № 1 - С.51.

311. Stoler N. Sequencing error profiles of Illumina sequencing instruments / Stoler N., Nekrutenko A. // NAR genomics and bioinformatics - 2021. - Т. 3 - № 1 - C.lqab019.

312. Schirmer M. Insight into biases and sequencing errors for amplicon sequencing with the Illumina MiSeq platform / Schirmer M., Ijaz U.Z., D'Amore R., Hall N., Sloan W.T., Quince C. // Nucleic Acids Research - 2015. - Т. 43 - № 6 - C.e37.

313. Sousa A.A. Systematic optimization of prime editing for the efficient functional correction of CFTR F508del in human airway epithelial cells / Sousa A.A., Hemez C., Lei L., Traore S., Kulhankova K., Newby G.A., Doman J.L., Oye K., Pandey S., Karp P.H., McCray P.B., Liu D R. // Nature Biomedical Engineering - 2025. - Т. 9 - № 1 - С.7-21.

314. Olave M.C. Mismatch repair deficiency: The what, how and why it is important / Olave M.C., Graham R.P. // Genes, Chromosomes & Cancer - 2022. - Т. 61 - № 6 - С.314-321.

315. Wilschanski M. Class 1 CF Mutations / Wilschanski M. // Frontiers in Pharmacology -2012. - Т. 3 - С.117.

316. Lopes-Pacheco M. CFTR Modulators: The Changing Face of Cystic Fibrosis in the Era of Precision Medicine / Lopes-Pacheco M. // Frontiers in Pharmacology - 2019. - Т. 10 - С.1662.

317. Кондратьева Е.И.Регистр пациентов с муковисцидозом в Российской Федерации. 2020 год / Е. И. Кондратьева, С. А. Красовский, М. А. Старинова, А. Ю. Воронкова, Е. Л.

Амелина, Н. Ю. Каширская, С. Н. Авдеев, С. И. Куцев - М.: ИД «МЕДПРАКТИКА-М», 2022.-68c.

318. Hu J.H. Evolved Cas9 variants with broad PAM compatibility and high DNA specificity / Hu J.H., Miller S.M., Geurts M.H., Tang W., Chen L., Sun N., Zeina C.M., Gao X., Rees H.A., Lin Z., Liu D R. // Nature - 2018. - Т. 556 - № 7699 - С.57-63.

319. The Clinical and Functional TRanslation of CFTR (CFTR2).

320. Demchenko A. Human Induced Lung Organoids: A Promising Tool for Cystic Fibrosis Drug Screening / Demchenko A., Balyasin M., Nazarova A., Grigorieva O., Panchuk I., Kondrateva E., Tabakov V., Schagina O., Amelina E., Smirnikhina S. // International Journal of Molecular Sciences -2025. - Т. 26 - № 2 - С.437.

321. Ribeiro S. Plasmid DNA size does affect nonviral gene delivery efficiency in stem cells / Ribeiro S., Mairhofer J., Madeira C., Diogo M.M., Lobato da Silva C., Monteiro G., Grabherr R., Cabral J.M. // Cellular Reprogramming - 2012. - Т. 14 - № 2 - С.130-137.

322. Pellagatti A. Application of CRISPR/Cas9 genome editing to the study and treatment of disease / Pellagatti A., Dolatshad H., Valletta S., Boultwood J. // Archives of Toxicology - 2015. - Т. 89 - № 7 - С.1023-1034.

323. Wu X. Target specificity of the CRISPR-Cas9 system / Wu X., Kriz A.J., Sharp P.A. // Quantitative Biology (Beijing, China) - 2014. - Т. 2 - № 2 - С.59-70.

324. Ihry R.J. p53 inhibits CRISPR-Cas9 engineering in human pluripotent stem cells / Ihry R.J., Worringer K.A., Salick M.R., Frias E., Ho D., Theriault K., Kommineni S., Chen J., Sondey M., Ye C., Randhawa R., Kulkarni T., Yang Z., McAllister G., Russ C., Reece-Hoyes J., Forrester W., Hoffman G R., Dolmetsch R., Kaykas A. // Nature Medicine - 2018. - Т. 24 - № 7 - С.939-946.

325. Adikusuma F. Large deletions induced by Cas9 cleavage / Adikusuma F., Piltz S., Corbett M.A., Turvey M., McColl S.R., Helbig K.J., Beard M.R., Hughes J., Pomerantz R.T., Thomas P.Q. // Nature - 2018. - Т. 560 - № 7717 - C.E8-E9.

326. Tsai S.Q. GUIDE-seq enables genome-wide profiling of off-target cleavage by CRISPR-Cas nucleases / Tsai S.Q., Zheng Z., Nguyen N.T., Liebers M., Topkar V.V., Thapar V., Wyvekens N., Khayter C., Iafrate A.J., Le L.P., Aryee M.J., Joung J.K. // Nature Biotechnology - 2015. - Т. 33 - № 2 - С.187-197.

327. Lazzarotto C.R. CHANGE-seq reveals genetic and epigenetic effects on CRISPR-Cas9 genome-wide activity / Lazzarotto C.R., Malinin N.L., Li Y., Zhang R., Yang Y., Lee G., Cowley E., He Y., Lan X., Jividen K., Katta V., Kolmakova N.G., Petersen C.T., Qi Q., Strelcov E., Maragh S., Krenciute G., Ma J., Cheng Y., Tsai S.Q. // Nature Biotechnology - 2020. - Т. 38 - № 11 - С.1317-1327.

328. Tsai S.Q. CIRCLE-seq: a highly sensitive in vitro screen for genome-wide CRISPR-Cas9 nuclease off-targets / Tsai S.Q., Nguyen N.T., Malagon-Lopez J., Topkar V.V., Aryee M.J., Joung J.K. // Nature Methods - 2017. - T. 14 - № 6 - C.607-614.

329. Wienert B. Unbiased detection of CRISPR off-targets in vivo using DISCOVER-Seq / Wienert B., Wyman S.K., Richardson C.D., Yeh C.D., Akcakaya P., Porritt M.J., Morlock M., Vu J.T., Kazane K.R., Watry H.L., Judge L.M., Conklin B.R., Maresca M., Corn J.E. // Science (New York, N.Y.) - 2019. - T. 364 - № 6437 - C.286-289.

330. Cameron P. Mapping the genomic landscape of CRISPR-Cas9 cleavage / Cameron P., Fuller C.K., Donohoue P.D., Jones B.N., Thompson M.S., Carter M.M., Gradia S., Vidal B., Garner E., Slorach EM., Lau E., Banh L.M., Lied A.M., Edwards L.S., Settle A.H., Capurso D., Llaca V., Deschamps S., Cigan M., Young J.K., May A.P. // Nature Methods - 2017. - T. 14 - № 6 - C.600-606.

331. Fañanas-Baquero S. Specific correction of pyruvate kinase deficiency-causing point mutations by CRISPR/Cas9 and single-stranded oligodeoxynucleotides / Fañanas-Baquero S., Morín M., Fernández S., Ojeda-Perez I., Dessy-Rodriguez M., Giurgiu M., Bueren J.A., Moreno-Pelayo M.A., Segovia J.C., Quintana-Bustamante O. // Frontiers in Genome Editing - 2023. - T. 5 - C.1104666.

332. Gohil D. Base Excision Repair: Mechanisms and Impact in Biology, Disease, and Medicine / Gohil D., Sarker A.H., Roy R. // International Journal of Molecular Sciences - 2023. - T. 24 - № 18 -C.14186.

333. Krokan H.E. Base excision repair / Krokan H.E., Bj0rás M. // Cold Spring Harbor Perspectives in Biology - 2013. - T. 5 - № 4 - C.a012583.

334. Rottner A.K. Optimized prime editing of the Alzheimer's disease-associated APOE4 mutation / Rottner A.K., Lundin A., Li S., Firth M., Maresca M., Sienski G. // Stem Cell Reports - 2025. - T. 20 - № 1 - C.102372.

335. Slesarenko Y.S. Off-target effects of base editors: what we know and how we can reduce it / Slesarenko Y.S., Lavrov A.V., Smirnikhina S.A. // Current Genetics - 2022. - T. 68 - № 1 - C.39-48.

336. Hegde M.L. Early steps in the DNA base excision/single-strand interruption repair pathway in mammalian cells / Hegde M.L., Hazra T.K., Mitra S. // Cell Research - 2008. - T. 18 - № 1 - C.27-47.

337. Ran F.A. Double nicking by RNA-guided CRISPR Cas9 for enhanced genome editing specificity / Ran F.A., Hsu P.D., Lin C.-Y., Gootenberg J.S., Konermann S., Trevino A., Scott D.A., Inoue A., Matoba S., Zhang Y., Zhang F. // Cell - 2013. - T. 154 - № 6 - C.1380-1389.

338. Plasschaert L.W. A single-cell atlas of the airway epithelium reveals the CFTR-rich pulmonary ionocyte / Plasschaert L.W., Zilionis R., Choo-Wing R., Savova V., Knehr J., Roma G., Klein A.M., Jaffe A.B. // Nature - 2018. - T. 560 - № 7718 - C.377-381.

339. Rawlins E.L. Ciliated epithelial cell lifespan in the mouse trachea and lung / Rawlins E.L., Hogan B.L.M. // American Journal of Physiology. Lung Cellular and Molecular Physiology - 2008. -T. 295 - № 1 - C.L231-234.

340. Flotte T.R. Airway Basal Cells Are the Key for Cystic Fibrosis Gene Therapy / Flotte T.R. // Human Gene Therapy - 2018. - T. 29 - № 6 - C.641-642.

341. King N.E. Correction of Airway Stem Cells: Genome Editing Approaches for the Treatment of Cystic Fibrosis / King N.E., Suzuki S., Barilla C., Hawkins F.J., Randell S.H., Reynolds S.D., Stripp B.R., Davis B.R. // Human Gene Therapy - 2020. - T. 31 - № 17-18 - C.956-972.

342. Cao H. Transducing Airway Basal Cells with a Helper-Dependent Adenoviral Vector for Lung Gene Therapy / Cao H., Ouyang H., Grasemann H., Bartlett C., Du K., Duan R., Shi F., Estrada M., Seigel K.E., Coates A.L., Yeger H., Bear C.E., Gonska T., Moraes T.J., Hu J. // Human Gene Therapy - 2018. - T. 29 - № 6 - C.643-652.

343. Shaw A. Design and Potential of Non-Integrating Lentiviral Vectors / Shaw A., Cornetta K. // Biomedicines - 2014. - T. 2 - № 1 - C.14-35.

344. McCarron A. Airway disease phenotypes in animal models of cystic fibrosis / McCarron A., Donnelley M., Parsons D. // Respiratory Research - 2018. - T. 19 - № 1 - C.54.