Вирулентные вирусы бактерий рода Enterococcus: биоразнообразие, антибактериальные свойства, структурная организация геномов тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Бузиков Рустам Мансурович

• Бузиков Рустам Мансурович
• кандидат наук
• 2026

Оглавление диссертации кандидат наук Бузиков Рустам Мансурович

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Бактерии рода ЕМвгососсш

1.1.1 Генетические особенности энтерококков

1.1.2 Медицинское и хозяйственное значение энтерококков

1.1.3 Перспективные методы терапии энтерококкозов

1.2 Бактериофаги активные в отношении энтерококков

1.2.1 Жизненные циклы бактериофагов

1.2.2 Экологические аспекты взаимодействия фагов и бактерий

1.2.3 Генетические особенности бактериофагов

1.2.3.1 Организация геномов хвостатых бактериофагов

1.2.3.2 Репликация и упаковка генетического материала хвостатых бактериофагов

1.2.4 Биологическое разнообразие бактериофагов

1.2.4.1 Геномика и филогения хвостатых фагов заражающих энтерококков

1.2.4.2 Строение и морфологическое разнообразие вирионов

1.2.5 Особенности адсорбции вирионов на клетках бактерий

1.2.6 Литические ферменты бактериофагов

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1 Материалы

2.1.1 Оборудование и приборы

2.1.2 Реактивы

2.1.3 Состав растворов и питательных сред

2.1.4 Штаммы микроорганизмов и бактериофагов

2.2 Методы исследования

2.2.1 Методы исследования энтерококков

2.2.2 Выделение фагов из объектов окружающей среды

2.2.3 Базовые методы работы с бактериофагами

2.2.4 Методы исследования кинетики бактериофаговой инфекции

2.2.5 Методы генетических исследований

2.2.6 Методы филогеномного анализа

2.2.7 Статистическая обработка результатов

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ

3.1 Биологические свойства культур энтерококков

3.2 Результаты исследования свойств бактериофагов

3.2.1 Общая характеристика бактериофагов

3.2.2 Генетика и филогения бактериофагов

3.2.3 Исследования кинетики взаимодействия бактериофаг-хозяин

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК ПУБЛИКАЦИЙ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Вирулентные вирусы бактерий рода Enterococcus: биоразнообразие, антибактериальные свойства, структурная организация геномов»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность исследования. Проблема госпитальных инфекций становится все острее, а увеличение доли полирезистентных возбудителей еще сильнее усугубляет ситуацию. Энтерококки представляют собой нормальную микробиоту человека, они являются одними из первых бактерий, колонизирующих человека при рождении, кроме того, они повсеместно встречаются у сельскохозяйственных и домашних животных, в продуктах питания. Энтерококки обычно являются возбудителями оппортунистических микст-инфекций, а не первопричиной бактериозов. Энтерококки - важный источник горизонтально переносимых генов антибиотикорезистентности. Например, используемый в этой работе штамм Е. faecalis ВКПМ В-12629 несет конъюгативную плазмиду, кодирующую не только детерминанты антибиотикорезистентности, но и факторы вирулентности. Часто энтерококки имеют профаги способные к трансдукции.

Широкое распространение, многообразие и высокая устойчивость энтерококков к факторам окружающей среды требует новых мер по борьбе с нозокомиальными энтерококкозами. Антибиотикотерапия,

зарекомендовавшая себя как наиболее удобный и эффективный подход к лечению инфекций бактериальной этиологии, сейчас нуждается в дополнении новыми подходами и средствами. На мой взгляд, наиболее перспективным из таких дополнений является фаготерапия. Потенциал изменчивости фагов неисчерпаем, кроме того, фаги действуют избирательно, не вредя другим компонентам нормофлоры, в отличии от антибиотиков. Бактериофаги эволюционно приспособлены к воздействию на бактерии в естественной для них среде, а литические ферменты фагов могут стать дополнительным средством разрушения биопленок, облегчив тем самым работу как самим фагам, так и антибиотикам. Появление более эффективного лечения и профилактики позволит сократить количество бактерионосителей, что в свою очередь снизит и риск контаминации, более того, применение фагов приведет к тому, что они сами могут контаминировать больничную среду. В виду того, что не существует бактериофага, способного уничтожить все клинически

значимые штаммы энтерококков, предпочтительнее использовать комбинация фагов с разным спектром восприимчивых бактерий. В следствие чего возникает необходимость в больших коллекциях разнообразных фагов, и усовершенствованию принципов выбора компонентов такого коктейля.

Исследования бактериофагов и их терапевтического потенциала ведутся по всему миру. Например, описано множество успешных клинических случаев лечения инфекций трофических язв стопы, муковисцидоза, хронического риносинусита, оппортунистических инфекций после иммуносупрессии, а также хронических и рецидивирующих инфекции протезированных суставов (Uchechukwu, Shonekan, 2024). Все чаще бактериофаги находят применение в медицинской практике, причем не только на постсоветском пространстве, где фаготерапия и промышленность, производящая для нее препараты сохранялись даже после появления антибиотиков. Например, один из исследуемых в этой работе бактериофагов vB_Efa_iF6 выделен из препарата «Секстафаг®» и уже применяется в фаготерапии.

Однако, бактериофаги имеют ценность не только, как терапевтический агент, но и как источник различных ферментов (от бактериолитических до ферментов нуклеинового обмена), а также в качестве биологической модели для фундаментальных исследований.

Степень разработанности темы исследования. Тема биоразнообразия бактериофагов, заражающих энтерококки, является активно исследуемой областью в микробиологии и вирусологии. Эту тему изучают как с фундаментальной, так и с прикладной точки зрения, учитывая важную роль энтерококков в медицине, экологии и пищевой промышленности. Исследования показывают широчайшее биоразнообразие бактериофагов, заражающих энтерококки, например, в GenBank внесено уже более 250 полных геномов, подобных бактериофагов, но не смотря на значительный прогресс в этом направлении, множество задач еще не решены. Одним из важнейших препятствий является узкая специфичность бактериофагов, которая затрудняет их выделение, что оставляет неисследованными целые группы фагов. Кроме того, даже у подробно исследованных фагов

энтерококков из хорошо изученных родов зачастую не известны типы организации репликации и упаковки вДНК в капсид, а в геномах редко удается функционально аннотировать более половины ОРС. Исследования эволюционных особенностей бактериофагов и их экологических взаимодействий в сложных системах все еще далеки от завершения. В целом, тема биоразнообразия бактериофагов, заражающих энтерококки, недостаточно хорошо изучена, и все еще остается открытой для новых исследований, а таксономия этих фагов нуждается в доработке и расширении за счет включения множества новых таксонов на уровнях от рода до семейства. Это направление имеет большой потенциал для разработки новых методов лечения инфекций, вызванных устойчивыми к антибиотикам штаммами энтерококков, и может сыграть важную роль в будущем здравоохранения.

Цель работы: оценка биоразнообразия, морфологических, физиологических и генетических свойств вирулентных бактериофагов, способных лизировать бактерий рода ЕШвгососсш. Задачи:

1. Изолировать из сточных вод и провести скрининг наиболее продуктивных вирулентных бактериофагов, инфицирующие энтерококки.

2. Оценить генетические свойства фагов методом полногеномного секвенирования и верифицировать результаты для определения таксономического положения.

3. Охарактеризовать морфологию вирионов, культуральные и физиологические свойства отобранных фагов.

4. Оценить антибактериальный потенциал отобранных фагов Научная новизна исследования:

• Впервые охарактеризованы 9 вирулентных бактериофагов, активных в отношении энтерококков: Kochikohdavirus vB_Efs_1A5, 8сЫеШгш vB_Efs_3A2, БсЫвШгш vB_Edu_21C1, Е/шаумш vB_Ela_22C1, Saphexavirus vB_Efs_SE, Saphexavirus vB_Edu_SC, Saphexavirus vB_Efa_SA и «сandidatus Pyatigorskvirus» vB_Ela_1E1.

• Расширена таксономия бактериофагов: описан новый род бактериофагов «сandidatus Pyatigorskvirus».

• Установлено, что для бактериофагов рода Барквхаумш характерно наличие прямых терминанльных повторов на концах вирионной ДНК.

Научно-практическое значение:

• Расширена таксономия бактериофагов: описано 9 новых видов и один новый род бактериофагов активных в отношении энтерококков.

• Дана подробная характеристика свойств бактериофага iF6, используемого в препарате «Секстафаг» НПО «Микроген».

• По совокупности продуктивности, стабильности, кинетики литической активности и безопасности бактериофаги штаммов vB_Efs_1A5, vB_Ela_1E1 и vB_Efs_SE могут быть рекомендованы для прохождения доклинических исследований для фаготерапии энтерококкозов.

• Показана необходимость более широкого внедрения полногеномного секвенирования и верификации сборок геномов в исследования бактериофагов.

Личный вклад автора состоял в постановке цели, задач и обосновании методологии исследования, анализе научной литературы, планировании и проведении экспериментов, адаптации и внедрении методик в лабораторную практику, обработке и анализе полученных данных, а также в подготовке публикаций и апробации результатов исследований на конференциях. Основные положения диссертации, выносимые на защиту:

• В исследовании представлено 9 новых фагов, относящихся к филогенетически далеким группам бактериофагов (семействам Herelleviridae, Rountreeviridae и двум безымянным семействам класса Caudoviricetes), что позволяют судить о богатом биоразнообразии вирусов энтерококков в биоценозе сточных вод.

• Комплексный анализ морфологических и генетических свойств фагов позволил описать новый род «сandidatus Pyatigorskvirus».

• Гены ДНК-терминазы у представителей рода Saphexavirus демонстрируют высокую степень сходства (эволюционное расстояние не

превышает 0,06 замен на аминокислотную позицию). Это позволяет утверждать, что прямые концевые повторы, выявленные у фага vB_EfS_SE, являются родовым признаком.

• Экспериментально подтверждена состоятельность предложенного в работе алгоритма отбора бактериофагов, состоящего из предварительной оценки свойств и биотехнологического потенциала бактерий-хозяев; скрининга проб для получения изолятов фагов; ПЦР- и фенотипического отбора уникальных кандидатов, генетической и физиологической характеристики отобранных фагов.

• Комплексный анализ бактериофагов vB_Efs_1A5, vB_Ela_1E1 и vB_Efs_SE установил их соответствие критериям безопасности, эффективности и стабильности, что позволяет рекомендовать данные бактериофаги для дальнейших прикладных разработок в сфере терапии энтерококкозов.

Степень достоверности и апробация работы. Работа выполнена в лаборатории биологии вирусов бактерий Института биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г.К. Скрябина Российской академии наук -обособленного подразделения Федерального государственного бюджетного учреждения науки «Федеральный исследовательский центр «Пущинский научный центр биологических исследований Российской академии наук».

Полногеномное секвенирование геномов на платформе Illumina MiSeq было проведено в компании ООО «Биоспарк», г. Москва и ООО «Геномед», г. Москва. Синтез праймеров и секвенирование фрагментов ДНК по Сэнгеру проведено в компании ЗАО «Евроген», г. Москва. Просвечивающая электронная микроскопия была выполнена сотрудником Института белка РАН к.б.н. Рябовой Натальей Александровной на электронном микроскопе JEM-100C (JEOL, Япония).

Основные положения диссертации были представлены и обсуждены на VIII Пущинской школе-конференции «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов» (2021 г, Пущино); III Российском микробиологическом конгрессе (2021 г., Псков); III Объединенном научном

форуме физиологов, биохимиков и молекулярных биологов (2021 г., Дагомыс); «Проблема антибиотикоустойчивости микроорганизмов и пути ее решения» (2022 г., Санкт-Петербург), «Бактериофаги: от фундаментальных исследований к применению» (2024 г., Новосибирск) IV Школе-конференция молодых ученых, аспирантов и студентов «Генетические технологии в микробиологии и микробное разнообразие» (2024 г., Пущино); Биология -наука XXI века: 27-я Пущинская школа-конференция молодых ученых с международным участием (2024г., Пущино), V Российском микробиологическом конгрессе, (2025, Волгоград), V Школе-конференции молодых ученых, аспирантов и студентов «Генетические технологии в микробиологии и микробное разнообразие» (2025, Пущино)

Достоверность результатов исследования обусловлена комплексным использованием современных методов и подходов микробиологии, молекулярной биологии и статистической обработки данных. Работа выполнена с использованием сертифицированного лабораторного оборудования и актуальных компьютерных программ.

Исследование выполнено в рамках государственного задания, регистрационный номер в ЦИТИС (РосРид) 1021032424099-1-1.6.3, «Исследование антибактериального потенциала вирусов бактерий методами секвенирования нового поколения, компьютерного анализа и генной инженерии» (2022-2025 гг.), а также при поддержке Российского Научного Фонда в составе проекта: РНФ, № 22-15-00385 (РосРид 122053000051-7) «Поиск и конструирование новых бактериолитических ферментов бактериофагов с терапевтическими свойствами, действующими на антибиотико-резистентные Enterococcus и Bacillus».

Соответствие диссертации паспорту научной специальности. Диссертационная работа выполнена в рамках научной специальности: 1.5.11 «Микробиология», включая в себя такие направления исследований, как: «систематика и филогения микроорганизмов», «эволюция микроорганизмов», «биологическое разнообразие микроорганизмов», «геномный и метагеномный анализ микроорганизмов и их сообществ», «симбиотические микробные

сообщества, в том числе микробиота человека и животных». В этой диссертационной работе основное внимание уделено исследованию биоразнообразия, физиологии и геномике бактериофагов, вызывающих инфекции у энтерококков.

Структура и объем диссертации. Диссертационная работа включает введение, обзор литературы, описание материалов и методов исследования, результаты с их обсуждением, заключение, выводы, а также списки использованной литературы и опубликованных работ по теме диссертации. Текст работы занимает 138 страниц и содержит 6 таблиц и 32 рисунка. Список источников литературы состоит из 165 наименований.

Публикации. По теме диссертационной работы были опубликовано 12 печатных работ, из них 3 статьи в рецензируемых журналах, рекомендованных ВАК РФ.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Бактерии рода Enterococcus

В первые термин «Энтерококк» был употреблен в 1899 Thiercelin & Jouhaud при описании оппортунистической инфекции, а MacCallum и Hastings подробно описали микроорганизм, ныне известный, как Enterococcus faecalis. С самого начала эта группа микроорганизмов привлекла к себе внимание, как причина летальных осложнений (Mattarelli et al., 2023; Zaidi et al., 2024).

Род Enterococcus принадлежит к ветви факультативно анаэробных аспорогенных грамположительных бактерий с низким GC составом, домена Bacteria, клады Terrabacteria, типа Bacillota, класса Bacilli, порядка Lactobacillales, семейства Enterococcaceae . Клетки энтерококков имеют размер 0,5-1 мкм и обладают выраженным полиморфизмом (смесь шаровидной и овальной форм), некоторые штаммы подвижны, имеют 1-4 жгутика. Энтерококки часто представлены диплококками или короткими цепочками. Склонны к образованию агрегатов, капсул и биопленок. Пептидогликан типов Lys-D-Asp или Lys-Ala2-3 (Svec, Devriese, 2015).

Первоначально (по классификации J.M. Sherman) к группе энтерококков относили стрептококки группы D, способные расти при 10 - 45°C, в 6,5% NaCl и pH 9,6, и выживать при 60°C в течение 30 минут. Но в 1984 году, на основании результатов гибридизации ДНК, выделены в отдельный род Enterococcus, который позже был отнесен к семейству Enterococcaceae (Mattarelli et al., 2023; Zaidi et al., 2024; Gilmore и др., 2014). С развитием геномных технологий количество видов энтерококков значительно увеличилось. Таксономия этих бактерий претерпела значительные изменения, и в настоящее время род включает более сорока различных видов, отличающихся местами обитания, тропизмом, а также метаболическими и фенотипическими характеристиками, которые на основании молекулярно-генетического анализа объединяют в 7 групп (рис.1). Кроме того, существует значительное количество штаммов энтерококков, еще не имеющих устоявшейся видовой принадлежности.

Рисунок 1. Филограмма рода ЕМвгососсш на основе гомологии генов 16Б

РНК е1 а1., 2024)

Энтерококки имеют метаболизм бродильного типа (гомоферментативное молочнокислое брожение), ферментируют разнообразные углеводы с образованием в основном молочной кислоты, но не газа (Fischetti, 2000), способны синтезировать длинноцепочечные жирные кислоты насыщенного неразветвленного или мононасыщенного типа. Большинство штаммов энтерококков не проявляют гемолитической активности (Kenneth, George, Sherris, 2004).

Каждый представитель рода Enterococcus способен метаболизировать не менее 13 сахаров. Кроме того, разные виды энтерококков способны усваивать еще более 30 углеводов. Способность использовать широкий спектр углеводов (не только мономеры, но и множества полисахаридов) дает энтерококкам значительное преимущество при колонизации конкурентных сред, особенно желудочно-кишечного тракта животных. E. faecalis имеют электрон транспортную цепь (ЭТС) пригодную для дыхания, но зависимую от поступления гема, который служит кофактором цитохрома bd. В отсутствие гема у этих бактерий блокируется дыхание и вместе с другими активными формами кислорода генерируется внеклеточные супероксид (Gilmore и др., 2014).

Энтерококки в целом способны как к продукции, так и к поглощению активных форм кислорода. Они производят H2O2 как побочный продукт аэробного метаболизма глицерина. Эта прооксидантная активность требует наличия мощной антиоксидантной защиты, которая обуславливает способность энтерококков выживать внутри макрофагов и объясняется экспрессией пероксидазы, оксидаз, пероксиредоксина и алкилгидропероксидазы, а также использованием глутатиона (Gilmore и др., 2014).

Широчайшее распространение энтерококков в природе объясняется не только их метаболической универсальностью, но и приспособленностью к экологическим стрессам. Энтерококки живут в сложных средах, они способны расти при температурах от +10 до +45°С; рН 4,5-10,0; а также переносить

гипотонические и гипертонические условия (Fisher, Phillips, 2009); устойчивы к 0,4% азиду натрия и желчи до 40% (Zaidi et al., 2024). Энтерококки также способны переносить высокие концентрации тяжелых металлов. Несмотря на то, что они не могут образовывать споры, энтерококки обладают высокой устойчивостью к высушиванию и могут сохраняться на сухих поверхностях в течение нескольких месяцев (Gilmore и др., 2014).

Места обитания энтерококков включают желудочно-кишечный тракт всевозможных животных-хозяев, а также растения, почву и воду и продукты питания. Как правило энтерококки составляют небольшую часть кишечного консорциума, обычно менее 1% взрослой микрофлоры (Gilmore и др., 2014). Энтерококки считаются временными компонентами микробиома полости рта, которые могут вызывать различные оральные и системные инфекции (Komiyama et al., 2016). Еще реже встречаются в желудке. Энтерококки преимущественно локализуются в тощем, подвздошном, слепокишечном и ректосигмоидальном отделах кишечника. Наиболее распространены в фекалиях человека E. faecalis и E. faecium, иногда обнаруживаются E. durans и E. avium, а еще реже - Е. caccae (Gilmore и др., 2014). Вероятно, энтерококки - одни из древнейших членов симбиотический консорциума человека. Они играют важную роль в активности микробиома: от облегчения пищеварения и витаминогенеза до участия в формировании и поддержании иммунитета и защиты хозяина от колонизации опасными микроорганизмами (Gilmore и др., 2014).

E. faecalis является субдоминантным членом микробиоты кишечника человека, обычно приобретаемым вскоре после рождения (Lebreton et al., 2017). Энтерококки эволюционировали как высокоадаптированные члены желудочно-кишечных консорциумов самых разнообразных хозяев. Уже с 1970-х годов они постепенно стали одним из основных возбудителей полирезистентных внутрибольничных инфекций (Gilmore и др., 2014).

Прочие представители рода Enterococcus, выявленные в клинических образцах, обычно не входят в состав нормофлоры кишечника человека, а характерны для других животных или растений ^йтоге и др., 2014).

Характерно, что большая часть исследований энтерококков посвящена изучению их роли в колонизации кишечника, и инфекциях человека. В своём масштабном исследовании А. К. РоШтеп и её коллеги (РоШтеп et а1., 2021) использовали обширную коллекцию микроорганизмов, собранных в 24 странах, включая широкий спектр клинических изолятов. Этот пример очень хорошо характеризует как сферу научных интересов в отношении энтерококков, так и полученный в итоге массив знаний о распространении энтерококков в окружающей среде. 1358 из 2027 образцов были выделены от больных и здоровых людей. В коллекцию также вошли образцы из экологических источников (156/2027), сельскохозяйственных животных (130/2027) и других источников (219/2027), таких как продукты питания, домашние и дикие животные. 136 изолятов были получены от диких птиц (РоПшеп et а1., 2021).

1.1.1 Генетические особенности энтерококков

Размеры генома у E. faecalis в среднем составляют примерно 3 Мб и 24 т.п.н. для плазмид. Пангеном E. faecalis, как и у E. faecium, насчитывал 16 711 ген. У E. faecalis выявлен большой коргеном, составивший 76,1% от среднего размера генома, в то время, как у E. faecium только 62,3% (РоПтеп е1 а1., 2021).

В геноме представителей E. faecium обычно порядка 2-3 тысяч генов, GC состав 35,1-44,9% (^ес, Devriese, 2015). До половины генов E. faecium не является коргеномными. Такая пластичность генома позволяет E. faecium занимать самые разнообразные экологические ниши ^йтоге и др., 2014).

Особого упоминания заслуживает анализ мультилокусного типирования, который показал, что определенные клональные кластеры внутри E. faecalis и E. faecium постоянно связаны с госпитальными

инфекциями со множественной лекарственной устойчивостью. Человеческие комменсальные и клинические изоляты E. faecalis не настолько эволюционно разнообразны, как изоляты E. faecium ^йтоге и др., 2014).

Современные исследования основанные на методах полногеномного секвенирования и МЬБТ-анализа выявили уникальные мутации энтерококков, связанные с инфекционными вспышками (Боишавшоиё е1 а1., 2022). Однако, несмотря на растущую доступность полногеномного секвенирования, генетика патогенности энтерококков остается недостаточно изученной. Сравнение генетического содержания плазмид и хромосом разных штаммов энтерококков не выявило признаков их специализации к колонизации хозяев. (РоПшеп et а1., 2021).

Секвенирование геномов выявило, что плазмиды, профаги и геномные острова играют ключевую роль в генетическом разнообразии энтерококков. У грамположительных бактерий первым идентифицированным каноничным «островом патогенности» был остров множественной лекарственной устойчивости госпитальных штаммов E. faecalis. Геномные острова энтерококков обычно имеют модульную структуру и могут содержать гены факторы вирулентности ^йтоге и др., 2014).

Обычно энтерококки имеют от одной до 20 копий кольцевых плазмид размером от 3 до 100 КБ на клетку. Причем часто конъюгативные плазмиды в ответ на специфический феромон экспрессируют белки «агрегационной субстанции» (АС), критически важной для взаимодействий клеток в состоянии планктона, при этом выражено сходство с широко распространенной системой контроля межклеточной пептидной коммуникации у грамположительных бактерий, необходимой при образовании биопленок ^йтоге и др., 2014).

Интерес к плазмидам энтерококков в первую очередь обусловлен тем, что они несут гены устойчивости к антибиотикам (например, гены в-лактамаз и пенициллин-связывающих белков РВР4 и РВР5/ генов efmM и vaи-оперона), также они могут кодировать гены, отвечающие за колонизацию желудочно-кишечного тракта и метаболизма углеводов (например, гены кодирующие

полисахарид-деацетилазы, АС и дополняющий ее белок Seal/PrgA). Внехромосомные генетические элементы ассоциированы с вирулентностью и выживаемостью в нозокомиальных условиях (Chaguza et al., 2023). Большие многофункциональные плазмиды E. faecium, по-видимому, играют важную роль в адаптации к среде обитания (Gilmore и др., 2014).

Трансдукция служит дополнительным механизмом, с помощью которого энтерококки увеличивают свое генетическое разнообразие, что повышает вариабельность фенотипов и может способствовать возрастанию патогенности энтерококков путем приобретения новых факторов вирулентности.

В геномах энтерококков профаги играют важную роль в обеспечении генетического разнообразия. Также профаги могут способствовать распространению генов устойчивости к антибиотикам между различными видами энтерококков (Gilmore и др., 2014). Например, высокоадаптивный патогенный штамм E. faecalis V583 имеет 7 профагоподобных элементов (от V583-pp1 до -pp7). Обнаружено, что профаги могут обуславливать адаптивность к антибиотикам фторхинолонового ряда. Кроме того профаги способны кодировать белки, участвующие в адгезии к тромбоцитам человека, являющиеся одним из факторов эндокардита (Matos et al., 2013).

Нередко умеренные бактериофаги повышают конкурентность зараженных ими клеток путем подавления суперинфекции. Также описаны случаи, когда профаг не мешает повторному заражению клетки, но активно противодействует встраиванию других фагов в ее нуклеоид (Zhang et al., 2022). Индукция профагов может быть механизмом конкуренции между определенными сообществами энтерококков, ограничивая распространение штаммов-конкурентов через уничтожение фагом (Askora et al., 2020; La Rosa et al., 2015; Royer et al., 2021).

Взаимодействие между фагами и бактериями может значительно повлиять на эволюцию патогенности энтерококков (Chaguza et al., 2023; Póntinen et al., 2021).

1.1.2 Медицинское и хозяйственное значение энтерококков

Энтерококки устойчивы к пастеризации и могут адаптироваться к различным субстратам и условиям роста, что объясняет их присутствие в пищевых продуктах. Вероятно, благодаря своему естественному наличию в качестве загрязнителей сырого мяса и молочных продуктов ^йтоге и др., 2014), термостойкости, низкой токсичности и способности подкислять окружающую среду, энтерококки стали значимым компонентом таких ферментированных продуктов, как твердые и полутвердые сыры и сыровяленые колбасы (Кга,^7ук е1 а1., 2021). Их роль в формировании органолептических свойств этих продуктов имеет важное значение в пищевой технологии ^оиЦше Могепо et а1., 2006). Энтерококки - частый компонент закваски для традиционных сыров (Пармезан, Манчего). E. cameШae выделен из чайных листьев, E. italicus, E. thailandicus - из сыра и колбас, а E. lactis - из сырого молока. Энтерококки часто встречаются в овощах и сохраняются при их ферментации. Типичные для человеческого ЖКТ E. faecium и E. faecalis, могут быть причиной порчи колбасных продуктов. При этом ситуация далека от однозначной: энтерококки используются в качестве санитарно-показательных индикаторов фекального загрязнения, но их пригодность в этой роли для промышленной переработки пищевых продуктов постоянно подвергается сомнению ^йтоге и др., 2014). Энтерококки способствуют созреванию продуктов благодаря своим протеолитическим свойствам, а также продукцией летучих соединений в результате брожения. Однако, не все продукты их метаболизма полезны, например такие биогенные амины, как тирамин и путресцин ^и е1 а1., 2022).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Бузиков Рустам Мансурович, 2026 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Летаров, А. В. История ранних исследований бактериофагов и рождение основных концепций вирусологии / А. В. Летаров // Биохимия. -2020. - Т. 85. - № 9. - С. 1189-1212.

2. Летаров, А. В. Современные концепции биологии бактериофагов / А. В. Летаров // М.: ТД ДеЛи. - 2019.

3. МУК 4.2.1890-04 Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам. Методические указания -docs.cntd.ru. - URL: https://docs.cntd.ru/document/1200038583 (дата обращения: 21.02.2025). - Текст : электронный.

4. Ни Оксана Геннадьевна. Панрезистентные энтерококки / Ни Оксана Геннадьевна. - Текст: электронный // Разговоры об инфекциях и антибиотиках. - 2024. - URL: https://my.mts-link.ru/event/1854751027/293350983 (дата обращения: 24.03.2025).

5. Ackermann, H.-W. Frequency of morphological phage descriptions in the year 2000 / H.-W. Ackermann // Archives of Virology. - 2001. - Т. 146. - № 5. - С. 843-857.

6. Alrafaie, A. Bacteriophage and Tail associated lysins of enterococci : PhD Thesis / A. Alrafaie. - University of Sheffield, 2023. - URL: https://etheses.whiterose.ac.uk/33636/1/Bacteriophage%20and%20Tail%20associa ted%20lysins%20of%20enterococci%20%20Thesis%20Final%20%202023%20co mplete.pdf (дата обращения: 27.02.2025). - Текст : электронный.

7. Altschul, S. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs / S. Altschul // Nucleic Acids Research. - 1997. -Т. 25. - Gapped BLAST and PSI-BLAST. - № 17. - С. 3389-3402.

8. Babraham Bioinformatics - FastQC A Quality Control tool for High Throughput Sequence Data. - URL: http s: //www.bioinformatics .babraham.ac. uk/proj ects/fastqc/ (дата обращения: 26.02.2025). - Текст : электронный.

9. Babraham Bioinformatics - Trim Galore! - URL: https: //www.bioinformatics.babraham.ac. uk/proj ects/trim_galore/ (дата обращения: 26.02.2025). - Текст : электронный.

10. Bacteriophage-Resistant Mutant of Enterococcus faecalis Is Impaired in Biofilm Formation / J. Liu, Y. Zhu, Y. Li и др. // Frontiers in Microbiology. -2022. - Т. 13. - С. 913023.

11. Barantsevitch, N. E. The role of Enterococcus faecalis in apical periodontitis / N. E. Barantsevitch, L. Yu. Orekhova, E. P. Barantsevitch // Parodontologiya. - 2022. - Т. 26. - № 4. - С. 275-283.

12. Case Report: Chronic Bacterial Prostatitis Treated With Phage Therapy After Multiple Failed Antibiotic Treatments / A. V. Johri, P. Johri, N. Hoyle и др. // Frontiers in Pharmacology. - 2021. - Т. 12. - Case Report. - С. 692614.

13. Casj ens, S. R. Determining DNA Packaging Strategy by Analysis of the Termini of the Chromosomes in Tailed-Bacteriophage Virions / S. R. Casjens, E. B. Gilcrease. - Текст: электронный // Bacteriophages : Methods in Molecular Biology / J. M. Walker сост. ; M. R. J. Clokie, A. M. Kropinski ред. . - Totowa, NJ : Humana Press, 2009. - Т. 502. - С. 91-111. - URL: http://link.springer.com/10.1007/978-1-60327-565-1_7 (дата обращения: 21.02.2025).

14. Caudovirales | ICTV. - URL: https://ictv.global/report_9th/dsDNA/Caudovirales (дата обращения: 25.02.2025). - Текст: электронный.

15. Defeating Antibiotic- and Phage-Resistant Enterococcus faecalis Using a Phage Cocktail in Vitro and in a Clot Model / L. Khalifa, D. Gelman, M. Shlezinger и др. // Frontiers in Microbiology. - 2018. - Т. 9. - С. 326.

16. Enterococcus faecalis Bacteriophage 156 Is an Effective Biotechnological Tool for Reducing the Presence of Tyramine and Putrescine in an Experimental Cheese Model / B. Del Rio, E. Sánchez-Llana, B. Redruello и др. // Frontiers in Microbiology. - 2019. - Т. 10. - С. 566.

17. Enumeration of Bacteriophages by Double Agar Overlay Plaque Assay / A. M. Kropinski, A. Mazzocco, T. E. Waddell и др. - Текст: электронный //

Bacteriophages : Methods in Molecular Biology / J. M. Walker сост. ; M. R. J. Clokie, A. M. Kropinski ред. . - Totowa, NJ : Humana Press, 2009. - Т. 501. -С. 69-76. - URL: http://link.springer.com/10.1007/978-1-60327-164-6_7 (дата обращения: 21.02.2025).

18. Genus: Enterococcus. - URL: https://lpsn.dsmz.de/genus/enterococcus (дата обращения: 25.02.2025). - Текст: электронный.

19. ImageJ. - URL: https://imagej.net/ij/index.html (дата обращения: 04.03.2025). - Текст : электронный.

20. Knecht, L. E. Diversity and Function of Phage Encoded Depolymerases / L. E. Knecht, M. Veljkovic, L. Fieseler // Frontiers in Microbiology. - 2020. -Т. 10. - С. 2949.

21. Phage family classification under Caudoviricetes: A review of current tools using the latest ICTV classification framework / Y. Zhu, J. Shang, C. Peng, Y. Sun // Frontiers in Microbiology. - 2022. - Т. 13. - Phage family classification under Caudoviricetes. - С. 1032186.

22. Phase Receptor Database. - URL: https://portal.bio-conversion.org/home/phred (дата обращения: 21.02.2025). - Текст: электронный.

23. Podoviridae | ICTV. - URL: https://ictv.global/report_9th/dsDNA/Podoviridae (дата обращения: 25.02.2025). -Текст: электронный.

24. Sao-José, C. Editorial: Bacteriophages and Their Lytic Enzymes as Alternative Antibacterial Therapies in the Age of Antibiotic Resistance / C. Sao-José, A. R. Costa, L. D. R. Melo // Frontiers in Microbiology. - 2022. - Т. 13. -Editorial. - С. 884176.

25. Tkachev, P. V. Primer set for detecting enterococcal bacteriophages / P. V. Tkachev, E. V. Kuleshevich, A. E. Goncharov // Russian Journal for Personalized Medicine. - 2023. - Т. 2. - № 6. - С. 91-97.

26. A diverse set of Enterococcus-infecting phage provides insight into phage host-range determinants / A. M. Alrafaie, K. Pyrzanowska, E. M. Smith et al. // Virus Research. - 2024. - Vol. 347. - P. 199426.

27. A Genomic Virulence Reference Map of Enterococcus faecalis Reveals an Important Contribution of Phage03-Like Elements in Nosocomial Genetic Lineages to Pathogenicity in a Caenorhabditis elegans Infection Model / S. L. La Rosa, L.-G. Snipen, B. E. Murray et al. // Infection and Immunity. - 2015. - Vol. 83.

- № 5. - P. 2156-2167.

28. Abedon, S. T. Lysis from without / S. T. Abedon // Bacteriophage. -2011. - Vol. 1. - № 1. - P. 46-49.

29. Aframian, N. Abortive infection antiphage defense systems: separating mechanism and phenotype / N. Aframian, A. Eldar // Trends in Microbiology. -2023. - Vol. 31. - Abortive infection antiphage defense systems. - №2 10. - P. 10031012.

30. Alrafaie, A. M. Enterococcal bacteriophage: A survey of the tail associated lysin landscape / A. M. Alrafaie, G. P. Stafford // Virus Research. - 2023.

- Vol. 327. - Enterococcal bacteriophage. - P. 199073.

31. An Overview of the Factors Involved in Biofilm Production by the Enterococcus Genus / P. Schiopu, D. A. Toc, I. A. Colosi et al. // International Journal of Molecular Sciences. - 2023. - Vol. 24. - № 14. - P. 11577.

32. Antimicrobial-resistant pathogens associated with pediatric healthcare-associated infections: Summary of data reported to the National Healthcare Safety Network, 2015-2017 / L. M. Weiner-Lastinger, S. Abner, A. L. Benin et al. // Infection Control & Hospital Epidemiology. - 2020. - Vol. 41. - Antimicrobial-resistant pathogens associated with pediatric healthcare-associated infections. -№ 1. - P. 19-30.

33. Apparent nosocomial adaptation of Enterococcus faecalis predates the modern hospital era / A. K. Pöntinen, J. Top, S. Arredondo-Alonso et al. // Nature Communications. - 2021. - Vol. 12. - № 1. - P. 1523.

34. Bacterial capsules: Occurrence, mechanism, and function / S. Gao, W. Jin, Y. Quan et al. // npj Biofilms and Microbiomes. - 2024. - Vol. 10. - Bacterial capsules. - № 1. - P. 21.

35. Bacteriolytic Potential of Enterococcus Phage iF6 Isolated from "Sextaphag®" Therapeutic Phage Cocktail and Properties of Its Endolysins, Gp82

and Gp84 / R. M. Buzikov, O. A. Kazantseva, E. G. Piligrimova et al. // Viruses. -2023. - Vol. 15. - № 3. - P. 767.

36. Bacteriophage Rescue Therapy of a Vancomycin-Resistant Enterococcus faecium Infection in a One-Year-Old Child following a Third Liver Transplantation / K. Paul, M. Merabishvili, R. Hazan et al. // Viruses. - 2021. -Vol. 13. - № 9. - P. 1785.

37. Bacteriophage therapy cures a recurrent Enterococcus faecalis infected total hip arthroplasty? A case report / A.-S. Neuts, H. J. Berkhout, A. Hartog, J. H. M. Goosen // Acta Orthopaedica. - 2021. - Vol. 92. - Bacteriophage therapy cures a recurrent Enterococcus faecalis infected total hip arthroplasty? - № 6. - P. 678680.

38. Bacteriophages evolve enhanced persistence to a mucosal surface / W. H. Chin, C. Kett, O. Cooper et al. // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2022. - Vol. 119. - № 27. - P. e2116197119.

39. Bertozzi Silva, J. Host receptors for bacteriophage adsorption / J. Bertozzi Silva, Z. Storms, D. Sauvageau // FEMS Microbiology Letters. - 2016. -Vol. 363. - № 4. - P. fnw002.

40. Biofilm formation in enterococci: genotype-phenotype correlations and inhibition by vancomycin / Y. A. Hashem, H. M. Amin, T. M. Essam et al. // Scientific Reports. - 2017. - Vol. 7. - Biofilm formation in enterococci. - № 1. -P. 5733.

41. Biofilms in chronic wounds / G. A. James, E. Swogger, R. Wolcott et al. // Wound Repair and Regeneration. - 2008. - Vol. 16. - № 1. - P. 37-44.

42. Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics / P. J. A. Cock, T. Antao, J. T. Chang et al. // Bioinformatics. - 2009. - Vol. 25. - Biopython. - № 11. - P. 1422-1423.

43. Brown, T. L. Ecological and functional roles of bacteriophages in contrasting environments: marine, terrestrial and human gut / T. L. Brown, O. J. Charity, E. M. Adriaenssens // Current Opinion in Microbiology. - 2022. - Vol. 70. - Ecological and functional roles of bacteriophages in contrasting environments. -P. 102229.

44. Bushneil, B. BBMerge - Accurate paired shotgun read merging via overlap / B. Bushneil, J. Rood, E. Singer // PLOS ONE. - 2017. - Vol. 12. - № 10.

- P. e0185056.

45. Buttimer, C. To create one genus, Efunavirus, containing two species in the class Caudoviricetes / C. Buttimer. - Text: electronic. - 2023. - URL: https://rgdoi.net/10.13140/RG.2.2.14553.94564 (date accessed: 06.05.2025).

46. Canfield, G. S. Molecular mechanisms of enterococcal-bacteriophage interactions and implications for human health / G. S. Canfield, B. A. Duerkop // Current Opinion in Microbiology. - 2020. - Vol. 56. - P. 38-44.

47. Characterization and anti-biofilm activity of bacteriophages against urinary tract Enterococcus faecalis isolates / D. M. El-Atrees, R. F. El-Kased, A. M. Abbas, M. A. Yassien // Scientific Reports. - 2022. - Vol. 12. - № 1. - P. 13048.

48. Characterization and Anti-Biofilm Activity of Lytic Enterococcus Phage vB_Efs8_KEN04 against Clinical Isolates of Multidrug-Resistant Enterococcus faecalis in Kenya / O. Soro, C. Kigen, A. Nyerere et al. // Viruses. -2024. - Vol. 16. - № 8. - P. 1275.

49. Characterization of a newly discovered putative DNA replication initiator from Paenibacilluspolymyxa phage phiBP / N. Halgasova, R. Javorova, L. Bocanova et al. // Microbiological Research. - 2023. - Vol. 274. - P. 127437.

50. Characterization of Enterococcus faecalis Phage IME-EF1 and Its Endolysin / W. Zhang, Z. Mi, X. Yin et al. // PLoS ONE. - 2013. - Vol. 8. - № 11.

- P. e80435.

51. Characterization of poxtA, a novel phenicol-oxazolidinone-tetracycline resistance gene from an MRSA of clinical origin / A. Antonelli, M. M. D'Andrea, A. Brenciani et al. // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2018. -Vol. 73. - № 7. - P. 1763-1769.

52. Characterization of 9Ef-vB1 prophage infecting oral Enterococcus faecalis and enhancing bacterial biofilm formation / A. Askora, M. El-Telbany, G. El-Didamony et al. // Journal of Medical Microbiology. - 2020. - Vol. 69. - № 9. -P. 1151-1168.

53. Complete nucleotide sequence and molecular characterization of two lytic Staphylococcus aureus phages: 44AHJD and P68 / D. Vybiral, M. TakÄiÄD, M. Loessner et al. // FEMS Microbiology Letters. - 2003. - Vol. 219. - Complete nucleotide sequence and molecular characterization of two lytic Staphylococcus aureus phages. - № 2. - P. 275-283.

54. Complete nucleotide sequence of bacteriophage MS2 RNA: primary and secondary structure of the replicase gene / W. Fiers, R. Contreras, F. Duerinck et al. // Nature. - 1976. - Vol. 260. - Complete nucleotide sequence of bacteriophage MS2 RNA. - № 5551. - P. 500-507.

55. Complete Sequence of the Enterocin Q-Encoding Plasmid pCIZ2 from the Multiple Bacteriocin Producer Enterococcus faecium L50 and Genetic Characterization of Enterocin Q Production and Immunity / R. Criado, D. B. Diep, Â. Aakra et al. // Applied and Environmental Microbiology. - 2006. - Vol. 72. -№ 10. - P. 6653-6666.

56. Cormack, R. S. Rapid amplification of genomic ends (RAGE) as a simple method to clone flanking genomic DNA / R. S. Cormack, I. E. Somssich // Gene. - 1997. - Vol. 194. - № 2. - P. 273-276.

57. Dion, M. B. Phage diversity, genomics and phylogeny / M. B. Dion, F. Oechslin, S. Moineau // Nature Reviews Microbiology. - 2020. - Vol. 18. - № 3. -P. 125-138.

58. Effectiveness of a Lytic Phage SRG1 against Vancomycin-Resistant Enterococcus faecalis in Compost and Soil / S. Rahmat Ullah, S. Andleeb, T. Raza et al. // BioMed Research International. - 2017. - Vol. 2017. - P. 1-8.

59. Effects of early-life antibiotics on the developing infant gut microbiome and resistome: a randomized trial / M. Reyman, M. A. Van Houten, R. L. Watson et al. // Nature Communications. - 2022. - Vol. 13. - Effects of early-life antibiotics on the developing infant gut microbiome and resistome. - № 1. - P. 893.

60. Engineered reporter phages for detection of Escherichia coli, Enterococcus, and Klebsiella in urine / S. Meile, J. Du, S. Staubli et al. // Nature Communications. - 2023. - Vol. 14. - № 1. - P. 4336.

61. Enterocins: Classification, Synthesis, Antibacterial Mechanisms and Food Applications / Y. Wu, X. Pang, Y. Wu et al. // Molecules. - 2022. - Vol. 27. -Enterocins. - № 7. - P. 2258.

62. Enterococci as a One Health indicator of antimicrobial resistance / S.Z. Zaidi, R. Zaheer, A. Zovoilis, T. A. McAllister // Canadian Journal of Microbiology. - 2024. - Vol. 70. - № 8. - P. 303-335.

63. Enterococcus faecalis alters endo-lysosomal trafficking to replicate and persist within mammalian cells / R. A. G. Da Silva, W. H. Tay, F. K. Ho et al. // PLOS Pathogens. - 2022. - Vol. 18. - № 4. - P. e1010434.

64. Enterococcus faecalis Prophage Dynamics and Contributions to Pathogenic Traits / R. C. Matos, N. Lapaque, L. Rigottier-Gois et al. // PLoS Genetics. - 2013. - Vol. 9. - № 6. - P. e1003539.

65. Enterococcus faecium Bacteriophage vB_EfaH_163, a New Member of the Herelleviridae Family, Reduces the Mortality Associated with an E. faecium vanR Clinical Isolate in a Galleria mellonella Animal Model / I. Pradal, A. Casado, B. Del Rio et al. // Viruses. - 2023. - Vol. 15. - № 1. - P. 179.

66. Enterococcus raffinosus, Enterococcus durans and Enterococcus avium Isolated from a Tertiary Care Hospital in Romania—Retrospective Study and Brief Review / D. A. Toc, S. L. Pandrea, A. Botan et al. // Biology. - 2022. - Vol. 11. - № 4. - P. 598.

67. Enterococcus Species in the Oral Cavity: Prevalence, Virulence Factors and Antimicrobial Susceptibility / E. Y. Komiyama, L. S. S. Lepesqueur, C. G. Yassuda et al. // PLOS ONE. - 2016. - Vol. 11. - Enterococcus Species in the Oral Cavity. - № 9. - P. e0163001.

68. Establishment and Persistence of Glycopeptide-Resistant Enterococcus faecium ST80 and ST117 Clones Within a Health Care Facility Located in a Low-Prevalence Geographical Region / C. Rodríguez-Lucas, J. Fernández, C. Raya et al. // Microbial Drug Resistance. - 2022. - Vol. 28. - № 2. - P. 217-221.

69. Evaluation of Bacteriophage Cocktails Alone and in Combination with Daptomycin against Daptomycin-Nonsusceptible Enterococcus faecium / T.

Morrisette, K. L. Lev, G. S. Canfield et al. // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. - 2022. - Vol. 66. - № 1. - P. e01623-21.

70. Evaluation of Bacteriophage-Antibiotic Combination Therapy for Biofilm-Embedded MDR Enterococcus faecium / K. Lev, A. J. Kunz Coyne, R. Kebriaei et al. // Antibiotics. - 2022. - Vol. 11. - № 3. - P. 392.

71. Evaluation of Phage Therapy in the Context of Enterococcus faecalis and Its Associated Diseases / A. S. Bolocan, A. Upadrasta, P. H. De Almeida Bettio et al. // Viruses. - 2019. - Vol. 11. - № 4. - P. 366.

72. EzBioCloud: a genome-driven database and platform for microbiome identification and discovery / M. Chalita, Y. O. Kim, S. Park et al. - Text: electronic // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2024. -Vol. 74. - EzBioCloud. - № 6. - URL: https://www. microbiologyresearch.org/content/j ournal/ij sem/ 10.1099/ij sem.0.0064 21 (date accessed: 21.02.2025).

73. Fast and accurate de novo genome assembly from long uncorrected reads / R. Vaser, I. Sovic, N. Nagarajan, M. Sikic // Genome Research. - 2017. -Vol. 27. - № 5. - P. 737-746.

74. Fisher, K. The ecology, epidemiology and virulence of Enterococcus / K. Fisher, C. Phillips // Microbiology. - 2009. - Vol. 155. - № 6. - P. 1749-1757.

75. Functional vulnerability of liver macrophages to capsules defines virulence of blood-borne bacteria / H. An, C. Qian, Y. Huang et al. // Journal of Experimental Medicine. - 2022. - Vol. 219. - № 4. - P. e20212032.

76. Gaca, A. O. Adaptation to Adversity: the Intermingling of Stress Tolerance and Pathogenesis in Enterococci / A. O. Gaca, J. A. Lemos // Microbiology and Molecular Biology Reviews. - 2019. - Vol. 83. - Adaptation to Adversity. - № 3. - P. e00008-19.

77. Genetic Organization and Mode of Action of a Novel Bacteriocin, Bacteriocin 51: Determinant of VanA-Type Vancomycin-Resistant Enterococcus faecium / H. Yamashita, H. Tomita, T. Inoue, Y. Ike // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. - 2011. - Vol. 55. - Genetic Organization and Mode of Action of a Novel Bacteriocin, Bacteriocin 51. - № 9. - P. 4352-4360.

78. Genome and proteome analysis of 7-7-1, a flagellotropic phage infecting Agrobacterium sp H13-3 / A. M. Kropinski, A. Van Den Bossche, R. Lavigne et al. // Virology Journal. - 2012. - Vol. 9. - № 1. - P. 102.

79. Genomic Surveillance of Vancomycin-Resistant Enterococcus faecium Reveals Spread of a Linear Plasmid Conferring a Nutrient Utilization Advantage / M. Boumasmoud, V. Dengler Haunreiter, T. A. Schweizer et al. // mBio. - 2022. -Vol. 13. - № 2. - P. e03771-21.

80. Global Prevalence of Vancomycin-Resistant Enterococci in Food of Animal Origin: A Meta-Analysis / P. Lawpidet, B. Tengjaroenkul, C. Saksangawong, P. Sukon // Foodborne Pathogens and Disease. - 2021. - Vol. 18. -Global Prevalence of Vancomycin-Resistant Enterococci in Food of Animal Origin.

- № 6. - P. 405-412.

81. Hay, I. D. Filamentous phages: masters of a microbial sharing economy / I. D. Hay, T. Lithgow // EMBO reports. - 2019. - Vol. 20. - Filamentous phages.

- № 6. - P. e47427.

82. Henrot, C. Signals triggering prophage induction in the gut microbiota / C. Henrot, M. Petit // Molecular Microbiology. - 2022. - Vol. 118. - № 5. - P. 494502.

83. Home - GraphPad. - URL: https://www.graphpad.com/ (date accessed: 26.02.2025). - Text: electronic.

84. Hospital outbreak of linezolid-resistant and vancomycin-resistant ST80 Enterococcus faecium harbouring an optrA-encoding conjugative plasmid investigated by whole-genome sequencing / S. A. Egan, S. Corcoran, H. McDermott et al. // Journal of Hospital Infection. - 2020. - Vol. 105. - № 4. - P. 726-735.

85. Hussain, A. Exploring Enterococcus Species for their Next-Generation Probiotics Potential / A. Hussain, S. Abid Ali. - Text: electronic // Probiotics, Prebiotics, and Postbiotics in Human Health and Sustainable Food Systems [Working Title]. - IntechOpen, 2024. - URL: https://www.intechopen.com/online-first/1194131 (date accessed: 25.02.2025).

86. Ilyina, T. S. Looking at phage therapy 100 years after the discovery of bacteriophages / T. S. Ilyina, E. R. Tolordava, Yu. M. Romanova // Molecular

Genetics Microbiology and Virology (Russian version). - 2019. - Vol. 37. - № 3. -P. 103.

87. Improved Adsorption of an Enterococcus faecalis Bacteriophage OEF24C with a Spontaneous Point Mutation / J. Uchiyama, I. Takemura, M. Satoh et al. // PLoS ONE. - 2011. - Vol. 6. - № 10. - P. e26648.

88. In Silico and In Vivo Evaluation of Bacteriophage ^EF24C, a Candidate for Treatment of Enterococcus faecalis Infections / J. Uchiyama, M. Rashel, I. Takemura et al. // Applied and Environmental Microbiology. - 2008. -Vol. 74. - № 13. - P. 4149-4163.

89. In Vitro and In Vivo Evaluation of Three Newly Isolated Bacteriophage Candidates, phiEF7H, phiEF14H1, phiEF19G, for Treatment of Enterococcus faecalis Endophthalmitis / T. Kishimoto, W. Ishida, T. Nasukawa et al. // Microorganisms. - 2021. - Vol. 9. - № 2. - P. 212.

90. International Committee on Systematics of Prokaryotes Subcommittee on the Taxonomy of Bifidobacterium, Lactobacillus and related organisms. Minutes of the closed meeting by videoconference, 3 September 2020 / P. Mattarelli, G. E. Felis, B. Pot et al. - Text: electronic // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2023. - Vol. 73. - № 5. - URL: https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijsem.0.0058 92 (date accessed: 25.02.2025).

91. Interregional spread in Spain of linezolid-resistant Enterococcus spp. isolates carrying the optrA and poxtA genes / Z. Moure, N. Lara, M. Marín et al. // International Journal of Antimicrobial Agents. - 2020. - Vol. 55. - № 6. -P. 105977.

92. Kazantseva, O. A. vB_BcM_Sam46 and vB_BcM_Sam112, members of a new bacteriophage genus with unusual small terminase structure / O. A. Kazantseva, E. G. Piligrimova, A. M. Shadrin // Scientific Reports. - 2021. -Vol. 11. - № 1. - P. 12173.

93. Knezevic, P. ICTV Virus Taxonomy Profile: Inoviridae / P. Knezevic, E. M. Adriaenssens, ICTV Report Consortium. - Text: electronic // Journal of General Virology. - 2021. - Vol. 102. - ICTV Virus Taxonomy Profile. - № 7. -

URL:

https: //www. microbiologyresearch.org/content/j ournal/j gv/10.1099/jgv.0.001614 (date accessed: 04.07.2025).

94. Leitner, L. Innovations in Phage Therapy for Urinary Tract Infection / L. Leitner, T. M. Kessler, S. E. McCallin // European Urology Focus. - 2024. -Vol. 10. - № 5. - P. 722-725.

95. Letunic, I. Interactive Tree of Life (iTOL) v6: recent updates to the phylogenetic tree display and annotation tool / I. Letunic, P. Bork // Nucleic Acids Research. - 2024. - Vol. 52. - Interactive Tree of Life (iTOL) v6. - № W1. -P. W78-W82.

96. Lopatina, A. Abortive Infection: Bacterial Suicide as an Antiviral Immune Strategy / A. Lopatina, N. Tal, R. Sorek // Annual Review of Virology. -2020. - Vol. 7. - Abortive Infection. - № 1. - P. 371-384.

97. Mazaheri Nezhad Fard, R. Novel Bacteriophages in Enterococcus spp. / R. Mazaheri Nezhad Fard, M. D. Barton, M. W. Heuzenroeder // Current Microbiology. - 2010. - Vol. 60. - № 6. - P. 400-406.

98. Mechanism Involved in Biofilm Formation of Enterococcus faecalis / A. Kumar Oli, P. K. Javaregowda, A. Jain, C. R. Kelmani. - Text: electronic // Focus on Bacterial Biofilms / T. Das ed. . - IntechOpen, 2022. - URL: https://www.intechopen.com/chapters/81571 (date accessed: 14.02.2025).

99. Microdiversity of Enterococcus faecalis isolates in cases of infective endocarditis: selection of non-synonymous mutations and large deletions is associated with phenotypic modifications / G. Royer, L. Roisin, V. Demontant et al. // Emerging Microbes & Infections. - 2021. - Vol. 10. - Microdiversity of Enterococcus faecalis isolates in cases of infective endocarditis. - № 1. - P. 929938.

100. Molecular Basis for Lytic Bacteriophage Resistance in Enterococci / B. A. Duerkop, W. Huo, P. Bhardwaj et al. // mBio. - 2016. - Vol. 7. - № 4. -P. e01304-16.

101. Moye, Z. D. Bacteriophage Applications for Food Production and Processing / Z. D. Moye, J. Woolston, A. Sulakvelidze // Viruses. - 2018. - Vol. 10. - № 4. - P. 205.

102. Mushegian, A. R. Are There 1031 Virus Particles on Earth, or More, or Fewer? / A. R. Mushegian. - Text: electronic // Journal of Bacteriology. - 2020. -Vol. 202. - № 9. - URL: https://journals.asm.org/doi/10.1128/JB.00052-20 (date accessed: 03.07.2025).

103. Novel multiresistance cfr plasmids in linezolid-resistant methicillin-resistant Staphylococcus epidermidis and vancomycin-resistant Enterococcus faecium (VRE) from a hospital outbreak: co-location of cfr and optrA in VRE / A. Lazaris, D. C. Coleman, A. M. Kearns et al. // Journal of Antimicrobial Chemotherapy. - 2017. - Vol. 72. - Novel multiresistance cfr plasmids in linezolid-resistant methicillin-resistant Staphylococcus epidermidis and vancomycin-resistant Enterococcus faecium (VRE) from a hospital outbreak. - № 12. - P. 3252-3257.

104. Nucci, A. Adaptation to novel spatially-structured environments is driven by the capsule and alters virulence-associated traits / A. Nucci, E. P. C. Rocha, O. Rendueles // Nature Communications. - 2022. - Vol. 13. - № 1. -P. 4751.

105. Phages in a thermoreversible sustained-release formulation targeting E. faecalis in vitro and in vivo / M. Shlezinger, M. Friedman, Y. Houri-Haddad et al. // PLOS ONE. - 2019. - Vol. 14. - № 7. - P. e0219599.

106. Pharokka: a fast scalable bacteriophage annotation tool / G. Bouras, R. Nepal, G. Houtak et al. // Bioinformatics. - 2023. - Vol. 39. - Pharokka. - № 1. -P. btac776.

107. Pilon: An Integrated Tool for Comprehensive Microbial Variant Detection and Genome Assembly Improvement / B. J. Walker, T. Abeel, T. Shea et al. // PLoS ONE. - 2014. - Vol. 9. - Pilon. - № 11. - P. e112963.

108. Plasmids Shaped the Recent Emergence of the Major Nosocomial Pathogen Enterococcus faecium / S. Arredondo-Alonso, J. Top, A. McNally et al. // mBio. - 2020. - Vol. 11. - № 1. - P. e03284-19.

109. Ramos, Y. Sugarcoating it: Enterococcal polysaccharides as key modulators of host-pathogen interactions / Y. Ramos, S. Sansone, D. K. Morales // PLOS Pathogens. - 2021. - Vol. 17. - Sugarcoating it. - № 9. - P. e1009822.

110. RASTtk: A modular and extensible implementation of the RAST algorithm for building custom annotation pipelines and annotating batches of genomes / T. Brettin, J. J. Davis, T. Disz et al. // Scientific Reports. - 2015. - Vol. 5. - RASTtk. - № 1. - P. 8365.

111. Sao-José, C. Engineering of Phage-Derived Lytic Enzymes: Improving Their Potential as Antimicrobials / C. Sao-José // Antibiotics. - 2018. - Vol. 7. -Engineering of Phage-Derived Lytic Enzymes. - № 2. - P. 29.

112. Shelf-life prediction and storage stability of Aeromonas bacteriophage vB_AsM_ZHF / Z. Xu, Z. Ding, Y. Zhang et al. // Virus Research. - 2023. -Vol. 323. - P. 198997.

113. Silpe, J. E. Natural and synthetic inhibitors of a phage-encoded quorum-sensing receptor affect phage-host dynamics in mixed bacterial communities / J. E. Silpe, O. P. Duddy, B. L. Bassler // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2022. - Vol. 119. - № 49. - P. e2217813119.

114. Structure and genome ejection mechanism of Staphylococcus aureus phage P68 / D. Hrebík, D. Stveráková, K. Skubník et al. // Science Advances. -2019. - Vol. 5. - № 10. - P. eaaw7414.

115. Structure and host specificity of Staphylococcus epidermidis bacteriophage Andhra / N. C. Hawkins, J. L. Kizziah, A. Hatoum-Aslan, T. Dokland. - Microbiology, 2022. - URL: http://biorxiv.org/lookup/doi/10.1101/2022.07.21.500982 (date accessed: 13.03.2025). - Text: electronic.

116. Suvorov, A. What Is Wrong with Enterococcal Probiotics? / A. Suvorov // Probiotics and Antimicrobial Proteins. - 2020. - Vol. 12. - № 1. - P. 1-4.

117. Svec, P. Enterococcus / P. Svec, L. A. Devriese. - Text: electronic // Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria / W. B. Whitman ed. . -Wiley, 2015. - P. 1-25. - URL:

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/9781118960608.gbm00600 (date accessed: 25.02.2025).

118. Swift, M. L. GraphPad Prism, Data Analysis, and Scientific Graphing / M. L. Swift // Journal of Chemical Information and Computer Sciences. - 1997. -Vol. 37. - № 2. - P. 411-412.

119. Targeting Enterococcus faecalis Biofilms with Phage Therapy / L. Khalifa, Y. Brosh, D. Gelman et al. // Applied and Environmental Microbiology. -2015. - Vol. 81. - № 8. - P. 2696-2705.

120. The burden of bacterial antimicrobial resistance in the WHO European region in 2019: a cross-country systematic analysis / T. Mestrovic, G. Robles Aguilar, L. R. Swetschinski et al. // The Lancet Public Health. - 2022. - Vol. 7. -The burden of bacterial antimicrobial resistance in the WHO European region in 2019. - № 11. - P. e897-e913.

121. The Life Cycle Transitions of Temperate Phages: Regulating Factors and Potential Ecological Implications / M. Zhang, T. Zhang, M. Yu et al. // Viruses.

- 2022. - Vol. 14. - The Life Cycle Transitions of Temperate Phages. - № 9. -P. 1904.

122. The lytic bacteriophage vB_EfaH_EF1TV, a new member of the Herelleviridae family, disrupts biofilm produced by Enterococcus faecalis clinical strains / M. M. D'Andrea, D. Frezza, E. Romano et al. // Journal of Global Antimicrobial Resistance. - 2020. - Vol. 21. - P. 68-75.

123. The Magistral Phage / J.-P. Pirnay, G. Verbeken, P.-J. Ceyssens et al. // Viruses. - 2018. - Vol. 10. - № 2. - P. 64.

124. The Many Faces of Enterococcus spp.—Commensal, Probiotic and Opportunistic Pathogen / B. Krawczyk, P. Wityk, M. Gal<?cka, M. Michalik // Microorganisms. - 2021. - Vol. 9. - № 9. - P. 1900.

125. The Perfect Bacteriophage for Therapeutic Applications—A Quick Guide / L. Fernández, D. Gutiérrez, P. García, A. Rodríguez // Antibiotics. - 2019.

- Vol. 8. - № 3. - P. 126.

126. The population-level impact of Enterococcus faecalis genetics on intestinal colonization and extraintestinal infection / C. Chaguza, A. K. Pontinen, J. Top et al. // Microbiology Spectrum. - 2023. - Vol. 11. - № 6. - P. e00201-23.

127. The Preclinical and Clinical Progress of Bacteriophages and Their Lytic Enzymes: The Parts are Easier than the Whole / K. Abdelkader, H. Gerstmans, A. Saafan et al. // Viruses. - 2019. - Vol. 11. - The Preclinical and Clinical Progress of Bacteriophages and Their Lytic Enzymes. - № 2. - P. 96.

128. The RAST Server: Rapid Annotations using Subsystems Technology / R. K. Aziz, D. Bartels, A. A. Best et al. // BMC Genomics. - 2008. - Vol. 9. - The RAST Server. - № 1. - P. 75.

129. The role and application of enterococci in food and health / M. R. Foulquié Moreno, P. Sarantinopoulos, E. Tsakalidou, L. De Vuyst // International Journal of Food Microbiology. - 2006. - Vol. 106. - № 1. - P. 1-24.

130. The structures of penicillin-binding protein 4 (PBP4) and PBP5 from Enterococci provide structural insights into P-lactam resistance / T. M. Moon, É. D. D'Andréa, C. W. Lee et al. // Journal of Biological Chemistry. - 2018. - Vol. 293.

- № 48. - P. 18574-18584.

131. The unforeseen intracellular lifestyle of Enterococcus faecalis in hepatocytes / N. Nunez, A. Derré-Bobillot, N. Trainel et al. // Gut Microbes. - 2022.

- Vol. 14. - № 1. - P. 2058851.

132. Tisza, M. J. A catalog of tens of thousands of viruses from human metagenomes reveals hidden associations with chronic diseases / M. J. Tisza, C. B. Buck // Proceedings of the National Academy of Sciences. - 2021. - Vol. 118. -№ 23. - P. e2023202118.

133. Tracing the Enterococci from Paleozoic Origins to the Hospital / F. Lebreton, A. L. Manson, J. T. Saavedra et al. // Cell. - 2017. - Vol. 169. - № 5. -P. 849-861.e13.

134. Two Novel Lytic Bacteriophages Infecting Enterococcus spp. Are Promising Candidates for Targeted Antibacterial Therapy / P. V. Tkachev, I. M. Pchelin, D. V. Azarov et al. // Viruses. - 2022. - Vol. 14. - № 4. - P. 831.

135. Uchechukwu, C. F. Current status of clinical trials for phage therapy / C. F. Uchechukwu, A. Shonekan. - Text: electronic // Journal of Medical Microbiology. - 2024. - Vol. 73. - № 9. - URL: https://www.microbiologyresearch.Org/content/journal/jmm/10.1099/jmm.0.00189 5 (date accessed: 13.08.2025).

136. Unicycler: resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads. Unicycler / R. R. Wick, L. M. Judd, C. L. Gorrie, K. E. Holt. -Bioinformatics, 2016. - URL: http://biorxiv.org/lookup/doi/10.1101/096412 (date accessed: 26.02.2025). - Text: electronic.

137. Van Tyne, D. Structure, Function, and Biology of the Enterococcus faecalis Cytolysin / D. Van Tyne, M. Martin, M. Gilmore // Toxins. - 2013. - Vol. 5.

- № 5. - P. 895-911.

138. Vancomycin-resistant Enterococcus faecium and the emergence of new sequence types associated with hospital infection / R. F. O'Toole, K. W. C. Leong, V. Cumming, S. J. Van Hal // Research in Microbiology. - 2023. - Vol. 174. - №2 4.

- P. 104046.

139. ViPTree: the viral proteomic tree server / Y. Nishimura, T. Yoshida, M. Kuronishi et al. // Bioinformatics. - 2017. - Vol. 33. - ViPTree. - № 15. - P. 23792380.

140. Wang, X. Risks associated with enterococci as probiotics / X. Wang, Y. Yang, M. M. Huycke // Food Research International. - 2020. - Vol. 129. -P. 108788.

141. Weigel, C. Bacteriophage replication modules / C. Weigel, H. Seitz // FEMS Microbiology Reviews. - 2006. - Vol. 30. - № 3. - P. 321-381.

142. Westra, E. R. CRISPR-Cas systems: beyond adaptive immunity / E. R. Westra, A. Buckling, P. C. Fineran // Nature Reviews Microbiology. - 2014. -Vol. 12. - CRISPR-Cas systems. - № 5. - P. 317-326.

143. World Medical Association Declaration of Helsinki: Ethical Principles for Medical Research Involving Human Subjects // JAMA. - 2013. - Vol. 310. -World Medical Association Declaration of Helsinki. - № 20. - P. 2191.

144. Antibiotic resistance genes and virulence factors in Enterococcus faecium and Enterococcus faecalis from diseased farm animals: pigs, cattle and poultry / V. Seputiene, A. Bogdaite, M. Ruzauskas, E. Suziedeliene // Polish Journal of Veterinary Sciences. - 2012. - Т. 15. - Antibiotic resistance genes and virulence factors in Enterococcus faecium and Enterococcus faecalis from diseased farm animals. - № 3. - С. 431-438.

145. Bacteriophages presence in nature and their role in the natural selection of bacterial populations / Z. Naureen, A. Dautaj, K. Anpilogov и др. // Acta Bio-Medica: Atenei Parmensis. - 2020. - Т. 91. - № 13-S. - С. e2020024.

146. Characteristics of the Enterococcus Phage vB_EfS_SE, and the Properties of Its Chimeric Endolysins Harboring a PlySE-Carbohydrate-Binding Domain and a Synthetic Enzymatic Domain / R. M. Buzikov, V. A. Kulyabin, O. N. Koposova и др. // Pharmaceutics. - 2024. - Т. 16. - № 10. - С. 1312.

147. Engineered bacteriophages for treatment of a patient with a disseminated drug-resistant Mycobacterium abscessus / R. M. Dedrick, C. A. Guerrero-Bustamante, R. A. Garlena и др. // Nature Medicine. - 2019. - Т. 25. -№ 5. - С. 730-733.

148. Enterococci: From Commensals to Leading Causes of Drug Resistant Infection. Enterococci / M. S. Gilmore, D. B. Clewell, Y. Ike, N. Shankar. - Boston : Massachusetts Eye and Ear Infirmary, 2014. - URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK190424/ (дата обращения: 17.02.2025).

- Текст: электронный.

149. Enterococcus isolated from poultry intestine for potential probiotic use / E. Carvajal, S. Contreras, W. Diaz и др. // Veterinary World. - 2023. - Т. 16. -№ 8. - С. 1605-1614.

150. Fischetti, V. A. Gram-positive pathogens / V. A. Fischetti. -Washington, D.C : ASM Press, 2000. - 735 с.

151. ICTV Virus Taxonomy Profile: Herelleviridae / J. Barylski, A. M. Kropinski, N.-F. Alikhan и др. // The Journal of General Virology. - 2020. - Т. 101.

- ICTV Virus Taxonomy Profile. - № 4. - С. 362-363.

152. Improvements to PATRIC, the all-bacterial Bioinformatics Database and Analysis Resource Center / A. R. Wattam, J. J. Davis, R. Assaf и др. // Nucleic Acids Research. - 2017. - Т. 45. - № D1. - С. D535-D542.

153. Kenneth, J. R. Sherris medical microbiology: an introduction to infectious diseases. Sherris medical microbiology / J. R. Kenneth, C. R. George, J. C. Sherris. - 4th ed. - New York : McGraw-Hill, 2004. - 979 с.

154. Krause, A. L. Barriers to genetic manipulation of Enterococci: Current Approaches and Future Directions / A. L. Krause, T. P. Stinear, I. R. Monk // FEMS microbiology reviews. - 2022. - Т. 46. - Barriers to genetic manipulation of Enterococci. - № 6. - С. fuac036.

155. Kreuzer, K. N. Initiation of bacteriophage T4 DNA replication and replication fork dynamics: a review in the Virology Journal series on bacteriophage T4 and its relatives / K. N. Kreuzer, J. R. Brister // Virology Journal. - 2010. - Т. 7.

- Initiation of bacteriophage T4 DNA replication and replication fork dynamics. -С. 358.

156. Levitus, M. Vancomycin-Resistant Enterococci / M. Levitus, A. Rewane, T. B. Perera. - Текст : электронный // StatPearls. - Treasure Island (FL) : StatPearls Publishing, 2025. - URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK513233/ (дата обращения: 25.02.2025).

157. Mechanisms of Linezolid Resistance Among Enterococci of Clinical Origin in Spain-Detection of optrA- and cfr(D)-Carrying E. faecalis / L. Ruiz-Ripa, A. T. FeBler, D. Hanke и др. // Microorganisms. - 2020. - Т. 8. - № 8. - С. 1155.

158. Meijer, W. J. Phi29 family of phages / W. J. Meijer, J. A. Horcajadas, M. Salas // Microbiology and molecular biology reviews: MMBR. - 2001. - Т. 65.

- № 2. - С. 261-287 ; second page, table of contents.

159. Moraru, C. VIRIDIC-A Novel Tool to Calculate the Intergenomic Similarities of Prokaryote-Infecting Viruses / C. Moraru, A. Varsani, A. M. Kropinski // Viruses. - 2020. - Т. 12. - № 11. - С. 1268.

160. Processing Phage Therapy Requests in a Brussels Military Hospital: Lessons Identified / S. Djebara, C. Maussen, D. De Vos и др. // Viruses. - 2019. -

T. 11. - Processing Phage Therapy Requests in a Brussels Military Hospital. - № 3.

- C. 265.

161. Soding, J. The HHpred interactive server for protein homology detection and structure prediction / J. Soding, A. Biegert, A. N. Lupas // Nucleic Acids Research. - 2005. - T. 33. - № Web Server issue. - C. W244-248.

162. Spread of Linezolid-Resistant Enterococcus spp. in Human Clinical Isolates in the Czech Republic / L. Malisova, V. Jakubu, K. Pomorska h gp. // Antibiotics (Basel, Switzerland). - 2021. - T. 10. - № 2. - C. 219.

163. The unforeseen intracellular lifestyle of Enterococcus faecalis in hepatocytes / N. Nunez, A. Derre-Bobillot, N. Trainel h gp. // Gut Microbes. - 2022.

- T. 14. - № 1. - C. 2058851.

164. Turner, D. A Roadmap for Genome-Based Phage Taxonomy / D. Turner, A. M. Kropinski, E. M. Adriaenssens // Viruses. - 2021. - T. 13. - № 3. -C. 506.

165. Virus taxonomy and the role of the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) / S. G. Siddell, D. B. Smith, E. Adriaenssens h gp. // The Journal of General Virology. - 2023. - T. 104. - № 5. - C. 001840.

СПИСОК ПУБЛИКАЦИЙ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ

Статьи:

1. Buzikov R.M.; Kulyabin V.A.; Koposova O.N.; Arlyapov V.A.; Shadrin A.M. Characteristics of the Enterococcus Phage vB_EfS_SE, and the Properties of Its Chimeric Endolysins Harboring a PlySE-Carbohydrate-Binding Domain and a Synthetic Enzymatic Domain. // Pharmaceutics, 2024. vol. 16, 10, 1312. https://doi.org/10.3390/pharmaceutics16101312. (Scopus: Q1. WoS: Q1. ВАК: K1.)

2. Buzikov R.M.; Kazantseva O.A.; Piligrimova E.G.; Ryabova N.A.; Shadrin A.M. Bacteriolytic Potential of Enterococcus Phage iF6 Isolated from "Sextaphag®" Therapeutic Phage Cocktail and Properties of Its Endolysins, Gp82 and Gp84. // Viruses, 2023. vol. 15, 3, 767. doi.org/10.3390/v15030767. (Scopus: Q1. WoS: Q2. ВАК: K1.)

3. Buzikov R.M.; Piligrimova E.G.; Shadrin A.M. Complete genome sequence of Enterococcus faecium FS86, used for propagation of bacteriophages with therapeutic potential. // Microbiology Resource Announcements, 2020. vol. 9, 39, e0077620. https://doi.org/10.1128/MRA.00776-20 (Scopus: Q3. WoS: Q4. ВАК: K3.)

Материалы и тезисы конференций:

1. Бузиков Р.М., Петухова М.И., Аленко А.М., Рябова Н.А., Шадрин А.М. Бактериофаги, подавляющие рост энтерококков. // 5-й Российский микробиологический конгресс: сборник тезисов докладов, 2025. — . С. 307.

2. Бузиков Р.М., Шадрин А.М. Вирулентные бактериофаги энтерококков. // XI Всероссийская Пущинская конференция «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов», 2025. — . С. 17.

3. Бузиков Р.М., Кулябин В.А., Петухова М.И., Аленко А.М, Рогачевский В.В. и др. Физиологические свойства и особенности организации генетического материала бактериофага vB_ElaP_1E1, заражающего бактерий рода Enterococcus. // 5-й Российский микробиологический конгресс: сборник тезисов докладов, 2025. — . С. 307.

4. Бузиков Р.М., Казанцева О.А., Рябова Н.А., Шадрин А.М. Оценка бактериофага vB_EfS_SE для борьбы с мультирезистентными энтерококками.

// IV Школа-конференция молодых ученых, аспирантов и студентов «Генетические технологии в микробиологии и микробное разнообразие», 3-5 декабря 2024 г., Пущино, 2024. —.

https://doi.org/10.34756/GE0S.2023.17.39000

5. Кулябин В.А., Бузиков Р.М., Шадрин А.М. Характеристика и сравнение бактериолитических свойств эндолизина PlySE бактериофага энтерококков vB_EfS_SE и его химерных производных. // IV Школа-конференция молодых ученых, аспирантов и студентов «Генетические технологии в микробиологии и микробное разнообразие», 3-5 декабря 2024 г., Пущино, 2024. — . https://doi.org/10.34756/GEOS.2023.17.39015

6. Скорынина А.В., Бузиков Р.М., Казанцева О.А., Пилигримова Э.Г., Копосова О.Н. и др. Особенности бактериофагов, используемых в фаготерапии в России: бактериофаг iF6 из терапевтического препарата «Секстафаг» и его эндолизины. // "От микробиологии к генетическим технологиям" Сборник трудов конференции, 2023. — С. 53-53.

7. Бузиков Р.М., Скорынина А.В., Копосова О.Н., Кулябин В.А., Казанцева О.А. и др. Перспективы применения бактериофагов и их ферментов для борьбы с антибиотикорезистентными бактериями. // Экотоксикология -2023, 2023. — . С. 307.

8. Казанцева О.А., Бузиков Р.М., Шадрин А.М, Скорынина А.В., Копосова О.Н. и др. Бактериофаги и их ферменты как новые антибактериальные агены. // VIII Пущинской школы-конференции «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов», 2022. — С. 4344.