Возрастные и функциональные аспекты перестройки видовой структуры сообществ симбиотических микроорганизмов кишечника человека и некоторых природных резервуаров тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.02.08, кандидат биологических наук Варичев, Александр Николаевич

• Варичев, Александр Николаевич
• кандидат биологических наук
• 2011

Оглавление диссертации кандидат биологических наук Варичев, Александр Николаевич

ВВЕДЕНИЕ.

Глава1. Обзор литературы. Современные проблемы изучения видовой структуры биотических сообществ.

1.1. Видовая структура биотических сообществ.

1.2. Симбиотические сообщества как объекты биоэкологических исследований.

1.2.1. Сообщества симбиотических микроорганизмов толстой кишки человека.

1.2.1.1. Биопленка - особая форма организации микрофлоры в организме человека.

1.2.2. Сообщества симбиотических организмов некоторых природных резервуаров.

1 Перестройки видового состава сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки человека в возрастном аспекте.

1.4. Перестройки видового состава сообществ симбиотических микроорганизмов пчелы медоносной {Apis mellifera L.) в возрастном аспекте.

1.5. Фрактальные аспекты видовой структуры биотических сообществ.

СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ.

Глава 2. Материалы и методы исследования.

2.1 Дизайн исследования.

2.2. Объем экспериментальных данных.

2.3. Методы изучения видового состава и численности симбиотических микроорганизмов.

2.4. Количественные методы обработки экспериментальных данных.

Глава 3. Статистический анализ различий в численности симбиотических микроорганизмов толстой кишки человека в возрастном и функциональном аспектах.

3.1. Проверка правильности классификационных решений разбиения пациентов по категориям «здоровые» и «больные».

3.1.1. Многомерный кластерный анализ методом В ар да.

3.1.2. Кластерный анализ методом К-средних.

3.2. Возрастные аспекты различий в численности симбиотических микроорганизмов толстой кишки у здоровых и больных людей.

3.3. Функциональные аспекты различий в численности симбиотических микроорганизмов толстой кишки у здоровых и больных людей.

Дискриминантный анализ сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки здоровых и больных людей разных возрастных групп.

Глава 4. Синэкологический анализ видовой структуры сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки человека.

4.1. Анализ сходства видового состава сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки здоровых и больных людей разных возрастных групп.

4.2. Анализ ранговых распределений численности сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки здоровых и больных людей разных возрастных групп.

4.2.1. Канонический анализ ранговых распределений.

4.2.2. Ранговые профили.

4.2.2.1. Сравнительный анализ перестройки ранговых распределений численностей микрофлоры толстой кишки человека в возрастном аспекте в группе здоровых.

4.2.2.2. Сравнительный анализ перестройки ранговых распределений численностей микрофлоры толстой кишки человека в возрастном аспекте в группе больных.

4.2.2.3. Сравнительный анализ перестройки ранговых распределений численностей микрофлоры толстой кишки человека в функциональном аспекте.

4.2.3. Анализ зависимости численности вида микроорганизмов от его ранга методом кусочно-линейной регрессии.

4.2.4. «Инвертированные» ранговые распределения.

4-3- Анализ видового разнообразия сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки здоровых и больных людей разных возрастных групп.

Глава 5. Синэкологический анализ видовой структуры сообществ энтеробактерий кишечника пчелы медоносной (А. теШ/ега).

5.1. Анализ видового разнообразия симбиотических микроорганизмов кишечника пчелы медоносной.

5.2. Анализ ранговых распределений численности сообществ симбиотических микроорганизмов кишечника пчелы медоносной.

5.2.1. Каноническое ранговое распределение.

5.2.2. Ранговые профили.

Глава 6. Фрактальный анализ видового богатства сообществ симбиотических микроорганизмов.

6-1. Микроорганизмы толстой кишки человека.

6.2. Микроорганизмы кишечника пчелы медоносной

А. mellifera) и муравейников (Formica aquilonia и F. pratensis). ЮЗ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Возрастные и функциональные аспекты перестройки видовой структуры сообществ симбиотических микроорганизмов кишечника человека и некоторых природных резервуаров»

Актуальность работы. По современным представлениям сообщества микроорганизмов, обитающие в кишечнике человека, нередко структурно организованы в биопленки, представляющей собой форму сосуществования микробов в окружающей среде (Осипов, 2005). Микроорганизмы в биопленке рассматриваются как взаимодействующая общность разных видов микроорганизмов, сгруппированных в микроколонии и окруженных защитным матриксом. Между биопленкой и кишечной стенкой имеется тесная взаимосвязь, что позволяет объединить их в единый микробно-тканевой комплекс. В этом комплексе происходит как транслокация микроорганизмов в ткани, так и постоянный обмен генетическим материалом, регуляторными молекулами, фрагментами структурных генов, плазмидами. В пределах этого комплекса существуют сложные трофические и регуляторные связи. В результате возникает сложная многоуровневая система регуляции симбиотических взаимоотношений между микробными популяциями и клетками макроорганизма (человека) (Бухарин и др., 2011; Gill, 2006). Так, по имеющимся оценкам, в желудочно-кишечном тракте взрослого человека присутствует более 2 кг микроорганизмов, относящихся к сотням разных видов.

Из них идентифицированы лишь несколько десятков типичных представителей, которых можно вырастить на питательных средах (Шендеров, 1998; Gill, 2006).

Большинство же существующих в природе микроорганизмов на искусственных средах не растет, это так называемые «некультивируемые» микробы. Однако вопрос об экологической структуре сообществ микроорганизмов биопленки толстой кишки человека, представленных фиксированным набором клинически значимых культивируемых видов, остается открытым. Кроме того, изучение нормальной флоры кишечника человека вызывает много разногласий, так как за показатели нормы людей разного возраста берут количественный состав микрофлоры «здоровых» людей, что довольно проблематично, из-за того что понятие здоровья не имеет четкого определения.

Таким образом, до настоящего времени остается актуальным проведение 5 научных исследований, направленных на изучение и оценку состояния микробиоценозов «здоровых» людей разных возрастных групп.

Эта проблема имеет отношение и к природным резервуарам микроорганизмов сем. Enterobacteriaceae, которые часто высеваются из воды и почвы, сохраняют жизнеспособность в широком диапазоне абиотических факторов среды, нередко являются патогенными для большинства видов беспозвоночных, например для представителей перепончатокрылых (Hymenoptera), позвоночных животных и для человека.

В рассматриваемом ключе актуальным является синэкологический анализ микроорганизмов биопленки толстой кишки человека, как высокоинтегрированной структурной организации биотических сообществ, равно как и энтеробактерий природных резервуаров.

Целью работы явился анализ видовой структуры сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки здоровых и больных людей разных возрастных групп, проживающих на территории города Нижнего Новгорода, а также сообществ энтеробактерий природных резервуаров г. Н. Новгорода и Нижегородской области: кишечника пчелы медоносной {Apis mellifera L.) и муравейников {Formica aquilonia Yarrow и F. pratensis Retzius) с применением методов статистического, экологического и фрактального анализа.

Задачи исследования:

1. Провести статистический анализ различий в численности симбиотических микроорганизмов толстой кишки здоровых и больных людей разных возрастных групп, включая верификацию классификационных решений по разбиению пациентов на категории «здоровые» и «больные» с учетом возраста в многомерном пространстве признаков с применением кластерного и дискриминантного анализа.

2. Провести синэкологический анализ перестройки видовой структуры видового богатства и видового разнообразия) сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки, представленных фиксированным набором 6 клинически значимых культивируемых видов, у здоровых и больных людей разных возрастных групп.

3. Провести статистический и синэкологический анализ видовой структуры сообщества симбиотических микроорганизмов кишечника пчелы медоносной А. mellifera.

4. Провести сравнительный монофрактальный анализ видового богатства сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки человека и природных резервуаров (пчелы медоносной А. mellifera и муравейников F. aquilonia, F. pratensis).

Научная новизна работы. Статистическими методами многомерного кластерного и дискриминантного анализа впервые проведена верификация клинических классификационных решений по разбиению пациентов на категории «здоровые» и «больные» с учетом возраста. Впервые проведен синэкологический анализ сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки человека, выявивший статистически значимые различия видового разнообразия, оцениваемого индексом Шеннона, только у больных людей разных возрастных групп и отсутствие таковых у здоровых людей. Впервые методом кусочно-линейной регрессии ранговых распределений установлено, что значение демаркационного числа на шкале численности сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки у здоровых людей всегда больше такового у больных. При помощи фрактального формализма впервые установлено, что видовое богатство сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки человека и природных резервуаров (пчелы медоносной А. mellifera и муравейников F. aquilonia и F. pratensis) характеризуется самоподобием.

Научно-практическая значимость работы. Результаты работы востребованы научными, учебными, лечебно-профилактическими учреждениями и организациями медико-биологического профиля

Федеральное бюджетное учреждение науки Нижегородский научноисследовательский институт эпидемиологии и микробиологии (ФБУН 7

ННИИЭМ) им. академика И.Н.Блохиной Роспотребнадзора, Нижегородский государственный университет им. Н.И. Лобачевского (ННГУ) и др., а также используются в учебном процессе ННГУ им. Н.И. Лобачевского при подготовке бакалавров, магистров и аспирантов по направлению - 022000 «Экология и природопользование».

Положения, выносимые на защиту:

1. Начиная со второй недели жизни и до 30 лет значение суммарной численности сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки здоровых людей статистически значимо превышает таковую у больных людей.

2. У здоровых людей всех возрастных групп значение демаркационного числа (DNh) на шкале численности сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки всегда статистически значимо больше такового у больных людей (DNd) (DNh> DNd).

3. Статистически значимые различия в видовом разнообразии сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки человека, оцениваемом индексом Шеннона (с учетом поправки Бонферрони), выявлены только у больных людей разных возрастных групп и отсутствуют у здоровых людей.

4. Видовое богатство сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки здоровых и больных людей разных возрастных групп, а также природных резервуаров (кишечник пчелы медоносной А. mellifera и муравейников F. aquilonia, F. pratensis) характеризуется самоподобием и является монофракталом.

Апробация работы и публикации. Материалы диссертационного исследования были доложены на научно-практических конференциях:

Современное состояние и пути развития популяционной биологии»

X Всероссийский популяционный семинар, Ижевск, 2008); «Биологические системы: устойчивость, принципы и механизмы функционирования» (III

Всероссийская научно-практическая конференция с международным 8 участием, Нижний Тагил, 2010); «Fourth Russian-Polish School of Young Ecologists» (Тольятти, 2010). По материалам диссертации опубликовано 8 научных работ, из них 4 - в журналах, рекомендованных ВАК.

Структура и объем диссертации. Диссертационная работа состоит из введения, 6 глав, заключения, выводов и списка цитированной литературы. Диссертация иллюстрирована 37 рисунками и 22 таблицами. Основной текст изложен на 118 страницах. Библиографический указатель включает 138 источников литературы (77 отечественных и 61 иностранных).

Заключение диссертации по теме «Экология (по отраслям)», Варичев, Александр Николаевич

выводы

1. Методами многомерного кластерного и дискриминантного анализа получено разбиение и упорядочение обширной эмпирической матрицы клинических микробиологических данных, включающей 29 фиксированных клинически значимых культивируемых видов симбиотических микроорганизмов толстой кишки 1115 пациентов разных возрастных групп, на непересекающиеся подмножества - кластеры, а также верифицировано классификационное правило отнесения людей к категориям «здоровые», «больные» и «пожилые».

2. Методом Манна-Уитни показано, что у здоровых людей начиная со второй недели жизни (возрастная группа 8 сут.-1 мес.) и до 30 лет (возрастная группа 18-30 лет) значение суммарной численности сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки статистически значимо превышает таковую у больных людей.

3. Методом кусочно-линейного регрессионного анализа зависимости численности вида микроорганизмов от его ранга установлено, что значение демаркационного числа численности сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки здоровых людей всех возрастных групп всегда статистически значимо больше такового у больных людей {DNk > DNd).

4. Возрастные статистически значимые различия в видовом разнообразии симбиотических микроорганизмов толстой кишки по индексу Шеннона (с учетом поправки Бонферрони) выявлены только у больных людей. В то же время у здоровых людей подобные различия не обнаружены.

5. В сообществах симбиотических микроорганизмов толстой кишки человека и природных резервуаров (кишечника пчелы медоносной А. mellifera и муравейников F. aquilonia, F. pratensis) рост видового богатства при увеличении объема выборки удовлетворительно аппроксимируется степенным законом, что позволяет охарактеризовать видовое богатство как монофрактал.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

Подведем основные итоги работы, которые при кажущейся очевидности некоторых полученных результатов потребовали корректной доказательной базы. Во-первых, предварительное экспертное разбиение пациентов на «здоровых» и «больных» на основе клинического анамнеза, получило свое теоретическое обоснование с применением методов математической статистки. Многомерный кластерный и дискриминантный анализ различий в численности симбиотических микроорганизмов толстой кишки здоровых и больных людей разных возрастных групп впервые позволил не только верифицировать классификационные решения по разбиению пациентов на категории «здоровые» и «больные» с учетом возраста в многомерном пространстве признаков, но и показал необходимость применения при решении подобных задач методов многомерного анализа. Кроме того, были выявлены лимитирующие виды микроорганизмов (показатели), численности которых статистически значимо различаются у здоровых и больных людей одного возраста.

В отличие от сообществ свободноживущих организмов, видовое богатство которых является хотя и конечным, но на практике приблизительно определяемым числом видов, видовое богатство сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки человека представлено фиксированным набором клинически значимых культивируемых видов. Наше исследование показало, что такие редуцированные сообщества также можно корректно описать в рамках синэкологического анализа при помощи канонических индексов и показателей экологического разнообразия, включая ранговые распределения. Теоретическое значение приобретает тот факт, что в группе здоровых людей не было выявлено статистически значимых различий в видовом разнообразии сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки по индексу Шеннона. Таким образом, известный эмпирический факт постоянства нормальной флоры кишечника здорового человека, при неизменности бытовых условий жизни (Малкоч, Бельмер, 2009), получил свою количественную оценку в рамках адаптивных преимуществ поддержания стабильного видового разнообразия сообщества симбионтов.

Для человека важным является установленный для всех возрастных групп факт, что у больных людей демаркационное число численности сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки всегда меньше, чем у здоровых людей. Это может быть связано с тем, что, начиная со второй недели жизни и до 30 лет значение численности сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки здоровых людей статистически значимо превышает таковую у больных. Таким образом, применение кусочно-линейной регрессии для анализа как канонических, так и «инвертированных» ранговых распределений имеет диагностическую перспективу.

Исследование микрофлоры кишечника пчелы медоносной показало, что для майской возрастной группы установлены статистически значимые различия со всеми возрастными группами в видовом разнообразии сообщества симбиотических микроорганизмов кишечника пчелы медоносной, оцениваемые по индексу Шеннона.

Наконец, рассмотрение видового богатства сообществ симбиотических микроорганизмов толстой кишки человека и природных резервуаров с позиций концепции самоподобия, продемонстрировавшей свою перспективность для сообществ свободноживущих и некоторых симбиотических организмов, показало, что изученные в работе сообщества симбионтов так же могут быть охарактеризованы как монофрактал. Полученные результаты дают веское основание предположить, что самоподобие в организации видового богатства симбиотических микроорганизмов толстой кишки людей разного возраста является инвариантным структурным показателем и сохраняется при различном функциональном состоянии организма.

Итак, статистические, экологические и фрактальные методы анализа позволили не только расширить имеющиеся, но и получить новые сведения о структурно-функциональной организации сообществ симбиотических микроорганизмов.

Список литературы диссертационного исследования кандидат биологических наук Варичев, Александр Николаевич, 2011 год

1. Алимов, А.Ф. Разнообразие, сложность, стабильность, выносливость экологических систем / А.Ф. Алимов // Журн. общей биологии. 1994. - Т.55. -№3. - С. 285 -302.

2. Ананьев, Б.Г. Онтогенез и жизненный путь человека/ Б.Г. Ананьев. М.: Директ медия, 2008. - 139 с.

3. Ардатская, М.Д. Дисбактериоз кишечника: современные аспекты изучения проблемы, принципы диагностики и лечения/ М.Д. Ардатская, A.B. Дубинин, О.Н. Минушкин //Тер. арх. 2001. - №2. - С. 67-72.

4. Ардатская, М.Д. Дисбактериоз кишечника: понятие, диагностические подходы и пути коррекции. Возможности и преимущества биохимического исследования кала / М.Д. Ардатская, О.Н. Минушкин, Н.С. Иконников // Пособие для врачей. 2004. М.: Изд-во НГМА.

5. Африкян, Э.К. Энтомопатогенные бактерии и их значении/ Африкян Ереван: Изд-во АН Армянской ССР, 1973.-362 с.

6. Бабин, В.Н. Биохимические и молекулярные аспекты симбиоза человека и его микрофлоры / В.Н. Бабин, И.В. Домарадский // Электрон, версия российского химического журнала. -2006.-№6. (www.domaradsky.ru/rhg94.html).

7. Бакалова, М.В. Апиофильные нидиколоценозы медоносной пчелы Apis mellifera mellifera в заповеднике «Шульган-Таш». Автореф. дисс. на соиск. уч. ст. канд. биол. наук. Тольятти, 2011.

8. Бельмер, С.В Пребиотики в питании: физиологическое значение. Лекции по педиатрии. Т.7. Диетология и нутрициология / C.B. Бельмер, Т.В. Гасилина, A.B. Малкоч / Под ред. В.Ф. Демина, С.О. Ключникова, Ю.Г. Мухиной. М.: РГМУ. -2007,- С. 120-125.

9. Бельмер, C.B. Рациональное питание и состав кишечной микрофлоры / C.B. Бельмер, Т.В. Гасилина // Вопр. детской диетологии. 2003. - №1. - Ч. 5. - С. 17-20

10. Беэр, С.А. Роль человеческого фактора в эволюции паразитарных систем / С.Э. Беэр // Мед. паразитология и паразитарные болезни. 1993. - №5. - С. 50 -56.

11. Бигон, М. Экология. Особи, популяции и сообщества / М. Бигон, Дж. Харпер, К. Таунсенд. -М.: Мир, 1989.-Т. 1.-667 е.; Т.2 477 с.

12. Блохина, И.Н. Дисбактериозы / И.Н. Блохина, В.Г. Дорофейчук. М.: Медицина, 1979. - 175 с.

13. Бондаренко В.М. Роль условно-патогенных бактерий кишечника в полиорганной патологии человека/В.М. Бондаренко. М.: Триада, 2007.- 64 с.

14. Бухарин, О.В. Прогнозирование состояния микросимбиоценоза с помощью математического моделирования межмикробных взаимодействий/ О.В. Бухарин, Б.Я. Усвяцов, Ю.А. Хлопко, A.M. Осипова//Экология человека. — 2011.-№10.-С.59-64.

15. Воробьев, A.A. Дисбактериозы актуальная проблема медицины / A.A. Воробьев, H.A. Абрамов, В.М. Бондаренко, Б.А. Шендеров // Вестник РАМН. -1997. - №3. - С.4 - 7.

16. Воробьев, A.A. Мир микробов/А.А. Воробьев, A.JI. Гинибург, В.М. Бондаренко // Вестник РАМН. 2000. -№11.- С. 11 - 14.

17. Гелашвили, Д.Б. Эколого-экономический анализ экотоксикологической опасности промышленных предприятий города Н. Новгорода / Д.Б. Гелашвили, В.А. Басуров, Н.И. Ефимова (Зазнобина) // Экологический ежемесячник. 2001. -№7(82). -С.22-25.

18. Гелашвили, Д.Б. Мультифрактальный анализ видовой структуры сообществ мелких млекопитающих Волго-Уральского палеоценоза / Д.Б. Гелашвили, А.И. Дмитриев, Д.И, Иудин, Г.С. Розенберг, JI.A. Солнцев //Докл. РАН. 20086. - Т. 421. - № 4. - С.562 - 566.

19. Гелашвили, Д.Б. Мультифрактальный анализ видовой структуры сообществ мелких млекопитающих Нижегородского Поволжья / Д.Б. Гелашвили, Д.И, Иудин, А.И. Дмитриев, В.Н. Якимов, Г.С. Розенберг, JI.A. Солнцев // Экология. 2008 в. - №6. - С.456-461.

20. Гелашвили, Д.Б. Структурная организация и фрактальная природа макрозообентоса малых городских водоемов/ Д.Б. Гелашвили, Д.А. Пухнаревич, Д.И. Иудин// Поволжский экологический журнал. 2007. - №1. - С. 1-15.

21. Гиляров, A.M. От ниш к нейтральности в биологическом сообществе / A.M. Гиляров // Природа. 2007 - № 11. - С. 29-37.

22. Гланц, С. Медико-биологическая статистика / С. Гланц. М.: Практика, 1998.-459 с.

23. Державин, Д.К. Фрактальная самоорганизация агрегирующих in vitro гемоцитов моллюска Mizuhopecten yessoensis / Д.К. Державин, В.В. Исаева // Докл. РАН 2000. - Т. 373. - С. 254-256.

24. Диагностика и биокоррекция нарушений антиинфекционного гомеостаза в системе «мать дитя»: Книга для практического врача / Е.И. Ефимов; под ред. Е.И. Ефимова, К .Я. Соколовой. - Н. Новгород: НГМА, 2004. - 376 с.

25. Дисбиоз кишечника. Руководство по диагностике и лечению / Е.И. Ткаченко; под ред. Е.И. Ткаченко, А.Н. Суворова. СПб.: ИнформМед, 2009. -276 е., ил.

26. Евтеева Н.И. Биоразнообразие энтеробактерий в природных местообитаниях Нижегородской области. Автореф. дисс. на соиск. уч. ст. канд. биол наук. Н. Новгород, ННГУ им. Н.И. Лобачевского. 2009. - 21 с.

27. Животовский, Л.А. Показатель внутрипопуляционного разнообразия / Л.А. Животовский // Журн.общ.биол. 1980. - Т. 41, №6. - С 829-836.

28. Исаева, В.В. Фрактальные и хаотические паттерны в морфологии животных / В.В. Исаева // Тр. Зоолог, ин-та РАН. Приложение 1. 2009. - С. 199 -218.

29. Иудин, Д. И. Мультифрактальный анализ структуры биотических сообществ / Д.И. Иудин, Д.Б. Гелашвили, Г.С. Розенберг // Докл. РАН. 2003. -Т. 389, №2.-С. 279-282.

30. Иудин, Д.И. Методология принципа самоподобия в исследовании видовой структуры биотических сообществ: Автореферат дисс. док. биол. наук: 03.00.16 / Д.И. Иудин. Тольятти, 2006. - 40 с.

31. Карташова, H.B. Влияние загрязнения металлами на равномерность распределения численностей видов зоопланктона/ Н.В. Карташова, А.П. Левич // Человек и биосфера. М.: Изд-во МГУ. 1981. - С. 151-155.

32. Клинические аспекты диагностики и лечения дисбактериоза кишечника в общетерапевтической практике: учебно-методическое пособие /Под ред. В.И. Симаненкова. СПб., -2003.-36 с.

33. Козлова, Е.П. / Е.П. Козлова, Л.П. Семёнова, Г.И. Гончарова и др //Педиатрия. 1977. - №2. - С. 43-49.

34. Красильников, А.П. Микробиологический словарь-справочник / А.П. Красильников. Мн: «Беларусь», 1986. С. 288-289.

35. Кудрин, Б.И. Мои семь различий от Ципфа / Б.И. Кудрин //Общая и прикладная ценология. 2007. - №4. - С. 25-33.

36. Левич, А.П. Структура экологических сообществ / А.П. Левич. М.: Изд-во МГУ, 1980.

37. Ляпунов, Я.Э. Энтеробактерии кишечника зимующих пчел Apis mellifera mellifera L./ Я.Э. Ляпунов, Р.З. Кузяев, Р.Г. Хисматуллин, O.A. Безгодова // Микробиология. 2008. - Т. 77. № 3. - С. 421-428.

38. Максимов, В.Н. Ранговые распределения размерно-морфологических групп микроводорослей в перифитоне и их связь с уровнем загрязнения водоема/

39. B.Н. Максимов, Н.Г. Булгаков, Л.В. Джабруева// Известия АН. 1997. - № 6. - С. 697-704.

40. Малахов, В.В. Вестимениферы автотрофные животные / В.В. Малахов //Соросовский образовательный журнал. - 1997. - №9. - С. 15-25.

41. Малкоч, A.B. Пребиотики и их роль в формировании кишечной микрофлоры / A.B. Малкоч, C.B. Бельмер //Педиатрия. 2009 - Т.87. - №4.1. C. 111-115.

42. Мамонтова, JI.Г. Формирование микрофлоры кишечника новорожденных при разных видах вскармливания / Л.Г. Мамонтова, H.H. Лизько, С.Г. Кривова, В.И. Копылова // Теория и клинические аспекты науки о питании, 1985. Т. 6. - С. 147 -152.

43. Мандельброт, Б. Фрактальная геометрия природы / Б. Мандельброт. -М.:ИКИ, 2002. -656 с.

44. Маргалеф Р. Облик биосферы / Р. Маргалеф. М.: Наука, 1992. -254 с.

45. Маргелис, Л. Роль симбиоза в эволюции клетки / Л. Маргелис. М.: Мир, 1983.-352 с.

46. Маркова, Ю.А. Выделение бактерий семейства Enterobacteriaceae из растительных тканей/ Ю.А. Маркова, A.C. Романенко, A.B. Духанина // Микробиология. 2005. - Т. 74. № 5. - С. 663-666.

47. Микрофлора насекомых / Под. ред. В.И. Полтева, И.Н. Гриценко, А.И. Егоровой и др. Новосибирск.: Наука, Сиб. отд-ние. 1969. - 271 с.

48. Миллер, Г.Г. Биологическое значение ассоциаций микроорганизмов/ Г.Г. Миллер //Вестник РАМН. 2000. - №1. - С. 45-51.

49. Миловидова, О.В. Показатели иммунитета у недоношенных новорожденных при иммунокоррекции внутривенным иммуноглобулином / О.В. Миловидова, A.B. Чуднер, С.Ю. Табачкова // Тез. док. I съезду иммунологов России, 1992. Новосибирск. - С. 302-315.

50. Мэгарран, Э. Экологическое разнообразие и его измерение. Пер. с англ. / Э. Мэгарран. -М.: Мир, 1992. 184 с.

51. Одум, Ю. Экология / Ю. Одум. М.: Мир, 1986. - Т.2. - 376 с.

52. Определитель бактерий Беджи. В 2-х т. Т.1: Пер. с англ./ Под ред. Дж. Хоулта, Н. Крига, П. Снита, Дж. Стейли, С. Уилльямса, М.: Мир. - 1997. - 432 е., ил.

53. Осипов, Г.А. Биопленка или коллективное сообщество микроорганизмов / Г.А. Осипов // Medicus amicus, 2005. № 5.

54. Песенко, Ю.А. Принципы и методы количественного анализа в фаунистических исследованиях / Ю.А. Песенко. М.: Наука, 1982. - 288 с.

55. Пианка, Э. Эволюционная экология / Э. Пианка. М.: Мир, 1981. - 400 с.

56. Поправко, С.А. Растения и пчелы/ С.А. Поправко М.: Агропромиздат, 1985.-240 с.

57. Проворов, Н.А. Метаболическая интеграция организмов в системах симбиоза / Н.А. Проворов, Е.А. Долгих // Журн. общ. биологии. 2006 - Т. 67, № 6.-С. 403 -422.

58. Пузаченко, Ю.Г. Семантические аспекты биоразнообразия / Ю.Г. Пузаченко, А.Ю. Пузаченко // Журн. общ. биол. 1996. - Т. 57, № 1. - С. 1-43.

59. Реброва, О.Ю. Статистический анализ медицинских данных. Применение пакета прикладных программ STATISTICА/О.Ю. Реброва. М.: МедиаСфера, 2002. - 312 с.

60. Савинов, А.Б. Биосистемалогия (системные основы теории эволюции и экологии). Учебное пособие / А.Б. Савинов. Н.Новгород: Изд-во ННГУ, 2006. -205 с.

61. Салимов, P.M. Выделение и выживаемость гафний и шигелл в различных медах/ P.M. Салимов// В сб. науч. тр.: «Повышение продуктивности сельскохозяйст-венных животных». Приморский сельхозинститут, 1978. -Вып. 47. С. 60-66.

62. Симонова, Е.В. Роль нормальной микрофлоры в поддержании здоровья человека / Е.В. Симонова, O.A. Пономарева// Сибирский медицинский журнал. -2008. -№8. С. 20-25.

63. Сироткина, Н.В. Влияние тяжелых металлов на видовую и надвидовую структуру фитопланктонного сообщества Рыбиинского водохранилища/Н.В. Сироткина, А.П. Левич//Человек и биоифера. М.: Изд-во МГУ. 1981. - С. 142 -150.

64. Соколова К.Я. Дисбактериозы: теория и практика / К.Я. Соколова, И.В. Соловьева. Н. Новгород.: НГМА, 1999. - 199 с.

65. Соколова К.Я. Микробиоценоз кишечника новорожденных / К.Я. Соколова, И.В. Соловьева, М.А. Власенко // Вопросы охраны материнства и детства. 1991. -№10.-С. 69-70.

66. Тинцбург, A.JI. «Quorum sensing» или социальное поведение бактерий / А.Л. Тинцбург, Т.С. Ильина, Ю.М. Романова // ЖМЭИ. 2003. - № 5. - С.86-93.

67. Федер, Е. Фракталы. Пер. с англ. / Е. Федер. М.: Мир, 1991. - 260 с.

68. Федоров, В.Д. Ранговое распределение численности фитопланктона Белового моря / В.Д. Федоров, Е.К. Кондрик, А.П. Левин// Докл. АН. 1977. -Т.236. - №1. - С. 264-267.

69. Халафян, А.А. STATISTICA 6. Статистический анализ данных/ А.А. Халафян. М.: «Бином-пресс», 2007. - 512 с.

70. Чечёткина, У.Е. Сравнение пейзажа энтеробактерий медоносных пчёл Apis mellifera mellifera L. в период зимовки и активного медосбора/У.Е. Чечёткина, Н.И. Евтеева, А.И. Речкин// Вестник ННГУ. 2010. - №2(2).1. С.475-478.

71. Шендеров, Б.А. Медицинская микробная экология и функциональное питание: в 3 т. Т.1 Микрофлора человека и животных и ее функции / Б.А. Шендеров. М.: ГРАНТЪ, 1998. - 288 с.

72. Шредер, М. Фракталы, хаос, степенные законы. Миниатюры из бесконечного рая / М. Шредер. Ижевск: НИЦ «Регулярная и хаотическая динамика», 2001. - 528 с.

73. Штейнхауз, Э. Микробиология насекомых/ Э. Штейнхауз. М.: Иностр. литература, 1950. 767 с.

74. Эпштейн-Литвак, Р.В. Бактериологическая диагностика дисбактериоза / Р.В. Эпштейн-Литвак // Методические рекомендации М., 1977. - 20с.

75. Armstrong, А. С. On the fractal dimensions of some transient soil properties / A.C. Armstrong // J. of Soil Science. 1986. - V. 37. - P. 641 - 652.

76. Bary de, A. Die Erscheinung der Symbioses / A. de Bary. Trubker: Strassburg, 1879.-235 p.

77. Besicovitch, A.S. On the sum of digits of real numder represented in the dyadic system (On sets of fractional dimensions II) /A.S. Besicovitch // Mathematische Annalen. 1935.-V.110.-P. 321-330.

78. Bunde, A. Fractals and Disordered Systems / A. Bunde, S. Halvin. Berlin: Springer-Verlag, 1995. - 408 p.

79. Cash, H.L. Commensal bacteria shape intestinal immune system development/ H.L. Cash, L.V. Hooper// ASM news. 2005. - V.71. - №2. - P. 77-83.

80. Cochetiere, M.F. Intestinal microbiota in neonates and preterm infants: a review/ M.F. Cochetiere, C. Rouge, D. Darmaun, J. Ch. Roze, G. Potel, Ch. G. Leguen// Current pediatric reviews. 2007. - №3. - P. 21-34.

81. Costerton, J.W. Bacterial biofilms: a common cause of persistent infections/ J.W. Costerton, P.S. Stewart, E.P. Greenberg // Science, 1999. № 284. - P.1318 -1322.

82. Donlan, R.M. Biofilms: survival mechanisms of clinically relevant microorganisms / R.M. Donlan, J.W. Costerton // Clin. Microbiol, 2002. №15. -P.167-193.

83. Douglas, A.E. Symbiotic interactions / A.E. Douglas. Oxford, New York, Toronto: Oxford Univer. Press, 1994. - 148 p.

84. Dunbar, H. E. Aphid thermal tolerance is governed by a point mutation in bacterial symbionts / H. E. Dunbar, A. C. Wilson, N. R. Ferguson, N. A. Moran // PLoS Biol, 2007. № 5(5). - P. 345-351.

85. Fisher, H.M. Genetic regulation of nitrogen fixation in rhizobia / H.M. Fisher // Micribiol. Review. 1994. - V. 58. - P. 352-386.

86. Gill, S. R. Metagenomic Analysis of the Human Distal Gut Microbiome/ S.R. Gill // Science. 2006. - V. 312. - P. 1355-1359.

87. Goldberg, A. L. Chaos and fractals in human physiology / A.L. Goldberg, R.D. Rigney, J.B. West // Scientific American. Издание на русском языке - В мире науки. М: Мир, 1990. - №4. - С. 25-32.

88. Gotelli, N.J. Quantifying biodiversity: procedures and pitfalls in the measurement and comparison of species richness / N.J. Gotelli, R.K. Colwell // Ecology letters. 2001. - V. 4. - P. 379-391.

89. Haenel, H. Human normal and abdominal gastrointestional flora / H. Haenel, G. Bending //Am.J.Clin.Nutr,1975. V.23. - №11. - P.1433-1168.

90. Hale, TL Shigella: Structure, Classification, and Antigenic Types / TL. Hale, GT Keusch // Baron's Medical Microbiology, 1996. № 10. - P. 15-46.

91. Haslett, J.R. Community structure and the fractal dimensions of mountian habitats / J.R. Haslett // Journal of Theoretical Biology. 1994. - V. 167. - P. 407^111.

92. Hausdorff, F. Dimension und äusseres Mass. / F. Hausdorff // Mathematische Annalen. 1919. - V. 79.-P. 157-179.

93. Hill Gaston JS, Lillicrap MS Arthritis associated with enteric infection // Best practice & research. Clinical rheumatology. — 2003. — T. 17. — C. 219-39.

94. Hill, M.J. Intestinal flora and endogenous vitamin synthesis / MJ. Hill// Cancer Prev, 1997.-№1.-P. 43-45.

95. Hill, M.J. The normal colonic bacterial flora/ M.J. Hill, B.S. Drasar // Symposium on colonic function. 1997. - P. 318-323.

96. Hosokawa, T. Strict host-symbiont cospeciation and reductive genome evolution in insect gut bacteria / T. Hosokawa, Y. Kikuchi, N. Nikoh, M. Shimada, T. Fukatsu // PLoS Biology. 2006. - V.4. - Issue. 10. P. 25-45.

97. Ishibashi, N. Bifidobacteria: their significance in human intestinal health/ N. Ishibashi, T. Yaeshima, H. Hayasawa// Mai J Nutr. 1997. - V.3. - P. 149-159.

98. Janson, S. Measures of ecological association / S. Janson, J. Vegelius // Oecologia. 1981. -V. 49. - P. 371-376.

99. Langer, J. The mosaic evolution of cognitive and linguistic ontogeny/ J. Langer// Language acquisition and conceptual development. 2001. - №3. - P. 19-44.

100. Le Chevallier, M.W. Inactiwation of biofilm bacteria / M.W. Le Chevallier, D. Cawthen, R.G. Lee // Appl. Environm. Microbiol. 1998. - Vol. 54. - № 10. - P. 6880.

101. Lewis, D.H. Microorganisms and plants: the evolution of parasitisms and mutualism / D.H. Lewis // Evolution of microbial world (Proc. 24th Sym p. Soc. General Microbiol.). Cambridge: Univ. Press, 1974. - P. 367-392.

102. Lewis, D.H. Microorganisms and plants: the evolution of parasitisms and mutualism / D.H. Lewis // Evolution of microbial world (Proc. 24th Symp. Soc. General Microbiol.). Cambridge: Univ. Press, 1974. - P. 367-392.

103. MacArthur, R.H. On the relative abundance of species/R.H. MacArthur// Amer. Nat. 1960. - V.94. - P. 25-36.

104. MacFaddin, Jean F. Biochemical tests for identification of medical bacteria / Jean F. MacFaddin // Williams & Wilkins, 1980. P. 441.

105. Mandel, M. J. A single regulatory gene is sufficient to alter bacterial host range / M. J. Mandel, M. S. Wollenberg, E. V. Stabb, K. L. Visick, E. G. Ruby. // Nature. Advance online publication 1 February. 2009.

106. Mark, D.M. Fractal dimension of a coral reef at ecological scales: a discussion / D.M. Mark // Marine Ecology Progress Series. 1984. - V. 14. - P. 293294.

107. Matsuura, S. Colony paterning of Aspergillus oryzae on agar media / S. Matsuura // Mycoscience. 1998. - V. 39. - P. 379-390.

108. Motomura, I. Statistical treatment of association/ I. Motomura// Japan J. Zool. 1932. - V.44. - P. 379-383.

109. Naveh, Z. Ecological and cultural landscape restoration and cultural evolution towards a post-industrial symbiosis between human society and nature / Z. Naveh // Restoration Ecology. 1998. - V. 6, № 2. - P. 135-143.

110. Nussbaumer, A. D. Horizontal endosymbiont transmission in hydrothermal vent tubeworms / A. D. Nussbaumer, Ch. R. Fisher, M. Bright // Nature, 2006. V. 441.-P. 345-348.

111. O'Toole, G.A. Biofilm formation as microbial development / G.A. O'Toole, H.B. Kaplan, R. Kolter // Annu. Rev. Microbiol. 2000. - № 54. - P.49-79.

112. Pielou, E. C. The measurement of diversity in different types of biological collections / E.C. Pielou//J. Theor. Biol. 1966. - V. 13.-P. 131-144.

113. Pond, F.R. R-body producing bacteria / F.R. Pond, I. Gibson, J. Lalucat // Microb. Rev. 1989,- V. 53, № l.-P. 25-67.

114. Probert, H.M. Bacterial biofilms in the human gastrointestinal tract/ H.M. Probert, G.R. Gibson// Curr. Issues intest. Microbial. 2002. - №3. - P. 23-27.

115. Quigley, E.M. Small intestinal bacterial overgrouth: roles of antibiotics, prebiotics and probiotics/ E.M. Quigley, R. Quera// Gastroenterology. 2006. - V.130. - №2. - P. 78-90.

116. Ryan KJ, Ray CG (editors) Sherris Medical Microbiology. — 4th. — McGraw Hill, 2004.

117. Sager, P.E. Species diversity in lacustrine phytoplankton. I. The components of the index of diversity from Shannon's formula / P.E. Sager, A.D. Hasler // Amer. Natur. 1969. - V. 103, №929.-P. 51-59.

118. Sanders, H.L. Marine benthic diversity: a comparative study / H.L. Sanders // Amer. Natur. 1968. - V. 102, № 925. - P. 243 - 282.

119. Salyers, Abigail. A. Human intestinal bacteria as reservoirs for antibiotic resistance genes/ Abigail. A. Salyers, A. Gupta, Y. Wang// Trends in microbiology. -2004.-V.12.-№. 9.-P. 412-416.

120. Savage, D.S. Microbial biota of the human intestine: a tribute to some pioneering scientists// Curr. Issues intest. Microbial. 2001. - №2 (1). - P. 1-15.

121. Shannon, C. E. A mathematical theory of communication / C.E. Shannon // Bell System Technical Journal. 1948. -V. 27. - P. 379^123.

122. Simpson, E. H. Measurement of diversity / E.H. Simpson // Nature. 1949. -V. 163.-688 p.

123. Smith, T.G. Fractal methods and results in cellular biology dimensions, lacunarity and multifractals / T.G. Smith, G.D. Lange, W.B. Marks // J. of Neoroscince Methods. - 1996. - V. 69. - P. 123-136.

124. Southwood, T.R.E. Ecological methods / T.R.E. Southwood. London: Chapman and Hall, 1978.-524 p.

125. Tsuchida, Tsutomu. Symbiotic Bacterium Modifies Aphid Body Color/ Tsuchida Tsutomu, Ryuichi Koga, Mitsuyo Horikawa, Tetsuto Tsunoda, Takashi Maoka, Shogo Matsumoto, Jean-Christophe Simon, Takema Fukatsu. // Science. 2010. - V. 330. - P. 1102-1104.

126. Tsutomu, Tsuchida. Symbiotic Bacterium Modifies Aphid Body Color/ Ryuichi Koga, Mitsuyo Horikawa, Tetsuto Tsunoda, Takashi Maoka, Shogo Matsumoto, Jean-Christophe Simon, Takema Fukatsu // Science.- 2010.- V. 330.- P. 1102-1104.

127. Wang, M. Comparison of bacterial diversity along the human intestinal tract by direct cloning and sequencing of 16S rRNA genes// M. Wang, S. Ahrne, B. Jeppsson, G. Molin// FEMS microbiology ecology. 2005. - № 54. - P. 219-231.

128. Weibel, E.R. Design of biological organisms and fractal geometry / E.R. Weibel // Fractals in biology and medicine. Birkhauser, Baisel. 1994. - P. 68 - 85.

129. Whittaker, R.H. Communities and ecosystems / R.H. Whittaker. N.Y.; L.: Macmillan, 1970. - 162 p.

130. Whittaker, R.H. Evolution and measurement of species diversity / R.H. Whittaker // Taxon. 1972. - V. 21, № 2/3 - P. 213 - 251.

131. Yakimov, V. Multifractal diversity-area relationship at small scales in dune slack plant communities / V. Yakimov, B. Bossuyt, D. Iudin, D. Gelashviliy // Oikos. -2008.-V. 117.-P. 33 -39.