Геномное профилирование образцов глиом у российских пациентов с целью поиска клинически релевантных маркеров тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Варачев Вячеслав Олегович

• Варачев Вячеслав Олегович
• кандидат наук
• 2025

Оглавление диссертации кандидат наук Варачев Вячеслав Олегович

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования

Цель исследования

Задачи исследования:

Научная новизна

Теоретическая и практическая значимость работы

Положения, выносимые на защиту

Методология и методы исследования

Вклад автора

Апробация работы

Структура и объем диссертации

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Молекулярно-генетические характеристики глиом

1.2 Мутации в генах ЮИ1/2

1.3 Характеристика гена ТЕКГ

1.4 Характеристика гена ЕОГЯ

1.5 Характеристика генов Р1К3СА, Р1К3СВ, Р1К3СЯ1

1.6 Характеристика гена РТЕЫ

1.7 Характеристика генов сигнального пути ЯШ: СОКЫ2А и ЯВ1

1.8 Характеристика гена ТР53

1.9 Характеристика гена ЫЕ1

1.10 Характеристика гена ATRX

1.11 Метилирование промотора гена MGMT

2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1 Материалы

2.2 Выделение ДНК и РНК

2.3 Анализ структурных изменений гена EGFR

2.4 Анализ метилирования промотора гена MGMT

2.5 Молекулярное профилирование глиобластом с использованием метода высокопроизводительного секвенирования

2.6 Секвенирование РНК единичных клеток (БсККА-Бед)

2.7 Статистика

2.8 Анализ соматических мутаций в генах ЮИ1/2 с использованием различных подходов: анализа кривых плавления с TaqMan-зондом и технологии биологических микрочипов (биочипов)

3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

3.1 Молекулярное профилирование образцов глиом с использованием метода высокопроизводительного секвенирования, выявление клинически значимых мутаций и структурных перестроек генома

3.1.1 Клинические характеристики пациентов с диффузными глиомами

3.1.2 Геномный ландшафт общей выборки пациентов с глиомами

3.1.3 Сравнение мутационного профиля глиом низкой и высокой степени злокачественности

3.1.4 Анализ клинически релевантных маркеров в образцах глиом

3.1.5 Мутационные профили первичной и рецидивирующей глиобластомы

3.1.6 Клинические и генетические характеристики пациентов со второй первичной глиобластомой

3.2 Анализ выживаемости в группах пациентов с глиомами

3.2.1 Анализ общей выживаемости в группах пациентов с НЗГ и ВЗГ

3.2.2 Анализ общей выживаемости в группе пациентов с ВЗГ ЮИ-дикого типа (глиобластома)

3.3 Сравнительный анализ мутационного профиля образцов опухоли и первичных культур глиобластомы

3.4 Анализ внутриопухолевой гетерогенности глиобластомы методом секвенирования РНК единичных клеток (scRNA-seq)

3.4.1 Вариации числа копий (CNV) и профили экспрессии генов в образцах Gbl и Gb в сравнении с нормальной тканью головного мозга

3.4.2 Клеточный состав образцов опухоли и первичных клеточных культур глиобластомы

3.5 Разработка метода анализа соматических мутаций в генах ЮИ1/2 с использованием технологии биологических микрочипов (биочипов)

3.5.1 Обнаружение мутаций ЮИ1/2 с использованием анализа кривых плавления

с TaqMan-зондом и секвенированием по Сэнгеру

3.5.2. Определение мутаций генов ЮИ1/2 с использованием биочипа

3.5.3 Выявление мутаций ЮИ1 с помощью ИГХ

3.5.4 Апробация метода определения мутаций генов ЮИ1/2 с помощью биочипа с использованием коллекции образцов глиом и краниальных хондроидных опухолей

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ

ЦНС - центральная нервная система

ВОЗ - Всемирная организация здравоохранения

TTFields - Поля для лечения опухолей

IDH - Изоцитратдегидрогеназа

a-KG - a-кетоглутарат

CO2 - диоксид углерод

D-2HG - D-2-гидроксиглутарат

EGFR - Рецептор эпидермального фактора роста

EGF - эпидермальный факторо роста

TGFa - трансформирующим фактором роста a

TKI - ингибиторы тирозинкиназы

ИК - Ионизирующее излучение

SSB - разрывы одноцепочечных ДНК

DSB - двухцепочечные разрывы

HIF-1a - фактор, индуцируемый гипоксией 1-альфа

НАДФ, NADP - Никотинамидадениндинуклеотидфосфат

VEGFR - Рецептор фактор роста эндотелия сосудов

shRNA - Малые РНК

NF-kB - ядерный фактор «каппа-би»

MGMT - 06-метилгуанин-ДНК-метилтрансфераза

CDKN2A - Ингибитор циклинзависимой киназы 2A

CDK4/6- циклин-зависимая киназа 4/6

PTEN - Ген гомолога фосфатазы и тензина

TERT - каталитическая субъединица обратной транскриптазы

TERTp - Промотор TERT

ALT - альтернативное удлинение теломер

CNV - вариация числа копий генов

NF1- Нейрофиброматоз 1 типа

КХО - краниальные хондроидные опухоли

ХМФ - хондромиксоидная фиброма НЗГ - низкодифференцированная глиома ВЗГ - высокодифференцированная опухоль, РРРЕ - ДНК из ткани, фиксированной в парафиновых блоках ПЦР-РВ - ПЦР в реальном времени ОР - Отношение рисков ОШ - отношения шансов ОВ - общая выживаемость ОДГ - олигодендроглиома ДА - диффузная астроцитома ДЭ - дифференциально экспрессирующиеся гены

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность темы исследования

Глиомы составляют приблизительно 80% всех злокачественных опухолей головного мозга и находятся на 17 месте среди онкологических заболеваний по встречаемости во всём мире [1] [2]. В Российской Федерации ежегодно на 100 тыс. человек приходится в среднем 11 новых случаев заболеваний. Это тип опухоли, которая возникает в головном и спинном мозге и формируется из глиальных клеток, которые окружают нервные клетки и помогают им функционировать [3]. Большую часть глиом составляют диффузные глиомы с инфильтративным ростом в паренхиме головного мозга, что делает невозможным полное удаление опухолевых клеток при хирургическом лечении. 5-летняя выживаемость варьирует в зависимости от типа глиомы от 92% до 6,0% [4].

В зависимости от морфологических характеристик различают 4 степени злокачественности глиальных опухолей, наиболее агрессивная и злокачественная форма глиомы - глиобластома имеет 4-ую степень злокачественности [5].

Диффузные глиомы взрослого типа, к которым относится глиобластома, подразделяются на подтипы, в зависимости от наличия мутаций в генах ЮИ1, TERT, EGFR, СОКЫ2А, однако, выделяемые в рамках классификации подтипы глиом представляют собой достаточно неоднородные группы. Поиск новых молекулярных маркеров является важной задачей на пути совершенствования диагностических критериев и определения прогноза в развитии заболевания.

При лечении глиобластомы возникает ряд проблем, связанных с биологией опухоли. Во-первых, глиобластома является крайне гетерогенной опухолью. Она характеризуется наличием клональных и субклональных дифференцированных популяций опухолевых клеток, стволовых клеток глиомы и компонентов микроокружения опухоли, которые влияют на различные клеточные функции, приводящие к опухолевому росту. При элиминации в ходе лечения лишь части клональных популяций клеток, остаётся большой риск рецидива и возникает резистентность к химиопрепаратам. Во-вторых, сложность лечения вызвана наличием иммуносупрессивного окружения, что делает малоэффективным

применение иммунотерапии. В-третьих, сложность лечения состоит в наличие гематоэнцефалического барьера (ГЭБ), который препятствует проникновению химиопрепаратов в зону роста опухоли. На сегодняшний день «золотым стандартом» в лечении глиомы (глиобластомы) является хирургическое удаление опухоли в комбинации с лучевой терапией и химиотерапией темозоламидом. Эффективность такого лечения в большинстве случаев оказывается недостаточной, через 5-8 месяцев развивается рецидив опухоли, а выживаемость, в среднем, составляет 1-2 года [6]. Разработка более эффективных подходов к лечению опухолей мозга и, прежде всего, глиобластомы, делает особенно актуальным поиск молекулярных мишеней в клетках опухоли, которые могли бы стать объектом для молекулярно-направленной терапии.

Цель исследования

Целью работы является поиск клинически значимых молекулярных маркеров глиом на основе геномного профилирования опухоли для диагностики и прогноза заболевания, и разработка высокочувствительного метода определения мутаций генов ЮИ1 и ЮИ2 с использованием технологии биологических микрочипов.

Задачи исследования:

1. Выполнить высокопроизводительное секвенирование парных образцов глиом (ткань опухоли-нормальная ткань) различной степени злокачественности, выявить клинически значимые мутации и структурные перестройки генома у пациентов в российской популяции.

2. Сравнить геномные профили глиом различной степени злокачественности, а также первичной и рецидивирующей глиобластомы ЮИ-дикого типа.

3. Провести анализ выживаемости пациентов с глиомами (глиобластомой) в зависимости от клинических характеристик и наличия клинически значимых мутаций для определения факторов прогноза заболевания у российских пациентов.

4. Выполнить геномное профилирование первичных клеточных культур

глиобластомы, полученных от пациентов, и сравнить с образцами исходной опухоли. Исследовать гетерогенность образцов опухоли и первичных клеточных культур методом секвенирования РНК единичных клеток.

5. Разработать высокочувствительный метод определения мутаций в генах IDH1/2 в образцах опухолевой ткани на основе технологии биологических микрочипов (биочипов). Провести апробацию метода с использованием коллекции образцов глиом и краниальных хондроидных опухолей.

Научная новизна

В ходе данной работы впервые проведено высокопроизводительное секвенирование парных образцов опухоль-норма в репрезентативной выборке российских пациентов с глиомами. Сравнительный анализ геномного профиля глиом низкой и высокой степени злокачественности выявил драйверные мутации и перестройки генома, характерные для разных подтипов глиом у пациентов в российской популяции. По сравнению с ранее полученными данными на других популяциях (The Cancer genome Atlas, TCGA), в выборке российских пациентов с глиобластомой выявлена более низкая частота встречаемости мутаций в генах EGFR и ATRX,, а также делеции CDKN2A/B.

Проведено геномное профилирование уникальной коллекции первичных клеточных культур, полученных из операционного материала опухоли. Показано, что клеточные культуры могут иметь существенные отличия в спектре соматических мутаций по сравнению с исходной опухолью. Методом секвенирования РНК единичных клеток исследован клеточный состав образца опухоли и первичных клеточных культур, как с генотипом исходной опухоли, так и с полностью отличным генотипом. Показано, что в первичных клеточных культурах с генотипом исходной опухоли присутствуют как популяции опухолевых клеток, так и клеток микроокружения, при этом разнообразие типов клеток уменьшается при увеличении времени культивирования. Впервые детально исследованы образцы клеточных культур, имеющие отличный от исходной опухоли спектр мутаций и выявлено преобладание популяций клеток-

предшественников, эндотелиальных клеток и перицитов, что может указывать на происхождение этих культур из клеток перитуморальной зоны.

Разработан биологический микрочип для определения мутаций в генах ЮИ1 и ЮИ2, которые являются важными диагностическими маркерами при глиомах и других типах опухолей, включая хондроидные опухоли. Генотипирование коллекции образцов глиом и краниальных хондроидных опухолей показало высокую чувствительность, эффективность и воспроизводимость разработанного подхода.

Теоретическая и практическая значимость работы

Ввиду быстрого злокачественного роста, агрессивного поведения и высокой гетерогенности такого типа опухоли, как глиобластома, определение молекулярного профиля имеет очень большое значение для прогноза заболевания и выбора тактики лечения. Современная классификация ВОЗ 2021 г. использует достаточно ограниченное число молекулярных маркеров в диагностике глиом и глиобластомы (мутации генов ЮИ1/2, ТЕШ, ЛТЯХ, делеция СБКШЛ/Б, амплификация гена EGFR). Результаты данной работы позволяют расширить представление о влиянии мутаций в других генах на развитие и формирование определенных подтипов глиом, что в перспективе может найти применение в клинической практике для верификации диагноза, оценки прогноза заболевания и выбора терапии. Метод секвенирования РНК единичных клеток позволил получить новые данные о клеточном составе первичных клеточных культур, используемых в качестве модели опухоли, и их эволюции в процессе культивирования.

Полученные данные о спектре и частоте мутаций при различных подтипах глиальных опухолей позволяют уточнить критерии диагностики и могут быть использованы для выбора таргетных препаратов, направленных на определенные молекулярные мишени, при лечении глиом. Анализ общей выживаемости выявил прогностически благоприятные и неблагоприятные клинические и генетические факторы, что может иметь практическое значение при прогнозе течения

заболевания у российских пациентов с глиомами.

Разработанный метод анализа мутаций генов ЮИ1/2 на основе технологии биологических микрочипов в дальнейшем может послужить заделом при создании инструмента для комплексной лабораторной диагностики мутаций генов ЮИ1/2 и мутаций TERTp. Благодаря высокой аналитической чувствительности разработанный подход может быть использован при исследовании образцов жидкостной биопсии.

Положения, выносимые на защиту

1. Наиболее частыми генетическими событиями, ассоциированными с развитием глиом у российских пациентов, являются мутации промотора гена TERT, мутации генов PTEN, TP53, ЮИ1/2, RБ1, EGFR, Ш1, ATRX, Р1К3СА, PIK3R1, делеции локусов PTEN и СБ^2А/Б, амплификация гена EGFR, делеция хромосомы 10, амплификация хромосомы 7. Клинически релевантными маркерами глиобластомы ЮИ-дикого типа могут являться мутации генов PTPN11 (5%), SPTA1 (5%), ЫШ11 (3,7%), БCOR (2,4%), SETD2 (2,4%).

2. В российской популяции мутации генов ЮИ1/2, ATRX и С1С ассоциированы с глиомами низкой степени злокачественности (НЗГ), в то время как мутации промотора гена TERT (TERTp), делеция гена PTEN и амплификация гена EGFR являются маркерами высокозлокачественных глиом (ВЗГ), включая глиобластому IDH-дикого типа. В образцах первично диагностированной глиобластомы по сравнению с рецидивом опухоли повышена частота мутаций TERTp, делеции CDKN2A/Б и альтераций гена EGFR.

3. У российских пациентов с глиобластомой ЮИ-дикого типа наличие предшествующей опухоли другой локализации или мутации TERTp является прогностически неблагоприятным фактором. Повторная операция по поводу рецидива глиобластомы, напротив, улучшает прогноз и ассоциирована с большей продолжительностью жизни.

4. Спектр мутаций в образцах первичных клеточных культур глиобластомы может полностью отличаться от спектра мутаций исходной опухоли. Клеточные культуры, сохраняющие генотип исходной опухоли, включают различные типы опухолевых клеток и клеток микроокружения; клеточные культуры с генотипом, отличным от генотипа опухоли, в основном, формируются из клеток перитуморальной зоны.

5. Метод анализа соматических мутаций в генах ЮИ1/2 с использованием технологии биологических микрочипов и подавлением амплификации аллеля дикого типа позволяет выявлять 0,1% мутантного аллеля на фоне ДНК дикого типа. Мутации в гене ЮИ1 являются диагностическими маркерами таких видов краниальных хондроидных опухолей, как хондросаркомы и хондромы.

Методология и методы исследования

Работа выполнена с использованием современного оборудования и широкого спектра методов молекулярной и клеточной биологии, биохимии. В качестве основных моделей исследования были использованы образцы замороженной ткани опухоли (глиомы); образцы опухоли в парафиновых блоках, фиксированные в формалине (краниальные хондроидные опухоли, глиомы), образцы периферической венозной крови (пациенты с глиомами), первичные культуры глиобластомы, полученные из образцов опухоли пациентов. Для оценки молекулярного профиля глиом были использованы методы: секвенирование нового поколения, секвенирование РНК единичных клеток, биоинформатический анализ результатов секвенирования, анализ кривых плавления с TaqMan-зондом, метод аллель-специфичной гибридизации на биологическом микрочипе, определение уровня метилирования участков хромосом с использованием метода бисульфитной конверсии и ПЦР в реальном времени, метод секвенирования по Сэнгеру, ПЦР в реальном времени, обратная транскрипция с полимеразной цепной реакцией, статистические методы анализа.

Вклад автора

Основные результаты работы получены лично автором или при его непосредственном участии. Вклад автора заключается в планировании и проведении экспериментов, обработке полученных результатов, их анализе и сравнении с имеющимися в литературе данными.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Геномное профилирование образцов глиом у российских пациентов с целью поиска клинически релевантных маркеров»

Апробация работы

Основные положения диссертационной работы были представлены на российских и международных научных конференциях в виде постерных и устных докладов: ESMO Congress 2021 (16-21 сентября 2021 г), VI Всероссийская конференция по молекулярной онкологии (Москва, 21-23 декабря 2021 г), VII Всероссийская конференция по молекулярной онкологии (Москва, 21-23 декабря 2022 г), конференция «Вычислительная биология и искусственный интеллект для персонализированной медицины - 2024» (Москва, 7-9 августа 2024 г).

Статьи в рецензируемых научных журналах

1. Varachev V., Susova O., Mitrofanov A., Naskhletashvili D., Krasnov G., Ikonnikova A., Bezhanova, S., Semenova V., Sevyan N., Prozorenko E., Bekyashev A., Nasedkina T. Genomic Profiling in Glioma Patients to Explore Clinically Relevant Markers. Int. J. Mol. Sci. - 2024. - V. 25. - P. 13004.

2. Varachev V., Shekhtman A., Guskov D., Rogozhin D., Zasedatelev A., Nasedkina T. Diagnostics of IDH1/2 Mutations in Intracranial Chondroid Tumors: Comparison of Molecular Genetic Methods and Immunohistochemistry. Diagnostics. - 2024. - V. 14. - P. 200.

3. Arbatskiy M., Balandin D., Churov A., Varachev V., Nikolaeva E., Mitrofanov A., Bekyashev A., Tkacheva O., Susova O., Nasedkina T. Intratumoral Cell Heterogeneity in Patient-Derived Glioblastoma Cell Lines Revealed by Single-Cell RNA-Sequencing. Int. J. Mol. Sci. - 2024. - V. 25. - P. 8472.

4. Варачев В.О., Гуськов Д.А., Шехтман А.П., Рогожин Д.В., Поляков С.А., Чудинов А.В., Заседателев А.С., Наседкина Т.В. Биологический микрочип для определения соматических мутаций в генах изоцитратдегидрогеназ 1 и 2 // Биоорганическая химия. - 2023. - Т. 49. - №5. - C. 537-542.

5. Варачев В.О., Сусова О.Ю., Митрофанов А.А., Краснов Г.С., Насхлеташвили Д.Р., Аммур Ю.И., Бежанова С.Д., Севян Н.В., Прозоренко Е.В., Бекяшев А.Х., Наседкина Т.В. Структурные изменения гена EGFR в образцах глиобластомы как фактор прогноза и молекулярная мишень для терапии. Успехи молекулярной онкологии. 2024. - Т. 11. - №3. - C. 68-78.

6. Варачев В.О., Гуськов Д.А., Сусова О.Ю., Шехтман А.П., Рогожин Д.В., Суржиков С.А., Чудинов А.В., Заседателев А.С., Наседкина Т.В. Выявление мутаций генов IDH1/2 в образцах опухоли с низкой представленностью мутантного аллеля. Биоорганическая химия. - 2024. - Т. 50. - №5. -С. 683-690.

Тезисы научных конференций

1.Nasedkina T., Varachev V., Susova O., Krasnov G., Poletaeva A., Mitrofanov A.A., Naskhletashvili D., Bekyashev A. Molecular profiling of tumor tissue and tumor-derived cell lines in patients with glioblastoma. Ann Oncol. (2021), 32, S519 (Тезисы конгресса ESMO, 16-21 сентября 2021 г.)

2. Варачев В.О., Шехтман А.П., Гуськов Д.А., Рогожин Д.В., Наседкина Т.В. Мутации IDH1/2 в диагностике хондроидных опухолей. Успехи молекулярной онкологии (2021), Т.8, №4 (Приложение), С. 83-84 (Тезисы VI Всероссийской конференции по молекулярной онкологии, Москва, 21-23 декабря 2021 г.)

3. Варачев В.О., Сусова О.Ю., Митрофанов А.А., Аммур Ю.И., Краснов Г.С., Бекяшев А.Х., Наседкина Т.В. Исследование мутационного профиля глиом в целях поиска диагностических и прогностических маркеров опухоли. Успехи молекулярной онкологии (2022), Т. 9, №4, (Приложение), С. 59-60 (Тезисы VII Всероссийской конференции по молекулярной онкологии, Москва, 21 -23 декабря 2021 г.)

4. Арбатский М.С., Баландин Д.Е., Чуров А.В., Варачев В.О., Сусова О.Ю., Наседкина Т.В. Использование нескольких баз данных для изучения внутриопухолевой клеточной гетерогенности первичных клеточных линий глиобластомы, выявленной с помощью scRNA-seq. (Тезисы конференции «Вычислительная биология и искусственный интеллект для персонализированной медицины - 2024», 7-9 августа 2024, С. 17-18).

Структура и объем диссертации

Диссертационная работа состоит из введения, основной части (Обзор литературы, Материалы и методы, Результаты и обсуждение), заключения, выводов и списка литературы. Работа изложена на 166 страницах машинописного текста, содержит 42 рисунка и 25 таблиц. Список литературы включает 404 источника.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1 Молекулярно-генетические характеристики глиом

Последние достижения в области геномных технологий привели к лучшему пониманию ключевых молекулярных изменений, лежащих в основе развития глиом. Изначально при диагностике глиомы учитывали лишь гистологические признаки и по ним глиомы разделяли на астроцитомы, олигодендроглиомы и глиобластомы. Но начиная с классификации Всемирной организацией здравоохранения (ВОЗ) 2016 г., на первый план в диагностике глиом стали выходить молекулярные изменения.

Текущая классификация ВОЗ принята в 2021 году. В классификации ВОЗ 2021 г. выделены четыре основные группы диффузных глиом: 1) диффузные глиомы взрослого типа, 2) диффузные глиомы низкой степени злокачественности детского типа, 3) диффузные глиомы высокой степени злокачественности детского типа и 4) ограниченные астроцитарные глиомы [7].

Несмотря на то, что вопросы классификации глиом до конца не решены, бесспорным является то, что глиомы с мутациями в генах ЮИ1/2 четко отличаются от глиом без мутации ЮИ1/2 в отношении молекулярных и клинических признаков, включая прогноз, что нашло отражение в классификации ВОЗ 2021. Также помимо мутаций в генах ЮИ1/2, были выделены другие клинически значимые генетические и эпигенетические маркеры глиом, представленные такими изменениями как, мутации и амплификация гена ЕОЕЯ, метилирование промотора гена ЫОЫТ и мутации промотора гена ТЕКТ. Эти маркеры включены в последнюю систему классификации и, как предполагается, обеспечивают более точный процесс принятия клинических решений.

Глиомы составляют около 25% всех первичных опухолей головного мозга и несколько чаще встречаются у мужчин, чем у женщин [8]. Глиомы обычно локализуются в полушариях головного мозга, но могут быть обнаружены и в любых других областях мозга. У пациентов с глиомой быстро развиваются симптомы из-за массового воздействия самой опухоли или жидкости, окружающей опухоль (отек), которая вызывает дальнейшее набухание мозга.

Например, общие симптомы при постановке диагноза связаны с повышенным давлением в головном мозге (тошнота, рвота и сильные головные боли, которые обычно усиливаются по утрам). Пациенты также могут иметь неврологические симптомы, которые зависят от местоположения опухоли (например, слабость или сенсорные изменения лица, руки или ноги, трудности с равновесием и нейрокогнитивные проблемы/проблемы с памятью). Другое распространенное проявление включает судороги [9,10].

Лечение глиом вызывает большие трудности, в том числе, из-за высокой внутриопухолевой гетерогенности. Часть опухолевых клеток может хорошо реагировать на определенные методы лечения, в то время как другие могут быть резистентны. До сих пор, при назначении таргетной терапии для лечения глиом используют препараты, предназначающиеся для других опухолей, так как не была показана их эффективности при лечении глиом.

Большую роль в развитии и прогрессировании глиальных опухолей играет микроокружение, которое включает опухолевые клетки, а также клетки иммунной системы и стромальной ткани. Клетки иммунной составляющей включают макрофаги, ассоциированные с опухолью (МАО), микроглию, регуляторные Т-клетки, супрессорные клетки миелоидного происхождения, Т-лимфоциты, естественные киллеры (КЫК-клетки) и дендритные клетки. Клетки стромальной ткани включают перициты, стволовые клетки и нейральные стволовые клетки [11].

Микроглия представляет собой фагоциты, находящиеся в мозге и действующие в качестве основной формы иммунной защиты в центральной нервной системе. Микроглия происходит из макрофагов желточного мешка, которые мигрируют в ЦНС на ранних этапах эмбриогенеза, и играет важную роль в развитии мозга и поддержании его гомеостаза. Она также имеет решающее значение для восстановления повреждений в центральной нервной системе. Микроглия является частью микроокружения глиомы и играет важную роль в инициировании и поддержании роста и распространения опухоли. Микроглия также может выступать в качестве эффекторных клеток при лечении глиом [12].

МАО составляют крупнейший компонент иммунного микроокружения опухоли [11]. Существует несколько подтипов МАО, наиболее распространенными из которых являются M1- и М2-МАО. В зависимости от подтипа, между МАО и опухолевыми клетками запускаются различные взаимодействия; М2-МАО индуцируют проопухолевое микроокружение и способствуют росту опухоли, в то время как M1 -МАО индуцируют противоопухолевые эффекты [13]. Подобно МАО, T-клетки составляют основную часть опухолевого иммунного микроокружения (tumor immune microenviroment, TIME) и выполняют различные функции. Активированные CD8 T-клетки, также известные как цитотоксические T-лимфоциты, играют важную роль в противоопухолевом иммунитете. Рекрутинг, пролиферация и эффекторная функция CD8 T-клеток усиливаются опухолеспецифическими CD4 T-клетками, которые находятся в иммунном микроокружении опухоли [14]. С другой стороны, заметным фактором иммуносупрессивного микроокружения глиом является популяция подмножества регуляторных T-клеток, обычно называемая T-reg. Дендритные клетки (ДК) являются мощными клетками противоопухолевого действия, которые генерируют иммунный ответ посредством представления опухолевых антигенов Т-клеткам [15]. В-лимфоциты также являются эффективными антигенпрезентирующими клетками, которые действуют для усиления клональной экспансии опухолеспецифических Т-лимфоцитов, усиливая противоопухолевый ответ [16]. Другие противоопухолевые клетки включают нейтрофилы, которые являются участниками врожденной иммунной системы. Их присутствие в иммунном микроокружении опухоли было связано с развитием резистентности к анти-УЕОБ-терапии, такой как бевацизумаб, и более высокой скоростью метастазирования [17]. Естественные киллеры или NK-клетки также играют важную роль в иммунном ответе против опухолей и считаются мостом между врожденной и адаптивной иммунной системой. В дополнение к их независимой цитолитической активности они могут усиливать противоопухолевый ответ, вызванный Т-клетками CD8 и ДК в микроокружении глиомы [18,19]. Помимо клеточной составляющей, важную роль в модуляции

состава иммунного микроокружения опухоли играют также различные цитокины (например, хемокины, иммунодепрессивные факторы, ангиогенные факторы) [20].

Первым шагом в лечении глиомы является хирургическая процедура для постановки диагноза, снятия давления на мозг и безопасного удаления как можно большего количества опухоли. Большую часть глиом составляют диффузные глиомы с инфильтративным ростом в паренхиме головного мозга, что делает невозможным полное удаление опухолевых клеток при хирургическом лечении. Это особенно важно, когда опухоли растут рядом с важными областями мозга, которые контролируют такие функции, как язык и движение (координация). Лучевая- и химиотерапия используются для замедления роста остаточной опухоли после операции и для опухолей, которые нельзя удалить хирургическим путем. Поля для лечения опухолей (ТТЕ1еШз) также могут быть предложены в сочетании с химиотерапией.

Успех в лечении впервые выявленной глиомы зависит от ряда факторов, включая молекулярные биомаркеры (статус метилирования промотра гена МОМГ и мутации генов ЮИ1/2) и возраст. На сегодняшний день «золотым стандартом» в лечении глиом является хирургическое удаление опухоли в комбинации с лучевой терапией и химиотерапией темозоламидом. Эффективность такого лечения в большинстве случаев оказывается недостаточной, в подавляющем большинстве случаев через 5-8 месяцев опухоль рецидивирует, а выживаемость, в среднем, составляет 1-2 года [6]. Рецидивирующие глиомы лечат в зависимости от реакции пациента на начальное лечение и скорости прогрессии заболевания [9,10].

Патологи давно наблюдали меж- и внутриопухолевую гетерогенность глиом и, в частности, глиобластомы. Выявление разнообразных форм клеток в образцах глиобластомы нашло отражение в названии этой опухоли - «мультиформная глиобластома» [21-23]. Гетерогенность может проявляться как в виде различного спектра мутаций и структурных вариаций генома, и в различных паттернах экспресии генов [24]. Внутриопухолевая гетерогенность также охватывает незлокачественные клетки в микроокружении опухоли, включая нейрональные, глиальные и иммунные популяции, которые могут функционально

взаимодействовать со злокачественными клетками и способствовать эволюции опухоли. Высокопроизводительные протеомные исследования большой выборки опухолей глиомы также показали большое разнообразие среди пациентов, разделяя их на десятки подгрупп [25,26].

В 2008 году на основании исследований в рамках проекта The Cancer Genome Atlas (TCGA) была предложена классификация глиобластомы на 4 подтипа в зависимости от особенностей их экспрессионного профиля: классический, пронейрональный, нейрональный и мезенхимальный. Эти подтипы были первоначально выделены для классификации пациентов и развития персонализированных подходов к лечению. Позднее, с помощью анализа транскриптома образцов из различных мест одной и той же опухоли было показано одновременное присутствие в образце нескольких подтипов [27,28].

Исследования транскриптома единичных клеток выявило сложный клеточный состав глиальных опухолей, более того, было показано, что существование различных клеточных субпопуляций лежит в основе пластичности опухоли, что приводит к резистентности по отношению к химиопрепаратам [29], ингибиторам RTK [30] или радиотерапии [31]. С использованием культур нейросфер, полученных от пациентов, было показано, что различные регионы внутри опухолевой ткани могут иметь различную степень радиочувствительности [32]. Кроме того, такие факторы микросреды, как гипоксия, ацидоз и активные формы кислорода, могут произвольно вызывать генетическую нестабильность и приводить к формированию de novo клеточных субпопуляций, устойчивых к терапии [33]. Выявление вновь появляющихся клеточных субпопуляций в качестве ответа на химиотерапию и поиск вариантов таргетного воздействия на эволюционирующие клоны может быть эффективным методом снижения развития лекарственной резистентности, как это было продемонстрировано на других видах рака [34].

Среди диффузных глиом взрослого типа выделяют следующие подтипы: астроцитома, с мутацией IDH; олигодендроглиома, с мутацией IDH и коделецией 1p/19q; и глиобластома, IDH-дикий тип. Диффузные астроцитомы с мутацией IDH

классифицируются по степени злокачественности 2-4. Кроме того, если диффузная астроцитома с мутацией ЮИ содержит гомозиготную делецию СБКЫ2А/Б, ее определяют как глиому 4 степени злокачественности, даже при отсутствии таких гистологических признаков, как некроз и микроваскулярная пролиферация.

Для того, чтобы определить диффузную астроцитарную глиому ЮИ- дикого типа как глиобластому необходимо наличие одного из следующих критериев: микроваскулярная пролиферация или некроз, или мутация промотора ТЕЯТ, или амплификация гена ЕОЕЯ, или изменения числа копий хромосом +7/-10. Если опухоль ЮИ-дикого типа не проявляет ни одного из этих гистологических или молекулярных признаков (например, имеет более низкую степень злокачественности, чем глиобластома (степень 4 по классификации ВОЗ), ее следует классифицировать как диффузную астроцитому, БДУ (без дальнейших уточнений) [35] (табл.1) [36].

Таблица 1. Сравнение классификаций глиомы ВОЗ 2016 и 2021 годов (Grade - степень злокачественности).

Гистология ВОЗ 2016 ВОЗ 2021

Подтип опухоли Grade Подтип опухоли Grade

Олигодендроглиома Олигодендроглиома с мутацией ЮИ и коделецией 1р/19д II Олигодендроглиома с мутацией IDH и коделецией 1p/19q 2

Анапластическая олигодендроглиома Анапластическая олигодендроглиома, с мутацией ЮИ и коделецией 1р/19д III Олигодендроглиома, с мутацией IDH и коделецией 1p/19q 3

Диффузная астроцитома Диффузная астроцитома с диким типом ЮИ- или с мутацией ЮИ II Астроцитома с мутацией IDH 2

Анапластическая Анапластическая III Астроцитома с мутацией 3

астроцитома астроцитома с диким типом ЮИ или с мутацией ЮИ ЮИ

Глиобластома Глиобластома с диким типом ЮИ или с мутацией ЮИ IV Глиобластома с диким типом ЮИ 4

Астроцитома Астроцитома с мутацией ЮИ и гомозиготной делецией СБт2Л/Б 4

Астроцитома Глиобластома ЮИ - дикого типа, с мутацией промотора ТЕЯТ, или амплификацией ЕОГЯ, или амплификацией хромосомы 7/делецией хромосомы /10 4

Далее мы рассмотрим основные молекулярные маркеры глиом.

1.2 Мутации в генах ЮИ1/2

Изоцитратдегидрогеназы 1 и 2 (ГОН1 и ГОН2) являются важными ферментами клеточного дыхания в цикле трикарбоновых кислот. Повторяющиеся соматические мутации в аминокислотных остатках аргининов активного сайта ЮИ (а именно, ГОШ-ЯШ, ГОН2^140 и ГОШ-ЯШ) играют роль в онкогенезе, поддержании клеток опухоли и их пролиферации. Мутации ЮИ распространены в таких опухолях, как, острый миелоидный лейкоз, ангиоиммунобластные лимфомы, хондросаркома и глиома [37].

Существует три изоформы ГОН: ГОН1, ГОН2 и ГОН3. ГОШ в основном обнаруживается в пероксисомах и цитозоле, а ГОН2 и ГОН3 расположены в митохондриях. Ферменты ГОН1 и ГОН2 катализируют НАДФ + -зависимое окислительное декарбоксилирование изоцитрата до а-кетоглутарата (a-KG) с образованием диоксида углерода (С02) и НАДФН[38] (рис. 1).

Рисунок 1. Перепрограмирование метаболических путей клетки при наличии мутации IDH. Адаптировано из работы Han с соавторами, 2020.

Повторяющиеся соматические точечные мутации обычно возникают в одном аминокислотном остатке IDH1 (аргинин 132 (R132)), либо в аргинине 172 (R172) или аргинине 140 (R140) IDH2 [39]. Мутации IDH относятся к мутациям, усиливающим функции, и приводят к увеличению конверсии a-KG в D-2-гидроксиглутарат (D-2HG) (рис.1) [38]. D-2HG увеличивает пролиферацию опухоли и метастазирование, что может быть связано с метилированием ДНК и активацией VEGFR [40-42]. Было обнаружено, что уровни 2-HG значительно повышены в глиоме с мутацией в гене IDH1 по сравнению с клеточными линиями дикого типа [43,44]. В эмбриональных клетках почек человека линии 293T, мутации в генах IDH1 или IDH2 повышали уровень 2HG, что было связано с увеличением метилирования гистонов и нарушением дифференцировки клеток [45-47].

Мутантный белок ГОН1 создает гетеродимер с ГОН1 дикого типа, который ингибирует активность дикого типа и снижает количество а-KG. Считалось, что гетеродимеризация дикого типа и мутантного ГОН1 в цитоплазме обеспечивает мутантную субъединицу локальным источником a-KG, который затем может метаболизироваться до 2HG [48]. Кроме того, пониженные уровни а-КО, возможно, уменьшают деградацию фактора, индуцируемого гипоксией 1а (НШ-1а), что увеличивает ангиогенез и, следовательно, повышает онкогенный потенциал клеток. В линии клеток глиомы U-87MG нокдаун shRNA гена ЮИ1 увеличивал экспрессию НШ-1а и VEGF. Напротив, сверхэкспрессия ГОН1 дикого типа снижает экспрессию НШ-1а. Этот результат предполагает, что снижение а-KG, вызванное наличием мутантной формы ГОН, стабилизирует НШ-1а и приводит к аберрантной клеточной пролиферации [49].

Данные секвенирования выборок различных опухолей показали, что гены ЮИ1 и ЮИ2 постоянно мутируют при различных типах рака, таких как глиома, острый миелоидный лейкоз, хондросаркома, холангиокарцинома. Процент соматических мутаций ЮИ1 превышает 70% в глиомах 2-3 степени и астроцитомах 4 степени злокачественности [50].

При исследовании времени возникновения различных генетических изменений в глиомах показано, что, мутации в гене ЮИ1 происходят до приобретения мутаций ТР53, коделеции 1p/19q и изменений числа копий генов РТЕЫ и ЕОЕЯ, таким образом, они являются очень ранними генетическими событиями [51,52]. Кроме того, статус мутации ЮИ поддерживался в >80% глиом низкой степени злокачественности во время прогрессирования, что позволяет предположить, что это стабильное молекулярное событие, которое сохраняется, во время трансформации глиомы низкой степени злокачественности в более агрессивные астроцитомы [53]. Мутационный статус ЮИ поддерживался в 95% рецидивирующих глиом [54]. Исследование на модели ксенотрансплантата мыши с мутацией гена ЮИ1 показало, что для поддержания роста клеток глиомы требуется постоянная экспрессия мутантного белка ГОН1, в то время как

фармакологическое ингибирование мутантной формы может привести к подавлению роста опухоли и индукции дифференцировки [55].

Клинические исследования показывают, что мутация гена ЮИ1 является независимым и благоприятным прогностическим маркером глиом 2-4 степени злокачественности [53,56,57]. В отсутствие одобренных методов таргетной терапии, глиомы с мутациями в генах ЮИ в настоящее время лечатся в соответствии со стандартами лечения в зависимости от типа опухоли. Пациенты с глиомами 3 степени злокачественности с мутацией в гене ЮИ1 имеют лучший ответ на химиотерапию, чем опухоли дикого типа [58,59] а опухоли 2 и 3 степени имеют лучший ответ на химиотерапию вместе с лучевой терапией по сравнению с одной только лучевой терапией [56,60,61].

Методы, которые могут точно определять мутационный статус ЮИ очень важны, поскольку прогноз заболевания и общая выживаемость сильно зависят от наличия мутации в генах ЮИ1/2. Одним из наиболее распространенных методов определения мутаций в генах ЮИ является прямое секвенирование по Сэнгеру. Прямое секвенирования считается золотым стандартом и наиболее надежным методом определения мутационного статуса генов ЮИ по сравнению с ИГХ [62]. Однако, гетерогенность глиом и сложный клеточный состав, включающий микроокружение опухоли, могут приводить в совокупности к низкому числу мутантного аллеля ЮИ [27] [63], в то время как метод секвенирования по Сэнгеру обладает ограниченной чувствительностью и позволяет достоверно определять мутацию, если количество мутантных клеток в образце составляет около 15-20% .

Поскольку эпигенетические эффекты мутаций ЮИ в конечном итоге приводят к подтипу опухоли О-СТМР (глиома с фенотипом метилирования многих CpG-островков) [64], несколько исследовательских групп определили метиломное профилирование как альтернативный метод диагностики [65,66]. Различие в общих паттернах метилирования опухолевых клеток при наличии и отсутствии мутации в генах ЮИ1/2 можно использовать для дифференциации генома дикого типа ЮИ и мутантного генома ЮИ [70]. Эпигенетика также может служить показателем изменений в течении заболевания, поскольку было

обнаружено, что общий уровень метилирования снижается во время прогрессирования [67]. Еще одним преимуществом анализа метилирования является то, что он может быть дополнительно использован для классификации на типы опухолей на основе эпигенетических маркеров (например, астроцитома или олигодендроглиома) [66].

Для обнаружения мутаций ЮИ часто адаптируют различные методы амплификации, обладающие чувствительностью, достаточной для обнаружения относительно низкого числа копий на высоком фоне нецелевых нуклеиновых кислот. Обнаружение мутаций генов ЮИ1/2 на основе различных методов ПЦР включает различные варианты, такие как цифровая капельная ПЦР (ёёРСЯ) [68], количественная ПЦР в реальном времени [69] и мультиплексная ПЦР, сопряженную с анализом БКаРБ^ [70]. Также для детекции мутаций ЮИ были разработаны методы с использованием эмульсионной ПЦР и магнитных частиц [71]. Аллель-специфическая ПЦР с использованием TaqMan-зондов была применена для обнаружения мутаций генов ЮИ1/2 в образцах ББРЕ и крови [72]. С помощью этого метода была продемонстрирована возможности проведения жидкой биопсии у пациентов для определения мутационного статуса ЮИ перед хирургической резекцией.

Для диагностики мутаций генов ЮИ1 в клинической практике часто используется метод иммуногистохимии (ИГХ), когда окрашенные гематоксилином и эозином срезы тканей обрабатывают моноклональными антителами, специфичными для ГОН1-К132Н. Образцы обычно представляют собой срезы FFPE или замороженные срезы; однако было обнаружено, что замороженные срезы в некоторых случаях дают ложноположительные результаты [73], также используют различные варианты специфичных антител [74,75]. ИГХ является особенно удобным методом диагностики мутаций ЮИ с клинической точки зрения, поскольку антитело можно применять и оценивать наряду с рутинным гистологическим анализом, часто используемым для получения информации о ядерной атипии, митотической активности, микрососудистой пролиферации и некрозе в опухоли [76]. Тем не менее, метод ИГХ крайне

чувствителен к качеству анализируемого образца, также может наблюдаться кросс-реактивность препаратов антител, что приводит к ложноположительным результатам.

1.3 Характеристика гена TERT

Теломераза представляет собой холофермент, состоящий из матрицы РНК (TERC) и каталитической субъединицы обратной транскриптазы (TERT) [77]. Ген TERT инактивирован в большинстве соматических клеток и реактивируется в раковых клетках, наделяя их неограниченной способностью к пролиферации. Хотя активность TERT регулируется главным образом на уровне транскрипции, она также может изменяться посредством сплайсинга, с помощью посттрансляционных модификаций или внутриклеточного трафика [78-83].

Промотор гена TERT (TERTp) содержит сайты связывания для множества активаторов транскрипции, включая Sp-1, c-Myc, фактор, индуцированный гипоксией (HIF), AP-2, Р-катенин, NF-kB, E-26 (Ets) / члены семейства факторов тройного комплекса (TCF) и репрессоры транскрипции[78-82,84-86]. Изменение уровня экспрессии гена TERT может быть осуществляться вариацией числа копий генов (CNV), структурными вариантами TERT или TERTp, хромосомными перестройками, сопоставляющими TERTp с энхансерными элементами, клеточными и вирусными онкогенами, такими как вирус гепатита B (HBV) X (HBx) или вирус папилломы человека высокого риска [87-92]. Повышенное метилирование TERTp обычно регистрируется в >50% опухолей и клеточных линий, экспрессирующих TERT, что противоположно обычной супрессорной роли метилирования ДНК [93-98]. Эпигенетическая регуляция TERTp основана на изменении паттернов метилирования определенных регионов. Гипометилирование области между -200 и -100 от сайта начала транскрипции (Transcription Start Site, TSS), охватывающей основной промотор, делает возможным связывание c-Myc и Sp-1 и, тем самым, реактивирует транскрипцию гена TERT. Напротив, область, охватывающая экзон 1 (положения от +1 до ± 100 от TSS), содержит сайт связывания для транскрипционного фактора CTCF,

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Варачев Вячеслав Олегович, 2025 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Bray F. et al. Global cancer statistics 2022: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries // CA A Cancer J Clinicians. 2024. Vol. 74, № 3. P. 229-263.

2. Ostrom Q.T. et al. CBTRUS Statistical Report: Primary Brain and Other Central Nervous System Tumors Diagnosed in the United States in 2011-2015 // Neuro Oncol. 2018. Vol. 20, № suppl_4. P. iv1-iv86.

3. Mamelak A.N., Jacoby D.B. Targeted delivery of antitumoral therapy to glioma and other malignancies with synthetic chlorotoxin (TM-601) // Expert Opin Drug Deliv. 2007. Vol. 4, № 2. P. 175-186.

4. Ostrom Q.T. et al. CBTRUS Statistical Report: Primary Brain and Other Central Nervous System Tumors Diagnosed in the United States in 2012-2016 // Neuro Oncol. 2019. Vol. 21, № Suppl 5. P. v1-v100.

5. Amin M.B. et al. The Eighth Edition AJCC Cancer Staging Manual: Continuing to build a bridge from a population-based to a more "personalized" approach to cancer staging // CA Cancer J Clin. 2017. Vol. 67, № 2. P. 93-99.

6. Nabors L.B. et al. NCCN Guidelines Insights: Central Nervous System Cancers, Version 1.2017 // J Natl Compr Canc Netw. 2017. Vol. 15, № 11. P. 1331-1345.

7. Osborn A.G. et al. The 2021 World Health Organization Classification of Tumors of the Central Nervous System: What Neuroradiologists Need to Know // AJNR Am J Neuroradiol. 2022. Vol. 43, № 7. P. 928-937.

8. Stabellini N. et al. Sex Differences in Time to Treat and Outcomes for Gliomas // Front. Oncol. 2021. Vol. 11. P. 630597.

9. Gliomas [Electronic resource]. 2022. URL: https://www.hopkinsmedicine.org/health/conditions-and-diseases/gliomas (accessed: 28.11.2024).

10. Glioma - Symptoms and causes [Electronic resource] // Mayo Clinic. URL: https://www.mayoclinic.org/diseases-conditions/glioma/symptoms-causes/syc-20350251 (accessed: 28.11.2024).

11. Quail D.F., Joyce J.A. The Microenvironmental Landscape of Brain Tumors // Cancer Cell. 2017. Vol. 31, № 3. P. 326-341.

12. Cole A.P. et al. Microglia in the Brain Tumor Microenvironment // Tumor Microenvironment / ed. Birbrair A. Cham: Springer International Publishing, 2020. Vol. 1273. P. 197-208.

13. Kennedy B.C. et al. Tumor-Associated Macrophages in Glioma: Friend or Foe? // Journal of Oncology. 2013. Vol. 2013. P. 1-11.

14. Han S. et al. Tumour-infiltrating CD4+ and CD8+ lymphocytes as predictors of clinical outcome in glioma // Br J Cancer. 2014. Vol. 110, № 10. P. 2560-2568.

15. Hdeib A., Sloan A.E. Dendritic cell immunotherapy for solid tumors: evaluation of the DCVax® platform in the treatment of glioblastoma multiforme // CNS Oncol. 2015. Vol. 4, № 2. P. 63-69.

16. Candolfi M. et al. B Cells Are Critical to T-cell—Mediated Antitumor Immunity Induced by a Combined Immune-Stimulatory/Conditionally Cytotoxic Therapy for Glioblastoma // Neoplasia. 2011. Vol. 13, № 10. P. 947-IN23.

17

18

19

20

21

22

23

24

25

26

27

28

29

30

31

32

Liang W., Ferrara N. The Complex Role of Neutrophils in Tumor Angiogenesis and Metastasis // Cancer Immunology Research. 2016. Vol. 4, № 2. P. 83-91. Galon J. et al. Towards the introduction of the 'Immunoscore' in the classification of malignant tumours // The Journal of Pathology. 2014. Vol. 232, № 2. P. 199-209. Pellegatta S. et al. The natural killer cell response and tumor debulking are associated with prolonged survival in recurrent glioblastoma patients receiving dendritic cells loaded with autologous tumor lysates // OncoImmunology. 2013. Vol. 2, № 3. P. e23401.

Yeo E.C.F. et al. The Role of Cytokines and Chemokines in Shaping the Immune Microenvironment of Glioblastoma: Implications for Immunotherapy // Cells. 2021. Vol. 10, № 3. P. 607.

Black J.R.M., McGranahan N. Genetic and non-genetic clonal diversity in cancer evolution // Nat Rev Cancer. 2021. Vol. 21, № 6. P. 379-392. Nicholson J.G., Fine H.A. Diffuse Glioma Heterogeneity and Its Therapeutic Implications // Cancer Discovery. 2021. Vol. 11, № 3. P. 575-590. Marusyk A., Janiszewska M., Polyak K. Intratumor Heterogeneity: The Rosetta Stone of Therapy Resistance // Cancer Cell. 2020. Vol. 37, № 4. P. 471-484. Wu W. et al. Glioblastoma multiforme (GBM): An overview of current therapies and mechanisms of resistance // Pharmacological Research. 2021. Vol. 171. P. 105780.

Flashner-Abramson E. et al. Decoding cancer heterogeneity: studying patient-specific signaling signatures towards personalized cancer therapy // Theranostics. 2019. Vol. 9, № 18. P. 5149-5165.

Kravchenko-Balasha N. et al. A Thermodynamic-Based Interpretation of Protein Expression Heterogeneity in Different Glioblastoma Multiforme Tumors Identifies Tumor-Specific Unbalanced Processes // J. Phys. Chem. B. 2016. Vol. 120, № 26. P. 5990-5997.

Sottoriva A. et al. Intratumor heterogeneity in human glioblastoma reflects cancer evolutionary dynamics // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2013. Vol. 110, № 10. P. 4009-4014.

Puchalski R.B. et al. An anatomic transcriptional atlas of human glioblastoma // Science. 2018. Vol. 360, № 6389. P. 660-663.

Qazi M.A. et al. Intratumoral heterogeneity: pathways to treatment resistance and relapse in human glioblastoma // Annals of Oncology. 2017. Vol. 28, № 7. P. 14481456.

Snuderl M. et al. Mosaic Amplification of Multiple Receptor Tyrosine Kinase Genes in Glioblastoma // Cancer Cell. Elsevier, 2011. Vol. 20, № 6. P. 810-817. Bao S. et al. Glioma stem cells promote radioresistance by preferential activation of the DNA damage response // Nature. 2006. Vol. 444, № 7120. P. 756-760. McAbee J.H. et al. Detection of glioblastoma intratumor heterogeneity in radiosensitivity using patient-derived neurosphere cultures // J Neurooncol. 2020. Vol. 149, № 3. P. 383-390.

33. Gillies R.J., Verduzco D., Gatenby R.A. Evolutionary dynamics of carcinogenesis and why targeted therapy does not work // Nat Rev Cancer. 2012. Vol. 12, № 7. P. 487-493.

34. Alkhatib H. et al. Computational quantification and characterization of independently evolving cellular subpopulations within tumors is critical to inhibit anti-cancer therapy resistance // Genome Med. 2022. Vol. 14, № 1. P. 120.

35. Louis D.N. et al. The 2021 WHO Classification of Tumors of the Central Nervous System: a summary // Neuro-Oncology. 2021. Vol. 23, № 8. P. 1231-1251.

36. Huang L.E. Impact of CDKN2A/B Homozygous Deletion on the Prognosis and Biology of IDH-Mutant Glioma // Biomedicines. 2022. Vol. 10, № 2. P. 246.

37. Clark O., Yen K., Mellinghoff I.K. Molecular Pathways: Isocitrate Dehydrogenase Mutations in Cancer // Clinical Cancer Research. 2016. Vol. 22, № 8. P. 1837-1842.

38. Han S. et al. IDH mutation in glioma: molecular mechanisms and potential therapeutic targets // Br J Cancer. 2020. Vol. 122, № 11. P. 1580-1589.

39. Parsons D.W. et al. An Integrated Genomic Analysis of Human Glioblastoma Multiforme // Science. 2008. Vol. 321, № 5897. P. 1807-1812.

40. Dang L. et al. Cancer-associated IDH1 mutations produce 2-hydroxyglutarate // Nature. 2009. Vol. 462, № 7274. P. 739-744.

41. Zhao S. et al. Glioma-Derived Mutations in IDH1 Dominantly Inhibit IDH1 Catalytic Activity and Induce HIF-1a // Science. 2009. Vol. 324, № 5924. P. 261265.

42. Ward P.S. et al. The Common Feature of Leukemia-Associated IDH1 and IDH2 Mutations Is a Neomorphic Enzyme Activity Converting a-Ketoglutarate to 2-Hydroxyglutarate // Cancer Cell. 2010. Vol. 17, № 3. P. 225-234.

43. Noushmehr H. et al. Identification of a CpG Island Methylator Phenotype that Defines a Distinct Subgroup of Glioma // Cancer Cell. 2010. Vol. 17, № 5. P. 510522.

44. DiNardo C.D. et al. Serum 2-hydroxyglutarate levels predict isocitrate dehydrogenase mutations and clinical outcome in acute myeloid leukemia // Blood. 2013. Vol. 121, № 24. P. 4917-4924.

45. Fathi A.T. et al. Biochemical, Epigenetic, and Metabolic Approaches to Target IDH Mutations in Acute Myeloid Leukemia // Seminars in Hematology. 2015. Vol. 52, № 3. P. 165-171.

46. Figueroa M.E. et al. Leukemic IDH1 and IDH2 Mutations Result in a Hypermethylation Phenotype, Disrupt TET2 Function, and Impair Hematopoietic Differentiation // Cancer Cell. 2010. Vol. 18, № 6. P. 553-567.

47. Lu C. et al. IDH mutation impairs histone demethylation and results in a block to cell differentiation // Nature. 2012. Vol. 483, № 7390. P. 474-478.

48. Xu X. et al. Structures of Human Cytosolic NADP-dependent Isocitrate Dehydrogenase Reveal a Novel Self-regulatory Mechanism of Activity // Journal of Biological Chemistry. 2004. Vol. 279, № 32. P. 33946-33957.

49. Zhao S. et al. Glioma-Derived Mutations in IDH1 Dominantly Inhibit IDH1 Catalytic Activity and Induce HIF-1a // Science. 2009. Vol. 324, № 5924. P. 261265.

50

51

52

53

54

55

56

57

58

59

60

61

62

63

64

65

De Botton S. et al. IDH1 and IDH2 mutations as novel therapeutic targets: current perspectives // JBM. 2016. Vol. Volume 7. P. 171-180. Lai A. et al. Evidence for Sequenced Molecular Evolution of IDH1 Mutant Glioblastoma From a Distinct Cell of Origin // JCO. 2011. Vol. 29, № 34. P. 44824490.

Watanabe T. et al. IDH1 Mutations Are Early Events in the Development of Astrocytomas and Oligodendrogliomas // The American Journal of Pathology. 2009. Vol. 174, № 4. P. 1149-1153.

Yan H. et al. IDH1 and IDH2 Mutations in Gliomas // N Engl J Med. 2009. Vol. 360, № 8. P. 765-773.

Lass U. et al. Clonal Analysis in Recurrent Astrocytic, Oligoastrocytic and Oligodendroglial Tumors Implicates IDH1- Mutation as Common Tumor Initiating Event // PLoS ONE / ed. Lesniak M.S. 2012. Vol. 7, № 7. P. e41298. Rohle D. et al. An Inhibitor of Mutant IDH1 Delays Growth and Promotes Differentiation of Glioma Cells // Science. 2013. Vol. 340, № 6132. P. 626-630. Cairncross J.G. et al. Benefit From Procarbazine, Lomustine, and Vincristine in Oligodendroglial Tumors Is Associated With Mutation of IDH // JCO. 2014. Vol. 32, № 8. P. 783-790.

Sanson M. et al. Isocitrate Dehydrogenase 1 Codon 132 Mutation Is an Important Prognostic Biomarker in Gliomas // JCO. 2009. Vol. 27, № 25. P. 4150-4154. Houillier C. et al. IDH1 or IDH2 mutations predict longer survival and response to temozolomide in low-grade gliomas // Neurology. 2010. Vol. 75, № 17. P. 15601566.

SongTao Q. et al. IDH mutations predict longer survival and response to temozolomide in secondary glioblastoma // Cancer Science. 2012. Vol. 103, № 2. P. 269-273.

Van Den Bent M.J. et al. Adjuvant Procarbazine, Lomustine, and Vincristine Chemotherapy in Newly Diagnosed Anaplastic Oligodendroglioma: Long-Term Follow-Up of EORTC Brain Tumor Group Study 26951 // JCO. 2013. Vol. 31, № 3. P. 344-350.

Buckner J. et al. ATCT-09IDH1 R132H MUTATIONS IN NRG ONCOLOGY/RTOG 9802: PHASE III STUDY OF RADIATION THERAPY (RT) ALONE VS RT PLUS PROCARBAZINE, CCNU, AND VINCRISTINE (PCV) IN PATIENTS WITH LOW GRADE GLIOMA (LGG) // Neuro Oncol. 2015. Vol. 17, № suppl 5. P. v3.1-v3.

Sledzinska P. et al. Glioma 2021 WHO Classification: The Superiority of NGS Over

IHC in Routine Diagnostics // Mol Diagn Ther. 2022. Vol. 26, № 6. P. 699-713.

Pirozzi C.J., Yan H. The implications of IDH mutations for cancer development and

therapy // Nat Rev Clin Oncol. 2021. Vol. 18, № 10. P. 645-661.

Turcan S. et al. IDH1 mutation is sufficient to establish the glioma hypermethylator

phenotype // Nature. 2012. Vol. 483, № 7390. P. 479-483.

Kloosterhof N.K. et al. Molecular subtypes of glioma identified by genome-wide

methylation profiling // Genes Chromosomes & Cancer. 2013. Vol. 52, № 7. P.

665-674.

66. Capper D. et al. Practical implementation of DNA methylation and copy-number-based CNS tumor diagnostics: the Heidelberg experience // Acta Neuropathol. 2018. Vol. 136, № 2. P. 181-210.

67. Bai H. et al. Integrated genomic characterization of IDH1-mutant glioma malignant progression // Nat Genet. 2016. Vol. 48, № 1. P. 59-66.

68. Wolter M. et al. Droplet digital PCR-based analyses for robust, rapid, and sensitive molecular diagnostics of gliomas // acta neuropathol commun. 2022. Vol. 10, № 1. P. 42.

69. Wang J. et al. IDH1 mutation detection by droplet digital PCR in glioma // Oncotarget. 2015. Vol. 6, № 37. P. 39651-39660.

70. Perizzolo M. et al. IDH Mutation Detection in Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Gliomas Using Multiplex PCR and Single-Base Extension // Brain Pathology. 2012. Vol. 22, № 5. P. 619-624.

71. Chen W.W. et al. BEAMing and Droplet Digital PCR Analysis of Mutant IDH1 mRNA in Glioma Patient Serum and Cerebrospinal Fluid Extracellular Vesicles // Molecular Therapy - Nucleic Acids. 2013. Vol. 2. P. e109.

72. Husain A. et al. Detection of IDH1 Mutation in cfDNA and Tissue of Adult Diffuse Glioma with Allele-Specific qPCR // Asian Pac J Cancer Prev. 2023. Vol. 24, № 3. P. 961-968.

73. Yoshida A. et al. Frequent false-negative immunohistochemical staining with IDH 1 (R132H)-specific H09 antibody on frozen section control slides: a potential pitfall in glioma diagnosis // Histopathology. 2019. Vol. 74, № 2. P. 350-354.

74. Capper D. et al. Monoclonal antibody specific for IDH1 R132H mutation // Acta Neuropathol. 2009. Vol. 118, № 5. P. 599-601.

75. Kato Y. et al. A monoclonal antibody IMab-1 specifically recognizes IDH1R132H, the most common glioma-derived mutation // Biochemical and Biophysical Research Communications. 2009. Vol. 390, № 3. P. 547-551.

76. Zhang S., William C. Educational Case: Histologic and Molecular Features of Diffuse Gliomas // Academic Pathology. 2020. Vol. 7. P. 2374289520914021.

77. Micheli E. et al. Chapter 13 - Telomere Maintenance in the Dynamic Nuclear Architecture // Chromatin Regulation and Dynamics / ed. Göndör A. Boston: Academic Press, 2017. P. 325-352.

78. Kyo S. et al. Understanding and exploiting hTERT promoter regulation for diagnosis and treatment of human cancers // Cancer Sci. 2008. Vol. 99, № 8. P. 1528-1538.

79. Liu T., Yuan X., Xu D. Cancer-Specific Telomerase Reverse Transcriptase (TERT) Promoter Mutations: Biological and Clinical Implications // Genes (Basel). 2016. Vol. 7, № 7. P. 38.

80. Bell R.J.A. et al. Understanding TERT Promoter Mutations: A Common Path to Immortality // Mol Cancer Res. 2016. Vol. 14, № 4. P. 315-323.

81. Ramlee M.K. et al. Transcription Regulation of the Human Telomerase Reverse Transcriptase (hTERT) Gene // Genes (Basel). 2016. Vol. 7, № 8. P. 50.

82. Yuan X., Larsson C., Xu D. Mechanisms underlying the activation of TERT transcription and telomerase activity in human cancer: old actors and new players // Oncogene. 2019. Vol. 38, № 34. P. 6172-6183.

83. Okamoto K., Seimiya H. Revisiting Telomere Shortening in Cancer // Cells. 2019. Vol. 8, № 2. P. 107.

84. Heidenreich B., Kumar R. TERT promoter mutations in telomere biology // Mutat Res Rev Mutat Res. 2017. Vol. 771. P. 15-31.

85. Leâo R. et al. Mechanisms of human telomerase reverse transcriptase (hTERT) regulation: clinical impacts in cancer // J Biomed Sci. 2018. Vol. 25, № 1. P. 22.

86. Pestana A. et al. TERT biology and function in cancer: beyond immortalisation // J Mol Endocrinol. 2017. Vol. 58, № 2. P. R129-R146.

87. Zhang A. et al. Frequent amplification of the telomerase reverse transcriptase gene in human tumors // Cancer Res. 2000. Vol. 60, № 22. P. 6230-6235.

88. Veldman T. et al. Transcriptional activation of the telomerase hTERT gene by human papillomavirus type 16 E6 oncoprotein // J Virol. 2001. Vol. 75, № 9. P. 4467-4472.

89. Paterlini-Bréchot P. et al. Hepatitis B virus-related insertional mutagenesis occurs frequently in human liver cancers and recurrently targets human telomerase gene // Oncogene. 2003. Vol. 22, № 25. P. 3911-3916.

90. Peifer M. et al. Telomerase activation by genomic rearrangements in high-risk neuroblastoma // Nature. 2015. Vol. 526, № 7575. P. 700-704.

91. Annunziata C. et al. Distinct profiles of TERT promoter mutations and telomerase expression in head and neck cancer and cervical carcinoma // Int J Cancer. 2018. Vol. 143, № 5. P. 1153-1161.

92. Gaspar T.B. et al. Telomere Maintenance Mechanisms in Cancer // Genes (Basel). 2018. Vol. 9, № 5. P. 241.

93. Arita H. et al. TERT promoter mutations rather than methylation are the main mechanism for TERT upregulation in adult gliomas // Acta Neuropathol. 2013. Vol. 126, № 6. P. 939-941.

94. Guilleret I., Benhattar J. Demethylation of the human telomerase catalytic subunit (hTERT) gene promoter reduced hTERT expression and telomerase activity and shortened telomeres // Exp Cell Res. 2003. Vol. 289, № 2. P. 326-334.

95. Renaud S. et al. Dual role of DNA methylation inside and outside of CTCF-binding regions in the transcriptional regulation of the telomerase hTERT gene // Nucleic Acids Res. 2007. Vol. 35, № 4. P. 1245-1256.

96. de Wilde J. et al. hTERT promoter activity and CpG methylation in HPV-induced carcinogenesis // BMC Cancer. 2010. Vol. 10. P. 271.

97. Lewis K.A., Tollefsbol T.O. Regulation of the Telomerase Reverse Transcriptase Subunit through Epigenetic Mechanisms // Front Genet. 2016. Vol. 7. P. 83.

98. Ko E. et al. The TERT promoter SNP rs2853669 decreases E2F1 transcription factor binding and increases mortality and recurrence risks in liver cancer // Oncotarget. 2016. Vol. 7, № 1. P. 684-699.

99. Hafezi F., Perez Bercoff D. The Solo Play of TERT Promoter Mutations // Cells. 2020. Vol. 9, № 3. P. 749.

100. Horn S. et al. TERT Promoter Mutations in Familial and Sporadic Melanoma // Science. 2013. Vol. 339, № 6122. P. 959-961.

101. Huang F.W. et al. Highly Recurrent TERTPromoter Mutations in Human Melanoma // Science. 2013. Vol. 339, № 6122. P. 957-959.

102. Andrés-Lencina J.J. et al. TERT promoter mutation subtypes and survival in stage I and II melanoma patients // Intl Journal of Cancer. 2019. Vol. 144, № 5. P. 10271036.

103. Chiba K. et al. Mutations in the promoter of the telomerase gene TERT contribute to tumorigenesis by a two-step mechanism // Science. 2017. Vol. 357, № 6358. P. 1416-1420.

104. Sizemore G.M. et al. The ETS family of oncogenic transcription factors in solid tumours // Nat Rev Cancer. 2017. Vol. 17, № 6. P. 337-351.

105. Bell R.J.A. et al. The transcription factor GABP selectively binds and activates the mutant TERT promoter in cancer // Science. 2015. Vol. 348, № 6238. P. 10361039.

106. Akincilar S.C. et al. Long-Range Chromatin Interactions Drive Mutant TERT Promoter Activation // Cancer Discovery. 2016. Vol. 6, № 11. P. 1276-1291.

107. Mancini A. et al. Disruption of the ß1L Isoform of GABP Reverses Glioblastoma Replicative Immortality in a TERT Promoter Mutation-Dependent Manner // Cancer Cell. 2018. Vol. 34, № 3. P. 513-528.e8.

108. Thompson C.C., Brown T.A., McKnight S.L. Convergence of Ets- and Notch-Related Structural Motifs in a Heteromeric DNA Binding Complex // Science. 1991. Vol. 253, № 5021. P. 762-768.

109. Oikawa T., Yamada T. Molecular biology of the Ets family of transcription factors // Gene. 2003. Vol. 303. P. 11-34.

110. LaMarco K. et al. Identification of Ets- and Notch-Related Subunits in GA Binding Protein // Science. 1991. Vol. 253, № 5021. P. 789-792.

111. Huang F.W. et al. TERT promoter mutations and monoallelic activation of TERT in cancer // Oncogenesis. 2015. Vol. 4, № 12. P. e176.

112. Stern J.L. et al. Mutation of the TERT promoter, switch to active chromatin, and monoallelic TERT expression in multiple cancers // Genes Dev. 2015. Vol. 29, № 21. P. 2219-2224.

113. Stern J.L. et al. Allele-Specific DNA Methylation and Its Interplay with Repressive Histone Marks at Promoter-Mutant TERT Genes // Cell Rep. 2017. Vol. 21, № 13. P. 3700-3707.

114. Li Y. et al. Non-canonical NF-kB signalling and ETS1/2 cooperatively drive C250T mutant TERT promoter activation // Nat Cell Biol. 2015. Vol. 17, № 10. P. 1327-1338.

115. Vinagre J. et al. Frequency of TERT promoter mutations in human cancers // Nat Commun. 2013. Vol. 4. P. 2185.

116. Eckel-Passow J.E. et al. Glioma Groups Based on 1p/19q, IDH, and TERT Promoter Mutations in Tumors // N Engl J Med. 2015. Vol. 372, № 26. P. 24992508.

117. Mosrati M.A. et al. TERT promoter mutations and polymorphisms as prognostic factors in primary glioblastoma // Oncotarget. 2015. Vol. 6, № 18. P. 16663-16673.

118. Nonoguchi N. et al. TERT promoter mutations in primary and secondary glioblastomas // Acta Neuropathol. 2013. Vol. 126, № 6. P. 931-937.

119. Spiegl-Kreinecker S. et al. Prognostic quality of activating TERT promoter mutations in glioblastoma: interaction with the rs2853669 polymorphism and patient age at diagnosis // Neuro-Oncology. 2015. Vol. 17, № 9. P. 1231-1240.

120. Park C.-K. et al. Expression level of hTERT is regulated by somatic mutation and common single nucleotide polymorphism at promoter region in glioblastoma // Oncotarget. 2014. Vol. 5, № 10. P. 3399-3407.

121. Chen C. et al. TERT promoter mutations lead to high transcriptional activity under hypoxia and temozolomide treatment and predict poor prognosis in gliomas // PLoS One. 2014. Vol. 9, № 6. P. e100297.

122. Pekmezci M. et al. Adult infiltrating gliomas with WHO 2016 integrated diagnosis: additional prognostic roles of ATRX and TERT // Acta Neuropathol. 2017. Vol. 133, № 6. P. 1001-1016.

123. Heidenreich B. et al. TERT promoter mutations and telomere length in adult malignant gliomas and recurrences // Oncotarget. 2015. Vol. 6, № 12. P. 1061710633.

124. Killela P.J. et al. TERT promoter mutations occur frequently in gliomas and a subset of tumors derived from cells with low rates of self-renewal // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2013. Vol. 110, № 15. P. 6021-6026.

125. Simon M. et al. TERT promoter mutations: a novel independent prognostic factor in primary glioblastomas // Neuro Oncol. 2015. Vol. 17, № 1. P. 45-52.

126. Zhang Z.-Y. et al. TERT promoter mutations contribute to IDH mutations in predicting differential responses to adjuvant therapies in WHO grade II and III diffuse gliomas // Oncotarget. 2015. Vol. 6, № 28. P. 24871-24883.

127. Herbst R.S. Review of epidermal growth factor receptor biology // International Journal of Radiation Oncology*Biology*Physics. 2004. Vol. 59, № 2. P. S21-S26.

128. Zhang H. et al. ErbB receptors: from oncogenes to targeted cancer therapies // J. Clin. Invest. 2007. Vol. 117, № 8. P. 2051-2058.

129. Hynes N.E., Lane H.A. ERBB receptors and cancer: the complexity of targeted inhibitors // Nat Rev Cancer. 2005. Vol. 5, № 5. P. 341-354.

130. Harris R. EGF receptor ligands // Experimental Cell Research. 2003. Vol. 284, № 1. P. 2-13.

131. Jones S., Rappoport J.Z. Interdependent epidermal growth factor receptor signalling and trafficking // The International Journal of Biochemistry & Cell Biology. 2014. Vol. 51. P. 23-28.

132. Mendoza M.C., Er E.E., Blenis J. The Ras-ERK and PI3K-mTOR pathways: cross-talk and compensation // Trends in Biochemical Sciences. 2011. Vol. 36, № 6. P. 320-328.

133. Shaban N. et al. Targeted Inhibitors of EGFR: Structure, Biology, Biomarkers, and Clinical Applications // Cells. 2023. Vol. 13, № 1. P. 47.

134. Lin E.-H. et al. Hedgehog pathway maintains cell survival under stress conditions, and drives drug resistance in lung adenocarcinoma // Oncotarget. 2016. Vol. 7, № 17. P. 24179-24193.

135. Feng H. et al. Phosphorylation of dedicator of cytokinesis 1 (Dock180) at tyrosine residue Y722 by Src family kinases mediates EGFRvIII-driven glioblastoma tumorigenesis // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012. Vol. 109, № 8. P. 3018-3023.

136. Siegelin M.D., Borczuk A.C. Epidermal growth factor receptor mutations in lung adenocarcinoma // Laboratory Investigation. 2014. Vol. 94, № 2. P. 129-137.

137. Nagalakshmi K. et al. Epidermal growth factor receptor (EGFR) mutations as biomarker for head and neck squamous cell carcinomas (HNSCC) // Biomarkers. 2014. Vol. 19, № 3. P. 198-206.

138. Bhargava R. et al. EGFR gene amplification in breast cancer: correlation with epidermal growth factor receptor mRNA and protein expression and HER-2 status and absence of EGFR-activating mutations // Modern Pathology. 2005. Vol. 18, № 8. P. 1027-1033.

139. Reis-Filho J.S. et al. Metaplastic breast carcinomas exhibit EGFR, but not HER2, gene amplification and overexpression: immunohistochemical and chromogenic in situ hybridization analysis // Breast Cancer Res. 2005. Vol. 7, № 6. P. R1028.

140. Reis-Filho J. et al. EGFR amplification and lack of activating mutations in metaplastic breast carcinomas // The Journal of Pathology. 2006. Vol. 209, № 4. P. 445-453.

141. Liu Z. et al. Epidermal growth factor receptor mutation in gastric cancer // Pathology. 2011. Vol. 43, № 3. P. 234-238.

142. Kimura T. et al. Mutations of the epidermal growth factor receptor gene in gastrointestinal tract tumor cell lines // Oncol Rep. 2006. Vol. 15, № 5. P. 12051210.

143. Saadeh F.S., Mahfouz R., Assi H.I. EGFR as a clinical marker in glioblastomas and other gliomas // Int J Biol Markers. 2018. Vol. 33, № 1. P. 22-32.

144. Li L. et al. EGFRvIII expression and PTEN loss synergistically induce chromosomal instability and glial tumors // Neuro-Oncology. 2009. Vol. 11, № 1. P. 9-21.

145. Mazzoleni S. et al. Epidermal Growth Factor Receptor Expression Identifies Functionally and Molecularly Distinct Tumor-Initiating Cells in Human Glioblastoma Multiforme and Is Required for Gliomagenesis // Cancer Research. 2010. Vol. 70, № 19. P. 7500-7513.

146. Hatanpaa K.J. et al. Epidermal Growth Factor Receptor in Glioma: Signal Transduction, Neuropathology, Imaging, and Radioresistance // Neoplasia. 2010. Vol. 12, № 9. P. 675-684.

147. Brandes A.A. et al. Epidermal Growth Factor Receptor Inhibitors in Neuro-oncology: Hopes and Disappointments // Clinical Cancer Research. 2008. Vol. 14, № 4. P. 957-960.

148. Mellinghoff I.K. et al. Molecular Determinants of the Response of Glioblastomas to EGFR Kinase Inhibitors // N Engl J Med. 2005. Vol. 353, № 19. P. 2012-2024.

149. Prados M.D. et al. Phase II Study of Erlotinib Plus Temozolomide During and After Radiation Therapy in Patients With Newly Diagnosed Glioblastoma Multiforme or Gliosarcoma // JCO. 2009. Vol. 27, № 4. P. 579-584.

150. Wen P.Y., Kesari S. Malignant Gliomas in Adults // N Engl J Med. 2008. Vol. 359, № 5. P. 492-507.

151. Wilson T.A., Karajannis M.A., Harter D.H. Glioblastoma multiforme: State of the art and future therapeutics // Surg Neurol Int. 2014. Vol. 5. P. 64.

152. Shinojima N. et al. Prognostic value of epidermal growth factor receptor in patients with glioblastoma multiforme // Cancer Res. 2003. Vol. 63, № 20. P. 69626970.

153. Smith J.S. et al. PTEN mutation, EGFR amplification, and outcome in patients with anaplastic astrocytoma and glioblastoma multiforme // J Natl Cancer Inst. 2001. Vol. 93, № 16. P. 1246-1256.

154. Jarvela S. et al. Amplification of the epidermal growth factor receptor in astrocytic tumours by chromogenic in situ hybridization: association with clinicopathological features and patient survival // Neuropathol Appl Neurobiol. 2006. Vol. 32, № 4. P. 441-450.

155. Waha A. et al. Lack of prognostic relevance of alterations in the epidermal growth factor receptor-transforming growth factor-alpha pathway in human astrocytic gliomas // J Neurosurg. 1996. Vol. 85, № 4. P. 634-641.

156. Diedrich U. et al. Distribution of epidermal growth factor receptor gene amplification in brain tumours and correlation to prognosis // J Neurol. 1995. Vol. 242, № 10. P. 683-688.

157. Zhou Y.-H. et al. The expression of PAX6, PTEN, vascular endothelial growth factor, and epidermal growth factor receptor in gliomas: relationship to tumor grade and survival // Clin Cancer Res. 2003. Vol. 9, № 9. P. 3369-3375.

158. Aldape K.D. et al. Immunohistochemical detection of EGFRvIII in high malignancy grade astrocytomas and evaluation of prognostic significance // J Neuropathol Exp Neurol. 2004. Vol. 63, № 7. P. 700-707.

159. Olson J.J. et al. Gene amplification as a prognostic factor in primary brain tumors // Clin Cancer Res. 1998. Vol. 4, № 1. P. 215-222.

160. Maire C.L., Ligon K.L. Molecular pathologic diagnosis of epidermal growth factor receptor // Neuro Oncol. 2014. Vol. 16 Suppl 8, № Suppl 8. P. viii1-6.

161. GUILLAUDEAU A. et al. Adult diffuse gliomas produce mRNA transcripts encoding EGFR isoforms lacking a tyrosine kinase domain // Int J Oncol. 2011. Vol. 40, № 4. P. 1142-1152.

162. Coulibaly B. et al. Epidermal growth factor receptor in glioblastomas: correlation between gene copy number and protein expression // Hum Pathol. 2010. Vol. 41, № 6. P. 815-823.

163. Korkolopoulou P. et al. MDM2 and p53 expression in gliomas: a multivariate survival analysis including proliferation markers and epidermal growth factor receptor // Br J Cancer. 1997. Vol. 75, № 9. P. 1269-1278.

164. Chakravarti A. et al. Prognostic and pathologic significance of quantitative protein expression profiling in human gliomas // Clin Cancer Res. 2001. Vol. 7, № 8. P. 2387-2395.

165. Heimberger A.B. et al. Prognostic effect of epidermal growth factor receptor and EGFRvIII in glioblastoma multiforme patients // Clin Cancer Res. 2005. Vol. 11, № 4. P. 1462-1466.

166. Stark A.M. et al. Age-related expression of p53, Mdm2, EGFR and Msh2 in glioblastoma multiforme // Zentralbl Neurochir. 2003. Vol. 64, № 1. P. 30-36.

167. Umesh S. et al. Clinical and immunohistochemical prognostic factors in adult glioblastoma patients // Clin Neuropathol. 2009. Vol. 28, № 5. P. 362-372.

168. Muracciole X. et al. PAI-1 and EGFR expression in adult glioma tumors: toward a molecular prognostic classification // Int J Radiat Oncol Biol Phys. 2002. Vol. 52, № 3. P. 592-598.

169. Tortosa A. et al. Prognostic implication of clinical, radiologic, and pathologic features in patients with anaplastic gliomas // Cancer. 2003. Vol. 97, № 4. P. 10631071.

170. Korshunov A., Golanov A., Sycheva R. Immunohistochemical markers for prognosis of cerebral glioblastomas // J Neurooncol. 2002. Vol. 58, № 3. P. 217236.

171. Ruano Y. et al. Worse Outcome in Primary Glioblastoma Multiforme With Concurrent Epidermal Growth Factor Receptor and p53 Alteration // American Journal of Clinical Pathology. 2009. Vol. 131, № 2. P. 257-263.

172. Cancer Genome Atlas Research Network. Comprehensive genomic characterization defines human glioblastoma genes and core pathways // Nature. 2008. Vol. 455, № 7216. P. 1061-1068.

173. Nishikawa R. et al. A mutant epidermal growth factor receptor common in human glioma confers enhanced tumorigenicity // Proc Natl Acad Sci U S A. 1994. Vol. 91, № 16. P. 7727-7731.

174. Fenstermaker R.A., Ciesielski M.J. Deletion and tandem duplication of exons 2 -7 in the epidermal growth factor receptor gene of a human malignant glioma // Oncogene. 2000. Vol. 19, № 39. P. 4542-4548.

175. Huang P.H. et al. Quantitative analysis of EGFRvIII cellular signaling networks reveals a combinatorial therapeutic strategy for glioblastoma // Proc Natl Acad Sci U S A. 2007. Vol. 104, № 31. P. 12867-12872.

176. Narita Y. et al. Mutant epidermal growth factor receptor signaling down-regulates p27 through activation of the phosphatidylinositol 3-kinase/Akt pathway in glioblastomas // Cancer Res. 2002. Vol. 62, № 22. P. 6764-6769.

177. Mizoguchi M. et al. Activation of STAT3, MAPK, and AKT in malignant astrocytic gliomas: correlation with EGFR status, tumor grade, and survival // J Neuropathol Exp Neurol. 2006. Vol. 65, № 12. P. 1181-1188.

178. Horvath S. et al. Analysis of oncogenic signaling networks in glioblastoma identifies ASPM as a molecular target // Proc Natl Acad Sci U S A. 2006. Vol. 103, № 46. P. 17402-17407.

179. Lal A. et al. Mutant epidermal growth factor receptor up-regulates molecular effectors of tumor invasion // Cancer Res. 2002. Vol. 62, № 12. P. 3335-3339.

180. Wu J.L. et al. IkappaBalphaM suppresses angiogenesis and tumorigenesis promoted by a constitutively active mutant EGFR in human glioma cells // Neurol Res. 2004. Vol. 26, № 7. P. 785-791.

181. Backer J.M. The Regulation of Class IA PI 3-Kinases by Inter-Subunit Interactions // Phosphoinositide 3-kinase in Health and Disease / ed. Rommel C., Vanhaesebroeck B., Vogt P.K. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 2010. Vol. 346. P. 87-114.

182. Burke J.E., Williams R.L. Synergy in activating class I PI3Ks // Trends in Biochemical Sciences. 2015. Vol. 40, № 2. P. 88-100.

183. Toker A. Achieving specificity in Akt signaling in cancer // Advances in Biological Regulation. 2012. Vol. 52, № 1. P. 78-87.

184. Vanhaesebroeck B. et al. Synthesis and Function of 3-Phosphorylated Inositol Lipids // Annu. Rev. Biochem. 2001. Vol. 70, № 1. P. 535-602.

185. Goncalves M.D., Hopkins B.D., Cantley L.C. Phosphatidylinositol 3-Kinase, Growth Disorders, and Cancer // N Engl J Med. 2018. Vol. 379, № 21. P. 20522062.

186. Millis S.Z. et al. Phosphatidylinositol 3-kinase pathway genomic alterations in 60,991 diverse solid tumors informs targeted therapy opportunities // Cancer. 2019. Vol. 125, № 7. P. 1185-1199.

187. Thorpe L.M., Yuzugullu H., Zhao J.J. PI3K in cancer: divergent roles of isoforms, modes of activation and therapeutic targeting // Nat Rev Cancer. 2015. Vol. 15, № 1. P. 7-24.

188. Katso R. et al. Cellular Function of Phosphoinositide 3-Kinases: Implications for Development, Immunity, Homeostasis, and Cancer // Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 2001. Vol. 17, № 1. P. 615-675.

189. Stemke-Hale K. et al. An Integrative Genomic and Proteomic Analysis of PIK3CA, PTEN, and AKT Mutations in Breast Cancer // Cancer Research. 2008. Vol. 68, № 15. P. 6084-6091.

190. Yang J. et al. Targeting PI3K in cancer: mechanisms and advances in clinical trials // Mol Cancer. 2019. Vol. 18, № 1. P. 26.

191. Kandoth C. et al. Mutational landscape and significance across 12 major cancer types // Nature. 2013. Vol. 502, № 7471. P. 333-339.

192. The Cancer Genome Atlas Network. Comprehensive molecular portraits of human breast tumours // Nature. 2012. Vol. 490, № 7418. P. 61-70.

193. Lee J.-K. et al. Spatiotemporal genomic architecture informs precision oncology in glioblastoma // Nat Genet. 2017. Vol. 49, № 4. P. 594-599.

194. Tanaka S. et al. PIK3CA activating mutations are associated with more disseminated disease at presentation and earlier recurrence in glioblastoma // acta neuropathol commun. 2019. Vol. 7, № 1. P. 66.

195. André F. et al. Alpelisib for PIK3CA -Mutated, Hormone Receptor-Positive Advanced Breast Cancer // N Engl J Med. 2019. Vol. 380, № 20. P. 1929-1940.

196. Vasan N. et al. Double PIK3CA mutations in cis increase oncogenicity and sensitivity to PI3Ka inhibitors // Science. 2019. Vol. 366, № 6466. P. 714-723.

197. Opel D. et al. Phosphatidylinositol 3-Kinase Inhibition Broadly Sensitizes Glioblastoma Cells to Death Receptor- and Drug-Induced Apoptosis // Cancer Research. 2008. Vol. 68, № 15. P. 6271-6280.

198. Pu P. et al. Downregulation of PIK3CB by siRNA Suppresses Malignant Glioma Cell Growth In Vitro and In Vivo // Technol Cancer Res Treat. 2006. Vol. 5, № 3. P. 271-280.

199. Höland K. et al. Targeting Class IA PI3K Isoforms Selectively Impairs Cell Growth, Survival, and Migration in Glioblastoma // PLoS ONE / ed. Ribatti D. 2014. Vol. 9, № 4. P. e94132.

200. Parsons D.W. et al. An integrated genomic analysis of human glioblastoma multiforme // Science. 2008. Vol. 321, № 5897. P. 1807-1812.

201. Rao S.K. et al. A survey of glioblastoma genomic amplifications and deletions // J Neurooncol. 2010. Vol. 96, № 2. P. 169-179.

202. Philp A.J. et al. The phosphatidylinositol 3'-kinase p85alpha gene is an oncogene in human ovarian and colon tumors // Cancer Res. 2001. Vol. 61, № 20. P. 74267429.

203. Jaiswal B.S. et al. Somatic Mutations in p85a Promote Tumorigenesis through Class IA PI3K Activation // Cancer Cell. 2009. Vol. 16, № 6. P. 463-474.

204. Yu J., Wjasow C., Backer J.M. Regulation of the p85/p110a Phosphatidylinositol 3'-Kinase // Journal of Biological Chemistry. 1998. Vol. 273, № 46. P. 3019930203.

205. Yu J. et al. Regulation of the p85/p110 Phosphatidylinositol 3'-Kinase: Stabilization and Inhibition of the p110a Catalytic Subunit by the p85 Regulatory Subunit // Molecular and Cellular Biology. 1998. Vol. 18, № 3. P. 1379-1387.

206. Zhao L., Vogt P.K. Helical domain and kinase domain mutations in p110a of phosphatidylinositol 3-kinase induce gain of function by different mechanisms // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008. Vol. 105, № 7. P. 2652-2657.

207. Miled N. et al. Mechanism of Two Classes of Cancer Mutations in the Phosphoinositide 3-Kinase Catalytic Subunit // Science. 2007. Vol. 317, № 5835. P. 239-242.

208. Furnari F.B. et al. Malignant astrocytic glioma: genetics, biology, and paths to treatment // Genes Dev. 2007. Vol. 21, № 21. P. 2683-2710.

209. Molinari F., Frattini M. Functions and Regulation of the PTEN Gene in Colorectal Cancer // Front. Oncol. 2014. Vol. 3.

210. Lee J.-O. et al. Crystal Structure of the PTEN Tumor Suppressor // Cell. 1999. Vol. 99, № 3. P. 323-334.

211. Maehama T., Dixon J.E. The Tumor Suppressor, PTEN/MMAC1, Dephosphorylates the Lipid Second Messenger, Phosphatidylinositol 3,4,5-Trisphosphate // Journal of Biological Chemistry. 1998. Vol. 273, № 22. P. 1337513378.

212. Sansal I., Sellers W.R. The Biology and Clinical Relevance of the PTEN Tumor Suppressor Pathway // JCO. 2004. Vol. 22, № 14. P. 2954-2963.

213. Zhang S., Yu D. PI(3)King Apart PTEN's Role in Cancer // Clinical Cancer Research. 2010. Vol. 16, № 17. P. 4325-4330.

214. Leslie N.R., Downes C.P. PTEN function: how normal cells control it and tumour cells lose it // Biochemical Journal. 2004. Vol. 382, № 1. P. 1-11.

215. Leslie N.R. et al. Understanding PTEN regulation: PIP2, polarity and protein stability // Oncogene. 2008. Vol. 27, № 41. P. 5464-5476.

216. Chalhoub N., Baker S.J. PTEN and the PI3-Kinase Pathway in Cancer // Annu. Rev. Pathol. Mech. Dis. 2009. Vol. 4, № 1. P. 127-150.

217. Perren A. et al. Mutation and Expression Analyses Reveal Differential Subcellular Compartmentalization of PTEN in Endocrine Pancreatic Tumors Compared to Normal Islet Cells // The American Journal of Pathology. 2000. Vol. 157, № 4. P. 1097-1103.

218. Song M.S. et al. The deubiquitinylation and localization of PTEN are regulated by a HAUSP-PML network // Nature. 2008. Vol. 455, № 7214. P. 813-817.

219. Milella M. et al. PTEN: Multiple Functions in Human Malignant Tumors // Front Oncol. 2015. Vol. 5. P. 24.

220. Shen W.H. et al. Essential role for nuclear PTEN in maintaining chromosomal integrity // Cell. 2007. Vol. 128, № 1. P. 157-170.

221. Mansour W.Y. et al. Loss of PTEN-assisted G2/M checkpoint impedes homologous recombination repair and enhances radio-curability and PARP inhibitor treatment response in prostate cancer // Sci Rep. 2018. Vol. 8, № 1. P. 3947.

222. McCabe N. et al. Mechanistic Rationale to Target PTEN-Deficient Tumor Cells with Inhibitors of the DNA Damage Response Kinase ATM // Cancer Res. 2015. Vol. 75, № 11. P. 2159-2165.

223. Verhaak R.G.W. et al. Integrated Genomic Analysis Identifies Clinically Relevant Subtypes of Glioblastoma Characterized by Abnormalities in PDGFRA, IDH1, EGFR, and NF1 // Cancer Cell. 2010. Vol. 17, № 1. P. 98-110.

224. Leslie N.R. et al. The PTEN protein: cellular localization and post-translational regulation // Biochem Soc Trans. 2016. Vol. 44, № 1. P. 273-278.

225. Wang X., Jiang X. Post-translational regulation of PTEN // Oncogene. 2008. Vol. 27, № 41. P. 5454-5463.

226. Fenton T.R. et al. Resistance to EGF receptor inhibitors in glioblastoma mediated by phosphorylation of the PTEN tumor suppressor at tyrosine 240 // Proc Natl Acad Sci U S A. 2012. Vol. 109, № 35. P. 14164-14169.

227. Yang Z. et al. Expression and aberrant promoter methylation of Wnt inhibitory factor-1 in human astrocytomas // J Exp Clin Cancer Res. 2010. Vol. 29, № 1. P. 26.

228. Knudsen E.S., Wang J.Y.J. Targeting the RB-pathway in Cancer Therapy // Clinical Cancer Research. 2010. Vol. 16, № 4. P. 1094-1099.

229. What Is the Role of CDKN2A/B Homozygous Deletion in IDH-Mutant Astrocytoma? [Electronic resource] // ASCO Daily News. URL: https://dailynews.ascopubs.org/do/role-cdkn2a-b-homozygous-deletion-idh-mutant-astrocytoma (accessed: 29.11.2024).

230. Shirahata M. et al. Novel, improved grading system(s) for IDH-mutant astrocytic gliomas // Acta Neuropathol. 2018. Vol. 136, № 1. P. 153-166.

231. Korshunov A. et al. Integrated molecular characterization of IDH-mutant glioblastomas // Neuropathol Appl Neurobiol. 2019. Vol. 45, № 2. P. 108-118.

232. Cimino P.J., Holland E.C. Targeted copy number analysis outperforms histologic grading in predicting patient survival for WHO grades II/III IDH-mutant astrocytomas // Neuro-Oncology. 2019. Vol. 21, № 6. P. 819-821.

233. Cimino P.J. et al. Multidimensional scaling of diffuse gliomas: application to the 2016 World Health Organization classification system with prognostically relevant molecular subtype discovery // Acta Neuropathol Commun. 2017. Vol. 5, № 1. P. 39.

234. Serrano M. The tumor suppressor protein p16INK4a // Exp Cell Res. 1997. Vol. 237, № 1. P. 7-13.

235. Chan H.M., Smith L., La Thangue N.B. Role of LXCXE motif-dependent interactions in the activity of the retinoblastoma protein // Oncogene. 2001. Vol. 20, № 43. P. 6152-6163.

236. Classon M., Dyson N. p107 and p130: Versatile Proteins with Interesting Pockets // Experimental Cell Research. 2001. Vol. 264, № 1. P. 135-147.

237. Chow K.N.B., Starostik P., Dean D.C. The Rb Family Contains a Conserved Cyclin-Dependent-Kinase-Regulated Transcriptional Repressor Motif // Molecular and Cellular Biology. 1996. Vol. 16, № 12. P. 7173-7181.

238. Hu Q.J., Dyson N., Harlow E. The regions of the retinoblastoma protein needed for binding to adenovirus E1A or SV40 large T antigen are common sites for mutations. // The EMBO Journal. 1990. Vol. 9, № 4. P. 1147-1155.

239. Huntley R. et al. [No title found] // Plant Molecular Biology. 1998. Vol. 37, № 1. P. 155-169.

240. Hiebert S.W. et al. The interaction of RB with E2F coincides with an inhibition of the transcriptional activity of E2F. // Genes Dev. 1992. Vol. 6, № 2. P. 177-185.

241. Lavia P. et al. Emerging roles of DNA tumor viruses in cell proliferation: new insights into genomic instability // Oncogene. 2003. Vol. 22, № 42. P. 6508-6516.

242. Lane D.P., Crawford L.V. T antigen is bound to a host protein in SV40-transformed cells // Nature. 1979. Vol. 278, № 5701. P. 261-263.

243. Linzer D.I., Levine A.J. Characterization of a 54K dalton cellular SV40 tumor antigen present in SV40-transformed cells and uninfected embryonal carcinoma cells // Cell. 1979. Vol. 17, № 1. P. 43-52.

244. Kress M. et al. Simian virus 40-transformed cells express new species of proteins precipitable by anti-simian virus 40 tumor serum // J Virol. 1979. Vol. 31, № 2. P. 472-483.

245. El-Deiry W.S. et al. Definition of a consensus binding site for p53 // Nat Genet. 1992. Vol. 1, № 1. P. 45-49.

246. Wei C.-L. et al. A Global Map of p53 Transcription-Factor Binding Sites in the Human Genome // Cell. 2006. Vol. 124, № 1. P. 207-219.

247. Wade M., Li Y.-C., Wahl G.M. MDM2, MDMX and p53 in oncogenesis and cancer therapy // Nat Rev Cancer. 2013. Vol. 13, № 2. P. 83-96.

248. Zhang Y. et al. The p53 Pathway in Glioblastoma // Cancers (Basel). 2018. Vol. 10, № 9. P. 297.

249. Kastenhuber E.R., Lowe S.W. Putting p53 in Context // Cell. 2017. Vol. 170, № 6. P. 1062-1078.

250. Mills K.D. Tumor suppression: Putting p53 in context // Cell Cycle. 2013. Vol. 12, № 22. P. 3461-3462.

251. Bieging K.T., Mello S.S., Attardi L.D. Unravelling mechanisms of p53-mediated tumour suppression // Nat Rev Cancer. 2014. Vol. 14, № 5. P. 359-370.

252. Brennan C.W. et al. The Somatic Genomic Landscape of Glioblastoma // Cell. 2013. Vol. 155, № 2. P. 462-477.

253. Verhaak R.G.W. et al. Integrated Genomic Analysis Identifies Clinically Relevant Subtypes of Glioblastoma Characterized by Abnormalities in PDGFRA, IDH1, EGFR, and NF1 // Cancer Cell. 2010. Vol. 17, № 1. P. 98-110.

254. Krex D. et al. Genetic Analysis of a Multifocal Glioblastoma Multiforme: A Suitable Tool to Gain New Aspects in Glioma Development // Neurosurgery. 2003. Vol. 53, № 6. P. 1377-1384.

255. Djuzenova C.S. et al. Actin cytoskeleton organization, cell surface modification and invasion rate of 5 glioblastoma cell lines differing in PTEN and p53 status // Experimental Cell Research. 2015. Vol. 330, № 2. P. 346-357.

256. Park C.-M. et al. Induction of p53-mediated apoptosis and recovery of chemosensitivity through p53 transduction in human glioblastoma cells by cisplatin // Int J Oncol. 2006.

257. England B., Huang T., Karsy M. Current understanding of the role and targeting of tumor suppressor p53 in glioblastoma multiforme // Tumor Biol. 2013. Vol. 34, № 4. P. 2063-2074.

258. Petitjean A. et al. TP53 mutations in human cancers: functional selection and impact on cancer prognosis and outcomes // Oncogene. 2007. Vol. 26, № 15. P. 2157-2165.

259. Rich J.N. et al. Gene Expression Profiling and Genetic Markers in Glioblastoma Survival // Cancer Research. 2005. Vol. 65, № 10. P. 4051-4058.

260. Kraus J.A. et al. Molecular analysis of the PTEN, TP53 and CDKN2A tumor suppressor genes in long-term survivors of glioblastoma multiforme // J Neurooncol. 2000. Vol. 48, № 2. P. 89-94.

261. Guo H.F. et al. A neurofibromatosis-1-regulated pathway is required for learning in Drosophila // Nature. 2000. Vol. 403, № 6772. P. 895-898.

262. Tamura R. Current Understanding of Neurofibromatosis Type 1, 2, and Schwannomatosis // IJMS. 2021. Vol. 22, № 11. P. 5850.

263. Carroll S.L. Molecular mechanisms promoting the pathogenesis of Schwann cell neoplasms // Acta Neuropathol. 2012. Vol. 123, № 3. P. 321-348.

264. Basu T.N. et al. Aberrant regulation of ras proteins in malignant tumour cells from type 1 neurofibromatosis patients // Nature. 1992. Vol. 356, № 6371. P. 713715.

265. Ratner N., Miller S.J. A RASopathy gene commonly mutated in cancer: the neurofibromatosis type 1 tumour suppressor // Nat Rev Cancer. 2015. Vol. 15, № 5. P. 290-301.

266. Hannan F. et al. Effect of neurofibromatosis type I mutations on a novel pathway for adenylyl cyclase activation requiring neurofibromin and Ras // Human Molecular Genetics. 2006. Vol. 15, № 7. P. 1087-1098.

267. Rodriguez F.J., Bowers D.C. Low-Grade Gliomas // Molecular Pathology of Nervous System Tumors: Biological Stratification and Targeted Therapies / ed. Karajannis M.A., Zagzag D. New York, NY: Springer, 2015. P. 45-66.

268. Gutmann D.H. et al. Molecular analysis of astrocytomas presenting after age 10 in individuals with NF1 // Neurology. 2003. Vol. 61, № 10. P. 1397-1400.

269. Rodriguez F.J. et al. Gliomas in neurofibromatosis type 1: a clinicopathologic study of 100 patients // J Neuropathol Exp Neurol. 2008. Vol. 67, № 3. P. 240-249.

270. Reilly K.M. et al. Nf1;Trp53 mutant mice develop glioblastoma with evidence of strain-specific effects // Nat Genet. 2000. Vol. 26, № 1. P. 109-113.

271. Zhu Y. et al. Early inactivation of p53 tumor suppressor gene cooperating with NF1 loss induces malignant astrocytoma // Cancer Cell. 2005. Vol. 8, № 2. P. 119130.

272. Verhaak R.G.W. et al. Integrated genomic analysis identifies clinically relevant subtypes of glioblastoma characterized by abnormalities in PDGFRA, IDH1, EGFR, and NF1 // Cancer Cell. 2010. Vol. 17, № 1. P. 98-110.

273. Cancer Genome Atlas Research Network. Comprehensive genomic characterization defines human glioblastoma genes and core pathways // Nature. 2008. Vol. 455, № 7216. P. 1061-1068.

274. Messiaen L.M. et al. Exhaustive mutation analysis of the NF1 gene allows identification of 95% of mutations and reveals a high frequency of unusual splicing defects // Hum Mutat. 2000. Vol. 15, № 6. P. 541-555.

275. Wimmer K. et al. Extensive in silico analysis of NF1 splicing defects uncovers determinants for splicing outcome upon 5' splice-site disruption // Hum Mutat. 2007. Vol. 28, № 6. P. 599-612.

276. Mautner V.-F. et al. Clinical characterisation of 29 neurofibromatosis type-1 patients with molecularly ascertained 1.4 Mb type-1 NF1 deletions // J Med Genet. 2010. Vol. 47, № 9. P. 623-630.

277. Wimmer K. et al. Spectrum of single- and multiexon NF1 copy number changes in a cohort of 1,100 unselected NF1 patients // Genes Chromosomes Cancer. 2006. Vol. 45, № 3. P. 265-276.

278. Kluwe L. et al. Internal tumor burden in neurofibromatosis Type I patients with large NF1 deletions // Genes Chromosomes Cancer. 2012. Vol. 51, № 5. P. 447451.

279. Picketts D. ATRX encodes a novel member of the SNF2 family of proteins: mutations point to a common mechanism underlying the ATR-X syndrome // Human Molecular Genetics. 1996. Vol. 5, № 12. P. 1899-1907.

280. Gibbons R.J. et al. Mutations in a putative global transcriptional regulator cause X-linked mental retardation with a-thalassemia (ATR-X syndrome) // Cell. 1995. Vol. 80, № 6. P. 837-845.

281. George S.L. et al. Therapeutic vulnerabilities in the DNA damage response for the treatment of ATRX mutant neuroblastoma // eBioMedicine. 2020. Vol. 59. P. 102971.

282. Liang J. et al. Genome-Wide CRISPR-Cas9 Screen Reveals Selective Vulnerability of ATRX -Mutant Cancers to WEE1 Inhibition // Cancer Research. 2020. Vol. 80, № 3. P. 510-523.

283. Qin T. et al. ATRX loss in glioma results in dysregulation of cell-cycle phase transition and ATM inhibitor radio-sensitization // Cell Reports. 2022. Vol. 38, № 2. P. 110216.

284. Yuan M. et al. Therapeutic Vulnerability to ATR Inhibition in Concurrent NF1 and ATRX-Deficient/ALT-Positive High-Grade Solid Tumors // Cancers. 2022. Vol. 14, № 12. P. 3015.

285. Truch J. et al. The chromatin remodeller ATRX facilitates diverse nuclear processes, in a stochastic manner, in both heterochromatin and euchromatin // Nat Commun. 2022. Vol. 13, № 1. P. 3485.

286. Lovejoy C.A. et al. ATRX affects the repair of telomeric DSBs by promoting cohesion and a DAXX-dependent activity // PLoS Biol / ed. Paull T. 2020. Vol. 18, № 1. P. e3000594.

287. Voon H.P.J. et al. ATRX Plays a Key Role in Maintaining Silencing at Interstitial Heterochromatic Loci and Imprinted Genes // Cell Reports. 2015. Vol. 11, № 3. P. 405-418.

288. Watt K.I. et al. Yap regulates skeletal muscle fatty acid oxidation and adiposity in metabolic disease // Nat Commun. 2021. Vol. 12, № 1. P. 2887.

289. Juhasz S. et al. ATRX Promotes DNA Repair Synthesis and Sister Chromatid Exchange during Homologous Recombination // Molecular Cell. 2018. Vol. 71, № 1. P. 11-24.e7.

290. Elbakry A. et al. ATRX and RECQ5 define distinct homologous recombination subpathways // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2021. Vol. 118, № 3. P. e2010370118.

291. Aguilera P., Lopez-Contreras A.J. ATRX, a guardian of chromatin // Trends in Genetics. 2023. Vol. 39, № 6. P. 505-519.

292. Eustermann S. et al. Combinatorial readout of histone H3 modifications specifies localization of ATRX to heterochromatin // Nat Struct Mol Biol. 2011. Vol. 18, № 7. P. 777-782.

293. Nan X. et al. Interaction between chromatin proteins MECP2 and ATRX is disrupted by mutations that cause inherited mental retardation // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007. Vol. 104, № 8. P. 2709-2714.

294. Marano D. et al. ATRX Contributes to MeCP2-Mediated Pericentric Heterochromatin Organization during Neural Differentiation // IJMS. 2019. Vol. 20, № 21. P. 5371.

295. Dyer M.A. et al. ATRX and DAXX: Mechanisms and Mutations // Cold Spring Harb Perspect Med. 2017. Vol. 7, № 3. P. a026567.

296. Iwase S. et al. ATRX ADD domain links an atypical histone methylation recognition mechanism to human mental-retardation syndrome // Nat Struct Mol Biol. 2011. Vol. 18, № 7. P. 769-776.

297. Mitson M. et al. Functional significance of mutations in the Snf2 domain of ATRX // Human Molecular Genetics. 2011. Vol. 20, № 13. P. 2603-2610.

298. Schwartzentruber J. et al. Driver mutations in histone H3.3 and chromatin remodelling genes in paediatric glioblastoma // Nature. 2012. Vol. 482, № 7384. P. 226-231.

299. Mukherjee J. et al. Mutant IDH1 Cooperates with ATRX Loss to Drive the Alternative Lengthening of Telomere Phenotype in Glioma // Cancer Research.

2018. Vol. 78, № 11. P. 2966-2977.

300. Oppel F. et al. Loss of atrx cooperates with p53-deficiency to promote the development of sarcomas and other malignancies // PLoS Genet / ed. White R.M.

2019. Vol. 15, № 4. P. e1008039.

301. The Cancer Genome Atlas Research Network. Comprehensive, Integrative Genomic Analysis of Diffuse Lower-Grade Gliomas // N Engl J Med. 2015. Vol. 372, № 26. P. 2481-2498.

302. Reifenberger G. et al. Advances in the molecular genetics of gliomas — implications for classification and therapy // Nat Rev Clin Oncol. 2017. Vol. 14, № 7. p. 434-452.

303. Udugama M. et al. Mutations inhibiting KDM4B drive ALT activation in ATRX-mutated glioblastomas // Nat Commun. 2021. Vol. 12, № 1. P. 2584.

304. Yu W. et al. O6-Methylguanine-DNA Methyltransferase (MGMT): Challenges and New Opportunities in Glioma Chemotherapy // Front Oncol. 2020. Vol. 9. P. 1547.

305. Rasheed B.K. et al. Chromosome 10 deletion mapping in human gliomas: a common deletion region in 10q25 // Oncogene. 1995. Vol. 10, № 11. P. 2243-2246.

306. Hegi M.E. et al. MGMT gene silencing and benefit from temozolomide in glioblastoma // N Engl J Med. 2005. Vol. 352, № 10. P. 997-1003.

307. Zhang J., Stevens M.F.G., Bradshaw T.D. Temozolomide: mechanisms of action, repair and resistance // Curr Mol Pharmacol. 2012. Vol. 5, № 1. P. 102-114.

308. Binabaj M.M. et al. The prognostic value of MGMT promoter methylation in glioblastoma: A meta-analysis of clinical trials // J Cell Physiol. 2018. Vol. 233, № 1. P. 378-386.

309. Felsberg J. et al. Epidermal Growth Factor Receptor Variant III (EGFRvIII) Positivity in EGFR -Amplified Glioblastomas: Prognostic Role and Comparison between Primary and Recurrent Tumors // Clin Cancer Res. 2017. Vol. 23, № 22. P. 6846-6855.

310. Cosmic. COSMIC - Catalogue of Somatic Mutations in Cancer [Electronic resource]. URL: https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic (accessed: 02.03.2025).

311. Tirosh I., Suva M.L. Dissecting human gliomas by single-cell RNA sequencing // Neuro-Oncology. 2018. Vol. 20, № 1. P. 37-43.

312. Gryadunov D.A. et al. The EIMB Hydrogel Microarray Technology: Thirty Years Later // Acta Naturae. 2018. Vol. 10, № 4. P. 4-18.

313. Varachev V.O. et al. Biological Microarray for Detection of Somatic Mutations in the Genes of Isocitrate Dehydrogenase 1 and 2 // RUBI. 2023. Vol. 49, № 5. P. 537542.

314. Emelyanova M. et al. Detection of BRAF , NRAS , KIT , GNAQ , GNA11 and MAP2K1/2 mutations in Russian melanoma patients using LNA PCR clamp and biochip analysis // Oncotarget. 2017. Vol. 8, № 32. P. 52304-52320.

315. Labussière M. et al. Combined analysis of TERT , EGFR , and IDH status defines distinct prognostic glioblastoma classes // Neurology. 2014. Vol. 83, № 13. P. 12001206.

316. Padovan M. et al. Actionable molecular alterations in newly diagnosed and recurrent IDH1/2 wild-type glioblastoma patients and therapeutic implications: a large mono-institutional experience using extensive next-generation sequencing analysis // European Journal of Cancer. 2023. Vol. 191. P. 112959.

317. The Cancer Genome Atlas Research Network. Comprehensive, Integrative Genomic Analysis of Diffuse Lower-Grade Gliomas // N Engl J Med. 2015. Vol. 372, № 26. P. 2481-2498.

318. Eckel-Passow J.E. et al. Glioma Groups Based on 1p/19q, IDH , and TERT Promoter Mutations in Tumors // N Engl J Med. 2015. Vol. 372, № 26. P. 24992508.

319. Miller J.J. et al. Isocitrate dehydrogenase (IDH) mutant gliomas: A Society for Neuro-Oncology (SNO) consensus review on diagnosis, management, and future directions // Neuro-Oncology. 2023. Vol. 25, № 1. P. 4-25.

320. Darabi S. et al. Capicua (CIC) mutations in gliomas in association with MAPK activation for exposing a potential therapeutic target // Med Oncol. 2023. Vol. 40, № 7. P. 197.

321. Kim E.E. et al. NTRK-fused central nervous system tumours: clinicopathological and genetic insights and response to TRK inhibitors // acta neuropathol commun. 2024. Vol. 12, № 1. P. 118.

322. Banan R. et al. Infratentorial IDH-mutant astrocytoma is a distinct subtype // Acta Neuropathol. 2020. Vol. 140, № 4. P. 569-581.

323. Karschnia P. et al. Evidence-based recommendations on categories for extent of resection in diffuse glioma // European Journal of Cancer. 2021. Vol. 149. P. 23-33.

324. Varn F.S. et al. Glioma progression is shaped by genetic evolution and microenvironment interactions // Cell. 2022. Vol. 185, № 12. P. 2184-2199.e16.

325. Kocakavuk E. et al. Radiotherapy is associated with a deletion signature that contributes to poor outcomes in patients with cancer // Nat Genet. 2021. Vol. 53, № 7. P. 1088-1096.

326. Ostrom Q.T. et al. Corrigendum to: CBTRUS Statistical Report: Primary Brain and Other Central Nervous System Tumors Diagnosed in the United States in 20132017 // Neuro-Oncology. 2022. Vol. 24, № 7. P. 1214-1214.

327. Gai Q.-J. et al. EPHA2 mediates PDGFA activity and functions together with PDGFRA as prognostic marker and therapeutic target in glioblastoma // Sig Transduct Target Ther. 2022. Vol. 7, № 1. P. 33.

328. Carlotto B.S. et al. PDGFRA, KIT, and KDR Gene Amplification in Glioblastoma: Heterogeneity and Clinical Significance // Neuromol Med. 2023. Vol. 25, № 3. P. 441-450.

329. Giordano F. et al. Cdk4 Regulates Glioblastoma Cell Invasion and Sternness and Is Target of a Notch Inhibitor Plus Resveratrol Combined Treatment // IJMS. 2023. Vol. 24, № 12. P. 10094.

330. Zhang Y. et al. The p53 Pathway in Glioblastoma // Cancers. 2018. Vol. 10, № 9. P. 297.

331. Hoff C. et al. Physical and Transcriptional Mapping of the 17p13.3 Region That Is Frequently Deleted in Human Cancer // Genomics. 2000. Vol. 70, № 1. P. 26-33.

332. The Cancer Genome Atlas Research Network. Comprehensive genomic characterization defines human glioblastoma genes and core pathways // Nature. 2008. Vol. 455, № 7216. P. 1061-1068.

333. Haberberger J.F. et al. A Retrospective Genomic Landscape of 661 Young Adult Glioblastomas Diagnosed Using 2016 WHO Guidelines for Central Nervous System Tumors // The Oncologist. 2024. Vol. 29, № 1. P. e47-e58.

334. Sun X. et al. Comparative genomic landscape of lower-grade glioma and glioblastoma // PLoS ONE / ed. Burger M.C. 2024. Vol. 19, № 8. P. e0309536.

335. Huang Y.-F. et al. Genetic mutation patterns among glioblastoma patients in the Taiwanese population - insights from a single institution retrospective study // Cancer Gene Ther. 2024. Vol. 31, № 6. P. 894-903.

336. Lee Y. et al. The frequency and prognostic effect of TERT promoter mutation in diffuse gliomas // acta neuropathol commun. 2017. Vol. 5, № 1. P. 62.

337. Terzi N.K., Yilmaz I., Oz A.B. The place and prognostic value of tert promoter mutation in molecular classification in grade ii-iii glial tumors and primary glioblastomas // TJPATH. 2021.

338. Lee Y., Park C.-K., Park S.-H. Prognostic Impact of TERT Promoter Mutations in Adult-Type Diffuse Gliomas Based on WH02021 Criteria // Cancers. 2024. Vol. 16, № 11. P. 2032.

339. Higa N. et al. Distribution and favorable prognostic implication of genomic EGFR alterations in IDH -wildtype glioblastoma // Cancer Medicine. 2023. Vol. 12, № 1. P. 49-60.

340. Rutkowska A. et al. Immunohistochemical detection of EGFRvIII in glioblastoma - Anti-EGFRvIII antibody validation for diagnostic and CAR-T purposes // Biochemical and Biophysical Research Communications. 2023. Vol. 685. P. 149133.

341. Zacher A. et al. Molecular Diagnostics of Gliomas Using Next Generation Sequencing of a Glioma-Tailored Gene Panel // Brain Pathology. 2017. Vol. 27, № 2. P. 146-159.

342. Blobner J. et al. Significance of molecular diagnostics for therapeutic decisionmaking in recurrent glioma // Neuro-Oncology Advances. 2023. Vol. 5, № 1. P. vdad060.

343. Sigismund S., Avanzato D., Lanzetti L. Emerging functions of the EGFR in cancer // Molecular Oncology. 2018. Vol. 12, № 1. P. 3-20.

344. Furnari F.B. et al. Malignant astrocytic glioma: genetics, biology, and paths to treatment // Genes Dev. 2007. Vol. 21, № 21. P. 2683-2710.

345. Xu J. et al. Combined PTEN Mutation and Protein Expression Associate with Overall and Disease-Free Survival of Glioblastoma Patients // Translational Oncology. 2014. Vol. 7, № 2. P. 196-205.e1.

346. Engeland K. Cell cycle regulation: p53-p21-RB signaling // Cell Death Differ. 2022. Vol. 29, № 5. P. 946-960.

347. Tartaglia M. et al. Somatic mutations in PTPN11 in juvenile myelomonocytic leukemia, myelodysplastic syndromes and acute myeloid leukemia // Nat Genet. 2003. Vol. 34, № 2. P. 148-150.

348. Cao Y. et al. A pan-cancer analysis confirms PTPN11's potential as a prognostic and immunological biomarker // Aging. 2022. Vol. 14, № 13. P. 5590-5610.

349. Otani R. et al. PTPN11 variant may be a prognostic indicator of IDH-wildtype glioblastoma in a comprehensive genomic profiling cohort // J Neurooncol. 2023. Vol. 164, № 1. P. 221-229.

350. Pan P. et al. Molecular characterization of colorectal adenoma and colorectal cancer via integrated genomic transcriptomic analysis // Front. Oncol. 2023. Vol. 13. P. 1067849.

351. Gao Q. et al. Identifying Mutually Exclusive Gene Sets with Prognostic Value and Novel Potential Driver Genes in Patients with Glioblastoma // BioMed Research International. 2019. Vol. 2019. P. 1-7.

352. Bian L. et al. MRE11-RAD50-NBS1 complex alterations and DNA damage response: implications for cancer treatment // Mol Cancer. 2019. Vol. 18, № 1. P. 169.

353. Mirzoeva O.K., Kawaguchi T., Pieper R.O. The Mre11/Rad50/Nbs1 complex interacts with the mismatch repair system and contributes to temozolomide-induced G2 arrest and cytotoxicity // Molecular Cancer Therapeutics. 2006. Vol. 5, № 11. P. 2757-2766.

354. Berte N. et al. Targeting Homologous Recombination by Pharmacological Inhibitors Enhances the Killing Response of Glioblastoma Cells Treated with Alkylating Drugs // Molecular Cancer Therapeutics. 2016. Vol. 15, № 11. P. 26652678.

355. Astolfi A. et al. BCOR Involvement in Cancer // Epigenomics. 2019. Vol. 11, № 7. P. 835-855.

356. Baranwal A. et al. Genetic landscape and clinical outcomes of patients with BCOR mutated myeloid neoplasms // haematol. 2024.

357. Andrae J., Gallini R., Betsholtz C. Role of platelet-derived growth factors in physiology and medicine // Genes Dev. 2008. Vol. 22, № 10. P. 1276-1312.

358. Fletcher J.A. Role of KIT and platelet-derived growth factor receptors as oncoproteins // Seminars in Oncology. 2004. Vol. 31. P. 4-11.

359. Roszik J. et al. Somatic Copy Number Alterations at Oncogenic Loci Show Diverse Correlations with Gene Expression // Sci Rep. 2016. Vol. 6. P. 19649.

360. Koschmann C. et al. Characterizing and targeting PDGFRA alterations in pediatric high-grade glioma // Oncotarget. 2016. Vol. 7, № 40. P. 65696-65706.

361. Yoo C. et al. Efficacy of Imatinib in Patients with Platelet-Derived Growth Factor Receptor Alpha-Mutated Gastrointestinal Stromal Tumors // Cancer Res Treat. 2016. Vol. 48, № 2. P. 546-552.

362. Higa N. et al. Prognostic impact of PDGFRA gain/amplification and MGMT promoter methylation status in patients with IDH wild-type glioblastoma // Neuro-Oncology Advances. 2022. Vol. 4, № 1. P. vdac097.

363. Alentorn A. et al. Prevalence, clinico-pathological value, and co-occurrence of PDGFRA abnormalities in diffuse gliomas // Neuro-Oncology. 2012. Vol. 14, № 11. P. 1393-1403.

364. Gao Y.-G. et al. Autoinhibitory Structure of the WW Domain of HYPB/SETD2 Regulates Its Interaction with the Proline-Rich Region of Huntingtin // Structure. 2014. Vol. 22, № 3. P. 378-386.

365. Newbold R.F., Mokbel K. Evidence for a tumour suppressor function of SETD2 in human breast cancer: a new hypothesis // Anticancer Res. 2010. Vol. 30, № 9. P. 3309-3311.

366. Weng Y., Xue J., Niu N. SETD2 in cancer: functions, molecular mechanisms, and therapeutic regimens // Cancer Biol Med. 2024. Vol. 21, № 9. P. 725-730.

367. Liu H. et al. Pro-inflammatory and proliferative microglia drive progression of glioblastoma // Cell Reports. 2021. Vol. 36, № 11. P. 109718.

368. Zhang L. et al. Genomic analysis of primary and recurrent gliomas reveals clinical outcome related molecular features // Sci Rep. 2019. Vol. 9, № 1. P. 16058.

369. Draaisma K. et al. Molecular Evolution of IDH Wild-Type Glioblastomas Treated With Standard of Care Affects Survival and Design of Precision Medicine Trials: A Report From the EORTC 1542 Study // JCO. 2020. Vol. 38, № 1. P. 81-99.

370. Choi S. et al. Temozolomide-associated hypermutation in gliomas // Neuro-Oncology. 2018. Vol. 20, № 10. P. 1300-1309.

371. Higa N. et al. Molecular Genetic Profile of 300 Japanese Patients with Diffuse Gliomas Using a Glioma-tailored Gene Panel // Neurol. Med. Chir.(Tokyo). 2022. Vol. 62, № 9. P. 391-399.