Характеристика геномной организации МНС в Oreochromis niloticus тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.26, кандидат наук Донгак, Роман Шивит-оолович

• Донгак, Роман Шивит-оолович
• кандидат наук
• 2003

Оглавление диссертации кандидат наук Донгак, Роман Шивит-оолович

I. Введение................................................................................................................1

1. Главный комплекс гистосовместимости (МНС): от трансплантации опухолей до презентации антигена........................................................................1

2. Структура молекул МНС....................................................................................4

3. Распознавание антигена и функция молекул МНС..........................................9

4. Организация генов МНС...................................................................................11

5. Геномная организация МНС: от млекопитающих до рыб............................13

6. Полиморфизм и механизмы диверсификации генов МНС...........................14

7. Классификация и географическое распространение циклидов....................23

8. Цели проекта......................................................................................................26

II. Оборудование, материалы и реагенты............................................................28

1. Объект.................................................................................................................28

2. Оборудование....................................................................................................28

3. Материалы..........................................................................................................29

3.1. Наборы...........................................................................................................30

4. Химикаты и реагенты........................................................................................30

4.1 Растворы и буферы........................................................................................31

4.2. Реагенты для полимеразной цепной реакции............................................34

4.3. Антибиотики и ферменты............................................................................34

4.4. Среды.............................................................................................................35

5. Векторы клонирования и бактериальные штаммы........................................36

III. Методы.............................................................................................................39

1. Стандартные методы.........................................................................................39

1.1. Фенол-хлороформная экстракция ДНК......................................................39

1.2. Осаждение ДНК этанолом...........................................................................39

1.3. Осаждение плазмидной ДНК изопропанолом...........................................40

1.4. Горизонтальный гель электрофорез...........................................................40

1.4.1. Разделение низкомолекулярных фрагментов ДНК..............................40

1.4.2. Разделение высокомолекулярных фрагментов ДНК...........................41

1.4.2.1. Гель электрофорез в пульсирующем поле......................................41

1.4.2.2. Длинный гель электрофорез..............................................................41

1.5. Определение содержания ДНК.....................................................................42

1.5.1. Спектрофотометрическое определение содержания ДНК....................42

1.5.2. Определение содержания ДНК с помощью бромида этидия................43

1.6. Центрифугирование.......................................................................................43

2. Ферментные методы..........................................................................................43

2.1. Рестрикция ДНК энзимами..........................................................................43

2.1.1. Рестрикция ВАС клонов Ыой для определения размера ДНК-включения..............................................................................................................43

2.1.2. Рестрикция ВАС клонов эндонуклеазой Тад! для определения числа локусов МНС.........................................................................................................44

2.1.3. Частичная рестрикция ВАС клонов.......................................................44

2.2. Реакции лигации...........................................................................................45

2.2.1. Лигация фрагментов ДНК в вектор рвЕМ-Т Базу.................................45

3. Извлечение ДНК................................................................................................46

3.1. Извлечение фрагментов ДНК из агарозной геля.......................................46

3.2. Извлечение ДНК методом щелочного лизиса...........................................46

3.3. Извлечение ДНК ВАС клонов для секвенирования..................................47

4. Полимеразная цепная реакция.........................................................................47

4.1. Амплификация полимеразной цепной реакцией и праймеры.................47

5. Трансформация бактериальных клеток...........................................................53

5.1. Приготовление химически компетентных клеток бактерий Е.соН.........53

5.2. Трансформация Е.соН штамма Ш 109.......................................................54

6. Перенос фрагментов ДНК................................................................................55

6.1. Капиллярное блоттирование фрагментов ДНК.........................................55

6.2. Точечное блоттирование колонии единственной бактерии.....................56

7. Гибридизация.....................................................................................................56

7.1. Хемилюминесцентная гибридизация.........................................................56

7.1.1. Прегибридизация.....................................................................................56

7.1.2. Гибридизация...........................................................................................57

7.1.3. Промывка после гибридизации..............................................................57

7.1.4. Авторадиография.....................................................................................57

7.2. Радиоактивная гибридизация.....................................................................58

7.2.1. Прегибридизация....................................................................................58

7.2.2. Гибридизация..........................................................................................58

7.2.3. Промывка после гибридизации.............................................................58

8. Зонды для гибридизации..................................................................................59

9. Секвенирование.................................................................................................60

9.1. Приготовление акриламидной гели для электрофореза...........................60

9.2. Реакция секвенирования..............................................................................61

9.2.1. Секвенирование продуктов ПЦР...........................................................61

9.2.2. Секвенирование концевых последовательностей ВАС клонов..........62

10. Праймеры для секвенирования......................................................................62

11. Секвенирование клона All............................................................................63

12. Анализ последовательностей ДНК................................................................63

13. Филогенетический анализ..............................................................................64

IV. Результаты........................................................................................................65

1. Извлечение ВАС клонов, содержащих гены класса I МНС..........................65

2. Извлечение ДНК класс I ВАС клонов и оценка размера ДНК включения..65

3. Число локусов класса I МНС............................................................................66

4. Извлечение ВАС клонов, содержащих класс II гены МНС с помощью

метода точечного блоттирования колонии единственной бактерии.............68

5. Число локусов класса НА и В МНС................................................................69

5.1. Гибридизация с зондами, специфичными к генам класса ПА.................70

5.2. Гибридизация с зондами, специфичными к генам класса ПВ.................71

6. Извлечение последовательностей класса ПВ МНС.......................................72

7. Извлечение последовательностей класса ПА МНС.......................................78

8. Извлечение экзонов 2, 3 и 4 генов класса I МНС...........................................82

9. Филогенетический анализ последовательностей класса I МНС...................88

10. Экспрессия генов МНС...................................................................................94

10.1. Экспрессия генов класса I МНС.................................................................94

10.2. Экспрессия генов класса ПА МНС.............................................................95

10.3. Экспрессия генов класса ПВ МНС.............................................................96

11. Конструкция кластеров клонов класса I МНС.............................................97

12. Геномная организация локусов класса I МНС.............................................98

12.1. Конструкция кластера А............................................................................98

12.2. Идентификация локусов класса I МНС....................................................99

13. Структурные характеристики геномного региона класса I МНС.............102

13.1. Распределение ОС содержания и повторяющихся элементов.............102

14. Рестрикционное картирование локусов класса II МНС............................104

14.1. Конструкция кластера А..........................................................................104

14.1.1. Неполная рестрикция ВАС клона В5..............................................105

14.1.2. Гибридизация с зондами, специфичными к концам ВАС клона

В5..........................................................................................................................106

14.1.3. Гибридизация с зондами, специфичными к локусам МНС.............107

14.1.4. Гибридизация с зондом В1Бр6............................................................109

14.2. Конструкция кластера В..........................................................................109

14.2.1. Неполная рестрикция клонов ВЗ и В13.............................................110

14.2.2. Гибридизация с зондами, специфичными к концам ВАС клона

ВЗ..........................................................................................................................110

14.2.3. Гибридизация с зондами, специфичными к локусам DKB, DAB и

DGB......................................................................................................................110

14.2.4. Гибридизация с зондами B14sp6 и B13sp6.......................................111

14.2.5. Гибридизация с зондами, специфичными к концам клона

В13........................................................................................................................113

14.2.6. Гибридизация с зондами, специфичными к локусам МНС.............114

14.3. Конструкция кластера С..........................................................................114

14.3.1. Рестрикция клонов В14 и В22............................................................115

14.3.2. Гибридизация с зондами, специфичными к концам клона

В14........................................................................................................................115

14.3.3. Гибридизация с зондами, специфичными к локусам МНС.............115

14.3.4. Гибридизация с зондами В 13sp6 и В1 lsp6.......................................116

14.3.5. Гибридизация с зондами, специфичными к концам клона В22......118

14.3.6. Гибридизация с зондами, специфичными к локусам МНС.............118

14.3.7. Гибридизация с зондами В11 sp6 и В14Т7........................................118

V. Обсуждение.....................................................................................................120

1. Область класса I МНС в О. niloticus..............................................................120

2. Новые линии генов класса IIB МНС в циклидах.........................................121

3. Эволюция генов класса II МНС в О. niloticus...............................................125

VI. Выводы.........................................................................................................127

VII. Приложение..................................................................................................128

VIII. Сокращения.................................................................................................130

IX. Литература.....................................................................................................134

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Характеристика геномной организации МНС в Oreochromis niloticus»

I. Введение

1. Главный комплекс гистосовместимости (МНС): от трансплантации опухолей до презентации антигена

История главного комплекса гистосовместимости (МНС) начинается с начала XX в. с изучения пересадки опухолей. Первое наблюдение того, что трансплантированная опухоль не растет в генетически чужом хозяине одного и того же вида, было опубликовано Дженсеном (1903) и Лоеб (1908). Первые генетические анализы устойчивости к трансплантции опухолей были проведены Тайзером (1909) и Литтлом (1914) с использованием чистых линий мышей и их гибридов. Это привело к открытию, что число генов отвечающих за отторжение опухоли варьирует от 2 до 15 в зависимости от комбинации разных линий мыши. А природа генов, отвечающих за устойчивость к трансплантированной опухоли впервые была изучена 19361937 годах Горером (Gorer 1936; 1937). Он обнаружил, что отторжение трансплантантов опухоли сопровождается выделением антител против антигенов красных кровяных клеток, которые контролируются двумя или тремя независимо сегрегирующими генами.

В последующем, Снелл (1948) создал большое количество конгенных линий мышей, каждый из которых различался от выбранной чистой линии одним из 15 локусов, ответственных за отторжение трансплантантов опухоли. Он назвал их локусами гистосовместимости или Н-локусы, и предложил их нумеровать последовательно Н-1, Н-2, Н-3 и т.д. Тестирование конгенных линий антисывороткой Горера, содержащей антитела против одного из трех идентифицированных антигенов, вызывающих отторжение трансплантантов, выяснилось, что ген контролирующий данный антиген оказался идентичным одному из Н генов, открытых Снеллом (Gorer et al. 1948). Поэтому Горер назвал его антигеном «II», а локус гистосовместимости был обозначен Н2.

Тестирование конгенных линий показало, что локус Н2 был особенным среди локусов гистосовместимости по крайней мере по двум причинам. Во первых, кусочки ткани обмененные между линиями, различающимися по локусу Н2 были отторжены немного быстрее чем, у тех линий, которые отличались по любому другому Н локусу (Counce et al. 1956). Во вторых, результаты генетических экспериментов, опубликованных Снеллом в 1952 году, привели его к заключению, что Н2 не был одиночным локусом, а представлял собой группу близлежащих локусов. Первое из двух его наблюдений показало, что Н2 является главной причиной отторжения кусочков ткани, тогда как все другие Н локусы поодиночке имели меньший эффект. Второе наблюдение выяснило, что Н2 не был локусом, а был комплексом локусов. Скоро после этого были открыты похожие комплексы локусов гистосовместимости в других видах и все они имели разные названия. Поэтому было определено общее для всех название - главный комплекс гистосовместимости или МНС (Klein 1996).

Биологическая функция МНС долгое время оставалась неизвестной. Так как трансплантация кусочка ткани является неестественным процессом, было очевидно, что отторжение трансплантантов опухоли или нормальной ткани, не могло быть функцией МНС. Открытие того, что отторжение чужеродной ткани является формой иммунного ответа (Gorer 1937; Gibson & Medawar 1943) намекало на то, что природная функция МНС имеет отношение к иммунитету. Однако делать даже догадки о том, какое именно отношение имеет, было в то время невозможно. Однако, неопровержимые подтверждения физиологической роли были представлены тремя независимыми наблюдениями.

Первое доказательство было получено в результате изучения генетического контроля иммунного ответа. В 60-х годах группа исследователей во главе с В. Бенасерраф с одной стороны и Н. О. Макдевит с другой, открыли, что существуют различия в количестве антител

вырабатываемых различными чистыми линиями гвинейских свинок или мышей, иммунизированных простым антигеном, синтезированным искусственно из нескольких аминокислот (Levine et al. 1963; McDevitt & Sela 1965). Во многих случаях, иммунный ответ контролировался главным образом одним локусом, который в мыши был назван иммунный ответ 1 или Ir-1. В мышах иммунный ответ коррелировал с типом Н2, которые эти линии имели (McDevitt & Chinitz 1969) и действительно, ген Ir-1 был картирован в комплексе Н2 (McDevitt et al. 1972).

Второе подтверждение по функции МНС было получено при изучении иммунного ответа на введение вируса лимфоцитарного хориоменингита (LCM) в головной мозг мышей. Частью ответа была выработка цитотоксических Т-лимфоцитов, которые атаковали инфицированные клетки хозяина. Уничтожение инфицированных клеток можно показать in vitro, смешивая лимфоциты, взятые из инфицированного хозяина с соответствующими инфицированными клетками-мишенями. Полагая, что ответ на заражение вирусом LCM должно контролироваться МНС, подобно ответу на простой синтетический антиген, Петер С. Дохерти и Рольф М. Зинкернагель в 1974 году продемонстрировали, что для того чтобы клетки мишени были уничтожены, нужна не только экспрессия на их поверхности антигена из вируса, но также нужно присутствие той же Н2 молекулы, подобно цитотоксическим клеткам. Таким образом, оказалось, что цитотоксические Т-лимфоциты имеют двойственную специфичность, одновременно опознавая компонент из вируса (чужеродный) и молекулы МНС, содержащиеся как на стимулирующих клетках, так и на клетках-мишенях (собственные; Doherty & Zinkernagel 1974; Zinkernagel & Doherty 1974).

Наконец, третье подтверждение физиологической роли МНС получено в результате изучения природы антигена, распознанного Т-лимфоцитами. В отличие от антител, которые были долгое время известны способностью

связываться с большими молекулами антигенов, будучи либо в растворе в свободном виде, либо в интегрированном в плазматическую мембрану клетки виде, данные о том что антигенспецифичные рецепторы Т-лимфоцитов -рецепторы Т-клеток - распознают антигены по другому, накапливались постепенно. В 1980-х годах в сериях экспериментов, проведенных в лабораториях Эмилья Р. Унани, Ховарда Грея и Алена К. Тоунсенда, было продемонстрировано, что Т-лимфоциты могут распознавать белковые антигены только после того, как они фрагментированы («процессированы») и доставлены к ним специализированными антиген-презентирующими клетками (Unanue 1981; Shimonkevitz et al. 1983; Allen et al. 1984; Townsend et all983). Природа процесса презентации антигена проясняется только после того, как стала известна третичная структура молекул МНС (Bjorkman et al. 1987). Позднее H.G. Раммензи и сотрудники показали, что короткие пептиды, образованные в результате протеолиза больших протеинов антигенов связываются со специализированными связывающими полостьями МНС. Именно данный комплекс чужеродных пептидов с молекулами МНС распознается рецепторами Т-лимфоцитов (Rötzschke et al. 1990; Falk et al. 1991). Стало ясно, что физиологической функцией молекул МНС является презентация пептидов Т-лимфоцитам, которые научились различать свои от чужих в ходе своего онтогенеза в тимусе. Связывание пептидов с МНС приводит к активации последних с последующей инициацией адаптивной формы иммунного ответа.

2. Структура молекул МНС

Молекулы МНС являются членами большой группы структурно и функционально сходных протеинов суперсемейства иммуноглобулинов. К этим молекулам относятся различные классы иммуноглобулинов,

компоненты комплексов рецепторов Т-клеток (рецепторы Т-клеток и молекула CD3), маркеры Т-клеток CD4 и CD8, адгезионные молекулы CD2 и LFA-3 (lymphocyte function associated protein), рецепторы фактора роста PDGF (platelet-derived growth factor), CSF-1 (colony stimulating factor-1) и другие (рис.1). Несмотря на то, что имеются большие различия в аминокислотных последовательностьях иммуноглобулиновых молекул, сохраненные участки видны в расположении антипараллельных В-цепей, которые образуют две (З-плоскости Ig-складчатой структуры (Williams & Barclay 1988).

Молекулы класса I МНС состоят из двух полипептидных цепей: тяжелая цепь (Мг=44000), который пронизывает двойной мембранный слой, и нековалентно связанная легкая цепь, (32-микроглобулин (Мг= 12000) (Grey et al. 1973; Peterson et al. 1974; Silver & Hood 1974). Тяжелая цепь состоит из трех внеклеточных доменов, обозначенных al, a2 и a3 (Orr et al. 1979), каждый из которых состоит из примерно 90 аминокислот и кодируются отдельными экзонами (Malissen et al. 1982). Домен аЗ и (32т относительно сохранились и имеют сходные аминокислотные последовательности с константыми доменами иммуноглобулина (Orr et al. 1979; Tragardh et al. 1979; Peterson et al. 1972; Smithies & Poulik 1972). Полиморфные al и a2 домены не имеют значимую гомологию с константным и вариабельным доменами иммуноглобулина, но по некоторым наблюдениям, имеют небольшое сходство друг с другом (Orr et al. 1979).

Домены al и a2 состоят из (З-складчатых плоскостей, включающих длинный a-закрученный участок, который является С концевым четырем (3-цепям в плоскости (рис. 2). В закрученном участке al короткая а-спираль (аминокислоты 50-55) предшествует более длинной закрученной а-спирали (аминокислоты 58-84). Эти спирали расположены под углом почти 110°.

В а2, короткая спираль (аминокислоты 138-148) предшествует более длинной спирали (аминокислоты 151-173) под углом около 130°. Длинная спираль в (32 образует узел в остатке 162. Кроме того, короткая спираль в а2 (аминокислоты 177-181) связывает а2 с аЗ. Дисульфидная связь в а2 связывает остаток 101 Ы-концевой (3-цепи с остатком 164 длинной спирали (В^огктап ег а1. 1987).

Рисунок 1. Молекулы суперсемейства иммуноглобулинов. Круги на рисунке обозначают сегменты последовательностей, которые упакованы подобно Ig С (константный) и V (вариабельный) доменам. Внутри- и межцепочечные дисульфидные связи показаны через S S (Williams & Barclay 1988).

Домены а1 и а2 образуют пару в молекуле НЬА под углом приблизительной бинарной оси симметрии так, что четыре (3-цепи каждого домена образуют одиночную антипараллельную (З-плоскость с восемью цепями. На кончике [3-плоскости находится спиральный участок каждого из доменов, находящихся на расстоянии около 18 А. Пространство между а\ и а2 включает водородную связь между Ы-концевыми (3-цепями каждого домена в центре восьмицепной плоскости, и контакты между С-концом спирального участка и остатками (3-плоскости в другом домене (В)огктап еХ а1. 1987).

А В

Рисунок 2. Трехмерная структура молекулы класса I МНС. А. Схематическое представление четырех доменов молекулы НЬА-А2 (а1, а2 домены в верхней части и аЗ, (32т домены в нижней части). Домены а1 и а2 образуют платформу с единичной восьмицепоцечной (3-плоскостью с а-спиралями сверху. (3-цепи показаны в виде плоских стрелок в направлении от 1\Г-конца к С-концу. а-спирали показаны в виде закрученных спиралей. Соединяющие петли показаны в виде тонких линий. Соединенные круги представляют

дисульфидные связи. В. Схема, показывающая молекулу HLA-A2 сверху. Видна поверхность молекулы, которая предположительно контактирует с рецептором Т-клетки. Каждый домен состоит из четырех антипараллельных (3-цепей, за которым следует длинная спиралевидная область; пара доменов образует одиночную восьмицепочечную цепь с а-спиралями сверху. Модифицировано из Bjorkman et al. 1987.

Домены аЗ и (32т являются (3-сендвич структурами, состоящими из двух антипараллельных (3-складчатых плоскостей, один с четырьмя, а другой с тремья (З-цепями, связанных дисульфидной связью.

Иммуноглобулинподобные константные домены ориентированы под углом чуть ли не бинарной симметричной оси (180°), с их (3-плоскостьями с четырьмя цепями, образующими точки соприкосновения (Marquait & Deisenhofer 1982; Amzel & Poljak 1979). Но в случае с HLA-A2 иммуноглобулинподобные домены связаны через четырехцепные плоскости под углом 146° и переходом длиной 13Â (Bjorkman et al. 1987). Возможно что, аЗ взаимодействует только с (32т, тогда как (32т взаимодействует со всеми тремя доменами а-цепи (Bjorkman & Parham 1990). Анализ антигенной реактивности предполагает что, ассоциация с (32т сопровождается коренными изменениями в конформации тяжелой цепи (Krangel et al. 1979; Yokoyama et al. 1985; Allen et al. 1986) и поэтому может нарушить эффективное связывание пептида. Ассоциация с (32т является важным условием для экспрессии тяжелой цепи молекулы HLA класса I на поверхности клетки (Arce-Gomez et al. 1978; Seong et al. 1988).

Молекулы класса II имеют доменную структуру, похожую на молекулы класса I, но четыре домена цепей класса II расположены в двух полипептидных цепьях (а и (3) приблизительно равного размера. Домены каждой цепи, прилегающие к мембране, являются

иммуноглобулинподобными с гомологией с аЗ и ß2m. N-концевые домены цепей класса II содержат сайты связывания антигенных пептидов и один из этих доменов (al и ßl) имеет слабую гомологию с al и а2 доменами молекулы класса I (Larhammar et al. 1982). В домене al сохраненными аминокислотными остатками являются 68, 72, 75, 78, 84, а в домене а2 сохранены остатки 148, 153, 154, 157, 158, 161, 164, 165, 168 (Brown et al. 1988).

3. Распознавание антигена и функция молекулы МНС

В 1987 году было выдвинуто предположение, что рельефная полость на верхней части HLA-A2 может оказаться сайтом распознавания антигена (Bjorkman et al 1987). Имелась ввиду глубокая полость длиной около 25 Â и шириной 10 À, которая расположена между двумя а-спиралями доменов al и а2. Боковые стенки полости образованы боковыми цепьями, идущими от этих спиралей, а дно образовано боковыми цепьями, отходящими от центральных ß-цепей а1-а2-плоскостей (рис. 2).

Ряд наблюдений предполагает функциональную важность указанной полости. Во первых, была обнаружена электронная плотность, представляющая неизвестную молекулу в данном сайте в ходе изучения кристаллических форм молекул HLA-A2 (Bjorkman et al. 1987). Во вторых, большинство полиморфных аминокислот, участвующих в распознавании Т-клеток и гаплотип-специфичных ассоциаций с антигенами, расположенными в этом сайте. И в третьих, большинство аминокислотных замещений в молекулах класса I мышей и человека, которые изменяют распознавание Т-клеток, соответствуют этому сайту. Была предложена гипотетическая структура сайта распознавания антигенов молекул класса II на основе структурной гомологии с сайтом молекул класса I (Brown et al. 1998).

Дальнейшее изучение структуры молекулы класса I человека HLA-A2 выявило, что пептидсвязывающая полость включает шесть внутренних сайтов или карманов, с А по F (Saper et al. 1991).

Молекулы класса I МНС экспрессируются на поверхности всех ядерных клеток. Они связывают собственные или вирусные пептиды, образованные внутри клетки в результате внутриклеточного процессинга в эндоплазматическом ретикулуме (Lorentz & Allen 1988; Townsend et al. 1989) и представляет их С08-позитивным Т-лимфоцитам (рис. 3).

Рисунок 3. Упрощенная схема процессинга и презентации антигенов МНС молекулами класса I и класса II. Эндогенные протеины (•-•-•) деградируют до пептидов (•), которые связываются молекуами класса I МНС (открытые треугольники) в эндоплазматическом ретикулуме (ЕЯ). Экзогенные антигены (о-о-о) внедряются в клетку путем эндоцитоза и деградируют в эндосомах (Еп) и лизосомах (Ьу). Пептиды (о) сталкиваются с молекулами класса II МНС (жирные треугольники) до их транспортировки к плазматической мембране. Инвариантная цепь (открытый четырехугольник) временно ассоциирует с молекулами класса II Мне в ходе экзоцитоза (В)огктап & РагЬат 1990).

Class I/Endogenous Pathway \ Class П/Exogenous Pathway

Представление вирусных пептидов вызывает цитотоксический иммунный ответ (Townsend & Bodmer 1989; Monaco 1992). Рецептор CD8 взаимодействует с сохраненным регионом в домене аЗ молекулы класса I (Swain 1983; Garrett et al. 1989; Gao et al. 1997). Также известно, что молекулы класса I играют роль в иммунном ответе с участием клетки NK, которая является частью врожденного иммунитета. Специфичные мембранные рецепторы на поверхности клеток NK способны детектировать сокращение молекул класса I МНС на поверхности клеток. В человеке были найдены две категории этих рецепторов: гетеродимеры, относящиеся к с-типу лектинподобного суперсемейства и иммуноглобулинподобные рецепторы NK-клеток (KIR) (Vilches and Parham, 2002).

Молекулы МНС класса II экспессируются на эпителиальных клетках, В-клетках, активированных Т-клетках и профессиональных антигенпрезентирующих клетках иммунной системы (Morrison et al. 1986).

Другое важное различие между молекулами класса I и класса II заключается в разных внутриклеточных путях связывания пептида. Молекулы класса II презентируют вовлеченные вовнутрь и деградированные до пептидов экзогенные (имеющие внеклеточное происхождение) патогены СВ4-позитивным Т-хелпер лимфоцитам. Эти клетки, будучи активированными, помогают и управляют В-клетками, выделяя цитокины. В результате происходит гуморальный иммунный ответ. Рецептор CD4 взаимодействует с сохраненными участками доменов а2 и (32 молекул класса II (Vilches and Parham, 2002). Предположительно молекулы класса II не имеют другой функции кроме презентации антигена.

4. Организация генов МНС

В различных видах позвоночных экзон-интронная организация генов МНС класса I похожа. Гены класса I человека и мыши состоят из восьми

экзонов (Weiss et al. 1983; Steinmetz et al. 1981). Экзон 1 кодирует 5'-нетранскрибируемую область и сигнальный пептид (рис. 4А). Экзоны 2, 3 и 4 кодируют al, a2 и a3 домены, соответственно. Домены al и а2 являются пептидсеязывающимы доменами. Домен аЗ является

иммуноглобулинподобным доменом. Пятый экзон кодирует соединяющий пептид и трансмембранный сегмент. Через трансмембранную область а-цепь пронизывает липидный бислой и закрепляется на мембране. Домены al, a2 и аЗ и соединяющий пептид образуют внеклеточную часть цепи. Экзоны 6, 7 и 8 кодируют цитоплазматическую область, которая составляет короткую внутриклеточную часть a-цепи, и 3'-нетранскрибируемую область (Steinmetz & Hood 1983; Klein 1986).

А В

Рисунок 4. А. Соответствие между экзонами класса I МНС, геном В2М и доменами протеинов. В. Соответствие между экзонами генов класса И А и В МНС и доменами протеинов.

Экзоны показаны в виде четырехугольных блоков и обозначены буквой Е и номером экзона. Домены протеинов, кодируемых геном класса ПА МНС, обозначены буквой а и номером домена, а домены, кодирующиеся геном класса ИВ МНС, обозначены буквой р и номером соответствующего домена. Другие обозначения: СТ - соединяющий пептид; ТМ - трансмембранная область; СУ - цитоплазматический хвостовой домен.

ß-цепь молекулы класса I кодируется геном В2М. Этот ген состоит из четырех экзонов, первый из которых кодирует 5'-нетранскрибируемую область и первые несколько аминокислот протеина. Второй экзон кодирует большую часть протеина. Третий экзон кодирует несколько последних аминокислотных остатков протеина и часть З'-нетрансрибируемой области (Parnés et al. 1981; Parnés & Seidman 1982; Daniel et al. 1983). Зрелый протеин состоит из одного иммуноглобулинподобного домена.

Гены класса IIA МНС состоят из пяти экзонов, тогда как гены класса IIB содержат шесть экзонов (рис. 4В). В обоих видах генов экзон 1 отвечает за 5'-нетрансрибируемую область и сигнальный пептид. Экзон 2 кодирует al (ген А) или ßl (ген В) домен. Оба эти домена двух цепей составляют пептидсвязывающую область молекулы класса II. Экзон 3 кодирует связывающий пептид, трансмембранный домен, цитоплазматический хвостовой домен и З'-нетранскрибируемую область (Klein 1986).

5. Геномная организация МНС: от млекопитающих до рыб

Геномная организация МНС наиболее хорошо известна у человека и мыши, у которых МНС разделен на три области: класс I, класс II и «класс III» (Klein 1986; Campbell and Trowsdale 1993; Newell et al. 1994).

МНС человека имеет координаты 6р21.3 (Senger et al. 1993; Yunis 1981) и имеет длину около 4 млн. пар нуклеотидов (рис. 5). Область класса I на теломерном конце комплекса занимает 2 млн.п.н. и содержит около 50 локусов. Эта область содержит группу родственных генов, полноценные гены, псевдогены и фрагменты генов.

Из локусов класса I HLA, шесть заняты экспрессирующими генами HLA-А, -В, -С, -Е, -F, -G. Гены HLA-B и HLA-C имеют одинаковую транскрипционную ориентацию и находятся на расстоянии 85 т.п.н. друг от

друга (Bronson et al. 1991). Остальные четыре локуса HLA-E (Koller et al. 1988; Chimini et al. 1990), HLA-A (Strachan et al. 1984), HLA-F (Geraghty et al. 1990), и HLA-G (Geraghty et al. 1987) расположены на теломерном конце кластера класса I длиной 1 м.п.н. (Geraghty et al. 1992).

Гены HLA-H, -J, -К, -L, и -X (Chimini et al. 1990) известны как псевдогены. Другие класс I-подобные гены MIC-A, -В, -С, -D, и -Е (МНС class I chain-related) (Fodil et al. 1996) разбросаны в области класса I среди локусов HLA-B и HLA-C (Bahram et al. 1994).

Гены класса II делятся на 6 семейств: DP, DN, DM, DO, DQ и DR. В каждом семействе имеется по два типа локусов: А и В, которые кодируют а и Р полипептидные цепи, соответственно. Кроме того, область класса II также содержит гены, не относящиеся к этому классу, но которые участвуют в процессировании протеинов в пептиды, находящиеся на молекулах класса I. Эти гены включают: LMP2 (large multifunctional protease) и LMP7, которые кодируют субединицы протеосом, а также гены TAPI (transporter associated with antigen processing) и TAP2.

Так называемая область «класса III» расположена между областями класса I и класса II и содержат различные плотно упакованные гены, расположенные через каждые 20 т.п.н. ДНК. Это гены, кодирующие молекулы, которые участвуют в активации компонента {С4А, С4В, С2 и фактор В), ген фактора некроза опухоли (TNFA и TNFB), а и (3 лимфотоксины (LTA и LTB), a также гены, играющие роль в иммунном ответе, например, главный протеин теплового шока (HSP70) и другие.

В человеке ген В2М (P2-microglobulin) находится в хромосоме 15. Другие гены, имеющие отношение к генам класса I были найдены в других хромосомах. Это CD1 в хромосоме 1 (Yu et al. 1993; Martin et al. 1986), ген FCGRT (IgG a-chain transporter) в хромосоме 19 (Simister & Mostov 1989) и ген AZGP1 (Zn-a2-glycoprotein) в хромосоме 7 (Araki et al. 1988).

В мыши комплекс Н2 локализован в хромосоме 17 (Klein 1975). МНС мыши и человека организованы похоже, за исключением некоторых различий. В человеке гены А, В и С класса I расположены один за другим, а в Н2 гены К разделены от других генов класса I областью класса II и геном, не относящимся к МНС (рис. 6). Предполагается, что существует гомология между HLA-C и областью Q в Н2, HLA-E и областью Т. Область HLA-A, возможно, соответствует области М в Н2. Кажется, что область класса I больше подвержена расширению с последующим сокращением по сравнению с областью класса II.

Область генов класса II в Н2 в общем похожа на человеческую. Кластер А в мыши соответствует DK области человека, тогда как область Е гомологична DR. Очевидны соответствия между областью М и DM, DP человека и Ра и Рв локусами мыши. Продукты генов DHA и DOB эквивалентны генам Оа и Ов мыши (Trowsdale 1995).

Организация МНС в курице (Gallus gallus) сильно отличается от такового у млекопитающих. Кластер имеет длину всего около 400 т.п.н. Гены имеют короткие интроны (около 100 п.н.). Расстояния между генами также короткие и составляют около 10-20 т.п.н. Область МНС состоит из 6 локусов класса I (B-F), пяти генов класса IIB (B-L) (Guillemot et al. 1988; Guillemot et al. 1989) и единственного гена класса IIA. Гены, каким-либо образом напоминающие «класс III» область млекопитающих и амфибий, не были найдены в курице (Koch 1986; Guillemot et al. 1988).

Гены B-G курицы, находящиеся вблизи генов МНС похожи на гены MOG и В-Т млекопитающих, расположенных в области класса I (Kaufman et al. 1991; Kaufman & Salomonsen 1992).

Организация МНС в амфибиах была изучена на Xenopus laevis. Были идентифицированы гены МНС класса I (Flajnik et al. 1993) и класса II (Sato et al. 1993). Семейство неклассических генов класса I были картированы на хромосоме, отличной от той, на которой локализованы гены класса II и

классические гены класса I (Р1а]тк & а1. 1993). Известно, что два или три гена ШР70 (8акег-Ш ег а1. 1994), фактор В (КМо ег а1. 1994), и С4 (Какатига & а1. 1986) расположены близко к МНС амфибий.

У представителя костистых рыб, рыбы-зебры {Бато гегю), локусы класса II разделены на две отдельные группы, находящиеся отдельно от группы локусов класса I (Опо ег а1. 1992, 1993; БиИтапп ег а1. 1994). Область класса I имеет длину около 450 т.п.н. и содержит 19 локусов.

centromenc

class п

DPAI

DPBZ DP.A2 j DFB1

I ill

DMA DMB \ / 1!

DOB

111П ill

|DQP3 I

II

DBB1 DRS2

\ / I II I

DRB9 DRA \ / fl

100

200

300

400

500

600

700

800

900

1000

class ш

ti CI

I /

ш

LTA TNF 1TB \ 1/ III

1000

1100

1200

1300

1400

1500

1600

1700

1800

1900

2000

class i

в

ШСА / с X E MICC l J \ / К НС MICE F

I I I I \ / i i \ // II \ /

II i III I I III п И

I-1-1-1-1 I 1 I I I I

2000 2200 2400 2600 2800 3000 3200 3400 3600 3800 4000

extended мне

Hfe

olfactory receptors Zn fingers histones J

I-Г^1!-1-1-1 I I I I I

4000 4400 4800 5200 5600 6000 6400 6800 7200 7600 8000

telomeric

Рисунок 5. Организация главного комплекса гистосовместимости человека (Модифицировано по Rhodes & Trowsdale,

rhttp://www.path.cam.ac.uk./mhc/mhc.html).

Это три класс I локусы {Dare-UDA, -UEA,-UFA), пять генов субединиц протеосом Р (.PSMB8, -9А, -9С, -11, -12), два ТАР гена (ТАР2А, ТАР2В) и один локус ТАР связывающего протеина (ТАРВР) (Michalova et al. 2000). В отличие от МНС человека и мыши, эта группа содержит ортологи генов PSMB, ТАР, и ТАРВР, которые у млекопитающих локализованы внутри области класса II. Ген В2М находится на некотором расстоянии от одного класс II локуса. Ген фактора В комплемента, который у млекопитающих является одним из генов класса III, не найден среди локусов класса I и класса II (Bingulac-Popovic et al. 1997). Такая же ситуация наблюдается и с другими ортологами локусов класса III млекопитающих (Sültmann et al. 2000).

u-„!

¡ÄM! pij ' Щ ■

im сю твжшйвшжюш! №8mm№3№ó<m s í í

j M f I I f

Y ' .....-I». —#— —I" —f —)> *• f" - -Щ - 4 . • , > > > i ~ Щ. ■ t .

ps ь Qt mtmm? o* a¡>

Ш. M.M

4- % ♦ 4 > * > ■ 'P 4 * * 4

D fí Г №

mi Ürnll

4

Рисунок 6. Синтеничные отношения между класс I и класс II областьями человека (HLA) и мыши (Н2).

Межгенные расстояния и размеры локусов в этих видах различные, но их порядок такой, как паказано на рисунке. Направления транскрипции показаны стрелками (Klein & Horejsi 1997).

В отличие от МНС тетраподов, у которых локусы класса I и класса II образуют единый кластер, у всех видов костистых рыб, включая рыбу-зебру (Bingulac-Popovic et al. 1997; Michalova et al. 2000), рыбу медака (Naruse et al. 2000), карп (Stet et al. 1997), атлантическую лосось (Stet et al. 2002; Grimholt

et al. 2002), форель (Hansen et al. 1999), локусы класса I отделены от локусов класса II. В рыбе-зебре локусы класса I находятся в группе 19, тогда как класс II локусы распределены по трем разным группам: 4, 8 и 18. Данная особенность характерна не только для рыбы-зебры, представителя отряда Cyprinoformes, но и для представителей других отрядов Euteleostei. К ним можно отнести колюшку трехиглую (Gasterosteus aculeatus, Gasterosteiform.es), гуппи (Poecilia reticulata, Cyprinodontiform.es) и циклиду (Oreochromis niloticus, Perciformes) (Sato et al. 2000). В отличие от рыбы-зебры, которая может иметь не более шести класс I локусов и три локуса в гаплотипе, вид О. niloticus может содержать до 22 локусов класса I в одном кластере. Число локусов в гаплотипе варьирует от 10 до 17 (Murray et al. 2000).

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Донгак, Роман Шивит-оолович, 2003 год

IX. Литература

Araki, Т., Gejyo, F., Takagaki К., Haupt, H., Schwick, H. G., Biirgi, W., Marti, Т., Shaller, J., Rickli,, E., Brossmer, R., Atkinson, P. H., Putnam, F. W., and Schmid, K. Complete amino acid sequence of human plasma Zn-a2 glycoprotein and its homology to histocompatibility antigens. Proc Natl Acad Sci USA 85: 679-683, 1988

Arden, B. and Klein, J. Biochemical comparison of major histocompatibility complex molecules from different subspecies of Mus musculus: evidence for trans-specific evolution of alleles. Proc Natl Acad Sci USA 79: 2342-2346, 1982

Allen, P. M., Strydom, D. J., Unanue, R. E. Processing of lysozyme by macrophages: Identification of the determinant recognized by two T-cell hybridomas. Proc Natl Acad Sci USA 81:2489-2493, 1984

Altschul, S. F., Madden, T. L., Schaffer, A. A., Zhang, J., Zhang Z., Miller, W., and Lipman, D. J. BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res 25: 3389-3402, 1997

Bjorkman, P.J., Saper, M.A., Samraoui, В., Bennett, W.S., Strominger, J.L., and Wiley, D.C. Structure of the human class I histocompatibility antigen, HLA-A2. Nature 329: 506-512, 1987a

Banarescu, P. Zoogeography of fresh waters. Vol. 3, AULA-Verlag, Wiesbaden, 1995

Bjorkman, P.J., Saper, M.A., Samraoui, B., Bennett, W.S., Strominger, J.L., and Wiley, D.C. The foreign antigen binding site and T cell recognition regions of class I histocompatibility antigens. Nature 329: 512-518, 1987b

Bjorkman, P. J., and Parham, P. Structure, function, and diversity of class I major histocompatibility complex molecules. Annu Rev Biochem 59: 253-288, 1990

Brown, J.H., Jardetzky, T., Saper, M.A., Samraoui, B., Bjorkman, P.J., and Wiley, D.C. A hypotetical model of the foreign antigen binding site of class II histocompatibility molecules. Nature 332: 845-850, 1988

Brown, J.H., Jardetzky, T., Gorga, J.C., Stern, L.J., Urban, R.J., Strominger, J.L., and Wiley, D.C. Three-dimentional structure of the human class II histocompatibility antigen HLA-DR1. Nature 364: 33-39, 1993

Burke, W. D., Muller, F., Eickbush, T. H. R4, a non-LTR retrotransposon specific to the large subunit rRNA genes of nematodes. Nucleic Acids Res 25: 4628-4634, 1995

Blanck, G. and Strominger, J.L. Molecular organization of the DQ subregion (DO-DX-DV-DQ) of the human Mhc and its evolutionary implications. J Imminol 141: 1734-1737, 1988

Blanck, G. and Strominger, J.L. Cosmid clones in the HLA-DZ and -DP subregions. Hum Immunol 27: 265-268, 1990

Bronson, S.K., Pei, J., Taillon-Miller, P., Chorny, M.G., Geraghty, D.E., and Chaplin, D.D. Isolation and characterization of yeast artificial chromosome clones linking the HLA-B and HLA-C loci. Proc Natl Acad Sci USA 88: 1675-1680, 1991

Bahram, S., Bresnahan, M., Geraghty, D.E., and Spies, T.A. A second linage of mammalian major histocompatibility complex class I genes. Proc Natl Acad Sci USA 91: 6259-6263, 1994

Bourlet, Y., Behar, G., Guillemot, F., Frechin, N., Billault, A., Chausse, A.M., Zoorob, R., Auffray, C. Isolation of chicken major histocompatibility complex class II (B-L) beta chain sequences: comparison with mammalian beta chains and expression in lymphoid organs. EMBO J 7: 1031-1039, 1988

Bingulac-Popovic, J., Figueroa, F., Sato, A., Talbot, W. S., Jonhson, S. L., Gates, M., Postlethwait, J. H., Klein, J. Mapping of Mhc class I and class II regions to different linkage groups in the zebrafish, Danio rerio. Immunogenetics 46: 129, 1997

Campbell, R.D. and Trowsdale, J. Map of the human Mhc. Immunol Today 14: 349-352, 1993

Counce, S., Smith, P., Barth, R., and Snell, G. D. Strong and weak histocompatibility gene differences in mice and their role in the rejection of homografts of tumors and skin. Ann Surg 144: 198-204, 1956

Chimini, G., Boretto, J., Marguet, D., Lanau, F., Lauquin, G., and Pontarotti, P. Molecular analysis of the human MHC class I region using yeast artificial chromosome clones. Immunogenetics 32: 419-426, 1990

Carrol, R. L. Vertebrate paleontology and evolution. W. H. Freeman, New York, 1987

Carroll, M.C., Katzman, p., Alicot, E.M., Koller, B.H., Geraghty, D., Orr, H.T., Strominger, J.L., and Spies, T. A linkage map of the human major histocompatibility complex including the tumor necrosis factor genes. Proc Natl AcadSci USA 84: 8535-8539, 1987

Carroll, M.C., Campbell, R.D., Bentley, D.R., and Porter, R.R. A molecular map of the human major histocompatibility complex class III region linking complement genes C4, C2 and factor B. Nature 307: 237-241, 1984

Colloms, S. D., van Luenen, H. G. A. M., and Plasterk, R. H. A. DNA binding activities of the Caenorhabditis elegans Tc3 transposase. Nucleic Acids Res 22: 5548-5554, 1994

Cho, S., Attaya, M., Brown, M. G., and Monaco, J. J. A cluster of transcribed sequences between the Pb and Ob genes of the murine major histocompatibility complex. Proc Natl Acad Sci USA 88: 5197-5201, 1991

Doherty, P. C., Zinkernagel, R. M. (1975) Enhanced immunological surveillance in mice heterozygous at the H-2 gene complex. Nature 256: 50-52.

Dunham, I., Sargent, C. A., Trowsdale, J., and Campbell, R. D. Molecular mapping of the human major histocompatibility complex by pulsed-field gel electrophoresis. Proc Natl Acad Sci USA 84: 7237-7241, 1987

Duvernell, D. D., and Turner, B. J. Swimmer 1, a new-copy-number LINE family in teleost genomes with sequence similarity to mammalian LI. Mol Biol Evol 15: 1791-1793, 1998

Dunham, I., Sargent, C.A., Kendall, E., and Campbell, R.D. Characterization of the class III region in different MHC haplotypes by pulsed-field electrophoresis. Imminogenetics 32: 175-182, 1990

Duncan, W. R., Wakeland, E. K., and Klein, J. Heterozygosity of H-2 loci in wild micq. Nature 281: 603-605, 1979

Falk, K., Rotzschke, O., Stevanovic, S., Jung. G., Rammensee, H. G. Allele-specific motifs revealed by sequencing of self-peptides eluted from Mhc molecules. Nature 351: 290-296, 1991

Fisher, D., Hunt III, S. W., and Hood, L. Structure of a gene encoding a murine thymus leukemia antigen, and organization of Tla genes in the BALB/c mouse. J Exp Med 162: 528-545, 1985

Figueroa, F., Klein, J. The evolution of the MHC class II genes. Immunology Today 7: 78-81,1986

Figueroa, F., Giinther, E., and Klein, J. MHC polymorphism pre-dating speciation. Nature 335: 265-267, 1988

Figueroa, F., Mayer, E.M., Sultmann, H., CThUigin, C., Tichy, H., Satta, Y., Takezaki, N., Takahata, N., Klein, J. Mhc class II B gene evolution in East African cichlid fishes. Immungenetics 51: 556-575, 2000

Flajnik, M.F., Kasahara, M., Shum, B.P., Salter-Cid, L., Taylor, E., and DuPasquier, L. A novel type of class I genes organization in vertebrates: a large family of non-Mhc-linked

class I genes is expressed at the RNA level in the amphibian Xenopus. EMBO J12: 4385-4396, 1993

Fodil, N., Laloux, L., Wanner, V., Pellet, , P., Hauptmann, G., Muzuki, N., Inoko, H., Spies, T., Theordorou, I., & Bahram, S. Allelic repetoire of the human MHC class I MICA gene. Immunogenetics 44: 351-357, 1996

Feinberg, A. P., and Vogelstein, B. A technique for radiolabelling DNA restriction endonuclease fragments to high specific activity. (Addendum.) Anal Biochem 137: 266-267, 1984

Feng, Q., Moram, J. V., Kazazian, Jr., H. H., Boeke, J. D. Human LI retrotransposon encodes a conserved endonuclease required for retrotransposition. Cell 1987: 905-916, 1996

Finnegan, D. J. Transposable elements. Curr Opin Genet Dev 2: 861-867, 1992

Gaemers, P. A. M. Taxonomic position of the Cichlidae as demonstrated by the morphology of their otoliths. Netherl. JZool 34: 566-595, 1984

Gorer, P.A. The genetic and antigenic basis of tumor transplantation. J Pathol Bacteriol 44: 691-697, 1937a

Gorer, P. A. Futher studies on antigenic différencies in mouse erythrocytes. Brit J Exp Pathol 18: 31-36, 1937b

Gorer, P.A. The detection of antigenic differences in mouse eritrocytes by the employment of immune sera. Br J Exp Pathol 17: 42-50, 1936b

Gussow, D., Rein, R., Ginjaar, I., Höchstenbach, F., Seemann, G., Kottman, A., Ploegh, H. L. The human ß2-microglobulin gene. Primary structure and definitation of the transcriptional unit. J immunol 139: 3132-3138, 1987

Geraghty, D.E., Pei, J., Lipsky, B., Hansen, J.A., Taillon-Miller, P., Bronson, S.K., and Chaplin, D.D. Cloning and physical mapping of the HLA class I region spanning the HLA-E-to-HLA-F interval by using yeast artificial chromosomes. Proc Natl Acad Sei USA 89: 2669-2673, 1992

Gasser, D.L., Sternberg, N.L., Pierce, J.C., Goldner-Sauve, A., Feng, H., Haq, A.K., Spies, T., Hunt, C., Buetow, K.H., and Chaplin, D.D. PI and cosmid clones define the organization of 280 kb of the mouse H-2 complex containing the Cps-1 and Hsp70 loci. Immungenetics 39: 48-55, 1994

Grimholt, U., Hordvic, I., Fosse, V. M., Olsaker, I., Endresen, C., Lie, O. Molecular cloning of major histocompatibility complex class I cDNAs from Atlantic salmon {Salmo salar). Immunogenetics 37: 469-473, 1993

Grimholt, U., Drablos, F., B. Hoyheim, S. M., Stet, R. J. M. The major histocompatibility class I locus in Atlantic salmon {Salmo salar /.): polymorphism, linkage and protein modelling. Immunogenetics 54: 570-581, 2002

Guillemot, F., Billault, A., Pourquie, O, M., Behar, G., Chausse, A. M., Kleibich, G., and Aufray, C. A molecular map of the chicken major histocompatibility complex: the class II beta genes are closely linked to the class I genes and the nuclear organizer. EMBO 7: 2775-2785, 1988

Guillemot, F., Kaufman, J. F., Skjoedt, K., and Auffray, C. The major histocompatibility complex in the chicken. TIGS 5: 300-304, 1989

Garrett, T. P. J., Saper, M. A., Bjorkman, P. J., Strominger, J. L., and Wiley, D. C. Specificity pockets for the side chains of peptide antigens in HLA-Aw68. Nature 342: 692-696, 1989

Gao, G. F., Tormo, J., Gerth et al. Crystal structure of the complex between human CD8oca and HLA-A2. Nature 383: 630-634, 1997

Hansen, J. P., Strassburger, P., Thorgaard, G. H., Young, W. P., Du Pasquier, L. Expression, linkage, and polymorphism of Mhc-related genes in rainbow trout, Oncorhynchus mykiss. J immunol 163: 774-786, 1999

Hanson, I.M, Poutska, A., and Trowsdale, J. New genes in the class II region of the human major histocompatibility complex. Genetics 10: 417-424, 1991

Hughes, A. L., Nei, M. Pattern of nucleotide substitution at major histocompatibility complex class I loci reveals overdominant selection. Nature 335: 167-170, 1988

Hughes, A. L. Origin and evolution of HLA class I pseudogenes. Mol Biol Evol 12(2): 247-258, 1995

Hughes, A. L., Nei, M. Nucleotide substitution at major histocompatibility complex class II loci: evidence for overdominant selection. Proc Natl Acad Sci USA 86: 958-962, 1989

Hughes, A. L., Hughes, M. K. Natural selection on the peptide binding regions of major histocompatibility complex molecules. Imminogenetics 42: 233-243, 1995

Holzinger, I., Baey, A., Messer, G., Kick, G., Zwierzina, H., Weiss, E. H. Cloning and genomic characterization of LST1: a new gene in the human TNF region. Immunogenetics 42: 315-322, 1995

Hashimoto, K., Nakanishi, T., Kurosawa, Y. Identification of shark sequence resembling the major histocompatibility complex class I alpha 3 domain. Proc Natl Acad Sei USA 89: 2209-2212, 1992

Hashimoto, K., Nakanishi, T., Kurosawa, Y. Isolation of carp genes encoding major histocompatibility complex antigenes. Proc Natl Acad Sei USA 87: 68636867, 1990

Hardy, D. A., Bell, J. I., Long, E. O., Lindsten, T., and McDevitt, H. O. Mapping of the class II region of the human major histocompatibility by pulsed-field gel electrophoresis. Nature 323: 453-455, 1986

Hedrick, P. W., and Thomson, G. Evidence for balancing selection at HLA. Genetics 104: 449-456, 1983

Juul-Madsen, H. R., Glamann, J., Madsen, H. O., and Simonsen, M. Mhc class II beta-chain expression in the raibow trout. Scan J Immunol 35: 687-694, 1992

Jensen, C. O. Experimentelle Untersuchungen über Krebs bei Mäusen. Zentralbl Bakteriol Parasitenk Infektionskrankh 34: 28-34, 122-143, 1903

Klein, J., Takahata, N. The major histocompatibility complex and the guest for origins. ImmunologicalRevews 113:5-25,1990

Klein, J., Figueroa, F., Nagy, Z.A. Genetics of the major histocompatibility complex: The final act. Annu Rev Immunol 1:119-142,1983

Klein, J. Natural history of the Major Histocompatibility Complex. Wiley & Sons, New-York, 1986

Klein, J., Bontrop, R. E., Dawkins, R. L., Erlich, H. A., Gyllensten, U. B., Heise, E. R., Jones, P. P., Parham, P., Wakeland, E. K., Wankins, D. I. Nomenclature for the major histocompatibility complexes of different species: a proposal. Immunogenetics 31: 217-219, 1990

Klein, J. Biology of the Mouse Histocompatibility Complex. Berlin: Springer Verlag, 1975

Klein, J. H-2 mutations:Their genetics and effect on immune functions. Adv Immunol 26: 55-146, 1978

Klein, J. (1987) Origin of major histocompatibility complex polymorphism: the iram-species hypothesis. Hum immunol 19: 155-162.

Klein, J. and Horejsi, V. Immunology. 2 nd edn. Blackwell Scientific Publishers, Oxford 1997

Klein, J., and Sato, A. Birth of the Major Histocompatibility complex. Scan J Immunol 47: 199-209, 1998

Klein, J., and Figueroa, F. Evolution of the Major Histocompatibility Complex. In. CRC Crit Rev Immunol. CRC Press, Boca Raton, Florida, 1986

Klein, J., and CThUigin, C. Composite origin of major histocompatibility complex genes. Curr Opin Genet Dev 3: 923-930, 1993

Klein, D., Ono, H., CThUigin, C., Vincek, B., Goldschmidt, T., Klein, J. Extensive Mhc variability in cichlid fishes of Lake Malawi. Nature 364: 330-334, 1993

Klein, J. Are invertebrates capable of anticipatory immune responses? Scan J Immunol 29: 499-505, 1989

Kelly, A. P., Monaco, J. J., Cho, S., and Trowsdale, J. A new human HLA class II-related locus, DM. Nature 353: 667-668, 1991.

Kendall, E., Sargent, C.A., and Campbell, R.D. Human major histocompatibility complex contains a new cluster of genes between the HLA-D and complement C4 loci. Nucleic Acids Res 18: 7251-7257, 1990

Kaufman, J. and Salomonsen, J. B-G: we know what it is, but what does it do? Immunol Today 13: 1-2, 1992

Kaufman, J., Skjodt, K., and Salomonsen, J. The B-G multigene family of the chicken major histocompatibility complex. Crit Rev Immunol 11: 113-143, 1991

Kaufman, J. F., Auffray, C., Korman, A. J., Shackelford, D., and Strominger, J. L. The class II molecules of the human and murine major histocompatibility complex. Cell 36, 1, 1984

Kimura, M., The Neutral Theory of Molecular Evolution. Cambridge University Press, Cambridge, 1983

Klitz, W., and Thomson, G. Disequilbrium pattern analysis. Application of Danish HLA A and B locus data. Genetics 116: 663-643, 1987

Kriener, K., CThUigin, C., Klein, J. Conversion or convergence? Introns of primate DRB genes tell the true story (2000a). In: Kasahara M. (ed) The major histocompatibility complex: evolution, structure, and function. Springer, Tokyo

Kriener, K., CThUigin, C., Tichy, H., Klein, J. Convergent evolution of major histocompatibility complex molecules in humans. Immunogenetics 51: 169-178, (2000b)

Kendall, E., Sargent, C.A., and Campbell, R.D. Human major histocompatibility complex contains a new cluster of genes between the HLA-D and complement C4 loci. Nucleic Acid Res 18: 7251-7257, 1990

Kato, Y., Salter-Cid, L., Flajnik, M. F., Kasahara, M., Namukawa, C., Sasaki, M., and Nonaka, M. Isolation of the Xenopus complement factor B cDNA and linkage of the gene to the frog MHC. J Immunol, 1994

Koch, C. A genetic polymorphism of the complement component factor B in chickens not linked to the major histocompatibility complex (MHC). Immunogenetics 23: 364, 1986

Koller, B. H., Geraghty, D. E., Shimizu, D. E., DeMars, R., and Orr, H. T. HLA-E: A novel HLA class I gene expressed in resting T lymphocytes. J Immunol 141: 897-904, 1988

Katagiri, T., Asakawa, S., Minagawa, S., Shimizi, N., Hirono, I., Aoki, T. Costruction and characterization of BAC libraries from three fish species; rainbow trout, carp and tilapia. Animal Genetics 32: 200-204, 2001

Little, C. C. and Tyzzer, E. E. Further experimental studies on the inheritance of susceptibility to a transplantable tumor, carcinoma (J.W.A.) of the Japanese waltzing mouse. J Med Res 33: 393-453, 1916

Larhammar, D., Schenning, L., Gustafsson, K., Wiman, K., Claesson, L., Rask, L., and Peterson, P. A. Complete amino acid sequence of an HLA-DR antigen-like ß chain as predicted from the nucleotide sequence: Similarities with immunoglobulins and HLA-A, -B, and -C antigens. Proc Natl Acad Sei USA 79: 3687-3691, 1982

Lawlor, D. A., Ward, F. E., Ennis, P. D., Jackson, A. P., Parham, P. HLA-A and B polymorphism predate the divergence of humans and chimpanzees. Nature 335: 268-271, 1988

Levine, B. B., Ojeda, A., Benacerraf, B. The genetic control of the immune response to hapten-poly-L-lysine conjugates in Guinea pigs. J Exp Med 118: 953, 1963

Loeb, L. Über Entstehung eines Sarkoms nach Transplantation eines Adenocarcinoms einer japanischen Maus. Z Krebsforsch 7: 80-110, 1908

Lopez de Castro, J. A., Strominger, J. L., Strong, D. M., and Orr, H. T. Structure of crossreactive human histocompatibility antigens HLA-A28 and HLA-A2: Possible implications for the generation of HLA polymorphism. Proc Natl Acad Sei USA 79: 3813-3817, 1982

Mathias, S. L., Scott, A. F., Kazazian, H. H., Boeke, J. D., Gabriel, A. Reverse transcriptase encoded by a human transposable element. Science 254: 1808-1810, 1991

Majumdar, K.C., and McAndrew, B.J. Relative DNA content of somatic nuclei and chromosomal studies in three genera, Tilapia, Sarotherodon, and Oreochromis of the tribe Tilapiini (Pisces, Cichlidae). Genetica 68: 175-188, 1986

Malissen, M., Malissen, B., and Jordan, B. R. Exon/intron organization and complete nucleotide sequence of an HLA gene. Proc Natl Acad Sei USA 79: 893897, 1982

Messing, J., Crea, R., Seeburg, P. H. A system for shotgun DNA sequencing. Nucleic Acids Res 9(2): 309-321, 1981

Moore, K. W., Sher, B. T., Sun, Y. H., Eakle, K. A., and Hood, L. DNA sequence of a gene encoding a BALB/c mouse Ld transplantation antigen. Science 215: 679, 1982

Mellor, A. L., Weiss, H., Ramachandran, K., and Flavell, R. A. A potential donor gene for the bml gene conversion event in the C57BL mouse. Nature 306: 792795, 1983

McDevitt, H. O., Chinitz, A. Genetic control of the antibody response: relationship between immune response and histocompatibility (H-2) type. Science 163: 12071208, 1969

McDevitt, H. O., and Sela, M. Genetic control of the antibody response. I. Demonstration of determinant-specific differences in response to synthetic polypeptide antigens in two strains of inbred mice. J Exp Med 122: 517-531, 1965

McDevitt, H. O., Deak, B. D., Shreffler, D. C., Klein, J., Stimpfling, J. H., and Snell, G. D. Genetic control of the immune response. Mapping of the Ir-1 locus. J Exp Med 135: 1256-1278, 1972

Martin, L. H., Calabi, F. & Milstein, C. Isolation of CD1 genes: a family of major histocompatibility complex-related differentiation antigens. Proc Natl Acad Sei USA 83: 9154, 1986

Mayer, W. E., Jonker, M., Klein, D., Ivanyi, P., van Seventer, G., Klein, J. Nucleotide sequences of chimpanzee Mhc class I alleles: evidence for trans-species mode of evolution. EMBOJ 7: 2765-2774, 1988

Malaga-Trillo, E., Zaleska-Rutczinska, Z., McAndrew, B., Vincek, V., Figueroa, F., Sültmann, H., Klein, J. Linkage relationships and haplotype polymorphism among cichlid Mhc class II B loci. Genetics 149: 1527-1537

Monaco, J. J. A molecular model of MHC class I-restricted antigen processinf. Immunol Today 13: 173-179, 1992

Murray, B. W., Nilsson, P., Zaleska-Rutczynska, Z., Sültmann, H. & Klein, J. Linkage relationships and haplotype variation of the major histocompatibility complex class I A genes in the cichlid fish Oreochromis niloticus. Mar Biotechnol, 2000

Murray, B. W., Shintani, S., Siiltmann, H. & Klein, J. Major histocompatibility complex class II A genes in cichlid fishes: identification, expression, linkage relationships, and haplotype variation. Immunogenetics: 2000

Murray, B.W., Sultmann, H. and Klein, J. New family of Mhc class II A genes identified from cDNA sequences in the cichlid fish Aulonocara hansbaenschi. Immunogenetics 49: 544-548,1999

Michalova, V., Murray, B. W., Sultmann, H., Klein, J. A contig map of the Mhc class I genomic region in the zebrafish reveals ancient sinteny. J Immunol 164: 5296-5305, 2000

Maniatis, T., Fritsch, E. F., and Sambrook, J. Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, 1982

McConnell, T. J., Talbot, W. S., Mclndoe, R. A., Wakeland, E. K. The origin of Mhc class II gene polymorphism within the genus Mus. Nature 332: 651-654, 1988

Nelson, J. S. Fishes of the World, 3 rd edn, John Wiley, New York, 1994.

Newell, W.R., Trowsdale, J. and Beck, S. MHCDB-database of the human MHC. Immunogenetics 40: 109-115, 1994

Nei, M., Gu., X. & Sitnikova, T. Evolution by the birth-and death process in multigene families of the vertebrate immune system. Proc Natl Acad Sci USA 94: 7799-7806, 1997

Nakamura, T., Sekizawa, A., Fujii, T., and Katagiri, C. Cosegregation of the polymorphic C4 with MHC in the frog Xenopus laevis. Immunogenetics 23: 1181, 1986

Naruse, K., Shima, A., Nonaka, M. MHC gene organization in the bony fish, medaka. In: M. Kasahara (ed), Major histocompatibility complex: Evolution, structure, andfunction. Springer-Verlag, Tokio. P 91-109, 2000

Okamura, K., Nakanishi, T., Kurosawa, Y., Hashimoto, K. Expansion of genes that encode MHC class I molecules in cyprinid fishes. J Immunol 151: 188-200, 1993

Orr, H. T., Lancet, D., Robb, R. J., Lopez de Castro, J. A., and Strominger, J. The heavy chain of human histocompatibility antigen HLA-B7 contains an immunoglobulin-like region. Nature 282: 266-270, 1979

Okada, K., Prentice, H.L., Boss, J.M., Levy, D.J., Kappes, D., Spies, T., Raghupathy, R., Mengler, R.A., Auffray, C., and Strominger, J.L. SB subregion of the human major histocompatibility comple: gene organisation, allelic polymorphism and expression in transformed cells. EMBOJ4: 739-748, 1985a

Ohta, Y., Okamura, K., McKinney, E. C., Bartl, S., Hashimoto, K., Flajnik, M. F. Primitive synteny of vertebrate major histocompatibility complex class I and class II genes. Procl Natl Acad Sci USA 97: 4712-4717, 2000

Ohto, T. Role of diversifying selection and gene conversion in evolution of major histocompatibility complex loci. Proc Natl Acad Sci USA 88: 6716-6720, 1991

Ohto, T. Allelic and nonallelic homology of a supergene family. Proc Natl Acad Sci USA 79: 3251-3254, 1982

Obata, Y., Chen, Y.-T., Stockert, E., Old, L. J. Structural analysis of TL genes of the mouse. Proc Natl Acad Sci USA 82: 5475, 1985

Ono, H., Klein, D., Vincek, V., Figueroa, F., O'hUigin, C., Tichy, H., and Klein, J. Major histocompatibility complex class II genes of zebrafish. Proc Natl Acad Sci USA 89: 11886-11890, 1992

Ono, H., O'hUigin, C., Vincek, V., and Klein, J. Exon-intron organization of fish major histocompatibility complex class II B gene. Immunogenetics 38: 223-234, 1993

O'Connor, M., Pfeifer, M., Bender, W. Construction of large DNA segments in Escherichia coli. Science 244: 1307-1312, 1989

O'hUigin, C. Quantifying the degree of convergence in primate Mhc-DRB genes. Immunol Rev 143: 123-140, 1995

Patthy, L. Evolution of human protein by exon-shuffling. In: Jackson, M., Strachan, T., Dover, G., eds. Human Genome Evolution. Oxford: BIOS Scientific Publishers: 35-71, 1996

Parham, P., Lomen, C.E., Lawlor, D.A., Ways, J.P., Holmes, N., Coppin, H.L., Salter, R.D., Wan, A.M., Ennis, P.D. Nature of polimorphism in HLA-A, -B, and -C molecules. Proc Natl Acad Sci USA 85: 4005-4009, 1988

Parham, P., Adams, E. J., Arnett, K. L. The origins of HLA-A, B, C polymorphism. Immunol Rev 143: 141-180, 1995

Peterson, P. A., Cunningham, B. A., Berggard, I., and Edelman, G. M. (32-microglobulin - a free immunoglobulin domain. Proc Natl Acad Sci USA 69: 1697-1701, 1972

Ploegh, H.L., Orr, H.L., Strominger, J.L. Molecular cloning of a human histocompatibility antigen cDNA fragment. Proc Natl Acad Sci USA 77: 60816085, 1980

Ploegh, H. L., Orr, H. T., and Strominger, J. L. Major histocompatibility antigens: the human (HLA-A, -B, -C) and murine (H-2K, H-2D) class I molecules. Cell 24: 287-299, 1981

Poulter, R., and Butler, M. A retrotransposon family from the pufferfish (fugu) Fugu rubripes. Gene 215: 241-249, 1998

Pham-Dinh, D., Mattei, M. G., Nussbaum, J. L., Roussel, G., Pontaotti, P., Roeckel, N., Mather, I. H., Artzt, K., Fischer Lindahl, K., and Dautngny, A. Myelin/oligodendrocyte glycoprotein is a member of a subset of the immunoglobulin superfamily encoded within the major histocompatibility complex. Proc Natl Acad Sci USA 90: 7990-7994, 1993

Parnes, J. R., and Seidman, J. G. Structure of wild-type and mutant mouse — microglobulin genes. Cell 29: 661-669, 1982

Ragoussis, J., Monaco, A., Mockridge, I., Kendall, E., Campbell, R. D., and Trowsdale, J. Cloning of the HLA class II region in yeast artificial chromosomes. Proc Natl Acad Sci USA 88: 3753-3757, 1991

Rollini, P., Mach, B., and Gorski, J. Linkage map of three HLA-DR p-chain genes: evidence for a recent duplication event. Proc Natl Acad Sci USA 82: 7197-7201, 1985

Rammensee, H. G., Friede, T., and Stevanovic, S. MHC ligands and peptide motifs: first listing. Immunogenetics 41: 178-228, 1995

Rotzschke, O., Falk, K., Deres, K., Schild, H., Norda, M., Metzger, J., Jung, G., Rammensee, H. G. Isolation and analysis of naturally processed viral peptides as recognized by cytotoxic T cells. Nature 348: 195-197, 1990

Richards, S., Bucan, M., Brorson, K., Kiefer, M. C., Hunt, S. W., Ill, Lehrach, H., and Fischer Lindahl, K. Genetic and molecular mapping of the HMT region of mouse. EMBOJ8: 3749-3757, 1989

Shimonkevitz, R., Kappler, J., Marrack, P., Grey, H. Antigen recognition by H-2-restricted T cells. J Exp Med 158: 303-316, 1983

Snell, G. D. Methods for the study of histocompatibility genes. J Genet 49: 87108, 1948

Sargent, C.A., Dunham, I., and Campbell, R.D. Identification of multiple HTF-island associated genes in the human major histocompatibility complex class III region.EMBOJ8: 2305-2312, 1989

Senger, G., Ragoussis, J., Trowsdale, J., and Sheer, D. Fine mapping of the MHC class II region within 6p21 and evaluation of probe ordering using interphase fluorescence in situ hybridization. Cytogenet Cell Genet 61: 49-53,1993

Sargent, C. A., Dunham, I., Trowsdale, J., and Campbell, R. D. Human major histocompatibility complex contains genes for the major heat shock protein HSP70. Proc Natl Acad Sci USA 86: 1968-1972, 1989b

Spies, T., Sorrentino, R., Boss, J. M., Okada, K., and Strominger, J. L. Structural organization of the DR subregion of the human major histocompatibility complex. Proc Natl Acad Sci USA 82: 5165-5169, 1985

Spies, T., Bresnahan, M., and Strominger, J. L. Human major histocompatibility complex contains a minimum of 19 genes between the complement cluster and HLA-B. Proc Natl Acad Sci USA 86: 8955-8958, 1989a

Spies, T., Blanck, G., Bresnahan, M., Sands, J., and Strominger, J. L. A new cluster of genes within the human major histocompatibility complex. Science 243: 214-217, 1989b

Steinmetz, M., Frelinger, J. G., Fisher, D., Hunkapiller, T., Pereira, D., Weissman, S. M., Uehara, H., Nathenson, S., and Hood, L. Three cDNA clones encoding mouse transplantation antigens: homology to immunoglobulin genes. Cell 24: 125134, 1981

Steinmetz, M., Minard, K., Horvath, S., McNicholas, J., Frelinger, J. G., Wace, C., Long, E., Mach, B., Hood, L. A molecular map of the immune response region from the major histocompatibility complex of the mouse. Nature 300: 35, 1982a

Steinmetz, M., Winoto, A., Minard, K., and Hood, L. Clusters of genes encoding mouse transplantation antigens. Cell 28: 489, 1982b

Steinmetz, M., and Hood, L. Genes of the major histocompatibility complex in mouse and man. Science 222: 727-733, 1983

Steinmetz, M., Malissen, M., Hood, L., Örn, A., Maki, R. A., Dastornikoo, G. R., Stephan, D., Gibb, E., and Romaniuk, R. Tracts of high or low sequence divergence in the mouse major histocompatibility complex. EMBO J 3: 29953003, 1984

Steinmetz, M., Stephan, D., and Fischer Lindahl, K. Gene organization and recombination hotspots in the murine major histocompatibility complex. Cell 44\ 895-900, 1986

Stiassny, M. L. J. The phyletic status of the family Cichlidae: a comparative anatomical investigation. Netherl JZool 31: 275-314, 1981

Stiassny, M. L. J. Phylogenetic interrelationships of the family Cichlidae: an overview. In Keenleyside, M. H. A. (ed), Cichlid fishes. Behaviour, ecology, and evolution, pp. 1-35, 1991

Simister, N. E., and Mostov, K. E. An Fc receptor structurally related to MHC class I antigens. Nature 337: 184-187, 1987

Salter-Cid, L., Kasahara, M., and Flajnik, M. Hsp70 genes are linked to the Xenopus major histocompatibility complex. Immunogenetics 39: 1-7, 1994

Sültmann, H., Mayer, W. E., Figueroa, F., CThUigin, C., and Klein J. Organization of MHC class II B genes in the zebrafish (Brachydanio rerio). Genomics 23: 1-14, 1994

Steinman, L. Connections between the immune system and the nervous system. Proc Natl Acad Sci USA 90: 7912-7914, 1993

Stephan, D., Sun, H., Fischer Lindahl, K., Meyer, E., Hammerling, G., Hood, L., and Steinmetz, M. Organization and evolution of D region class I genes in the mouse major histocompatibility complex. J Exp med 163: 1227-1244, 1986

Strachan, T., Sodoyer, R., Damotte, M., and Jordan, B. R. Complete nucleotide sequence of a functional class I HLA gene, HLA-A3: implications for the evolution of HLA genes. EMBO J 3: 887-894, 1984

Stroynowski, I. Molecules related to class I major histocompatibility complex antigens. Annu Rev Immunol 8: 501-530, 1990

Saitou, N,. and Nei, M. The neighbor-joining method : A new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol Biol Evol 4: 406-425, 1987.

Sato, K., Flajnik, M. F., DuPasquier, L., Katagiri, M., and Kasahara, M. Evolution of the Mhc: isolation of class II beta-chain cDNA clones from the amphibian Xenopus laevis. J Immunol 150: 2831-2843, 1993

Skjoedt, K., Salomonsen, J., Andersen, R., Engberg, J., Avila, D., Lambris, J. & Kaufman, J. Evolution of the Mhc class I heterodimer: the a3 domain of chicken B-F, including the interdomain contact sites, is quite diverged. EMBO J, 1990

Stet, R. J. M., Johnestone, R., Parham, P. The unMhc of teleostean fish: segregation analyses in common carp and Atlantic salmon. Her éditas 127: 169170, 1997

Stet, R. J. M., Vries, B. D., Mudde, K., Hermsen, G. T., von Heerwaarden, J., Shum, B. P., Grimholt, U. Unique haplotypes of co-segregating major histocompatibility class IIA and class IIB alleles in Atlantic salmon ( Salmo salar ) give rise to diverse class II genotypes. Immunogenetics 54: 320-331, 2002

Sato, A., Klein, D., Sixltmann, H., Figueroa, F., CThUgin, C., Klein, J. Class I Mhc genes of cichlid fishes: identification, expression and polymorphism. Immunogenetics 46: 63-72, 1997

Saitou, N. and Nei, M. The neighbour-joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees. Proc Natl Acad Sci USA 74: 5463-5467, 1977

Sato, A., Figueroa, F., Murray, B. W., Malaga-Trillo, E., Zaleska-Rutczinska, Z., Sultmann, H., Toyosawa, S., Wedekind, C., Steck, N. & Klein, J. Nonlinkage of the major histocompatibility complex of the class I and class II loci in bony fishes. Immunogenetics 57:108-116, 2000

Sanger, F., Nicklen, S., Coulson, A. R. DNA sequencing with chain-termination inhibitors. Proc Natl Acad Sci USA 74: 5463-5467, 1977

Saper, M. A., Bjorkman, P. J., Wiley, D. C. Refined structure of the major histocompatibility antigen HLA-A2 at 2.6 A resolution. J Mol Biol 219: 277-319, 1991

Southern, E. M. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by Gel Electrophoresis. J Mol Biol 98: 503-517, 1975.

Sambrook, J., Fritch, E. F., Maniatis, T. „Molecular Cloning: A Laboratory Manual". 2 nd ed., Cold Spring Harbor Laboratory press, Cold Spring Harbor, NY, 1989

Shizuya, H., Birren, B., Kim, U., Mancino, V., Slepak, T., Tachiiri, Y., and Simon, M. Cloning and stable maintenance of 300-kilobase-pair fragments of human DNA in Escherichia coli using an F-factor-based vector. Proc Natl Acad Sci USA 89: 8794-8797, 1992

Tyzzer, E. E. A study of inheritance in mice with reference to their susceptibility to transplantable tumors. J Med Res 21: 519-573, 1909

Takahata, N., Nei, M. Allelic genealogy under overdominant and frequency-dependent selection and polymorphism of major histocompatibility complex loci. Genetics 124: 967-978, 1990

Takahashi, K., Terai, y., Nishida, M., Okada, N. A novel family of short interspersed repetitive elements (SINEs) from cichlids: the patterns of insertion of SINEs at orthologous loci support the proposed monophyly of four major groups of cichlid fishes in Lake Tanganyika. Mol Biol Evol 15: 391-407, 1998

Takahata, N., Satta, Y., and Klein, J. Polymorphism and balancing selection at major histocompatibility complex loci. Genetics 130: 925-938, 1992

Trowsdale, J., Hanson, I., Mockridge, I., Beck, S., Townsend, A., and Kelly, A. Sequences encoded in the class II region of the MHC related to the „ABC" superfamily of transporters. Nature 348: 741-744, 1990

Thomson, J. D., Higgins, D. G., and Gibson, T.J. Clustal W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, positions-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res 22: 4673-4680, 1994

Trowsdale, J. „Both man and bird and beast": comparative organization of MHC genes. Immunogenetics 41: 1-17, 1995

Townsend, A. R. ML, Taylor, P. M., Mellor, A. L., Askonas, B. A. Recognition of Db and Kb gene products by influenza-specific cytotoxic T-cells. Immunogenetics 17: 183-294, 1983

Townsend, A., and Bodmer, H. Antigen recognition by class I-restricted T lymphocytes. Annu Rev Immunol 7: 601-624, 1989

Tragardh, L., Rask, L., Wiman, K., Fohlman, J., and Peterson, P. A. Amino acid sequence of an immunoglobulin-like HLA antigen heavy chain domain. Proc Natl AcadSci USA 76: 5839-5842, 1979

Terai, Y., Takahashi K., Okada, N. SINE cousins: the 3'-end tails of the two oldest and distantly related families of SINEs are descended from the 3' ends of LINEs with the same genealogical origin. Mol Biol Evol 15: 1460-1471, 1998

Trewavas, E. Tilapiine fishes of the genera Sarotherodon,, Oreochromis, and Danakalia. British Natural Museum. London. 1983

Timon, M., Elgar, G., Habu, S., Okumura, K., Beverley, P. C. L. Molecular cloning of major histocompatibility complex class I cDNAs from the pufferfish Fugu rupripes. Immunogenetics 47: 170-173, 1998

Unanue, E. R. The regulatory role of macrophages in antigenic stimulation. Part two: Symbiotic relationship between lymphocytes and macrophages. Adv Immunol 31: 1-136, 1981

Vilches, C., and Parham, P. KIR: Diverse, rapidly evolving receptors of innate and adapting immunity. Annu Rev Immunol 20: 217-251, 2002

Volff, J., Körting, C., Sweeney, K., Schartl, M. The non-LTR retrotransposon Rex3 from the fish Xiphophorus is wide spread among teleosts. Mol Biol Evol 16: 14271438, 1999

Wang, C. R., and Fischer Lindahl, K. Organization and structure of the H-2M4-M8 class I genes in the mouse MHC. Immunogenetics 38: 258-271, 1993

Weiss, E. H., Mellor, A., Golden, L., Fahrer, K., Simpson, E., Hurst, J., Flavell, R. A. The structure of a mutant H-2 gene suggests that the generation of polymorphism in H-2 genes may occur by gene conversion-like events. Nature 301: 671-674, 1983

Weiss, E. H., Golden, L., Fahrner, K., Mellor, A. L., Devlin, J. J., Bullman, H., Tiddens, H., Bud, H., and Flavell, R. A. Organization and evolution of the class I gene family in the major histocompatibility complex of the C57BL/10 mouse. Nature 310: 650, 1984

Watts, S., Davis, A. C., Gaut, B., Wheeler, C., Hill, L., and Goodenow, R. S. Organization and structure of the Qa genes of the major histocompatibility complex of the C3H mouse: implication for Qa function and class I evolution. EMBOJ8: 1749-1759, 1989

Wang, C.R., and Fischer Lindahl, K. HMT, encoded by H-3M3, is a neoclassical major histocompatibility class I antigen. Proc Natl Acad Sci USA 90: 2784-2788, 1993

Yu, C. Y., Wu, L. C., Buluwela, L., and Milstein, C. Cosmid cloning and walking to map human CD1 leucocyte differentiation antigen genes. Meth Enzymol 217: 378-400, 1993

Yunis, J. J. Mid-prophase chromosomes. The attainment of 2000 bands. Hum Genet 56: 293-298, 1981

Yanisch-Perron, C., Vieira, J., Messing, J. Improved M13 phage cloning vectors and host strains: nucleotide sequences of the M13mpl8 and pUC19 vectors. Gene 33: 103-119, 1985

Zinkernagel, R., and Doherty, P. Restriction of in vitro T cell-mediated cytotoxicity in lymphocytic choriomeningitis within a syngeneic or semiallogeneic system. Nature 248: 701-702, 1974a

Zinkernagel, R., and Doherty, P. Immunological survillance against altered self components by sensitised T lymphocytes in limphocytic choriomeningitis. Nature 251: 547-548, 1974b