Совершенствование микробиологического мониторинга за носительством Streptococcus pneumoniae у детей дошкольного возраста тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Зарипова Альбина Зуфаровна

• Зарипова Альбина Зуфаровна
• кандидат наук
• 2026

Оглавление диссертации кандидат наук Зарипова Альбина Зуфаровна

ВВЕДЕНИЕ

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Характеристика носительства Streptococcus pneumoniae среди детей дошкольного возраста

1.2. Фенотипические и генотипические свойства Streptococcus pneumoniae

1.3. Вакцинопрофилактика инфекций, вызываемых S. pneumoniae

1.4. Факторы патогенности Streptococcus pneumoniae, участвующих в носоглоточной колонизации

1.5. Резюме

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ

2.1. Материал для исследования

2.2. Бактериологический метод

2.3. Молекулярно-биологический метод

2.4. Полногеномное секвенирование и биоинформатический анализ

2.5. Статистический метод исследования

ГЛАВА 3. ХАРАКТЕРИСТИКА НОСИТЕЛЬСТВА STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE У ДЕТЕЙ

3.1. Динамика частоты носительства Streptococcus pneumoniae среди здоровых детей в 2016-2021 гг

3.2. Частота носительства Streptococcus pneumoniae в зависимости от возраста и вакцинального статуса

3.3. Частота носительства в зависимости от места проживания и вакцинального статуса

1.4. Резюме

ГЛАВА 4. ДИНАМИКА СЕРОТИПОВОГО СОСТАВА S. PNEUMONIAE В

РАЗЛИЧНЫЕ ПЕРИОДЫ

4.1. Серотиповой состав S. pneumoniae, выделенных от детей -бактерионосителей в 2016-2018 и 2019-2021 гг

4.2. Степень обсемененности носоглотки S. pneumoniae и серотиповой состав в

зависимости от вакцинального статуса

4.3. Резюме

ГЛАВА 5. ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА СЕРОТИПОВ STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE, ВХОДЯЩИХ В 11 И 15 СЕРОГРУППЫ, ДОМИНИРУЮЩИХ В ДЕТСКОЙ ПОПУЛЯЦИИ РЕСПУБЛИКИ ТАТАРСТАН

5.1. Характеристика серотипов S. pneumoniae серогрупп 15 и 11 и оценка генетического разнообразия

5.2. Резюме

ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Совершенствование микробиологического мониторинга за носительством Streptococcus pneumoniae у детей дошкольного возраста»

ВВЕДЕНИЕ

Актуальность и степень разработанности темы исследования

Пневмококковая инфекция является одной из актуальных проблем современного здравоохранения. Streptococcus pneumoniae (S. pneumoniae) сохраняет лидирующие позиции в этиологической структуре респираторных заболеваний, преимущественно в детской популяции и в группе лиц пожилого возраста. Являясь респираторным патогеном, этот микроорганизм вызывает различные формы от бессимптомного бактерионосительства до тяжелых заболеваний. Заболевания нижних дыхательных путей с летальным исходом в настоящее время остаются самыми распространёнными во всем мире как среди взрослых, так и в детской популяции в возрасте до 5 лет [117]. S. pneumoniae на сегодняшний день является ведущим этиологическим фактором в структуре воспалительных заболеваний нижних дыхательных путей с летальным исходом у детей.

Носоглотка является естественным биотопом S. pneumoniae. У большинства носителей, у которых наблюдается колонизация носоглотки S. pneumoniae, инвазивное заболевание не развивается, однако колонизация носоглотки пневмококками всегда предшествует развитию инвазивной пневмококковой инфекции [90]. При этом дети дошкольного возраста рассматриваются в качестве основного резервуара возбудителя. Они относятся к группе повышенного риска пневмококковой инфекции, а также становятся источниками инфекции для взрослых, особенно для лиц старшей возрастной категории [199]. На частоту бактерионосительства S. pneumoniae в отдельных популяциях оказывают влияние не только особенности симбиотических взаимоотношений между микро- и макроорганизмом, но и факторы окружающей среды (время года, условия проживания, уровень дохода семьи, наличие вредных привычек (табакокурение), применение антимикробных препаратов и вакцинация). Таким образом, наблюдение распространения носительства S. pneumoniae в детской возрастной группе является основной задачей для определения профилактических

мероприятий по снижению угроз развития инвазивных форм инфекции пневмококковой этиологии.

Результаты многих эпидемиологических исследований показали, что вакцинопрофилактика значительно снизила заболеваемость и смертность от пневмококковой инфекции во многих странах мира [148, 149, 263, 273]. Кроме того, после введения противопневмококковой вакцины в национальные программы иммунизации детей наблюдается увеличение иммунной прослойки среди населения разных возрастных групп, а не только среди детей. По данным Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) проведение плановой иммунизации детей пневмококковой конъюгированной вакциной (ПКВ) привело к снижению на 85% инвазивных пневмококковых инфекций (ИПИ) среди детей и взрослых всех возрастов через 6 лет после внедрения вакцины [140].

В Российской Федерации (РФ) анализ применения 13-валентной вакцины показал ее эффективность как для взрослого населения, так и для детей [14]. Но, несмотря на несомненные достижения вакцинопрофилактики, к которым можно отнести снижение инвазивных пневмококковых инфекций во всех возрастных группах как у вакцинированных, так и невакцинированных лиц, есть данные об увеличении частоты колонизации носоглотки невакцинными серотипами пневмококков, обладающих инвазивным потенциалом [262]. Для S. pneumoniae характерна генетическая гетерогенность благодаря рекомбинационной изменчивости, в настоящее время известно 100 серотипов [106]. Распределение серотипов Streptococcus pneumoniae варьируется в зависимости от региона, что связано с вариабельностью в подходах к антибактериальной терапии, уровнем иммунизации населения и географическими факторами. Исследователи наблюдают феномен серотипового замещения, указывая на существенное влияние применения пневмококковых вакцин на формирование серотипового состава циркулирующих штаммов в конкретных географических областях [107, 129, 152, 177], но данные отличаются противоречивостью, и этот вопрос требует дальнейшего изучения.

На необходимость усовершенствования мониторинга за пневмококковой инфекцией (ПИ) указывали отдельные исследования, но вопросы организации

комплексного мониторинга за носительством S.pneumoniae остаются не решенными. Мониторинг за пневмококковым бактерионосительством, как одной из наиболее распространенных форм ПИ, требует разработки и внедрения мероприятий по снижению риска развития инвазивных форм.

Таким образом, изучение циркуляции серотипов S. pneumoniae в индикаторной группе детей дошкольного возраста является актуальной задачей не только для понимания закономерностей серотипового замещения в динамично изменяющейся пневмококковой популяции, но и для разработки мер по организации планового микробиологического мониторинга за носительством S. pneumoniae с целью снижения заболеваемости инвазивными инфекциями, вызванными пневмококком.

Цель исследования

Повышение эффективности лабораторной диагностики и микробиологического мониторинга носительства S. pneumoniae у детей дошкольного возраста на основе применения бактериологических, молекулярно-биологических и

биоинформационных методов исследования.

Задачи исследования

1. Провести микробиологический анализ частоты носительства S. pneumoniae в составе симбионтных микробных сообществ у здоровых детей дошкольного возраста в зависимости от места проживания ребенка, возраста и вакцинального статуса в ранний (2016-2018 гг.) и поздний (2019-2021 гг.) периоды после введения массовой иммунизации вакциной ПКВ-13.

2. Изучить динамику циркуляции различных серотипов S. pneumoniae с учётом выявленных патогенных вариантов (серотипов и серогрупп), выделенных от детей -бактерионосителей в ранний и поздний периоды после введения массовой иммунизации вакциной ПКВ-13 (2016-2021 гг.) среди детей дошкольного возраста.

3. Изучить и проанализировать геномный и метагеномный состав серотипов S. pneumoniae, доминирующих в поздний поствакцинальный период, и провести

сравнительный биоинформатический анализ с генетическими линиями данных серогрупп, циркулирующими в других городах России и регионах мира.

4. Усовершенствовать алгоритм микробиологического мониторинга за носительством S. pneumoniae у здоровых детей дошкольного возраста с применением бактериологических и молекулярно-биологических методов исследования.

Научная новизна

Впервые дана характеристика особенностей носительства S. pneumoniae в популяции здоровых детей в зависимости от возраста ребенка, места проживания и вакцинального противопневмококкового статуса на модели Республики Татарстан (РТ) в ранний поствакцинальный период введения плановой иммунизации ПКВ-13.

Впервые дана сравнительная оценка динамики серотипового состава пневмококков, циркулирующих среди здоровых детей - бактерионосителей, проживающих в РТ в ранний (2016-2018 гг.) и поздний (2019-2021 гг.) поствакцинальные периоды, определены доминирующие серотипы в зависимости от вакцинального статуса, обнаружены статистически значимые различия по серотиповому составу пневмококков, колонизирующих носоглотку у вакцинированных и невакцинированных детей, выявлена тенденция замещения вакцинных серотипов на серотипы штаммов пневмококков, не входящие в состав действующих противопневмококковых вакцин, циркулирующие на территории РТ.

Впервые дана генетическая характеристика невакцинных серотипов S. pneumoniae, входящих в 11 и 15 серогруппы, доминирующих в детской популяции РТ, определен вирулентный потенциал и сиквенс тип.

Усовершенствован алгоритм микробиологического мониторинга за носительством S. pneumoniae среди здоровых детей дошкольного возраста с использованием молекулярно-биологических методов.

Теоретическая и практическая значимость работы

Результаты исследования дают представления о популяционной структуре изолятов S. pneumoniae, циркулирующих среди здоровых детей дошкольного возраста в РТ в ранний (2016-2018 гг.) и поздний (2019-2021 гг.) поствакцинальные периоды. Создана база данных «Серотиповой состав Streptococcus pneumoniae у детей-бактерионосителей дошкольного возраста в Республике Татарстан за 20162021 гг.», которая позволяет проводить анализ изменения серотипового состава циркулирующих пневмококков и оценивать эффективность применения пневмококковых вакцин. Данные об актуальном серотиповом пейзаже пневмококков могут являться основой для разработки серотипового состава вакцин отечественных производителей.

Определена зависимость частоты колонизации носоглотки S. pneumoniae у здоровых детей от места проживания (город/село), возраста и вакцинального статуса, усовершенствован алгоритм микробиологического мониторинга за носительством S.pneumoniae у детей дошкольного возраста с использованием молекулярно-биологических методов, включая секвенирование и биоинформатический анализ, который позволит получать сопоставимые результаты при многоцентровых исследованиях. Результаты комплексного мониторинга могут лечь в основу разработки дальнейших мероприятий по внедрению геномного надзора за ПИ и быть использованы в учреждениях Роспотребнадзора, Минздрава России, Центрах иммунопрофилактики и вакцинации.

В Базу данных GenBank размещены два полных генома штаммов S. pneumoniae, принадлежащих к серотипам 15С и 11D (BioProject PRJNA971376 (NZ_CP126249.1) и PRJNA1009429). Выявление доминирования пневмококков из серогрупп 11 и 15, обладающих патогенным потенциалом, позволяет рассматривать их в качестве кандидатных вакцинных серотипов, что может быть использовано разработчиками отечественной вакцины.

Положения, выносимые на защиту

1. Микробиологический анализ динамики частоты бактерионосительства S. pneumoniae в ранний и поздний поствакцинальные периоды показал тенденцию к увеличению частоты выделения возбудителя в детской популяции. Наиболее высокие уровни бактерионосительства характерны для детей в возрасте 0-2 года и среди детей, проживающих в городах.

2. Доминирование в детской популяции среди невакцинных серотипов S. pneumoniae серогрупп 11AD и 15AF, относящихся к наиболее распространенным в РФ сиквенс-типам ST62 и ST1025 и обладающих вирулентным потенциалом с высокими адаптивными способностями, позволяет прогнозировать повышение их эпидемиологической значимости, что необходимо учитывать при создании будущей вакцины.

3. Влияние противопневмокковой иммунизации ПКВ13 на процессы замещения невакцинными серотипами позволяет научно обосновать проведение непрерывного микробиологического мониторинга за носительством S.pneumoniae в детской популяции с использованием микробиологических и молекулярно-биологических методов в целях дальнейшего изучения эффективности противопневмококковой вакцины.

Методология и методы исследования

Методология диссертационной работы основана на современных принципах изучения популяционной структуры и молекулярной микробиологии S. pneumoniae и спланирована в соответствии с поставленной целью и задачами исследования. Для теоретического обоснования темы исследования были использованы данные научной литературы о распространенности пневмококконосительства и генетической неоднородности изолятов S. pneumoniae. Методология диссертации включала в себя комплексный подход к изучению темы исследования с использованием общенаучных методов: бактериологических, молекулярно-биологических, биоинформатических и статистических.

Работа выполнена в ФБУН «Казанский научно-исследовательский институт

эпидемиологии и микробиологии» Роспотребнадзора в рамках НИР «Изучение распространенности серотипов и мониторинг антибиотикорезистентности Streptococcus pneumoniae в группах риска по бактерионосительству, оценка влияния вакцинации пневмококковой вакциной на бактерионосительство» (№ АААА-А16-116041110143-3 ЕГИСУ НИОКТР, 2016-2020 гг.), НИР «Совершенствование микробиологического мониторинга за возбудителем пневмококковой инфекции с целью разработки новых подходов к диагностике, лечению и профилактике пневмококк-ассоциированных заболеваний» (№121051700213-9 ЕГИСУ НИОКТР этапы 2021-2024 гг.) и международного многоцентрового проспективного исследования пневмококковой инфекции SAPIENS -2 (SCIENTIFIC ASSESSMENT OF PNEUMOCOCCAL INFECTION EPIDEMIOLOGY NETWORK) (2020-2022 гг.). Протокол исследования был одобрен локальной этической комиссией ФБУН «Казанский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии» Роспотребнадзора (протокол №3 от 25.10.2016).

Степень достоверности и апробация результатов

Степень достоверности подтверждается большим объемом данных и репрезентативностью выборки, проанализированных с применением методов статистической обработки.

Материалы диссертации были доложены и обсуждены на: IX Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика» (Москва, 2017 г.); XI съезде Всероссийского научно-практического общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов «Обеспечение эпидемиологического благополучия: вызовы и решения» (Москва, 2017 г.); IXX Международном конгрессе МАКМАХ по антимикробной терапии и клинической микробиологии (Москва, 2017 г.); IX Ежегодном Всероссийском Конгрессе по инфекционным болезням с международным участием (Москва, 2017 г.); XX международной конференции МАКМАХ по антимикробной терапии и клинической микробиологии (Москва, 2018 г.); Международной научно-практической конференции «Молекулярная диагностика 2018» (Минск, 2018 г.); Всероссийском

конгрессе по медицинской микробиологии, клинической микологии и иммунологии (XXI Кашкинские чтения) (Санкт-Петербург, 2018 г.); IV Российской научно-практической конференции «Актуальные проблемы менингококковой инфекции и гнойных бактериальных менингитов» (Москва, 2018 г.); XI Ежегодном Всероссийском Конгрессе по инфекционным болезням с международным участием «Инфекционные болезни в современном мире: эволюция, текущие и будущие угрозы» (Москва, 2019 г.); Всероссийском конгрессе по медицинской микробиологии, клинической микологии и иммунологии (XXII Кашкинские чтения) (Санкт-Петербург, 2019 г.); V Национальном конгрессе бактериологов (Москва, 2019 г.); XXI международной конференции МАКМАХ по антимикробной терапии и клинической микробиологии (Москва, 2019 г.); VI Конгрессе бактериологов (Казань, 2021 г.); XIV Ежегодном Всероссийском Конгрессе по инфекционным болезням имени академика В.И.Покровского «Инфекционные болезни в современном мире: эволюция, текущие и будущие угрозы» (Москва, 2022 г.); VII Конгрессе бактериологов (Санкт-Петербург, 2022 г.); I Российском конгрессе по медицинской микробиологии и инфектологии (Москва, 2023 г.); Всероссийской юбилейной научно-практической конференции, посвященной 100-летию создания кафедры микробиологии Военно-медицинской академии имени С.М. Кирова «Микробиология военной медицине и здравоохранению. Современные технологии: наука, практика, инновации» (Санкт-Петербург, 2023 г.); XXVI Всероссийском конгрессе по медицинской микробиологии, клинической микологии и иммунологии (XXI Кашкинские чтения) (Санкт-Петербург, 2023 г.); Гомельском международном конгрессе «Инфекционные болезни, микробиология и иммунология» (Гомель, 2023 г.), II Российском конгрессе по медицинской микробиологии и инфектологии (Москва, 2024 г.).

Личное участие автора

Совместно с научным руководителем д.м.н. Исаевой Г.Ш., были определены цель и задачи диссертационного исследования, методология и дизайн исследования,

подготовка материалов к публикации. Личное участие автора заключалось в подготовке обзора научной литературы, планировании и выполнении большей части экспериментальных исследований, проведении статистической обработки. Микробиологические исследования были проведены совместно с сотрудниками лаборатории микробиологии, лаборатории иммунологии и разработки аллергенов ФБУН «Казанский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии» Роспотребнадзора, научно-исследовательской лаборатории OpenLab «Генные и клеточные технологии» Института фундаментальной медицины и биологии ФГАОУ ВО «Казанский (Приволжский) федеральный университет», секвенирование и биоинформатический анализ проведены совместно с сотрудниками научно-исследовательского отдела медицинской микробиологии и молекулярной эпидемиологии ФГБУ «Детский научно-клинический центр инфекционных болезней» ФМБА России.

Внедрение результатов исследования

Результаты диссертационного исследования внедрены в работу научно-исследовательского отдела медицинской микробиологии и молекулярной эпидемиологии ФГБУ «Федеральный научно-клинический центр инфекционных болезней федерального медико-биологического агентства» (акт внедрения от 17.02.2025), лаборатории микробиологии и специализированной консультативно-диагностической поликлиники ФБУН «Казанский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии» Роспотребнадзора (акт внедрения от 28.02.2025). Результаты исследования вошли в государственные доклады Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека «О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации» за 2017, 2019, 2022, 2023 годы. Полученные данные используются в рабочей программе для ординаторов по специальности 32.08.14. «Бактериология» кафедры микробиологии имени академика В.М. Аристовского ФГБОУ ВО Казанский ГМУ Минздрава России (акт внедрения от 27.01.2025). Учебное пособие «Streptococcus pneumoniae - возбудитель пневмококковой

инфекции» применяется для самостоятельной работы ординаторов по специальности 32.08.14. «Бактериология».

Публикации

По материалам диссертации опубликовано 15 научных работ, из которых 4-х статей в рецензируемых научных изданиях, рекомендованных ВАК при Министерстве науки и высшего образования РФ и 3-х - в международной базе данных (МБД) Scopus*, 1 база данных (свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2023622126 - «Серотиповой состав Streptococcus pneumoniae у детей-бактерионосителей дошкольного возраста в Республике Татарстан за 2016-2021 гг.»).

В изданиях, рекомендованных ВАК Минобрнауки России и МБД Scopus:

1. Внебольничные пневмонии пневмококковой этиологии и микробиологические аспекты назофарингеального носительства Streptococcus pneumoniae у детей в Республике Татарстан / Л.Т. Баязитова, Г.Ш. Исаева, А.З. Зарипова [и др.] // Инфекция и иммунитет. - 2017. - Т.7. - №3. - С. 271 - 278. *

2. Эпидемиологические и микробиологические аспекты назофарингеального носительства Streptococcus pneumoniae / Л.Т. Баязитова, А.З. Зарипова, О.Ф. Тюпкина [и др.] // Астраханский медицинский журнал. - 2022. -Т. 17. - № 1. -С. 23 -29.

3. Характеристика бактерионосительства S. pneumoniae в детской популяции / Г.Ш. Исаева, А.З. Зарипова, Л.Т. Баязитова [и др.] // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунологии. - 2024. - №1. С.89-99. *

4. Молекулярно-генетическая характеристика Streptococcus pneumoniae серогрупп 15 и 11, циркулирующих в России, и их связь с глобальными генетическими линиями / Г.Ш. Исаева, И.А. Цветкова, А.З. Зарипова [и др.] // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунологии. - 2024. - №101(4). - С. 483 -501. *

В других изданиях, включая международные:

1. Фенотипические и генотипические свойства Streptococcus pneumoniae при бактерионосительстве / А.З. Зарипова, Л.Т. Баязитова, Г.Ш. Исаева [и др.] // Практическая медицина. - 2018. - Т. 16. - №9. - С.106 - 112.

2. Диагностика пневмококковых инфекций респираторного тракта / А.З. Зарипова, Р.И. Валиева, Л.Т. Баязитова [и др.] // Практическая пульмонология. -2018. - Т. 16. - № 4. - С. 74 - 80.

3. Региональные особенности серотипового состава Streptococcus pneumoniae, выделенных от детей-бактерионосителей дошкольного возраста в Республике Татарстан / Г.Ш. Исаева, Л.Т. Баязитова, А.З. Зарипова [и др.] // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2023. - Т. 22. - № 3. - С. 26-35.

4. Мониторинг пневмококкового бактерионосительства у детей дошкольного возраста в Республике Татарстан / Л.Т. Баязитова, А.З. Зарипова, Г.Ш. Исаева [и др.] // Инфекция и иммунитет. - 2017. - № S. - С. 109.

5. Virulent properties of serotypes of Streptococcus pneumoniae from child carriers in the republic of Tatarstan / A.Z. Zaripova, L.T. Bayazitova, G.S. Isaeva [et al.] // BioNanoScience. - 2020. - Т. 10. - № 2. - С. 534 - 539.

6. Биологические свойства неинвазивных пневмококков / Л.Т. Баязитова, О.Ф. Тюпкина, А.З. Зарипова [и др.] // Бактериология. - 2021. - Т. 6. - № 3. - С. 20-21.

7. Серотиповой спектр пневмококков, циркулирующих в 2020-2021 годах в Республике Татарстан среди детей-носителей дошкольного возраста / Г.Ш. Исаева, А.З. Зарипова, В.Б. Зиатдинов [и др.] // Бактериология. - 2022. -Т. 7. - № 3. -С. 34.

8. Характеристика распространенных генетических линий Streptococcus pneumoniae, циркулировавших в различных регионах России с 2003 г. по 2022 г. / И.А. Цветкова, Г.Ш. Исаева, А.З. Зарипова [и др.] // Проблемы медицинской микологии. - 2023. - Т. 25. - № 2. - С. 195.

9. Зарипова, А.З. Доминирующие серотипы Streptococcus pneumoniae, циркулирующие в детской популяции Республики Татарстан / Зарипова А.З., Исаева Г.Ш., Баязитова Л.Т. // Журнал инфектологии. - 2023. - Т. 15. № 3. - Приложение 1. - С.62.

10. Зарипова, А.З. Практические аспекты проведения эпидемиологического и микробиологического мониторинга носительства Streptococcus pneumoniae в детской популяции / А.З. Зарипова, Г.Ш. Исаева, Л.Т. Баязитова // Лабораторная диагностика. Восточная Европа. - 2024. - Т.13. - №1. Приложение. - С. 130 - 132.

11. Свидетельство о государственной регистрации базы данных № 2023622340 Российская Федерация. База данных серотипового состава Streptococcus pneumoniae у детей - бактерионосителей дошкольного возраста в Республике Татарстан за 20162021 гг. : № 2023622126 : заявл. 07.07.2023 : опубл. 11.07.2023 / Г. Ш. Исаева, А. З. Зарипова, Л. Т. Баязитова [и др.]; заявитель ФГБОУ ВО Казанский ГМУ Минздрава России, ФБУН КНИИЭМ Роспотребнадзора.

Соответствие диссертации паспорту специальности

Научные положения диссертации соответствует паспорту специальности 1.5.11. Микробиология (медицинские науки) по п. 11. Геномный и метагеномный анализ микроорганизмов и их сообществ; по 12. Патогенные микроорганизмы, факторы вирулентности и патогенности.

Объем и структура диссертации

Диссертация состоит из введения, пяти глав, обсуждения, заключения, выводов, практических рекомендаций. Объем диссертации составляет 148 страниц машинописного текста. Работа иллюстрирована 25 рисунками, 19 таблицами. Список литературы содержит 284 источника литературы, из которых 104 отечественных и 180 иностранных.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Характеристика носительства Streptococcus pneumoniae среди детей

дошкольного возраста

Пневмококковая инфекция в настоящее время остается эпидемически и клинически значимой проблемой здравоохранения во многих регионах мира. Данные ВОЗ признают пневмококковую инфекцию основной причиной заболеваний верхних и нижних дыхательных путей и одной из опасных болезней, предупреждаемых вакцинопрофилактикой. До момента внедрения вакцинации пневмококковая инфекция ежегодно приводила к летальному исходу до 1,6 млн. человек, среди детей - от 700 тыс. до 1 млн. [40, 90, 226].

По данным современных исследований уровень бактерионосительства S. pneumoniae среди детей варьирует в пределах 15-65% [108]. Частота носительства S. pneumoniae в развивающихся странах среди детского населения составляет около 85%, а развитых странах - 27% [223].

Необходимо отметить, что в настоящее время не на всех территориях мира регистрируется заболеваемость и смертность от пневмококковых инфекций, соответственно, данные о распространённости инфекций, вызванных S. pneumoniae, искажены и не отражают истинного уровня [42].

S. pneumoniaе является возбудителем пневмококковой инфекции. S. pneumoniae - грам (+) диплококк ланцетовидной формы, каталаза и оксидаза-негативен. Наличие капсульного полисахарида определяет основной фактор патогенности S. pneumoniae [104, 208, 219].

Различные серотипы пневмококка колонизируют слизистую носоглотки, где в большинстве случаев наблюдается бессимптомное носительство [71, 214]. Пневмококковое бактерионосительство рассматривается как источник развития пневмококковой инфекции [40, 92, 251].

Больные люди с любой клинической формой и бактерионосители являются резервуаром и источником возбудителя пневмококковых инфекций. Бессимптомное

носительство S. pneumoniae играет важную роль в распространении штаммов, резистентных к антимикробным препаратам [241].

Колонизация S. pneumoniae происходит сразу в первые часы жизни ребенка [31, 224], однако, формирование иммунной системы с возрастом способствует снижению носительства условно-патогенных бактерий [42, 57, 72].

Дети в возрасте 1-2 лет относятся к группе основного риска бактериносительства S. pneumoniae из-за высокой восприимчивости к пневмококковой инфекции, ввиду неиммунногенности капсульных антигенов у детей данного возраста [99, 120, 283]. Носительство S. pneumoniae среди детей дошкольного возраста наблюдается в 90% случаев [248].

Е.А. Ласюков в 2018 году отметил, что на первом году жизни колонизация пневмококками достигала максимального уровня (средняя частота носительства 75,08±2,56%) [40]. В последующем к 5 годам частота выделения пневмококка постепенно снижалась. По данным Е.В. Григоровой и соавт. (2019) отличия распространенности носительства S. pneumoniae у детей младшего и дошкольного возраста не выявлены [72].

Отдельными исследователями отмечается, что распространенность пневмококконосительства имеет отличия и зависит от возраста ребенка [71, 242]. Наибольшая частота S. pneumoniae наблюдается в возрастной группе от 6 до 36 месяцев [136].

Н.Н. Маркелова (2013) сообщила, что обследование больных (381 ребенок) выявило, что в возрастных группах возбудитель S. pneumoniae распределился следующим образом: > 2-3 года - 62,0%; > 3-4 года - 62,1%; > 4-8 лет - 69,9%, 914 лет - 68,4% [42]. Результаты разных исследований отражают показатели примерно схожие друг с другом. Было установлено, что показатель носительства S. pneumoniae у детей в возрасте до 5 лет варьирует от 28% до 69% [217, 270], уровень носоглоточного носительства S. pneumoniae в Гренландии среди детей в возрастной группе от 0 до 2 лет составляет 60% [264], в Непале - от 40,9 до 69,2% [200], в Китае - 21,4% [227].

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Зарипова Альбина Зуфаровна, 2026 год

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Актуальность вакцинации против пневмококковой инфекции для детского населения г. Красноярска / Г. П. Мартынова, И. А. Кутищева, Я. А. Богвилене [и др.] // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2015. - Т. 14, № 2. - С. 60-65.

2. Андреева, И. В. Современные подходы к специфической профилактике пневмококковой инфекции: кому, когда, что? / И. В. Андреева, О. У. Стецюк, Р. С. Козлов // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2015. - № 5. - C. 44-57.

3. Антибиотикорезистентность и клональная эволюция Streptococcus pneumoniae серотипа 19А в России, 2002-2013 гг. / Н. А. Маянский, Т. А. Савинова, Н. М. Алябьева [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. -2017. - № 2. - C. 145-151.

4. Антибиотикорезистентность клинических штаммов Streptococcus pneumoniae в России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования «ПеГАС 2014-2017» / Н. В. Иванчик, А. Н. Чагарян, М. В. Сухорукова [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2019. - № 21(3). - С. 230-237.

5. Бактериальная этиология острого среднего отита у детей до 5 лет: роль Streptococcus pneumoniae / Н. А. Маянский, Н. М. Алябьева, А. М. Иваненко [и др.] // Вопросы диагностики в педиатрии. - 2013. - Т. 5, № 3. - C. 5-13.

6. Баранов, А. А. Пневмококковая инфекция и связанные с ней заболевания -серьезная проблема современного здравоохранения / А. А. Баранов, Л. С. Намазова,

B. К. Таточенко // Педиатрическая фармакология. - 2008. - Т. 5, № 1. - C. 28-33.

7. Баранов, А. А. Современная клинико-эпидемиологическая характеристика пневмококковых инфекций / А. А. Баранов, Н. И. Брико, Л. С. Намазова-Баранова // Лечащий врач. - 2012. - № 4. - C. 79.

8. Баранов, А. А. Стрептококки и пневмококки / А. А. Баранов, Н. И. Брико, Л.

C. Намазова-Баранова, Л. А. Ряпис. - Ростов-на-Дону: Феникс, 2013. - 301 с.

9. Белошицкий, Г. В. Серотиповая характеристика штаммов S. pneumoniae в Москве / Г. В. Белошицкий, И. С. Королёва // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2014. - № 1 (74). - C. 90-96.

10. Береговой, А. А. Роль Streptococcus pneumoniae в этиологической структуре острых бактериальных менингитов / А. А. Береговой, З. К. Джолбунова, Р. М. Кадыроваа // Вестник КГМА им. И. К. Ахунбаева. - 2016. - № 3. - C. 41-44.

11. Blaser, M. J. Исчезающая микробиота / M. J. Blaser, S. Falkow // Клиническая фармакология и терапия. - 2014. - Vol. 24, № 4. - P. 7-16.

12. Болотская, Л. А. Эффективность вакцинации против пневмококковой инфекции у детей раннего возраста города Сургута / Л. А. Болотская, М. А. Тургунова // Вестник СурГУ. Медицина. - 2019. - № 3 (41). - C. 57-62.

13. Боронина, Л. Г. Динамика формирования антибиотикорезистентности у Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Moraxella catarrhalis, вызывающих ЛОР-патологию и внебольничные бронхолегочные заболевания у детей на Среднем Урале / Л. Г. Боронина, Е. В. Саматова, С. М. Блинова // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2017. - № 19 (2). -C. 51-58.

14. Брико, Н. И. Десятилетний опыт применения 13-валентной конъюгированной полисахаридной пневмококковой вакцины в Российской Федерации. / Брико Н. И., Коршунов В. А., Лобзин Ю. В. [и др.] //Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. -2023. - № 22(4). - С. 106-139.

15. Вавилова, В. П. Профилактика пневмококковой инфекции у детей с хроническими заболеваниями носоглотки снижает уровень заболеваемости другими инфекциями респираторного тракта: результаты проспективного сравнительного исследования / В. П. Вавилова, А. М. Вавилов, А. Х. Черкаева // Вопросы современной педиатрии. - 2015. - № 5. - C. 557-563.

16. Вакцинопрофилактика пневмококковой инфекции у детей / А. А. Баранов, Л. С. Намазова-Баранова, Н. И. Брико [и др.] // Педиатрическая фармакология. - 2015. - Т. 12, № 5. - C. 550-558.

17. Ванеева, Н. П. Специфический иммунный ответ к отдельным капсульным полисахаридам Streptococcus pneumoniae у здоровых доноров крови и лиц, иммунизированных пневмококковыми вакцинами / Н. П. Ванеева, Н. Е. Ястребова // Журнал микробиологии. - 2015. - № 5. - C. 20-26.

18. Внебольничная пневмония: федеральные клинические рекомендации по диагностике и лечению / С. Н. Авдеев, А. В. Дехнич, А. А. Зайцев [и др.] // Пульмонология. - 2022. - № 3. - С. 295-355.

19. Внебольничные пневмонии пневмококковой этиологии и микробиологические аспекты назофарингеального носительства Streptococcus pneumoniae у детей в Республике Татарстан / Л. Т. Баязитова, О. Ф. Тюпкина, Т. А. Чазова [и др.] // Инфекция и иммунитет. - 2017. - № 3. - C. 271-278.

20. Голоднова, С. О. Совершенствование эпидемиологического надзора и контроля за внебольничными пневмококковыми пневмониями: автореф. дис. ...канд. мед. наук: 14.02.02 / Голоднова Светлана Олеговна; Центральный НИИ эпидемиологии МЗ РФ. - Москва, 2016. - 22 с.

21. Голубовская, О. А. Пневмококковая инфекция в мире и Украине. Возможности ее профилактики / О. А. Голубовская // Клиническая инфектология и паразитология. - 2014. - № 1 (8). - C. 130-139.

22. Государственный доклад «О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2021 году» / Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. -Москва, 2022. - 340 с.

23. Губанова, С. Г. Иммунизация детей против пневмококковой инфекции: практические аспекты с позиции оториноларинголога / С. Г. Губанова, А. К. Геворкян, Ю. В. Ровенская // Вопросы современной педиатрии. - 2014. - Т. 13, № 6. - C. 57-59.

24. Гудзь, П. А. Значение пневмококковых вакцин в современных условиях: анализ по данным литературы / П. А. Гудзь, К. С. Хруцкий // Вестник Новгородского государственного университета им. Ярослава Мудрого. - 2015. - № 2 (85). - C. 7175.

25. Динамика распространенности серотипов и антибиотикорезистентности носоглоточных пневмококков, выделенных у детей в 2010-2016 гг.: результаты ретроспективного когортного исследования / Н. А. Маянский, Н. М. Алябьева, О. А.

Пономаренко [и др.] // Вопросы современной педиатрии. - 2017. - № 16. - C. 413423.

26. Заболеваемость пневмококковой пневмонией детей раннего возраста / И. К. Карибаева, С. А. Амиреев, А. Г. Нажмеденова, А. М. Куатбаева // Вестник Казахского Национального медицинского университета. - 2014. - № 2. - C. 110-113.

27. Заплатников, А. Л. Современные возможности и эффективность вакцинопрофилактики пневмококковой инфекции у детей / А. Л. Заплатников, А. А. Гирина, И. В. Леписева // Медицинский совет. - 2016. - № 16. - C. 51-55.

28. Зарипова, А.З. Доминирующие серотипы Streptococcus pneumoniae, циркулирующие в детской популяции Республики Татарстан / Зарипова А.З., Исаева Г.Ш., Баязитова Л.Т. // Журнал инфектологии. - 2023. - Т. 15. № 3. - Приложение 1. - С.62.

29. Изменения в серотиповом составе Streptococcus pneumoniae, циркулирующих среди детей в Российской Федерации, после внедрения 13-валентной пневмококковой конъюгированной вакцины / С. В. Сидоренко, Ю. В. Лобзин, В. Реннерт [и др.] // Журнал инфектологии. - 2023. - Т. 15, № 2. - С. 6-13.

30. Иммунизация пневмококковой полисахаридной вакциной детей с ювенильным идиопатическим артритом без системных проявлений: результаты проспективного исследования / Е. И. Алексеева, Т. М. Дворяковская, Р. В. Денисова [и др.] // Вопросы современной педиатрии. - 2017. - Т. 16, № 6. - C. 493-501.

31. Иммунопрофилактика пневмококковых инфекций : учебно-методическое пособие для врачей различных специальностей, обучающихся по программам дополнительного профессионального образования по специальности «Эпидемиология» / Н. И. Брико, Е. Г. Симонова, М. П. Костинов [и др.]; под редакцией академика РАМН, профессора Н. И. Брико. - Нижний Новгород : Ремедиум Приволжье, 2013. - 278 с.

32. Клинико-эпидемиологическая оценка эффективности вакцинации детей против пневмококковой инфекции в Амурской области / А. Г. Чучалин, Г. Г. Онищенко, В. П. Колосов [и др.] // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2016. - № 3. - C. 57-63.

33. Клиническая характеристика инвазивных пневмококковых заболеваний у детей в Узбекистане / Т. А. Даминов, Л. Н. Туйчиев, Н. У. Таджиева, Г. К. Абдухалилова // Детские инфекции. - 2015. - Т. 14, № 2. - C. 11-16.

34. Клинические рекомендации по вакцинопрофилактике пневмококковой инфекции у детей / А. А. Баранов, Л. С. Намазова-Баранова, Н. И. Брико [и др.] -Москва, 2016. - 24 с. - URL: https://dep_pediatr.pnzgu.ru/files/dep_pediatr.pnzgu.ru/vaktsinoprofilaktika_pnevmokok kovoy_infektsii_u_detey.pdf (дата обращения 15.04.2024)

35. Ковтун, О. П. Эффективность пневмококковых конъюгированных вакцин следующего поколения в разных регионах мира / О. П. Ковтун, В. В. Романенко // Вопросы современной педиатрии. - 2014. - № (1). - C. 18-25.

36. Колоскова, Е. А. Современная эпидемиологическая и микробиологическая характеристика пневмококковой инфекции / Е. А. Колоскова, Б. А. Рамазанова, К. К. Мустафина // Вестник Казахского Национального медицинского университета. -2016. - № 2. - C. 53-60.

37. Корнетски, Р. Несоответствие по эффективности пневмококковой вакцины в развитых и развивающихся странах: может ли вакцинация сократить разрыв? / Р. Корнетски, Д. Гринберг, О. Фалуп-Пекурариу // Антибиотики и химиотерапия. -2016. - Т. 61, № 11-12. - C. 56-67.

38. Костюкова Н. Н. Факторы патогенности пневмококка и их протективная активность / Н. Н. Костюкова, В. А. Бехало // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. - 2014. - № 3. - С. 67-77.

39. Лазарева, М. А. Этиологическая роль Streptococcus pneumoniae при респираторных инфекциях, его носительство и чувствительность к антибиотикам у детей младшего возраста: автореф. дис. канд. мед. наук: 14.01.08 / Лазарева Мария Александровна; Научный центр здоровья детей РАМН. - Москва, 2015. - 25 с.

40. Ласюков, Е. А. Эпидемиология пневмококковой инфекции / Е. А. Ласюков, Н. Д. Коломиец // Сахаровские чтения 2018 года: экологические проблемы XXI века: материалы конференции. - Минск, 2018. - C. 285.

41. Лукушкина, Е. Ф. Пневмококковые инфекции как современная угроза здоровью детей раннего возраста: перспективы вакцинопрофилактики / Е. Ф. Лукушкина // Педиатрическая фармакология. - 2009. - Т. 6, № 4. - C. 21-24.

42. Маркелова, Н. Н. Особенности носительства Streptococcus pneumoniae и Haemophilus influenzae у детей с хроническими заболеваниями верхних дыхательных путей / Н. Н. Маркелова, Н. И. Хотько // Фундаментальные исследования. - 2013. - № 3. - C. 110-113.

43. Методические рекомендации МР 4.2.0114-16 «Лабораторная диагностика внебольничной пневмонии пневмококковой этиологии» // Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека: сайт. - URL: https://www.rospotrebnadzor.ru/deyatelnost/epidemiological-surveillance/?ELEMENT_ro=7243 (дата обращения: 18.04.2024).

44. Методические указания МУ 4.2.2039-05 «Техника сбора и транспортирования биоматериалов в микробиологические лаборатории» // Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора: сайт. - URL: https://ohranatruda.ru/upload/iblock/b8a/4293758559.pdf (дата обращения: 25.03.2025).

45. Миронов, К. О. Идентификация и серотипирование российских штаммов Streptococcus pneumoniae с применением методик, основанных на ПЦР / К. О. Миронов, А. Е. Платонов, Р. С. Козлов // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2011. - Т. 13, № 4. - C. 304-313.

46. Молекулярно-генетическая характеристика Streptococcus pneumoniae серогрупп 15 и 11, циркулирующих в России, и их связь с глобальными генетическими линиями / Г.Ш. Исаева, И.А. Цветкова, А.З. Зарипова [и др.] // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунологии. - 2024. - №101(4). - С. 483 -501.

47. Мониторинг антибиотикорезистентности как объективный диагностический и эпидемиологический критерий инфекционного процесса / С. С. Афанасьев, А. В. Караулов, В. А. Алёшкин [и др.] // Иммунопатология, аллергология, инфектология. - 2014. - № 4. - C. 61-69.

48. Муравьев, А. А. Эпидемиология серотипов S. pneumoniae на территории Российской Федерации / А. А. Муравьев, Р. С. Козлов, Н. Н. Лебедева // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2017. - Т. 19, № 3. - C. 200-207.

49. Носоглоточное носительство Streptococcus pneumoniae у воспитанников детских домов, дошкольных учреждений и неорганизованных детей младше 5 лет / М. А. Лазарева, Т. В. Куличенко, Н. М. Алябьева [и др.] // Вопросы современной педиатрии. - 2015. - Т. 14, № 2. - C. 246-255.

50. Носоглоточное носительство бактериальных патогенов как один из критериев оценки эффективности противопневмококковой вакцинации / О. Е. Троценко, А. П. Бондаренко, Т. В. Корита [и др.] // Бюллетень физиологии и патологии дыхания. -2015. - № 58. - C. 47-52.

51. О носительстве Streptococcus pneumoniae у детей дошкольного возраста / С. Н. Бениова, А. Л. Сизоненко, М. П. Костинов [и др.] // Детские инфекции. - 2009. - № 2. - C. 20-22.

52. Обзор вакцинопрофилактики как одного из методов борьбы с инфекционной патологией в педиатрии на примере пневмококковой инфекции / С. В. Старцева, Н. Ю. Нараева, В. А. Земскова [и др.] // Современные тенденции в науке, технике, образовании: материалы конференции. - Смоленск, 2018. - C. 56-60.

53. Опыт применения пневмококковых вакцин для изучения гуморального иммунитета / Н. Е. Ястребова, Н. В. Грищенко, М. П. Костинов [и др.] // Журнал микробиологии. - 2012. - № 2. - C. 12-17.

54. Опыт реализации программы массовой вакцинации против пневмококка детей первого года жизни в Санкт-Петербурге / С. М. Харит, М. А. Окунева, А. А. Рулева [и др.] // Педиатрическая фармакология. - 2014. - № 11. - C. 76-78.

55. Основные аспекты вакцинации против пневмококковой инфекции / Т. А. Зайцева, О. Е. Троценко, А. П. Бондаренко [и др.] // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. - 2016. - № 30. - C. 61-67.

56. Основы описательной эпидемиологии: учебно-методическое пособие / И.П. Палтышев, М.Ш. Шафеев, Н.М. Хакимов [и др.] - Казань: КГМУ, 2007. -110 с.

57. Особенности микробиоты носоглотки у детей г. Иркутска / Е. В. Григорова, Н. М. Воропаева, Е. И. Иванова [и др.] // Журнал инфектологии. - 2017. - Т. 9, № 2. -C. 38-39.

58. Оценка серологического разнообразия штаммов Streptococcus pneumoniae среди детей из организованных коллективов города Иркутска / Л. А. Степаненко, С.

B. Ильина, О. И. Боброва [и др.] // Известия Иркутского государственного университета. Серия: Биология. Экология. - 2015. - № 14. - C. 2-8.

59. Оценка эффективности вакцинации: основные подходы и спорные вопросы / Н. И. Брико, Ю. В. Лобзин, А. А. Баранов [и др.] // Педиатрическая фармакология. -2014. - Т. 11, № 4. - C. 8-15.

60. Первичный серологический статус и иммунологическая эффективность вакцинации против Streptococcus pneumoniae и Haemophilus influenzae типа B у детей с бронхолегочной дисплазией: когортное исследование / К. А. Казакова, Л. С. Намазова-Баранова, И. В. Давыдова [и др.] // Педиатрическая фармакология. - 2018. - № 1. - C. 43-49.

61. Петухова, Е. С. Роль белков Streptococcus pneumoniae в разработке серотип-независимых пневмококковых вакцин / Е. С. Петухова, Д. С. Воробьев, И. Б. Семенова // Журнал микробиологии. - 2018. - № 3. - C. 74-80.

62. Пневмококковые инфекции: современное состояние заболеваемости и вакцинопрофилактики / Н. Ф. Никитюк, Т. И. Немировская, Ю. И. Обухов, А. А. Горяев // Биопрепараты. Профилактика, диагностика, лечение. - 2014. - № 2 (50). -

C. 4-12.

63. Поствакцинальная динамика молекулярно-генетических вариантов изолятов S. pneumoniae у детей Приамурья в период 2013-2015 гг. / Г. Н. Холодок, А. П. Бондаренко, Н. М. Ивахнишина [и др.] // Дальневосточный медицинский журнал. -2016. - № 2. - C. 63-66.

64. Протасова, И. Н. Характеристика эпидемического процесса пневмококковой инфекции и серотипового пейзажа Streptococcus pneumoniae на фоне универсальной вакцинации : специальность 3.2.2. «Эпидемиология» : автореферат диссертации на

соискание ученой доктора медицинских наук / Протасова Ирина Николаевна. -Красноярск, 2023.

65. Райнерт, Р. Р. Новые данные по эффективности 13-валентной пневмококковой конъюгированной вакцины в отношении инвазивных пневмококковых инфекций, пневмоний, острого среднего отита и назофарингеального носительства / Р. Р. Райнерт, Б. Тайши // Педиатрическая фармакология. - 2012. - № 3. - C. 12-18.

66. Распространенность носительства Streptococcus pneumoniae среди организованных коллективов г. Барнаула с оценкой антибиотикорезистентности и дезинфектантоустойчивости / Ю. А. Козянова, Т. В. Сафьянова, Ю. В. Винникова,

B. В. Прокопьев // Медицинский альманах. - 2018. - № 4 (55). - С. 90-94.

67. Региональные особенности серотипового состава Streptococcus pneumoniae, выделенных от детей-бактерионосителей дошкольного возраста в Республике Татарстан / Г.Ш. Исаева, Л.Т. Баязитова, А.З. Зарипова [и др.] // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2023. - Т. 22. - № 3. - С. 26-35.

68. Роль Streptococcus pneumoniae в этиологии внебольничных пневмоний / А. В. Сомова, А. А. Голубкова, В. В. Романенко, Д. С. Демин // Инфекция и иммунитет. -2017. - № S. - C. 161.

69. Савилов Е. Д. Статистические методы анализа / Е. Д. Савилов. - Москва: Наука-Центр, 2011. - 156 с.

70. Салкина, О. А. Вакцинопрофилактика пневмококковой инфекции у детей групп риска: автореф. дис. канд. мед. наук: 14.03.09 / Салкина Ольга Анатольевна; Ин-т иммунологии ФУ «Медбиоэкстрем» при МЗ РФ. - Москва, 2012. - 22 с.

71. Свойства пневмококков, колонизирующих носоглотку детей в г. Казани / Л. Т. Баязитова, О. Ф. Тюпкина, Ю. А. Тюрин [и др.] // Материалы II Национального конгресса бактериологов в журнале «Инфекция и иммунитет». - 2016. - Т. 6, № 3. -

C. 5.

72. Сезонность бактерионосительства Streptococcus Pneumoniae у детей с заболеваниями верхних дыхательных путей / Е. В. Григорова, У. М. Немченко, Е. И. Иванова [и др.] // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. - 2019. - № 36 (36). - C. 69-73.

73. Семенова, И. Б. Серотипнезависимые вакцины против пневмококковой инфекции / И. Б. Семенова, Н. А. Михайлова // Журнал микробиологии. - 2016. - № 4. - C. 76-85.

74. Серологическая характеристика и чувствительность к антибиотикам пневмококков, выделенных у детей в возрасте до 5 лет в отдельных регионах Российской Федерации / Р. С. Козлов, А. Н. Чагарян, Л. В. Козлова, А. А. Муравьев // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2011. - Т. 13, № 2. - C. 177-187.

75. Серологическая характеристика и чувствительность к антибиотикам серотипов Streptococcus pneumoniae, циркулирующих в различных регионах Беларуси и Украины, выделенных у детей до 5 лет и пациентов старше 65 лет / А. А. Муравьев, А. Н. Чагарян, Е. В. Братусь [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2013. - № 15. - C. 147-158.

76. Серотипирование штаммов Streptococcus pneumoniae, выделенных у детей на среднем Урале, методом мультиплексной ПЦР / Е. В. Соматова, А. У. Друй, Г. А. Цаур, Л. Г. Боронина // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2012. - № 5. - C. 25-30.

77. Серотиповое разнообразие и резистентность пневмококков / Н. А. Маянский, Н. М. Алябьева, А. В. Лазарева, Л. К. Катосова // Вестник Российской академии медицинских наук. - 2014. - Т. 69, № 7-8. - C. 38-45.

78. Серотипы Streptococcus pneumoniae, вызывающие ведущие нозологические формы пневмококковых инфекций / Ю. В. Лобзин, С. В. Сидоренко, С. М. Харит [и др.] // Инфектология. - 2013. - № 5. - C. 36-42.

79. Смена серотипов Streptococcus pneumoniae у детей, вакцинированных 7-валентной конъюгированной вакциной / И. Н. Протасова, Н. В. Бахарева, О. В. Перьянова [и др.] // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2014. - № 5. - C. 6771.

80. Современное представление о проблеме пневмококковой инфекции в мире и Республике Беларусь / В. С. Спесивцева, Ю. С. Ситкевич, А. М. Никитин [и др.] // Молодой ученый. - 2018. - № 13. - C. 97-99.

81. Современные представления о механизме активации иммунного ответа конъюгированными полисахаридными вакцинами / А. В. Колесников, А. В. Козырь, И. Г. Шемякин, И. А. Дятлов // Журнал микробиологии. - 2015. - № 3. - C. 97-106.

82. Создание новых российских вакцин как пример импортозамещения в педиатрии / Е. В. Склярова, Д. Б. Беркиханова, С. В. Пашаев [и др.] // Обзоры по клинической фармакологии и лекарственной терапии. - 2019. - № 2. - C. 85-88.

83. Состояние иммунитета к Streptococcus pneumoniae у здоровых новорожденных / А. А. Сависько, М. П. Костинов, Г. Г. Харсеева [и др.] // Педиатрия. - 2015. - Т. 94, № 1. - C. 9-12.

84. Структурные и функциональные особенности IGA1-протеаз / Т. Н. Казеева, А. Б. Шевелев, О. А. Леонович [и др.] // Современные проблемы науки и образования. - 2012. - № 1. - С. 3.

85. Streptococcus pneumoniae как этиологический фактор развития ангины у детей / А. Т. Шайымбетов, С. В. Чечетова, Р. М. Кадырова [и др.] // Вестник КГМА им. И. К. Ахунбаева. - 2013. - № 2. - C. 91-95.

86. Таточенко, В. К. Диагностика, терапия и вакцинопрофилактика пневмоний у детей / В. К. Таточенко // Новости вакцинопрофилактики. Вакцинация. - 2003. - № 5. - С. 6-7.

87. Теоретические основы и реальные результаты: обзор материалов по вакцинопрофилактике пневмококковой инфекции в мире / Л. С. Намазова-Баранова, М. В. Федосеенко, Е. А. Вишнева [и др.] // Педиатрическая фармакология. - 2018. -Т. 15, № 1. - C. 58-74.

88. Факторы риска колонизации носоглотки Streptococcus pneumoniae у детей первых 5 лет жизни, проживающих в Украине / Л. И. Чернышова, А. М. Гильфанова, А. В. Бондаренко, В. В. Яновская // Педиатрия. - 2014. - № 3. - C. 21-30.

89. Фармакоэкономические аспекты вакцинации детей 13-валентной пневмококковой конъюгированной вакциной в Российской Федерации / А. В. Рудакова, А. А. Баранов, Ю. В. Лобзин [и др.] // Вопросы современной педиатрии. -2014. - Т. 13, № 1. - C. 51-59.

90. Федеральные клинические рекомендации по вакцинопрофилактике пневмококковой инфекции у взрослых / А. Г. Чучалин, Н. И. Брико, С. Н. Авдеев [и др.] // Пульмонология. - 2019. - № 29. - С. 19-34.

91. Федосеенко, М. В. Опыт применения и оценка безопасности 13-валентной пневмококковой конъюгированной вакцины у детей младше 5 лет / М. В. Федосеенко, Д. А. Новикова, Н. Е. Ткаченко [и др.] // Педиатрическая фармакология. - 2014. - Т. 11, № 5. - C. 59-64.

92. Фельдблюм, И. В. Уровень и внутригодовая динамика носительства S. Pneumoniae среди разных групп взрослого населения / И. В. Фельдблюм, С. О. Голоднова, В. В. Семериков // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. - 2015. - № 5. - C. 13-16.

93. Характеристика распространенных генетических линий Streptococcus pneumoniae, циркулировавших в различных регионах России с 2003 г. по 2022 г. / И.А. Цветкова, Г.Ш. Исаева, А.З. Зарипова [и др.] // Проблемы медицинской микологии. - 2023. - Т. 25. - № 2. - С. 195.

94. Характеристика распространенных генетических линий Streptococcus pneumoniae, циркулировавших в различных регионах России с 2003 г. по 2022 г / И. А. Цветкова, Е. В. Никитина, Е. В. Александрова [и др.] // Проблемы медицинской микологии. - 2023. - Т. 25, № 2. - С. 195.

95. Чувствительность к антибиотикам, клональное и серотиповое разнообразие пневмококков у детей с острым средним отитом в г. Москве / Н. А. Маянский, Н. М. Алябьева, М. А. Лазарева [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2016. - Т. 18, № 2. - C. 84-92.

96. Чувствительность к антимикробным препаратам клинических штаммов Streptococcus pneumoniae, выделенных в различных регионах РФ в 2010-2013 гг. / Р. С. Козлов, М. В. Сухорукова, О. В. Сивая [и др.] // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. - 2015. - № 17 (2). - C. 31.

97. Шамансурова, Э. А. Антибиотикочувствительность пневмококков, выделенных от здоровых детей / Э. А. Шамансурова, Г. Т. Махкамова // Журнал теоретической и клинической медицины. - 2015. - № 5. - C. 84-86.

98. Эпидемиологическая оценка первых результатов национальной программы иммунизации детей раннего возраста против пневмококковой инфекции в России / Н. И. Брико, Н. Н. Цапкова, В. А. Сухова [и др.] // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. - 2017. - № 5. - C. 16-21.

99. Эпидемиологическая оценка факторов риска распространения антибиотикорезистентных штаммов возбудителей инфекций верхних дыхательных путей и ЛОР-органов у детей / А. А. Шишмаков, Д. С. Колесник, Ж. Г. Толеуова [и др.] // Пермский медицинский журнал. - 2017. - Т. 34, № 4. - C. 54-59.

100. Эпидемиологические и микробиологические аспекты назофарингеального носительства Streptococcus pneumoniae / Л.Т. Баязитова, А.З. Зарипова, О.Ф. Тюпкина [и др.] // Астраханский медицинский журнал. - 2022. -Т. 17. - № 1. -С. 23 -29.

101. Эпидемиологические особенности носительства Streprococcus pneumoniae среди детей, посещающих дошкольные учреждения Санкт-Петербурга / Д. С. Колесник, А. С. Мохов, Е. А. Лебедева [и др.] // Профилактическая и клиническая медицина. - 2017. - № 3 (64). - C. 28-33.

102. Эпидемиологический анализ: учебное пособие / А. В. Слободенюк, А. А. Косова, Р. Н. Ан. - Екатеринбург: УГМУ, 2015. - 36 с.

103. Эпидемиологический надзор за внебольничными пневмониями: Методические указания Роспотребнадзора № МУ 3.1.2/4.2.3973-23 от 28.12.2023 // Группа Ремедиум: сайт. - URL: https://remedium.ru/legislation/other/Metodicheskie-ukazaniya-Rospotrebnadzora-MU-3-1-2-4-2-3973-23-ot-28-12-2023/?ysclid=lv6ftuap3o931904194 (дата обращения 19.04.2024).

104. Эпидемиология и вакцинопрофилактика инфекции, вызываемой Streptococcus pneumoniae : Методические рекомендации МР 3.3.1.0027-11 / Е. Б. Ежлова, А. А. Мельникова, А. А. Баранов [и др.]. - Москва: Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, 2011. - 27 с.

105. A cost-effectiveness analysis of a 10-valent pneumococcal conjugate vaccine in children in six Latin American countries / S. G. Martí, L. Colantonio, A. Bardach [et al.] // Cost Eff Resour Alloc. - 2013. - № 11 (1). - P. 21.

106. A new pneumococcal capsule type, 10D, is the 100th serotype and has a large cps fragment from an oral streptococcus / F. Ganaie, J. S. Saad, L. McGee [et al.] // mBio. -2020. - № 11. - P. e00937-20.

107. A population-based assessment of the impact of 7- and 13-valent pneumococcal conjugate vaccines on macrolide-resistant invasive pneumococcal disease: emergence and decline of Streptococcus pneumoniae serotype 19A (CC320) with dual macrolide resistance mechanisms / M. R. Schroeder, S. T. Chancey, S. Thomas [et al.] // Clin. Infect. Dis. - 2017. - № 65. - P. 990-998.

108. A pneumococcal carriage study in Danish preschool children before the introduction of pneumococcal conjugate vaccination / Z. B. Harboe, H.-C. Slotved, H. B. Konradsen, M. S. Kaltoft // Open Microbiol. J. - 2012. - № 6. - P. 40-44.

109. Al-Lahham A. Multicenter study of pneumococcal carriage in children 2 to 4 years of age in the winter seasons of2017-2019 in Irbid and Madaba governorates of Jordan / A. Al-Lahham // PLoS One. - 2020. - № 8. - P. e0237247.

110. alpha-Enolase of Streptococcus pneumoniae is a plasmin (ogen)- binding protein displayed on the bacterial cell surface / S. Bergmann, M. Rohde, G. S. Chhatwal, S. Hammerschmidt // Molecular Microbiology. - 2001. - № 6. - P. 1273-1287.

111. Analysis of invasive pneumonia-causing strains of Streptococcus pneumoniae: serotypes and antimicrobial susceptibility / C. R. Yoshioka, M. B. Martinez, M. C. Brandileone [et al.] // J. Pediatr. - 2011. - Vol. 87 (1). - P. 70-75.

112. Antibiotic Resistance and Molecular Biological Characteristics of Non-13-Valent-Pneumococcal Conjugate Vaccine Serogroup 15 Streptococcus pneumoniae Isolated From Children in China / W. Shi, Q. Du, L. Yuan [et al.] // Frontiers in Microbiology - 2022. -Vol. 12. - Art. 778985.

113. Antimicrobial resistance, penicillin-binding protein sequences, and pilus islet carriage in relation to clonal evolution of Streptococcus pneumoniae serotype 19A in Russia, 2002-2013 / N. Mayanskiy, T. Savinova, N. Alyabieva [et al.] // Epidemiology and Infection. Cambridge Press. - 2017. - № 8. - P. 1708-1719.

114. Association between nasopharyngeal load of Streptococcus pneumoniae, viral coinfection, and radiologically confirmed pneumonia in Vietnamese children / H. T. Vu, L. M. Yoshida, M. Suzuki [et al.] // Pediatr. Infect. Dis. J. - 2011. - Vol. 30. - P. 11-18.

115. Association of serotype with risk of death due to pneumococcal pneumoniae: a metaanalysis / D. M. Weinberger, Z. B. Harboe, E. A. M. Sanders [et al.] // Clin. Infect. Dis. -2010. - Vol. 51. - P. 692-698.

116. Background paper to the updated pneumococcal vaccination recommendation for older adults in Germany / G. Falkenhorst, C. Remschmidt, T. Harder [et al.] // Bundesgesundheitsbl. - 2016. - № 59. - P. 1623-1657.

117. Bacteremic pneumonia before and after withdrawal of 13-valent pneumococcal conjugate vaccine from a public vaccination program in Spain: a case-control study / A. Tagarro, A. Benito, A. Sánchez [et al.] // J Pediatr. - 2016. - Vol. 3476 (15). - P. 15431547.

118. Bacterial respiratory pathogens in children with inherited immune and airway disorders: nasopharyngeal carriage and disease risk / L. M. Verhagen, M. Luesink, A. Warris [et al.] // Pediatr. Infect. Dis. J. - 2013. - Vol. 32. - P. 399-404.

119. Biological and epidemiological features of antibiotic-resistant Streptococcus pneumoniae in pre- and post-conjugate vaccine eras: A United States perspective / L. Kim, L. McGee, S. Tomczyk [et al.] // Clinical Microbiology Reviews. - 2016. - Vol. 29, № 3.

- P. 525-552.

120. Bogaert, D. Streptococcus pneumoniae colonisation: the key to pneumococcal disease / D. Bogaert, R. Groot, P.W. Hermans // Lancet Infect Dis. - 2014. - № 4 (3). - P. 144-154.

121. Burden of disease caused by otitis media: systematic review and global estimates / L. Monasta, L. Ronfani, F. Marchetti [et al.] // PLoS ONE. - 2012. - № 7 (4). - P. 36226.

122. Burden of disease caused by Streptococcus pneumoniae in children younger than 5 years: global estimates / K. L. O'Brien, L. J. Wolfson, J. P. Watt [et al.] // Lancet. - 2009.

- Vol. 374. - P. 893-902.

123. Capsule enhances pneumococcal colonization by limiting mucus-mediated clearance / A. L. Nelson, A. M. Roche, J. M. Gould [et al.] // Infect Immun. - 2007. - Vol. 5 (1). - P. 83-90.

124. CARD 2023: Expanded Curation, Support for Machine Learning, and Resistome Prediction at the Comprehensive Antibiotic Resistance Database / B. P Alcock, W. Huynh, R. Chalil [et al.] // Nucleic Acids Research. - 2023. - Vol. 51, № D1. - P. D690-D699.

125. Carried pneumococci in Massachusetts children: the contribution of clonal expansion and serotype switching Pediatr Infect / W. P. Hanage, C. J. Bishop, S. S. Huang [et al.] // Dis J. - 2011. - № 30 (4). - P. 302-308.

126. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Invasive pneumococcal disease in young children before licensure of 13-valent pneumococcal conjugate vaccine - United States, 2007 // MMWR Morb Mortal Wkly Rep. - 2010. - № 59 (9). - P. 253-257.

127. Changes in antimicrobial resistance, serotypes and genotypes in Streptococcus pneumoniae over a 30-year period / J. Linares, C. Ardanuy, R. Pallares, A. Fenoll // Clin. Microbiol. Infect. - 2010. - № 16. - P. 402-410.

128. Changes in pneumococcal serotypes and antimicrobial resistance after introduction of the 13-valent conjugate vaccine in the United States / S. S. Richter, D. J. Diekema, K. P. Heilmann [et al.] // Antimicrobial Agents and Chemotherapy. - 2014. - Vol. 58. - P. 6484-6489.

129. Changes in serotype distribution and antimicrobial resistance of Streptococcus pneumoniae isolates from adult patients in Asia: emergence of drug-resistant non-vaccine serotypes / S. H. Kim, D. R. Chung, J.-H. Song [et al.] // Vaccine. - 2020. - № 38. - P. 6065-6073.

130. Changing epidemiology of antimicrobial-resistant Streptococcus pneumoniae in the United States, 2004-2005 / S. S. Richter, K. P. Heilmann, C. L. Dohrn [et al.] // Clin Infect Dis. - 2009. - № 3. - P. e23-33.

131. Changing serotype distribution and resistance patterns among pediatric nasopharyngeal pneumococci collected in Moscow, 2010-2017 / N. Mayanskiy, T. Kulichenko, N. Alyabieva [et al.] // Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. -2019. - № 4. - P. 385-390.

132. Characterization of MDR and XDR Streptococcus pneumonia in Canada, 20072013 / A. Golden, M. Rosenthal, B. Fultz [et al.] // J Antimicrob Chemother. - 2015. -Vol. 70. - P. 2199-2202.

133. Characterization of nontypeable and atypical Streptococcus pneumoniae pediatric isolates from 1994 to 2010 / J. Ing, E. O. Mason, S. L. Kaplan [et al.] // J Clin Microbiol.

- 2012. - № 50 (4). - P. 1326-1330.

134. Clonal and capsular types decide whether pneumococci will act as a primary or opportunistic pathogen / K. Sjostrom, C. Spindler A. Ortqvist [et al.] // Clin Infect Dis. -2006. - № 4. - P. 451-459.

135. Co-infection with respiratory pathogens among C0VID-2019 cases / X. Zhu, Y. Ge, T. Wu [et al.] // Virus Research. - 2020. - Vol. 285. - P. 19800.

136. Colonisation by Streptococcus pneumoniae and Staphylococcus aureus in healthy children / D. Bogaert, A. van Belkum, M. Sluijter [et al.] // Lancet. - 2004. - Vol. 363. -P. 1871-1872.

137. Continued impact of pneumococcal conjugate vaccine on carriage in young children / S. S. Huang, V. L. Hinrichsen, A. E. Stevenson [et al.] // Pediatrics. - 2009. - № 1. - P. e1-11.

138. Cornick, J. E. Streptococcus pneumoniae: the evolution of antimicrobial resistance to beta-lactams, fluoroquinolones and macrolides / J. E. Cornick, S. D. Bentley // Microb. Infect. - 2012. - № 14. - P. 573-583.

139. Cost-effectiveness of a 10-versus 13-valent pneumococcal conjugate vaccine in Denmark and Sweden / R. M. Klok, R.-M. Lindkvist, M. Ekelund [et al.] // Clin. Ther. -2013. - URL: http://dx.doi.org/10.1016Zj.clinthera.2012.12.006 (accessed 16.04.2024).

140. Cherian Thomas. Pneumococcal conjugate vaccines in infants and children under 5 years of age: WHO position paper / Thomas Cherian // Weekly Epidemiological Record.

- 2019. - Vol. 8 (94). - P. 85-104.

141. Dawid, S. The blp bacteriocins of Streptococcus pneumoniae mediate intraspecies competition both in vitro and in vivo / S. Dawid, A. M. Roche, J. N. Weiser // Infection and Immunity. - 2007. - № 1. - P. 443-451.

142. Declining serotype coverage of new pneumococcal conjugate vaccines relating to the carriage of Streptococcus pneumoniae in young children / A. S. Tocheva, J. M. Jefferies, H. Rubery [et al.] // Vaccine. - 2011. - Vol. 29. - P. 4400-4404.

143. Decrease in the incidence and in hospital mortality of community-acquired pneumonia among children in Spain (2001-2014) / I. Jimenez Trujillo, A. Lopez de Andres, V. Hernandez-Barrera [et al.] // Vaccine. - 2017. - Vol. 35 (30). - P. 3733-3740.

144. Differences in genotype and virulence among four multidrug-resistant Streptococcus pneumoniae i solates b elonging to the PMEN 1 clone / N. L. Hiller, R. A. Eutsey, E. Powell [et al.] // PLoS One. - 2011. - Vol. 6 (12). - e28850.

145. Distribution of serotypes and patterns of antimicrobial resistance among commensal Streptococcus pneumoniae in nine European countries / R. Y. Yahiaoui, H. J. Bootsma, C. D. den Heijer [et al.] // BMC Infect Dis. - 2018. - Vol. 18 (1). - P. 440.

146. Dominance of multidrugresistant Denmark14-32 (ST230) clone among Streptococcus pneumonia serotype 19A isolates causing pneumococcal disease in Bulgaria from 1992 to 2013 / L. Setchanova, A. Alexandrova, D. Dacheva [et al.] // Microb Drug Resist. - 2015. - Vol. 21. - P. 35-42.

147. Dual role of PspC, a surface protein of Streptococcus pneumoniae in binding human secretory IgA and factor H / S. Dave, S. Carmiele, S. Hammershmidt [et al.] // J. Immunol.

- 2004. - № 1. - P. 471-477.

148. Effect of the 13-valent pneumococcal conjugate vaccine on invasive pneumococcal disease in England and Wales 4 years after its introduction: an observational cohort study / P. A. Waight, N. J. Andrews, S. N. Ladhani [et al.] // Lancet Infect Dis. - 2015. - № 5. -P. 535e43.

149. Effectiveness of the new serotypes in the 13-valent pneumococcal conjugate vaccine / E. Miller, N. J. Andrews, P. A. Waight [et al.] // Vaccine. - 2011. - № 49. - P. 9127e31.

150. Effects of PCV7 and PCV13 on invasive pneumococcal disease and carriage in Stockholm, Sweden / I. Galanis, A. Lindstrand, J. Darenberg [et al.] // Eur Respir J. - 2016.

- Vol. 47 (4). - P. 1208-1218.

151. Effects of pneumococcal conjugate vaccine 2 years after its introduction, the Netherlands / G. D. Rodenburg, S. C. de Greeff, A. G. Jansen [et al.] // Emerging Infect. Dis. - 2010. - Vol. 16. - P. 816-823.

152. Effects of pneumococcal conjugate vaccine on genotypic penicillin resistance and serotype changes, Japan, 2010-2017 / K. Ubukata, M. Takata, M. Morozumi [et al.] // Emerg. Infect. Dis. - 2018. - № 11. - P. 2010-2020.

153. Effects of the 10-valent pneumococcal nontypeable Haemophilus influenzae protein D-conjugate vaccine on nasopharyngeal bacterial colonization in young children: a randomized controlled trial / M. R. Van den Bergh, J. Spijkerman, K. M. Swinnen [et al.] // Clin Infect Dis. - 2013. - Vol. 56 (3). - P. 30-39.

154. Efficacy of 13-valent pneumococcal conjugate vaccine (PCV13) versus that of 7-valent PCV (PCV7) against nasopharyngeal colonization of antibiotic-nonsusceptible Streptococcus pneumonia / R. Dagan, C. Juergens, J. Trammel, [et al.] // JID. - 2015. - № 211. - P. 1144-1153.

155. Emergence of Streptococcus pneumoniae serogroups 15 and 35 in nasopharyngeal cultures from young children with acute otitis media / J. M. Martin, A. Hoberman, J. L. Paradise [et al.] // The Pediatric Infectious Disease Journal. - 2014. - Vol. 33, № 11. - P. e286-e290.

156. Epidemiological and molecular characterization of Streptococcus pneumoniae carriage strains in pre-school children in Arkhangelsk, northern European Russia, prior to the introduction of conjugate pneumococcal vaccines / V. Vorobieva, S. Jensen, A.-S. Furberg [et al.] // Diagn Microbiol Infect Dis. - 2020. - № 1. - P. 114914.

157. Estimates of the global, regional, and national morbidity, mortality, and etiologies of lower respiratory infections in 195 countries, 1990-2016: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2016 // Lancet Infect Dis. - 2018. - № 18. - P. 11911210.

158. Etiology of invasive bacterial infections in immunocompetent children in Korea (2006-2010): a retrospective multicentr study / K. Rhie, E. H. Choi, E. Y. Cho [et al.] // J Korean Med Sci. - 2018. - Vol. 33, № 6. - P. 45.

159. Feldman, C. Epidemiology, virulence factors and management of the pneumococcus / C. Feldman, R. Andersen // F1000Research. - 2016. - Vol. 14, № 5. - Р. 2320.

160. Feldman, C. Review: current and new generation pneumococcal vaccines / C. Feldman, R. Anderson // J. Infect. - 2014. - Vol. 69 (4). - P. 309-325.

161. Global burden of childhood pneumonia and diarrhea / C. L. Walker, I. Rudan, L. Liu [et al.] // Lancet. - 2013. - Vol. 381. - P. 1405-1416.

162. Global etiology of bacterial meningitis: A systematic review and meta-analysis / A. M. Oordt-Speets, R. Bolijn, R. C. van Hoorn [et al.] // PLoS One. - 2018. - Vol. 13 (6). -e0198772.

163. Gomez-Mejia, A. Streptococcus pneumoniae two-component regulatory systems: the interplay of the pneumococcus with its environment / A. Gomez-Mejia, G. Gamez, S. Hammerschmidt // Int J Med Microbiol. - 2018. - Vol. 308 (6). - P. 722-737.

164. Henriques-Normark B. The pneumococcus: epidemiology, microbiology and pathogenesis / B. Henriques-Normark, E. J. Tuomanen // Gold Spring Harb. Perspect. Med.

- 2013. - № 3. - Р. a010215.

165. Higgins M.A., Suits M.D., Marsters C., Boraston A.B. Structural and Functional Analysis of Fucose-Processing Enzymes from Streptococcus pneumoniae / Higgins M.A., Suits M.D., Marsters C., Boraston A.B. [Текст] // Journal of Molecular Biology. — 2014.

- Vol. 426 (7). — Р. 1469-1482.

166. Identification of a monoclonal antibody against pneumococcal pilus 1 ancillary protein impairing bacterial adhesion to human epithelial cells / F. Amerighi, M. Valeri, D. Donnarumma [et al.] // The Journal of Infectious Diseases. - 2016. - Vol. 213 (4). - Р. 516-522.

167. Identification of pneumococcal surface protein A as a lactoferrin-binding protein of Streptococcus pneumonia / S. Hammerschmidt, G. Bethe, P. H. Remane, G. S. Shhatwal // Infect. Immun. - 1999. - № 4. - Р. 1683-1687.

168. Identifying transmission routes of Streptococcus pneumoniae and sources of acquisitions in high transmission communities / B. M. Althouse, L. L. Hammitt, L. Grant [et al.] // Epidemiol Infect. - 2017. - Vol. 145 (13). - P. 2750-2758.

169. Immunization for Streptococcus pneumoniae infections in high-risk children / Committee on infectious diseases // Pediatrics. - 2014. - Vol. 134 (6). - P. 1230-1233.

170. Impact of 13-valent pneumococcal conjugate vaccination in invasive pneumococcal disease incidence and mortality / Z. B. Harboe, T. Dalby, D. M. Weinberger [et al.] // Clin Infect Dis. - 2014. - Vol. 59 (8). - P. 1066-1073.

171. Impact of pneumococcal conjugate vaccines on pneumococcal meningitis cases in France between 2001 and 2014: a time series analysis / A. Alari, H. Chaussade, M. Domenech De Celles [et al.] // BMC Med. - 2016. - Vol. 21, № 14 (1). - P. 211.

172. Impact of private use of the 13-valent pneumococcal conjugate vaccine (PCV13) on pneumococcal carriage among Portuguese children living in urban and rural regions / S. Felix, S. Handem, S. Nunes [et al.] // Vaccine. - 2021. - Vol. 39, № 32. - P. 4524-4533.

173. Impact of ten valent pneumococcal conjugate vaccine on pneumonia in Finnishchildren in a nation-wide population-based study / A. A. Palmu, H. Rinta-Kokko, H. Nohynek [et al.] // PLoS One. - 2017. - Vol. 12 (3). - P. e0172690.

174. Impact of the pneumococcal conjugate vaccines on invasive pneumococcal disease in France, 2001-2012 / A. Lepoutre, E. Varon, S. Georges, [et al.] // Vaccine. - 2015. -Vol. 33 (2). - P. 359-366.

175. Incidence and aetiology of bacterial meningitis among children aged 1-59 months in South Asia: systematic review and meta-analysis / M. Ali, B. A. Chang, K. W. Johnson, S. K. Morris // Vaccine. - 2018. - Vol. 36 (39). - P. 5846-5857.

176. Increase of pneumococcal serotype 19A in Italy is due to expansion of the piliated clone ST416/CC199 / M. Del Grosso, R. Camilli, F. D'Ambrosio [et al.] // Increase J Med Microbiol. - 2013. - Vol. 62, Pt 8 - P. 1220-1225.

177. Insight into resistance phenotypes of emergent non 13-valent pneumococcal conjugate vaccine type pneumococci isolated from invasive disease after 13-valent pneumococcal conjugate vaccine implementation in France / C. Janoir, A. Lepoutre, L. Gutmann, E. Varon // Open Forum Infect. Dis. - 2016. - № 3. - P. 1-9.

178. Introducing the Bacterial and Viral Bioinformatics Resource Center (BV-BRC): a resource combining PATRIC, IRD and ViPR / R. D. Olson, R. Assaf, T. Brettin [et al.] // Nucleic Acids Res. - 2023. - Vol. 51, № D1. - P. D678-D689.

179. Introduction of pneumococcal vaccine PCV13: A handbook for district and health facility staff / WHO. - Geneva, 2013. - URL: https://apps.who.int/iris/bitstream/10665/90380/1/WH0_IVB_13.10_eng.pdf (accessed 16.04.2024).

180. Isaacman, D. J. Burden of invasive pneumococcal disease and serotype distribution among Streptococcus pneumoniae isolates in young children in Europe: impact of the 7-valent pneumococcal conjugate vaccine and considerations for future conjugate vaccines / D. J. Isaacman, E. D. McIntosh, R. R. Reinert // Int J Infect Dis. - 2010. - № 14. - P. 197209.

181. Keller, L. E. Nonencapsulated Streptococcus pneumoniae: emergence and pathogenesis / L. E. Keller, D. A. Robinson, L. S. McDaniel // MBio. - 2016. - № 7 (2). -P. e01792.

182. King, S. J. Deglycosylation of human glycoconjugates by the sequential activities of exoglycosidases expressed by Streptococcus pneumoniae / S. J. King, K. R. Hippe, J. N. Weiser // Molecular Microbiology. - 2006. - № 3. - P. 961-974.

183. Lehr R. Sixteen s squared over d squared: a relation for crudesample size estimates // Statistics in Medicine, 1992, 11. - P. 1099-1102

184. Linden M. Increase of serotypes 15A and 23B in IPD in Germany in the PCV13 vaccination era / M. Linden, S. Perniciaro, M. Imöhl // BMC Infect. Dis. - 2015. - № 15. - P. 207.

185. Lomholt, J. A. Immunoglobulin A1 protease activity in Gemella haemolysans / J. A. Lomholt, M. Kilian // J. Clin. Microbiol. - 2000. - Vol. 38, № 7. - P. 2760-2762.

186. Loughran, A. J. Streptococcus pneumoniae: Invasion and Inflammation / A. J. Loughran, C. J. Orihuela, E. I. Tuomanen // Microbiol Spectr. - 2019. - Vol. 7 (2). - P. 10.1128.

187. Lundbo, L. F. Risk factors for community-acquired bacterial meningitis / L. F. Lundbo, T. Benfield // Infect Dis (Lond). - 2017. - Vol. 49 (6). - P. 433-444.

188. Maladies infectieuses pédiatriques àprévention vaccinale, rapport annuel 2013 / M.T. Sabbe, T. Grammens, T. Braeye [et al.]. - Bruxelles: Institut scientifique de Santé publique (WIV-ISP), 2015.

189. Marchisio, P. Serotypes not included in 13-valent pneumococcal vaccine as causes of acute otitis media with spontaneous tympanic membrane perforation in a geographic area with high vaccination coverage / P. Marchisio, S. Esposito, M. Picca [et al.] // Pediatr Infect Dis J. - 2017. - Vol. 36 (5). - P. 521-523.

190. Marks L. R. Pneumococcal interactions with epithelial cells are crucial for optimal biofilm formation and colonization in vitro and in vivo / L. R. Marks, G. J. Parameswaran, A. P. Hakansson // Infect. Immun. - 2012. - № 8. - P. 2744-2760.

191. Mehr S. Streptococcus pneumoniae - a review of carriage, infection, serotype replacement and vaccination / S. Mehr, N. Wood // Paediatric Respiratory Reviews. -2012. - Vol. 13, № 4. - P. 258-264.

192. Molecular Detection and Serotyping of Streptococcus Pneumoniae in Children with Suspected Meningitis in Northeast Iran / S. Abdoli, S. Safamanesh, M. Khosrojerdi, A. Azimian // Iran J Med Sci March. - 2022. - Vol 45, № 2. - P. 125-133.

193. Mosaic genes and mosaic chromosomes-genomic variation in Streptococcus pneumoniae / R. Brückner, M. Nuhn, P. Reichmann [et al.] // Int. J. Med. Microbiol. -2004. - Vol. 294 (2-3). - P. 157-168.

194. Moscoso, M. Biofilm formation by Streptococcus pneumoniae: role of choline, extracellular DNA, and capsular polysaccharide in microbial accretion / M. Moscoso, E. GarcHa, R. Lypez // J Bacteriol. - 2006. - Vol. 88 (22). - P. 7785-7795.

195. Multicenter study of serotype distribution of Streptococcus pneumoniae nasopharyngeal isolates from healthy children in the Russian Federation after introduction of PCV13 into the National Vaccination Calendar / S. Sidorenko, Y. Lobzin, W. Rennert [et al.] // Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. - 2020. - Vol. 96, № 1. - P. 114914.

196. Multidrug-resistant Streptococcus pneumoniae causing invasive pneumococcal disease isolated from a paediatric patient / R. Arushothy, H. Ramasamy, R. Hashim [et al.] // Int. J. Infect. Dis. - 2020. - № 90. - P. 219-222.

197. Multilocus Sequence Typing of Total Genome Sequenced Bacteria / M. V. Larsen, S. Cosentino, S. Rasmussen [et al.] // Clin. Micobiol. - 2012. - № 4. - P. 1355-1361.

198. Multi-serotype pneumococcal nasopharyngeal carriage prevalence in vaccine naive nepalese children, assessed using molecular serotyping / R. Kandasamy, M. Gurung, A. Thapa [et al.] // PLoS One. - 2015. - Vol. 10 (2). - e0114286.

199. Nasopharyngeal carriage of Streptococcus pneumoniae in healthy children aged less than five years / M. Ceyhan, E. Karadag-Oncel, G. Hascelik [et al.] // Vaccine. - 2021. -№ 39. - P. 2041-2047.

200. Nasopharyngeal carriage, antibiogram & serotype distribution of Streptococcus pneumoniae among healthy under five children / K. L. Kumar, V. Ashok, F. Ganaie, A. C. Ramesh // Indian J Med Res. - 2014. - № 140 (2). - P. 216-220.

201. Nasopharyngeal Carriage, Serotype Prevalence, and Antibiotic Resistance of Streptococcus pneumoniae in Indonesia / Cissy B. Kartasasmita, Sri Rezeki Hadinegoro, Nia Kurniati [et al.] // Vaccine. - 2021. - № 15. - P. 2041-2047.

202. Nasopharyngeal pneumococcal carriage in healthy Turkish children after 13-valent conjugated pneumococcal vaccine implementation in the national immunization program / S. Kanik Yüksek, H. Tezer, B. Gülhan [et al.] // J Infect Public Health. - 2020. - № 2. -P. 266-274.

203. Nontypeable pneumococci can be divided into multiple cps types, including one type expressing the novel gene pspK / I. H. Park, K. H. Kim, A. L Andrade [et al.] // MBio. -2012. - № 3 (3). - P. e00035-12.

204. Outbreak of Streptococcus pneumoniae serotype 1 pneumonia in a United Kingdom school / A. Gupta, F. M. Khaw, E. L. Stokle [et al.] // BMJ. - 2008. - Vol. 337. - P. 2964.

205. Pai R. Sequential multiplex PCR approach for determining capsular serotypes of Streptococcus pneumoniae isolates / R. Pai, R. E. Gertz, B. Beall // J Clin Microbiol. -2006. - № 1. - P. 124-131.

206. Papadatou, I. Pneumococcal vaccination in high-risk individuals: are we doing it right? / I. Papadatou, V. Spoulou // Clin Vaccine Immunol. - 2016. - Vol. 23 (5). - P. 388395.

207. Pediatric invasive pneumococcal disease caused by vaccine serotypes following the introduction of conjugate vaccination in Denmark / Z. B. Harboe, P. Valentiner-Branth, H. Ingels [et al.] // PLoS One. - 2013. - Vol. 8 (1). - P. e51460.

208. Pelton, S. I. Pneumococcal infections / S. I. Pelton, M. R. Jacobs // In Textbook of pediatric infectious diseases. - 7 ed. - Philadelphia; PA, 2014. - Chap. 85. - P. 1198-1246.

209. Pichichero, M. E. Next generation protein based Streptococcus pneumoniae vaccines / M. E. Pichichero, M. N. Khan, Q. H. Xu // Vaccines Immunotherap. - 2016. -№ 12. - P. 1.

210. Pickering, L. K. Report of the committee on infection diseases / L. K. Pickering // American Academy of Pediatrics. - 2012. - Vol. 29. - P. 571-582.

211. Pillar, C. M. Susceptibility of Streptococcus pneumoniae and haemophilus influenzae collected across Europe and Asia to levofloxacin and other respiratory agents: results from global surveillance (1997-2007) / C. M. Pillar, C. Thornsberry, D. F. Sahm // Penetration. - 2010. - P. 14-22.

212. Pneumococcal capsular switching: a historical perspective / K. L. Wyres, L. M. Lambertsen, N. J. Croucher [et al.] // J. Infect. Dis. - 2013. - Vol. 207. - P. 439-449.

213. Pneumococcal capsules and their types: past, present, and future / K. A. Geno, G. L. Gilbert, J. Y. Song [et al.] // Clin. Microbiol. Rev. - 2015. - Vol. 28 (3). - P. 871-899.

214. Pneumococcal carriage group. The fundamental link between pneumococcal carriage and disease / B. Simell, K. Auranen, H. Kayhty [et al.] // Rev. Vaccines. - 2012.

- Vol. 11. - P. 841-855.

215. Pneumococcal carriage in children and adults two years after introduction of the thirteen valent pneumococcal conjugate vaccine in England / A. J. Van Hoek, C. L. Sheppard, N. J. Andrews [et al.] // Vaccine. - 2014. - № 32. - P. 4349-4355.

216. Pneumococcal carriage in children and their household contacts six years after introduction of the 13-valent pneumococcal conjugate vaccine in England / J. Southern, N. Andrews, P. Sandu [et al.] // PLoS One. - 2018. - Vol. 13 (5). - P. e0195799.

217. Pneumococcal carriage in rural Gambia prior to the introduction of pneumococcal conjugate vaccine: a population-based survey / E. Usuf, H. Badji, A. Bojang [et al.] // Trop Med Int Health. - 2015. - Vol. 20 (7). - P. 871-879.

218. Pneumococcal conjugate vaccines for preventing otitis media / A. C. Fortanier, R. P. Venekamp, C. W. Boonacker [et al.] // Cochrane Database Syst Rev. - 2014. - № 2 (4).

- CD001480.

219. Pneumococcal infections. Red book: report of the committee oninfection diseases / ed. L. K. Pickering // American Academy of Pediatrics. - 2012. - Vol. 29. - Vol. P. 571582.

220. Pneumococcal serotypes and mortality following invasive pneumococcal disease: a population-based cohort study / Z. B. Harboe, R. W. Thomsen, A. Riis [et al.] // PLoS Med.

- 2009. - № 6 (5). - e1000081.

221. Pneumococcal serotypes before and after introduction of conjugate vaccines, United States, 1999-2011 / S. S. Richter, K. P. Heilmann, C. L. Dohrn [et al.] // Infect. Dis. - 2013.

- Vol. 19. - P. 1074-1083.

222. Pneumococcal serotypes causing acute otitis media among children in Barcelona (1992-2011): emergence of the multiresistant clone ST320 of serotype 19A / A. Gene, E. del Amo, M. Inigo [et al.] // Pediatr Infect Dis J. - 2013. - Vol. 32. - P. 128-133.

223. Pneumococcal vaccines : WHO position paper. - Geneva, 2012. - URL: https://www.who.int/publicationsMtem/WER8714 129-144 (accessed 16.04.2024).

224. Pneumococcal vaccines WHO position paper 2012 // Weekly epidemiological record. - 2012. - Vol. 87 (14). - P. 129-144.

225. Pneumolysin binds to the mannose receptor C type 1 (MRC-1) leading to antiinflammatory responses and enhanced pneumococcal survival / K. Subramanian, D. R. Neill, H. A. Malak [et al.] // Nature Microbiology. - 2019. - № 4 (1). - P. 62-70.

226. Pneumonia. Fact sheet № 331 // WHO : website. - URL: https: //web .archive.org/web/20160718230102/http: //www.who. int/mediacentre/factsheets /fs331/en/ (accessed 16.04.2024).

227. Prevalence and serotype distribution of nasopharyngeal carriage of Streptococcus pneumonia in China: a meta-analysis / L. Wang, J. Fu, Z. Liang, J. Chen // BMC Infect Dis. - 2017. - Vol. 17 (1). - P. 765.

228. Principi, N. Development of pneumococcal vaccines over the last 10 years / N. Principi, S. Esposito // Expert. Opin. Biol. Ther. - 2018. - Vol. 18 (1). - P. 7-17.

229. Prompt effect of replacing the 7-valent pneumococcal conjugate vaccine with the 13-valent vaccine on the epidemiology of invasive pneumococcal disease in Norway / A.

Steens, M. A. Bergsaker, I. S. Aaberge [et al.] // Vaccine. - 2013. - Vol. 31 (52). - P. 62326238.

230. Prospective multicenter study on antibiotic resistance of Helicobacter pylori strains obtained from children living in Europe / S. Koletzko, F. Richy, P. Bontems [et al.] // Gut. - 2006. - Vol. 55 (12). - P. 1711-1716.

231. PspK of Streptococcus pneumoniae increases adherence to epithelial cells and enhances nasopharyngeal colonization / L. E. Keller, C. V. Jones, J. A. Thornton [et al.] // Infect Immun. - 2013. - № 81 (1). - P. 173-181.

232. QUAST: quality assessment tool for genome assemblies / A. Gurevich, V. Saveliev, N. Vyahhi, G. Tesler // Bioinformatics. - 2013. - № 8. - P. 1072-1075.

233. Rapid increase in non-vaccine serotypes causing invasive pneumococcal disease in England and Wales, 2000-2017: a prospective national observational cohort study / S. N. Ladhani, S. Collins, A. Djennad [et al.] // Lancet Infect Dis. - 2018. - Vol. 18 (4). - P. 441-451.

234. Rapid pneumococcal evolution in response to clinical interventions / N. J. Croucher, S. R. Harris, C. Fraser [et al.] // Science. - 2011. - Vol. 331. - P. 430-434.

235. Rapid scoring of genes in microbial pan-genome-wide association studies with Scoary / O. Brynildsrud, J. Bohlin, L. Scheffer, V. Eldholm // Genome Biol. - 2016. - № 17. - P. 238.

236. Rapid spread of pneumococcal nonvaccine serotype 7c previously associated with vaccine serotype 19F, England and Wales / A. Makwana, S. N. Ladhani, G. Kapatai [et al.] // Emerg Infect Dis. - 2018. - Vol. 24 (10). - P. 1919-1922.

237. Redistribution of Streptococcus pneumoniae Serotypes After Nationwide 13-valent Pneumococcal Conjugate Vaccine Program in Children in Northern Taiwan / Y. C. Cho, N. C. Chiu, C. Y. Lu [et al.] // Pediatr Infect Dis J. - 2017. - Vol. 36 (12). - P. 334-340.

238. Reinert, R. R. Pneumococcal disease caused by serotype 19A: review of the literature and implications for future vaccine development / R. R. Reinert, M. Jacobs, S. Kaplan // Vaccine. - 2010. - № 28. - P. 4249-4259.

239. Reinholdt, J. Comparative analysis of immunoglobulin A1 protease activity among bacteria representing different genera, species, and strains / J. Reinholdt, A. M. Kilian // Infection and immunity. - 1997. - № 11. - P. 4452-4459.

240. Rise of multidrug-resistant non-vaccine serotype 15A Streptococcus pneumoniae in the United Kingdom, 2001 to 2014 / C. Sheppard, N. K. Fry, S. Mushtaq [et al.] // Euro Surveill. - 2016. - № 21. - P. 30423.

241. Risk factors for carriage of AOM pathogens during the first 3 years of life in children with early onset of acute otitis media / M. Gisselsson-Solen, G. Henriksson, A. Hermansson, A. Melhus // Acta Oto-Laryngol. - 2014. - Vol. 134 (7). - P. 684-690.

242. Risk factors for carriage of Streptococcus pneumoniae in children / M. G. Koliou, K. Andreou, D. Lamnisos [et al.] // BMC Pediatr. - 2018. - Vol. 18 (1). - P. 144.

243. RrgA is a pilus-associated adhesinin Streptococcus pneumoniae / A. L. Nelson, J. Ries, F. Bagnoli [et al.] // Mol Microbiol. - 2007. - № 2. - P. 329-340.

244. Secretory-IgA antibodies play an important role in the immunity to Streptococcus pneumoniae / Y. Fukuyama, J. D. King, K. Kataoka [et al.] // J. Immunol. - 2010. - Vol. 185, № 3. - P. 1755-1762.

245. Senior, B. W. Effect of mutations in the human immunoglobulin A1 (IgA1) hinge on its susceptibility to cleavage by diverse bacterial IgA1 proteases / B. W. Senior, J. M. Woof // Infect. Immun. - 2005. - Vol. 73. - P. 1515-1522.

246. Serotype distribution of Streptococcus pneumoniae and potential impact of pneumococcal conjugate vaccines in China: A systematic review and meta-analysis / K. Chen, Zhang Xiyan, Shan Wei [et al.] // PLoS One. - 2017. - № 5. - P. e0177113.

247. Serotype distribution of Streptococcus pneumoniae causing invasive disease in children in the post-PCV era: A systematic review and meta-analysis / E. Balsells, L. Guillot, H. Nair [et al.] // BMC Infect Dis. - 2015. - № 15. - P. 419.

248. Serotype distribution of Streptococcus pneumoniae causing invasive disease in children in the post-PCV era: a systematic review and meta-analysis / E. Balsells, L. Guillot, H. Nair, M. H. Kyaw // PLoS One. - 2017. - Vol. 12 (5). - e0177113.

249. Serotypes and antibiotic resistance of non-invasive Streptococcus pneumoniae circulating in pediatric hospitals in Moscow, Russia / N. Mayanskiy, N. Alyabieva, O. Ponomarenko [et al.] // The Journal of Infectious Diseases. - 2014. - № 20. - P. 58-62.

250. Serotypes and penicillin susceptibility of Streptococcus pneumoniae isolated from children admitted to a tertiary teaching hospital in Malaysia / P. Subramaniam, K. Abdul Jabar, P. B. Boon Kee [et al.] // Indian J Med Res - 2018. - Vol. 148. - P. 225-231.

251. Serotypes of Streptococcus pneumoniae in Egyptian children: are they covered by pneumococcal conjugate vaccines? / M. E. Badawy, A. Kholy, M. M. Sherif [et al.] // Eur J Clin Microbiol Infect Dis. - 2017. - Vol. 36 (12). - P. 2385-2389.

252. Serotype-specific effectiveness and correlates of protection for the 13-valent pneumococcal conjugate vaccine: a postlicensure indirect cohort study / N. J. Andrews, P. A. Waight, P. Burbidge [et al.] // Lancet Infect Dis. - 2014. - № 14. - P. 839-846.

253. Shifting genetic structure of invasive serotype 19A pneumococci in the United States / B. Beall, R. Gertz, R. Hulkower [et al.] // J Infect Dis. - 2011. - Vol. 203. - P. 13601368.

254. Site of isolation determines biofilm formation and virulence phenotypes of Streptococcus pneumoniae serotype 3 clinical isolates / C. Trappetti, E. van den Maten, Z. Amin [et al.] // Infect. Immun. - 2013. - № 2. - P. 505-513.

255. Snipen L. Micropan: an R-package for microbial pan-genomics / L. Snipen, K. H. Liland // BMC Bioinformatics. - 2015. - № 16. - P. 79.

256. Spread of meropenem-resistant Streptococcus pneumoniae serotype 15A-ST63 clone in Japan, 2012-2014 / S. Nakano, T. Fujisawa, Y. Ito [et al.] // Emerg. Infect. Dis. -2018. - № 24. - P. 275-283.

257. Strain features and distributions in pneumococci from children with invasive disease before and after 13-valent conjugate vaccine implementation in the USA / B. Metcalf, R. Jr. Gertz, R. Gladstone [et al.] // Clin Microbiol Infect. - 2016. - Vol. 22 (1). - P. 60.

258. Streptococcus pneumoniae serotype 15A in psychiatric unit, Rhode Island, USA, 2010-2011 / K. Fleming-Dutra, C. Mbaeyi, R. Link-Gelles [et al.] // Emerging Infectious Diseases. - 2012. - № 11. - P. 1889.

259. Streptococcus pneumoniae serotype 15B polysaccharide conjugate elicits a cross-functional immune response against serotype 15C but not 15A / L. Hao, M. M. Kuttel, N. Ravenscroft [et al.] // Vaccine. - 2022. - № 33. - P. 4872-4880.

260. Streptococcus pneumoniae serotype 19A: worldwide epidemiology / R. Isturiz, H. L. Sings, B. Hilton [et al.] // Expert Rev Vaccines. - 2017. - Vol. 16 (10). - P. 1007-1027.

261. Streptococcus pneumoniae: Molecular mechanisms of host-pathogen interactions / Brown J., Hammerschmidt S., Orihuela C. [et al.] // Academic Press. - 2015. - № 1. - P. 470.

262. Surface proteins and pneumolysin of encapsulated and nonencapsulated Streptococcus pneumoniae mediate virulence in a chinchilla model of otitis media / L. E. Keller, J. L. Bradshaw, H. Pipkins [et al.] // Front Cell Infect Microbiol. - 2016. - № 6. -P. 55.

263. Surveillance of pneumococcal colonization and invasive pneumococcal disease reveals shift in prevalent carriage serotypes in Massacusetts' children to relatively low invasiveness / I. Yildirim, B. A. Little, J. Finkelstain [et al.] // Vaccine. - 2017. - № 35. -P. 4002-4009.

264. Survey of the current situation of category 2 vaccinesin chinese children aged 1 to 2 years / J. Zheng, L. Cao, S. Guo [et al.] // Chin J Vaccines Immunization. - 2012. - Vol. 18. - P. 233-237.

265. Table 1: List of oligonucleotide primers used in 41 conventional multiplex* PCR assays for pneumococcal serotype deduction of 70 serotypes. URL: http://www.cdc.gov/streplab/downloads/pcr-oligonucleotide-primers.pdf (accessed 10.05.2024)

266. The effect of 13% valent pneumococcal conjugate vaccine on the serotype distribution and antibiotic resistance profiles in children with invasive pneumococcal disease / C. L. Gaviria Agudelo, A. Jordan-Villegas, C. Garcia, G. H. McCracken // J Pediatric Infect Dis Soc. - 2017. - Vol. 6 (3). - P. 253-259.

267. The impact of 10-valent and 13-valent pneumococcal conjugate vaccines on hospitalization for pneumonia in children: A systematic review and meta-analysis / C. Alicino, C. Paganino, A. Orsi [et al.] // Vaccine. - 2017. - Vol. 35 (43). - P. 5776-5785.

268. The impact of 7-valent pneumococcal conjugate vaccine on invasive pneumococcal disease: a literature review / T. T. Myint, H. Madhava, P. Balmer [et al.] // Adv Ther. -2013. - Vol. 30 (2). - P. 127-151.

269. The pavA gene of Streptococcus pneumoniae encodes a fibronectin-binding protein that is essential for virulence / A. R. Holmes, R. McNab, K. Millsap [et al.] // Microbiology. - 2001. - № 6. - P. 1395-1408.

270. The prevalence and risk factors for pneumococcal colonization of the nasopharynx among children in Kilifi District, Kenya / O. Abdullahi, A. Karani, C. C. Tigoi [et al.] // PLoS One. - 2012. - Vol. 7 (2). - P. 30787.

271. The role of Streptococcus pneumoniae virulence factors in host respiratory colonization and disease / A. Kadioglu, J. N. Weiser, J. C. Paton, P. W. Andrew // Nature Reviews. Microbiology. - 2008. - № 6. - P. 288-301.

272. The worldwide impact of the seven-valent pneumococcal conjugate vaccine / S. P. Fitzwater, A. Chandran, M. Santosham, H. L. Johnson // Pediatr Infect Dis J. - 2012. - № 31. - P. 501-508.

273. Tin Tin Htar M. Pneumococcal serotype evolution in Western Europe / M. Tin Tin Htar, D. Christopoulou, H.-J. Schmitt // BMC Infectious Diseases. - 2015. - № 15. - P. 419.

274. Tinevimbo, S. The impact of childhood pneumococcal vaccination on hospital admissions in England: a who le population observational study / S. Tinevimbo, N. D. McCarthy// BMC Infect Dis. - 2019. - Vol. 19. - P. 510.

275. Unicycler: resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads / R. R. Wick, L. M. Judd, C. L. Gorrie, K. E. Holt // PLoS Comput Biol. - 2017. -№ 6. - P. e1005595.

276. Using SPAdes de novo assembler / A. Prjibelski, D. Antipov, D. Meleshko [et al.] // Current Protocols in Bioinformatics. - 2020. - № 70. - P. e102.

277. Van der Linden, M. Epidemiology of serotype 19A isolates from invasive pneumococcal disease in German children / M. van der Linden, R. Reinert, W. Kern [et al.] // BMC Infect Dis. - 2013. - № 13. - P. 70.

278. Van Hoek, A. J. Effect of serotype on focus and mortality of invasive pneumococcal disease: coverage of different vaccines and insight into non-vaccine serotypes / A. J. van Hoek, N. Andrews, P. A. Waight [et al.] // PLoS One. - 2012. - № 7 (7). - e39150.

279. Varghese, R. Current challenges in the accurate identification of Streptococcus pneumoniae and its serogroups/serotypes in the vaccine era / R. Varghese, R. Jayaraman, B. Veeraraghavan // J. Microbiol. Methods. - 2017. - Vol. 141. - P. 48-54.

280. Varon, E. Rapport d'activité 2013. Epidémiologie 2012 / E. Varon, C. Janoir, L. Gutmann // Centre National de Référence des Pneumocoques (CNRP). - Paris, 2013. - 92 p. - URL: https://cnr-pneumo.com/docman/rapports/17-cnrp2013/file (accessed 16.04.2024).

281. Weinberger D. M. Serotype replacement in disease after pneumococcal vaccination / D. M. Weinberger, R. Malley, M. Lipsitch // Lancet. - 2011. - Vol. 378. - P. 1962-1973.

282. Which pneumococcal serogroups cause the most invasive disease; Implications for conjugate vaccine formulation and use / W. P. Hausdorff, J. Bryant, P. Paradiso, G. R. Siber // Clin. Infect. Dis. - 2000. - Vol. 30. - P. 100-121.

283. Whole genome sequencing of Streptococcus pneumoniae: development, evaluation and verification of targets for serogroup and serotype prediction using an automated pipeline / G. Kapatai, C. L. Sheppard, A. Al-Shahib [et al.] // PeerJ. - 2016. - №№ 4. - e2477.

284. World Health Organization. Progress in introduction of pneumococcal conjugate vaccine worldwide, 2000-2012 // Wkly Epidemiol. Rec. - 2013. - Vol. 88. - P. 173-180.