Структуры комплексов бактериальных формиатдегидрогеназ с коферментом и субстратом тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 03.00.03, кандидат физико-математических наук Филиппова, Екатерина Валерьевна

• Филиппова, Екатерина Валерьевна
• кандидат физико-математических наук
• 2006

Оглавление диссертации кандидат физико-математических наук Филиппова, Екатерина Валерьевна

Введение.

1. Обзор литературы

1.1. Рентгеноструктурное исследование D - специфичных дегидрогеназ 2-гидрокси кислот.

1.1.1. Структура D - специфичных дегидрогеназ.

1.1.2. Связывание кофермента (NAD+) и субстратов с D-специфичными дегидрогеназами.

1.2. Структура ЫАО+-зависимой формиатдегидрогеназы из метилотрофных бактерий Pseudomonas sp.IOl.

1.2.1. Общая характеристика бактериальных NAD '-зависимых формиатдегидрогеназ.

1.2.2. Пространственные структуры апо- и холо-формы формиатдегидрогеназы Сравнение со структурами D-специфичных дегидрогеназ.

1.2.3. Структура активного центра холо-формы формиатдегидрогеназы.

1.2.4. Модель связывания формиат-иона в активном центре фермента.

2. Материалы и методы исследования

2.1. Получение кристаллов комплексов формиатдегидрогеназы из бактерий Pseudomonas sp. 101 и Morcixella sp.C2.

2.2. Сбор и обработка дифракционных данных.

2.3. Решение и уточнение структур.

2.4. Съемка и обработка данных малоуглового рассеяния.

3. Результаты и их обсуждение

3.1. Новая кристаллическая модификация апо-формы формиатдегидрогеназы из бактерий Psendomonas ар. 101.

3.2. Структура формиатдегидрогеназы в комплексе с формиат-ионом.

3.3. Структуры мутантных форм формиатдегидрогеназы.

3.4. Кристаллическая структура новой формиатдегидрогеназы из бактерий Moraxella sp.C2.

3.4.1. Кристаллическая структура комплекса формиатдегидрогеназы из бактерий Moraxella sp.C2 с формиатом.

3.4.2. Кристаллическая структура комплекса формиатдегидрогеназы из метилотрофных бактерий Moraxella sp.C2 с NAD1 и азид-ионом.

3.5. Исследование свободного фермента, двойных и тройных комплексов формиатдегидрогеназы методом малоуглового рентгеновского рассеяния.

Основные результаты работы и выводы.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Структуры комплексов бактериальных формиатдегидрогеназ с коферментом и субстратом»

NAD'-зависимая формиатдегидрогеназа (FDH) катализирует окисление формиат-иона до углекислого газа при сопряженном восстановлении никотинамидадениндинуклеотида (NAD"') до NADH. Схожие по физико-химическим свойствам формиатдегидрогеназы были обнаружены в разных организмах, включая, бактерии, дрожжи, грибы, высшие растения и млекопитающих. FDH из метилотрофных микроорганизмов является основным кандидатом на использование в качестве универсального биокатализатора, регенерирующего NADH.

FDH принадлежит к суперсемейству D-специфичных дегидрогеназ 2-гидроксикислот. Белки данного семейства имеют схожую структурную организацию полипептидной цепи. Молекулы D-специфичных дегидрогеназ состоят из двух доменов: кофермент-связывающего домена и каталитического домена. Кофермент-связывающий домен является консервативным в структурах D-специфичных дегидрогеназ и ответственен за связывание NAD+. Каталитический домен специфичен для каждого белка и определяет его каталитические свойства. В растворе и кристаллах молекулы ферментов формируют димерную структуру, в которой две субъединицы димера связаны поворотной осыо симметрии второго порядка. В димере субъединицы контактируют кофермент-связывающими доменами. В силу простоты структуры субстрата (формиат-иона) и отсутствия в ходе каталитической реакции стадий переноса протонов FDH изучается как модельный фермент для выяснения основных закономерностей переноса гидрид-иона в активном центре D-специфичных дегидрогеназ.

На сегодняшний момент детально исследованы две пространственные структуры FDH из метилотрофных бактерий Pseitclomoncis sp.101: свободный фермент (апо-форма FDH) и тройной комплекс FDH-NAD+-a3Hfl-HOH (холо-форма FDH). Молекулы FDH в структурах свободного белка и тройного комплекса различаются относительным положением доменов. Апо-форма FDH имеет «открытую» конформацию, а холо-форма FDH «закрытую». Конформационные перестройки молекулы во время ферментативного процесса относят к одному из основных свойств D-специфичных дегидрогеназ. Конформационные перестройки при переходе молекулы FDH в закрытую (продуктивную) конформацию могут быть вызваны связыванием ферментом молекулы NADT, формиата или их одновременным связыванием. Получение структур двойных и тройных комплексов FDH с субстратом (формиат-ионом), коферментом (NAD"1") и его аналогами позволит расширить представления о молекулярном механизме катализа и понять причины изменения структуры ферментов данного семейства.

Данная работа посвящена рентгеноструктурному исследованию структур FDH из метилотрофных бактерий Pseudomonas sp.IOI и Moraxella sp.C2, их двойных и тройных комплексов с формиатом, NAD+, аналогом NAD"1" (NADH), а также изучению структур мутантных форм FDH из бактерий Pseudomonas sp.IOI.

В рамках данного исследования были решены следующие задачи: (Г) получены кристаллы комплексов FDH из метилотрофных бактерий Pseudomonas sp.IOI и Moraxella sp.C2 с формиатом, NAD"'", а также кристаллы мутантных форм FDH из бактерий Pseudomonas sp.IOI и их комплексов с NADH; (2) проведено решение структур; (3) проведен сравнительный анализ структуры апо-формы FDH в двух разных кристаллических модификациях и исследовано влияние кристаллографического окружения на структуру молекулы; (4) проведен сравнительный анализ структур FDH из метилотрофных бактерий Pseudomonas sp.IOI и Moraxella sp.C2\ (5) проведен анализ структур комплексов FDH и её мутантыых форм; (6) обсуждены причины структурных изменений молекулы фермента в процессе ферментативного катализа на основе данных рентгеноструктурного анализа и малоуглового рентгеновского рассеяния.

ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение диссертации по теме «Молекулярная биология», Филиппова, Екатерина Валерьевна

ОСНОВНЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ РАБОТЫ И ВЫВОДЫ:

1. Разработана методика кристаллизации формиатдегидрогеназы из метилотрофных бактерий Pseudomonas sp.IOI (FDHP) и бактерий Moraxella sp. С2 (FDHM) в свободном состоянии и комплексов ферментов с коферментом (NAD+), субстратом (формиат-ионом) и его аналогом (азид-ионом), а также мутантных форм и их комплексов с NADH.

2. Решена и уточнена до Rlac(or=20,7% при разрешении 2,1 А структура новой кристаллической модификации апо-формы FDHP.

3. Решены структуры двух комплексов FDFIP с формиат-ионом (IW=22,3% при разрешении 2,19А, Rractol.-20,5% при разрешении 2,28А). Найдено два места связывания формиат-иона в активном центре фермента.

4. Решены структуры двух мутантных форм, содержащие замены в области активного центра и на поверхности белка, FDFIP Т7 (Riac,(ll=l 6,1 % при разрешении 2,31 A), FDFIP GAV (Rraci«r=17,9% при разрешении 2,39А) и двойного комплекса FDFIP GAV с NADFl (Rraclor=20,7% при разрешении 3,1 А).

5. Решены структуры двойного комплекса с формиатом (Rfack,r=23,l% при разрешении 2,ЗА) и тройного комплекса с NAD"r и азид-ионом (Rlack:il=14.2% при разрешении 1,95A) FDH из бактерий Moraxella sp.C2. Сравнение полученных структур между собой и со структурами апо- и холо-формы FDHP позволило понять причины конформационных изменений структуры в процессе катализа. Выявлена роль каталитически важного гистидина (332) в связывании субстрата (формиат-иона) и роль С-коцевого участка цепи в связывании кофермента (NAD+).

БЛАГОДАРНОСТИ

Выражаю искреннюю благодарность своему научному руководителю Полякову Константину Михайловичу за внимание, помощь и поддержку в осуществлении данной работы. Я признательна своему научному консультанту Попову Владимиру Олеговичу за помощь на всех стадиях нашей совместной работы. Благодарю за неоценимый вклад и обсуждение результатов работы Тихонову Тамару Викторовну и Тишкова Владимира Ивановича. За возможность сбора дифракционных данных от исследованных кристаллов благодарю группу Ламзина B.C. (EMBL Hamburg Outstation), группу Майнора Владека (University of Virginia, Molecular Physiology and Biological Physics) и группу структурных исследований рибосомных белков под руководством Никонова С.В. (Институт Белка РАН). Благодарю Садыхова И.Г., аспиранта Института Биохимии РАН, за предоставление фермента. Благодарю Сосфенова Никиту Ильича, сотрудника Института Кристаллографии РАН, за внимание и помощь в проведении предварительных экспериментов на лабораторном источнике рентгеновского излучения. За всевозможную поддержку и внимание благодарю Строкопытова Бориса Владленовича и Самыгину Валерию.

Список литературы диссертационного исследования кандидат физико-математических наук Филиппова, Екатерина Валерьевна, 2006 год

1. Grant G.A. A new family of 2-hydroxyacicl dehydrogenases. (1989) Biochem. Biophys. Res. Commun., 165, 1371-1374

2. Hummel W., Kula M.-R. Dehydrogenases for synthesis of chiral compounds. (1989) Eur. J. Biochem., 184, 1-13

3. Wierenga R.K., TerpstraP., Hoi W.G.J. Prediction of the occurrence of the ADP-bincIing |3a(3-folcl in proteins, using an amino acicl sequence fingerprint. (1986) J. Mol. Biol., 187, 101-107

4. SCOP: wvvw.rcsb.org/pdb/browse

5. Hummel W. Large-scale applications of NAD(P)-dependent oxidoreductases: recent developments. (1999) Trends Biotechnol., 17, 487-492

6. Schuller D.J., Grant G.A., Banaszak L.J. The allosteric ligancl site in the Vmax-type cooperative enzyme phosphoglycerate dehydrogenase. (1995) Nature Struct. Biol., 2, 69-76

7. Bell J.K., Grant G.A., Banaszak LJ. Multiconformational states in phosphoglycerate dehydrogenase. (2004) Biochem., 43, 3450-3458

8. Dey S., Grant G.A., Sacchettini J.C. Crystal structure of Mecobacterium tuberculosis D-3- phosphoglycerate dehydrogenase. (2005) J. Biol. Chem., 280, 14892-14899

9. Goldberg J.D., Yoshida Т., Brick P. Crystal structure of a NAD-dependent D-glycerate dehydrogenase at 2.4 A resolution. (1994) J. Mol. Biol., 236, 1123-1140

10. Stoll V.S., Kimber M.S., Pai E. Insight into substrate binding by D-2-ketoacid dehydrogenases from the structure of Lactobacillus pentosus D-lactate dehydrogenase. (1996) Structure, 4, 437-447

11. Razeto A., Kochhar S., Hottinger H., Dauter M., Wilson K.S., Lamzin V.S. Domain closure, substrate specificity and catalysis of D-lactate dehydrogenase from Lactobacillus bulgaricus. (2002) J. Mol. Biol., 31 8, 109-119

12. Niefmd K, Hecht HJ, Schomburg D. Crystallization and preliminary characterization of crystals of D-2-hydroxyisocaproate dehydrogenase from Lactobacillus casei. (1994) J. Mol. Biol., 240, 400-402

13. Dengler U., Niefmd K., Kiess M., Schomburg D. Crystal Structure of a ternary complex of D-2-hydroxyisocaproate dehydrogenase from Lactobacillus casei, NAD+ and 2-oxoisocaproate at 1.9 A resolution. (1997) J. Mol. Biol., 267, 640-660

14. Martins B.M., Macedo-Ribeiro S., Bresser J., Buckel W., Messerschmidt A. Structural basis for stereo-specific catalysis in NAD"'-dependent (R)-2-hydroxyglutarate dehydrogenase from Aciclaminococcus fermentans. (2004) FEBS, 272, 269-281

15. Lamzin V.S., Aleshin A.E., Strokopytov B.V., Yukhnevich M.G., Popov V.O., Flarutyunyan E.FI., Wilson K.S. Crystal structure of NAD-dependent formate dehydrogenase. (1992) FEBS, 206, 441-452

16. Lamzin V.S., Dauter Z., Popov V.O., Flarutyunyan E.FI., Wilson K.S. Fligh resolution structures of holo and apo formate dehydrogenase. (1994) J.Mol. Biol., 236, 759-785

17. Lamzin, V.S., Popov, V.O., and Wilson, K.S. Formate Dehydrogenase complexed with substrate and coenzyme analogue. (1993) Hamburger Synchrotronstrahlungslabor HASYLAB am Deutschen Electronen-Synchrotron DESY, Jahresbericht, 819-820

18. Bernan H.M., Westbrook J., Feng Z, Gilliland G., Bhat T.N., Weissig H., Shindyalov I.N., Bourne P.E.: The Protein Data Bank (www.rcsb.org/pdb). (2000) Nucleic Acid Research, 28, 235-242

19. Ohlsson I., Nordstron В., Brenden С. -I. Structural and functional similarities within the coenzyme binding domains of dehydrogenases. (1974) J. Mol. Biol., 89, №2, 339-354

20. Rossmann M.G., Moras D., Olsen K.W. Chemical and biological evolution of a nucleotide-bincling protein. (1974) Nature, 250, 194-199

21. Darby N.J., Creighton T.N. Protein Structure. (Rickwood D., Male D. ed.), (1993) Oxford University Press, Oxford-New York-Tokyo, 69

22. Rao ST., Rossmann M.G. Comparison of super-secondary structures in protein. (1973) J. Mol. Biol., 76, №2, 241-256

23. Wierenga R.K., Terpstra P., Hoi W.G.J. Prediction of the occurrence of the ADP-binding |3a|3-fold in proteins, using an amino acid sequence fingerprint. (1986) J. Mol. Biol, 187, 101-107

24. Bell J.K., Pease P.J, Bell J.E, Grant G.A, Banaszak L.J. De-regulation of D-3-phosphoglycerate dehydrogenase by domain removal. (2002) Eur. J. Biochem, 269,4172-4184

25. Nardini M, Spano S, Cericola C, Pescei A, Massaroi A, Millo E, Luini A, Corda D, Bolognesi M. CtBP/BARS: a dual-function protein involved in transcription co-repression and Golgi membrane fission. (2003) EMBO J, 22, №12, 3122-3130

26. Kumar V., Carlson J.E., Ohgi K.A., Edwards T.A., Rose D.W., Escalante C.R., Rosenfeld M.G., Aggarwal A.K. Transcription corepressor CtBP is an NAD+-regulated dehydrogenase. (2002) Mol. Cell, 10, 857-869

27. Marmorstein R. Dehydrogenases, NAD, and transcription What's the connection? (2002) Structure, 10, 1465-1472

28. Retey J., Robinson J.A. Stereospecificity in organic chemistry and enzymology. (1982) Verlag Chemie, Weinheim

29. Benner S.A. The stereoselectivity of alcohol dehydrogenases: a stereochemical imperative? (1982) Experientia., 38, 633-636

30. Oppenheimer N.J., Arnold L.J., Kaplan N.O. Stereospecificity of the intramolecular association of reduced pyridine coenzymes. (1978) Biochem., 17,2613-2619

31. Eklund H., Branden C.-I. Crystal structure, coenzyme conformations and protein interactions. In Pyridine Nucleotide Coenzymes (Dolphin D.N.Y. ed.) (1987) Wiley, New York., 51-98

32. Grau U.M. Structural interactions with enzymes. In the pyridine nucleotide coenzymes (Everse J., Anderson В., You K. ed.). (1982) Academic press New York, 135-187

33. Bernard N., Johnesen K., Holbrook J.J., Delcour J. D175 discriminates between NADFI and NADPFI in the coenzyme binding site of Lactobacillus delbrueckii subsp. Bidgaricus D-lactate dehydrogenase. (1995) Biochem. Biophys. Res. Commun., 208, 895-900

34. Branden C.I, Eklund N. Structure and mechanism of liver alcohol dehydrogenase, lactate dehydrogenase and glyceraldehydes-3-phosphate dehydrogenase. In "dehydrogenases requiring nicotinamide coenzymes" (Jeffery J. ed.), Birkhauser, Basel, 1980, 41-84

35. Jeck R. The properties of (w-(3-acetylpyridinio)-n-aIkyr) adenosine pyrophosphates as structural analogues of the coenzyme NAD. (1977) Z. Naturforech, 320, №7-8, 550-555

36. Schmid R, Hinz H.J, Jaenicke R. Studies on an energy structure-function relationship of dehydrogenases. I. Calorimetric investigation on the interaction of coenzyme fragments with horse liver alcohol dehydrogenase. (1978) FEBS Lett, v.87, №1, 80-82

37. Anderson B.M, Kaplan N.O. Enzymic studies with analogs of diphosphopyridine nucleotide. (1959) J. Biol. Chem, 233, №3, 12261232

38. Li FI, Goldstein B.M. Carboxamide group conformation in the nicotinamide and thiazole-4-carboxamide rings: implications for enzyme binding. (1992) J. Med. Chem, 35, 3560-3567

39. Almarsson O, Bruice T.C. Evalution of the factors influencing reactivity and stereospecificity in NAD(P)H dependent dehydrogenase enzymes. (1993) J. Am. Chem. Soc, 115, 2125-2138

40. Blow D.M, Birktoft J.J, Flartley B.S. Role of a buried acid group in the mechanism of action of chymolrypsin. (1969) Nature, 221, 337-340

41. Taguchi H., Ohta T. Histicline 296 is assential for the catalysis in Lactobacillus plantamm D-lactate dehydrogenase. (1993) J. Biol. Chem., 268, 18030-18034

42. Vinals C., De Bolle X., Depiereux E., Feytmans E. Knowledge-based modeling of the D-lactate dehydrogenase three-dimensional structure. (1995) Proteins Struc. Funct. Genet., 21, 307-318

43. Popov V.O., Lamzin V.S. NAD"1-dependent formate dehydrogenase. (1994) Biochem. J., 301, 625-643

44. Popov V.O., Tishkov V.I. NAD+-dependent formate dehydrogenase. From a model enzyme to a versatile biocatalyst. (2003) Protein Structures: Kaleidoscope of Structural Properties and Functions (Uversky, V.N., ed) Research Signpost, Kerala, India, 441-473

45. Tishkov V.I., Popov V.O. Catalytic mechanism and application of formate dehydrogenase. (2004) Biochemistry (Moscow), 69, 1252-1267

46. Tishkov, V.I., Popov, V.O. Protein engineering of formate dehydrogenase. (2006) Biomolecular Engineering, 23, №2-3, 89-110

47. Tishkov V.I., Galkin A.G., Marchenko G.N. Formate dehydrogenase from methylotrophic bacterium Pseudomonas sp. 101: gene cloning and expression in Escherichia coli. Biotechnol. (1993) Appl. Biochem., 18, 201-207

48. Galkin A., Kulakova L., Tishkov V., Esaki N., Soda K. Cloning of formate dehydrogenase gene from a methanol- utilizing bacterium Mycobacterium vaccae N10. (1995) Appl. Microboil. Biotechnol., 44, 479-483

49. Mitsunaga Т., Tanaka Y., Yoshida Т., Watanabe K. Patent of Japan, JP245471A2, 12.09.2000

50. Nanda H, Takaoka Y, Hasegawa J. Purification and Characterization of Formate Dehydrogenase from Ancylobacter aquaticus Strain KNK607M, and Cloning of the Gene. (2003) Biosci. Biotechnol. Biochem, 67, 720728

51. Nanda PI, Takaoka Y, Hasegawa Purification and Characterization of an a-Haloketone-resistant Formate Dehydrogenase from Thiobcicilliis sp. Strain KNK65MA, and Cloning of the Gene. (2003) J. Biosci. Biotechnol. Biochem, 67, 2145-2153

52. Попов В.О, Родионов Ю.В, Егоров A.M., Березин И.В. 1ТАД-зависимая формиатдегидрогеназа из метилотрофных бактерий. Изучение кинетической схемы действия. (1978) Биоорг. Химия, т. 4, №1, 117-129

53. Vinals К, Depiereux Е, Feytmans Е. Prediction of structurally conserved regions of D-specific hydroxyacid dehydrogenases by multiple alignment with formate dehydrogenase. (1993) Biochem. Biophys. Res. Commun, 192, 182-188

54. Lamzin V.S., Dauter Z., Wilson K.S. Dehydrogenation through the looking-glass. (1994) Nature Pabl. Group http://www.nature.c-om/nsmb, 1,281-282

55. Shaked Z., Whitesides G.M. Enzyme-catalyzed organic synthesis: NADH regeneration by using formate dehydrogenase. (1980) J. Am. Chem. Soc., 102, 7104-7105

56. Ohsuima Т., Wandrey C., Kula M.-R., Soda K. Improvement for L-leucine production in a continuously operated enzyme membrane reactor. (1985) Biotechnol. Bioeng., 27, 1616-1618

57. Тишков В.И. Регенерация кофакторов в биосинтезе хиральных соединений с помощью дегидрогеназ. (2002) Весн. Моск. Ун-та. Сер. 2. Химия, 43, 381-388

58. Zhao Н., Van der Donlc W.A. Regeneration of Cofactors for Use in Biocatalysis. (2003) Curr. Opin. Biotechnol., 14, 583-589

59. Kutzenko A.S., Lamzin V.S., Popov V.O. Conserved supersecondary structure motif in NAD-dependent dehydrogenases. (1998) FEBS Let., 423, 105-109

60. Popov V.O., Shumilin I.A., Ustinnikova T.B., Lamzin V.S., Egorov T.A. NAD dependent formate dehydrogenase from the methylotrophic bacterium Pseudomonas sp.IOl. Amino acid sequence. (1990) Bioorg. Khim., 16, 324-335

61. Rossmann M.G., Adams M.J., Buehner M., Ford G.C., Hacker M.L., Liljas A., Rao S.T., Banaszak L.J., Hill E., Tsernoglou D., Webb L. Molecular symmetry axes and subunit interfaces in certain dehydrogenases. (1973) J. Mol. Biol., 76, 533-537

62. Алешин А.Е. Рентгеноструктурное исследование бактериальной формиатдегидрогеназы с разрешением 3.0А. (1992) Диссертационная работа, РАН Институт Кристаллографии им. А.В. Шубиикова

63. Potterton Е, McNicholas S, Krissinel Е, Cowtan К, Noble М. The ССР4 molecular-graphics project. (2002) Acta Cryst, D58, 1955-1957

64. Potterton L, McNicholas S, Krissinel E, Gruber J, Cowtan K, Emsley P, Murshuclov G. N, Cohen S, Perrakis A, Noble M. Developments in the CCP4 molecular-graphics project. (2004) Acta Cryst., D60, 22882294

65. The SERC (UK) Collaborative Computing Project No. 4. (1994) Acta. Crystallog. Sect. A, A46, 585-593

66. Rossmann M.G, Liljas A, Branden C.-I, Banaszak L.J. Evolutionary and structural relationship among dehydrogenases. In the enzymes (Boyer P.D. ed.), 3rd. Edit, vol. 11 A, (1975) Academic Press, New York, London, 61-102

67. Slusarczyk H., Felber S., Kula M.R., Pohl M. Stabilization of NAD-dependent formate dehydrogenase from Candida boidinii by site-directed mutagenesis of cysteine residues. (2000) Eur. J. Biochem., 267, 12801289

68. Davies D.R., Segal D.M. Protein crystallization: Micro techniques involving vapor diffusion. In "Methods in enzymology", (Jakoby W.B. ed.), (1971), Acad. Press, New York-London, 22, 266-269

69. Бланделл Т., Джонсон Л. Кристаллография белка М. :Мир, (1979)

70. McPherson A. Preparation and analysis of protein crystals. (1982) A Wiley-Interscience Publication John Wiley&Sons Inc. New York Chichester Brisbane Toronto Singapore, 96-97

71. Ducruix A., Giege R. Crystallization of nucleic acids and proteins. A practical approach. (1992) Oxford University Press

72. Otwinowski Z., Minor W. Processing of X-ray diffraction data collected in Oscillation mode. (1997) Methods in Enzymology, Vol. 276: Macromolecular Crystallography, part A, C.W. Carter, Jr. and R.M. Sweet, Eds., Academic Press, 307-326

73. Kabsch, W. Evaluation of single-crystal X-ray diffraction data from a position-sensitive detector. (1988) J. Appl. Cryst. 21, 916-924

74. Vagin A.A., Teplyakov A. MOLREP: an Automated Program for Molecular Replacement. (1997) J. Appl. Cryst., 30, 1022-1025

75. Vagin A.A, Teplyalcov A. An approach to multi-copy search in molecular replacement. (2000) ActaCryst.D, 56, 1622-1624

76. Vagin A.A, Isupov M.N. Spherically averaged phased translation function and its application to the search for molecules and fragments in electron-density maps. (2001) Acta Cryst.D, 57, 1451-1456

77. Murshudov G.N, Vagin A.A, Dodson E.J. Refinement of macromolecular structures by the maximum-likelihood method. (1997) Acta Crystallog. Sect. D, 53, 240-255

78. Pannu N.J, Murshudov G.N, Dodson E.J, ReadA R.J. Incorporation of Prior Phase Information Strengthen Maximum-Likelihood Structure Refinemen. (1998) Acta Cryst. section D54, 1285-1294

79. Murshudov G.N, Lebedev A, Vagin A.A, Wilson K.S, Dodson E.J. Efficient anisotropic refinement of Macromolecular structures using FFT. (1999) Acta Cryst. section D55, 247-255

80. Jones T.A, Zou J.-Y, Cowan S.W, Kjelclgaard M. Improved methods for the building of protein models in electron density maps and the location of errors in these models. (1991) Acta Crystallogr. Sect. A, 47, 110-119

81. Emsley P, Cowtan K. Coot: Model building tools for molecular graphics. (2004) Acta Crystallographica Section D - Biological Crystallography, 60, 2126-2132

82. Roussel A, Cambillau C. Silicon Graphics Geometry Partners Directory.1991) Mountain View, CA, USA: Silicon Graphics, 81

83. Svergun D.I. Propagating errors in small-angle scattering data treatment.1992). J. Appl. Cryst, 25, 495-503

84. Malfois, M. & Svergun, D.I. SasCIF: an extension of core Crystallographic Information File for small angle scattering. (2000) J. Appl. Crystallogr. 812-816

85. Svergun D.I., Barberato C., Koch M.H.J. CRYSOL a program to evaluate X-ray solution scattering of biological macromolecules from atomic coordinates. (1995) J. Appl. Cryst., 28, 768-773

86. Kabsch W. A solution for the best rotation to relate two sets of vectors. (1976) Acta. Cryst. A, 32, 922-923

87. Устинникова Т.Б., Попов В.О., Егоров Ц.А. Структурные исследования ИАО^-зависимой формиатдегидрогеназы метилотрофных бактерий. Локализация существенного остатка цистеина. (1988) Биоорганическая Химия, 14, 905-909

88. Одинцева Е.Р., Попова А.С., Рожкова В.И., Тишков В.И. Роль остатков цистеина в стабильности бактериальной формиатдегидрогеназы. (2002) Весн. Моск. Ун-та. Сер. 2. Химия, 43, 356-359

89. B.Lee, F.M.Richards The interpretation of protein structures: estimation of static accessibility. (1971) J.Mol.Biol., 55, 379-400

90. Rojkova AM, Galkin AG, Kulakova LB, Serov AE, Savitsky PA, Fedorchuk VV, Tishkov VI 1999 Bacterial formate dehydrogenase. Increasing the enzyme thermal stability by hydrophobization of alpha-helices. FEBS Lett. 445: 183-188

91. Асадчиков B.E., Дембо А.Т., Диков M.M., Осипов А.П., Егоров A.M., Березин И.В. Изучение формиатдегидрогеназы методом малоуглового рентгеновского рассеяния. Доклады Академии Р1аук СССР, 1979, т.246, №1, 130-133

92. Ламзин B.C. Структура и механизм действия бактериальной формиатдегидрогеназы. (1986) Диссертационная работа, РАН Институт Кристаллографии им. А.В. Шубникова