Механизмы гибели клеток хронического миелоидного лейкоза, устойчивых к ингибиторам BCR-ABL: роль перепрограммирования транскрипции тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 00.00.00, кандидат наук Хамидуллина Альвина Ильвировна

• Хамидуллина Альвина Ильвировна
• кандидат наук
• 2025

Оглавление диссертации кандидат наук Хамидуллина Альвина Ильвировна

ВВЕДЕНИЕ

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ

Актуальность темы исследования и степень её разработанности

Цели и задачи исследования

Научная новизна

Методология и методы исследования

Положения, выносимые на защиту

Степень достоверности и апробация результатов

Личный вклад соискателя

Структура и объём работы

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Образование химерного гена BCR-ABL как основной фактор патогенеза ХМЛ

1.2. Регуляция сигнальных путей химерной тирозинкиназой BCR-ABL

1.3. Фармакологическое ингибирование BCR-ABL при лечении ХМЛ

1.4. Участники перепрограммирования транскрипции и их роль в возникновении лекарственной устойчивости опухолевых клеток

1.5. Терапевтический потенциал ингибиторов CDK8/19

ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

2.1. Линии клеток и условия их культивирования

2.2. Использованные соединения

2.3. Проточная цитофлуориметрия

2.3.1. Оценка распределения клеток по фазам клеточного цикла

2.3.2. Оценка маркеров клеточной гибели

2.3.3. Оценка клеточной пролиферации

2.4. РНК-секвенирование (RNA sequencing, RNAseq)

2.4.1. Приготовление библиотек кДНК

2.4.2. Анализ полученных данных RNAseq

2.5. Получение сублинии K562p27tet-on с помощью лентивирусной трансдукции

2.6. Электрофоретическое разделение белков в полиакриламидном геле и иммуноблотинг

2.7. Статистическая обработка результатов

ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ

3.1. Сенексин Б усиливает действие иманитиба и вызывает апоптоз в клетках К562

3.2. Совместное ингибирование CDK8/19 и BCR-ABL ведёт к снижению фосфорилирования STAT1/3 в K562

3.3. При действии комбинации иматиниба и сенексина Б в K562 меняется дифференциальная транскрипция генов, преимущественно связанных с регуляцией клеточного цикла

3.4. Сенексин Б в комбинации с иматинибом предотвращает задержку в G1-фазе клеточного цикла K562 за счёт подавления p27Kip1

3.5. Сенексин Б в комбинации с иматинибом увеличивает уровень маркеров репликационного стресса в K562

ГЛАВА 4. ОБСУЖДЕНИЕ

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

ВЫВОДЫ

БЛАГОДАРНОСТИ

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

ПЕРЕЧЕНЬ УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ

BCR-ABLi, BCR-ABL inhibitor(s) - ингибитор(ы) BCR-ABL; CA, cortistatin A - кортистатин А;

CDK, cyclin-dependent kinase - циклин-зависимая киназа;

CDK8/19i, CDK8/19 inhibitor(s) - ингибитор(ы) CDK8/19;

CKI, cyclin-dependent kinase inhibitor - ингибитор циклин-зависимых киназ;

CTD, C-terminal domain - C-концевой домен;

Das, dasatinib - дазатиниб;

DEG, differentially expressed genes - дифференциально экспрессируемые гены;

Dox, doxycycline - доксициклин;

EdU, 5-ethynyl-2'-deoxyuridine - 5-этинил-2'-дезоксиуридин;

GSEA, gene set enrichment analysis - анализ обогащения набора генов по

функциональной принадлежности;

IM, imatinib mesylate - иматиниба мезилат, иматиниб;

Nilo, nilotinib - нилотиниб;

PARP1, poly (ADP-ribose) polymerase 1 - поли(АДФ-рибоза)-полимераза 1;

RNAPII, RNA polymerase II - РНК-полимераза II;

SenB, senexin B - сенексин Б;

ДМСО - диметилсульфоксид;

ИТК - ингибитор тирозиновых киназ;

ЛСК - лейкозные стволовые клетки, стволовые клетки лейкемии;

ОЛЛ - острый лимфобластный лейкоз;

ОМЛ - острый миелоидный лейкоз;

ТФ - транскрипционный фактор;

ХМЛ - хронический миелоидный лейкоз.

ВВЕДЕНИЕ

Хронический миелоидный лейкоз (ХМЛ) - опухолевое заболевание системы кроветворения. Его патогенез обусловлен реципрокной хромосомной транслокацией t(9;22) и образованием химерной тирозинкиназы BCR-ABL, конститутивная активность которой способствует ускоренной пролиферации и бесконтрольному выживанию клеток миелоидного ряда. ХМЛ - это первое злокачественное новообразование, для которого была показана связь между определённой крупной генетической перестройкой и появлением белка, присутствующего исключительно в опухолевых клетках [Pane и др., 2002].

Таргетная терапия, нацеленная на деактивацию химерного онкобелка BCR-ABL, была разработана на рубеже XX-XXI веков и стала настоящим прорывом в лечении злокачественных новообразований. Первый и самый широко используемый для терапии ХМЛ ингибитор BCR-ABL иматиниб (Gleevec®) обеспечивает 10-летнюю общую выживаемость у более 80% пациентов [Hochhaus и др., 2017]. Однако для части пациентов остро стоит проблема лекарственной устойчивости. На фоне длительной таргетной терапии опухолевые клетки претерпевают давление отбора и приобретают адаптации, которые делают их резистентными к действию ингибитора. Таким образом, поиск эффективных способов преодоления, предотвращения устойчивости и усиления эффекта таргетной терапии является актуальной задачей опухолевой биологии.

Адаптивность ХМЛ к действию таргетных препаратов может быть обусловлена наличием или возникновением в ходе терапии точечных мутаций в BCR-ABL. Для предотвращения или обхода лекарственной резистентности, возникшей в силу мутаций в самом химерном гене, разрабатываются новые поколения ингибиторов, нацеленных на мутированные формы BCR-ABL [Rossari, Minutolo, Orciuolo, 2018].

Приблизительно, в половине случаев устойчивость к таргетной терапии обусловлена активацией альтернативных путей выживания, не зависящих от функции BCR-ABL [Loscocco и др., 2019]. В основе механизмов приобретения опухолевыми клетками лекарственной устойчивости, не обусловленной мутациями BCR-ABL, лежит такое явление, как перепрограммирование транскрипции.

Транскрипционное перепрограммирование - это процесс перестройки экспрессии сетей генов, в результате эпигенетических изменений или изменений в регуляции транскрипции. Такой способ адаптации клеток к неблагоприятным воздействиям, включая цитотоксическое действие противоопухолевых препаратов, позволяет опухолям приобрести устойчивость к терапии без генетических изменений. Одним из ключевых участников транскрипционного перепрограммирования выступает комплекс Mediator, в частности его компоненты-паралоги - циклин-зависимые киназы (cyclin dependent kinases, CDK) 8 и 19 [Chen и др., 2023]. Ингибирование CDK8/19 может рассматриваться как перспективный эффективный подход для повышения противоопухолевой цитотоксичности таргетных препаратов таких, как иматиниб, в терапии онкологических заболеваний, в частности, ХМЛ.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Механизмы гибели клеток хронического миелоидного лейкоза, устойчивых к ингибиторам BCR-ABL: роль перепрограммирования транскрипции»

ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ Актуальность темы исследования и степень её разработанности

Подавление химерного онкогенного белка BCR-ABL с помощью таргетных ингибиторов остаётся одним из наиболее эффективных методов лечения ХМЛ на сегодняшний день. Несмотря на такой успех, пациенты, получающие ингибиторы тирозиновой киназы BCR-ABL (BCR-ABLi), должны долгое время продолжать терапию, чтобы достичь оптимального ответа на лечение и избежать рецидива.

Актуальной остаётся проблема лекарственной устойчивости для пациентов с опухолями, нечувствительными к таргетной терапии изначально или становящихся резистентными с течением времени. Показано, что не менее 25% и до 60% случаев резистентности к таргетным препаратам у больных ХМЛ обусловлены механизмами, не связанными с возникновением мутаций в химерном гене BCR-ABL [Braun, Eide, Druker, 2020; Khorashad и др., 2006; Loscocco и др., 2019; Zhao, Deininger, 2020]. Персистирующие лейкозные стволовые клетки (ЛСК) являются одной из причин возвращения заболевания. Такие клетки, находясь в пролиферативном покое, не элиминируются ингибиторами BCR-ABL и со временем могут приобретать устойчивость к таргетной терапии, впоследствие репопулируя опухоль [Chomel и др., 2016; Saifullah, Lucas, 2021]. Преодоление лекарственной устойчивости, вызванной активацией альтернативных путей выживания, не связанными с активностью BCR-ABL, остаётся сложной задачей.

Одним из подходов для решения проблемы BCR-ABL-независимой устойчивости является подавление процесса перепрограммирования транскрипции в опухолевых клетках. Важную роль в процессе играют CDK8/19, являющиеся функциональными субъединицами киназного модуля комплекса Mediator. Они в сочетании с рядом транскрипционных факторов

(включая NF-kB [Chen и др., 2017], Р-катенин [Firestein и др., 2008], SMAD [Alarcón и др., 2009; Serrao и др., 2018], STAT [Bancerek и др., 2013; Martinez-Fabregas и др., 2020; Poss, Ebmeier, Taatjes, 2013], эстрогеновые [McDermott и др., 2017] и андрогеновые [Andolfi и др., 2024] рецепторы) способны модулировать транскрипцию генов в ответ на различные экзогенные стимулы для адаптации к условиям среды.

Роль CDK8/19-опосредованного перепрограммирования транскрипции в устойчивости к противоопухолевым препаратам была продемонстрирована на опухолях in vitro и in vivo. Селективные низкомолекулярные ингибиторы CDK8/19 (CDK8/19Í) сенсибилизируют опухолевые клетки и предотвращают развитие резистентности к ряду химиотерапевтических препаратов, включая ингибиторы EGFR, HER2 и MEK [Ding и др., 2022; Malone и др., 2023; Porter и др., 2012; Sharko и др., 2021], а также к ионизирующему излучению [Chen и др., 2020; Kuchur, Zavisrskiy, Shtil, 2023]. Ингибитор CDK8/19 RVU120 [Borthakur и др., 2019; Rzymski и др., 2017] проходит ряд клинических испытаний по всему миру для использования в качестве моноагента (ClinicalTrials.gov ID NCT04021368, NCT05052255, NCT06243458, NCT06397313, NCT06268574) или в комбинации с различными химиотерапевтическими агентами (NCT06397313, NCT06191263) для терапии различных опухолей, в первую очередь гематологических. Соответственно, целесообразно рассматривать ингибиторы CDK8/19 в качестве кандидатов в противоопухолевые препараты в комбинированных схемах для лечения различных злокачественных новообразований.

Научная значимость исследования состоит в установлении феномена сенситизации опухолевых клеток к действию таргетных препаратов и изучении механизма усиления действия ингибиторов BCR-ABL с помощью ингибирования CDK8/19, в основе которого лежит принцип увеличения клеточного стресса и проапоптотического ответа на фоне противоопухолевой

терапии. Выявление механизма этого явления может послужить основой для разработки подхода по увеличению эффективности терапии пациентов с BCR-ABL-позитивными опухолями и снижения частоты развития лекарственной устойчивости опухолевых клеток к таргетным препаратам.

Цели и задачи исследования

Основной целью работы являлось изучение механизма повышения чувствительности клеток хронического миелоидного лейкоза к ингибиторам химерной тирозинкиназы BCR-ABL с помощью ингибирования протеинкиназ CDK8/19.

Для выполнения цели исследования были поставлены следующие задачи:

1. Определить, является ли комбинация ингибиторов BCR-ABL и CDK8/19 более эффективным индуктором клеточной гибели, чем моновоздействие ингибитором BCR-ABL в клетках хронического миелоидного лейкоза.

2. Выявить мишени совместного действия комбинации ингибиторов BCR-ABL и CDK8/19, способствующие выживанию клеток хронического миелоидного лейкоза.

3. Изучить динамику клеточного цикла на модели хронического миелоидного лейкоза при совместном ингибировании BCR-ABL и CDK8/19.

4. Определить изменения в транскрипции генов при действии ингибиторов BCR-ABL, CDK8/19 и их комбинации на клеточной модели хронического миелоидного лейкоза.

5. Исследовать механизм, приводящий к индукции гибели клеток хронического миелоидного лейкоза при действии комбинации ингибиторов BCR-ABL и CDK8/19.

Научная новизна

Транскрипционное перепрограммирование генов как фактор, влияющий на возникновение и развитие лекарственной устойчивости злокачественных клеток, является предметом интенсивных научных изысканий в области молекулярной и опухолевой биологии. В мире активно проводятся исследования по изучению противоопухолевой активности ингибиторов важных участников перепрограммирования транскрипции, компонентов комплекса Mediator - протеинкиназ CDK8/19. Ингибиторы CDK8/19 могут рассматриваться в качестве химиотерапевтических агентов для противоопухолевой терапии.

До публикации результатов настоящей работы данных об участии CDK8/19i в усилении цитотоксического действия ингибиторов BCR-ABL на модели ХМЛ в литературе не было. В данной работе впервые был показан и механистически обоснован эффект увеличения противоопухолевого действия таргетных ингибиторов BCR-ABL с помощью высокоселективных ингибиторов CDK8/19 на клеточной модели ХМЛ.

Методология и методы исследования

В работе использованы современные методы молекулярной и клеточной биологии (иммуноблотинг, РНК-секвенирование, проточная цитометрия, методы количественной оценки клеточной пролиферации и гибели, лентивирусная трансдукция). Статистическая обработка производилась с использованием программного обеспечения GraphPad Prism.

Положения, выносимые на защиту

1. В клетках хронического миелоидного лейкоза K562 комбинация ингибиторов BCR-ABL и CDK8/19 усиливает индукцию

митохондриального апоптоза по сравнению с действием ингибиторов по отдельности.

2. К мишеням совместного действия комбинации ингибиторов BCR-ABL и CDK8/19 относятся транскрипционные факторы, способствующие выживанию клеток K562, - STAT1 и STAT3.

3. Ингибирование CDK8/19 предотвращает задержку клеток K562 в G1 -фазе клеточного цикла, вызванного действием ингибиторов BCR-ABL.

4. При действии комбинации ингибиторов BCR-ABL и CDK8/19 в клетках K562 происходит снижение экспрессии генов, ответственных за регуляцию клеточного цикла. Сенексин Б подавляет увеличение уровня p27Kip1 и снижение c-Myc в клетках K562, вызванные иматинибом.

5. Действие ингибитора CDK8/19 приводит к накоплению маркеров репликационного стресса в клетках K562, обработанных ингибитором BCR-ABL.

Степень достоверности и апробация результатов

По результатам работы опубликовано 3 статьи в рецензируемых журналах, индексируемых в Scopus и рекомендованных ВАК Министерства науки и высшего образования РФ:

1. Ekaterina S. Ivanova, Victor V. Tatarskiy, Margarita A. Yastrebova, Alvina I. Khamidullina, Alexei V. Shunaev, Anastasia A. Kalinina, Alexei A. Zeifman, Fedor N. Novikov, Yulia V. Dutikova, Ghermes G. Chilov, Alexander A. Shtil (2019) PF-114, a novel selective inhibitor of BCR-ABL tyrosine kinase, is a potent inducer of apoptosis in chronic myelogenous leukemia cells. International Journal of Oncology. 55 (1), p.p. 289-297. doi: 10.3892/ijo.2019.4801.

2. Alvina I. Khamidullina, Ekaterina A. Varlamova, Nour Alhuda Hammoud, Margarita A. Yastrebova, Alexandra V. Bruter (2021) Gene Transcription as a

Therapeutic Target in Leukemia. International Journal of Molecular Sciences. 22(14), 7340. doi: 10.3390/ijms22147340.

3. Alvina I. Khamidullina, Margarita A. Yastrebova, Alexandra V. Bruter, Julia V. Nuzhina, Nadezhda E. Vorobyeva, Anastasia M. Khrustaleva, Ekaterina A. Varlamova, Alexander V. Tyakht, Iaroslav E. Abramenko, Ekaterina S. Ivanova, Maria A. Zamkova, Jing Li, Chang-Uk Lim, Mengqian Chen, Eugenia V. Broude, Igor B. Roninson, Alexander A. Shtil, Victor V. Tatarskiy (2025) CDK8/19 Inhibition Attenuates G1 Arrest Induced by BCR-ABL Antagonists and Accelerates Death of Chronic Myelogenous Leukemia Cells. Cell Death Discovery. 11(62). doi: 10.1038/s41420-025-02339-6.

Основные результаты данной работы представлены на российских и международных конференциях: 5th EACR Conference «A Matter of Life or Death Mechanisms, Models and Therapeutic Opportunities» (г. Бергамо, Италия, 12-14 февраля 2020 г.), VI Всероссийская конференция по молекулярной онкологии (г. Москва, Россия, 21-23 декабря 2021 г.), 5-я Российская конференция по медицинской химии с международным участием «МедХим -Россия 2021» (г. Волгоград, Россия, 16-19 мая 2022 г.), EACR 2023 Congress: Innovative Cancer Science (г. Турин, Италия, 12-15 июня 2023 г.), V международная научная конференция «Наука будущего - наука молодых» (г. Орёл, Россия, 20-23 сентября, 2023 г.). Результаты исследования опубликованы в сборниках тезисов и материалах конференций:

1. Alvina Khamidullina, Victor Tatarskiy, Margarita Yastrebova, Julia Nuzhina, Ekaterina Ivanova, Chang-Uk Lim, Mengqian Chen, Eugenia Broude, Igor Roninson, Alexander Shtil (2020) Abstract 23 CDK8/19 inhibition accelerates death of chronic myelogenous leukemia cells by Bcr-Abl antagonists. 5th EACR Conference A Matter of Life or Death Mechanisms, Models and Therapeutic Opportunities, Bergamo, Italy, 12 -14 February 2020. p. 60.

2. А. И. Хамидуллина, М. А. Ястребова, А. В. Брутер, А. М. Хрусталева, Ю. В. Нужина, М. А. Замкова, И. Ронинсон, А. А. Штиль, В. В. Татарский (2021) Роль CDK8/19 в чувствительности клеток хронического миелоидного лейкоза к ингибиторам Bcr-Abl. Успехи молекулярной онкологии. Материалы VI Всероссийской конференции по молекулярной онкологии. 8(4), стр. 156. doi: 10.17650/2313-805X-2021 -8-4-5-163.

3. А.И. Хамидуллина, М.А. Ястребова, А.В. Брутер, Е.А. Варламова, Н. Хаммуд, О.А. Кучур, В.В. Татарский, И. Ронинсон, А.А. Штиль (2021) ПЕРЕПРОГРАММИРОВАНИЕ ТРАНСКРИПЦИИ ГЕНОВ КАК ФАРМАКОЛОГИЧЕСКАЯ МИШЕНЬ: НОВЫЙ КЛАСС СОЕДИНЕНИЙ ДЛЯ ТЕРАПИИ ОПУХОЛЕЙ. MedChem-Russia 2021. 5-я Российская конференция по медицинской химии с международным участием «МедХим-Россия 2021»: материалы конференции, Волгоград, 16-19 мая, 2022 / Европейская Федерация Медицинской Химии; Министерство науки и высшего образования Российской Федерации; Российская академия наук [и др.]. - Волгоград: Издательство ВолгГМУ, 2021. ISBN 978-5-9652-0644-5. стр. 60. doi: 10.19163/MedChemRussia2021-2021-60.

4. A.Khamidullina, M.Yastrebova, J.Nuzhina, A.Bruter, A.Khrustaleva, C.U.Lim, I.Roninson, A.Shtil, V.Tatarskii (2023) EACR23-0900 Role of CDK8/19 inhibition in sensitization of chronic myelogenous leukemia cells to Bcr-Abl antagonists. Molecular Oncology. Supplement: EACR 2023: Innovative Cancer Science, 12-15 June 2023, Torino, Italy. 17(S1), p. 291. doi: 10.1002/18780261.13471.

5. Хамидуллина Альвина Ильвировна (2023) Роль ингибирования CDK8/19 в увеличении чувствительности клеток хронического миелоидного лейкоза к ингибиторам BCR-ABL. Сборник тезисов докладов участников V Международной научной конференции «Наука будущего» и VIII

Всероссийского молодежного научного форума «Наука будущего — наука молодых», Орел, 2023 г., стр. 336.

Результаты исследования были доложены на аттестациях в рамках обучения в аспирантуре Института биологии гена РАН, а также неоднократно на межлабораторных семинарах, организованных д.м.н. Штилем А.А., с научными сотрудниками лаборатории механизмов гибели опухолевых клеток НИИ канцерогенеза «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина Минздрава России», клинико-диагностического отделения гематологии миелопролиферативных заболеваний ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Министерства здравоохранения Российской Федерации (г. Москва), химико-биологического кластера ФГАОУ ВО «Национальный исследовательский университет ИТМО», НИО клинической онкологии Института онкологии и гематологии ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр им. В.А. Алмазова» (г. Санкт-Петербург), Департамента создания лекарств и биомедицинских исследований Университета Южной Каролины (г. Коламбия, США).

Личный вклад соискателя

Автор внёс существенный вклад в получение изложенных в работе научных данных, их анализе, оформлении и интерпретации. Все эксперименты, представленные в данной работе, выполнены автором или при его участии. Приготовление библиотеки для РНК-секвенирования выполнено д.б.н. Воробьёвой Н.Е. (Институт биологии гена РАН), РНК-секвенирование выполнено компанией «Евроген», биоинформатический анализ выполнен к.б.н. Хрусталёвой А.М., Варламовой Е.А. (Институт биологии гена РАН), Dr. Jing Li (Университет Южной Каролины). В создании сублинии K562 p27tet-on принимала участие к.б.н. Брутер А.В. (Институт биологии гена РАН).

Автор активно участвовала в написании статей, тезисов и в представлении результатов исследования на научных семинарах и конференциях.

Структура и объём работы

Диссертационная работа состоит из введения, четырёх глав («Обзор литературы», «Материалы и методы», «Результаты», «Обсуждение»), заключения, выводов и перечня условных обозначений. Работа изложена на 151 страницах, содержит 43 рисунка и 5 таблиц. Список литературы включает 249 источников.

ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Образование химерного гена BCR-ABL как основной фактор

патогенеза ХМЛ

Ключевым свойством опухолей является генетическая нестабильность. Мутации, ведущие к опухолевой трансформации, связаны с изменениями в отдельных генах (протоонкогенах и опухолевых супрессорах), крупными хромосомными перестройками и даже изменениями числа хромосом. В первую очередь, изменения способствуют дисрегуляции контроля клеточного цикла и/или конститутивной активации путей передачи сигнала, стимулирующие рост опухолевых клеток.

В основе патогенеза опухолей системы кроветворения лежат хромосомные перестройки, главным образом, транслокации. Хромосомные перестройки (или аберрации) - это большие геномные изменения, которые возникают в результате двухцепочечных разрывов ДНК в двух разных локусах, которые затем аберрантно восстанавливаются путем негомологичного соединения концов [Richardson, Jasin, 2000]. Перестройки хромосом часто приводят к слиянию разных генов и образованию химерного гена, который функционирует как онкогенный фактор.

К наиболее распространенным сбалансированным перестройкам (хромосомным аберрациям без потери или увеличения генетического материала), которые лежат в основе образования гибридных онкогенов и развития опухолей кроветворной системы, относят:

1) t(15;17)(q22;q21) PML-RARA;

2) t(8;21)(q22;q22) RUNX1-RUNX1T1;

3) t(11;v)(q23;v) MLL-r;

4) inv(16)(p13q22) CBFp-SMMHC;

5) t(9;22)(q34;q11) BCR-ABL [Wang и др., 2017].

Продуктами большинства химерных генов являются транскрипционные факторы (ТФ) или тирозинкиназы [Teixeira, 2006], таким образом они непосредственно могут влиять на транскрипцию генов и/или активацию сигнальных путей в клетке.

Перестройка t(9;22)(q34;q11) приводит к образованию аберрантной т.н. «филадельфийской» (Ph) хромосомы, содержащей гибридный ген BCR-ABL. «Филадельфийская» хромосома является первой описанной структурной геномной перестройкой, которая лежит в основе патогенеза злокачественного заболевания, а именно хронического миелоидного лейкоза человека. Исследователи P. Nowell и D. Hungerford, работавшие в медицинском исследовательском центре в городе Филадельфия (США), сообщили в 1960 г. о небольшого размера хромосоме, присутствующей в лейкоцитах больных ХМЛ. В течение последующих 30 лет вышел ряд работ, показавших роль транслокации t(9;22)(q34;q11), образования Ph хромосомы и химерного гена BCR-ABL, который выступает в роли онкогена, в развитии гематологических опухолей, преимущественно ХМЛ [Pane и др., 2002]. Так, конститутивная активность белкового продукта гибридного гена - тирозинкиназы BCR-ABL - ключевой механизм злокачественной трансформации при ХМЛ и ряде других гематологических опухолей таких, как B-клеточный острый лимфобластный лейкоз (ОЛЛ), реже - острый миелоидный лейкоз (ОМЛ) и T-клеточный ОЛЛ [De Braekeleer и др., 2011].

Формирование химерного гена BCR-ABL происходит в гемопоэтических стволовых клетках миелоидного ряда благодаря слиянию 5'-части гена BCR (breakpoint cluster region, точка разрыва области кластера) и 3'-части гена ABL1, находящихся на хромосомах 22 и 9, соответственно (рис.1.1.1).

Разрыв, приводящий к формированию BCR-части химерного гена, может проходить по одному из трёх мест:

1) по интрону 13 или 14 гена BCR (major breakpoint (M-BCR), основная точка разрыва), что приводит к образованию изоформы с молекулярной массой 210 кДа - p210;

2) по интрону 1 BCR (minor breakpoint (m-BCR), второстепенная точка разрыва) - продуктом является p190;

3) по экзону 19 BCR (точка разрыва ^ (^-BCR)) - с такого химерного гена синтезируется изоформа р230.

В гене ABL1 точка разрыва обычно находится в регионе между альтернативными экзонами 1b и 1a, всегда по направлению к 5'-концу от экзона 2 [Abdulmawjood и др., 2021; Melo и др., 1993].

Рисунок 1.1.1. Формирование «филадельфийской» (Ph) хромосомы и химерного гена BCR-ABL. Адаптировано из [Abdulmawjood и др., 2021]. Ген ABL1 состоит из 11 экзонов, включая один альтернативный - 1a или 1b. При образовании гена BCR-ABL точка разрыва находится между альтернативными экзонами 1a и 1b. Разрыв в гене BCR может проходить: по интрону 13 или 14 (major breakpoint (M-BCR), основная точка разрыва); по интрону 1 (minor breakpoint (m-BCR), второстепенная точка разрыва); по экзону 19 (точка разрыва ^ (^-BCR)).

В норме ABL представляет собой группу нерецепторных тирозинкиназ, куда входят ABL и ARG (ABL-related gene, ABL-родственный ген), кодируемые у человека генами ABL1 и ABL2, расположенными на хромосомах 9 и 1, соответственно [Szczylik и др., 1991]. Семейство ABL состоит из двух изоформ ABL (1a и 1b) и двух изоформ ARG (1a и 1b), образующихся в результате альтернативного сплайсинга. Обе изоформы 1b включают N-концевой миристоилированный сайт, которого нет у изоформ 1a [Renshaw, Capozza, Wang, 1988]. Белок ABL состоит из ~1150 аминокислотных остатков.

Кристаллографический анализ белка тирозинкиназы ABL показывает, что её регуляторный сайт включает кэп на N-конце (N-кэп), домены SH3 и SH2, киназный домен (SH1), который состоит N- и С-долей (лепестков), разделённых каталитической щелью, и длинный С-концевой хвост, называемый областью последнего экзона, включающей последовательность ядерной локализации (nuclear localization sequence, NLS), а также ДНК- и актин-связывающие домены (рис.1.1.2) [Rossari, Minutolo, Orciuolo, 2018].

Рисунок 1.1.2. Доменная организация тирозинкиназы ABL. Кэп на N-конце (N-кэп) включает сайт связывания миристата; регуляторные домены SH3 и SH2; киназный домен (SH1) включает сайт связывания АТФ и подразделяется на N- и С-доли; длинный С-концевой хвост, называемый областью последнего экзона, включает последовательность ядерной локализации (nuclear localization sequence, NLS), пролин-богатую область, а также ДНК- и актин-связывающие домены.

Схожий порядок доменов, представленный на рисунке 1.1.2, сохраняется у представителей других семейств нерецепторных тирозиновых киназ Src, Csk , Brk и Tec [Carofiglio и др., 2020; Nagar и др., 2003] .

В норме киназа ABL не активна вследствие аутоингибирования. Регуляция киназной активности ABL происходит благодаря сложной сети внутримолекулярных взаимодействий, берущих начало в киназном домене ABL. Внутримолекулярные взаимодействия между доменами тирозинкиназы обеспечивают эффективное ингибирование активности тирозинкиназы.

Аутоингибирование киназы ABL в клетке происходит несколькими путями:

1) за счёт взаимодействия доменов SH3 с линкерной полипролиновой последовательностью между SH2 с киназным доменом через его N-лепесток;

2) через C-лепесток киназного домена за счёт связывания с SH2 доменом, чему предшествует образование "зажима" из SH3 домена и полипролинового линкера; а также

3) (у изоформы 1b) при взаимодействии миристоилированного N-конца с гидрофобной полостью (сайтом миристилирования, или карманом связывания миристата) С-лепестка киназного домена [Barila, Superti-Furga, 1998; Hantschel и др., 2003; Hantschel, Superti-Furga, 2004; Nagar и др., 2003].

Карман связывания миристата представляет собой аллостерический сайт, образованный гидрофобными боковыми цепями, расположенными в С-лепестке киназного домена. При взаимодействии миристоилированного N -конца с этой областью происходит изгиб примерно на 90° С-концевой спирали aI киназного домена [Nagar и др., 2003]. Это событие способствует установлению взаимодействия доменов SH2 с основанием С-лепестка киназного домена и стабилизирует упомянутую ранее структуру "зажима". Описанные конформационные преобразования способствуют переходу в неактивное состояние тирозинкиназы ABL при аутоингибировании.

Таким образом, можно отдельно выделить регуляторный модуль ABL, состоящий из доменов SH3, SH2 и N-кэпа, благодаря взаимодействиям внутри которого происходит модуляция активации киназного домена -переход из неактивного состояния в активное (рис.1.1.3). Когда регуляторный модуль стыкуется с C- и N-лепестками киназного домена через SH2- и SH3-домены, ABL аутоингибируется проникновением миристоильной группы глубоко в его гидрофобный карман связывания миристата.

миристата N-конец

Активное (открытое) состояние Неактивное (закрытое) состояние

Рисунок 1.1.3. Схема активной (открытой) и неактивной (закрытой) конформации ABL. При переходе из открытой в закрытую конформацию происходит аутоингибирование киназы ABL: мироистолированный N-конец проникает в карман связывания миристата киназного домена, SH2 и SH3 домены сближаются с киназным доменом, блокируя взаимодействие с субстратами. Адаптировано из [Jones, Thompson, 2020].

У изоформы ABL 1a, в отсутствие миристоилированной группы на N -конце, не происходит конформационного изгиба С-концевой спирали aI киназного домена, что способствует состоянию повышенной киназной активности [Nagar и др., 2002]. Также мутации ABL1, близкие к карману связывания миристата, нарушают регуляцию аутоингибирования киназы, что повышает её активность [Hantschel и др., 2003]. При активации ABL домены

SH2 и SH3 перестают взаимодействовать с киназным доменом, благодаря чему он становится открыт для взаимодействия с различными внутриклеточными мишенями [Hantschel, Superti-Furga, 2004]. В частности, для возникновения и развития лейкоза критически важны взаимодействия между N-лепестком киназного и SH2 доменами ABL [Sherbenou и др., 2010], благодаря которым увеличивается активность киназы in vitro и in vivo [Grebien и др., 2011; Lamontanara и др., 2014].

В норме киназы ABL1 и ABL2 активируются за счёт трансфосфорилирования по остаткам тирозина, что принято называть аутофосфорилированием. Также активность киназ ABL регулируется путём взаимодействия с PDGFR (platelet-derived growth factor receptor, рецептор тромбоцитарного фактора роста) и фосфорилирования киназой Src, что приводит к олигомеризации тирозинкиназы и переходу к активной конформации (рис.1.1.3) [Van Etten, 2003].

Как упоминалось выше, при образовании гибридного гена BCR-ABL в результате слияния с областью BCR ген ABL1 обычно утрачивает экзон 1b (рис.1.1.4), таким образом, один из важнейших регуляторов аутоингибирования (миристоилированный N-кэп) киназы утрачивается [Hantschel, Superti-Furga, 2004]. Другим важным вкладом фрагмента BCR в онкогенную роль BCR-ABL является приобретение остатка тирозина в положении 177 (Y177), который аутофосфорилируется и способствует трансактивации BCR-ABL.

N-конец

BCR

ABL

С-конец

Киназный домен

Область последнего экзона

домен

спираль-спиральной олигомеризации

сайт сигнал ядерной

связывания АТФ локализации

ДНК- актин-связывающие домены

Рисунок 1.1.4. Доменная организация химерной тирозинкиназы BCR-ABL (внизу) в сравнении с ABL (вверху). При образовании BCR-ABL фрагмент ABL утрачивает миристоилированный N-кэп при сохранении регуляторных доменов SH3 и SH2, киназного домена SH1 и области последнего экзона. В присоединённом фрагменте BCR присутствует домен спираль-спиральной олигомеризации и важный регуляторный сайт фосфорилирования - Y177.

Кристаллографический анализ химерного белка BCR-ABL выделяет двухконцевой каталитический домен: N- и C-доли ближе к N- и C-концу последовательности, соответственно (рис.1.1.5). N-доля состоит из Р-листов, а в C-доле преобладают а-спирали. Важное значение имеет фосфат-связывающая P-петля, которая связывает два в-листа N-доли. Благодаря своей высокой гибкости остаток Р-петли может располагаться между в- и у-фосфатами связанного АТФ, способствуя тем самым разрыву связи фосфорного ангидрида после нуклеофильной атаки со стороны D363 (аспарагиновая кислота в положении 363) т. н. каталитической петли [Reddy, Aggarwal, 2012]. Шарнирная область, соединяющая две доли, также участвует в связывании АТФ двумя водородными связями.

Рисунок 1.1.5. Кристаллическая 3D структура каталитического домена химерной тирозинкиназы BCR-ABL: N-доля вверху (тёмно-серая) и C-доля внизу (зелёная), включающие ß-листы и а-спирали, соответственно. Каталитический сегмент (жёлтый), фосфат-связывающая P-петля (красная), петля активации (оранжевая) и шарнирная область (голубая) расположены посередине. Ключевые аминокислотные остатки: T315 - «привратник» внутри АТФ-связывающего кармана (чёрная стрелка), D363 играет решающую роль в нуклеофильной атаке на пептидный субстрат во время катализа, Y393 - мишень фосфорилирования, которая контролирует активацию и инактивацию ABL, тогда как мотив DFG координирует кофакторы катализа - ионы Mg2+. Адаптировано из [Rossari, Minutolo, Orciuolo, 2018].

Внутри АТФ-связывающего кармана сайт T315, т.н. «привратник» (gatekeeper, гейткипер), также взаимодействует с АТФ. Кроме того, он играет ключевую роль в обеспечении селективности некоторых ингибиторов BCR-ABL, подробнее о которых будет сказано далее. T315 расположен на вершине одного из множества гидрофобных «шипов», соединяющих C- и N-доли в активной конформации [Rossari, Minutolo, Orciuolo, 2018].

В одной части С-доли находится центральная петля, выполняющая регуляторную функцию. Благодаря своей подвижности эта петля активации может изменять свою конформацию, активируя и инактивируя киназу. Со структурной точки зрения петля активации имеет три ключевые части: мотив DFG (Asp-Phe-Gly, аспарагиновая кислота-фенидаланин-глицин) на N-конце, центральный остаток тирозина (Y393) и пептидный субстрат-связывающий С-конец [Reddy, Aggarwal, 2012]. Во время активной фазы DFG с помощью остатка D381 в своём составе способствует координации ионов Mg2+, ключевых кофакторов катализа, тогда как пептидный субстрат-связывающий участок обеспечивает взаимодействие с пептидным субстратом, подлежащим фосфорилированию. Y393 представляет собой таргетный сайт ABL, фосфорилирование которого приводит к удлинению петли и принятию киназой активной конформации. Структура, принимаемая белком при активной конформации, схожа у многих представителей различных семейств киназ. Этот факт объясняет разработку ингибиторов тирозиновых киназ (ИТК), преимущественно нацеленных на более индивидуальную для каждой тирозинкиназы - неактивную конформацию [Rossari, Minutolo, Orciuolo, 2018]. Фактически, при переходе в неактивную конформацию происходит перемещение петли активации в сторону сайта связывания АТФ, что блокирует контакт с АТФ. Такое расположение вытесняет мотив DFG из каталитического сайта и предотвращает Mg2+-опосредованный катализ. И наоборот, при активной конформации петля активации выходит из АТФ-

Список литературы диссертационного исследования кандидат наук Хамидуллина Альвина Ильвировна, 2025 год

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

1. Abdulmawjood B. h gp. Genetic Biomarkers in Chronic Myeloid Leukemia: What Have We Learned So Far? // Int. J. Mol. Sci. 2021. T. 22. № 22.

2. Adler A. S. h gp. CDK8 maintains tumor dedifferentiation and embryonic stem cell pluripotency // Cancer Res. 2012. T. 72. № 8. C. 2129-2139.

3. Agarwal A. h gp. Absence of SKP2 expression attenuates BCR-ABL-induced myeloproliferative disease // Blood. 2008. T. 112. № 5. C. 1960-1970.

4. Agarwal A. h gp. BCR-ABL1 promotes leukemia by converting p27 into a cytoplasmic oncoprotein // Blood. 2014. T. 124. № 22. C. 3260-3273.

5. Ahn A. h gp. Transcriptional Reprogramming and Constitutive PD-L1 Expression in Melanoma Are Associated with Dedifferentiation and Activation of Interferon and Tumour Necrosis Factor Signalling Pathways // Cancers . 2021. T. 13. № 17.

6. Aichberger K. J. h gp. Identification of mcl-1 as a BCR/ABL-dependent target in chronic myeloid leukemia (CML): evidence for cooperative antileukemic effects of imatinib and mcl-1 antisense oligonucleotides // Blood. 2005. T. 105. № 8. C. 3303-3311.

7. Alarcon C. h gp. Nuclear CDKs drive Smad transcriptional activation and turnover in BMP and TGF-beta pathways // Cell. 2009. T. 139. № 4. C. 757-769.

8. Amarante-Mendes G. P. h gp. Bcr - Abl-mediated resistance to apoptosis is independent of PI 3-kinase activity // Cell Death Differ. 1997. T. 4. № 7. C. 548554.

9. Amarante-Mendes G. P. h gp. BCR-ABL1 Tyrosine Kinase Complex Signaling Transduction: Challenges to Overcome Resistance in Chronic Myeloid Leukemia // Pharmaceutics. 2022. T. 14. № 1.

10. Amir M., Javed S. A Review on the Therapeutic Role of TKIs in Case of CML in Combination With Epigenetic Drugs // Front. Genet. 2021. T. 12. C. 742802.

11. Andolfi C. h gp. MED12 and CDK8/19 modulate androgen receptor activity and enzalutamide response in prostate cancer // Endocrinology. 2024. T. 165. № 10.

12. Andreu E. J. h gp. BCR-ABL induces the expression of Skp2 through the PI3K pathway to promote p27Kip1 degradation and proliferation of chronic myelogenous leukemia cells // Cancer Res. 2005. T. 65. № 8. C. 3264-3272.

13. Atfi A., Abecassis L., Bourgeade M.-F. Bcr-Abl activates the AKT/Fox O3 signalling pathway to restrict transforming growth factor-beta-mediated cytostatic signals // EMBO Rep. 2005. T. 6. № 10. C. 985-991.

14. Azam M. h gp. Activation of tyrosine kinases by mutation of the gatekeeper threonine // Nat. Struct. Mol. Biol. 2008. T. 15. № 10. C. 1109-1118.

15. Bahar M. E., Kim H. J., Kim D. R. Targeting the RAS/RAF/MAPK pathway for cancer therapy: from mechanism to clinical studies // Signal Transduct. Target. Ther. 2023. T. 8. № 1. C. 455.

16. Bahjat M. h gp. The NEDD8-activating enzyme inhibitor MLN4924 induces DNA damage in Ph+ leukemia and sensitizes for ABL kinase inhibitors // Cell Cycle. 2019. T. 18. № 18. C. 2307-2322.

17. Bancerek J. h gp. CDK8 kinase phosphorylates transcription factor STAT1 to selectively regulate the interferon response // Immunity. 2013. T. 38. № 2. C. 250262.

18. Barila D., Superti-Furga G. An intramolecular SH3-domain interaction regulates c-Abl activity // Nat. Genet. 1998. T. 18. № 3. C. 280-282.

19. Beissert T. h gp. Targeting of the N-terminal coiled coil oligomerization interface of BCR interferes with the transformation potential of BCR-ABL and increases sensitivity to STI571 // Blood. 2003. T. 102. № 8. C. 2985-2993.

20. Bergeron P. h gp. Design and development of a series of potent and selective Type II inhibitors of CDK8 // ACS Med. Chem. Lett. 2016. T. 7. № 6. C. 595-600.

21. Bertacchini J. h gp. Targeting PI3K/AKT/mTOR network for treatment of leukemia // Cell. Mol. Life Sci. 2015. T. 72. № 12. C. 2337-2347.

22. Bewry N. N. h gp. Stat3 contributes to resistance toward BCR-ABL inhibitors in a bone marrow microenvironment model of drug resistance // Mol. Cancer Ther. 2008. T. 7. № 10. C. 3169-3175.

23. Borriello A. h gp. p57Kip2 is a downstream effector of BCR-ABL kinase inhibitors in chronic myelogenous leukemia cells // Carcinogenesis. 2011. T. 32. № 1. C. 10-18.

24. Borthakur G. M. h gp. SEL120 - a first-in-class CDK8/19 inhibitor as a novel option for the treatment of acute myeloid leukemia and high-risk myelodysplastic syndrome - data from preclinical studies and introduction to a phase Ib clinical trial // Blood. 2019. T. 134. № Supplement_1. C. 2651-2651.

25. Bradeen H. A. h gp. Comparison of imatinib mesylate, dasatinib (BMS-354825), and nilotinib (AMN107) in an N-ethyl-N-nitrosourea (ENU)-based mutagenesis screen: high efficacy of drug combinations // Blood. 2006. T. 108. № 7. C. 2332-2338.

26. Bradford M. M. A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding // Anal. Biochem. 1976. T. 72. C. 248-254.

27. Braun T. P., Eide C. A., Druker B. J. Response and Resistance to BCR-ABL1-Targeted Therapies // Cancer Cell. 2020. T. 37. № 4. C. 530-542.

28. Bretones G., Delgado M. D., León J. Myc and cell cycle control // Biochim. Biophys. Acta. 2015. T. 1849. № 5. C. 506-516.

29. Bruter A. V. h gp. Knockout of cyclin dependent kinases 8 and 19 leads to depletion of cyclin C and suppresses spermatogenesis and male fertility in mice // 2024.

30. Burchert A. h gp. Compensatory PI3-kinase/Akt/mTor activation regulates imatinib resistance development // Leukemia. 2005. T. 19. № 10. C. 1774-1782.

31. Carofiglio F. h gp. Bcr-Abl Allosteric Inhibitors: Where We Are and Where We Are Going to // Molecules. 2020. T. 25. № 18.

32. Chai S. K., Nichols G. L., Rothman P. Constitutive activation of JAKs and STATs in BCR-Abl-expressing cell lines and peripheral blood cells derived from leukemic patients // J. Immunol. 1997. T. 159. № 10. C. 4720-4728.

33. Chang F. h gp. Signal transduction mediated by the Ras/Raf/MEK/ERK pathway from cytokine receptors to transcription factors: potential targeting for therapeutic intervention // Leukemia. 2003. T. 17. № 7. C. 1263-1293.

34. Chaudhuri S. M. h gp. Mediator complex subunit 1 architects a tumorigenic Treg cell program independent of inflammation // Cell Rep. Med. 2024. T. 5. № 3. C. 101441.

35. Chen B. h gp. Antagonizing CDK8 Sensitizes Colorectal Cancer to Radiation Through Potentiating the Transcription of e2f1 Target Gene apaf1 // Front Cell Dev Biol. 2020. T. 8. C. 408.

36. Cheng S. h gp. Evaluation of CML TKI Induced Cardiovascular Toxicity and Development of Potential Rescue Strategies in a Zebrafish Model // Front. Pharmacol. 2021. T. 12. C. 740529.

37. Cheng Y. h gp. Targeting epigenetic regulators for cancer therapy: mechanisms and advances in clinical trials // Signal Transduct Target Ther. 2019. T. 4. C. 62.

38. Chen K. h gp. Emerging strategies to target RAS signaling in human cancer therapy // J. Hematol. Oncol. 2021. T. 14. № 1. C. 116.

39. Chen M. h gp. CDK8/19 Mediator kinases potentiate induction of transcription by NFkB // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2017. T. 114. № 38. C. 10208-10213.

40. Chen M. h gp. Systemic Toxicity Reported for CDK8/19 Inhibitors CCT251921 and MSC2530818 Is Not Due to Target Inhibition // Cells. 2019. T. 8. № 11.

41. Chen M. h gp. CDK8 and CDK19: positive regulators of signal-induced transcription and negative regulators of Mediator complex proteins // Nucleic Acids Res. 2023. T. 51. № 14. C. 7288-7313.

42. Chomel J. C. h gp. Leukemic stem cell persistence in chronic myeloid leukemia patients in deep molecular response induced by tyrosine kinase inhibitors and the impact of therapy discontinuation // Oncotarget. 2016. T. 7. № 23. C. 35293-35301.

43. Chu S. h gp. BCR-tyrosine 177 plays an essential role in Ras and Akt activation and in human hematopoietic progenitor transformation in chronic myelogenous leukemia // Cancer Res. 2007. T. 67. № 14. C. 7045-7053.

44. Chu S., McDonald T., Bhatia R. Role of BCR-ABL-Y177-mediated p27kip1 phosphorylation and cytoplasmic localization in enhanced proliferation of chronic myeloid leukemia progenitors // Leukemia. 2010. T. 24. № 4. C. 779-787.

45. Copland M. h gp. Dasatinib (BMS-354825) targets an earlier progenitor population than imatinib in primary CML but does not eliminate the quiescent fraction // Blood. 2006. T. 107. № 11. C. 4532-4539.

46. Coppo P. h gp. BCR-ABL activates STAT3 via JAK and MEK pathways in human cells // Br. J. Haematol. 2006. T. 134. № 2. C. 171-179.

47. Corbin A. S. h gp. Human chronic myeloid leukemia stem cells are insensitive to imatinib despite inhibition of BCR-ABL activity // J. Clin. Invest. 2011. T. 121. № 1. C. 396-409.

48. Cortes J. E. h gp. Bosutinib versus imatinib for newly diagnosed chronic myeloid leukemia: Results from the randomized BFORE trial // J. Clin. Oncol. 2018. T. 36. № 3. C. 231-237.

49. Cortes J. E. h gp. Asciminib monotherapy in patients with chronic-phase chronic myeloid leukemia with the T315I mutation after >1 prior tyrosine kinase inhibitor: 2-year follow-up results // Leukemia. 2024.

50. Cortez D., Reuther G., Pendergast A. M. The Bcr-Abl tyrosine kinase activates mitogenic signaling pathways and stimulates G1-to-S phase transition in hematopoietic cells // Oncogene. 1997. T. 15. № 19. C. 2333-2342.

51. Dale T. h gp. A selective chemical probe for exploring the role of CDK8 and CDK19 in human disease // Nat. Chem. Biol. 2015. T. 11. № 12. C. 973-980.

52. Danial N. N. BAD: undertaker by night, candyman by day // Oncogene. 2008. T. 27 Suppl 1. № S1. C. S53-70.

53. De Braekeleer E. h gp. ABL1 fusion genes in hematological malignancies: a review // Eur. J. Haematol. 2011. T. 86. № 5. C. 361-371.

54. Deremer D. L., Ustun C., Natarajan K. Nilotinib: a second-generation tyrosine kinase inhibitor for the treatment of chronic myelogenous leukemia // Clin. Ther. 2008. T. 30. № 11. C. 1956-1975.

55. Ding X. h gp. Inhibition of CDK8/19 Mediator kinase potentiates HER2-targeting drugs and bypasses resistance to these agents in vitro and in vivo // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2022. T. 119. № 32. C. e2201073119.

56. Donner A. J. h gp. CDK8 is a stimulus-specific positive coregulator of p53 target genes // Mol. Cell. 2007. T. 27. № 1. C. 121-133.

57. Donner A. J. h gp. CDK8 is a positive regulator of transcriptional elongation within the serum response network // Nat. Struct. Mol. Biol. 2010. T. 17. № 2. C. 194-201.

58. Druker B. J. h gp. Efficacy and safety of a specific inhibitor of the BCR-ABL tyrosine kinase in chronic myeloid leukemia // N. Engl. J. Med. 2001. T. 344. № 14. C. 1031-1037.

59. Eiring A. M. h gp. Combined STAT3 and BCR-ABL1 inhibition induces synthetic lethality in therapy-resistant chronic myeloid leukemia // Leukemia. 2015. T. 29. № 3. C. 586-597.

60. Engeland K. Cell cycle regulation: p53-p21-RB signaling // Cell Death Differ. 2022. T. 29. № 5. C. 946-960.

61. Eskandari S., Yazdanparast R. Overexpression of Hes1 is involved in sensitization of K562 cells to Imatinib // J. Cell. Biochem. 2019. T. 120. № 6. C.

10128-10136.

62. Fang Y. h gp. MEK/ERK dependent activation of STAT1 mediates dasatinib-induced differentiation of acute myeloid leukemia // PLoS One. 2013. T. 8. № 6. C. e66915.

63. Fant C. B., Taatjes D. J. Regulatory functions of the Mediator kinases CDK8 and CDK19 // Transcription. 2019. T. 10. № 2. C. 76-90.

64. Farrell A. S., Sears R. C. MYC degradation // Cold Spring Harb. Perspect. Med. 2014. T. 4. № 3. C. a014365-a014365.

65. Feng D. h gp. MTORC1 down-regulates cyclin-dependent kinase 8 (CDK8) and cyclin C (CycC) // PLoS One. 2015. T. 10. № 6. C. e0126240.

66. Ferrandiz N. h gp. p21(Cip1) confers resistance to imatinib in human chronic myeloid leukemia cells // Cancer Lett. 2010. T. 292. № 1. C. 133-139.

67. Firestein R. h gp. CDK8 is a colorectal cancer oncogene that regulates beta-catenin activity // Nature. 2008. T. 455. № 7212. C. 547-551.

68. Foo J., Michor F. Evolution of acquired resistance to anti-cancer therapy // J. Theor. Biol. 2014. T. 355. C. 10-20.

69. Fredericks J., Ren R. The role of RAS effectors in BCR/ABL induced chronic myelogenous leukemia // Front. Med. 2013. T. 7. № 4. C. 452-461.

70. Freitas K. A. h gp. Enhanced T cell effector activity by targeting the Mediator kinase module // Science. 2022. T. 378. № 6620. C. eabn5647.

71. Galbraith M. D. h gp. HIF1A employs CDK8-mediator to stimulate RNAPII elongation in response to hypoxia // Cell. 2013. T. 153. № 6. C. 1327-1339.

72. Galbraith M. D. h gp. CDK8 kinase activity promotes glycolysis // Cell Rep. 2017. T. 21. № 6. C. 1495-1506.

73. Gallipoli P. h gp. JAK2/STAT5 inhibition by nilotinib with ruxolitinib contributes to the elimination of CML CD34+ cells in vitro and in vivo // Blood. 2014. T. 124. № 9. C. 1492-1501.

74. Gao Y., Moten A., Lin H.-K. Akt: a new activation mechanism // Cell Res. 2014. T. 24. № 7. C. 785-786.

75. Garcia-Gutierrez L. h gp. Myc stimulates cell cycle progression through the activation of Cdk1 and phosphorylation of p27 // Sci. Rep. 2019. T. 9. № 1. C.

18693.

76. Gesbert F., Griffin J. D. Bcr/Abl activates transcription of theBcl-X gene through STAT5 // Blood. 2000. T. 96. № 6. C. 2269-2276.

77. Golub T. R. h gp. Oligomerization of the ABL tyrosine kinase by the Ets protein TEL in human leukemia // Mol. Cell. Biol. 1996. T. 16. № 8. C. 41074116.

78. Gómez-Casares M. T. h gp. MYC antagonizes the differentiation induced by imatinib in chronic myeloid leukemia cells through downregulation of p27(KIP1.) // Oncogene. 2013. T. 32. № 17. C. 2239-2246.

79. Graham S. M. h gp. Primitive, quiescent, Philadelphia-positive stem cells from patients with chronic myeloid leukemia are insensitive to STI571 in vitro // Blood. 2002. T. 99. № 1. C. 319-325.

80. Graham S. M. h gp. Transcriptional analysis of quiescent and proliferating CD34+ human hemopoietic cells from normal and chronic myeloid leukemia sources // Stem Cells. 2007. T. 25. № 12. C. 3111-3120.

81. Grebien F. h gp. Targeting the SH2-kinase interface in Bcr-Abl inhibits leukemogenesis // Cell. 2011. T. 147. № 2. C. 306-319.

82. Grineva N. I. h gp. Cell regulation of proliferation and differentiation ex vivo for cells containing Ph chromosome in chronic myeloid leukemia // Acta Naturae. 2009. T. 1. № 3. C. 108-120.

83. Grineva N. I. h gp. Gene Expression upon Proliferation and Differentiation of Hematopoietic Cells with Ph Chromosome ex vivo // Acta Naturae. 2012. T. 4. № 3. C. 95-114.

84. Guo Y. E. h gp. Pol II phosphorylation regulates a switch between transcriptional and splicing condensates // Nature. 2019. T. 572. № 7770. C. 543548.

85. Guo Y.-J. h gp. ERK/MAPK signalling pathway and tumorigenesis // Exp. Ther. Med. 2020. T. 19. № 3. C. 1997-2007.

86. Hamilton A. h gp. Chronic myeloid leukemia stem cells are not dependent on Bcr-Abl kinase activity for their survival // Blood. 2012. T. 119. № 6. C. 15011510.

87. Hantschel O. h gp. A myristoyl/phosphotyrosine switch regulates c-Abl // Cell. 2003. T. 112. № 6. C. 845-857.

88. Hantschel O. D. h gp. Bcr-Abl directly activates Stat5 independent of Jak2 // Blood. 2010. T. 116. № 21. C. 511-511.

89. Hantschel O., Rix U., Superti-Furga G. Target spectrum of the BCR-ABL inhibitors imatinib, nilotinib and dasatinib // Leuk. Lymphoma. 2008. T. 49. № 4. C. 615-619.

90. Hantschel O., Superti-Furga G. Regulation of the c-Abl and Bcr-Abl tyrosine kinases // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2004. T. 5. № 1. C. 33-44.

91. Hatcher J. M. h gp. Development of highly potent and selective pyrazolopyridine inhibitor of CDK8/19 // ACS Med. Chem. Lett. 2021. T. 12. № 11. C. 1689-1693.

92. Hernández Borrero L. J., El-Deiry W. S. Tumor suppressor p53: Biology, signaling pathways, and therapeutic targeting // Biochim. Biophys. Acta Rev. Cancer. 2021. T. 1876. № 1. C. 188556.

93. Himanen S. V., Sistonen L. New insights into transcriptional reprogramming during cellular stress // J. Cell Sci. 2019. T. 132. № 21.

94. Hochhaus A. h gp. Nilotinib is associated with a reduced incidence of BCR-ABL mutations vs imatinib in patients with newly diagnosed chronic myeloid leukemia in chronic phase // Blood. 2013. T. 121. № 18. C. 3703-3708.

95. Hochhaus A. h gp. Long-Term Outcomes of Imatinib Treatment for Chronic Myeloid Leukemia // N. Engl. J. Med. 2017. T. 376. № 10. C. 917-927.

96. Hochhaus A. h gp. Asciminib in newly diagnosed chronic myeloid leukemia // N. Engl. J. Med. 2024. T. 391. № 10. C. 885-898.

97. Hoelbl A. h gp. Stat5 is indispensable for the maintenance of bcr/abl-positive leukaemia // EMBO Mol. Med. 2010. T. 2. № 3. C. 98-110.

98. Hoemberger M., Pitsawong W., Kern D. Cumulative mechanism of several major imatinib-resistant mutations in Abl kinase // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2020. T. 117. № 32. C. 19221-19227.

99. Hoffmann H. h gp. How to predict relapse in leukemia using time series data: A comparative in silico study // PLoS One. 2021. T. 16. № 11. C. e0256585.

100. Hofmann M. H. h gp. Selective and potent CDK8/19 inhibitors enhance NK-cell activity and promote tumor surveillance // Mol. Cancer Ther. 2020. T. 19. № 4. C. 1018-1030.

101. Holyoake T. L., Vetrie D. The chronic myeloid leukemia stem cell: stemming the tide of persistence // Blood. 2017. T. 129. № 12. C. 1595-1606.

102. Horita M. h gp. Blockade of the Bcr-Abl kinase activity induces apoptosis of chronic myelogenous leukemia cells by suppressing signal transducer and activator of transcription 5-dependent expression of Bcl-xL // J. Exp. Med. 2000. T. 191. № 6. C. 977-984.

103. Hughes T. h gp. Impact of baseline BCR-ABL mutations on response to nilotinib in patients with chronic myeloid leukemia in chronic phase // J. Clin. Oncol. 2009. T. 27. № 25. C. 4204-4210.

104. Hu X. h gp. The JAK/STAT signaling pathway: from bench to clinic // Signal Transduct. Target. Ther. 2021. T. 6. № 1. C. 402.

105. Ilaria R. L. Jr, Van Etten R. A. P210 and P190(BCR/ABL) induce the tyrosine phosphorylation and DNA binding activity of multiple specific STAT family members // J. Biol. Chem. 1996. T. 271. № 49. C. 31704-31710.

106. Irvine D. A. h gp. Deregulated hedgehog pathway signaling is inhibited by the smoothened antagonist LDE225 (Sonidegib) in chronic phase chronic myeloid leukaemia // Sci. Rep. 2016. T. 6. C. 25476.

107. Ivanova E. S. h gp. PF-114, a novel selective inhibitor of BCR-ABL tyrosine kinase, is a potent inducer of apoptosis in chronic myelogenous leukemia cells // Int. J. Oncol. 2019. T. 55. № 1. C. 289-297.

108. Jabbour E. h gp. Characteristics and outcomes of patients with chronic myeloid leukemia and T315I mutation following failure of imatinib mesylate therapy // Blood. 2008. T. 112. № 1. C. 53-55.

109. Jin L. h gp. CXCR4 up-regulation by imatinib induces chronic myelogenous leukemia (CML) cell migration to bone marrow stroma and promotes survival of quiescent CML cells // Mol. Cancer Ther. 2008. T. 7. № 1. C. 48-58.

110. Jones J. K., Thompson E. M. Allosteric Inhibition of ABL Kinases: Therapeutic Potential in Cancer // Mol. Cancer Ther. 2020. T. 19. № 9. C. 17631769.

111. J0rgensen H. G. h gp. Enhanced CML stem cell elimination in vitro by bryostatin priming with imatinib mesylate // Exp. Hematol. 2005. T. 33. № 10. C. 1140-1146.

112. Kang Z.-J. h gp. The Philadelphia chromosome in leukemogenesis // Chin. J.

Cancer. 2016. T. 35. C. 48.

113. Kasai F., Mizukoshi K., Nakamura Y. Variable characteristics overlooked in human K-562 leukemia cell lines with a common signature // Sci. Rep. 2024. T. 14. № 1. C. 9619.

114. Kerkhoff E. h gp. Regulation of c-myc expression by Ras/Raf signalling // Oncogene. 1998. T. 16. № 2. C. 211-216.

115. Khamidullina A. I. h gp. Gene Transcription as a Therapeutic Target in Leukemia // Int. J. Mol. Sci. 2021. T. 22. № 14. C. 7340.

116. Khorashad J. S. h gp. The presence of a BCR-ABL mutant allele in CML does not always explain clinical resistance to imatinib // Leukemia. 2006. T. 20. № 4. C. 658-663.

117. Kim H. S., Lee M.-S. STAT1 as a key modulator of cell death // Cell. Signal. 2007. T. 19. № 3. C. 454-465.

118. Klatt F. h gp. A precisely positioned MED12 activation helix stimulates CDK8 kinase activity // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2020. T. 117. № 6. C. 2894-2905.

119. Klejman A. h gp. The Src family kinase Hck couples BCR/ABL to STAT5 activation in myeloid leukemia cells // EMBO J. 2002. T. 21. № 21. C. 5766-5774.

120. Klug L. R., Corless C. L., Heinrich M. C. Inhibition of KIT tyrosine kinase activity: Two decades after the first approval // J. Clin. Oncol. 2021. T. 39. № 15. C. 1674-1686.

121. Knuesel M. T. h gp. The human CDK8 subcomplex is a molecular switch that controls Mediator coactivator function // Genes Dev. 2009. T. 23. № 4. C. 439451.

122. Kolotova E. S. h gp. PF-114, a Novel Inhibitor of Bcr-Abl Chimeric Tyrosine Kinase, Attenuates Intracellular CrkL Phosphorylation and Kills Chronic Myeloid Leukemia Cells // Clin. oncohematology. 2016. T. 9. № 1. C. 1-5.

123. Kuchur O. A., Zavisrskiy A. V., Shtil A. A. Transcriptional reprogramming regulates tumor cell survival in response to ionizing radiation: A role of p53 // Bull. Exp. Biol. Med. 2023. T. 174. № 5. C. 659-665.

124. Kuepper M. K. h gp. Stem cell persistence in CML is mediated by extrinsically activated JAK1-STAT3 signaling // Leukemia. 2019. T. 33. № 8. C. 1964-1977.

125. Lamontanara A. J. h gp. The SH2 domain of Abl kinases regulates kinase autophosphorylation by controlling activation loop accessibility // Nat. Commun. 2014. T. 5. C. 5470.

126. Law J. C. h gp. Mutational inactivation of the p53 gene in the human erythroid leukemic K562 cell line // Leuk. Res. 1993. T. 17. № 12. C. 1045-1050.

127. Lee J.-C. h gp. MK256 is a novel CDK8 inhibitor with potent antitumor activity in AML through downregulation of the STAT pathway // Oncotarget. 2022. T. 13. C. 1217-1236.

128. Lernoux M. h gp. Novel HDAC inhibitor MAKV-8 and imatinib synergistically kill chronic myeloid leukemia cells via inhibition of BCR-ABL/MYC-signaling: effect on imatinib resistance and stem cells // Clin. Epigenetics. 2020. T. 12. № 1. C. 69.

129. Liang J. h gp. Role of transcription-regulating kinase CDK8 in colon cancer metastasis // Oncotarget. 2019. T. 10. № 6. C. 622-623.

130. Li J. h gp. Characterizing CDK8/19 inhibitors through a NFKB-dependent cell-based assay // Cells. 2019. T. 8. № 10. C. 1208.

131. Li J. h gp. Mediator kinase inhibition reverses castration resistance of advanced prostate cancer // J. Clin. Invest. 2024.

132. Li L. h gp. Activation of p53 by SIRT1 inhibition enhances elimination of CML leukemia stem cells in combination with imatinib // Cancer Cell. 2012. T. 21. № 2. C. 266-281.

133. Li S. h gp. Tyrosine phosphorylation of Grb2 by Bcr/Abl and epidermal growth factor receptor: a novel regulatory mechanism for tyrosine kinase signaling // EMBO J. 2001. T. 20. № 23. C. 6793-6804.

134. Liu Y. h gp. Imatinib mesylate induces quiescence in gastrointestinal stromal tumor cells through the CDH1-SKP2-p27Kip1 signaling axis // Cancer Res. 2008. T. 68. № 21. C. 9015-9023.

135. Lloyd R. L. h gp. Loss of Cyclin C or CDK8 provides ATR inhibitor resistance by suppressing transcription-associated replication stress // Nucleic Acids Res. 2021. T. 49. № 15. C. 8665-8683.

136. Loscocco F. h gp. BCR-ABL Independent Mechanisms of Resistance in Chronic Myeloid Leukemia // Front. Oncol. 2019. T. 9. C. 939.

137. Luyties O., Taatjes D. J. The Mediator kinase module: an interface between

cell signaling and transcription // Trends Biochem. Sci. 2022. T. 47. № 4. C. 314327.

138. Lynch C. J. h gp. Global hyperactivation of enhancers stabilizes human and mouse naive pluripotency through inhibition of CDK8/19 Mediator kinases // Nat. Cell Biol. 2020. T. 22. № 10. C. 1223-1238.

139. Ma L. h gp. A therapeutically targetable mechanism of BCR-ABL-independent imatinib resistance in chronic myeloid leukemia // Sci. Transl. Med. 2014. T. 6. № 252. C. 252ra121.

140. Malighetti F. h gp. DNA Damage Response (DDR) Is Associated With Treatment-free Remission in Chronic Myeloid Leukemia Patients // Hemasphere. 2023. T. 7. № 3. C. e852.

141. Malone C. F. h gp. Transcriptional Antagonism by CDK8 Inhibition Improves Therapeutic Efficacy of MEK Inhibitors // Cancer Res. 2023. T. 83. № 2. C. 285300.

142. Martinez-Fabregas J. h gp. CDK8 Fine-Tunes IL-6 Transcriptional Activities by Limiting STAT3 Resident Time at the Gene Loci // Cell Rep. 2020. T. 33. № 12. C. 108545.

143. Masters S. C. h gp. 14-3-3 inhibits Bad-induced cell death through interaction with serine-136 // Mol. Pharmacol. 2001. T. 60. № 6. C. 1325-1331.

144. Matthews H. K., Bertoli C., Bruin R. A. M. de. Cell cycle control in cancer // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2022. T. 23. № 1. C. 74-88.

145. McDermott M. S. J. h gp. Inhibition of CDK8 mediator kinase suppresses estrogen dependent transcription and the growth of estrogen receptor positive breast cancer // Oncotarget. 2017. T. 8. № 8. C. 12558-12575.

146. McWhirter J. R., Galasso D. L., Wang J. Y. A coiled-coil oligomerization domain of Bcr is essential for the transforming function of Bcr-Abl oncoproteins // Mol. Cell. Biol. 1993. T. 13. № 12. C. 7587-7595.

147. Melo J. V. h gp. The ABL-BCR fusion gene is expressed in chronic myeloid leukemia // Blood. 1993. T. 81. № 1. C. 158-165.

148. Menzl I. h gp. A kinase-independent role for CDK8 in BCR-ABL1+ leukemia // Nat. Commun. 2019. T. 10. № 1. C. 4741.

149. Mian A. A. h gp. PF-114, a potent and selective inhibitor of native and mutated BCR/ABL is active against Philadelphia chromosome-positive (Ph+)

leukemias harboring the T315I mutation // Leukemia. 2015. T. 29. № 5. C. 11041114.

150. Mitchell R. h gp. Targeting BCR-ABL-Independent TKI Resistance in Chronic Myeloid Leukemia by mTOR and Autophagy Inhibition // J. Natl. Cancer Inst. 2018. T. 110. № 5. C. 467-478.

151. Moreno-Lorenzana D. h gp. CDKIs p18(INK4c) and p57(Kip2) are involved in quiescence of CML leukemic stem cells after treatment with TKI // Cell Cycle. 2016. T. 15. № 9. C. 1276-1287.

152. Morris E. J. h gp. E2F1 represses beta-catenin transcription and is antagonized by both pRB and CDK8 // Nature. 2008. T. 455. № 7212. C. 552-556.

153. Muralimanoharan S. h gp. Aberrant R-loop-induced replication stress in MED12-mutant uterine fibroids // Sci. Rep. 2022. T. 12. № 1. C. 6169.

154. Nagar B. h gp. Crystal structures of the kinase domain of c-Abl in complex with the small molecule inhibitors PD173955 and imatinib (STI-571) // Cancer Res. 2002. T. 62. № 15. C. 4236-4243.

155. Nagar B. h gp. Structural basis for the autoinhibition of c-Abl tyrosine kinase // Cell. 2003. T. 112. № 6. C. 859-871.

156. Naka K. h gp. TGF-0-FOXO signalling maintains leukaemia-initiating cells in chronic myeloid leukaemia // Nature. 2010. T. 463. № 7281. C. 676-680.

157. Nakamura A. h gp. CDK8/19 inhibition induces premature G1/S transition and ATR-dependent cell death in prostate cancer cells // Oncotarget. 2018. T. 9. № 17. C. 13474-13487.

158. Neshat M. S. h gp. The survival function of the Bcr-Abl oncogene is mediated by Bad-dependent and -independent pathways: roles for phosphatidylinositol 3-kinase and Raf // Mol. Cell. Biol. 2000. T. 20. № 4. C. 1179-1186.

159. Nicholas B. A. h gp. BCR-ABL is enriched in S- and G2-cell cycle phases // Leuk. Res. 2023. T. 126. № 107036. C. 107036.

160. Nicolini F. E. h gp. Epidemiologic study on survival of chronic myeloid leukemia and Ph(+) acute lymphoblastic leukemia patients with BCR-ABL T315I mutation // Blood. 2009. T. 114. № 26. C. 5271-5278.

161. Nieborowska-Skorska M. h gp. Complementary functions of the antiapoptotic protein A1 and serine/threonine kinase pim-1 in the BCR/ABL-mediated leukemogenesis // Blood. 2002. T. 99. № 12. C. 4531-4539.

162. Nitulescu I. I. h gp. Mediator Kinase Phosphorylation of STAT1 S727 Promotes Growth of Neoplasms With JAK-STAT Activation // EBioMedicine. 2017. T. 26. C. 112-125.

163. Nunoda K. h gp. Identification and functional signature of genes regulated by structurally different ABL kinase inhibitors // Oncogene. 2007. T. 26. № 28. C. 4179-4188.

164. Offermann A. h gp. Inhibition of cyclin-dependent kinase 8/cyclin-dependent kinase 19 suppresses its pro-oncogenic effects in prostate cancer // Am. J. Pathol. 2022. T. 192. № 5. C. 813-823.

165. Okabe S. h gp. Efficacy of the dual PI3K and mTOR inhibitor NVP-BEZ235 in combination with nilotinib against BCR-ABL-positive leukemia cells involves the ABL kinase domain mutation // Cancer Biol. Ther. 2014. T. 15. № 2. C. 207215.

166. Pakulska U. h gp. Abstract 1018: SEL120, a CDK8/CDK19 inhibitor, possesses strong multilineage differentiation potential in AML // Cancer Res. 2021. T. 81. № 13_Supplement. C. 1018-1018.

167. Pane F. h gp. BCR/ABL genes and leukemic phenotype: from molecular mechanisms to clinical correlations // Oncogene. 2002. T. 21. № 56. C. 86528667.

168. Panwar V. h gp. Multifaceted role of mTOR (mammalian target of rapamycin) signaling pathway in human health and disease // Signal Transduct. Target. Ther. 2023. T. 8. № 1. C. 375.

169. Pardanani A., Tefferi A. Imatinib targets other than bcr/abl and their clinical relevance in myeloid disorders // Blood. 2004. T. 104. № 7. C. 1931-1939.

170. Patel S. B. h gp. Metabolic alterations mediated by STAT3 promotes drug persistence in CML // Leukemia. 2021. T. 35. № 12. C. 3371-3382.

171. Pavlovsky C. h gp. Ponatinib in the treatment of chronic myeloid leukemia and philadelphia chromosome positive acute lymphoblastic leukemia // Future Oncol. 2019. T. 15. № 3. C. 257-269.

172. Pelish H. E. h gp. Mediator kinase inhibition further activates super-enhancer-associated genes in AML // Nature. 2015. T. 526. № 7572. C. 273-276.

173. Pérez-Lamas L. h gp. Toxicity of Asciminib in Real Clinical Practice: Analysis of Side Effects and Cross-Toxicity with Tyrosine Kinase Inhibitors //

Cancers . 2023. T. 15. № 4.

174. Peron M. h gp. Y705 and S727 are required for the mitochondrial import and transcriptional activities of STAT3, and for regulation of stem cell proliferation // Development. 2021. T. 148. № 17.

175. Philip S. h gp. Cyclin-Dependent Kinase 8: A New Hope in Targeted Cancer Therapy? // J. Med. Chem. 2018. T. 61. № 12. C. 5073-5092.

176. Pinhero R. h gp. Three cyclin-dependent kinases preferentially phosphorylate different parts of the C-terminal domain of the large subunit of RNA polymerase II // Eur. J. Biochem. 2004. T. 271. № 5. C. 1004-1014.

177. Pluta A. J. h gp. Cyclin-dependent kinases: Masters of the eukaryotic universe // Wiley Interdiscip. Rev. RNA. 2023. T. 15. № 1. C. e1816.

178. Pons M. h gp. Oncogenic kinase cascades induce molecular mechanisms that protect leukemic cell models from lethal effects of DE Novo dNTP synthesis inhibition // Cancers (Basel). 2021. T. 13. № 14. C. 3464.

179. Popp H. D. h gp. DNA Damage and DNA Damage Response in Chronic Myeloid Leukemia // Int. J. Mol. Sci. 2020. T. 21. № 4.

180. Porter D. C. h gp. Cyclin-dependent kinase 8 mediates chemotherapy-induced tumor-promoting paracrine activities // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012. T. 109. № 34. C. 13799-13804.

181. Poss Z. C. h gp. Identification of Mediator Kinase Substrates in Human Cells using Cortistatin A and Quantitative Phosphoproteomics // Cell Rep. 2016. T. 15. № 2. C. 436-450.

182. Poss Z. C., Ebmeier C. C., Taatjes D. J. The Mediator complex and transcription regulation // Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2013. T. 48. № 6. C. 575-608.

183. Poudel G. h gp. Mechanisms of Resistance and Implications for Treatment Strategies in Chronic Myeloid Leukaemia // Cancers . 2022. T. 14. № 14.

184. Prior I. A., Lewis P. D., Mattos C. A comprehensive survey of Ras mutations in cancer // Cancer Res. 2012. T. 72. № 10. C. 2457-2467.

185. Pulte E. D. h gp. FDA Approval Summary: Revised Indication and Dosing Regimen for Ponatinib Based on the Results of the OPTIC Trial // Oncologist. 2022. T. 27. № 2. C. 149-157.

186. Puttini M. h gp. In vitro and in vivo activity of SKI-606, a novel Src-Abl inhibitor, against imatinib-resistant Bcr-Abl+ neoplastic cells // Cancer Res. 2006. T. 66. № 23. C. 11314-11322.

187. Rangatia J., Bonnet D. Transient or long-term silencing of BCR-ABL alone induces cell cycle and proliferation arrest, apoptosis and differentiation // Leukemia. 2006. T. 20. № 1. C. 68-76.

188. Reddy E. P., Aggarwal A. K. The ins and outs of bcr-abl inhibition // Genes Cancer. 2012. T. 3. № 5-6. C. 447-454.

189. Renshaw M. W., Capozza M. A., Wang J. Y. Differential expression of type-specific c-abl mRNAs in mouse tissues and cell lines // Mol. Cell. Biol. 1988. T. 8. № 10. C. 4547-4551.

190. Richardson C., Jasin M. Frequent chromosomal translocations induced by DNA double-strand breaks // Nature. 2000. T. 405. № 6787. C. 697-700.

191. Richter W. F. h gp. The Mediator complex as a master regulator of transcription by RNA polymerase II // Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2022. T. 23. № 11. C. 732-749.

192. Roninson I. B. h gp. Identifying Cancers Impacted by CDK8/19 // Cells. 2019. T. 8. № 8.

193. Rossari F., Minutolo F., Orciuolo E. Past, present, and future of Bcr-Abl inhibitors: from chemical development to clinical efficacy // J. Hematol. Oncol. 2018. T. 11. № 1. C. 84.

194. Rzymski T. h gp. SEL120-34A is a novel CDK8 inhibitor active in AML cells with high levels of serine phosphorylation of STAT1 and STAT5 transactivation domains // Oncotarget. 2017. T. 8. № 20. C. 33779-33795.

195. Sacha T. Imatinib in chronic myeloid leukemia: an overview // Mediterr. J. Hematol. Infect. Dis. 2014. T. 6. № 1. C. e2014007.

196. Saifullah H. H., Lucas C. M. Treatment-Free Remission in Chronic Myeloid Leukemia: Can We Identify Prognostic Factors? // Cancers . 2021. T. 13. № 16.

197. Sanford M., Scott L. J. Imatinib: as adjuvant therapy for gastrointestinal stromal tumour // Drugs. 2010. T. 70. № 15. C. 1963-1972.

198. Sattler M. h gp. Critical role for Gab2 in transformation by BCR/ABL // Cancer Cell. 2002. T. 1. № 5. C. 479-492.

199. Sattler M., Salgia R. Role of the adapter protein CRKL in signal transduction of normal hematopoietic and BCR/ABL-transformed cells // Leukemia. 1998. T. 12. № 5. C. 637-644.

200. Saxton R. A., Sabatini D. M. MTOR signaling in growth, metabolism, and disease // Cell. 2017. T. 168. № 6. C. 960-976.

201. Sayed D. h gp. p-Stat3 and bcr/abl gene expression in chronic myeloid leukemia and their relation to imatinib therapy // Leuk. Res. 2014. T. 38. № 2. C. 243-250.

202. Schafranek L. h gp. Sustained inhibition of STAT5, but not JAK2, is essential for TKI-induced cell death in chronic myeloid leukemia // Leukemia. 2014. T. 29. № 1. C. 76-85.

203. Schindler T. h gp. Structural mechanism for STI-571 inhibition of abelson tyrosine kinase // Science. 2000. T. 289. № 5486. C. 1938-1942.

204. Schlessinger J. Cell signaling by receptor tyrosine kinases // Cell. 2000. T. 103. № 2. C. 211-225.

205. Scott M. T. h gp. Epigenetic Reprogramming Sensitizes CML Stem Cells to Combined EZH2 and Tyrosine Kinase Inhibition // Cancer Discov. 2016. T. 6. № 11. C. 1248-1257.

206. Serrao A. h gp. Mediator kinase CDK8/CDK19 drives YAP1-dependent BMP4-induced EMT in cancer // Oncogene. 2018. T. 37. № 35. C. 4792-4808.

207. Shaffer S. M. h gp. Rare cell variability and drug-induced reprogramming as a mode of cancer drug resistance // Nature. 2017. T. 546. № 7658. C. 431-435.

208. Shah N. P. h gp. Overriding imatinib resistance with a novel ABL kinase inhibitor // Science. 2004. T. 305. № 5682. C. 399-401.

209. Sharko A. C. h gp. The Inhibition of CDK8/19 Mediator Kinases Prevents the Development of Resistance to EGFR-Targeting Drugs // Cells. 2021. T. 10. № 1.

210. Sherbenou D. W. h gp. BCR-ABL SH3-SH2 domain mutations in chronic myeloid leukemia patients on imatinib // Blood. 2010. T. 116. № 17. C. 32783285.

211. Singh P. h gp. Combating TKI resistance in CML by inhibiting the PI3K/Akt/mTOR pathway in combination with TKIs: a review // Med. Oncol. 2021. T. 38. № 1. C. 10.

212. Skora L. h gp. NMR reveals the allosteric opening and closing of Abelson tyrosine kinase by ATP-site and myristoyl pocket inhibitors // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013. T. 110. № 47. C. E4437-45.

213. Smith K. M., Van Etten R. A. Activation of c-Abl kinase activity and transformation by a chemical inducer of dimerization // J. Biol. Chem. 2001. T. 276. № 26. C. 24372-24379.

214. Smith K. M., Yacobi R., Van Etten R. A. Autoinhibition of Bcr-Abl through its SH3 domain // Mol. Cell. 2003. T. 12. № 1. C. 27-37.

215. Solum E. h gp. New CDK8 inhibitors as potential anti-leukemic agents -Design, synthesis and biological evaluation // Bioorg. Med. Chem. 2020. T. 28. № 10. C. 115461.

216. Sooraj D. h gp. MED12 and BRD4 cooperate to sustain cancer growth upon loss of mediator kinase // Mol. Cell. 2022. T. 82. № 1. C. 123-139.e7.

217. Steinberg M. Dasatinib: a tyrosine kinase inhibitor for the treatment of chronic myelogenous leukemia and philadelphia chromosome-positive acute lymphoblastic leukemia // Clin. Ther. 2007. T. 29. № 11. C. 2289-2308.

218. Steinparzer I. h gp. Transcriptional Responses to IFN-y Require Mediator Kinase-Dependent Pause Release and Mechanistically Distinct CDK8 and CDK19 Functions // Mol. Cell. 2019. T. 76. № 3. C. 485-499.e8.

219. Syed Y. Y., McCormack P. L., Plosker G. L. Bosutinib: A Review of Its Use in Patients with Philadelphia Chromosome-Positive Chronic Myelogenous Leukemia // BioDrugs. 2014. T. 28. № 1. C. 107-120.

220. Szczylik C. h gp. Selective inhibition of leukemia cell proliferation by BCR-ABL antisense oligodeoxynucleotides // Science. 1991. T. 253. № 5019. C. 562565.

221. Takashima A., Faller D. V. Targeting the RAS oncogene // Expert Opin. Ther. Targets. 2013. T. 17. № 5. C. 507-531.

222. Tang H.-W. h gp. The TORC1-regulated CPA complex rewires an RNA processing network to drive autophagy and metabolic reprogramming // Cell Metab. 2018. T. 27. № 5. C. 1040-1054.e8.

223. Teixeira M. R. Recurrent fusion oncogenes in carcinomas // Crit. Rev. Oncog. 2006. T. 12. № 3-4. C. 257-271.

224. Tokarski J. S. h gp. The structure of Dasatinib (BMS-354825) bound to

activated ABL kinase domain elucidates its inhibitory activity against imatinib-resistant ABL mutants // Cancer Res. 2006. T. 66. № 11. C. 5790-5797.

225. Toker A., Marmiroli S. Signaling specificity in the Akt pathway in biology and disease // Adv. Biol. Regul. 2014. T. 55. C. 28-38.

226. Traer E. h gp. Blockade of JAK2-mediated extrinsic survival signals restores sensitivity of CML cells to ABL inhibitors // Leukemia. 2012. T. 26. № 5. C. 1140-1143.

227. Tsai K.-L. h gp. A conserved Mediator-CDK8 kinase module association regulates Mediator-RNA polymerase II interaction // Nat. Struct. Mol. Biol. 2013. T. 20. № 5. C. 611-619.

228. Van Etten R. A. c-Abl regulation: a tail of two lipids // Curr. Biol. 2003. T. 13. № 15. C. R608-10.

229. Wagle M. h gp. A role for FOXO1 in BCR-ABL1-independent tyrosine kinase inhibitor resistance in chronic myeloid leukemia // Leukemia. 2016. T. 30. № 7. C. 1493-1501.

230. Wang H. h gp. Overexpression of RPS27a contributes to enhanced chemoresistance of CML cells to imatinib by the transactivated STAT3 // Oncotarget. 2016. T. 7. № 14. C. 18638-18650.

231. Wang J. Y. J. The capable ABL: what is its biological function? // Mol. Cell. Biol. 2014. T. 34. № 7. C. 1188-1197.

232. Wang Y. h gp. Recurrent fusion genes in leukemia: An attractive target for diagnosis and treatment // Curr. Genomics. 2017. T. 18. № 5. C. 378-384.

233. Wang Z. h gp. SIRT1 deacetylase promotes acquisition of genetic mutations for drug resistance in CML cells // Oncogene. 2013. T. 32. № 5. C. 589-598.

234. Warfvinge R. h gp. Single-cell molecular analysis defines therapy response and immunophenotype of stem cell subpopulations in CML // Blood. 2017. T. 129. № 17. C. 2384-2394.

235. Westerling T., Kuuluvainen E., Makela T. P. Cdk8 is essential for preimplantation mouse development // Mol. Cell. Biol. 2007. T. 27. № 17. C. 6177-6182.

236. Wong S., Witte O. N. The BCR-ABL story: bench to bedside and back // Annu. Rev. Immunol. 2004. T. 22. № 1. C. 247-306.

237. Xie H. h gp. Chronic Myelogenous Leukemia- Initiating Cells Require Polycomb Group Protein EZH2 // Cancer Discov. 2016. T. 6. № 11. C. 1237-1247.

238. Xie S. h gp. Involvement of Jak2 tyrosine phosphorylation in Bcr-Abl transformation // Oncogene. 2001. T. 20. № 43. C. 6188-6195.

239. Xin P. h gp. Efficacy of the dual PI3K and mTOR inhibitor NVP-BEZ235 in combination with imatinib mesylate against chronic myelogenous leukemia cell lines // Drug Des. Devel. Ther. 2017. T. 11. C. 1115-1126.

240. Xu D. h gp. Skp2-macroH2A1-CDK8 axis orchestrates G2/M transition and tumorigenesis // Nat. Commun. 2015. T. 6. C. 6641.

241. Zaharieva M. M. h gp. Modern therapy of chronic myeloid leukemia // Leukemia. : InTech, 2013.

242. Zhang B. h gp. Effective targeting of quiescent chronic myelogenous leukemia stem cells by histone deacetylase inhibitors in combination with imatinib mesylate // Cancer Cell. 2010. T. 17. № 5. C. 427-442.

243. Zhang L. h gp. A Selective and Orally Bioavailable Quinoline-6-Carbonitrile-Based Inhibitor of CDK8/19 Mediator Kinase with Tumor-Enriched Pharmacokinetics // J. Med. Chem. 2022. T. 65. № 4. C. 3420-3433.

244. Zhang X. h gp. The NH(2)-terminal coiled-coil domain and tyrosine 177 play important roles in induction of a myeloproliferative disease in mice by Bcr-Abl // Mol. Cell. Biol. 2001. T. 21. № 3. C. 840-853.

245. Zhao H., Deininger M. W. Declaration of Bcr-Abl1 independence // Leukemia. 2020. T. 34. № 11. C. 2827-2836.

246. Zhao X. h gp. Structure of the Bcr-Abl oncoprotein oligomerization domain // Nat. Struct. Biol. 2002. T. 9. № 2. C. 117-120.

247. Zhao X. h gp. Regulation of lipogenesis by cyclin-dependent kinase 8-mediated control of SREBP-1 // J. Clin. Invest. 2012. T. 122. № 7. C. 2417-2427.

248. Zhou T., Medeiros L. J., Hu S. Chronic Myeloid Leukemia: Beyond BCR-ABL1 // Curr. Hematol. Malig. Rep. 2018. T. 13. № 6. C. 435-445.

249. Zhu J. h gp. A novel small molecule RAD51 inactivator overcomes imatinib-resistance in chronic myeloid leukaemia // EMBO Mol. Med. 2013. T. 5. № 3. C. 353-365.