Структурные мотивы РНК, узнаваемые рибосомным белком S7 бактерий тема диссертации и автореферата по ВАК РФ 02.00.10, кандидат химических наук Сурдина, Анастасия Владимировна

• Сурдина, Анастасия Владимировна
• кандидат химических наук
• 2010

Оглавление диссертации кандидат химических наук Сурдина, Анастасия Владимировна

Список сокращений.

Введение.

1. Обзор литературы.

1.1. Механизмы регуляции трансляции рибосомных белков Е. coli.

1.2. Структура и функция рибосомного белка S8.

1.2.1. Структура спектиномицинового оперона.

1.2.2. Структура рибосомного белка S8.

1.2.3. Участки связывания рибосомного белка S8 с 16S рРНК.

1.2.4. Участки связывания рибосомного белка S8 со спектиномициновой мРНК.

1.2.5. Регуляция трансляции белков спектиномицинового оперона.

1.2.6. Предполагаемый механизм регуляции трансляции спектиномицинового оперона.

1.3. Структура и функция рибосомного белка S7.

1.3.1. Структура стрептомицинового оперона.

1.3.2. Структура рибосомного белка S7.

1.3.3. Расположение рибосомного белка S7 в рибосоме.

1.3.4. Участки связывания рибосомного белка S7 с 16S рРНК.

1.3.5. Участки связывания рибосомного белка S7 со стрептомициновой мРНК.

1.3.6. Регуляция трансляции белков стрептомицинового оперона.

2. Результаты и обсуждение.

2.1 Получение супер-продуцента Е. coli для рибосомного белка S7 Escherichia coli (EcoS7).

2.2. Клонирование и получение супер-продуцента Е. coli для рибосомного белка S7 Thermus thermophilus (TthS7).

2.3. Клонирование и получение супер-продуцента Е. coli для рибосомного белка S7 Streptomyces coelicolor (ScoS7).

2.4. Поиск участка связывания рибосомного белка EcoS7 с стрептомициновым опероном с помощью метода SERF.

2.5. Картирование участка связывания рибосомного белка S7 с РНК.

2.6. Поиск регуляторных элементов в стрептомициновом опероне S. coelicolor методом SERF.

2.7. Изучение связывания белка ScoS7 с валиновой тРНК с помощью капиллярного гель-электрофореза в микрочиповом варианте.

2.8. Изучение связывания рибосомного белка ScoS7 с различными РНК с помощью поверхностного плазмонного резонанса.

2.9. Сравнение филогении стрептомицинового оперона со стандартным филогенетическим древом, построенным по 16S рРНК.

2.10. Рибосомный белок S7 возможно узнает т.н. Е-мотив.

3. Экспериментальная часть.

3.1. Используемые штаммы микроорганизмов и реактивы.

3.2. Используемые методы.

Выводы.

Введение диссертации (часть автореферата) на тему «Структурные мотивы РНК, узнаваемые рибосомным белком S7 бактерий»

Нуклеиново-белковые взаимодействия играют важную роль во многих клеточных процессах, среди которых особое место занимает биогенез рибосом. Рибосома - это многокомпонентный супрамолекулярный РНК-белковый комплекс, способный к самосборке даже in vitro. На биогенез рибосом (который включает в себя синтез рРНК и рибосомных белков (р-белков), а также их сборку) быстрорастущие клетки бактерий затрачивают около половины всех своих ресурсов. Биогенез рибосом достаточно строго регулируется с помощью РНК-белковых взаимодействий. Биогенез малой субчастицы рибосом Е. coli регулируется белками S7 и S4. S7 инициирует самосборку субчастицы in vitro, взаимодействуя с локальным участком основного З'-концевого домена 16S рРНК. S7 транслируется с цистрона rpsG в составе стрептомицинового (str) оперона. В s/r-оперон входят цистроны р-белков S12 (rpsL) и S7 (rpsG), фактора элонгации трансляции EF-G (fits), а также одна из двух копий гена фактора элонгации трансляции EF-Tu (tufA), который имеет два собственных промотора.

Интересной редкой особенностью .^r-оперона Е. coli является наличие протяженного участка мРНК длиной 96 нуклеотидов (н) между цистронами S12 и S7 (т.н. межцистронный участок, МЦУ). Несмотря на то, что цистроны S12 и S7 так сильно разобщены физически, трансляция S7 сопряжена с трансляцией предшествующего S12, т.е. происходит строго последовательно. В отсутствие синтеза 16S рРНК, когда регулон рРНК выключен, избыток экспрессируемого S7 взаимодействует с МЦУ s/r-мРНК и ингибирует собственную трансляцию, а также трансляцию последующего цистрона фактора элонгации EF-G. Таким образом, актуальной является задача по выявлению структурных мотивов РНК, определяющих узнавание разных РНК одним белком.

Согласно компьютерному поиску, проведенному нами в более чем сотне секвенированных геномов, оказалось, что s/r-оперон Е. coli - нетипичный: аналогичный протяженный МЦУ в д/7--оперонах имеют всего около трети бактерий. У остальных бактерий МЦУ либо меньше, размером -40 н., либо его вообще нет. По этому признаку мы условно разделили бактерии на 3 группы. Изучение механизмов регуляции трансляции sfr-оперонов у бактерий из разных групп актуально с прикладной точки зрения, поскольку патогены встречаются во всех трех группах. Найденное различие дает возможность селективно вмешиваться в самосборку рибосом, а, следовательно, и в жизнедеятельность только определенных видов бактерий.

В связи с изложенным, возникает необходимость разработки специальных подходов для поиска неизвестных регуляторных элементов мРНК, взаимодействующих с регуляторными р-белками. Несмотря на различия в структурной организации оперонов, сами белки S7 высоко консервативны, поэтому изучение различных оперонов расширит знания структурных мотивов, узнаваемых белком.

Целью данной работы было изучение РНК-белковых взаимодействий в s/r-оиероне Е. coli, позиционирование s/r-оперона Е. coli среди других оперонов бактерий, а так же поиск мотива РНК, узнаваемого рибосомным белком S7.

В настоящей работе впервые высказана гипотеза о структуре узнаваемого S7 мотива РНК -т.н. Е-мотива. На основании построенной пространственной модели комплекса МЦУ с S7 высказана гипотеза о механизме регуляции сопряженной трансляции цистронов S12 и S7. Методами биоинформатики впервые показано, что s/r-оперон Е. coli не является типичным для эубактерий, что актуализирует изучение л^-оперонов других бактерий, особенно тех, которые не имеют МЦУ.

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

Заключение диссертации по теме «Биоорганическая химия», Сурдина, Анастасия Владимировна

выводы

1. Клонированы и получены рекомбинантные рибоеомные белки S7 бактерий Е. coli, Т. thermophilus и S. coelicolor, имеющие 6His-tag, а также белок S7 S. coelicolor с хитин-связывающим доменом. Рекомбинантные белки с высокой аффинностью связывают гомологичные РЕК, а также гетерологичные РНК-аналоги, что определяется консервативностью их структуры.

2. При селекции к рекомбинантному рибосомному белку S7 Е. coli библиотеки фрагментов РНК, транскрибированной со случайных фрагментов ДНК стрептомицинового (str) оперона Е. coli, получен межцистронный участок (МЦУ) S12-S7 длиной 109 нуклеотидов, что выдвигает его на роль потенциального трансляционного оператора.

3. С помощью поверхностного плазмонного резонанса обнаружено, что рекомбинантный рибосомный белок S7 S. coelicolor с высокой аффинностью связывается с двумя различными IRES вирусов PTV (porcine teschovirns) и crTMV (cmcifer-infecting tobamovirus), что предполагает у них наличие мотива узнавания белком.

4. Биоинформатический анализ sfr'-оперонов около 500 бактерий с известной структурой генома показал, что размеры МЦУ S12-S7 варьируют от 0 до более чем 200 н. Подобный Е. coli МЦУ s/r-оперона найден только у гамма-протеобактерий, по-видимому, являясь эволюционным новоприобретением.

5. Множественное выравнивание МЦУ S12-S7 гамма-протеобактерий позволило идентифицировать два типа комплементарных участков: идентичные участки и консервативные участки с компенсаторными заменами. Предложена модель вторичной и третичной структуры МЦУ и его комплекса с белком, которая удовлетворяет всем экспериментальным данным.

6. Экспериментальные данные согласуются с альтернативным участием обоих предполагаемых районов — участка Номуры и участка Браки-Жингра в узнавании белком S7. Их наличие является необходимым, но не достаточным условием взаимодействия с S7. Предложена гипотеза, что участок Браки-Жингра имеет структуру т.н. Е-мотива РНК, который узнается белком S7.

Список литературы диссертационного исследования кандидат химических наук Сурдина, Анастасия Владимировна, 2010 год

1. Woodson, S.A. (2008) RNA folding and ribosome assembly. Curr. Opin. Chem. Biol. 12(6), p. 667-673.

2. Nomura, M., Yates, J.L., Dean, D., Post, L.E. (1980) Feedback regulation of ribosomal protein gene expression in Escherichia coli: structural homology of ribosomal RNA and ribosomal protein mRNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77(12), p.7084-8.

3. Yates, J.L., Arfsten, A.E., Nomura, M. (1980) In vitro expression of Escherichia coli ribosomal protein genes: autogenous inhibition of translation. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77(4), p. 1837-41.

4. Zengel, J.M., Lindahl, L. (1994) Diverse mechanisms for regulating ribosomal protein synthesis in Escherichia coli. Progress in Nucleic Acid Research and Mol. Biology 47, p. 331-370.

5. Schaup, H.W., Green, M., Kurland, C.G. (1971) Molecular interactions of ribosomal components. II. Site-specific complex formation between 30S proteins and ribosomal RNA. Mol. Gen. Genet. 112(l),p 1-8.

6. Mattheakis, L.C., Nomura M. (1988) Feedback regulation of the spc operon in Escherichia coli: translational coupling and mRNA processing. J. Bacteriol. 10, p. 4484-4492.

7. Mattheakis, L., Vu, L., Sor, F., Nomura, M. (1989) Retroregulation of the synthesis of ribosomal proteins L14 and L24 by feedback repressor S8 in Escherichia coli. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86(2), p. 48-52.

8. Merianos, H.J., Wang, J., Moore, P.B. (2004) The structure of a ribosomal protein S8/spc operon mRNA complex. RNA 10(6), p. 954-64.

9. Held, W.A., Ballou, В., Mizushima, S., Nomura, M. (1974) Assembly mapping of 30S ribosomal proteins from Escherichia coli. Further studies. J. Biol. Chem. 249, p. 3103-3111.

10. Zimmermann, R.A., Singh-Bergmann, K. (1979) Binding sites for ribosomal proteins S8 and S15 in the 16 S RNA of Escherichia coli. Biochim. Biophys. Acta. 563(2), p. 422-31.

11. Svensson, P., Changchien, L.M., Craven, G.R., Noller, H.F. (1988) Interaction of ribosomal proteins, S6, S8, SI5 and S18 with the central domain of 16S ribosomal RNA. J. Mol. Biol. 200, p. 301-308.

12. Geyl, D., Bock, A., Wittmann, H.G. (1977) Cold-sensitive growth of a mutant of Escherichia coli with an altered ribosomal protein S8: analysis of revertants. Mol. Gen. Genet. 152, p. 331-336.

13. Wiener, L., Schuler, D., Brimacoinbe, R. (1988) Protein binding sites on Escherichia coli 16S ribosomal RNA; RNA regions that are protected by proteins S7, S9 and S19, and by proteins S8, S15 and S17. Nucleic Acids Res. 16, p. 1233-1250.

14. Thurlow, D.L., Ehresmann, C., Ehresmann, B. (1983) Nucleotides in 16S rRNA that are required in unmodified form for features recognized by ribosomal protein S8. Nucleic Acids Res. 11, p. 6787-6802.

15. Wower, i., Brimacombe, R. (1983) The localization of multiple sites on 16S rRNA which are cross-linked to proteins S7 and S8 in Escherichia coli 30S ribosomal subunits by treatment with 2-iminothiolane. Nucleic Acids Res. 11, p. 1419-1437.

16. Chiaruttini, C., Milet, M., Hayes, D.H., Expert-Bezancon, A. (1989) Crosslinking of ribosomal proteins S4, S5, S7, S8, SI 1, S12 and S18 to domains 1 and 2 of 16S rRNA in the Escherichia coli 30S particle. Biochimie 71, p. 839-852.

17. Powers, Т., Noller, H.F. (1995) Hydroxyl radical footprinting of ribosomal proteins on 16S rRNA. RNA l,p. 194-209.

18. Gutell, R.R. (1993) Collection of small subunit (16S- and 16S-like) ribosomal RNA structures. Nucleic Acids Res. 21(13), p. 3051-3054.

19. Gregory, R.J., Cahill, P.B., Thurlow, D.L., Zimmermann ,R.A. (1988) Interaction of Escherichia coli ribosomal protein S8 with its binding sites in ribosomal RNA and messenger RNA. J. Mol. Biol. 204(2), p. 295-307.

20. Mougel, M., Allmang, C., Eyermann, F., Cachia, C., Ehresmann, В., Ehresmann, C. (1993) Minimal 16S rRNA binding site and role of conserved nucleotides in Escherichia coli ribosomal protein S8 recognition. Eur. J. Biochem. 215(3), p. 787-92.

21. Allmang, C., Mougel, M., Westhof, E., Ehresmann, В., Ehresmann, C. (1994) Role of conserved nucleotides in building the 16S rRNA binding site of E. coli ribosomal protein S8. Nucleic Acids Res. 22(18), p. 3708-14.

22. Moine, H., Cachia, C., Westhof, E., Ehresmann, В., Ehresmann, C. (1997) The RNA binding site of S8 ribosomal protein of Escherichia coli: Selex and hydroxyl radical probing studies. RNA 3(3), p. 255-68.

23. Kalurachchi, K., Uma, K., Zimmermann, R.A., Nikonowicz, E.P. (1997) Structural features of the binding site for ribosomal protein S8 in Escherichia coli 16S rRNA defined using NMR spectroscopy. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94(6), p. 2139-44.

24. Cate, J.H., Gooding, A.R., Podell, E., Zhou, K., Golden, B.L., Szewczak, A.A., Kundrot, C.E., Cecil, T.R., Doudna, J.A. (1996) RNA tertiary structure mediation by adenosine platforms. Science 273(5282), p. 1696-9.

25. Wimberly, B.T., Brodersen, D.E., Clemons, W.M., Morgan-Warren, R.J., Carter, A.P., Vonrhein, C., Hartsch, Т., Ramakrishnan, V. (2000) Structure.of the 30S ribosomal subunit. Nature 407(6802), p. 327-39.

26. Dean, D., Yates, J.L., Nomura, M. (1981) Identification of ribosomal protein S7 as a repressor of translation within the str operon of E. coli. Cell 24, p. 413-419.

27. Dennis, P.P. (1974) In vitro stability, maturation and relative differential synthesis rates of indnividual ribosomal proteins in Escherichia coli. Journal of Molekular Biology 88, p. 2541.

28. Gordon, J. (1970) Regulation of the in vivo synthesis of the polypeptide chain elongation factors in Escherichia coli. Biochemistry 9, p. 912-917.

29. Furano, A. (1975) Content of elongation factor Tu in Escherichia coli. Proceedings of the National Academy of Sciences 72, p. 4780-4784.

30. Saito, K., Mattheakis, L., Nomura, M. (1994) Post-transcriptional regulation of the str operon in Escherichia coli. Ribosomal protein S7 inhibits coupled translation of S7 but not its independent translation. Journal Molecular Biology 235, p. 111-124.

31. Hosaka, H., Nakagawa, A., Tanaka, I., Harada, N., Sano, K., Kimura, M., Yao, M., Wakatsuki, S. (1997) Ribosomal protein S7: a new RNA-binding motif with structural similarities to a DNA architectural factor. Current Biology 5, p. 1199-1208.

32. Robert, F., Brakier-Gingras, L, (2003) A functional interaction between ribosomal proteins S7 and SI 1 within the bacterial ribosome. J. Biol. Chem. 278(45), p. 44913-20.

33. Brimacombe, R., Atmadja, J., Stiege, W., Schiiler, D. (1988) A detailed model of the three-dimensional structure of Escherichia coli 16 S ribosomal RNA in situ in the 30 S subunit. J. Mol. Biol. 199(1), p. 115-36.

34. Bischof, О., Kruft, V., Wittmann-Liebold, В. (1994) Analysis of the puromycin binding site in the 70S ribosome of Escherichia coli at the peptide level. J. Biol. Chem. 269, p. 18315— 18319.

35. Sylvers, L.A., Kopylov, A.M., Wower, J., Hixson, S.S., Zimmermann, R.A. (1992) Photochemical cross-linking of the anticodon loop of yeast tRNA(Phe) to 30S-subunit protein S7 at the ribosomal A and P sites. Biochimie 74(4), p. 381-9.

36. Abdurashidova, G.G., Tsvetkova, E.A., Budowsky, E.I. (1990) Determination of tRNA nucleotide residues directly interacting with proteins in the post- and pretranslocated ribosomal complexes. FEBSLett. 269(2), p. 398-401.

37. Rosen, K.V., Zimmerman, R.A. (1997) Photoaffmity labeling of 30S-subunit proteins S7 and Sll by 4-thiouridine-substituted tRNA(Phe) situated at the P site of Escherichia coli ribosomes. RNA 3(9), p. 1028-36.

38. Dokudovskaya, S.S., Dontsova, O.A., Bogdanova, S.L., Bogdanov, A.A., Brimacombe, R. (1993) mRNA-ribosome interactions. Biotechnol. Appl. Biochem. 18(2), p. 149-55.

39. Wower, J., Scheffer, P., Sylvers, L.A., Wintermeyer, W., Zimmermann, R.A. (1993) Topography of the E site on the Escherichia coli ribosome. EMBOJ. 12(2), p. 617-23.

40. Greuer, В., Thiede, В., Brimacombe, R. (1999) The cross-link from the upstream region of mRNA to ribosomal protein S7 is located in the C-terminal peptide: experimental verification of a prediction from modeling studies. RNA 5(12), p. 1521-5.

41. Nowotny, V., Nierhaus, K.H. (1988) Assembly of the 30S subunit from Escherichia coli ribosomes occurs via two assembly domains which are initiated by S4 and S7. Biochemistry 27(18), p. 7051-5.

42. Dragon, F., Brakier-Gingras, L. (1993) Interaction of Escherichia coli ribosomal protein S7 with 16S rRNA. Nucleic Acids Res. 21, p. 1199- 1203.

43. Dragon, F., Payant, C., Brakier-Gingras, L. (1994) Mutational and structural analysis of the RNA binding site for Escherichia coli ribosomal protein S7. J. Mol. Biol. 244, p. 74—85.

44. Robert, F., Brakier-Gingras, L. (2001) Ribosomal protein S7 from Escherichia coli uses the same determinants to bind 16S ribosomal RNA and its messenger RNA. Nucleic Acids Res. 29(3), p. 677-682.

45. Saito, K., Nomura, M. (1994) Post-transcriptional regulation of the str operon in Escherichia coli. Structural and mutational analysis of the target site for translational repressor S7. J. Mol. Biol. 235(1), p. 125-39.

46. Golovin, A., Spiridonova, V., Kopylov, A. (2006) Mapping contacts of the S12-S7 intercistronic region of str operon mRNA with ribosomal protein S7 of E. coli. FEBS Lett. 580(25), p. 5858-62.

47. Stelzl, U., Spahn, C.M., Nierhaus, K.H. (2000) Selecting rRNA binding sites for the ribosomal proteins L4 and L6 from randomly fragmented rRNA: application of a method called SERF. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97(9), p. 4597-602.

48. Nowotny, V., Rheinberger, H.J., Nierhaus, K., Tesche, В., Amils, R. (1980) Preparation procedures of proteins and RNA influence the total reconstitution of 50S subunits from E. coli ribosomes. Nucleic Acids Res. 8(5), p. 989-98.

49. Yakhnin, A.V., Vorozheykina, D.P., Matvienko, N.I. (1990) Nucleotide sequence of the Thermus thermophilus HB8 rpsl2 and rps7 genes coding for the ribosomal proteins S12 and S7. Nucleic Acids Res. 18(12), p. 3659.

50. Studier, F.W. (2005) Protein production by auto-induction in high density shaking cultures. Protein Expr. Purif. 41(1), p. 207-34.

51. Surdina, A.V., Rassokhin, T.I., Golovin, A.V., Spiridonova, V.A., Kopylov, A.M. (2010) Mapping the ribosomal protein S7 regulatory binding site on mRNA of the E. coli streptomycin operon. Biochemistty (Mosc). 75(7), p. 841-50.

52. Berk, V., Zhang, W., Pai, R.D., Cate, J.H. (2006) Structural basis for mRNA and tRNA positioning on the ribosome. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103(43), p. 15830-4.

53. Wimberly, B.T., White, S.W., Ramakrishnan, V. (1997) The structure of ribosomal protein S7 at 1.9 A resolution reveals a beta-hairpin motif that binds double-stranded nucleic acids. Structure 5(9), p. 1187-98.

54. Urlaub, H., Thiede, В., Muller, E.C., Wittmann-Liebold, B. (1997) Contact sites of peptide-oligoribonucleotide cross-links identified by a combination of peptide and nucleotide sequencing with MALDI MS. J. Protein Chem. 16(5), p. 375-83.

55. DeLano, W.L. The PyMOL Molecular Grapgics System (2002) on World Wide Web http://www.pymol.org.

56. Urlaub, H., Kruft, V., Bischof, O., Muller, E.C., Wittmann-Liebold, B. (1995) Protein-rRNA binding features and their structural and functional implications in ribosomes as determined by cross-linking studies. EMBOJ. 14(18), p. 4578-88.

57. Devaraj, A., Shoji, S., Holbrook, E.D., Fredrick, K. (2009) A role for the 30S subunit E site in maintenance of the translational reading frame. RNA 15(2), p. 255-65.

58. Fredrick, K., Dunny, G.M., Noller, H.F. (2000) Tagging ribosomal protein S7 allows rapid identification of mutants defective in assembly and function of 30 S subunits. J. Mol. Biol. 298(3), p. 379-94.

59. Shtatland, Т., Gill, S.C., Javornik, B.E., Johansson, H.E., Singer, B.S., Uhlenbeck, O.C., Zichi, D.A., Gold, L. (2000) Interactions of Escherichia coli RNA with bacteriophage MS2 coat protein: genomic SELEX. Nucleic Acids Res. 28(21), p. 93.

60. Djordjevic, M. (2007) SELEX experiments: new prospects, applications and data analysis in inferring regulatory pathways. Biomol. Eng. 24(2), p. 179-89.

61. Pan, W., Clawson, G.A. (2009) The shorter the better: reducing fixed primer regions of oligonucleotide libraries for aptamer selection. Molecules 14(4), p. 1353-69.

62. Jarosch, F., Buchner, K., Klussmann, S. (2006) In vitro selection using a dual RNA library that allows primerless selection. Nucleic Acids Res. 34(12), p. 86.

63. Pan, W., Xin, P., Clawson, G.A. (2008) Minimal primer and primer-free SELEX protocols for selection of aptamers from random DNA libraries. Biotechniques 44(3), p. 351-60.

64. Gerland, U., Hwa, T. (2002) On the selection and evolution of regulatory DNA motifs. J. Mol. Evol. 55(4), p. 386-400.

65. Magee, J., Warwicker, J. (2005) Simulation of non-specific protein-mRNA interactions. Nucleic Acids Res. 33(21), p. 6694-9.

66. Stoltenburg, R., Reinemann, C., Strehlitz, B. (2007) SELEX a (Revolutionary method to generate high-affinity nucleic acid ligands. Biomol. Eng. 24(4), p. 381-403.

67. Nieuwlandt, D. (2000) In vitro selection of functional nucleic acid sequences. Curr. Issues Mol. Biol. 2(1), p. 9-16.

68. Sampson, T. (2003) Aptamers and SELEX: the technology. World Patent Information 25, p. 123-129.

69. Rich, R.L., Myszka, D.G. (2000) Advances in surface plasmon resonance biosensor analysis. Curr. Opin. Biotechnol. 11(1), p. 54-61.

70. Chard, L.S., Kaku, Y., Jones, В., Nayak, A., Belsham, G.J. (2006) Functional analyses of RNA structures shared between the internal ribosome entry sites of hepatitis С virus and the picornavirus porcine teschovirus 1 Talfan. J. Virol. 80(3), p. 1271-9.

71. Ivanov, P.A., Karpova, O.V., Skulachev, M.V., Tomashevskaya, O.L., Rodionova, N.P., Dorokhov, Yu.L., Atabekov, J.G. (1997) A tobamovirus genome that contains an internal ribosome entry site functional in vitro. Virology 232(1), p. 32-43.

72. Rodriguez-Correa, D., Dahlberg, A.E. (2008) Kinetic and thermodynamic studies of eptidyltransferase in ribosomes from the extreme thermophile Thermus thermophilus. RNA 14(11), p. 2314-8.

73. Leontis, N.B., Westhof, E. (1998) The 5S rRNA loop E: chemical probing and phylogenetic data versus crystal structure. RNA 4(9), p. 1134-53.

74. Henco, K. (1992) The QIAexpressionist: The High-Level Expression & Protein Purification System. QIAGEN, Hamburg.

75. Spiridonova, V.A., Golovin, A.V., Drygin, D.Yu., Kopylov, A.M. (1998) An extremely high conservation of RNA-protein S7 interactions during prokaryotic ribosomal biogenesis. Biochem. Mol. Biol Int. 44(6), p. 1141-6.

76. Вартапетян, А.Б. (1991) Полимеразная цепная реакция. Мол. Биол. 25(4), с. 926-936.

77. Gurevich, V.V., Pokrovskaya, I.D., Obukhova, Т.А., Zozulya, S.A. (1991) Preparative in vitro mRNA synthesis using SP6 and T7 RNA polymerases. Anal. Biochem. 195, p. 207-213.

78. Speshilov, G., Golovin, A.V. (2008) RNA Tertiary Structure Modeling server on World Wide Web http://12.192.230.173.